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TEMA 3.- NIVEL MOLECULAR: BIOMOLCULAS.

1.-COMPOSICIN MOLECULAR DE LA MATERIA VIVA.
Los compuestos qumicos de la materia viva reciben el nombre de biomolculas.
Antiguamente se les llamaba tambin principios inmediatos, pero esta denominacin ha
cado en desuso. Las biomolculas se clasifican en orgnicas e inorgnicas segn sean o
no compuestos del carbono. En el siguiente cuadro se muestran los distintos tipos de
biomolculas.

AGUA
INORGNICAS

GASES
SALES MINERALES

BIOMOLCULAS
AZCARES
ORGNICAS

LPIDOS
PROTENAS
CIDOS NUCLEICOS

En la tabla 3.1 aparece la composicin molecular de Escherichia coli, bacteria

comn de la flora intestinal humana, con las cantidades relativas de los distintos tipos de
biomolculas. Se puede constatar que el agua es la biomolcula ms abundante (70%), le
siguen las protenas, que constituyen un 50% del peso seco de la clula, y a continuacin
los cidos nucleicos seguidos de los azcares y los lpidos.
% del peso
N1 aprox. de espeBiomolcula
celular total
cies moleculares
_________________________________________________________________________
AGUA
70
1
PROTENAS
15
3000
CIDOS NUCLEICOS
DNA
1
1
RNA
6
> 3000
POLISACRIDOS
3
5
LPIDOS
2
20
SILLARES ESTRUCTURALES
E INTERMEDIARIOS
2
500
IONES INORGNICOS
1
20
Tabla 3.1.

En realidad, si dejamos de considerar las partes relativamente inertes de los

organismos vivos (exoesqueleto, porcin mineral del hueso, depsitos de sustancias de

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reserva, etc.), todas las clulas vivas contienen aproximadamente las mismas proporciones
de los principales tipos de biomolculas que se muestran en la tabla 3.1. Podemos concluir
que la composicin molecular de la materia viva es universal, y este hecho debe hacernos
pensar una vez ms en un origen comn de todas las formas de vida. Adems, los
principales tipos de biomolculas desempean idnticas funciones en todos los seres vivos.
As, los cidos nucleicos actan universalmente almacenando y transmitiendo la
informacin gentica; las protenas son en todas las clulas los productos directos y
efectores de la accin de los genes, desempeando en ellas una gran variedad de funciones
entre las que destacan la catalticas y las estructurales; los azcares y los lpidos
suministran y almacenan energa qumica para los procesos celulares, o bien actan como
elementos estructurales, en todas las formas de vida. Se puede decir, con ciertas
precauciones, que protenas y cidos nucleicos son biomolculas informativas mientras
que azcares y lpidos son biomolculas energticas. Por otra parte, las biomolculas son
enormemente verstiles en cuanto a su funcin: la mayor parte de ellas desempean
diferentes cometidos celulares.

2.-

JERARQUA DE ORGANIZACIN MOLECULAR DE LA

MATERIA VIVA.

