Informe práctico 1: Visualización

de proteínas

Alumna: Karen Almendras.

Asignatura: Bioquímica.
Código de asignatura: 251311
Profesor: Maximiliano Figueroa.
Fecha: 12/04/22
Introducción.

Las proteínas son parte de las moléculas orgánicas más abundantes y de mayor diversidad que se
pueden encontrar en los sistemas vivos, además de ser el segundo mayor contribuyente en ellos
después del agua. Compuestas por cadenas de aminoácidos que se mantienen a través de enlaces
covalentes, las cuales le rigen su funcionamiento y tipo de estructura, habiendo primera,
secundaria, terciaria y cuaternaria, cada una de estas teniendo diferentes características como sus
interacciones entre ellas, complejidad, tamaño e importancia.
En una sola célula pueden existir miles de proteínas con distintas funciones, tanto estructurales,
hormonales, catalizadoras, de transporte entre otras. Por esto mismo, su estudio resulta muy
difícil por todas estas características, el hecho de estudiar una sola estructura de proteína puede
tardar meses e incluso años, por lo que es importante seguir con su estudio (el cual es conocido
como biología estructural). La ciencia ha avanzado para adaptarse a las necesidades de éste, por lo
que en la actualidad podemos encontrar programas tales como PyMOL, en los cuales podemos
visualizar proteínas y estudiar su estructura las cuales a través de este pueden ser representadas
de diferentes formas, y también contamos con la ayuda de un data de proteínas llamado Protein
Data Bank (PDB), en éste se encuentra toda la información actual que hay acerca de las
estructuras de proteínas.
PyMOL es un programa que otorga los recursos para poder visualizar, modificar, entender y
estudiar acerca de las proteínas. La estructura de cada proteína es de la forma en la que es porque
requiere serlo, y cualquier cambio (por ejemplo, intercambia un aminoácido por otro) es
importante y significativo, ya que puede terminar hasta en la ruptura de éstas, entonces,
comprender las estructuras proteicas, sus componentes, distanciamiento entre ellas y los que les
rodea es importante para entender los cambios que pueden suceder en ella.
En este práctico se aprenderá acerca de lo anterior mencionado con la ayuda de PyMOL y el
Protein Data Bank, se utilizará de ejemplo para esto la Hemoglobina E, la cuál es un tipo de
proteína de vital importancia para nosotros ya que es la encargada del transporte de oxígeno en
nuestro cuerpo, llevando éste desde los pulmones hasta diferentes tejidos, pero ésta es una
versión anómala producto de una mutación. Utilizándola de ejemplo, se aprenderá a utilizar el
programa, saber sobre su estructura, secuencia aminoacídica, ligandos que son importantes para
el funcionamiento de esta entre otras características.
Desarrollo.

1. ¿Cuántas macromoléculas hay depositadas el día de hoy?

