TEMA 14

AMINOCIDOS Y PROTENAS
Un aminocido es un compuesto que contiene un grupo
carboxilo y un grupo amino.
O
NH
2
CH
3
OH
Grupo amino
Grupo Carboxilo
Aminocidos y Protenas
Los grupos cidos (grupo carboxilo) y bsicos (grupo
amino) forman un dipolo o una sal interna, llamada
zwitterin (ion doble).






Observe que el zwiterin no tiene carga neta; contiene
una carga positiva y una carga negativa.
O
NH
3
+
CH
3
O-
Con excepcin de la glicina, todos los aminocidos derivados de las
protenas tienen por lo menos un carbono quiral



Como por ejemplo la Alanina:



O
NH
2
OH
Glicina
O
NH
2
CH
3
OH
Carbono Quiral
La Alanina se puede dibujar como Proyeccin de Fisher,
de la siguiente manera




o como su estereoismero

CH
3
O
H NH
3
+
-O
CH
3
O
H
3
N
+
H
-O
D-Alanina
L-Alanina
Nombre Abreviacin Estructura
Aminocidos con extremos de cadenas non polares
Glicina Gly(G)
Alanina Ala (A)
Valina Val(V)
Leucina Leu(L)
Isoleucina Ile(I)
Metionina Met(M)
H
2
N
O
OH
N
H
2
O
O
H
NH
2
O
OH
NH
2
O
OH
NH
2
O
OH
NH
2
S
O
OH
Nombre Abreviacin Estructura
Prolina Pro(P)
fenilalanina Phe (F)
Triptfano Trp(w)
Aminocidos con extremos de cadenas polares pero no
ionizados
Asparagina Asn(N)
Glutamina
Gln (Q)
N
H
O
OH
N
H
2
O
O
H
H
2
N
HN
O
OH
NH
2
O
H
2
N
O
OH
NH
2
O
H
2
N
O
OH
Clasificacin
Nombre Abreviacin Estructura
Aminocidos con extremos de cadena polares pero no
ionizados
Serina Ser (S)
Treonina Thr(T)
Aminocidos con extremos de cadenas cidos
cido
aprtico
Asp(D)
cido
glutmico
Glu (E)
Tirosina
Tyr(Y)
NH
2
HO
O
OH
NH
2
OH O
OH
NH
2
O
HO
O
OH
NH
2
O
HO
O
OH
Nombre Abreviacin Estructura
Cistena Cys(C)
Aminocidos con extremos de cadena bsicos
Lisina Lys(K)
Arginina
Arg (R)
Histidina
His (H
NH
2
HO
O
OH
NH
2
HS
O
OH
NH
2
H
2
N
O
OH
NH
2
N
H
NH
H
2
N
O
OH
NH
2
HN
N
O
OH
Todos los aminocidos, salvo la Prolina, derivados de
las protenas, son -aminocidos, lo cual significa que el
grupo amino est situado en el carbono con respecto
al grupo carboxilo
Carbono
O
NH
2
CH
3
OH
Grupo amino
Grupo Carboxilo
- La glicina es el aminocido ms sencillo y es aquiral.

-En los dems -aminocidos el carbono es un centro estereognico.

- Las configuraciones se especifican mediante la notacin D y L. Todos los
aminocidos que provienen de protenas tienen configuracin L, aunque se conocen
-aminocidos naturales de la serie D.
CO
2
H
3
N H
H
CO
2
H
3
N H
R
CO
2
NH
3
H
R
Glicina
(Aquiral)
L-aminocido
(Proyeccin de Fischer y en perspectiva)
Estereoqumica
- El cambio de la configuracin en aquellos aminocidos que poseen slo un centro
estereognico conduce a la obtencin de su enantimero. Para un aminocido con
ms de un centro estereognico el cambio de configuracin del carbono de L a D da
lugar a un diastereoismero.
CO
2
H
3
N H
CH
2
CH
3
H
3
C H

CO
2
H NH
3
CH
2
CH
3
H
3
C H

L-Isoleucina D-Allo-Isoleucina
Estereoqumica
Aminocidos que el organismo no puede sintetizar y lo
tenemos que ingerir en la dieta. Esto quiere decir que
nuestro organismo puede sintetizar varios aminocidos a
partir de lo que ingerimos.
Aminocidos Esenciales
Aminocidos esenciales Aminocidos no
esenciales
Histidina Alanina
Leucina Arginina
Isoleucina Asparagina
Lisina Acido Asprtico
Metionina Cistena
Fenilalanina Glutamina
Treonina Acido glutmico
Triptofano Glicina
Valina Prolina
Serina
Tirosina
Aminocidos Esenciales
- Los aminocidos son sustancias mucho ms polares de lo que uno esperara de
acuerdo con su frmula molecular.
- Las propiedades que presentan, slidos cristalinos solubles en agua, se atribuyen al
hecho de que la forma estable es un zwitterin o sal interna.
- Los aminocidos son anfteros, contienen un grupo cido y uno bsico.
Formas zwitterinicas de un aminocido
H
3
N CH C
R
O
O
H
2
N CH C
R
OH
O
H
3
N CH C
R
O
O
H
2
N CH C
R
O
O
H
3
N CH C
R
OH
O
-H
+
+H
+
-H
+
+H
+
Especie presente
en medio cido
Especie presente
en medio bsico
Zwitterin
Especie presente
en medio neutro
Propiedades
Todos los amino cidos tienen al menos dos grupos
ionizables, por lo tanto

