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Aminoácidos y Proteínas PDF
Aminoácidos y Proteínas PDF
Carbono
GRUPO GRUPO
-AMINO CARBOXILO
CADENA
LATERAL
https://qph.ec.quoracdn.net/main-qimg-9586d3bdd2382e95e40dfb29e78b5bd9
D-alanina
https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/a/ac/Alpha-
Amino_Acids_V.1.png/320px-Alpha-Amino_Acids_V.1.png
Enlaces peptídicos
enlaces peptídicos
C-terminal
N-terminal
AMINOÁCIDOS
CONFIGURACIÓN RELATIVA
L-alanina D-alanina
https://www.boundless.com/biology/textbooks/boundless-biology-textbook/the-chemical-foundation-of-life-
2/carbon-52/organic-enantiomers-291-11424/
Estructura general de las penicilinas
Ampicilina
Asimetría de los lípidos de membrana
Una de la propiedades de los lípidos de membrana es que presentan
una fuerte asimetría. Existen dos tipos de asimetría: una en la
proporción de fosfolípidos entre una capa y otra de la bicapa lipídica y
otra entre diferentes regiones de la membrana.
Esta asimetría responde a una funcionalidad y a la biosíntesis de
cada tipo de lípido.
Asimetría entre monocapas
La asimetría entre capas puede ser absoluta, cómo en el caso de los
glicolípidos, que siempre se sitúan en la monocapa no citosólica, o no
absoluta, como es el caso de los fosfolípidos. La mayoría de los
fosfolípidos cargados negativamente se sitúan en la cara interior
(fosfatidilserina y fosfatidiletanolamina) mientras que los fosfolípidos
cargados positivamente como la fosfatidilcolina y la esfingomielina se
encuentran en la cara exterior. Este desajuste es una de las causas del
potencial de membrana que se observa en las membranas celulares.4
La asimetría de las membranas
también contribuye a la señalización
celular. Cada fosfolípido tiene su tarea
y su posición es adecuada para realizar
la función que le caracteriza. La
asimetría se produce en varias etapas:
el retículo endoplasmático liso origina
los lípidos de las membranas
asimétricas. Los hidratos de
carbono sintetizados siempre acaban
en la cara citosólica del retículo,
aunque se formen en la cara luminal.
Luego, cuando se añaden los grupos
fosfato, los fosfolípidos, gracias a la
acción de flipasas, van a la cara luminal
o se quedan en la citosólica. Los lípidos
que acaban en la cara citosólica de las
vesículas se quedan en la monocapa
citosólica, de preferencia, mientras que
los de la cara luminal se quedan en la El cruce de la membrana por parte de
monocapa extracelular. Sin embargo, las moléculas depende de su tamaño
gracias a las flipasas, estas y de sus características eléctricas
localizaciones son dinámicas y pueden (Modificado de Alberts et al., 2002).
ir cambiando
Asimetría por microdominios
La otra asimetría que se puede vislumbrar en las membranas es la
diferencia de componentes por regiones de membrana. En efecto, la
membrana plasmática contiene microdominios enriquecidos en algún
lípido como pueden ser esfingolípidos o colesterol. Algunos lípidos se
concentran pues en algunas zonas. Esta aglomeración se debe al gran
tamaño de algunos esfingolípidos, que mantienen una fuerte interacción
entre ellos, lo que crea unas zonas más gruesas que otras en la
membrana plasmática.
Estos conglomerados, llamados “lipid rafts”, son de gran ayuda para la
transducción de señales por parte de proteínas receptoras.