188.923 (05/04/22) macromoléculas biológicas, lo cual es un número pequeño, pero es entendible
que sea así ya que es muy complicado estudiar completamente las estructuras experimentalmente
ya que se tarda aproximadamente 6 meses, sino más, en estudiar completamente la estructura de
una proteína.
2. ¿Cuántas proteínas hay?
164.777 proteínas (05/04/22) Lo cual indica que es la macromolécula que más se encuentra en
toda la data.
3. ¿Cuáles son los 3 principales métodos usados para determinar éstas estructuras?
- X-Ray, cristalografía de rayos X, la cual consiste en pasar un haz de rayos X a través de
cristales, en el cual se produce un patrón de difracción por la irradiación de los rayos X,
por lo que en este tipo de técnica las proteínas deben estar cristalizadas, para poder
realizar una cristalización adecuada para el estudio se debe tener purificada la preparación
para luego poder sobresaturarla (sin llegar a precipitar), ya que esto es un requisito para la
cristalización. Se pueden obtener cristales a través de: Difusión del vapor, y cristalización
por lotes. La difracción de los rayos permite determinar patrones estructurales para así
poder moldear la estructura de la proteína.
- NMR, resonancia magnética nuclear, en esta se debe tener un magneto para poder
resonar el núcleo y así absorber energía, los núcleos a través de las radiaciones
electromagnéticas que absorben a través de la resonancia se debiesen alinear en un
campo magnético lo cual da información acerca de estructuras moleculares.
- EM, microscopia electrónica, otorga información acerca las estructuras de las proteínas a
gran resolución, esto a través de la toma de imágenes de las muestras de proteínas las
cuales se encuentran en soluciones acuosas a temperaturas criogénicas. Se puede moldear
la estructura de las proteínas a través de las imágenes bidimensionales que otorga este
tipo de método, actualmente es uno de los más utilizados debido al poco tiempo, sencillez
y lo barato que resulta ser este método.
4. ¿Qué proteína es?
Corresponde a la hemoglobina E, la hemoglobina es una proteína que tenemos al interior de los
glóbulos rojos encargada del transporte de oxígeno desde los pulmones hasta tejidos y órganos
del cuerpo. La hemoglobina E, es una versión anómala de ésta producida por una mutación en la
cadena β-globina, en la cual se intercambia un ácido glutámico por una lisina.
5. ¿A qué resolución fue determinada?
Fue determinada a 1.73 A, lo cual es considerado una muy buena resolución (debajo de 2.5 es
considerado buena resolución)
6. ¿Qué método de cristalización fue utilizado?
Se utilizaron difracción por rayos X, como se mencionó anteriormente para poder realizar ésta
técnica es necesario cristalizar antes a la proteína, en éste caso se cristalizó mediante difusión por
vapor (VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP).
 7. ¿Cuántas cadenas distintas presenta esta proteína?
Contiene 2 estructuras diferentes, de las cuales dos de ellas son iguales, teniendo en total una
estructura compuesta de 4 cadenas. Su cadena alfa ésta compuesta por las cadenas A y C,
mientras que la beta por las cadenas B y D.
8. ¿Qué ligando presenta esta proteína?
Esta proteína presenta dos ligandos únicos, uno conocido como el HEM, en el cual se ligará el
hierro, y el CYN, el cual realiza la función con iones de cianuro.

9. ¿Qué porcentajes de estructuras secundarias presenta?

Se nos explicó que para poder sacar el porcentaje de estructuras secundarias de una proteína se
debe contar la cantidad de aminoácidos que forman la cadena de la alfa hélice de la cadena A (A y
C son iguales) y de la cadena B (B y C son iguales), parte de la cadena beta, dividirlo por el número
total de aminoácidos y luego multiplicar por 100 para conseguir el porcentaje.

Cadena A: (115/141) x 100%= 81,56%, la cadena A está compuesta por un 81,56% de estructura
secundaria

Cadena B: (130/146) x 100%= 89,04%, la cadena B está compuesta por un 89,04% de estructura
secundaria.
Figura 1: Observación de la proteína Hemoglobina E a través de PyMOL.
A través de la aplicación PyMOL se puede observar, mover y analizar la proteína. PyMOL nos
entrega herramientas para poder mover a nuestro gusto, hacer zoom y centrar en algún átomo.

Figuras 2 y 3: Hemoglobina E vista con sus estructuras helicoidales.

PyMOL también nos entrega herramientas para poder visualizar las proteínas de diferentes formas
y ángulos, cambiar los colores y darnos imágenes para observar desde mejor forma para así poder
publicar si es que deseamos.

Figuras 3 y 4: Hemoglobina E pero vista desde un punto más “técnico”, éste se encuentra en un
solvente, así que se puede ver las puentes de hidrógeno que forma, además de en general todos
los encales iónicos que puede generar, a través de esta opción también se pueden visualizar a
mayor detalle los aminoácidos que componen a la proteína, como en la imagen 4, que se puede
apreciar una Tirosina generando puentes de hidrógeno a través de su grupo hidroxilo con
moléculas de agua.

