Marzo 23 / 2022

Taller 1. Alfa diversidad, índices y chocolate

Lukas Felipe Rey Ricardo

1. Abundancia total de bacterias en la muestra:

Se encontraron alrededor de 1,35 × 10 15 bacterias del género Enterobacteriacea en la finca del
departamento de Antioquia en total; 5,55 × 10 14 en la finca del Huila; y 8,4 × 10 14 en la finca de
Santander. Éstos valores representan la totalidad del estimado de organismos acumulados durante
cada hora de observación en que hubieron Enterobacteriáceos.
Si solo tomamos la abundancia total a las 0 horas de observación, entonces obtenemos:

 2,5 × 10 14 enterobacteriáceos en Antioquia.

 2,9 × 10 14 enterobacteriáceos en Huila.
 7,85 × 10 14 enterobacteriáceos en Santander.
Por más del doble de individuos, la finca en Santander fue la de mayor registro de bacterias del
género Enterobacteriacea en la observación con tiempo 0 horas luego de fermentación.
2. Curva de acumulación de especies:

6 f(x) = 0.994196264338185 ln(x) + 3.53163445388945

R² = 0.773484754996737
f(x) = 1.7077433479791 ln(x) + 0.78877093335595
5 R² = =0.94146696427043
f(x) 1.76232698230205 ln(x) + 0.309134583603754
R² = 0.922881346141332

4
# Especies

0
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16

# Cuadrículas acumuladas

C. Acumulación ANTIOQUIA Logarithmic (C. Acumulación ANTIOQUIA)

C. Acumulación HUILA Logarithmic (C. Acumulación HUILA)
C. Acumulación SANTANDER Logarithmic (C. Acumulación SANTANDER)
Figure 1. Curva de acumulación específica (t = 12h) en comunidades bacterianas encontradas en fincas de Antioquia, Huila y Santander
Si revisamos las curvas de acumulación de especies bacterianas para cada finca, podemos observar,
en las correspondientes a Antioquia y Huila, una predominancia evidente de Enterobacteriacea, por
lo que, al llegar al cuadrante 4, no se llega a la saturación, debido a la muy poca abundancia total de
otras especies, lo cual disminuye la probabilidad de ser encontradas en una selección aleatoria de 4
cuadrantes. En este sentido, no sería suficiente, sino que se requeriría entre 9 a 10 cuadrantes para
Antioquia para llegar a la saturación; En la finca del Huila no hay un claro punto de saturación,
dado que la distribución de las especies entre los cuadrantes es más homogénea que en Antioquia
(siempre y cuando el conteo se realice en orden de celdas y no con una selección aleatoria). Si se
toman aleatoriamente celdas y se realiza la gráfica, ambas tendrían una tendencia similar a no
saturarse (obsérvese la línea de tendencia logarítmica en la figura 1).
Observando las funciones logarítmicas neperianas, observamos que el factor a que multiplica en la
ecuación: y = a(ln(x)); varía según la saturación de las curvas. De tal modo que, puesto en práctica,
en cuanto a aumenta, la función se hace mayor, lo que se traduce en una curva con una pendiente
más grande, que, en el análisis, resulta en una falta de celdas para la saturación. En síntesis, cuanto
más cerca esté el factor a al 0, menor número de celdas serán requeridas para estimar la saturación
de la curva:

 Curva de Antioquia con a = 1,7077

 Curva de Huila con a = 1,7623
 Curva de Santander con a = 0,9942
Por ello, es parcialmente correcto afirmar que el estimado de especies bacterianas en 4 cuadrantes
aleatorios para la finca de Santander es acertado respecto a la saturación específica de la curva de
acumulación.
Si por cada cuadrante se encontraran 2 especies nuevas, teniendo en cuenta que en total se
registraron 6 especies, se llegaría fácilmente a la saturación contando 4 cuadrantes, siempre y
cuando el primer cuadrante solo contenga 1 especie. Si no contiene ninguna, entonces con 3
cuadrantes sería suficiente para observar la saturación en la curva de acumulación.
Si no conociéramos la riqueza absoluta de la muestra, y por cada cuadrante se registraran 2 especies
nuevas, jamás ocurriría una saturación de especies, sino un aumento constante en la curva de
acumulación, donde m permanece constante.