Los lípidos de membrana confieren pues a la membrana plasmática un
alto dinamismo, mediante su movilidad, su fluidez y su asimetría
FENILGLICINA
https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/3
5/D-Phenylglycine.svg/180px-D-Phenylglycine.svg.png
D-Fenilglicina L-Fenilglicina
(R)-Fenilglicina (S)-Fenilglicina
(-)-Fenilglicina (+)-Fenilglicina
L-CISTEÌNA
R)-Cisteìna (S)-Cisteìna
https://en.wikipedia.org/wiki/Cysteine#/media/File:B
etain-Cystein.png
PROPIEDADES DE LOS
AMINOÁCIDOS: ÁCIDO-BASE
Los aminoácidos presentan distintos estados de ionización
dependiendo del pH:
PROPIEDADES DE LOS
AMINOÁCIDOS: ÁCIDO-BASE
Cuando el pH es ácido, en el medio abundan los protones y
todos los grupos funcionales están “saturados” de H+: la
carga del aminoácido (sin tener en cuenta el radical) es (+)
PROPIEDADES DE LOS
AMINOÁCIDOS: ÁCIDO-BASE
A medida que el pH se va neutralizando, la [H+] va disminuyendo
y el/los grupos ácidos van perdiendo primero los protones,
conservándolos el grupo amino (básico). El aminoácido
adquiere el estado de ion dipolar, con dos extremos con cargas
opuestas.
PROPIEDADES DE LOS
AMINOÁCIDOS: ÁCIDO-BASE
Cuando la [H+] se hace mínima, el medio adquiere carácter básico.
En este punto, el grupo amino pierde un H y el aminoácido
adquiere carga (-)
PROPIEDADES DE LOS
AMINOÁCIDOS: ÁCIDO-BASE
Los aminoácidos tienen una
serie de propiedades físico-
químicas derivadas de su
carácter de molécula
cargada:
• Solubilidad alta en
disolventes polares.
• Puntos de fusión elevados
(>200ºC), ya que las
atracciones iónicas fuertes
hacen que tiendan a
cristalizar.
PROPIEDADES DE LOS AMINOÁCIDOS:
ÁCIDO-BASE
Ecuación de Henderson-Hasselbalch
En la disociación del ácido acético:
Si tomamos logaritmos:
Y cambiando de signos:
O lo que es lo mismo:
Y reordenando:
Ecuación de Henderson-Hasselbalch
Elpunto
El puntoisoeléctrico
isoeléctrico
de
seun aminoácido
calcula como laes
el pH en el cual el
semisuma de los pK1
aminoácido no tiene
y pK2neta
carga que originan
(es un
una especie
estado de ioniónica
dipolar
sicon
el resultado
carga netaes0 que
(el
no hay carga neta) y
pKa y pKb, en
no migra en un campo
aminoácidos cuyo
eléctrico
grupo radical no
tiene carga)
alanina
Equivalentes de HO:-
Algunos aminoácidos tienen hidrógenos ionizables en sus
cadenas laterales
histidina
El punto isoeléctrico (pI) de un aminoácido es el pH en el cual
el aminoácido no tiene carga
alanina
El pI de un aminoácido que tenga una cadena lateral ionizable
es el promedio de los valores de pKa de los grupos ionizantes
que sean similares
► ►
► Aminoácidos ►
esenciales ►
►
LA CADENA LATERAL ES H O UN GRUPO ALQUILO (NO POLAR)
Grupo funcional
Nombre Símbolo Abreviación Estructura En la cadena lateral
pI
glicina ninguno
grupo alquilo
valina*
estructura rígida
prolina cíclica
*aminoácido esencial
AMINOÁCIDOS CON UN GRUPO OH
*aminoácido esencial
AMINOÁCIDOS CON UN ÁTOMO DE S
cisteína tiol
metionina* sulfuro
*aminoácido esencial
AMINOÁCIDOS CON UN ÁTOMO DE N NO BÁSICO
Nombre Símbolo Abreviación Estructura Grupo funcional pI
en la cadena lateral
asparagina amida
glutamina amida
indol
triptofano*
*aminoácido esencial
AMINOÁCIDOS CON UN GRUPO CARBOXILO
*aminoácido esencial
AMINOÁCIDOS CON UN ÁTOMO DE N BÁSICO
*aminoácido esencial
PROPIEDADES DE LOS AMINOÁCIDOS:
ÁCIDO-BASE
Estructura sin carga Ion dipolar (ó zwitterion)
(componente minoritario) (componente principal)
Punto
isoeléctrico
pI = 6
Ion dipolar, cerca
del punto isoeléctrico
Asp 2-
¿Qué carga tiene el aminoácido por
debajo y por encima del pI?
2.975
pH
+ -
Ácido aspártico
Equivalentes de HO:-
Arginina
Equivalentes de HO:-
Cálculo del pI en aminoácidos dibásicos: ejemplo Lisina
Lys-
¿Qué carga tiene el aminoácido por debajo
y por encima del pI?
