UNIVERSIDAD COLEGIO MAYOR DE

NUESTRA SEÑORA DEL ROSARIO

FACULTAD DE CIENCIAS NATURALES Y
MATEMÁTICAS
Bioinformática
 Guía de alineamiento basado en matrices de puntos (Dot plot)
Herramienta Dot let

En esta práctica vamos a utilizar un método sencillo y gráfico de explorar la similitud entre dos
secuencias por medio de matrices de puntos (Dot plot). La herramienta compara secuencias de
longitud M y N, creando una cuadricula de dimensiones M * N. Permite identificar repeticiones,
inversiones, indel y regiones palíndromes entre las secuencias.

Actividad previa a la clase

1. Qué es un alineamiento de secuencias en bioinformática?

2. ¿Qué tipos de secuencias se pueden alinear?
3. ¿Qué es un alineamiento global? Y uno local?
4. Defina los siguientes conceptos: mutación, inversión, deleción y duplicación
5. Enumere las aplicaciones prácticas de un alineamiento de secuencias.
6. ¿Qué significa que unos genes sean homólogos? Ortólogos? Paralógos?
7. Ingrese a la página https://dotlet.vital-it.ch, revise la documentación del programa y entienda
como funciona y que permite detectar.

Actividad en el aula

1. Proceda a realizar los siguientes ejercicios.

2. Reporte en el documento entregar para cada ejercicio, lo siguiente:
Resultados (captura de pantalla) y una breve discusión de lo obsevado

Ejercicio 1.
Realice un dotplot de la secuencia 1 contra ella misma. Ajuste la escala de grises e interprete la imagen.

Secuencia 1
MKSYISLFFILCVIFNKNVIKCTGESQTGNTGGGQAGNTVGDQAGSTGGSPQGSTGASQP
GSSEPSNPVSSGHSVSTVSVSQTSTSSEKQDTIQVKSALLKDYMGLKVTGPCNENFIMFL
VPHIYIDVDTEDTNIELRTTLKETNNAISFESNSGSLEKKKYVKLPSNGTTGEQGSSTGTV
RGDTEPISDSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSESLPANGPDSPTVKPPRNLQNI
CETGKNFKLVVYIKENTLIIKWKVYGETKDTTENNKVDVRKYLINEKETPFTSILIHAYK
EHNGTNLIESKNYALGSDIPEKCDTLASNCFLSGNFNIEKCFQCALLVEKENKNDVCYK
YLSEDIVSNFKEIKAETEDDDEDDYTEYKLTESIDNILVKMFKTNENNDKSELIKLEEVD
DSLKLELMNYCSLLKDVDTTGTLDNYGMGNEMDIFNNLKRLLIYHSEENINTLKNKFRN
AAVCLKNVDDWIVNKRGLVLPELNYDLEYFNEHLYNDKNSPEDKDNKGKGVVHVDTT
LEKEDTLSYDNSDNMFCNKEYCNRLKDENNCISNLQVEDQGNCDTSWIFASKYHLETIR
CMKGYEPTKISALYVANCYKGEHKDRCDEGSSPMEFLQIIEDYGFLPAESNYPYNYVKV
GEQCPKVEDHWMNLWDNGKILHNKNEPNSLDGKGYTAYESERFHDNMDAFVKIIKTE
VMNKGSVIAYIKAENVMGYEFSGKKVQNLCGDDTADHAVNIVGYGNYVNSEGEKKSY
WIVRNSWGPYWGDEGYFKVDMYGPTHCHFNFIHSVVIFNVDLPMNNKTTKKESKIYDY
YLKASPEFYHNLYFKNFNVGKKNLFSEKEDNENNKKLGNNYIIFGQDTAGSGQSGKESN
TALESAGTSNEVSERVHVYHILKHIKDGKIRMGMRKYIDTQDVNKKHSCTRSYAFNPEN
YEKCVNLCNV NWKTCEEKTSPGLCLSKLDTNNECYFCYV

Ejercicio 2.
Realice un dotplot de la secuencia 2 contra la secuencia 3. Ajuste la escala de grises e interprete
los resultados.

Secuencia 2.
ADSLTEEQVSEYKEAFSLFDKDGDGQITTKELGTVMRSLGQNPSESELQDMINEVDADN
NGTIDFPEFLTMMARKMKDTDSEEEIREAFKVFDRDNNGFISAAELRHVMTSIGEKLTD
DEVDEMIREADQDGDGRIDYNEFVQLMMQK

Secuencia 3.
ADSLTEEQVSEYKEAFSLFDKDGTGTTGTTGTDGQITTKELGTVMRSLGQNPSESELQT
GTTGTTGTDMINEVDADNNGTIDFPEFLTMMARKMKDTDSEEEIREAFKVFDRDNNGFI
SAAELRHVMTSIGEKLTDDEVDEMIREADQDGDGRIDYNEFVQLMMQK

Ejercicio 3.
Realice un dotplot de la secuencia 4 contra ella misma. Ajuste la escala de grises e interprete los
resultados.

Secuencia 4.
QQNLPQRYIELVVVADRRVFMKYNSDLNIIRTRVHEIVNIINGFYRSLNIDVSLVNLEIWS
GQDPLVVVADRRVFMKYNSDLNIIRTIQSSSSNTLNSEGLWREKVLLNKKKKDNAQLLT
AIEFKCETLGKAYLNSMCNPRSSVGIVKDHSPINLLVAVTMAHELGHNLGMEHDGKDC
LRGASLCIMRPGLTPGRSVVVADRRVFMKYNSDLNIIRYEFSDDSMGYYQKFLNQYKPQ
CILNKPVVVADRRVFMKYNSDLNIIR

Ejercicio 4
Realice una busqueda de la secuencia con número de acceso P13823. Compare esta secuencia
consigo misma usando el programa Dotlet. Ajuste la escala de grises e interprete la imagen.

Ejercicio 5.
Realice una búsqueda en el NCBI de la secuencia con número de acceso P24014. Compare esta
secuencia consigo misma usando el programa Dotlet. Ajuste la escala de grises e interprete la
imagen.