Diagnóstico por el laboratorio de

infecciones del tracto urinario

TM. Sebastián Cifuentes Oyarzún
Consorcio Austral de Resistencia Bacteriana
 INFECCIÓN DEL TRACTO URINARIO
Existencia de "uropatógenos“ en la orina por infección de la uretra, la
vejiga, el riñón o la próstata.

Síndrome miccional

• Disuria
• Poliaquiuria

PUEDEN SER ASINTOMÁTICAS

• Aumento de frecuencia
• Tenesmo
• Dolor suprapúbico no
relacionado con la micción
González Monte E. Nefrología al día. Cap 5. Oct 2012
Wagenlehner, F. M. E., Bjerklund Johansen, T. E., Cai, T., Koves, B., Kranz, J., Pilatz, A., & Tandogdu, Z. (2020). Epidemiology, definition and treatment of complicated urinary tract infections. Nature Reviews Urology. doi:10.1038/s41585-020-0362-4
Rev Chil Infect (2001); 18 (1): 57-63
 INFECCIÓN DEL TRACTO URINARIO
• ITU son causa frecuente de consulta ambulatoria y de urgencia.
• El urocultivo es el examen microbiológico de mayor importancia para su
diagnóstico.
• Representa una gran carga de trabajo en los laboratorios de microbiología.
• Necesidad de buena comunicación clínico-laboratorio para no perder
información relevante.
• En la clínica es importante la diferenciación entre infección urinaria alta y
baja, así como las complicadas y no complicadas.

Flores-Mireles, A. L., Walker, J. N., Caparon, M., & Hultgren, S. J. (2015). Urinary tract infections: epidemiology, mechanisms of infection and treatment options. Nature Reviews Microbiology, 13(5), 269–284.
 ITU

No complicada: Mínimo riesgo de:

Mujer joven, sana Afectación Renal
No embarazada (Pielonefritis)
Síntomas <7 días Fallo Tratamiento

Vía normal pero patología asociada:

Diabetes
Inmunosupresión
Manipulación vía urinaria
Niños
Ancianos Riesgo de:
Varones Afectación Renal
Síntomas >7 días (Pielonefritis)
Complicada: Hospitalizados Fallo Tratamiento
Sepsis
Vía anormal :
Obstrucción
Reflujo v.u
Vejiga neurógena
Cálculos González Monte E. Nefrología al día. Cap 5. Oct 2012
Embarazo Wagenlehner, F. M. E., Bjerklund Johansen, T. E., Cai, T., Koves, B., Kranz, J., Pilatz, A., & Tandogdu, Z. (2020). Epidemiology, definition
and treatment of complicated urinary tract infections. Nature Reviews Urology. doi:10.1038/s41585-020-0362-4
DIAGNÓSTICO DE INFECCIÓN DEL TRACTO URINARIO POR EL
LABORATORIO
Rev Chil Infect (2001); 18 (1): 57-63
 DIAGNÓSTICO
• El diagnóstico de ITU se basa en 3 criterios mayores:
• Cuadro clínico
• Piuria (recuento de > 10 leucocitos/ml de orina)
• Cultivo cuantitativo de orina

Wagenlehner, F. M. E., Bjerklund Johansen, T. E., Cai, T., Koves, B., Kranz, J., Pilatz, A., & Tandogdu, Z. (2020). Epidemiology, definition and treatment of complicated urinary tract infections. Nature Reviews Urology. doi:10.1038/s41585-020-0362-4
 TIRA DE ORINA REACTIVA
• Leucocito esterasa: S (53 ~ 95%)

• Presencia de nitritos ( min 6hrs) S/E (~ 80%/98%)