9.74
pH
+ -
Una mezcla de aminoácidos se puede separar por medio de la
electroforesis con base en sus valores de pI
cátodo ánodo
Buffer
Buffer
Cátodo (-)
Ánodo
(+)
milivolts miliamperes
Especies predominantes a pH 6
Disolución
Disolución con Buffer
con Buffer
Los aminoácidos
presentan una
absorbancia de
radiación máxima
a 280 nm.
La absorción es
proporcional a la
concentración.
AMINOÁCIDOS PROTEICOS
NO FRECUENTES
En
Enellacolágeno
elastina
En proteínas musculares
AMINOÁCIDOS NO PROTEICOS
Sonun
Es intermediarios
precursor delen
neurotransmisor
ácido
elcentral
metabolismo
ciclo
pantoténico
de
inhibidor,
la urea,
de
(vitamina
el
en
losmás
laaminoácidos
síntesis
abundante
B5) quedeinterviene
Argininina
del cerebro,
como
componente
estando presente
del coenzima
entre el 25-40%
A y de otras
de lasmoléculas
sinapsis cerebrales.
importantes.
Juega un papel muy importante en el funcionamiento del metabolismo
celular y del sistema nervioso e inmunitario
DERIVADOS DE AMINOÁCIDOS
Dela
De laSerina:
Histidina:
Histamina: Vasodilatador;
Esfingosina: da lugar a losneurotransmisor cerebral
vinculado a las emociones
esfingolípidos
De la Glicina
De la Arginina
• Creatinina: almacenamiento de fosfatos
Son factores de
energéticos.
crecimiento de muchos
• Ácido glicocólico
microorganismos y y taurocólico: SALES
BILIARES
estabilizan las (Emulsión de las grasas)
estructuras de
ribosomas, virus y ADN
en muchos organismos
DERIVADOS DE AMINOÁCIDOS
De la Tirosina:
Adrenalina: (levógira):
LevoDOPA
Dopamina
Noradrenalina
Es el principal
un neurotransmisor
(norepinefrina)
(epinefrina) : :
cerebral
medicamento
Es una relacionado
en de
un neurotransmisor
hormona el lacon
della
tratamiento
enfermedad del
de Parkinson,
sistema suprarrenal
corteza nervioso Parkinson
simpático,
una
(en la
enfermedad
que
relacionado con
preparatoria se antelas la que
destruyen
en las
se
neuronas
produce
respuestas
situaciones dopaminérgicas)
auna
desituaciones
estrés e
ydegeneración
la esquizofrenia.
de alerta, de
inductora de laLa del
aceleración
las mismas
sustancia
presencia de
ritmo cardíaco,
respuestas negra
quedopamina
lacerebral,
es
que
esencial
produce
paradopamina,
broncodilatación
noradenalina. quey los
subiday
que
movimientos
de lase encarga
tensión se del
realicen
control
arterial. de
y del control
forma efectivay coordinación
y armónica,
del ahí
de movimiento,
los síntomasdel tono
del
muscular y de la postura.
Parkinson.
Se la
En usaesquizofrenia,
en lugar de la una
dopamina,
de las posibles
al sercausas
un es
precursor
un excesode deaquella,
actividad que
puede atravesarenlaelbarrera
dopaminérgica
cerebro.
hematoencefálica.
DERIVADOS DE AMINOÁCIDOS
De la Tirosina:
Alucinógenos o drogas psicodélicas derivadas de la
mescalina morfina y heroína
Opiáceos:
Anfetamina
La
• Lamescalina
Es una
morfina
drogaeses unalcaloide
alcaloide
sintética
un natural
que actúa extraído
(sustancia
como del cactus
estimulante
nitrogenada del peyote
alcalina
sistema
derivada ydecomo
nervioso aminoácidos)
anoréxicoaislada
y que se
desintetizó
la adormidera
buscando
(Papaver
un
somniferum)
sustituto ¡del en
antiasmático
1805 y usada
natural
comoefedrina!
analgésico y anestésico y
como droga inhibidora del sistema nervioso central, con un
gran carácter adictivo.
