Aminoácidos, Péptidos y Proteínas

PROFESORA:
YALITZA ACUÑA DE ORELLANA
Los aminoácidos están unidos por medio de enlaces amida llamados enlaces peptídicos.
Estructura y estereoquímica de los α-aminoácidos
A cada aminoácido se le da una abreviación de tres letras y un símbolo de una letra (verde) para su
uso al escribir las estructuras de las proteínas
 Aminoácidos esenciales

Proteínas que proveen todos los aminoácidos esenciales: PROTEÍNAS COMPLETAS.

(carne, pescado, leche y huevos)
Proteínas que son bastante deficientes en uno o más de los aminoácidos esenciales se les
llaman PROTEÍNAS INCOMPLETAS
El arroz, el maíz y el trigo son deficientes en lisina (Proteínas incompletas)
El arroz también carece de treonina y el maíz carece de triptófano.
El frijol, los guisantes y otras leguminosas (proteínas más completas), pero son deficientes en
metionina.
Aminoácidos raros e inusuales
 Propiedades ácido-base de los aminoácidos
estructura sin carga ion dipolar o zwitterion
(componente menor) (componente principal)

1. Los aminoácidos tienen puntos de fusión altos, por lo general arriba de los 200 °C.

2. Los aminoácidos son más solubles en agua que en éter, diclorometano y otros disolventes orgánicos
comunes.
3. Los aminoácidos tienen momentos dipolares mayores (µ) que las aminas o los ácidos sencillos.

4. Los aminoácidos son menos ácidos que la mayoría de los ácidos carboxílicos y menos básicos que la
mayoría de las aminas. La parte ácida de la molécula de aminoácido es el grupo -NH3+ . No un grupo -
COOH. La parte básica es el grupo -COO- y no el grupo -NH2 libre.
Debido a que los aminoácidos contienen tanto grupos ácidos (-NH3+ ) como grupos básicos (-
COO-), son anfotéricos (tienen propiedades ácidas y básicas). La forma predominante del
aminoácido depende del pH de la disolución.
Curva de titulación para la glicina. El pH controla la carga en la glicina: catiónica
debajo de un pH de 2.3; zwitteriónica entre un pH de 2.3 y 9.6; y aniónica arriba de
un pH de 9.6. El pH isoeléctrico es de 6.0.
Puntos isoeléctricos y electroforesis

Un aminoácido tiene una carga positiva en una disolución ácida (pH bajo) y una carga
negativa en una disolución básica (pH alto).
El pH intermedio donde el aminoácido esté balanceado: el zwitterion dipolar con una carga
neta de cero. A este pH se le llama pH isoeléctrico o punto isoeléctrico.
El pH isoeléctrico depende de la estructura del aminoácido de una manera predecible.

aminoácidos ácidos: ácido aspártico (2.8), ácido glutámico (3.2)

aminoácidos neutros: (5.0 a 6.3)
aminoácidos básicos: lisina (9.7), arginina (10.8), histidina (7.6)
Separación electroforética de la
alanina, lisina y el ácido
aspártico a un pH de 6. La lisina
catiónica es atraída al cátodo; el
ácido aspártico aniónico es atraído
al ánodo. La alanina está en su
punto isoeléctrico, por lo que no
se mueve.
Síntesis de los aminoácidos

1.- Aminación reductiva

Formación de iminas
Primera parte: Adición catalizada por ácido de la amina al grupo carbonilo

Segunda parte: Deshidratación catalizada por ácido.

Síntesis biomimética (“que imita el proceso biológico”), se asemeja a la síntesis biológica de los aminoácidos.
2.- Aminación de un α-haloácido
Reacción de Hell-Volhard-Zelinsky (HVZ): sustituye un átomo de hidrógeno con un átomo de bromo en
el carbono α de un ácido carboxílico.
El ácido carboxílico se trata con bromo y tribromuro de fósforo, seguido por la adición de agua para
hidrolizar el intermediario bromuro de α-bromoacido.
Halogenación catalizadas por ácido: La forma enólica del bromuro de acilo actúa como un
intermediario nucleofílico.
Formación del bromuro de acilo, el cual se enoliza.

El enol que es nucleofílico ataca al bromo para formar el bromuro de α-bromoacilo.