Figuras 4 y 5: Hemoglobina E con diferentes colores, éstos se cambiaron a través de la aplicación

PyMOL con la opción “C”, esta opción también te otorga características como colorear ciertas
zonas de cierto color, como se ve en la imagen 5, siendo las hélices de color celeste, las estructuras
extendidas de un rosa juntos con los loops, además de los ligandos.

Figura 6: Grupo HEM, PyMOL nos permite que las proteína girar en torno a él, además de
desaparecer los demás componentes a su alrededor solo para visualizar ésta (También se puede
realizar con otras moléculas)
Figura 7: Hemoglobina E, vista desde sus estructuras más flexibles y rígidas, siendo las más gruesas
las que están comúnmente en contacto con el solvente, como las vueltas o loops, mientras que las
más fines y azules al interior, son las más rígidas de la proteína.

Figuras 8, 9 y 10: PyMOL también nos otorga herramientas para seleccionar solo un componente
de la proteína, extenderlo y colorearlo de otro color para marcar la diferencia entre éste y otros,
además de, poder visualizarlo solamente a él como se muestra en la imagen 10.

Figuras 11, 12 y 13: Se realizó lo que se aprendió en las 3 imágenes anteriores, pero esta vez con
un ligando HEM, además de que con la función “Sticks” pudimos ver los aminoácidos de su
alrededor, con esto, identificamos las histidinas y la posición en las cuales se encuentran como se
ve en la siguiente imagen.

Figura 14: Identificación de Histidina 45, 58 y 87 alrededor del ligando HEM.

Figuras 15, 16 y 17: Medición de distancia entre los átomos de nitrógeno y hierro, en la imagen 15,
se ve una distancia de 11,3 A desde la histidina 45 hasta el hierro, mientras que en la histidina 58,
se ve una distancia de 4,4 A y por último en la histidina 87 la distancia es de 4,3 A, siendo la más
corta entre las 3 y la histidina 45 la más larga.

Figura 18: Grupo HEM.

Figura 19: Dos grupos HEM, ambos de cadenas diferentes.

Figura 20: Se superposieron ambos grupos HEM, y como se puede ver, no son simétricos los unos
de los otros por lo que los grupos que los rodean no son los mismos, esto tiene sentido ya que
ambos pertenecen a cadenas distintas por lo que contienen aminoácidos distintos, esto se puede
ver en la secuencia de arriba, a continuación, en la imagen 22 se suporpondrán dos cadenas
iguales y éstas si quedarán simétricas, por lo que no se distinguirán una de la otra.

Figura 21: Tres cadenas HEM, dos iguales y una distinta.

Figura 22: Aún están los tres grupos HEM, pero como se puede apreciar, no se nota, ya que como
se explicó anteriormente, uno está superpuesto en el otro y se ven exactamente iguales ya que
son cadenas idénticas por lo que tienen la misma secuencia de aminoácidos.

Figura 23: Los cuatro grupos HEM en una misma imagen, pero como esta proteína solo contenía
dos cadenas distintas, se aprecian solamente dos de ellos, ya que están superpuestos el uno del
otro y no se logra apreciar la diferencia.

Figuras 24, 25 y 26: Secuencia de aminoácidos representadas desde diferentes formas. La

número24 está representada en su forma “Varillas y bolas”, 25 una forma más “técnica” mientras
que la 25 está representando un ligando de la proteína.
Discusión.

