Curso de Biología General 2022

Facultad de Ciencias
Universidad de Chile

Trabajo practicó N.º 1.:

Estructura tridimensional de aminoácidos y proteínas

Estudiante:
Leonor Mar Bugueño López
Fecha de entrega:
Lunes 25 de abril, 2022
 Resumen

En el siguiente informe se desarrolla el análisis de la estructura tridimensional de los

aminoácidos y proteínas. Utilizando un programa computacional que permite crear una
figura tridimensional, de esta forma se puede observar la estructura de diferentes
aminoácidos y proteína conformada por esto, de esta forma se podrá tener una idea de cómo
esta se compone e interactúa en el espacio.

Introducción

En esta experiencia visualizamos la estructura de las proteínas y como esta permite sus
funciones biológicas, para esta actividad seleccionamos el aminoácido fenilalanina.
Abreviado frecuentemente como Phe. Se encuentra en las proteínas como L-fenilalanina, su
forma molecular es 𝐶𝐶9 𝐻𝐻11 𝑁𝑁𝑂𝑂2 y este es uno de los 9 aminoácidos más esenciales para el
ser humano. También observaremos la estructura tridimensional de una proteína.

(Forma estructural de la fenilalanina)

Simulamos en un plano 3d los carbonos, hidrógenos, grupos carboxilo y grupo amino.

Los aminoácidos pueden formar enlaces peptídicos y unirse entre ellos, la formación de
este se da gracias a la unión de sus grupos funcionales, de esta forma el grupo carboxilo de
un aminoácido se une al grupo amino de un aminoácido diferente, esta unión es el resultado
de la formación de un enlace covalente 𝐶𝐶𝐶𝐶 − 𝑁𝑁𝑁𝑁 . El nombre que se le otorga a esta unión
se llama grupo amina, podemos encontrar este grupo en diferentes lugares debido a que
este es común en la naturaleza, ya sea en ARN, proteínas, la producción de plásticos como
desmolde, vitaminas, estabilizantes y la producción de productos de limpieza gracias la
capacidad de reducir la dureza superficial del agua.

(Enlace peptídico)

Materiales y métodos

Los materiales utilizados fue el programa DeepView-Swiss-PdbViewer el que nos permite

generar estructuras tridimensionales que pueden simular los átomos, aminoácidos y
proteínas, componentes de organismos como el ADN y el producto que generan.

También se utiliso Protein Data Bank (PDB; www.rcsb.org/pdb/home/home.do). Una

biblioteca de datos mundial, donde se almacenan todos los modelos tridimensionales
conocidos de proteínas y ácidos nucleicos

Las estructuras están clasificadas con código de cuatro caracteres, todos los archivos
pertenecen a la extensión “. PBD” un formato de archivo que se utiliza en el programa
DeepView-Swiss-PdbViewer, El programa interpreta los archivos y virtualiza un modelo
3D de la estructura , en este caso la proteína “triosa fosfato isomerasa” y el aminoácido
Fenilalanina, seleccionados para este análisis.

El archivo de tipo “.PBD” guarda las coordenadas en el espacio tridimensional “x, y, z”,
tipo de átomo a que pertenece, numero de átomo, nombre del aminoácido, numero del
aminoácido en la secuencia, y la cadena a la que pertenece.
Al virtualizar, se pueden ver los átomos de la molécula y enlaces covalentes, estos tienen
un código de colores según el tipo de elemento que represente el átomo. El código se
nombra CPK y diferencia en colores, blanco para el carbono, rojo el Oxígeno, azul el
Nitrógeno y amarillo el Azufre.

Resultados
• Análisis de aminoácido
En el primer análisis observamos la estructura de la L-fenilalanina, en primera instancia
ubicamos el carbono principal de la cadena.

También podemos visualizar el tipo de átomos que componen el aminoácido

La estructura tridimensional puede representar como se ubican los átomos en el espacio, se
logra una mejor visual de los grupos funcionales y deslumbrar con colores los diferentes
átomos que componen el aminoácido.

Podemos identificar la cadena lateral del aminoácido, posicionando este en el espacio de

forma que se pueda ver el carbono principal y los grupos funcionales que se adhieren a este.

También podemos dilucidar la geometría del carbono 𝛼𝛼 y observar que esta es triangular
con 109,47º entre carbono y carbono.
 • Análisis de proteína
Como segunda experiencia se analizó la proteína “triosa fosfato isomerasa”, utilizando
DeepView-Swiss-PdbViewer. El cual nos muestra la forma tridimensional de la proteína.

(estructura tridimensional a gran escala)

Podemos visualizar los distintos grupos funcionales, nombre de estos, estructuras de la
proteina como hélices, sabanas y cintas. La densidad de los átomos y sectores específicos.

(Cadenas y grupos funcionales)

(Hélices, sabanas, cintas y espirales)

También podemos computarizar el potencial electroestático de la molécula.

Al igual que los elementos que la componen

Estructuras secundarias

(Estructura secundaria)

(Estructuras secundarias)
(H-Bond virtualizadas)

(Hélice 𝛼𝛼 )
 Discusión
Como se menciono en la clase (Biología, Sesión N°4 modulo 1, Andrés Marcoleta) las
estructuras de los aminoácidos pueden visualizarse de distintas maneras, no existen
diferencias entre lo mencionado en clases y la realización del practico. Ya sea en el plano o
su virtualización tridimensional, se puede reflejar distintos tipos de estructuras y
aminoácidos que conforman las proteínas, de igual forma podemos visualizar cada detalle
como los grupo funcionales, estructuras secundarias, cadenas polipeptídicas, hélices, lasos,
espirales y sabanas.

Conclusión

La experiencia practica logro el cometido de dar a conocer la forma e interacciones de los

aminoácidos y proteínas, esto puede complementar la teoría vista en clases y lecturas.
Además de darle una estructura y dimensión, que nos da la conciencia y percepción de
estas. En conclusión se tiene una complementación para la teoría y naturaleza de los
compuestos orgánicos presentes en el universo.

Bibliografía

• Biología, Sesión N°4 modulo 1, Andrés Marcoleta

• (https://es.khanacademy.org/science/biology/macromolecules/proteins-and-
amino-acids/a/introduction-to-proteins-and-amino-acids)

• Reece, J. B., Urry, L. A., Cain, M. L., Wasserman, S. A., Minorsky, P. V. y

Jackson, R. B. (2011). Proteins include a diversity of structures, resulting in a wide
range of functions (Las proteínas tienen diversas estructuras, lo cual da como
resultado una amplia gama de funciones). En Campbell biology (Biología de
Campbell) (10° edición, págs. 75-84). San Francisco, CA: Pearson.

• Proteins (Proteínas)”, de OpenStax College, Biología (CC BY 3.0). Descarga gratis el

artículo original en http://cnx.org/contents/185cbf87-c72e-48f5-b51e-
f14f21b5eabd@9.85:13/Biology(Se abre en una ventana nueva).

• Anfinsen CB, Edsall JT, Richards FM (1972). Advances in Protein Chemistry. New
York: Academic Press. pp. 99, 103. ISBN 978-0-12-034226-6.