En la tabla 3.1. se muestran, adems de sus cantidades relativas, el nmero

aproximado de especies moleculares de cada uno de los principales tipos de biomolculas
presentes en la bacteria Escherichia coli. Se puede comprobar que esta bacteria posee
alrededor de 6000 compuestos qumicos diferentes, entre los que se encuentran unas 3000
protenas y otros tantos tipos de cidos nucleicos. Un anlisis semejante para organismos
vivos de mayor tamao y complejidad, como los animales o las plantas superiores,
arrojara cifras ms espectaculares: se calcula que el organismo humano puede contener
unas 30.000 protenas diferentes y una cantidad similar de cidos nucleicos. Aunque
existen protenas de Escherichia coli con funciones anlogas a las de algunas protenas
humanas, no hay protenas que sean idnticas en una y otra especie. Es ms, cada especie
de organismos vivos posee un conjunto de protenas y cidos nucleicos que difiere
completamente del de las dems especies. Si tenemos en cuenta ahora que, segn
estimaciones, en la biosfera puede haber entre 1,5 y 2 millones de especies de seres vivos
puede calcularse que deben existir en ella entre 1010 y 1012 protenas diferentes y una
cantidad equivalente de cidos nucleicos. Despus de muchos aos de intenso trabajo los
qumicos orgnicos "slo" han conseguido identificar y conocer la estructura de algo ms
de un milln de compuestos orgnicos, una fraccin trivialmente pequea del total que se
cree existe en la biosfera. Por otra parte, no slo las protenas y los cidos nucleicos, sino
tambin algunos polisacridos como el almidn y la celulosa son en realidad
macromolculas, con pesos moleculares muy elevados y estructuras qumicas muy
complejas.
El panorama que acabamos de dibujar es, a primera vista, desolador. Se nos antoja
tarea de titanes el que los bioqumicos traten de aislar, caracterizar y averiguar la estructura
de tal inmensidad de compuestos qumicos; parece fuera del alcance humano el llegar a
comprender, siquiera en parte, la organizacin molecular de la materia viva. Sin embargo,
a poco que se profundiza en el estudio de dicha organizacin, se percibe que bajo esta
aparente complejidad subyace una simplicidad casi pasmosa: las clulas pueden construir
toda la inmensa variedad de macromolculas que estamos considerando mediante el
ensamblaje de un nmero discreto de unidades estructurales ligadas entre s para formar
largas cadenas. Estas unidades son biomolculas de peso molecular relativamente bajo y
estructura relativamente simple que reciben el nombre de sillares estructurales. As, los

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aminocidos son los sillares estructurales de las protenas, los nucletidos son los sillares
estructurales de los cidos nucleicos, los monosacridos lo son de los polisacridos y los
cidos grasos de la mayor parte de los lpidos. Los sillares estructurales de los diferentes
tipos de macromolculas que se encuentran en las clulas se cuentan, como mucho, por
decenas: hay slo 20 aminocidos que forman parte de las protenas, ocho son los
nucletidos con los que se construyen los cidos nucleicos, los polisacridos ms
importantes se forman a partir de un slo monosacrido (la glucosa) repetido miles de
veces, alrededor de una docena de cidos grasos junto con la glicerina dan lugar a multitud
de lpidos diferentes.
En definitiva, la organizacin molecular de la materia viva parece seguir una
estrategia de "construccin modular" en la que el ensamblaje de unos pocos "mdulos
prefabricados" (los sillares estructurales) da lugar a una gran variedad de "edificios"
moleculares diferentes. Podemos afirmar que los sillares estructurales son los "ladrillos" de
construccin de la "arquitectura" molecular de las clulas.
La relacin entre macromolculas y sillares estructurales que acabamos de tratar
forma parte de una ms amplia jerarqua de organizacin molecular con varios niveles
de complejidad. Todas las biomolculas derivan en ltimo trmino de precursores muy
sencillos y de bajo peso molecular obtenidos del entorno (CO2, agua, nitrgeno, etc.).
Estos precursores se transforman, a travs de intermediarios metablicos de tamao
molecular creciente, en biomolculas sillares estructurales de peso molecular intermedio.
La unin covalente de estos sillares en largas cadenas da lugar, como vimos, a
macromolculas de peso molecular elevado. Todava existen niveles de complejidad
superiores dentro de esta jerarqua: distintos tipos de macromolculas se asocian mediante
interacciones dbiles (no covalentes) para formar a complejos supramoleculares, como
las membranas o los ribosomas. Estos complejos a su vez pueden asociarse de modo no
covalente constituyendo orgnulos celulares (mitocondrias, cloroplastos, etc.). La
integracin de los distintos orgnulos da lugar a la clula, que ya no pertenece al nivel
molecular sino al celular.

3.-

ENLACES QUMICOS E INTERACCIONES DBILES EN

LAS BIOMOLCULAS.

