Química Médica

Beatriz de Pascual-Teresa
Facultad de Farmacia
Universidad CEU San Pablo
bpaster@ceu.es

Andy Eloy Lora

1. Acceda al Protein Data Bank www.rcsb.org y baje la estructura 4RCF:

Nombre de la macromolécula: Base 1. BETA-SECRETASE 1

Clasificación de la macromolécula: Hydrolase/Hydrolase inhibitor
Fecha en que fue depositada la estructura 09-2014-15
Método experimental Difraccion de rayos x
Resolución de la estructura 1.78

Residuos que faltan Ala 157-Val 166 / Glu 310- Asp 317/ Pro 387- Ser 397/
Número de hélices alfa 13

Número de moléculas de agua 345

Puentes disulfuro. Indicar residuos 3

Coordenadas del Carbono Beta del
ATOM 259 CB ASP A 32 67.596 52.499 3.865 1.00 15.24
Aspártico 32
Factor B del Carbono Beta del Aspártico 32 15.24

(4S)-2'-(3,6-dihydro-2H-pyran-4-yl)-4'-fluoro-7'-(2-fluoropyridin-3-
Nombre sistemático del ligando yl)spiro[1,3-oxazole-4,9'-xanthen]-2-amine

NC1=N[C@@]2(CO1)c1cc(ccc1Oc1c(F)cc(cc21)C1=CCOCC1)-
Código SMILES del ligando
c1cccnc1F
4111 amino ácidos.
1 AC4 14 GLY A 11 GLN A 12 GLY A 13 LEU A 30
Aminoácidos que conforman el sitio activo
2 AC4 14 ASP A 32 GLY A 34 TYR A 71 TRP A 76
del ligando
3 AC4 14 PHE A 108 ARG A 128 TYR A 198 ASP A 228
4 AC4 14 GLY A 230 HOH A 547

El ligando es: 3LO, 1M4, AYH

Código del ligando en los cristales 4RCF,
4JOO y 3K5F.

Con ayuda de pymol y/o poseview represente las principales interacciones que tienen lugar entre el ligando y la
proteína de una de las estructuras con las que ha trabajado en esta práctica (4RCF, 4JOO o 3K5F).
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INTERACCIONES numero 4
INTERACCION PI- PI Y PI CATIONICA.
Inrteccion por enlace puente de hidrogenos

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Helices Alfa

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Enlace de azufre

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