Aminoacidos y

Proteinas

BIOQUÍMICA
 PROTEÍNAS

Macromoléculas compuestas por

una secuencia lineal de hasta 21
α-L-aminoácidos diferentes unidos
por enlaces peptídicos (amida).
Determinan:

-Carga
-Polaridad e
hidrofobicidad de las
proteínas
-Participan en la
formación de enlaces
intracatenarios e
intercatenarios.
Se pliegan en complejas formas tridimensionales
que dan lugar a las características estructuras
helicoidales, en hoja plegada y dominios,
determinadas por enlaces covalentes, enlaces
de hidrógeno, puentes salinos e interacciones
hidrofóbicas entre las cadenas laterales de los
aminoácido.

Se pueden formar proteínas multiméricas por la

asociación de unidades monoméricas.
 Las proteínas son los principales polímeros
estructurales y funcionales en los seres vivos

FUNCIONES
● Catálisis de reacciones metabólicas
● Transporte de vitaminas, minerales,
oxígeno y combustibles
● Estructura de los tejidos
● Transmisión nerviosa
● Contracción muscular
● Motilidad celular
● Coagulación de la sangre
● Defensa inmunitaria
● Hormonas y moléculas reguladoras
Son sintetizadas como una secuencia de aminoácidos unidos formando
una estructura poliamida (polipéptido) lineal, pero adoptan estructuras
tridimensionales complejas al realizar sus funciones.
 AMINOÁCIDOS

Bloques de construcción de
las proteínas

Estereoquímica: configuración en el
carbono α e isómeros D y L

Cada aminoácido tiene un

carbono central, denominado
carbono α, al cual se unen cuatro
grupos diferentes:
 Estereoisómeros o enantiómeros
Son quirales «mano»

Dichos isómeros son imágenes especulares no superponibles

Las dos configuraciones de los aminoácidos se denominan D (dextro, que significa «derecha») y L (levo,
que significa «izquierda»).

Todos los aminoácidos en las proteínas son de configuración L, ya que las proteínas son
biosintetizadas por enzimas que insertan solamente L-aminoácidos en las cadenas peptídicas.
 Clasificación de los aminoácidos según la
estructura química de sus cadenas laterales

Las propiedades de cada aminoácido

dependen de su

Cadena lateral (R)

Determina la estructura y la función
de las proteínas y la carga eléctrica
de la molécula.
Los aminoácidos con cadenas laterales cargadas, polares o hidrofílicas
normalmente se encuentran expuestos en la superficie de las proteínas.

Los residuos hidrofóbicos apolares normalmente se encuentran

enterrados en el interior hidrofóbico o núcleo de una proteína y no están
en contacto con el agua.
 Aminoácidos alifáticos

(alanina, valina, leucina e isoleucina)

Tienen hidrocarbonos saturados como cadenas laterales.

La glicina, que solamente tiene un hidrógeno como cadena lateral, se incluye también en este
grupo.

La alanina tiene una estructura relativamente simple, un grupo metilo como cadena lateral,
mientras que la leucina y la isoleucina tienen grupos isopropilo, sec-butilo e iso-butilo.

Todos estos aminoácidos son hidrofóbicos.

 Aminoácidos aromáticos

La fenilalanina, la tirosina y el triptófano tienen cadenas laterales aromáticas.

Los aminoácidos apolares alifáticos y aromáticos suelen encontrarse enterrados en el

interior de la proteína y están involucrados en interacciones hidrofóbicas entre ellos.

La tirosina tiene un grupo hidroxilo débilmente ácido y puede localizarse en la

superficie de las proteínas. La fosforilación reversible del grupo hidroxilo de la tirosina
en algunas enzimas es importante en la regulación de las vías metabólicas.
Responsables de la absorción
ultravioleta de la mayoría de las
proteínas, que presentan un máximo
de absorción a unos 280 nm.

El triptófano tiene una absorción

mayor en esta región que la
fenilalanina o la tirosina.

El coeficiente de absorción molar de

una proteína es útil para determinar la
concentración de una proteína en
disolución mediante espectrometría.
 Aminoácidos que no forman parte de proteínas

Aminoaciduria: Cuantificación de aminoácidos anormales o de concentraciones

elevadas de aminoácidos en orina.

Aminoácidos libres en plasma 10-100 µmol/l

La citrulina es un metabolito de la L-arginina y un producto de la óxido nítrico sintasa.