El ensamblaje de los distintos sillares estructurales para dar lugar a los diferentes
tipos de macromolculas se lleva a cabo mediante enlaces covalentes de gran estabilidad.
Aunque como resultado de reacciones qumicas entre diferentes grupos funcionales existe
en la naturaleza una gran variedad de este tipo de enlaces, un reducido nmero de ellos es
el responsable de la construccin de la inmensa mayora de las biomolculas. As, los
monosacridos se ensamblan mediante enlaces glucosdicos para dar lugar a los
polisacridos, los aminocidos mediante enlaces peptdicos para dar lugar a las protenas,
los enlaces ster predominan entre los componentes de los lpidos y de los cidos
nucleicos. La utilizacin de slo unos pocos tipos de enlace qumico para construir sus
biomolculas resulta muy ventajosa para los seres vivos, ya que ello les permite llevar a
cabo un control muy eficaz y econmico de las reacciones qumicas celulares.
En la formacin o rotura de enlaces covalentes entre tomos vecinos se ve
implicada una cantidad importante de energa. Existe un tipo adicional de interacciones
interatmicas, denominadas interacciones dbiles, que son mucho menos energticas y
que por lo tanto pueden romperse o establecerse con extraordinaria facilidad. Muchos de
los acontecimientos que a nivel molecular tienen lugar en las clulas vivas, entre los que
destacan la determinacin de la estructura tridimensional de las macromolculas o la
relacin estereoespecfica entre el enzima y su sustrato, responden a este tipo de

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interacciones. Las interacciones dbiles de importancia biolgica pueden ser de varios
tipos: puentes de hidrgeno, interacciones inicas, interacciones hidrofbicas y
fuerzas de Van der Waals. La base fsico-qumica de estas interacciones se comprender
mejor en relacin con las propiedades de las disoluciones acuosas, por lo que su estudio se
pospondr para un captulo posterior.

4.-ORIGEN DE LAS BIOMOLCULAS.

Los compuestos orgnicos, tan abundantes en la materia viva, se encuentran en la
corteza terrestre, en el agua del mar y en la atmsfera en cantidades muy pequeas (incluso
las llamadas rocas organgenas, como el carbn y el petrleo, proceden de la actividad de
seres vivos de pocas pretritas). Cabe preguntarse, pues, cmo adquirieron los primeros
organismos vivos sus biomolculas constituyentes en un entorno tan pobre en este tipo de
sustancias. En 1922, el bioqumico ruso Aleksandr I. Oparin formul una hiptesis acerca
del origen de la vida sobre la Tierra, que inclua una explicacin sobre el origen de las
primeras biomolculas. Segn esta hiptesis, la primitiva atmsfera de la Tierra era rica en
gases como el metano, el amonaco y el vapor de agua, y estaba prcticamente exenta de
oxgeno; era, pues, una atmsfera netamente reductora, muy diferente al entorno oxidante
que hoy conocemos. La energa liberada por las descargas elctricas de las frecuentes
tormentas y por la intensa actividad volcnica, habra propiciado que estos gases
atmosfricos reaccionasen entre s para formar compuestos orgnicos sencillos, que a
continuacin se disolvan en los primitivos ocanos. Este proceso dur millones de aos,
durante los cuales los ocanos se fueron enriqueciendo paulatinamente en una gran
variedad de compuestos orgnicos; el resultado fue una disolucin caliente y concentrada
de molculas orgnicas: la "sopa primigenia". En esta "sopa" algunos de estos compuestos
simples reaccionaban con otros para dar lugar a estructuras ms complejas, y as fueron
apareciendo las distintas biomolculas. La tendencia de algunas biomolculas concretas a
asociarse en estructuras cada vez ms complejas culmin con el paso del tiempo con la
aparicin de alguna forma primitiva de organizacin celular, que sera el antepasado
comn de todos los seres vivos.
Los puntos de vista de
Oparin
fueron
considerados
durante mucho tiempo como una
mera especulacin, hasta que un
experimento, ya clsico, realizado
por Stanley Miller en 1953 vino a
corroborarlos. Miller someti
mezclas gaseosas de CH4, NH3,
vapor de agua y H2 (los gases de la
atmsfera primitiva) a descargas
elctricas producidas entre un par
de electrodos durante perodos de
una semana o superiores; todo ello
en un dispositivo como el que se
muestra en la Figura 3.1. Las
descargas elctricas tenan la
finalidad de simular las frecuentes
tormentas de la atmsfera
primitiva. A continuacin analiz el contenido del recipiente de reaccin, encontrando que
en la fase gaseosa, adems de los gases que haba introducido inicialmente, se haban