3.- Síntesis de Gabriel-éster malónico

Combinación de Métodos: alquilación del malonato de dietilo, seguida por una hidrólisis y
descarboxilación para formar un ácido acético alquilado.
Síntesis de Gabriel-éster malónico

El éster malónico contiene un grupo α-amino.

El grupo amino se protege como una amida no nucleofílica para prevenirla del ataque del agente
alquilante (RX). El ácido se protege como un éster etílico. la posición α se activa posteriormente
mediante el grupo éster adicional (temporal) del malonato de dietilo.
Síntesis de Gabriel-éster malónico
Preparar muchos aminoácidos que no pueden formarse por medio de la aminación directa de haloácidos.
4.- Síntesis de Strecker
 Paso 1: el aldehído reacciona con
amoniaco para formar la imina

Paso 2: el ion cianuro ataca a la imina.

En un paso separado, la
hidrólisis del α-aminonitrilo
forma un α-aminoácido
RESUMEN Síntesis de aminoácidos

1. Aminación reductiva
2. Aminación de un α-haloácido
3. Síntesis de Gabriel-éster malónico
4. Síntesis de Strecker
Resolución de aminoácidos

Desacilación enzimática selectiva. Las enzimas son moléculas quirales con actividades catalíticas específicas.
Una enzima acilasa (como la acilasa renal del cerdo o la carboxipeptidasa) sólo desacila al L-aminoácido
natural). La enzima no reconoce los (D)-aminoácidos, por lo que estos no son afectados. La mezcla resultante
es fácil de separar.
Reacciones de aminoácidos

1.- Esterificación del grupo carboxilo

los aminoácidos se esterifican cuando se tratan con un gran exceso de un alcohol y un catalizador
ácido (con frecuencia HCl gaseoso). En estas condiciones ácidas, el grupo amino está presente en
su forma protonada (-NH3 + ) (no interfiere con la esterificación).
Los ésteres de aminoácidos: Evitar que el grupo carboxilo reaccione. Los éteres metílicos, etílicos y bencílicos son los
grupos protectores más comunes. El ácido acuoso hidroliza al éster y regenera el aminoácido libre.

Los ésteres bencílicos son muy útiles como grupos protectores: Pueden ser eliminados por medio de una hidrólisis
ácida o por medio de una hidrogenólisis neutra (“rompimiento por la adición del hidrógeno”). La hidrogenación
catalítica rompe al éster bencílico, convirtiendo el grupo bencilo a tolueno y dejando el aminoácido desprotegido.
Esterificación de Fischer
Paso 1: adición catalizada por ácido del alcohol al grupo carbonilo.

Paso 2: deshidratación catalizada por ácido.

2.- Acilación del grupo amino: formación de amidas
Un agente acilante convierte al grupo amino en una amida: Para protegerlo de reacciones nucleofílicas Se usa una
amplia variedad de cloruros de ácido y anhídridos. El cloroformato de bencilo acila el grupo amino para formar un
derivado de benciloxicarbonilo, con frecuencia usado como un grupo protector en la síntesis de péptidos
El grupo amino del derivado de N-benciloxicarbonilo: Protegido como la mitad amida de un éster de carbamato (un
uretano), la cual se hidroliza con mayor facilidad que la mayoría de las demás amidas. Además, la mitad éster de este
uretano es un éster bencílico que experimenta hidrogenólisis. La hidrogenólisis catalítica del aminoácido de N-
benciloxicarbonilo forma un ácido carbámico inestable que se descarboxila rápidamente para formar el aminoácido
desprotegido.
3.- Reacción con ninhidrina
La ninhidrina: Reactivo para la visualización de manchas o bandas de aminoácidos que se han separado por cromatografía o
electroforesis. Cuando reacciona con un aminoácido, uno de los productos es un anión violeta oscuro estabilizado por
resonancia llamado púrpura de Ruhemann. La ninhidrina produce este mismo colorante púrpura sin importar la estructura
del aminoácido original. La cadena lateral del aminoácido se pierde como un aldehído.

