FACULTADAD DE QUÍMICA Y FARMACIA

PROGRAMA FARMACIA
ASIGNATURA: QUÍMICA COMPUTACIONAL

TUTORIAL NUMERO 5 BUSQUEDA CONFORMACIONAL AUTOMATICA

En este tutorial, se realiza una búsqueda conformacional automática para encontrar
en la molécula de Aciclovir el conformero más estable, el de menor energía relativa y
posterior a eso hacer el cálculo de optimización de la geometría de ese conformero

DOCENTE: FERNANDO CASTRO

ELABORADO POR: JOSÉ DAVID PÉREZ NAVARRO.

UNIVERSIDAD DEL ATLANTICO, KM 7 VIA PUERTO,

BARRANQUILLAATLANTICO.
Septiembre 2021.
1) Dibujar la molécula de Aciclovir o si la guardaste en tu pc puedes abrirla ya
sabes hacer esto.

Imagen 1 molécula de Aciclovir en 3D

2) Ir a la herramientas calculations, y vas a buscar el conformero más estable

atreves de la búsqueda automática, con el método semi-empirico PM6.

Configuración de la herramienta calculations.

 Conformero distribution
 Método Molecular mechanics
 Campo de fuerza SYBYL

Imagen 2 calculations configuración del calculo que se realizara

 3) Notificaciones en pantalla donde puedes observar el comienzo del cálculo
por parte del software de spartan

Imagen 3 notificación de que el cálculo ha comenzado

Imagen 4 notificación del calculo completado

Imagen 5 crear nuevo documento

 4) Molécula de Aciclovir, después de haber hecho los cálculos de distribución
de conformero.

Imagen 6 Molécula después del calculo

5) Ahora dirígete a la herramienta spreadsheet , donde puedes visualizar

los conformeros obtenido de tu molécula, aquí puedes observar 89 pero
pueden haber más para poder el número total de conformeros continua abajo
con el siguiente punto de este tutorial

Imagen 7 conformeros que aparecen en la herramienta spreadsheet

6) Para poder visualizar el número de conformeros totales de la molécula de
Aciclovir, debes dar clic sobre el icono properties, y cuando des
clic podrás observar un recuadro donde sale el número total de conformeros
para esa molécula y otros datos de interés como la energía.

Imagen 8 conformero totales

7) Para poder observar la energía de los conformeros debes dirigirte de nuevo a

la herramienta, spreadsheet y luego dar clic sobre add, posterior a eso buscar
la opción E de energía como se observa en los recuadros de las siguientes
figuras.

Imagen 9 energías de los conformeros

8) Posterior a eso, debes comparar esas energías con la energía relativa para
poder elegir el conformero más estable, para ello debes seleccionar la misma
herramienta del punto 7 e ir a la opción add… y agregar rel-E(energía relativa)
puedes observar los datos de esta energía al lado de la columna de la E. como
se observa en el siguiente grafico

Imagen 10 energías relativas de los conformeros

9) Puedes observar unos cuantos conformeros y cómo cambia su geometría en

función de la energía. Son 243 así que puedes ver todos si quieres en este
caso te mostrare tres para no alargar el tutorial.

Imagen 11 diferentes geometrías de los conformeros en función de la energía

 10) En los conformero anteriores, después de la búsqueda conformacional
pudiste observar que el conformero más estable será el de menor de energía
relativa, que se abrevia como M0001. Debes eliminar los demás conformeros
usando la tecla shift y arrastrado el pulsero hacia abajo para borrar los demás.

Imagen 12 búsqueda del conformero más estables y eliminación de los conformes de mayor energía

11) Apartir del conformero de menor energía ahora, con ese único conformero
puedes hacer el cálculo de optimización, para ello aprendiste en tutoriales
anteriores como hacerlo por lo que debes configurar el cuadro de calculations
de la siguiente forma.

 Equilibrium geometry
 Semi-empirical
 PM6
Imagen 13 nueva molécula después de la
optimización geométrica
12) Posterior a la optimización y por último punto vas a observar la energía del
conformero optimizado para esto recuerda ir al icono

Imagen 14 energía del conformero optimizado