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b) ¿Qué valor debería tener la concentración del ligando en relación con la constante de
disociación (en términos algebraicos) para saturar en un 50% a la proteína?
Determinar: los moles de ligando unidos por mol de proteína y la constante de afinidad.
4.Pruébese que para n>1, la ecuación de Hill describe una actividad enzimática de unión
con cooperatividad positiva.
S (10-5)M A B C
1 0,62 0,1 0,375
2 1,1 0,18 0,65
3,5 1,67 0,27 1
5 2,1 0,33 1,25
7,5 2,6 0,41 1,55
10 2,95 0,47 1,75
20 3,7 0,59 2,2
35 4,2 0,67 2,5
50 4,4 0,7 2,6
a. Parámetros cinéticos de A, B, C
b. ¿Qué modelo permite interpretar estos resultados?
c. ¿Cuál es la constante de Transformación?
Calcular el número de centros de fijación del NAD por mol de enzima y la constante de
asociación de cada uno de ellos.
CUESTIONARIO:
Para determinar el mecanismo de esta reacción se han medido las velocidades iniciales de
fosforilación del citidíndifosfato (CDP) por el adenosíntrifosfato (ATP) a diferentes
concentraciones de substrato. Las velocidades que aparecen en la tabla se expresan en
nanomoles de producto aparecido por litro de medio reaccionante y por minuto.
[CDP] mM [ATP] mM
4 25.5 39 47
2 24.2 36 43
1 22 31.4 36.6
[CTP] mM [ATP] mM
0.25 20 27 36 45
Determinar el número de centros de fijación del NADPH+H + por mol de enzima y la constante
de disociación de estos centros.
0 0,2625
0,23657563 0,1892605
0,41686938 0,16674775
0,55730284 0,14861409
0,70962678 0,14192536
0,88536277 0,11804837
1,10169148 0,11016915
1,48987986 0,09932532
1,89709896 0,09485495
1,69079123 0,08453956
0,2
0,1
0,05
0
0 0,5 1 1,5 2
m= K
K=0,0571uM
15°C 25°C.
Lo=KR 0.01 1
Ki=KT 0.00001 0.000001
I 0.00001M 0.00001M
n=2; km=9,61 ∗ 10−7 𝑀
𝐼 𝐾𝑅 𝐼 𝐿𝐶𝑎(1+𝐶𝑎) 𝑛−1+𝑎(1+𝑎)𝑛−1
𝑎= ;𝐶 = ;𝑦= ;𝑦=
𝐾𝑅 𝐾𝑇 (𝐾𝑚+𝐼) 𝐿(1+𝐶𝑎)𝑛+(1+𝑎)𝑛
A 15°C
𝐼
𝑎= = 1 ∗ 10 −3
𝐾𝑅
𝐾𝑅
𝐶= = 1000
𝐾𝑇
𝐼
𝑦= = 0,9123
(𝐾𝑚 + 𝐼)
2𝐿 + 1,001 ∗ 10−3
0,9123 = ; 𝐿 = 0,5536𝑀
4𝐿 + 1,002001
A 25°C
𝐼
𝑎= = 1 ∗ 10 −5
𝐾𝑅
𝐾𝑅
𝐶= = 1000000
𝐾𝑇
𝐼
𝑦= = 0,9123
(𝐾𝑚 + 𝐼)
𝐿𝐶𝑎(1 + 𝐶𝑎) 𝑛−1 + 𝑎(1 + 𝑎) 𝑛−1 𝐿 ∗ 1000000 ∗ 10−5 (1 + 1000)1 + 10−3 (1 + 10−5 ) 1
𝑦= =
𝐿(1 + 𝐶𝑎) 𝑛 + (1 + 𝑎) 𝑛 𝐿(1 + 1000) 2 + (1 + 10−5 ) 2
10010𝐿 + 1,00001 ∗ 10−3
0,9123 = ; 𝐿 = 1,00810−6 𝑀
1002001𝐿 + 1,00002
b) Cuál sería el aspecto de la curva de saturación de la enzima por el sustrato a 25°C y 15°C, en
ausencia de inhibidor y con inhibidor.