La creatinina proviene principalmente del músculo y se excreta en cantidades

relativamente constantes por unidad de masa corporal por día.
La concentración de creatinina en orina (alrededor de 1 mg/ml), puede utilizarse para
corregir la dilución de la orina; la concentración urinaria de un aminoácido se
expresa normalmente en µmol/g de creatinina.

Aminoácido más abundante en la orina, la glicina (400-2.000 mg/g de creatinina)

Algunos dipéptidos, como la carnosina, la β-alanil-L-histidina y la anserina (β alanil-N-

metilhistidina), también se encuentran en concentraciones considerables en los tejidos
y se cree que protegen frente a las especies reactivas del oxígeno.
 Aminoácidos polares neutros

Contienen grupos hidroxilo o amida en su

cadena lateral.

Estos aminoácidos se encuentran a veces en los

centros activos de proteínas catalíticas, las
enzimas.

La asparagina y la glutamina tienen cadenas

laterales con grupos amida. Estas son polares,
pero en condiciones fisiológicas carecen de
carga.

Son los principales lugares de unión de azúcares

a proteínas, formando las glucoproteínas
 Aminoácidos ácidos

Los ácidos aspártico y glutámico contienen ácidos carboxílicos en sus

cadenas laterales, transportan cargas negativas en sus grupos carboxilo β y γ.

En el estado ionizado, estos aminoácidos se denominan aspartato y glutamato.

 Aminoácidos básicos

Son hidrofílicos.

Las cadenas laterales de la lisina y la

arginina están completamente
protonadas a pH neutro y, por tanto,
están cargadas positivamente.

La arginina es el aminoácido más

básico y su grupo guanidino existe como
ion guanidinio.

La histidina tiene un anillo imidazólico

como cadena lateral y actúa como
catalizador ácidobásico general en
numerosas enzimas.
 Aminoácidos que contienen azufre

La cisteína y la cistina (su forma

oxidada), son aminoácidos que
contienen azufre y que se caracterizan
por su baja polaridad.

La cisteína desempeña un papel

importante en la estabilización de la
estructura de las proteínas, ya que
puede participar en la formación de
puentes disulfuro con otros residuos de
cisteína para formar residuos de
cistina.
 Prolina, un iminoácido cíclico

Se diferencia del resto de

aminoácidos en que el anillo de
pirrolidina de su cadena lateral
incluye el grupo α-amino y el
carbono α. Este iminoácido fuerza
un “ángulo” en la cadena
polipeptídica, lo que causa algunas
veces cambios abruptos en la
dirección de la cadena.
 Clasificación de los aminoácidos según la
polaridad de las cadenas laterales del aminoácido
Las cadenas laterales polares pueden intervenir en la unión del hidrógeno al agua
y a otros grupos polares y normalmente se encuentran en la superficie de la
proteína.
Resumen de los grupos funcionales de aminoácidos y su polaridad
 Estado de ionización de un aminoácido
Los aminoácidos son moléculas anfóteras, es decir,
tienen tanto grupos básicos como ácidos
Los ácidos monoamino y monocarboxílico en disolución presentan varias formas de
ionización según el pH de la solución

Zwitterión

Ph ácido Ph básico
Valores de pKa de los grupos
ionizables en las proteínas
La carga neta global de una
proteína depende de la
contribución de los
aminoácidos básicos (carga
positiva) y ácidos (carga
negativa), pero la carga real en
la proteína varía con el pH de la
disolución.
 Ecuación de Henderson-Hasselbalch y pKa

La ecuación de Henderson-Hasselbach describe la titulación de un

aminoácido y puede usarse para predecir la carga neta y el punto
isoeléctrico de una proteína
La disociación general de un ácido débil,
como el ácido carboxílico, viene dada por la
ecuación siguiente:

Forma Forma no
protonada protonada
Ecuación de Henderson-Hasselbalch y pKa

Se define como la
constante de equilibrio de la
reacción de disociación

Constante de
disociación:
Ecuación de Henderson-Hasselbalch y pKa

La ecuación puede expresarse

en términos de un logaritmo
negativo
Ecuación de Henderson-Hasselbalch y pKa

Dado que el pH es el logaritmo

negativo de [H+] (es decir, –log[H+])
y el pKa es igual al logaritmo
negativo de la constante de
disociación para un ácido débil (es
decir, –logKa) la ecuación de
Henderson- Hasselbalch puede
desarrollarse y utilizarse para el
análisis de los sistemas de equilibrio
ácido-base
Ecuación de Henderson-Hasselbalch y pKa
AMORTIGUADORE
SY
TAMPONES
Los aminoácidos y las proteínas son amortiguadores
excelentes en condiciones fisiológicas
Los amortiguadores son soluciones que minimizan un cambio en el pH, al añadir un ácido o una base.
Una disolución amortiguadora que contenga un ácido débil o una base débil y un ion de carga contraria tiene
una capacidad de amortiguación máxima a su pKa , es decir, cuando las formas ácidas y básicas están presentes
a la misma concentración.