Rev Chil Infect (2001); 18 (1): 57-63

 TINCIÓN GRAM

ORINA SIN CENTRIFUGAR: 5 BACTERIAS POR CAMPO DE 100X

~ RECUENTO APROX DE 100.000 UFC/mL

Rev Chil Infect (2001); 18 (1): 57-63

 SOSPECHA EN EL LABORATORIO
• Piocitos: > 10 /ul ó > de 5-6 por campo de 40x

• Leucocitos: > 10 /ul ó > de 5-6 por campo de 40x

• Bacterias: Regular o abundante cantidad

Kornfält Isberg, H., Hedin, K., Melander, E., Mölstad, S., & Beckman, A. (2020). Uncomplicated urinary tract infection in primary health care: presentation and clinical outcome. Infectious Diseases, 53(2), 94–101. doi:10.1080/23744235.2020.1834138
Bai, A. D., Bonares, M. J., Thrall, S., Bell, C. M., & Morris, A. M. (2020). Presence of urinary symptoms in bacteremic urinary tract infection: a retrospective cohort study of Escherichia coli bacteremia. BMC Infectious Diseases, 20(1). doi:10.1186/s12879-020-05499-1
Rev Chil Infect (2001); 18 (1): 57-63
 MÉTODOS NO INVASORES
• ORINA DE 2DO CHORRO
Es la mas frecuente procesada para urocultivo, en especial por su fácil
obtención
Microbiota de la piel, uretra, y vagina. *Requiere de un aseo genital prolijo con torulas, agua y jabón

Estudios de Lifshitz y Kramer (2000) demuestran que no es necesario

el aseo genital previo, pero si el segundo chorro de orina (chorro
medio)
Rev Chil Infect (2001); 18 (1): 57-63
Arch Intern Med (2000) 160(16): 2537-2540
 MÉTODOS NO INVASORES
• ORINA POR RECOLECTOR

No es una buena muestra

Cultivo resulta ser negativo o si se aísla patógeno
único
Buen valor predictivo negativo

Requiere de un aseo genital prolijo con torulas, agua y jabón y cambio cada 30 min
Rev Chil Infect (2001); 18 (1): 57-63
Arch Intern Med (2000) 160(16): 2537-2540
 MÉTODOS NO INVASORES
• CATÉTER VESICAL PERMANENTE

No en una buena muestra

Colonización a las 48 horas

La superficie externa del catéter debe limpiarse con una tórula con alcohol 70% y
esperar que seque.
La punción se efectúa en un ángulo de 30° en el sitio indicado para ello. No debe
pinzar el catéter antes de obtener la muestra.
Rev Chil Infect (2001); 18 (1): 57-63
Arch Intern Med (2000) 160(16): 2537-2540
 MÉTODOS INVASORES
• PUNCIÓN SUPRAPÚBICA

Es el método de referencia

Demasiado invasivo

Rev Chil Infect (2001); 18 (1): 57-63

Arch Intern Med (2000) 160(16): 2537-2540
 MÉTODOS INVASORES

• CATÉTER VESICAL TRANSITORIO

Es considerado casi igual que

punción suprapúbica

Demasiado invasivo

Rev Chil Infect (2001); 18 (1): 57-63

Arch Intern Med (2000) 160(16): 2537-2540
DIAGNÓSTICO MICROBIOLÓGICO POR EL LABORATORIO
UROCULTIVO
 PROTOCOLO
35°C – 1 atm 2
4
H
U R
R S
O
C AGAR NO SELECTIVO AGAR SELECTIVO - DIFERENCIAL AGAR NO SELECTIVO - DIFERENCIAL
U
L
T
I
V 4
O 8
IDENTIFICACIÓN + ATB MANUAL IDENTIFICACIÓN + ATB AUTOMATIZADO H
R
S

Zboromyrska Y, de Cueto López M, Alonso-Tarrés C, Sánchez-Hellín V. 2019. 14b. Diagnóstico microbiológico de las infecciones del tracto urinario. Zboromyrska Y (coordinadora). Procedimientos en Microbiología Clínica. Cercenado Mansilla E, Cantón Moreno R (editores).
Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Micro-biología Clínica (SEIMC). 2019.
 ¿CUÁNDO TRABAJAMOS UN UROCUTIVO?