La diferencia entre las curvas a 25°C y 15°C es que la curva a 25°C es mucho más amplia que la
de 15°C
c) Se determinó la Vo de una reacción catalizada por un enzima con las siguientes concentraciones
de sustrato:
[S] Vo
mmol/L (mmol/L
min)
0,1 1,6 E -4
0,3 1,4 E -3
0,5 4 E -3
1 1,6 E -2
3 0,14
5 0,29
10 1,45
100 14,6
500 15,9
1000 16
5
Log(Vo/Vmax-Vo)
y = 1,9654x - 3,0174
0 R² = 0,9993
-2 0 2 4
-5
-10
Log S
1 1 1 1
𝑏 = 𝐿𝑜𝑔 ( ) ; 10𝑏 = ; 𝐾𝑚𝑎𝑝 = 𝑏 ; 𝐾𝑚𝑎𝑝 = 3,0174
𝐾𝑚𝑎𝑝 𝐾𝑚𝑎𝑝 10 10
𝑚 = 𝑛ℎ
𝑛ℎ = 1,96 ~ 2
ENZIMOLOGÍA
1. Se ha estudiado a 40C la fijación del NAD sobre una deshidrogenasa, midiendo por
diálisis en equilibrio, el NAD libre y el NAD fijado (la concentración de enzima era 5 µM).
Las experiencias se efectuaron en ausencia y en presencia de sustrato; a 40 C la reacción
enzimática, que es muy lenta, puede considerarse prácticamente inexistente y
solamente intervienen los equilibrios de asociación:
b) ¿Qué valor debería tener la concentración del ligando en relación con la constante de
disociación (en términos algebraicos) para saturar en un 50% a la proteína?
[Ligando] total 0.200 0.600 1.000 2.000 4.000 10.00 20.00 100.00
en el líquidode
diálisis x10 -4 M
Determinar: los moles de ligando unidos por mol de proteína y la constante de afinidad.
3. Demuéstrese que la ecuación general MWC de cuatro sitios solamente produce cooperatividad
positiva y nunc a c ooperatividad negativa.
4.P ruébese que para n>1, la ec uación de Hill describe una actividad enzimática de unión con
c ooperatividad positiva.
5.La velocidad de hidrólisis de un sustrato por una enzima alostérica se ha estudiado en presencia de
un activador a concentración saturante (experimento A), de un inhibidor a concentración saturante
(experiencia B) y en ausencia de un activador y de un inhibidor (experiencia C). las velocidades de la
reac c ión, expresadas en unidades arbitrarias son las siguientes:
S (10 - 5 )M A B C
1 0,62 0,1 0,375
2 1,1 0,18 0,65
3,5 1,67 0,27 1
5 2,1 0,33 1,25
7,5 2,6 0,41 1,55
10 2,95 0,47 1,75
20 3,7 0,59 2,2
35 4,2 0,67 2,5
50 4,4 0,7 2,6
a. P arámetros c inétic os de A, B, C
b. ¿Q ué modelo permite interpretar estos resultados?
c . ¿Cuál es la c onstante de Transformac ión?
Calcular el número de centros de fijación del NAD por mol de enzima y la constante de asociación
de cada uno de ellos.
2. Pruébese que para n>1, la ecuación de Hill describe una actividad enzimática de unión con
cooperativi dad positiva.
Para n = 2
[ S]0,9
Rs =
[ S]0,1
Rs = nh 81
Rs = 2 81
Rs = 9
E: proteasaactivante.
W: péptido liberado.
(Voet, 2006)
4. ¿Qué diferencia a una cinética alostérica homotrópica de una heterotrópica?
En la cinética heterotropica son ejercidos por la unión de un ligando sobre la unión de moléculas
de otro ligamiento de la enzimas
(Mary K.,2008)
0,1 1,6x10-4
0,3 1,4x10-3
0,5 4x10-3
1,0 1,6x10-2
3,0 0,14
5,0 0,39
10,0 1,45
100,0 14,6
500,0 15,9
1000,0 16
1/[S] 1/Vo
10,0000 6250,0000
3,3333 714,2857
2,0000 250,0000
1,0000 62,5000
0,3333 7,1429
0,2000 2,5641
0,1000 0,6897
0,0100 0,0685
Determinar el coeficiente 0,0020 0,0629 de Hill y el Km aparente.