• La heroína es el derivado sintético obtenido por primera vez
por Bayer, en 1898, mediante la acetilación de la morfina,
para ser usado ¡como antitusígeno no adictivo!
DERIVADOS DE AMINOÁCIDOS
Del Triptófano:
Vasoconstrictor
Molécula
Hormonasencargada y neurotransmisor
implicadasde en vinculado
la pigmentación
el crecimiento a la
y yderitmo
la
Hormona de crecimiento
percepción sensorial vegetal
regulación
metabólico
de los ciclos circadianos (día-noche)
Síntesis de Aminoácidos
POR SUSTITUCION CON AMONIACO DE UN α–BROMOÉSTER
60 a 70 %
ALDEHÍDO IMINA
IMINA
-AMINONITRILO
SINTESIS DE LA (D,L)-ALANINA
52 a 60 %
ACETALDEHÍDO (D,L)-ALANINA
-AMINOPROPIONITRILO
(60 %)
H
H
H H
ÁCIDO α-AMINOISOBUTÍRICO
30–33 %
. H. T. Clarke and H. J. Bean, Org. Synth. 1931, 11, 4
Solvent-Free Synthesis of Racemic α-Aminonitriles
A. Baeza, C. Nájera, J. M. Sansano, Synthesis, 2007, 1230-1234.
1)
3)
2)
4)
5)
MECANISMO DE REACCIÓN (REACCIÓN
MULTICOMPONENTE) Y DE LA HIDRÓLISIS
DEL NITRILO
Entrada: Apellidos
1 AaC
2 DaF
3 GaL
4 MaR
5 SaZ
Formación de la cianohidrina
Formación de la imina
1) 3)
4)
2)
5)
IBX y PERYODANO DE DESS-MARTIN (DMP)
Entrada: Apellidos
1 AaC
2 DaF
3 GaL
4 MaR
5 SaZ
Síntesis de α-aminoácidos
Reacción de Petasis
La reacción es una reacción MCR y posibilita la preparación de aminas y
sus derivados como los α-aminoácidos
RESUMÉN
Diferentes aldehídos y aminas se hacen reaccionar con cianuros de acilo en
presencia de cantidades catalíticas de la tiourea de Schreiner para dar lugar a
los correspondientes N-acilamino nitrilos con rendimientos altos. Se pueden
utilizar aldehídos o cetonas con sustituyentes aromáticos
LA SÍNTESIS DE GABRIEL-ÉSTER MALÓNICO
Grupo éster temporal
calor
DOS IMINAS
EN
EQUILIBRIO
AMINOTRANSFERASA
PIRUVATO
ALANINA
ATP
ASPARTATO
ASPARAGINA
AMINOTRANSFERASA
SINTETASA
-CETOÁCIDO GLUTAMINA
AMP + PPi
AMINOÁCIDO
GLUTAMATO
OXALOACETATO ASPARAGINA
AMINOÁCIDO
-CETOÁCIDO
AMINO-
TRANSFERASA
-CETOGLUTARATO
GLUTAMATO
-CETOÁCIDO
AMINO-
TRANSFERASA GLUTAMINA
AMINOÁCIDO SINTETASA
GLUTAMINA INTERMEDIARIO
FOSFATO DE g-GLUTAMILO
3-FOSFOGLICERATO
3-FOSFOGLICERATO DESHIDROGENASA
3-FOSFOGLICERATO 3-FOSFOHIDROXIPIRUVATO
DESHIDROGENASA
3-FOSFOGLICERATO 3-FOSFOHIDROXIPIRUVATO
GLUTAMATO
GLUTAMATO
AMINOTRANSFERASA
AMINOTRANSFERASA
-CETO-
-CETO-
GLUTARATO
GLUTARATO
FOSFOSERINA
FOSFATASA
FOSFOSERINA
3-FOSFOSERINA
SERINA FOSFATASA
3-FOSFOSERINA
SERINA