1.000 UFC/mL – 99.000 UFC/mL

0 UFC/mL 100.000 UFC/mL

¿?
Gupta, K., Hooton, T. M., Naber, K. G., Wullt, B., Colgan, R., Miller, L. G., … Soper, D. E. (2011). International Clinical Practice Guidelines for the Treatment of Acute Uncomplicated Cystitis and Pyelonephritis in Women: A 2010 Update by the Infectious Diseases Society of America
and the European Society for Microbiology and Infectious Diseases. Clinical Infectious Diseases, 52(5)
 DISCORDANCIAS Y QUE HACER

Urocultivo negativo con sedimento alterado. INCUBAR 24HRS

Urocultivo positivo con sedimento normal. INFORMAR

Rev Chil Infect (2001); 18 (1): 57-63

Zboromyrska Y, de Cueto López M, Alonso-Tarrés C, Sánchez-Hellín V. 2019. 14b. Diagnóstico microbiológico de las infecciones del tracto urinario. Zboromyrska Y (coordinadora). Procedimientos en Microbiología Clínica. Cercenado Mansilla E, Cantón Moreno R (editores).
Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Micro-biología Clínica (SEIMC). 2019.
 EPIDEMIOLOGÍA DE AGENTES PATÓGENOS

Flores-Mireles, A. L., Walker, J. N., Caparon, M., & Hultgren, S. J. (2015). Urinary tract infections: epidemiology, mechanisms of infection and treatment options. Nature Reviews Microbiology, 13(5), 269–284.
 MÉTODOS INVASORES
ITU-CUP
• CATETERIZACIÓN VESICAL
• Las bacteriemias se dan en un 3% de los casos.
• Letalidad asociada 12%.
• Bacteriuria no es sinónimo de infección.
• El 13% de los pacientes adultos están con S Foley.
• Entre 1990 y 2005 hubo 7 Brotes epidémicos por Bacilos Gram negativos.
• Causa manoportación.
• Los últimos 8 años (2012-2019) y con las modificaciones incorporadas a las definiciones de IAAS, se
observa que la tendencia a la disminución de la tasa de incidencia de las ITU CUP se mantiene con
una mayor reducción con reducción en 40-50% en la tasa de 2019 respecto 2012.

Informe de Vigilancia Epidemiológica de IIH, Chile, MINSAL 2019

 DATOS EPIDEMIOLÓGICOS
• De acuerdo con los estudios de sensibilidad de la vigilancia, ésta detecta alrededor de 75,7% de las ITU y un 95,03% de los
catéteres urinarios que deben ser vigilados.
• 2.061 CUP mensuales en cirugía, con 5,8 días de uso en promedio;
• 3.520 CUP mensuales en medicina interna, con 6,95 días de uso en promedio
• 4.003 CUP mensuales en UPC, con 6,2 días de uso en promedio,
• En total 735.716 días de uso. De las 1.853 ITU, 46,1% se notificaron en medicina, 42,0% en las UPC y 11,9% en cirugía.

Informe de Vigilancia Epidemiológica de IIH, Chile, MINSAL 2019

 Escherichia coli - UPEC
Forma filamentosa de UPEC
Bacilo Gram negativo
Bateria bioquímica:
Indol +
Citrato –
Urea -

Factores de virulencia de UPEC

Evasión del
Adquisición de
Adherencia Toxina sistema Otros Formación de Biofilm
hierro
inmune
• F1C pili •HlyA •HlyA •Aerobactin •Antigen43
•Capsular
• P pili •CNF1 • Enterobactin • Flagella
antigens
• S pili •CNF1 • Salmochelin
• Type 1 pili • Yersiniabactin • Yersiniabactin
•Dr adhesins

Flores-Mireles, A. L., Walker, J. N., Caparon, M., & Hultgren, S. J. (2015). Urinary tract infections: epidemiology, mechanisms of infection and treatment options. Nature Reviews Microbiology, 13(5), 269–284.
 Escherichia coli - UPEC

Flores-Mireles, A. L., Walker, J. N., Caparon, M., & Hultgren, S. J. (2015). Urinary tract infections: epidemiology, mechanisms of infection and treatment options. Nature Reviews Microbiology, 13(5), 269–284.
 Escherichia coli - UPEC

Resistencia bacteriana en
aumento en estos últimos
años.