a) La carga neta de un amino cido depende del pH.
b) Punto isoelctrico: valor de pH, donde la carga neta es cero.
c) Sustancia zwiterinica: sustancia que en su punto isoelctrico tiene
propiedades aninicas y catinicas

Propiedades
Curva de valoracin de la glicina.
- Valores de pH menores que pKa
1
: la especie a es la mayoritaria.
- Valores entre pKa
1
y pKa
2
:la principal especie es el zwitterin (b). La concentracin
del zwitterin es mxima en el punto isoelctrico pI.
- Valores superiores a pKa
2
: la especie c es la presente en mayor concentracin.
a b c
H
3
N CH C
R
O
O
H
2
N CH C
R
O
O
H
3
N CH C
R
OH
O
-H
+
+H
+
-H
+
+H
+
Propiedades
16
- A pH cido: prevalece la especie con carga +
- A pH bsico: prevalece la especie con carga
- Hay un valor de pH para el cul la carga de la especie es cero.
(zwitterin)



- pI = (pK1 + pK2 )/2 para un aa neutro


- Punto isoelctrico: valor de pH al cul la carga neta del aminocido
es cero.
Propiedades
Punto Isolctrico
Todos los amino cidos tienen al menos dos
grupos ionizables, por lo tanto
La carga neta de un amino cido depende
del pH.
Punto isoelctrico: valor de pH, donde la
carga neta es cero.
Sustancia zwiterinica: sustancia que en su
punto isoelctrico tiene propiedades
aninicas y catinicas

-La glicina se caracteriza por dos pKa: uno corresponde a la posicin ms cida
(pKa1) y el otro a la menos cida (pKa2). Otros aminocidos con cadenas laterales
neutras presentan valores de pKa similares a los de la glicina.
- El punto isoelctrico pI corresponde al valor de pH para el cual el aminocido no
tiene carga neta, corresponde a un mximo en la concentracin del zwitterin.
Aminocido pKa1 pKa2 pI
Glicina 2.34 9.60 5.97
Alanina 2.34 9.69 6.00
Valina 2.32 9,62 5.96
Leucina 2.36 9,60 5.98
Isoleucina 2.36 9,60 6.02
Metionina 2.28 9,21 5.74
Prolina 1.99 10.60 6.30
fenilalanina 1.83 9,13 5.48
Triptofan 2.83 9,39 5.89
Asparagina 2.02 8,80 5.41
Glutamina 2.17 9,13 5.65
Serina 2.21 9,15 5.68
Treonina 2.09 9,10 5.60
pKa1:ionizacin del grupo carboxlico; pKa2: deprotonacin del in amonio
Propiedades
- Aquellos aminocidos que poseen cadenas laterales que contienen grupos cidos o
bsicos se caracterizan mediante tres valores de pKa. El valor del pKa extra (puede
ser pKa2 o pKa3) refleja la naturaleza de la funcin presente en la cadena lateral.
- Los puntos isoelctricos de estos aminocidos se encuentran a medio camino entre
los valores de los pKa del monocatin y del monoanin.
- Las propiedades cido-base de la cadena lateral de los aminocidos son
importantes tanto para las propiedades de las protenas que los contienen como
para el anlisis de mezclas de aminocidos que pueden ser separados en base a su
capacidad para dar o aceptar protones.
Aminocido pka1 pKa2 pKa3 pI
cido Asprtico 1.88 3.65 9.60 2.77
cido Glutmico 2.19 4.25 9.67 3.22
Tirosina 2.20 9.11 10.07 5.66
Cistena 1.96 8.18 10.28 5.07
Lisina 2.18 8.95 10.53 9.74
Arginina 2.17 9.04 12.48 10.76
Histidina 1.82 6.00 9.17 7.59
Propiedades
21



Dipptidos
En pptidos, polipptidos y protenas los aminocidos se unen unos a otros mediante enlaces amida. El
enlace amida entre un grupo amino de una aminocido y el carboxilo de otro se denomina enlace
peptdico.
- Por acuerdo las estructuras peptdicas se escriben de manera que el grupo amino se escribe a la izquierda y
el carboxilo a la derecha. As los extremos izquierdo y derecho de los pptidos corresponden al extremo
amino y al carboxlico, respectivamente. La alanina es el aminocido N-terminal en la alanilglicina y la
glicina es el aminocido C-terminal.
- El orden preciso de enlace en un pptido es su secuencia de aminocidos y se especifica usando las
abreviaturas de tres letras correspondientes a cada aminocido conectadas por guiones.
- Los aminocidos individuales que componen un pptido son llamados residuos.
H
N
O
OH
NH
2
O
Alanilglicina
Aminocido N-terminal
Aminocido C-Terminal
Glicina
Alanina
Dipptidos
Hechos estructurales importantes:

- El enlace peptdico muestra una geometra plana.

