UNIVERSIDAD DEL ATLÁNTICO

FACULTADAD DE QUÍMICA Y FARMACIA

PROGRAMA FARMACIA
ASIGNATURA: QUÍMICA COMPUTACIONAL

CALCULO AUTOMÁTICO DE UNA BARRERA TORSIONAL.

Para este tutorial, se explora las contribuciones de energía estérica a la Función de
energía molecular, la deformación torsional esto se hará calculando el perfil
energético de la molécula de etano con la utilización del software de spartan

DOCENTE: CASTRO GOMEZ FERNANDO

ELABORADO POR: JOSÉ DAVID PÉREZ NAVARRO.

UNIVERSIDAD DEL ATLANTICO, KM 7 VIA PUERTO, BARRANQUILLA-

ATLANTICO.

Septiembre 2021.
1. Lo primero que debes hacer, es dibujar la molécula de etano para ello
aplicaras: Lo aprendido en los tutoriales anteriores principalmente en el
tutorial N°1.

Se dibujan las moléculas de etano en 3d, mediante el software de spartan.

Imagen 1 molécula de etano 3d

1. Ahora vas a realizar un cálculo de la optimización de la energía,

Optimizaremos la geometría cuántica mecánicamente.

 Busca el menú setup y presiona clic sobre calculations, o puedes hacerlo

sobre el icono Veras, el siguiente cuadro el cual debes configurar.

Imagen 2 cuadro de calculations

Vas a configurar, el cuadro anterior teniendo en cuenta lo que quieres calcular, el
método a utilizar, en qué estado, para este tutorial vas a configurar el cuadro de
calculations de la siguiente forma

 Calculate: Equilibrium Geometry

 With: Semi-empirical PM6
 Estado basal: Ground

Imagen 3 configuración de calculations

Recibirás las notificaciones en pantalla de que el cálculo ha comenzado y por último

que se ha completado

Imágenes 4 y 5 notificación de cálculo en comienzo y completado

2. Construcción del perfil energético. Primero debes identificar qué ángulo
diedro quieres investigar, después utilizas la herramienta geometry, eliges los
átomos a utilizar para el Angulo diedro (H2, C1, C2, H5) se obtiene 60°.

Imagen 6 átomos seleccionado para formar el diedro y medida del ángulo formado

3. Ahora vas a cambiar el Angulo diedro optimizado, de 60° por 0° y la molécula

pasara a la forma menos estable.

Imagen 7 y 8 cambio del ángulo optimizado de 60° por 0°

4. En la misma herramienta de geometry vas a dar clic sobre constrain dihedral.

Imagen 9 seleccionar herramienta constrain

dihedral
5. Ahora debes seleccionar los mismos cuatro átomos que utilizaste,
anteriormente para formar el ángulo diedro, una vez hecho esto en la parte
inferior derecha del programa aparece un candado abierto.

Imagen 10 selecciona átomos utilizados para el diedro anteriormente

6. El candado que viste anteriormente debe ser cerrado, para eso lo seleccionas
y se cierra automáticamente se activa el constrain dihedral también debes dar
clic sobre profile para activarlo.

Imagen 11 etano resultante del constrain dihedral

7. Vas a girar la molécula del ángulo de 0° a 360° 13 veces, lo que va hacer el

software con lo que le acabas de ingresarle es obtener 13 conformeros de la
molécula de etano a distintas rotaciones.

Imagen 12 Etano resultante después de la rotación

8. Ahora vas a calcular la barrera torsional Utilizando la siguiente configuración
en el menú de calculations.

Imagen 13 cálculo del perfil de energía

9. Después de haber seleccionado submit en el cuadro anterior, pudiste

observar en pantalla las notificaciones de que su cálculo ha empezado y por
último que ha sido completado.

Imagen 14 y 15 Notificación en pantalla

10. Una vez dado clic en las dos notificaciones en ok, el software te muestra
nuevamente una ventada de notificación, debes seleccionar en yes, para
poder abrir el nuevo documento creado.

11. Cuando se ha abierto el documento, puedes ver que el constrain dihedral ha

tenido un cambio de color.

Imagen 16 cambio de color en el dihedro, después del

cálculo en el perfil energético
12. Ahora vamos a obtener el perfil energético, selecciona display cuando se
despliegue el menú busca la herramienta llamada Spreadsheet

Imagen 17 seleccionando la herramienta

spreadsheet
Una vez seleccionada veras el siguiente cuadro

Imagen 18 cuadro de la herramienta spreadsheet

13. Ir a la herramienta de geometry seleccionar constrain dihedral, después en la
parte inferior derecha del programa dar clic sobre el símbolo p y una vez dado
clic automáticamente aparecen los datos de los distintos cambios en los
ángulos

Imagen 19 cambios de los ángulos en los distintos conformeros

14. Ahora tienes que agregar a esos datos su energía relativa, correspondiente el
software hace eso de forma automático para ello debes seleccionar en add y
buscar en las opciones energía relativa (rel-E)
 Imagen 20 energía relativa

15. Ahora vas a organizar y configurar, para poder graficar debes seleccionar
el icono de plats Después, debes seleccionar el icono add representado
como
  Cuando des clic sobre el icono add, vas a colocar en el eje de las x (Constrain) y
en el eje de las y rel. E( kj/mol)

Imagen 21 configurando el eje de las x y de las y para poder graficar

16. Una vez hecho el paso anterior, pudiste observar el grafico obtenido en la
parte derecha del programa, ahora vas a colocar ese grafico sobre la molécula
de etano, para eso debes dar clic sobre Merge.

Imagen 22 grafico sobre la molécula de etano

17. Ahora vas a convertir el grafico de mínimos cuadrados a smooth, debes
seleccionar el icono

Imagen 23 cambio de puntos a smooth

 El grafico cómo pudiste observar cambio de puntos a smooth. Igualmente

también sale la curva en el etano
18. Ahora puedes observar en la curva, que por cada rotación del ángulo diedro,
va evolucionando la energía y las moléculas más estables serán las de menor
energía.

Conformero más estable de la forma alternada

Conformero con estabilidad intermedia

Conformero menos estable de la forma eclipsada