La forma ácida protonada reacciona con la base añadida y la forma básica no protonada neutraliza el ácido
añadido
 PÉPTIDOS
Y
PROTEÍNAS
Estructura Primaria de las Proteínas
La estructura primaria de las proteínas es la secuencia lineal de sus aminoácidos

En las proteínas, el grupo carboxilo de un aminoácido se une al grupo amino del aminoácido
siguiente, formando un enlace amida (péptido); durante la reacción se elimina agua.
Las unidades de aminoácidos de una cadena peptídica se denominan residuos aminoácidos.
Una cadena peptídica formada por tres residuos aminoácidos se denomina tripéptido; un ejemplo es el glutatión.
Por convención, el amino terminal (N-terminal) se considera el primer residuo y la secuencia de aminoácidos se
escribe de izquierda a derecha.

El residuo aminoácido que tiene un grupo amino libre en uno de los extremos del péptido (Asp) se denomina
aminoácido N-terminal (amino terminal), mientras que el residuo que tiene un grupo carboxilo libre en el otro
extremo (Leu) se denomina aminoácido C-terminal (carboxilo terminal).
Las cadenas laterales de los aminoácidos contribuyen tanto a la carga como a la
hidrofobicidad de las proteínas

La composición de aminoácidos de una cadena peptídica tiene un efecto notorio en sus propiedades físicas y
químicas. Las proteínas ricas en grupos amino alifáticos o aromáticos son relativamente insolubles en agua y se
encuentran frecuentemente en las membranas celulares. Las proteínas ricas en aminoácidos polares son más
hidrosolubles.
Los grupos de aminoácidos con cadena lateral ácida (Glu, Asp) o básica (Lys, His, Arg) conferirán carga y
capacidad de amortiguación a la proteína.

Las proteínas son una parte importante de la capacidad de tamponamiento de las células y de los líquidos
biológicos, incluida la sangre.
Estructura Secundaria de las Proteínas
La estructura secundaria de las proteínas está determinada por las interacciones mediante
puentes de hidrógeno entre los grupos carbonilo y amida del esqueleto

La estructura secundaria de una proteína hace referencia a la estructura local de la cadena

polipeptídica. Esta estructura está determinada por las interacciones mediante puentes de
hidrógeno entre el oxígeno del grupo carbonilo de una cadena peptídica y el hidrógeno de amida
de otro puente peptídico cercano. Existen dos tipos de estructura secundaria: la hélice α y la hoja
plegada β.
Hélice α
La hélice α es una estructura en forma de varilla
con la cadena peptídica fuertemente enrollada y
con las cadenas laterales de los residuos
aminoácidos extendiéndose hacia fuera del eje de
la espiral. Cada grupo carbonilo amídico está
unido mediante un puente de hidrógeno al
hidrógeno del grupo amida de un enlace peptídico
que está a una distancia de cuatro residuos a lo
largo de la misma cadena.
Hoja plegada β
Si los enlaces de hidrógeno se forman lateralmente
entre enlaces peptídicos, las secuencias
polipeptídicas se ordenan de forma paralela o
antiparalela entre sí, en una disposición que se
denomina hoja plegada β. La hoja plegada β es
una estructura extendida, a diferencia de la hélice
α, que está enrollada.
Está plegada porque los enlaces carbono-carbono
(C–C) son tetraédricos y no pueden existir en una
configuración plana.
Purificación y caracterización de las
proteínas
*Para caracterizar una proteína, primero es necesario purificar la proteína
separándose de otros componentes en mezclas biológicas complejas.

*Las fuentes de las proteínas normalmente son la sangre o los tejidos, o

células microbianas, como bacterias y levaduras.
*Primero, las células o tejidos se rompen mediante troceado u
homogeneización en disoluciones isotónicas tamponadas.
*El «extracto crudo» que contiene orgánulos, como el núcleo, mitocondrias, lisosomas,
microsomas y fracciones citosólicas, puede fraccionarse posteriormente mediante centrifugación
a alta velocidad o mediante ultra centrifugación. Las proteínas fuertemente unidas a otras
biomoléculas o membranas pueden solubilizarse utilizando disolventes orgánicos o detergentes.
 Purificación-precipitación de proteínas
*La purificación de proteínas se basa en las diferencias en su solubilidad,
tamaño, carga y capacidad de unión

*La solubilidad de una proteína puede incrementarse añadiendo sal a baja

concentración (salinización) o disminuirse añadiendo una concentración
elevada de sal (precipitación mediante desalinización).
Cuando se añade sulfato de amonio, una de las sales más solubles, a una disolución de
una proteína, algunas proteínas precipitan a una concentración concreta de sal, mientras
que otras no precipitan.