La reacción de Ugi es una reacción multicomponente en química orgánica que
implica una cetona o aldehído, una amina, un isocianuro y un ácido carboxílico
para formar una bis-amida. La reacción se llama así por Ivar Karl Ugi, quien
primero informó esta reacción en 1959
Florence Bonnaterre, Michèle Bois-Choussy, and Jieping Zhu, Org. Lett.; 2006; 8(19) 4351–4354
Reacción Ugi–Buchwald–Hartwig
D-aminoácido D no reacciona
piridina
Calor
O
H
O O H2N C C OH O H O H
H H
O R N C C O
O
R
O O
H O O H
O
+ H O H
OH
H
O + N CH + O C O
H R
O
H H
O O O O O HO
H H
N + O N N
H O
O O O H O O O
PÚRPURA DE RUHEMANN
+ H O H
ENLACE PEPTÍDICO
FORMACIÓN DE PEPTIDOS
Enlace peptídico
Amida plana
ENLACE PEPTÍDICO
Enlace
UNIÓN AMIDA peptídico
O O O R H
H 3N C H 3N C H 3N C O
O + O N C
H R H R H R H O
DEFINICIONES IMPORTANTES
PÉPTIDO
polímero formado por aminoácidos unidos entre sí a
través de sus grupos amino y carboxilo, por enlaces
peptídicos
RESIDUO
cada unidad de aminoácido que forma parte del
péptido
POLIPÉPTIDO
péptido con un peso molecular menor a 5000
unidades
PROTEÍNA
péptido con un peso molecular entre 6000 a
40 000 000 unidades
Síntesis peptídica
Pentapeptido:
Gln-Tyr-Asn-Ala-Asp
GLUTAMINA-TIROSINA-ASPARAGINA-ALANINA-ÁCIDO ASPÁRTICO
Pentapeptido:
Gln-Tyr-Asn-Ala-Asp
O O O O O
H H H H H
H2N C C OH H2N C C OH H2N C C OH H2N C C OH H2N C C OH
CH2 CH2 CH2 CH3 CH2
CH2 C O C O
C O Ala
NH2 OH
NH2 Alanina Asp
Asn
Gln OH Asparagina Ácido aspártico
Glutamina Tyr
Tirosina
NH2-GLUTAMINA-TIROSINA-ASPARAGINA-ALANINA-ÁCIDO ASPÁRTICO-CO2H
PROTECCIÓN DEL GRUPO AMINO:
O
CH2 O C Cl
O
BnO C Cl
BoC-Ala
CLORURO DE FLUORENILMETILOXICARBONILO
SISTEMA AROMÁTICO
Grupo Carboxibencilo
El grupo Carboxibencilo o Cbz o Z es un grupo protector de aminas en
síntesis orgánica. Es de uso común en síntesis de peptidos y se forma con
facilidad ciuando se hace reaccionar una amina con cloroformato de bencilo y
una base debil
PROTECCIÓN DEL GRUPO CARBOXILO:
R O
R O Ts OH
OH HN C C O
HN C C OH + H
H calor H
H
ALCOHOL BENCÍLICO ÉSTER BENCÍLICO
O O
H2N CHC OH H2N CHC O
Ts OH
CH2 OH
+ CH2
C O calor C O
OH O
Asp
Ácido aspártico
BnO-Asp
GLUTAMINA-TIROSINA-ASPARAGINA-ALANINA-ÁCIDO ASPÁRTICO
REACCIÓN DE MITSUNOBU
Reacción lateral
Simplification of the Mitsunobu Reaction. Di-p-chlorobenzyl
Azodicarboxylate: A New Azodicarboxylate
B. H. Lipshutz, D. W. Chung, B. Rich, R. Corral, Org. Lett., 2006, 8,
5069-5072
1)
2)
3)
4)
