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Entre las obras principales de tal etapa destacan el Comentario sobre las
«sentencias» de Pedro Lombardo (1254-56, v.) y las Cuestiones disputadas (v.);
esta última, cuyas primeras secciones figuran bajo el título De veritate (1256-
59), constituye, desde el punto de vista analítico, el tratado más importante del
autor respecto de los más arduos problemas de la Filosofía y la Teología. A
fines del año escolar de 1259 marchó a Italia, luego de haber participado por
Pentecostés, en junio, en el capítulo general de Valenciennes y colaborado con
Alberto Magno y Pedro de Tarahtasia (luego papa Inocencio V) en la
compilación de la Ratio studiorum de la orden.
Este primer regreso a Italia, donde permaneció entonces casi diez años, inició
el período más continuo y tranquilo de la vida del Santo, en cuyo transcurso
desarrolló una prodigiosa actividad científica; a tal fase pertenecen la Suma
contra los gentiles (v.), comenzada en París, las dos primeras partes de
la Suma teológica (v.), las cuestiones disputadas De potentia (1265-67) y De
spirituálibus creaturis (1266-68), el oficio y la misa para la nueva festividad del
Corpus, y, en el campo bíblico, la Catena aurea. Por aquel entonces enseñó en
la escuela de la corte pontificia, residió algún tiempo en el convento romano de
Santa Sabina, donde se le encargó la reorganización del estudio general de la
orden, y trabó amistad, en la corte papal, con el hermano de religión flamenco
Guillermo de Moerbeke, quien ayudóle a terminar en 1268 los comentarios a
Aristóteles (Analíticos posteriores, Física, Metafísica, Ética, Política…), ya
mediante la revisión de las antiguas versiones o bien con otras nuevas del
Estagirita, de sus principales comentaristas griegos y de los textos neo-
platónicos, en particular de los Elementos de teología (v.) de Proclo.
A fines de 1268, y posiblemente por voluntad del Papa, volvió a París, donde en
enero de 1269 reanudó sus lecciones, que prosiguió en el cursó del año
académico 1270-71. Esta segunda etapa docente parisiense fue el período más
agitado y lleno de mayores tribulaciones de la existencia del santo. Inicióse con
la aparición del averroísmo en la Facultad de Artes, condenado el 10 de
diciembre de 1270 por el obispo Tempier; siguió después la lucha sin cuartel
dirigida contra el aristotelismo tomista por el agustinismo conservador de la
Facultad de Teología, que culminó en la borrascosa discusión sobre la
«unicidad» de la forma sustancial, en presencia del obispo de París y en la cual
Tomás «fuit quasi solus huius sententiae»; finalmente, los maestros seglares
Gerardo de Abbeville y Nicolás de Lisieux — discípulos de Guillermo de Saint –
Amour, desterrado — reanudaron los ataques contra las órdenes mendicantes,
oposición que indujo al santo a componer los admirables textos De perfectione
vitae spiritualis y Contra retrahentes a religionis ingressu.