Las inmunoglobulinas séricas humanas pueden precipitar al añadir (NH4)2SO4 saturado al

33-40%, mientras que la albúmina permanece soluble.
La mayoría de las proteínas precipitarán en una disolución de (NH4)2SO4
saturado al 80%.

* Las proteínas también pueden precipitar en una disolución ajustando el

pH.
 Diálisis y ultrafiltración

Las moléculas pequeñas, como las sales, pueden separarse de las

disoluciones de proteínas mediante diálisis o ultrafiltración.
La diálisis se realiza
añadiendo la disolución de
proteína y sal a un tubo de
membrana semipermeable.

Cuando el tubo se sumerge

en una disolución tamponada
diluida, las moléculas
pequeñas pasarán a través de
la membrana, pero las
moléculas proteicas grandes
quedarán retenidas en el
tubo, dependiendo del
tamaño del poro de la
membrana de diálisis.
La ultrafiltración utiliza presión para forzar el paso de una disolución a
través de una membrana semipermeable con un tamaño de poros definido y
homogéneo. Seleccionando el valor de corte del peso molecular adecuado,
las membranas permitirán que el disolvente y los solutos de menor peso
molecular atraviesan la membrana, formando el filtrado, mientras que las
proteínas de mayor peso molecular quedarán retenidas en la solución que
no puede pasar el filtro. La ultrafiltración puede utilizarse para concentrar
disoluciones de proteínas o para llevar a cabo la diálisis mediante un
continuo reemplazo del tampón en el compartimento de retención.
 Filtración en gel (tamizado molecular)
La cromatografía de filtración en gel separa
las proteínas según el tamaño

La cromatografía de filtración en gel usa

una columna de polímeros insolubles, pero
altamente hidratados, como el dextrano, la
agarosa o la poliacrilamida.

La cromatografía de filtración en gel

depende de la diferente migración de
solutos disueltos a través de geles que
tienen poros de tamaños definidos.

Esta técnica se utiliza con frecuencia para

la purificación de proteínas y para la
desalinización de disoluciones de proteínas.
Cromatografía de intercambio iónico: Las proteínas se unen a
matrices de intercambio iónico en función de las interacciones entre
cargas
se puede dar de dos formas :
intercambio catiónico: un ion o molécula o ion
con cargas positivas se une a otro con la misma
carga pero unido a una fase inmovilizada cargada
negativamente
intercambio aniónico: ion o molécula con cargas
negativas unido a otro de la misma carga unido a
una fase inmovilizada cargada positivamente.
cromatografía de afinidad: la cromatografía de afinidad purica las
proteínas basándose en las interacciones con ligandos:

método práctico y específico para la purificación de

proteínas, en el que la proteína de interés se unirá
selectiva y específicamente al ligando pasando las
otras por la columna cromatográfica. La proteína se
puede eluir por una alta concentración de sal por
desnaturalización suave o mediante una forma
soluble del ligando
Determinación de la pureza y del peso molecular de las proteínas :
La electroforesis en gel de poliacrilamida en dodecilsulfato sódico
puede usarse para separar proteínas basándose en la carga

la electroforesis se puede implementar para separar una amplia variedad de moléculas

ADN , las que tienen carga negativa al pH seleccionado migran hacia el ánodo y las que
tienen una carga neta positiva migran hacia el cátodo .

se puede utilizar para fraccionamiento preparativo de proteínas a ph fisiológico . las

distintas proteínas de la disolución se moverán a diferentes velocidades en el campo
eléctrico, dependiendo del valor del cociente carga/masa para cada molécula.
cromatografía líquida de alto rendimiento HPLC (High-performance liquid chromatography)

técnica útil para separación de alta resolución de proteinas, peptidos, y aminoacidos

principios de separación: la carga, el tamaño o la hidrofobicidad de las proteínas.

columnas muy estrechas y empaquetadas con matriz no comprimible de bolitas de silice

rodeada por una fina capa de una fase estacionaria.