Mecanismos como:
Betalactamasas de espectro reducido
Betalactmasas de espectro extendido
Cefalosporinasas
Oxacilinasas
Carbapenemasas

Flores-Mireles, A. L., Walker, J. N., Caparon, M., & Hultgren, S. J. (2015). Urinary tract infections: epidemiology, mechanisms of infection and treatment options. Nature Reviews Microbiology, 13(5), 269–284.
 Proteus mirabilis
Bacilo Gram negativo
Bateria bioquímica:
«Swarming» en agar
TSI (H2S) + sangre – 35°C
LIA R/A Deamina la Lisina
MIO +, -, +
Urea +

Factores de virulencia de Proteus

Adherencia Toxina Evasión del sistema inmune Adquisición de hierro Otros

• MR/P pili •Haemolysins •Capsule • Proteobactin • Flagella
•NAFs (HpmA and • ZapA • Yersiniabactin •Urease
• PMFs HlyA)
•AipA adhesin • Pta
• TaaP adhesin

Flores-Mireles, A. L., Walker, J. N., Caparon, M., & Hultgren, S. J. (2015). Urinary tract infections: epidemiology, mechanisms of infection and treatment options. Nature Reviews Microbiology, 13(5), 269–284.
 Proteus mirabilis

Flores-Mireles, A. L., Walker, J. N., Caparon, M., & Hultgren, S. J. (2015). Urinary tract infections: epidemiology, mechanisms of infection and treatment options. Nature Reviews Microbiology, 13(5), 269–284.
 Enterococcus spp.
• Cocácea Gram positiva
• Gamma hemolítico
• Catalasa negativa NaCL 6.5%
• Desarrollo en NaCL 6.5% positivo Bilis-esculina +
• Hidrólisis de esculina positivo
• PYR positivo
• Agrupado irregularmente
• Sensible a penicilina y ampicilina, vancomicina, nitrofurantoína
• Resistente a sulfonamidas, clindamicina, cefalosporinas

Identificación de especies clínicas más comúnmente aisladas de

Enterococcus
Especie Arabinosa Telurito Movilidad Pigmento Telurito+
E. faecalis - + - -
E. faecium + - - -
E. casseliflavus + ± + +
E. gallinarum + - + -

Hervé E, Beatrice, & Porte T, Lorena. (2007). Enterococcus sp Parte II. Revista chilena de infectología, 24(4), 311-312.
Flores-Mireles, A. L., Walker, J. N., Caparon, M., & Hultgren, S. J. (2015). Urinary tract infections: epidemiology, mechanisms of infection and treatment options. Nature Reviews Microbiology, 13(5), 269–284.
 Enterococcus spp.

Flores-Mireles, A. L., Walker, J. N., Caparon, M., & Hultgren, S. J. (2015). Urinary tract infections: epidemiology, mechanisms of infection and treatment options. Nature Reviews Microbiology, 13(5), 269–284.
 Corynebacterium urealyticum

• Bacilo Gram positivo

• Productor de cistitis o pielonefritis «alcalina»
• Sospecha por Ureasa positivo en 2 hrs aprox
• Generalmente, sin diagnóstico
• Identificado con API Coryne system (bioMérieux) o MALDI-
TOF/MS
• Actualmente Multirresistentes: macrólidos y
aminoglucósidos
• Sensibilidad a glucopéptidos y linezolid
• Susceptibilidad en M45 – Tabla 6 CLSI