En el desarrollo del informe se pudo apreciar la variedad de herramientas que otorga PyMOL, y lo
útil que resultan al momento de estudiar la estructura de las proteínas y sus componentes.
Como se mencionó anteriormente, cada herramienta de PyMOL ayudó a aprender o entender
algo acerca de las estructuras de las proteínas, tanto para visualizar la misma proteína
(Hemoglobina E) desde distintas formas acentuando diferentes características o realizar selección
de ciertos componentes de la proteína para poder colorearlo de otra forma y así poder hacer
distinción de otros, aunque también se puede visualizar solamente ese o desaparecerlo, además
de poder medir distancias entre componentes como por ejemplos los ligandos, carbonos,
hidrógenos, nitrógenos, oxígenos entre otros que componen ésta al igual que se puede observar la
secuencia aminoacídica y poder marcar diferentes aminoácidos con su respectivo número en la
cadena y una función muy importante que nos brindó es poder superponer cadenas sobre otras
para poder ver las que son iguales (A y C) y las distintas de estas dos pero iguales entre ellas (B y
D), es común que hayan estructuras hechas por la misma cadena de aminoácidos, aunque también
pueden haber proteínas las cuales estén compuestas solo por cadenas distintas.
La herramienta que bajo mi opinión ayudó más a comprender la estructura de nuestra proteína,
fue “preset” ya que ésta tenía distintas representaciones para la misma proteína además de en
algunas agregar componentes, como eran las opciones “with solvent”, que en estas se pueden
apreciar las interacciones que se generan al estar una proteína en solvente, como los puentes de
hidrógeno, y también la opción “Ligands” que nos enseñaba en mayor área los ligandos HEM de la
hemoglobina E, habiendo 4 de estos en ellas dándole la importancia que rádica en ella el
transporte de oxígeno a través de nuestro cuerpo hacía tejidos.
Además de todas las herramientas brindadas por PyMOL, Protein Data Bank también es una
herramienta útil y de actual crecimiento para el estudio de las proteínas, a partir de éste se puede
obtener toda clase de información tanto como las técnicas principales para obtener las diferentes
estructuras proteícas con las que cuenta esta plataforma, información profunda de diferentes
proteínas como sus cadenas, acerca de sus lingandos, la cantidad de aminoácidos con las que
cuenta además de lo más importante, que ésta nos presta el código para poner en PyMOL y así
poder realizar todas las diferentes actividades que fueron realizadas a lo largo del práctico.

Conclusión

Este práctico nos otorgó conocimientos para comprender acerca de la estructura de la estructura
de las proteínas, lo cual es de vital importancia para nuestra formación como científicos ya que
ésta es parte de las macromoléculas biólogicas más importante en los seres vivos.
PyMOL es un programa completo para poder realizar el estudio de estas macromoléculas el cual
nos ayuda a entender que la importancia en su estructura nace desde la estructura primaria,
siendo la secuencia aminoacídica lo que conlleva a todo en estas.
El realizar esta actividad con la hemoglobina E brindó conocimientos completos al poder estudiar
una proteína que constara con cadenas iguales y diferentes, ligando que son de vítal importancia
en su transporte de oxígeno, conocer acerca de sus dominios y los aminoácidos que componen a
este, además de esto se aprendió de las técnicas que se utilizan para determinar las estructuras las
cuales son cristalografía de rayos X, resonancia magnética nuclear y microscopía electrónica,
siendo esta última una tecnología que actualmente avanza y probablemente sea la predominante
en la determinación de estructuras por su bajo costo y facilidad de usar.
En esta actividad no solo PyMOL fue de importancia, sino que el Protein Data Banker fue una
plataforma que nos brindó la información suficiente como para poder realizar amenamente el
práctico de manera fluida y entendible, ésta es una data de información confiable y eficiente en la
cual actualmente podemos encontrar información acerca de casi 190.000 macromoléculas siendo
de esas casi 165.000 solamente proteínas, sin embargo entre estas se puede encontrar
redundancia porque puede estar más de una vez la misma proteína.
En conclusión, se aprendió a utilizar un programa y una data de información que nos brindará
apoyo a lo largo de nuestra formación académica, se profundizaron y utilizaron de manera práctica
la información brindada por PDB además de la vista en clases y se comprendió la importancia de
las estructuras proteícas, su composición, componentes y enlaces que pueden generar.