RESUMEN

-Para estudiar las condiciones de operación de un reactor de tanque agitado continuo en la

producción de biodiesel fue necesario establecer dos casos de estudio.

o equilibrio químico
o control cinético

-análisis preliminar de los resultados de simulación, es posible la existencia de más de una

solución en estado estacionario

-análisis de multiplicidad realizado por diagramas de bifurcación

o se determinó la presencia de un estado estacionario único en ambos casos

INTRODUCCION

Biodiesel

-Es usado como reemplazo total o parcial del diésel derivado del petróleo, ofrece beneficios
ambientales como una importante reducción de emisiones de CO2 es:

combustible renovable,

biodegradable

no toxico

-Obtenido mediante una reacción química, por medio de una mezcla de triglicéridos con
alcoholes de bajo peso molecular en presencia de un catalizador.

-Proviene de cultivos alimenticios y son procesados a través de medios convencionales.

Inconvenientes en la operación de reactores

-Ecuaciones pertenecientes al modelo que representa la simulación de unidades de reacción

química es altamente no lineal por:

expresiones cinéticas

modelos termodinámicos empleados

-Se han realizado estudios analizando la conducta no lineal

- Teoría de bifurcación para estudiar multiplicidad y estabilidad

- Dinámica de un CSTR en el que se lleva a cabo una reacción exotérmica

DISEÑO DE PRIMERS PARA PCR
• Los primers de PCR son moléculas cortas de una sola hebra de ADN (20 a 24bp) no
mayores de 30
• Son manufacturados comercialmente y pueden diseñarse para complementarse con
cualquier secuencia de ADN.
• Los primers son secuencias específicas, y se ligarán a una secuencia deseada de ADN
• Mientras más largos sean los primers, mayor su especificidad y selectividad (15 → 40
bp).
• La ADN polimerasa requiere primers para iniciar la replicación.

Selectividad de los Primers

Los primers se ligan a su secuencia complementaria en el ADN target – Un primer
compuesto de sólo 3 letras, ACC, por ejemplo, tiene una alta probabilidad de encontrar
su complemento en un genoma -más de una vez- – A medida que el cebador crece en
nucleótidos, la probabilidad de que ,por ejemplo, una secuencia de 35 letras encuentre
repetidamente una sección complementaria en el ADN target -se vuelve más remota.
Caracteristicas de un buen Primer
Una temperatura de fusión (Tm) en el rango de 52 ºC a 65 ºC
• Que no tiendan a formar dímeros (evitar que sean parcialmente complementarios)
• Que no formen horquillas(>30 bp)
• Que formen estructuras secundarias, especialmente en el extremo 3´
• Baja afinidad específica en el extremo 3' ( un bajo contenido de GC content para
evitar exceso de afinidad no complementaria).

 Contenido de GC en un 40-60%
Criterios para diseñar Primers
 1. Especificidad: asegurar que la secuencia complementaria sea única;
2. Longitud: 17-28 bases. Este rango este sujeto a variación;
3. Composición de bases: el contenido promedio (G+C) en el rango 50-60%; evitar
regiones ricas en secuencias (A+T) y (G+C) ;
4. Optimizar el emparejamiento de bases: es importante que la estabilidad del extremo
5’ sea alta y la del 3’ sea baja para evitar “falsa” hibridación.

5. La Tm en el rango de 55-70 C;

6. Los Tm de los primers no deben diferenciarse más de 2 – 3 C entre sí.

7. Minimizar la posibilidad de formación de estructuras secundarias: horquillas y
dímeros deben evitarse.
Singularidad del Primer
Sólo puede haber UNA zona complementaria en el DNA donde el primer se ligue, lo
cual significa que la secuencia del oligonucleótido debe ser irrepetible Tampoco debe
haber sitios de hibridación en fuentes posibles de contaminación, tales como: humano,
rata, ratón, etc
El diseño de cebadores para PCR
Los cebadores de oligonucleótidos están disponibles en muchas fuentes comerciales y
se pueden sintetizar a pedido en pocos días. En el diseño de imprimación, hay varios
aspectos que deben considerarse. Quizás lo más obvio es la secuencia del cebador;
más específicamente, ¿de dónde proviene la información de la secuencia? Puede
derivarse de datos de secuencia de aminoácidos, en cuyo caso debe considerarse la
degeneración del código genético, como se muestra en la figura 7.3.

Al sintetizar el cebador, se pueden tomar dos enfoques. Al incorporar una mezcla de

bases en la posición de oscilación, se puede hacer una imprimación mixta, con la
secuencia "correcta" representada como una pequeña proporción de la mezcla

Alternativamente, la base inosina (que se combina igualmente bien con cualquiera de

las otras bases) puede incorporarse como la tercera base en codones degenerados.
Si la secuencia del cebador se toma de una secuencia de ADN ya determinada, puede
ser del mismo gen de un organismo diferente o puede ser de un ADN clonado que se
ha secuenciado durante el trabajo experimental anterior.

Independientemente de la fuente de la información de secuencia para los cebadores,

hay algunas consideraciones generales que deben abordarse. La longitud del cebador
es importante; debería ser lo suficientemente largo para garantizar una hibridación
estable a la secuencia objetivo a la temperatura requerida.

Aunque el cálculo de la temperatura de fusión (Tm) puede usarse para proporcionar

información sobre temperaturas de recocido, Esto a menudo se determina mejor
empíricamente. El cebador también debe ser lo suficientemente largo para garantizar
que sea una secuencia única en el genoma del que se toma el ADN objetivo. Las
longitudes de cebador de alrededor de 20-30 nucleótidos suelen ser suficientes para la
mayoría de las aplicaciones. Con respecto a la composición base y la secuencia de los
cebadores, deben evitarse las secuencias repetitivas, y también las regiones de
secuencia de base única. Obviamente, los cebadores no deben contener regiones de
complemento interno secuencia o regiones de secuencia superpuestas con otros
cebadores.
Debido a que la extensión de los productos de PCR ocurre desde los 3 extremos del
cebador, es esta región la que es crítica con respecto a la fidelidad y la estabilidad del
emparejamiento con la secuencia objetivo. Se puede acomodar cierta "holgura" del
diseño de imprimación en el extremo 5, y esto a veces se puede usar para incorporar
características de diseño como sitios de restricción en el extremo 5 del cebador.

Grafico
Diseño de imprimación.
En (a) se muestran la secuencia de aminoácidos y el número de codones por
aminoácido. Es mejor evitar aquellos aminoácidos con 6 codones (encerrados en un
círculo).
Por lo tanto, se selecciona la secuencia en recuadro. En (b) se sintetiza una sonda
mixta incluyendo la mezcla apropiada de dNTP para cada posición degenerada. Tenga
en cuenta que en este ejemplo no se incluye la posición final degenerada de la prolina,
lo que da un oligonucleótido con 20 bases (un 20-mer). Hay 128 posibles
permutaciones de secuencia en la mezcla. En (c) se usa inosina (I) para reemplazar el
degenerado cuádruple bases, dando ocho posibles secuencias.