Rocha, D. J. P., Azevedo, V., Brenig, B., Silva, A., Blom, J., Ramos, R. T., … Navas, J. (2020). Whole genome sequencing reveals misidentification of a multidrug-resistant urine clinical isolate as Corynebacterium urealyticum. Journal of Global Antimicrobial Resistance.
doi:10.1016/j.jgar.2020.07.020
 Micobacterium spp.
• Síntomas inespecíficos como:
• Disuria, hematuria, dolor de flanco, piuria esteril, y orina
ácida.
• Puede ser una infección del riñon o todo el sistema urinario
(complicada)
• Tinción de Zielh-Neelsen y Cultivo en lowenstein jensen baja
sensibilidad (1%),
• GeneXpert® MTB/RIF (24%).
• BACTEC MGIT 960 system (16%)
• Díficil Diagnóstico para el clínico
• Prevalencia de TB renal 14.0%; 51–60 años

Shekar, P. A., & Kumar, P. S. (2020). Microbiological diagnosis in urogenital tuberculosis: the Holy Grail still Eludes. World Journal of Urology. doi:10.1007/s00345-020-03293-x
 Aerococcus urinae
• Cocácea Gram positiva
• Alfa hemolítico
• Catalasa negativa
• Agrupado en tétradas o racimos
• Sensible a betalactámicos, vancomicina, nitrofurantoina
• Resistente a sulfanamidas
• Patógeno urinario muy infrecuente (0,3-0,8%), tanto en el
ámbito hospitalario como ambulatorio
• ID por MALDI-TOF/MS
• Susceptibilidad en M45 – Tabla 2 CLSI

Características
morfológicas

Ibarburu I, Labraca J, Lerma L, Solanas B. Infecciones del tracto urinario en atención primaria. Aten Primaria 2000;26:65.
Hilt EE, Putonti C, Thomas-White K,Lewis AL, Visick KL, Gilbert NM, Wolfe AJ. 2020. Aerococcus urinae isolated from women with lower urinary tract symptoms: in vitro aggregation and genome analysis. J Bacteriol 202:e00170-20.
Rev Chil Infect (2001); 18 (1): 57-63
 Frecuencia de agentes uropatógenos
aislados en el Laboratorio de Atención Primaria de Osorno, 2015-2016.
Número Número
Microorganismo (%)
de aislamientos de pacientes
Enterobacter cloacae 26 1 26
Enterococcus faecalis 159 4 159
Escherichia coli 2717 77 2717
Klebsiella pneumoniae 204 6 204
Proteus mirabilis 113 3 113
Pseudomonas aeruginosa 36 1 36
Staphylococcus aureus 91 3 91
Staphylococcus saprophyticus 63 2 63
Stenotrophomonas maltophilia 3 0 3
Streptococcus agalactiae 48 2 12

Cifuentes et al (2017)
 INFECCION URINARIA-TRATAMIENTO EMPÍRICO
• Debe ser basado en la información epidemiológica y microbiológica.
• Escherichia coli es el principal microrganismo en la infección urinaria no complicada.
• Importante considerar perfil de susceptibilidad antimicrobiana y su tendencia en el tiempo.
 ¿Porque es importante la vigilancia por el laboratorio?.

¿Cuál es el porcentaje de resistencia que nos permite hacer

un tratamiento seguro?.