las bolitas compactas del orden de micras y requiere unas altas presiones para lograr una
elucion eficaz pero a cambio proporciona separaciones de alta resolución.
isoelectroenfoque (IEF): el IEF se utiliza para separar proteínas según su punto isoeléctrico

se realiza en microcanal o gel que contiene un gradiente de pH estabilizado, compuesto de

anfolitos que son especies dipolares con gama de puntos isoeléctricos. aplicando una carga
a la disolución, los ansiolíticos se autoorganizan en un gradiente de pH estable.

el IEF se usa junto con el SDS-PAGE para la electroforesis en el gel bidimensional.

análisis de la estructura proteica

para poder analizar se requiere purificar la

proteína después la proteína se somete en
HCL 6mol/l a 110°C en un tubo sellado al
vacío por 24-48hr.

se logrará que el el triptófano, la cisteína y

la mayor parte de la cistina son destruidos,
y la glutamina y la asparagina son
desaminadas cuantitativamente para dar
glutamato y aspartato, respectivament.
 El proteoma:

Es el conjunto completo de proteínas

producidas por el genoma.

Es específico del tejido y de la célula, y

experimenta cambios durante el
desarrollo y en respuesta a señales
hormonales y al estrés ambiental.
 La proteómica:

Rama de la genómica que analiza

todo el complemento proteico de
una célula, tejido u organismo en
un conjunto de condiciones
específicas y definidas

Estudia a gran escala las

proteínas, su estructura y
funciones fisiológicas.
 Para analizar el proteoma
de una célula, las proteínas
son extraídas y se someten
a electroforesis
bidimensional (2D)
La información sobre la secuencia primaria de
una proteína es esencial para comprender:

● Sus funciones
● La identificación de la familia a la que
pertenece
● La caracterización de las proteínas
mutantes que causan enfermedad.

Las proteínas normalmente se escinden

mediante digestión por endoproteasas
específicas como:

● La tripsina
● La proteasa V8
● La lisil endopeptidasa
Determinación de la
estructura primaria de
las proteínas
 Para el análisis secuencial de las proteínas se
realizan mediante espectrometría de masas

Esta técnica es suficientemente sensible para que las

proteínas aisladas por 2D-PAGE puedan recuperarse del gel
para el análisis.

La tripsina puede digerir in situ menos de 1 ug de proteína; a

continuación, puede extraerse del gel e identificarse según la
secuencia de aminoácidos de sus péptidos.

Esta técnica, así como una técnica complementaria llamada:

MALDI-TOF MS/MS (matrix-assisted laser desorption

ionization-time of flight), puede aplicarse para determinar el
peso molecular de las proteínas intactas y para el análisis de la
secuencia de péptidos, permitiendo la identificación inequívoca
de una proteína.
Determinación de la
estructura tridimensional
de las proteínas
 Mediante la cristalografía de rayos X y la
espectroscopia de resonancia magnética (RM)

La cristalografía de rayos X:
● se basa en la difracción de los rayos X por los
electrones de los átomos que forman la molécula.
● Sin embargo, la proteína debe encontrarse en forma
de cristal bien ordenado
● Para la cristalización de las proteínas, el método más
usado es el de la gota colgante

La espectroscopia de RM:
Se suele emplear para el análisis estructural de compuestos
orgánicos pequeños

Complementa la información obtenida por cristalografía de

rayos X.
 Plegamiento de proteínas

Para que las proteínas funcionen correctamente

deben plegarse en la forma o conformación
correcta.

Existen Proteínas llamadas chaperonas, que son

proteínas que ayudan a otras en el proceso de
plegamiento incluyen las proteínas de «choque
térmico»

Ej:

● HSP 60
● HSP 70
● Proteínas disulfuro isomerasas.
PRIONES
Los priones son proteínas mal plegadas que
parecen estar compuestos solamente de
moléculas de PrPSc (forma ovina), que son
moléculas con una conformación anormal de la
proteína normal codificada por el huésped.

La PrPSc tiene un alto contenido de hoja

plegada β.

Ocurren en enfermedades crónicas asociadas

con el envejecimiento

La acumulación de agregados de proteínas mal

plegadas contribuye a la patogenia de
enfermedades.
Enfermedad de Creutzfeldt-Jakob

Enfermedad causada por priones, también

con el nombre de encefalopatías
espongiformes transmisibles.

Son enfermedades neurodegenerativas que

afectan tanto a seres humanos como a
animales.

Estas patologías se caracterizan por la

acumulación en el cerebro de una isoforma
anormal de una proteína codificada por el
huésped, una forma celular de una proteína
priónica (PrPc).