- La conformacin ms estable con respecto a dicho enlace tiene los dos carbonos en anti, uno con respecto
al otro.

- La rotacin en torno al enlace amida es lenta debido a la deslocalizacin del par electrnico sin compartir
del nitrgeno en el grupo carbonilo, lo que da al enlace C-N cierto carcter de enlace doble.
Dipptidos
Los pptidos se clasifican por el nmero de unidades de
aminocidos:
Dipptido: dos unidades de aminocidos
Tripptido: tres unidades de aminocidos
Tetrapptido: cuatro unidades de aminocidos
Y as hasta 9 unidades de aminocidos.
Oligoptido: entre 10 y 20 unidades de aminocidos
Polipptido: 20 o ms unidades de aminocidos
Pptidos
Esta secuencia de aminocidos se puede resumir como:
Al Gli Tir Glu Val - Ser
La encefalina es un pentapptido.
Ejemplos de Pptidos
Algunos pptidos presentan modificaciones estructurales, un ejemplo es la
oxitocina.
Ejemplos de Pptidos
28
Cistina
H
2
N CH
C
CH
2
OH
O
H
2
S
H
2
N CH
C
H
2
C
OH
O
SH
2
+
H
2
N CH
C
CH
2
OH
O
S
H
2
N CH
C
H
2
C
OH
O
S
Formacin de Enlaces Dislfuro
29
Hace referencia a:
La identidad de aminocidos.
La secuencia de aminocidos.
La cantidad de aminocidos.
La variacin en un solo aa hace que cambie su funcin biolgica.
Los aa se unen por UNIONES PEPTDICAS.
Protenas
Estructura Primaria

- La estructura secundaria de un pptido consiste en la relacin conformacional
del aminocido vecino ms cercano con respecto a otro.

- L. Pauling y R. B. Corey establecieron que ciertas conformaciones peptdicas eran
ms estables que otras.

- Dos disposiciones especialmente estables son: la hlice y la hoja plegada .

- Ambas conformaciones se basan en:

- La geometra del enlace peptdico es plana y la cadena principal se dispone en
conformacin anti.

- Se pueden formar enlaces de hidrgeno cuando el grupo N-H de un residuo y el
grupo C=O de otro se encuentran prximos en el espacio. Aquellas
conformaciones que maximizan el nmero de estos enlaces se encuentran
particularmente estabilizadas.
Protenas
Estructura Secundaria
Hoja plegada o lmina
En esta disposicin los aminocidos forman una
cadena en forma de zigzag, mediante la formacin de
enlaces opuentes de hidrgeno entre los grupos
N-H y los C=O de cadenas adyacentes antiparalelas.
Ej: fibrona de la seda.
Hlice
Se forma al enrollarse la estructura primaria
helicoidalmente sobre s misma. Se debe a la
formacin de enlaces o puentes de hidrgeno
entre el -C=O de un aminocido y el -NH- del cuarto
aminocido que le sigue. Ej: queratina del pelo,
cuernos, uas, lana.
Protenas
Estructura Secundaria
Una cadena con estructura secundaria adquiere una determinada disposicin en el
espacio por interacciones entre aa que se encuentran en sitios alejados de la cadena.
Protenas globulares: se pliegan como un ovillo.
Protenas fibrosas: tiene aspecto alargado.
Protenas
Estructura Terciaria
La estructura terciaria de una protena depende de diversos factores:
- Su estructura primaria y secundaria.
- Su entorno. En protenas globulares la parte lipoflica se sita hacia el interior y los
grupos polares en la superficie. El estado nativo de una protena es la estructura
terciaria en la cual expresan su actividad biolgica.
- Conocer el plegamiento de la protena permite entender el mecanismo por el que
un enzima cataliza las reacciones. Ej: carboxipeptidasa.
- La regin interna del enzima donde se localizan los grupos funcionales que
participan en la actividad cataltica se conoce con el nombre de sitio activo.
Protenas
Estructura Terciaria

- Algunas protenas estn formadas por ensamblaje de dos o ms cadenas. La forma
en que estas subunidades se encuentran organizadas se denomina estructura
cuaternaria.
- Surge de la asociacin de varias cadenas con estructuras terciarias.
- Intervienen las mismas interacciones que en la estructura terciaria.

hemoglobin protease, Escherichia coli
(http://www.pdb.org/) DOI:10.1074/jbc.M412885200

Protenas
Estructura Cuternaria