MENOR AL 20%

Gupta, K., Hooton, T. M., Naber, K. G., Wullt, B., Colgan, R., Miller, L. G., … Soper, D. E. (2011). International
Clinical Practice Guidelines for the Treatment of Acute Uncomplicated Cystitis and Pyelonephritis in Women:
A 2010 Update by the Infectious Diseases Society of America and the European Society for Microbiology and
Infectious Diseases. Clinical Infectious Diseases, 52(5), e103–e120. doi:10.1093/cid/ciq257
 Conclusiones
• En infecciones urinarias E. coli es el m.o. más importante
• En urocultivos negativos con sedimento sugerente incubar más
tiempo
• Nitrofurantoina y fosfomicina es el agente oral con mejor actividad
• Las otras alternativas idealmente con estudio microbiológico.
• Registrar la resistencia antibiótica de cada laboratorio
 Bibliografía
• Arch Intern Med (2000) 160(16): 2537-2540
• Bai, A. D., Bonares, M. J., Thrall, S., Bell, C. M., & Morris, A. M. (2020). Presence of urinary symptoms in bacteremic urinary tract infection: a
retrospective cohort study of Escherichia coli bacteremia. BMC Infectious Diseases, 20(1). doi:10.1186/s12879-020-05499-1
• Flores-Mireles, A. L., Walker, J. N., Caparon, M., & Hultgren, S. J. (2015). Urinary tract infections: epidemiology, mechanisms of infection and treatment
options. Nature Reviews Microbiology, 13(5), 269–284.
• González Monte E. Nefrología al día. Cap 5. Oct 2012
• Gupta, K., Hooton, T. M., Naber, K. G., Wullt, B., Colgan, R., Miller, L. G., … Soper, D. E. (2011). International Clinical Practice Guidelines for the Treatment of
Acute Uncomplicated Cystitis and Pyelonephritis in Women: A 2010 Update by the Infectious Diseases Society of America and the European Society for
Microbiology and Infectious Diseases. Clinical Infectious Diseases, 52(5)
• Hervé E, Beatrice, & Porte T, Lorena. (2007). Enterococcus sp Parte II. Revista chilena de infectología, 24(4), 311-312.
• Hilt EE, Putonti C, Thomas-White K,Lewis AL, Visick KL, Gilbert NM, Wolfe AJ. 2020. Aerococcus urinae isolated from women with lower urinary tract
symptoms: in vitro aggregation and genome analysis. J Bacteriol 202:e00170-20.
• Ibarburu I, Labraca J, Lerma L, Solanas B. Infecciones del tracto urinario en atención primaria. Aten Primaria 2000;26:65.
• Informe de Vigilancia Epidemiológica de IIH, Chile, MINSAL 2019
• Kornfält Isberg, H., Hedin, K., Melander, E., Mölstad, S., & Beckman, A. (2020). Uncomplicated urinary tract infection in primary health care: presentation
and clinical outcome. Infectious Diseases, 53(2), 94–101. doi:10.1080/23744235.2020.1834138
• Rev Chil Infect (2001); 18 (1): 57-63
• Rocha, D. J. P., Azevedo, V., Brenig, B., Silva, A., Blom, J., Ramos, R. T., … Navas, J. (2020). Whole genome sequencing reveals misidentification of a
multidrug-resistant urine clinical isolate as Corynebacterium urealyticum. Journal of Global Antimicrobial Resistance. doi:10.1016/j.jgar.2020.07.020
• Shekar, P. A., & Kumar, P. S. (2020). Microbiological diagnosis in urogenital tuberculosis: the Holy Grail still Eludes. World Journal of Urology.
doi:10.1007/s00345-020-03293-x
• Wagenlehner, F. M. E., Bjerklund Johansen, T. E., Cai, T., Koves, B., Kranz, J., Pilatz, A., & Tandogdu, Z. (2020). Epidemiology, definition and treatment of
complicated urinary tract infections. Nature Reviews Urology. doi:10.1038/s41585-020-0362-4
• Zboromyrska Y, de Cueto López M, Alonso-Tarrés C, Sánchez-Hellín V. 2019. 14b. Diagnóstico microbiológico de las infecciones del tracto urinario.
Zboromyrska Y (coordinadora). Procedimientos en Microbiología Clínica. Cercenado Mansilla E, Cantón Moreno R (editores). Sociedad Española de
Enfermedades Infecciosas y Micro-biología Clínica (SEIMC). 2019.
Muchas gracias
por su atención