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formado CO y CO2, mientras que en la fase acuosa obtenida por enfriamiento haba
aparecido una gran variedad de compuestos orgnicos, entre los que se contaban algunos
aminocidos, aldehidos y cidos orgnicos. Miller lleg incluso a deducir la secuencia de
reacciones que haba tenido lugar en el recipiente.
Experimentos posteriores al de Miller, realizados con dispositivos ms avanzados,
han corroborado que la sntesis abitica de biomolculas es posible en condiciones muy
diversas. No slo las descargas elctricas, sino tambin otras fuentes de energa que
pudieron estar presentes en la Tierra primitiva, como los rayos X, la radiacin UV, la luz
visible, la radiacin gamma, el calor o los ultrasonidos, pueden inducir el proceso. Adems
se demostr que no es imprescindible partir de gases tan reducidos como el metano y el
amonaco: mezclas convenientemente irradiadas de CO, CO2, N2 y O2 tambin dan lugar a
gran variedad de compuestos orgnicos.
En resumen, los experimentos sobre la formacin espontnea de biomolculas en
condiciones similares a las de la Tierra primitiva indican que muchos de los componentes
qumicos de las clulas vivas pudieron haberse formado en esas condiciones.

5.-IDONEIDAD DE LAS BIOMOLCULAS.

Es probable que la "sopa primigenia" contuviese centenares de compuestos
orgnicos diferentes. Sin embargo slo un nmero reducido de ellos, alrededor de tres
docenas, fueron seleccionados para dar lugar a las actuales biomolculas. Son las llamadas
biomolculas primordiales. Se cree que este proceso selectivo de debi a que este
conjunto de biomolculas presentaba unas propiedades que lo hacan idneo para conferir
a las clulas que lo posean una mayor capacidad de supervivencia y reproduccin frente a
las que no lo posean.

6.-

DIMENSIONES Y FORMAS DE LAS BIOMOLCULAS:

UNIDADES.

Es interesante familiarizarse con las

dimensiones y formas de las biomolculas ya
UNIDADES DE MASA
que estos dos atributos tienen una gran
1 Dalton = masa de un tomo de H.
importancia bioqumica. Hay que recordar que
= 1,68x10-24 g
1 picogramo(pg) = 1x10-12 g.
las interacciones entre las biomolculas, de las
cuales depende el mantenimiento del estado
UNIDADES DE LONGITUD
vital, se basan en una complementariedad
1 nanometro (nm) = 10-9 m.
estructural entre unas y otras.
= 10 ngstrom
En la Tabla 3.2 se muestran algunas
1 micrmetro (m )= 10-6 m.
unidades de masa y longitud de uso corriente
= 1000 nm
= 10.000 angstroms.
en bioqumica. Antiguamente se utilizaba
mucho la unidad ngstrom para expresar las
dimensiones moleculares, sin embargo en la Tabla 3.2
actualidad se recomienda utilizar el Sistema
Internacional de unidades. As, en lo sucesivo,
expresaremos las dimensiones moleculares en nanometros (nm), las dimensiones
celulares en micrmetros (m o micras), las masas moleculares en daltons, y las masas de
las clulas en picogramos (pg).
Las frmulas estructurales con las que habitualmente se representa sobre el papel
la estructura de las biomolculas son proyecciones planas en dos dimensiones que poco

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nos dicen acerca de su forma tridimensional, siendo sta de gran importancia en
bioqumica. Por ello, los bioqumicos construyen a menudo modelos moleculares a escala
que les proporcionan mayor informacin acerca de dicha forma tridimensional. Los
llamados modelos de bolas y varillas se usan para estudiar los ngulos y distancias de
enlace y las posiciones relativas de los tomos. Por otro lado, los modelos espaciales
compactos representan el contorno de van der Waals o superficie de la molcula,
proporcionando una idea ms certera de la forma tridimensional de la molcula tal y como
es "vista" por otras molculas con las que interacta.
En los ltimos aos, la posibilidad de generar imgenes tridimensionales de las
biomolculas mediante aplicaciones informticas ha abierto nuevos campos a la
investigacin bioqumica.