3. Índices de riqueza y diversidad:

ANTIOQUIA

tiempo de fermentación (h)

Índices diversidad 0 24 48 72 96 120
Shannon-Weaver N.A. N.A. N.A. 0,8630073585 N.A. N.A.
Índice de Simpson 0,925295858 0,972852943 0,4810964083 0,5745454545 0,811669678 0,9895290859
E. Shannon N.A. N.A. N.A. 0,4816535776 N.A. N.A.
 tiempo de fermentación (h)
Índices de Riqueza 0 24 48 72 96 120
Margalef 0,2752 0,2602 0,27 0,2663 0,2399 0,2596
Menhinick 0,0006 0,0004 0,0005 0,0005 0,0001 0,0003
Chao1 6 6 6 6 6 6

HUILA

tiempo de fermentación (h)

Índices diversidad 0 24 48 72 96 120
Shannon-Weaver N.A. N.A. 0,4916 N.A. N.A. N.A.
Índice de Simpson 1,00000 0,8930 0,7674 0,8273 0,9885 0,9597
E. Shannon N.A. N.A. 0,2744 N.A. N.A. N.A.

tiempo de fermentación (h)

Índices de Riqueza 0 24 48 72 96 120
Margalef 0,1501 0,1505 0,1461 0,1463 0,1454 0,1461
Menhinick 0,0000004 0,0000004 0,0000002 0,0000002 0,0000002 0,0000002
Chao1 6 6 6 6 6 6

SANTANDER

tiempo de fermentación (h)

Índices diversidad 0 24 48 72 96 120
N.A. N.A. N.A. N.A.
Shannon-Weaver N.A. 0,885645709
Índice de Simpson 0,96296875 0,5917096548 0,8141176471 0,846637041 0,9588888889 0,8727777778
N.A. N.A. N.A. N.A.
E. Shannon N.A. 0,4942882816

tiempo de fermentación (h)

Índices de Riqueza 0 24 48 72 96 120
Margalef, 0,1457 0,1452 0,1454 0,1454 0,1440 0,1500
Menhinick 0,0000002 0,0000002 0,0000002 0,0000002 0,0000002 0,0000003
Chao1. 6,50 6 #¡DIV/0! #¡DIV/0! 6,00000000 6,00000000

En las muestras de Antioquia y Huila, al tiempo de 0 horas es donde mayor riqueza de especies se
presenta. Para la muestra de Santander ocurre a las 120 horas de fermentación.
Se observa una mayor equitatividad de Shannon en la finca de Santander a las 24 horas de iniciada
la fermentación. De hecho, es el único momento en que se pueden apreciar las 6 especies
bacterianas, y, por tanto, obtener un primer índice de Shannon-Weaver.
Si se desea aislar en cultivo el mayor número de bacterias Acetobacter en la finca de Huila, debe
realizarse a las 96 horas de iniciada la fermentación.
Si se desea aislar en cultivo la mayor cantidad de géneros de bacterias en la finca de Antioquia,
debe realizarse a las 72 horas de iniciada la fermentación.
Conforme al desarrollo del crecimiento bacteriano en las tres fincas muestreadas, tomando en
cuenta los tiempos de fermentación, se evidencia una clara dominancia de bacterías Acetobacter,
dado que, aunque se registran significativamente por primera vez a las 24 horas en Santander,
pasadas 48 horas su frecuencia absoluta en todas las fincas es la de mayor valor y prevalencia, hasta
llegar a las 120 horas, lo cual es un periodo de tiempo más extenso que el presentado por las
bacterias Enterobacteriacea (segunda en dominancia), el cual se observa en las primeras 36 horas
en Antioquia y Huila.
La calidad del chocolate podría mejorarse si se diseñara un cultivo starter predilecto a la población
de Lactobacillus, dado que inicialmente, por la fermentación de carbohidratos, producen ácido
láctico, permitiendo posiblemente una mejoría en la calidad de fermentación dado que habría una
sustancia abundante para que otros microorganismos puedan realizar sus procesos metabólicos.
Vemos que en la finca de Antioquia es donde las Acetobacter aparecen más rápido; además
empiezan a desaparecen a las 120 horas. También en esta finca ocurre la aparición masiva de
Lactobacillus a las 12 horas de iniciada la fermentación, mientras que, en las otras dos fincas, donde
no se observa una etapa dominante de estas bacterias, se demoraron más en aparecer (Acetobacter)
y aun a las 120 horas su población sigue siendo muy alta, dando a entender que la fermentación aún
no ha culminado.