Entrada: Apellidos
1 AaF
2 GaL
3 MaR
4 SaZ
Fluorous Mitsunobu reagents and reactions
S. Dandapani, D. P. Curran, Tetrahedron, 2002, 58, 3855-3864.
2)
3)
4)
Oxidante en cantidades
estequimétricas
Entrada: Apellidos
1 AaF
2 GaL
3 MaR
4 SaZ
GRUPOS ACTIVANTES PARA EL ACOPLAMIENTO
DCC
DCC = Diciclohexilcarbodiimida
ACOPLAMIENTO CON DCC
ACTIVADO
ACOPLAMIENTO
amida
DCU
REACCIÓN DE ACOPLAMIENTO
DICICLOHEXILCARBO-
DIIMIDA
Pentapeptido: REACCIÓN DE ACOPLAMIENTO
Gln-Tyr-Asn-Ala-Asp
GLUTAMINA-TIROSINA-ASPARAGINA-ALANINA-ÁCIDO ASPÁRTICO
REACCIÓN DE DESPROTECCIÓN
REACCIÓN DE DESPROTECCIÓN
Pentapeptido:
Gln-Tyr-Asn-Ala-Asp
O O
CH3 O O O O H H
H H H H2N C C N CHC O
H3C C O C N C C N CHC O F3C C OH
CH3 CH2
CH3 CH3 CH2
0 a 25 oC C O
C O
O
O
H CH3
+ C C + O C O
H CH3
GLUTAMINA-TIROSINA-ASPARAGINA-ALANINA-ÁCIDO ASPÁRTICO
REACCIÓN DE DESPROTECCIÓN GRUPO CARBOXILO
Pentapeptido: REACCIÓN DE DESPROTECCIÓN
Gln-Tyr-Asn-Ala-Asp
Ala-Asp
GLUTAMINA-TIROSINA-ASPARAGINA-ALANINA-ÁCIDO ASPÁRTICO
UNIÓN CON EL AMINOÁCIDO QUE APORTA EL C-TERMINAL
grupo grupo
protector protector
RUPTURA DEL PÉPTIDO YA FORMADO
péptido péptido
One-Pot Synthesis of Ureido Peptides and Urea-Tethered Glycosylated
Amino Acids Employing Deoxo-Fluor and TMSN3
2) 4)
Entrada: Apellidos
1 AaF
2 GaL
3 MaR
4 SaZ
AMYD:
ARTÍCULO
A New Oxyma Derivative for Nonracemizable Amide-Forming
Reactions in Water
EDCI = 1-Ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl)carbodiimide
https://en.wikipedia.org/wiki/1-Ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl)carbodiimide#/media/File:EDC_Structure.png
Reacción de Ugi
La reacción de Ugi es una reacción multicomponente en química orgánica que implica una cetona o
aldehído, una amina, un isocianuro y un ácido carboxílico para formar una bis-amida. La reacción lleva el
nombre de Ivar Karl Ugi, quien primero informó esta reacción en 1959.
https://en.wikipedia.org/wiki/Ugi_reaction#/media/File:UGI_Reaction_%C3%9C_V.2.svg
Reacción Ugi–Diels–Alder
https://en.wikipedia.org/wiki/Ugi_reaction#/media/File:Ugi_Diels_Alder_reaction.png
Reacción Ugi–Smiles
https://en.wikipedia.org/wiki/Ugi_reaction#/media/File:Ugi-Smiles-reaction.png
ENLACE PEPTÍDICO
HIDRÓLISIS DE PEPTIDOS
REACCIONES DE IDENTIFICACIÓN
ESTRUCTURA PRIMARIA
N terminal C terminal
BRADIQUININA
HORMONA HUMANA QUE CONTROLA LA PRESIÓN SANGUÍNEA
EXTREMO EXTREMO
IZQUIERDA DERECHA
N terminal C terminal
NOMENCLATURA DE LOS PÉPTIDOS
se nombran comenzando por el extremo N-terminal y
terminando en el grupo CO2H terminal, y a los nombres
de los residuos de los aminoácidos implicados en las
uniones amida (con excepción del último se les añade
el sufijo –il de los grupos acilo
OH
EXTREMO O EXTREMO
H2C H
H3N C O
IZQUIERDA N C DERECHA
H Me
H O
ALANINA SERINA
ALANIL SERINA
Ala-Ser
BRADIQUININA
EXTREMO EXTREMO
IZQUIERDA DERECHA
N terminal C terminal