0,0010 0,0625
1 K0n,5 1
n
vo V max* S V max
Dobles Recíprocos
7000,00
6000,00
5000,00
4000,00
1/V
3000,00
2000,00
1000,00
0,00
0,00 2,00 4,00 6,00 8,00 10,00 12,00
1/[S]
1
0,0625
v max
V max 16 mmol
L
Log[S] Log[Vo/(Vmax-
Vo)]
-1,00 -5,00
-0,52 -4,06
-0,30 -3,60
0,00 -3,00
0,48 -2,05
0,70 -1,60
1,00 -1,00
2,00 1,02
2,70 2,20
Vo
Log nLog[ S ] n log K 0,5
V max Vo
Linealización log-log
3,00
2,00 y = 1,967x - 3,0037
Log[Vo/(Vmax-Vo)]
1,00
0,00
-1,50 -1,00 -0,50 0,00 0,50 1,00 1,50 2,00 2,50 3,00
-1,00
-2,00
-3,00
-4,00
-5,00
-6,00
Log[S]
Y 1,967x 3,0037
m nH
n H 1,967 2
nH LogK0,5 3,0037
3, 0037
K 0,5 10 nH
3, 0037
K 0,5 10 2
mmol
K 0,5 31,7578
L
10. ¿Pueden existir inhibidores competitivos en el caso de un enzima alostérica que obedece al
modelo V de MWC? ¿Qué características deben presentar?
Si, debe presentar una acción sobre Vmax y mantener la constante de afinidad por el sustrato,
es decir, KR=KT.
S(10-5)M A B C
0,80
0,60
0,40
0,20
0,00
0,00 20000,00 40000,00 60000,00 80000,00 100000,00 120000,00
1/[S]
Y 1x10 5 x 0,1972
1
X 0 Y
V max
1
0,1972
V max
M
V max 5,071
min
Km
m
V max
m * V max Km
Km 5,071x10 5 M
Dobles Recíprocos [B]
12,00
8,00
1/V
6,00
4,00
2,00
0,00
0,00 20000,00 40000,00 60000,00 80000,00 100000,00 120000,00
1/[S]
Y 9 x10 5 x 1,2513
1
X 0 Y
V max
1
01,2513
V max
M
V max 7,9917
min
Km
m
V max
m * V max Km
Km 7,1925x10 5 M
Dobles Recíprocos [C]
3,00
y = 2E-05x + 0,3372
2,50
2,00
1/V
1,50
1,00
0,50
0,00
0,00 20000,00 40000,00 60000,00 80000,00 100000,00 120000,00
1/[S]
Y 2 x10 5 x 0,3372
1
X 0 Y
V max
1
0,3372
V max
M
V max 2,9656
min
Km
m
V max
m * V max Km
Km 5,9312x10 5 M
5
4,5
4
3,5
3
2,5 Con activador
V
2 Con Inhibidor
1,5 Normal
1
0,5
0
0 0,0001 0,0002 0,0003 0,0004 0,0005 0,0006
S
Según el tipo de grafico obtenido al evaluar V vs, S, y además según los valores obtenidos en las
distintas linealización para cada experiencia, se puede deducir que el modelo que permite
interpretar estos resultados es un modelo Tipo V, donde la velocidad máxima varia en cada
experiencia pero el Km se mantiene constante.
𝑉𝑚𝑎𝑥 = 𝐾𝑅 𝑅 + 𝐾𝑇 𝑇
𝑅 = 157,59𝑥103 𝑀
𝑇 = 111,11𝑥103 𝑀
𝑇
𝐿=
𝑅
𝐿 = 0,71
20 3,7
15 3,5
10 3,3
8 3,05
6 2,7
5 2,5
4 2,15
3 1,8
2 1,3
Calcular el número de centros de fijación del NAD por mol de enzima y la constante de
asociación de cada uno de ellos.
0,226993865 3,7
0,304347826 3,5
0,492537313 3,3
0,616161616 3,05
0,818181818 2,7
1 2,5
1,162162162 2,15
1,5 1,8
1,857142857 1,3
2
1,8
1,6
1,4 y = -0,6778x + 2,6939
Fijado/Libre
1,2
1
0,8
m=-k
0,6
0,4
0,2
0
1 1,5 2 2,5 3 3,5 4
Fijado
𝑦 = −0,6778𝑥 + 2,6939
𝑑𝑜𝑛𝑑𝑒 𝑚 = −𝑘
−0,6778 = −𝑘
𝑘 = 0,6778 𝜇𝑀.