Instituto Tecnológico de Los

Mochis

REPORTE PRELIMINAR
DE RESIDENCIA PROFESIONAL

Cultivo in vitro de colectas de papache (Randia

echinocarpa) y obtención de bibliotecas de ADN para
genotipado por secuenciación.

Cervantes Leyva Nayelli

No. de control: 18440250

Ingeniería Bioquímica

Agosto 2022

ÍNDICE

1. NOMBRE DEL PROYECTO...................................................................................................1

2. DELIMITACIÓN DEL PROYECTO.......................................................................................2

3. OBJETIVOS DEL PROYECTO...............................................................................................3

4. JUSTIFICACIÓN.....................................................................................................................4

5. CRONOGRAMA PRELIMINAR DE ACTIVIDADES..........................................................5

6. DESCRIPCIÓN DE LAS ACTIVIDADES A REALIZAR.....................................................6

7. LUGAR DONDE SE REALIZARÁ EL PROYECTO.............................................................8

8. INFORMACIÓN DE LA EMPRESA DONDE SE REALIZARÁ EL PROYECTO..............9

9. ANEXOS.................................................................................................................................10
 1. NOMBRE DEL PROYECTO.

Cultivo in vitro de colectas de papache (Randia echinocarpa) y obtención de bibliotecas de

ADN para genotipado por secuenciación.

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 2. DELIMITACIÓN DEL PROYECTO.

Este proyecto tiene como finalidad evaluar las actividades antioxidantes del papache, por lo
tanto, se pretende establecer un sistema in vitro de R. echinocarpa. Para ello se sembrarán
semillas de papache en diferentes medios de cultivo con diferentes concentraciones de
sales, las cuales se pondrán a germinar y una vez concluido este proceso se procederá a
realizar una extracción de ADN genómico con el fin de generar bibliotecas para genotipado
por secuenciación, utilizando enzimas de restricción y ligación de adaptadores, analizando
la calidad del ADN extraído para su posterior validación.

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 3. OBJETIVOS DEL PROYECTO.

Objetivo general: Establecer cultivos in vitro de papache (Randia echinocarpa) y generar

bibliotecas de ADN para genotipado por secuenciación.

Objetivos específicos:

1. Obtener plántulas in vitro de papache a partir de semillas colectadas en el noroeste

de México.
2. Generar bibliotecas de ADN para genotipado de secuenciación, mediante enzimas
de restricción y ligación de adaptadores.
3. Extraer ADN genómico a partir tejido foliar de papache, para su posterior
evaluación de calidad e integridad.

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 4. JUSTIFICACIÓN.

El papache es una planta nativa del estado de Sinaloa, la cual ha sido usada en tratamientos
de medicina tradicionales para el tratamiento de cáncer, diabetes, enfermedades renales,
pulmonares, gastrointestinales, entre otras. Debido a la alta demanda local del fruto del
papache y a la constante deforestación en el estado, se ha producido una considerable
reducción en las poblaciones silvestres de R. echinocarpa, por lo cual es importante contar
con alternativas para su conservación y propagación, tales como el cultivo in vitro de
células y tejidos vegetales, ya que esta técnica permite la propagación a grandes escalas.

Asimismo, este trabajo permitirá concluir de manera satisfactoria con mis estudios de grado
universitario, por lo cual me otorgará seguridad al realizar proyectos de mayor relevancia
dentro del ámbito profesional como ingeniero bioquímico, por otra parte se beneficiará el
Centro Interdisciplinario de Investigación para el Desarrollo Integral Regional al tener a su
disposición este documento basado en la investigación y la práctica del tema anteriormente
mencionado como referencia para futuros proyectos y trabajos de investigación.

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 5. CRONOGRAMA PRELIMINAR DE ACTIVIDADES.

ACTIVIDAD   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16
1. Búsqueda y recopilación de P X X X X X X X X X X X X X X X
artículos científicos. R
2. Preparación del medio de P X X
cultivo. R
3. Germinación in vitro de P X X
colectas de papache. R
4. Extracción de ADN P X X X
genómico. R
5. Validación de la calidad e P X X X
integridad del ADN genómico. R
6. Preparación de bibliotecas P X X
para GBS. R
7. Marco teórico. P X X
R
8. Elaboración del reporte final P X
de residencia profesional. R
Observaciones:

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 6. DESCRIPCIÓN DE LAS ACTIVIDADES A REALIZAR.

