UNIVERSIDAD DEL ATLÁNTICO

TUTORIAL N° 5
BÚSQUEDA CONFORMACIONAL AUTOMÁTICA
DULAIN MAURY VIZCAINO

RESUMEN
En el presente tutorial se realizó una búsqueda conformacional automática para determinar
cuántos confórmeros tiene la molécula de fenobarbital y cual es el más estable, es decir,
encontrar el mínimo global en la superficie de energía potencial. Para esto, se utilizaron
múltiples funciones del programa Spartan, detalladas en el transcurso del tutorial.

PASOS A SEGUIR :
Teniendo construída la molécula del Fenobarbital, usada en anteriores tutoriales, se realiza
el cálculo de la distribución de confórmeros.

1. En el menú principal del programa, se hace clic en el ícono Calculation .

Aparecerá un recuadro donde se deben configurar los siguientes datos:
- Tipo de cálculo: Conformer Distribution
- Estado basal: Ground
- Método: Semi-empirical PM6
Aquí, el programa variará de manera automática todos los grados de libertad que tenga la
molécula, es decir, diedros, enlaces y ángulos.

Figura 1. Cálculo de distribución de confórmeros.

2. Aparecerán los siguientes avisos que indican el inicio del cálculo (figura 2) y la
finalización de este (figura 3).
 Figura 2. Inicio del Cálculo

Figura 3. Cálculo completado

Figura 4. Abrir el nuevo documento creado

3. A continuación, se puede observar la molécula con los nuevos cambios realizados.

Gráfico 5. Nueva molécula Gráfico 6. Molécula con etiquetas térmicas

4. Dar clic en el icono Spreadsheet que se encuentra en la parte superior del
programa, donde aparecerá el siguiente cuadro, con los distintos confórmeros de la
molécula. Se puede observar que la búsqueda arrojó 3 confórmeros.

Figura 7. Confórmeros obtenidos.

5. En el ícono Properties se puede verificar la cantidad total de confórmeros

que tiene la molécula.

Figura 8. Confórmeros totales que tiene la molécula.

6. Para visualizar la energía de los 3 confórmeros arrojados en el paso 4, se hace clic

nuevamente en Spreadsheet, luego se selecciona “Add” (Figura 9) y luego en “ E”
para añadir la energía, como lo indica la figura 10 y figura 11.
 Figura 9. Adición de una columna

Figura 10. Seleccionar energía. Figura 11. Energía añadida.

7. Para realizar una comparación entre las energías, se añade la energía relativa a la
hoja de cálculo. Se hace clic en Add nuevamente, y se selecciona “rel. E” (figura 12)
y se puede observar como aparece en el cuadro (figura 13).

Figura 12. Energía relativa. Figura 13. Energía relativa añadida.

8. En la figura anterior, se pueden apreciar los confórmeros más estables, los que
presentan la energía relativa de 0, es decir, los dos primeros confórmeros M0001
(figura 14) y M0002 (figura 15).
 Figura 14. Confórmero M0001

Figura 15. Confórmero M0002.

9. Optimización de la molécula más estable, es decir, el confórmero M0002 ya que es

el que tiene una estructura más alineada. Se eliminan los demás confórmeros
obtenidos en la hoja de cálculo ( los menos estables), como se observa en la figura
16.

Figura 16. Eliminación del confórmero 1.

10. Se elimina de la misma forma el confórmero M0003, quedando únicamente el
confórmero M0002, al cual se le hará el cálculo de optimización.

Figura 17. Confórmero más estable.

11. Hacer clic en el ícono Calculation y configurar los siguientes datos del recuadro
para la optimización de la geometría.

Figura 18. Optimización de la geometría.

Figura 19. Molécula optimizada.

12. Por último, se mide la energía de la molécula resultante, haciendo clic en
Properties.

Figura 20. Energía de la molécula.