Aminocidos, pptidos y

protenas
DR. CARLOS ANTONIO RIUS ALONSO
DEPTO. DE QUIMICA ORGANICA
FACULTAD DE QUIMICA
UNAM
SEPTIEMBRE 2008

Estructura de una protena

Los aminocidos estn unidos mediante "enlaces amida" denominados enlaces
peptdicos.

Las propiedades fsicas y qumicas de las protenas se determinan a partir de los

aminocidos que las forman.

La configuracin (S) de los aminocidos.

Casi todos los aminocidos naturales tienen configuracin (S), con estereoqumica
parecida a la del L-(-)-gliceraldehdo, por lo que se denominan L-aminocidos.
Excepto la glicina, todos los aminocidos son quirales. El centro quiral es el
tomo de carbono asimtrico .

Aminocidos estndar.
Hay veinte -aminocidos,
denominados aminocidos
estndar, que prcticamente
se encuentran en todas las
protenas.

Aminocidos estndar.

Los aminocidos estndar

difieren unos de o tros en la
estructura de las cadenas laterales
enlazadas a los tomos de
carbono .

Formacin zwitterin.
A pesar de que generalmente los aminocidos se

escriben con un grupo carboxlico (-COOH) y un

grupo amino (-NH2), su estructura real es inica y
depende del pH.
El grupo carboxlico pierde un protn, dando lugar a
un in carboxilato, y el grupo amino se protona y da
lugar a un in amonio. A esta estructura se le
denomina in dipolar o zwitterin.

Curva de valoracin de la glicina

El pH controla la carga de la
glicina: catinica por debajo
de pH = 2.3; aninica por
encima de pH = 9.6 y
zwitterinica entre pH = 2.3
y 9.6. El pH isoelctrico es
6.0.
El punto isoelctrico es el
pH al que el aminocido se
encuentra en equilibrio
entre las dos formas, como
el zwitterin dipolar con
una carga neta de cero.

Separacin electrofortica.
Representacin
simplificada de la
separacin
electrofortica de la
alanina, lisina y cido
asprtico a pH = 6.
La lisina catinica es
atrada hacia el
ctodo, el cido
asprtico aninico es
atrado hacia el
nodo y la alanina se
encuentra en su
punto isoelctrico,
por lo que no se
mueve

Sntesis de Gabriel y malnica.

Uno de los mejores mtodos para sintetizar aminocidos consiste en combinar la
sntesis de Gabriel de aminas con la sntesis malnica de cidos carboxlicos.

El ster N-ftalimidomalnico se alquila de

la misma forma que el ster malnico. La
hidrlisis y la descarboxilacin da lugar a
un -aminocido racmico.

Sntesis de Strecker de alanina.

Mediante la sntesis de Strecker se puede obtener una gran
variedad de aminocidos a partir de aldehdos apropiados.

El mecanismo es similar al de la formacin de una

cianohidrina, excepto en que en la sntesis de Strecker el in
cianuro ataca a la imina en lugar de al aldehdo.

Mecanismo de la sntesis de Strecker.

Primero, el aldehdo reacciona con amoniaco para formar una imina. La imina es un
anlogo nitrogenado del grupo carbonilo y es electroflica cuando se protona. El
ataque del in cianuro a la imina protonada da lugar a -aminonitrilo.

En un paso separado, la hidrlisis del -aminonitrilo da lugar a un -aminocido

Enzima acilasa.
Una enzima acilasa (como la acilasa del rin de cerdo o la carboxipeptidasa) slo
desacila al aminocido natural L

La mezcla resultante de D-aminocido y de L-aminocidos desacilados se

separa fcilmente

Reaccin de un aminocido con ninhidrina.

La ninhidrina es un reactivo comn para visualizar las manchas o bandas
de los aminocidos que se han separado por cromatografa o
electroforesis.

La ninhidrina produce el mismo colorante prpura, independientemente

de la estructura del aminocido original. La cadena lateral del aminocido
se pierde en forma de aldehdo. La ninhidrina se puede utilizar en la
deteccin de huellas dactilares dado que existen trazas de aminocidos en
las secreciones de la piel

Estabilizacin por resonancia.

la estabilizacin por resonancia de una amida da lugar a su gran estabilidad, a la
disminucin de basicidad del tomo de nitrgeno y a la rotacin restringida
(carcter de doble enlace parcial) del enlace C-N.

En un pptido, el enlace amida se denomina enlace peptdico. Tiene seis tomos

en un plano: el C y el O del carbionilo, el N y su H, y los dos tomos de carbono
asociados.

Hormona humana bradiquinina.

Hormona humana bradiquinina es un nonapptido con un
grupo -NH3+ en el extremo N terminal y un -COO- libre en el
extremo C terminal.

Un pptido es un polmero de aminocidos unidos por

enlaces amido entre el grupo amino de cada aminocido y el
grupo carboxilo del aminocido vecino.