Si un secuestrador toca una nota de rescate con sus dedos, los pliegues epidérmicos de los dedos dejan trazas de los
aminoácidos presentes en las secreciones de la piel. Cuando el papel se trata con ninhidrina y piridina ocasiona que estas
secreciones se vuelvan púrpuras, formando una huella digital visible.
4. Formación de enlaces peptídicos

Las amidas: Síntesis directa a partir de ácidos carboxílicos, usando calor para separar el agua y forzar que la reacción se
complete. La reacción ácido-base inicial de un ácido carboxílico con una amina forma una sal de carboxilato de amonio. El
ion carboxilato es un electrófilo pobre y el ion amonio no es nucleofílico, por lo que la reacción se detiene en este punto.
Al calentar esta sal por arriba de los 100 °C se separa el vapor y forma una amida..
RESUMEN Reacciones de aminoácidos

1. Esterificación del grupo carboxilo

2. Acilación del grupo amino: formación de amidas
3. Reacción con ninhidrina
4. Formación de enlaces peptídicos
 Estructura de los péptidos
La reacción más importante de los aminoácidos es la formación de enlaces
peptídicos. Las amidas son los derivados de ácido más estables.

La estabilización por resonancia de una amida explica su alta estabilidad, En un péptido, al enlace de la amida se
le llama enlace peptídico. Mantiene seis átomos en un plano: el C y el O del grupo carbonilo, el N y su H, y los
dos átomos de carbono a asociados.
Un péptido es un compuesto que contiene dos o más aminoácidos unidos por medio de enlaces de amida.
A cada unidad de aminoácido en el péptido se le llama residuo.
Un polipéptido: Contiene residuos de aminoácido (una masa molecular de alrededor de 5000).
Las proteínas: contienen más unidades de aminoácidos (masas moleculares de 6000 a 40,000,000).
Oligopéptido: cuatro a diez residuos de aminoácidos
La hormona humana bradicinina es un nonapéptido con un -NH3 + libre en su N terminal y un –COO- libre en
su C terminal. Al extremo del péptido con el grupo amino libre (-NH3+ ) se le llama extremo terminal N o N
terminal, y al extremo con el grupo carboxilo libre (-COO-) se le llama extremo terminal C o C terminal. Las
estructuras de los péptidos por lo general se dibujan con el N terminal a la izquierda y el C terminal a la derecha
Nomenclatura de los péptidos

Los nombres de los péptidos: Nombres de los residuos de aminoácido involucrados en los enlaces de
amida, comenzando en el N terminal. Sufijo -il de los grupos acilo. El residuo de alanina tiene el sufijo -il
debido a que tiene acilado el nitrógeno de la serina. La bradicinina se nombra como sigue (sin espacios):
arginil prolil prolil glicil fenilalanil seril prolil fenilalanil arginina.
Arg-Pro-Pro-Gli-Fen-Ser-Pro-Fen-Arg RPPGFSPFR
Enlaces disulfuro

Los residuos de cisteína pueden formar puentes disulfuro (también llamados enlaces disulfuro) los
cuales pueden unir dos cadenas o bien unir una sola cadena para formar un anillo. La oxidación
moderada une dos moléculas de un tiol en un disulfuro, formándose un enlace disulfuro entre las dos
moléculas de tiol. Esta reacción es reversible y una reducción moderada rompe el disulfuro
La cistina, un dímero de la cisteína, resulta cuando se oxidan dos residuos de
cisteína para formar un puente disulfuro.
Estructura de la oxitocina humana. Un enlace disulfuro mantiene parte de la molécula en un anillo grande.
Estructura de la insulina. Se unen dos cadenas en dos posiciones por medio de puentes disulfuro y un
tercer enlace disulfuro mantiene la cadena A en un anillo
Los puentes disulfuro por lo común se manipulan en el proceso de darle al cabello un ondulado
permanente. El cabello está compuesto de proteínas, las cuales se hacen parcialmente rígidas y duras
por medio de enlaces disulfuro. Cuando se trata el cabello con una disolución de un tiol como el 2-
mercaptoetanol (HS-CH2-CH2-OH), los puentes disulfuro se reducen y se rompen. El cabello se
envuelve en forma de rulos y por oxidación con el aire o por medio de la aplicación de un
neutralizador se permite que los enlaces disulfuro se vuelvan a formar. Los enlaces disulfuro se
vuelven a formar en posiciones nuevas, manteniendo el cabello en la conformación flexionada
forzada por los rulos.
 Determinación de la
estructura de péptidos