Actividad: Búsqueda y recopilación de artículos científicos.

Se realizará una revisión bibliográfica para la recopilación de información valiosa a

considerar durante el transcurso del proyecto, así como para la realización de un informe
que servirá de anteproyecto. Se utilizarán bases de datos como Scopus, Web of Science y
PubMed.

Actividad: Preparación del medio de cultivo.

El medio de germinación se elaborará con 0.5X de sales MS (Murashige y Skoog, 1962),

15 g/L de sacarosa, y 8 g/L de agar, el pH se ajustará a 5.8 antes de esterilizar a 121 °C por
15 min. El medio estéril será dosificado en cajas Petri dentro de la campana de flujo
laminar.

Actividad: Germinación in vitro de colectas de papache.

Las semillas se lavarán por 1 min en etanol al 70%, seguido de cloro comercial al 25%
(v/v) más 3 gotas de TWEEN20 por 30 min, y cinco enjuagues con agua destilada estéril
dentro de la campana de flujo laminar. Finalmente, las semillas serán escurridas en papel
estéril, y sembradas en cajas Petri con medio de germinación. Los cultivos se mantendrán
en oscuridad completa durante dos semanas, y posteriormente bajo un fotoperiodo 16:8
(luz: oscuridad) y temperatura de 25°C.

Actividad: Extracción de ADN genómico.

Se realizará la extracción de ADN genómico a partir de tejido foliar mediante el protocolo

estándar de CTAB (bromuro de hexa-decil-tri-metil-amonio) al 2% (Stewart y Via, 1993).

Actividad: Validación de la calidad e integridad del ADN genómico.

La calidad e integridad de ADN genómico será evaluada mediante electroforesis en gel de

agarosa al 1%, y mediante las relaciones de absorbancia 260/280 y 260/230 en el equipo
NanoDrop 2000.

Actividad: Preparación de bibliotecas para GBS.

Las muestras de ADN serán cuantificadas en Qubit, y su concentración será homogenizada

a 6.66 ng/μl con agua libre de nucleasas. La digestión del DNA se llevará a cabo con la
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enzima ApeKI, posteriormente se ligarán los adaptadores con la enzima T4 DNA Ligase
(NEB MK0202L), y la biblioteca se enriquecerá mediante PCR. Los productos de PCR
serán purificados y seleccionados por tamaño (300-500 pb) mediante el uso de perlas
magnéticas AMPureXP. Finalmente, el tamaño de los fragmentos será verificado mediante
electroforesis en gel de agarosa al 2%.

Actividad: Marco teórico.

Se abordarán los diversos conceptos utilizados en la redacción del informe afines al tema
del proyecto para que se comprenda mejor la información detallada en el resto del
documento, de igual manera, con la información recopilada de la revisión bibliográfica se
elaborará el marco teórico.

Actividad: Elaboración del reporte final de residencia profesional.

Una vez concluido el tiempo de residencia profesional, y culminado el proyecto, se

realizará un reporte final, donde se mostrará el proceso seguido durante el desarrollo, así
como los resultados obtenidos de este y donde se demuestre que los objetivos planteados
fueron alcanzados.

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 7. LUGAR DONDE SE REALIZARÁ EL PROYECTO.

CIIDIR IPN Unidad Sinaloa

Se desconoce el tipo de capital.

Dircción: A las Glorias, San Juachin, 81049 Guasave, Sin.

Teléfono: 687 872 9626

Mapa de localización.

Departamento de Biotecnología Agrícola.

Laboratorio de Genómica funcional.

Asesor externo: Dr. Abraham Cruz Mendivil.

Teléfono: 6672431808

Correo electrónico: acruzme.ipn.mx

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 8. INFORMACIÓN DE LA EMPRESA DONDE SE REALIZARÁ
EL PROYECTO.

CIIDIR IPN Unidad Sinaloa

El Instituto Politécnico Nacional cuenta en Guasave, Sinaloa, con un Centro

Interdisciplinario de Investigación para el Desarrollo Integral Regional (CIIDIR-IPN
Unidad Sinaloa), institución dedicada, desde 1997, a la investigación y la docencia en el
campo del desarrollo sustentable y medio ambiente, del manejo de los recursos naturales, el
desarrollo tecnológico, biotecnología y acuacultura.

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9. ANEXOS.

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