Uniones disulfuro.
La cistina, dmero de la cistena, se obtiene cuando dos residuos de cistena se
oxidan y forman un puente disulfuro.

La oxidacin suave enlaza dos molculas de un tiol para formar un puente

disulfuro.

Oxitocina humana.

La oxitocina es
un nonapptido
con dos residuos
de cistena (en las
posiciones 1 y 16)
que unen parte
de la molcula
formando un
gran anillo

Insulina bovina.
La insulina est formada por dos cadenas peptdicas separadas, la cadena A
contiene 21 residuos de aminocidos y la cadena B que contiene 30.

Oxidacin de una cistina a cido cisteico

La oxidacin de una
protena mediante la
ruptura de todas las
uniones disulfuro por el
cido peroxifrmico,
oxidando la cistena a
cido cisteico.
Los puentes de cistena,
cuando se reducen a la
forma tiol, tienen
tendencia a reoxidarse y
volver a formar puentes
disulfuro.

Determinacin de la composicin de los

aminocidos.
En el analizador de
aminocidos, el
hidrolizado pasa a travs
de una columna de
intercambio inico. La
solucin que emerge de la
columna se trata con
ninhidrina y su
absorbancia se registra en
funcin del tiempo. Cada
aminocido se identifica
por el tiempo de retencin
necesario para pasar a
travs de la columna.

Composicin de la bradiquinina humana

Utilizacin de un analizador de aminocidos para determinar la composicin de
la bradiquinina humana. Los picos de la bradiquinina para la Pro, Arg y Phe son
ms grandes que los de la mezcla equimolecular estndar, ya que la bradiquinina
tiene tres residuos Pro, dos residuos Arg y dos residuos Phe

Secuenciacin de la oxitocina bovina

Los dos primeros pasos de la secuenciacin de la oxitocina bovina se ilustran en
esta figura. En cada degradacin de Edman se rompe el aminocido del N-terminal
y se forma su derivado de feniltiohidantona. El pptido acortado est disponible
para el paso siguiente.

El mtodo de Sanger
El mtodo de Sanger para la determinacin N-terminal es una alternativa menos
frecuente a la degradacin de Edman.

La degradacin de Edman se suele preferir al mtodo de Sanger

Anlisis de los residuos C-terminales

El aminocido C-terminal se puede identificar utilizando el
enzima carbixipeptidasa, que rompe el enlace peptdico del
residuo C-terminal.

Ocasionalmente, se hidroliza el pptido completo en sus

aminocidos individuales.

Unin del aminocido del extremo Cterminal.

De hecho, el polmero sirve como la parte alcohlica de un
grupo protector ster para el extremo carboxlico del
aminocido del extremo C-terminal.

Una vez que el aminocido del extremo C-terminal se ha fijado

al polmero, la cadena se forma a partir del grupo amino de
este aminocido.

Ruptura del pptido final.

Cuando se completa la sntesis, el enlace ster con el
polmero se rompe con HF anhidro

Debido a que se trata de un enlace ster, se rompe con ms

facilidad que los enlaces amido del pptido

Acoplamiento del DCC.

Cuando se trata una mezcla de una amina y un cido con
N,N'-dicilohexilcarbodiimida (DCC), la amina y el cido
reaccionan, y forman una amida.

La molcula de agua que se pierde en la condensacin

transforma el DCC en N,N'-diciclohexilurea (DCU).

Derivado de acilo activado.

El in carboxilato se adiciona al carbono fuertemente electroflico de la
diimida, dando lugar a un derivado de acilo activado

Acoplamiento.
El derivado activado reacciona rpidamente con la amina para
dar lugar a la amida. En el paso final, la DCU sirve como un
grupo saliente excelente.

Cada grupo carbonilo peptdico se une mediante un enlace de hidrgeno a un

hidrgeno del grupo N-H de la siguiente vuelta de la hlice.

Las cadenas laterales se simbolizan por esferas verdes en el modelo molecular de la

figura

Reordenamiento de lmina plegada.

Cada grupo carbonilo peptdico est unido mediante enlace de hidrgeno al
hidrgeno del grupo N-H de una cadena peptdica adyacente.

Este ordenamiento puede hacer que se alineen muchas molculas de pptidos unas
al lado de las otras, dando lugar a una lmina bidimensional.

Estructura terciaria de las protenas globulares.

En la estructura terciaria de una protena globular tpica se mezclan segmentos de
hlice con segmentos de enrollamiento al azar en los puntos donde se dobla la hlice.

Estructuras de una protena

La estructura primaria es la
estructura enlazada
covalentemente, incluyendo
la secuencia de aminocidos
y los puentes disulfuro. La
estructura secundaria
incluye las reas de hlices ,
lminas plegadas o
enrollamientos al azar. En la
estructura terciaria se
incluye la conformacin total
de la molcula. En la
estructura cuaternaria se
incluye la asociacin de dos o
ms cadenas peptdicas de la
protena activa.