La oxidación de una proteína

por el ácido peroxifórmico
rompe todos los enlaces
disulfuro por medio de la
oxidación de la cistina a ácido
cisteico.
Determinación de la composición de los aminoácidos

En un analizador de
aminoácidos, el hidrolizado
pasa a través de una
columna de intercambio
iónico. La disolución que
emerge de la columna se
trata con ninhidrina y se
registra su absorbancia
como una función del
tiempo. Se identifica cada
aminoácido por medio del
tiempo de retención
requerido para que pase a
través de la columna.
Uso de un analizador de aminoácidos para determinar la composición de la bradicinina humana. Los
picos de la bradicinina para la Pro, Arg y Fen son mayores que aquellos en la mezcla equimolar
estándar, debido a que la bradicinina tiene tres residuos de Pro, dos residuos de Arg y dos de Fen.
 Secuenciación del péptido: análisis de los residuos terminales

Secuenciación a partir del N terminal. Degradación de Edman

Esta reacción se lleva a cabo en tres etapas.

1) El grupo amino libre del aminoácido N-terminal reacciona con el isotiocianato de fenilo para
formar una feniltiourea.
2) La feniltiourea se cicla para formar una tiazolinona y se libera la cadena de péptido acortada.
3) La tiazolinona se isomeriza a la feniltiohidantoína más estable.
Los primeros dos pasos en la secuenciación de la oxitocina. Cada degradación de Edman rompe el aminoácido
N-terminal y forma su derivado de feniltiohidantoína. El péptido acortado está disponible para el siguiente
paso
Análisis del residuo C-terminal
 Ruptura del péptido en cadenas más cortas. Hidrólisis parcial

 Antes de que pueda secuenciarse una proteína grande, debe romperse en cadenas más pequeñas,
no mayores a 30 aminoácidos. Cada una de estas cadenas acortadas se secuencia y después se
deduce la estructura completa de la proteína ajustando las cadenas cortas como las piezas de un
rompecabezas.

 La ruptura parcial puede lograrse usando ácido diluido con tiempos de reacción cortos o bien
usando enzimas, como la tripsina y la quimotripsina, que rompen enlaces específicos entre los
aminoácidos.

 La ruptura catalizada por un ácido no es muy selectiva, conduciendo a una mezcla de

fragmentos cortos que resulta de la ruptura en varias posiciones. Las enzimas son más
selectivas, obteniendo rupturas en puntos predecibles en la cadena.
TRIPSINA: rupturas de la cadena en los grupos carboxilo de los aminoácidos básicos lisina
y arginina.
QUIMOTRIPSINA: rupturas de la cadena en los grupos carboxilo de los aminoácidos
aromáticos fenilalanina, tirosina y triptófano.
Síntesis de péptidos en disolución

El método en disolución involucra la adición de reactivos a las disoluciones de cadenas de

péptido en crecimiento y la purificación de los productos conforme se necesite.
El método en fase sólida involucra la adición de reactivos a las cadenas de péptido en
crecimiento unidas a partículas de polímeros sólidos.
La síntesis de péptidos en disolución comienza en el N terminal y finaliza en el C terminal, o de izquierda
a derecha. El primer paso principal es el acoplamiento del grupo carboxilo de la alanina al grupo amino
de la valina. Si activamos el grupo carboxilo de la alanina, reaccionaría con otra molécula de la misma
alanina. el grupo amino de la alanina debe protegerse para hacerlo no nucleofílico. un aminoácido
reacciona con cloroformiato de bencilo (también llamado cloruro de benciloxicarbonilo) para formar un
uretano, o un éster de carbamato, que se elimina con facilidad al final de la síntesis. Este grupo protector
se ha usado por muchos años y ha adquirido varios nombres. Se le llama grupo benciloxicarbonilo, grupo
carbobenzoxi (Cbz, por sus siglas en inglés) o sólo grupo Z (abreviado Z).
Paso preliminar: proteger el grupo amino con Z.

Paso 1: activar el grupo carboxilo con cloroformiato de etilo.

Paso 2: formar un enlace de amida para acoplar el siguiente aminoácido.