ARGINIL-PROLIL-PROLIL-GLICIL-FENILALANIL-SERIL-PROLIL-FENILALANIL-ARGININA
FORMACIÓN DE UN PUENTE DISULFURO
[O]
R S S R R S S R
+
H H [H]
2 MOLÉCULAS DE TIOL DISULFURO
PUENTES DISULFURO
DOS RESIDUOS DE CISTEÍNA
Cadena
peptídica
oxidación
reducción
Cadena
peptídica
EL PUENTE DISULFURO
PERMITE QUE SE FORME UN
ANILLO CON 6 RESIDUOS
N terminal C terminal
(forma amida)
puente disulfuro de la cistina
Cadena B
C terminal
N terminal
Oxidación de la Cisteina a Ácido cisteíco
ácido cisteíco
ácido cisteíco
REACCIÓN DE LA CISTEÍNA CON ÁCIDO -YODOACÉTICO
H O O O H O
H
N C C O H N C C O
+
H CH2 H I H CH2 O
S
H S O
H
I H H H
H O
N C C O + H I
H CH2 O
TIOÉTER S
O
H H H
Determinación de la Composición de Aminoácidos
Solución
buffer
hidrolizado
desechos registrador
COMPOSICIÓN DE LA BRADIQUININA HUMANA
Estándar
Bradiquinina
absorción
tiempo
En general el análisis de aminoácidos requiere de
alrededor de 150 picomoles (4 a 5 g de muestra)
para una proteína que contenga alrededor de 200
residuos
DEGRADACIÓN DE EDMAN
RECONOCE EL GRUPO AMINO TERMINAL
peptido peptido
peptido peptido
Feniltiohidantoína de la tirosina
Dos pasos
N-feniltiohidantoína
FENILISOTIOCIANATO
5-sustituída
Intercambio
de protón
Cadena de péptido
más corta
N-feniltiohidantoína
5-sustituída
Intermediario tiazolidinona
El método de Sanger
péptido
Péptido
2,4-dinitrofluorobenceno
(reactivo de Sanger)
derivado
aminoácidos
2,4-dinitrofenil derivado
Hidrólisis
parcial
11 2 3 4
3 1 2 4
PROBLEMA TÍPICO
El análisis de los aminoácidos del péptido Angiotensina II
muestra la presencia de ocho aminoácidos diferentes en
cantidades equimolares:
Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe
PROBLEMA
Cys-Tyr-Ile-Gln-Asn
Ile-Gln-Asn-Cys
GIn-Asn-Cys-Pro
Cys-Pro-Leu-Gly
Pro-Leu-Gly.NH2
Ile-Gln-Asn-Cys
Cys-Tyr-Ile-Gln-Asn
GIn-Asn-Cys-Pro
Cys-Pro-Leu-Gly
Pro-Leu-Gly.NH2
Ile-Gln-Asn-Cys-Tyr-Ile-Gln-Asn-Cys-Pro-Leu-Gly.NH2
Cys-Tyr-Ile-Gln-Asn
Ile-Gln-Asn-Cys
GIn-Asn-Cys-Pro
Cys-Pro-Leu-Gly
Pro-Leu-Gly.NH2
Cys-Tyr-Ile-Gln-Asn-Cys-Pro-Leu-Gly.NH2
Ile Gln
Tyr Asn
Cys S S Cys Pro Leu Gly.NH 2
Ile Gln
Tyr Asn
Cys S S Cys Pro Leu Gly.NH2
H H
HIDRÓLISIS PARCIAL DE UN PÉPTIDO
HIDRÓLISIS ENZIMÁTICA
TRIPSINA:
solo cataliza la hidrólisis de péptidos por el lado del
carboxilo de los siguientes aminoácidos básicos
H O H O
H N C C O H H N C C O H
H CH2 H CH2
CH2 CH2 NH
CH2 CH2 N C NH2
CH2 NH2 H
LISINA ARGININA
HIDRÓLISIS PARCIAL DE UN PÉPTIDO
HIDRÓLISIS ENZIMÁTICA
QUIMOTRIPSINA:
solo cataliza la hidrólisis de péptidos por el lado del carboxilo de
los siguientes aminoácidos con sustituyentes arilo
H O H O H O
H N C C O H H N C C O H H N C C O H
H CH2 H CH2 H CH2
FENILALANINA H
OH
TIROSINA TRIPTOFANO
PROBLEMA TÍPICO
¿Qué fragmentos se obtendrían si se rompiera la Angiotensina II
con tripsina en un caso y con quimotripsina en otro?
Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe
Con tripsina:
Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe
Asp-Arg Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe
Con quimotripsina:
Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe
Val Phe Leu Met Tyr Pro Gly Trp Cys Glu Asp Ile Lys Ser Arg His
Val Phe Leu Met Tyr Pro Gly Trp Cys Glu Asp Ile Lys Ser Arg His
HIDRÓLISIS PARCIAL DE UN PÉPTIDO
HIDRÓLISIS ENZIMÁTICA
CARBOXIPEPTIDASA:
solo cataliza la hidrólisis del residuo C-terminal de un
péptido
R H
H O
N C
H O R H H O
PÉPTIDO N CARBOXIPEPTIDASA
C O
N C +
H R H H 2O
O
H O
PÉPTIDO N C
OH
H R
PROTEÍNAS
– Estructura primaria
– Estructura secundaria
– Estructura terciaria
– Estructura cuaternaria
ESTRUCTURAS DE UNA PROTEÍNA
Estructura secundaria
Plegamiento local
estructura secundaria
estructura primaria
Estructura primaria:
Secuencia de aminoácidos
Estructura
cuaternaria
Organización
multimérica de
varias cadenas
Estructura terciaria
Plegamiento global estructura cuaternaria
estructura terciaria
- Estructura primaria
• Secuencia de aminoácidos
– Estructura secundaria
• Plegamiento local
– Estructura terciaria
• Plegamiento global
– Estructura cuaternaria
• Organización multimérica de varias
cadenas
Estructura
aminoácidos
primaria
de la proteína
Estructura
secundaria lámina b
de la proteína
hélice
Estructura
lámina b
terciaria de la
proteína hélice
Estructura
cuaternaria de la + =
proteína
+
Nombre Código Código Abundancia MW pK VdW volumen Cargado,
3
de tres de una relativa (Å ) Polar,
letras letra (%) E.C. Hidrofóbico,
Neutro
Hélice-:
hélice que gira en el sentido de las manecillas de un reloj
(giro a la derecha).
Hay 3.6 aminoácidos en una vuelta completa con un
puente de hidrógeno en cada cuarto aminoácidos
C = gris
N = azul
O = rojo
R = verde
ARREGLO DE -HÉLICE
Cintas de -hélice
-HÉLICE
Cadenas paralelas:
cadenas que van de
grupo amino a Cadenas antiparalelas. cadenas
carboxilo que van de un amino a carboxilo
y otra de carboxilo a amino.
Estructura secundaria
Estructura
cuaternaria Estructura terciaria
-hélice
b-hoja
Estructura primaria
ESTRUCTURAS TERCIARIAS
enlace ionico
Estructura terciaria
Fuerzas
polares
Puente S-S
Tipos de grupos R
agua
agua Básico Hidrofílico (polar)
Ácido Hidrofóbico (no polar)
Con S
Interacciones de Van der Waals
(fuerzas de dispersión) actúan
entre ramificaciones hidrofóbicas
Puente de
hidrógeno Estructura primaria
Puente disulfuro
(enlace covalente)
Enlace ionico
Estructura primaria: Estructura secundaria:
Es la secuencia de Regiones locales del
aminoácidos unidos polipéptido que se
entre sí por enlaces pueden doblar en una Estructura terciaria:
peptídicos y que forman -hélice (una forma de la Regiones de una estructura
un polipéptido estructura secundaria) secundaria asociadas una
con la otra de una manera
específica para formar la Estructura
estructura terciaria, la cual cuaternaria:
describe el plegado final del Para proteína
polipéptido multiméricas, la
estructura cuaternaria
describe la asociación
de dos o más
polipétidos y como
ellos interactúan para
formar la proteína
funcional final
Estructura Proceso
Primaria Ensamblado
Secundaria Plegado
Terciaria Empaquetamiento
Cuaternaria Interacción
ESTRUCTURA CUATERNARIA
Combinación de cadenas múltiples de aminoácidos, a lo largo de
sus hélices , sus hojas b, los puentes de hidrógeno los enlaces
ionicos, los puentes disulfuro y las interacciones
hidrofóbicas / hidrofílicas.
ESTRUCTURAS DE
LAS PROTEÍNAS
http://www.youtube.com/watch?v=qBRFIMcxZNM
SÍNTESIS DE LAS
PROTEÍNAS
https://www.youtube.com/watch?v=gG7uCskUOrA