Para preparar un péptido más grande, repita estos dos pasos en la adición de cada residuo de
aminoácido:
1. Activar el C terminal del péptido en crecimiento por medio de la reacción con cloroformiato de etilo.
2. Acoplar el siguiente aminoácido.
 Síntesis de péptidos en fase sólida

Método para la síntesis de péptidos sin tener que purificar los intermediarios. Tres reacciones son cruciales
para la síntesis de péptidos en fase sólida. Estas reacciones unen el primer aminoácido al soporte sólido,
protegen cada grupo amino hasta que es tiempo de reaccionar y forman los enlaces peptídicos entre los
aminoácidos.

La síntesis en fase sólida se realiza en la dirección opuesta: comenzando con el C terminal y yendo hacia el
N terminal, de derecha a izquierda. El soporte sólido es una perla de poliestireno especial en la que algunos
de los anillos aromáticos tienen el grupo clorometilo. Este polímero, con frecuencia llamado resina de
Merrifield, se prepara por medio de la copolimerización del estireno con un bajo porcentaje de p-
(clorometil)estireno.
Como otros haluros de bencilo, los grupos clorometilo en el polímero son reactivos hacia el ataque SN2.
El grupo carboxilo de un aminoácido N-protegido desplaza el cloruro, formando un éster de aminoácido
del polímero. De hecho, el polímero actúa como la parte de alcohol de un grupo protector éster para el
extremo carboxilo del aminoácido C-terminal. El grupo amino debe protegerse o atacaría a los grupos
clorometilo.

De nuevo el aminoácido terminal se fija al polímero, la cadena se construye sobre el grupo amino de este
aminoácido.
Uso del grupo protector ter–Butiloxicarbonilo (Boc)
El grupo N-protector usado en el procedimiento de Merrifield es el grupo ter-butiloxicarbonilo, abreviado Boc
o t–Boc. El grupo Boc es similar al grupo Z, excepto que tiene un grupo ter-butilo en lugar del grupo bencilo.
El grupo protector Boc se elimina con facilidad en condiciones ácidas.
El cloruro de ácido del grupo Boc es inestable, por lo se usa el anhídrido, di-ter-butildicarbonato, para unir el
grupo al aminoácido.
El grupo Boc se rompe con facilidad cuando se trata con ácido trifluoroacético (TFA) por tiempos de
reacción cortos, CF3COOH. La pérdida de un catión ter-butilo relativamente estable del éster protonado
forma un ácido carbámico inestable. La descarboxilación del ácido carbámico forma el grupo amino
desprotegido del aminoácido. La pérdida de un protón del catión ter-butilo forma isobutileno.
Uso de DCC como un agente de acoplamiento de péptidos

La reacción final necesaria para el procedimiento de Merrifield es la condensación que forma el enlace
peptídico.

Formación de un derivado de acilo activado

Acoplamiento con la amina y pérdida de la DCU

Ruptura del péptido finalizado

Niveles de la estructura de las proteínas
Todas las propiedades de la proteína están determinadas, de manera directa o indirecta, por la
estructura primaria, Cualquier plegado, puente de hidrógeno o actividad catalítica depende de la
estructura primaria apropiada.

Arreglo helicoidal α. La cadena de péptido se enrolla en una hélice para que cada grupo
carbonilo del péptido forme un puente de hidrógeno con el hidrógeno del N!H en el siguiente
giro de la hélice. Las cadenas laterales están simbolizadas por átomos verdes en la estructura
compacta.
La estructura terciaria de una proteína globular incluye segmentos de hélice a
con segmentos de enrollado aleatorio en los puntos donde la hélice se pliega.
La estructura primaria es la
estructura enlazada de manera
covalente que incluye la secuencia
de los aminoácidos y cualquier
puente disulfuro. La estructura
secundaria se refiere a las áreas de
hélice a, hoja plegada o enrollado
aleatorio. La estructura terciaria se
refiere a la conformación general
de la molécula. La estructura
cuaternaria se refiere a la
asociación de dos o más cadenas
de péptido en la proteína activa.
Desnaturalización reversible e irreversible

Desnaturalización irreversible
de la albúmina del huevo.
Cuando se enfría, la clara de
huevo no recupera su forma
clara y líquida.