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Introducción

En la naturaleza encontramos dos tipos de materia, la viviente y


la no viviente

Ambos tipos de materia están formados por átomos y


obedecen las mismas leyes físicas y químicas

Dr. Eduardo R ODRÍGUEZ T.


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Conceptos básicos de biología
Introducción

La materia viviente:
Puede moverse, reproducirse, crecer, comer, etc.
Interactúa activamente con su ambiente

Los seres vivos actúan de esta forma debido a un


complejo conjunto de reacciones químicas que ocurren en
su interior

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Introducción
Estas reacciones nunca se detienen

En muchas ocasiones los productos de una reacción son


constantemente consumidos por otra reacción, manteniendo
el sistema en funcionamiento

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Introducción

Hablando en términos simples, las proteínas son responsables


de lo que es un ser vivo y lo que puede hacer en un sentido
físico
Un científico renombrado llamado Russell F. Doolittle alguna vez
dijo “Nosotros somos nuestras proteínas”
Por otra parte, los ácidos nucleicos codifican la
información necesaria para producir proteínas y son
responsables de transmitir esta “receta” a generaciones
subsecuentes

Dr. Eduardo R ODRÍGUEZ T.


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Conceptos básicos de biología
Introducción

La biología molecular básicamente está dedicada a entender


la estructura y función de las proteínas y los ácidos nucleicos

Estas moléculas son por lo tanto esenciales en el estudio de


la Bioinformática

A continuación daremos una breve descripción de cada una de


ellas

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Proteínas

La mayoría de las substancias en nuestros cuerpos


son proteínas, de las cuales hay diferentes tipos

Las proteínas estructurales actúan como bloques de


construcción de tejidos (colágeno y queratina)

Las proteínas enzimáticas actúan como catalizadoras


de reacciones químicas

Un catalizador es una substancia que acelera una


reacción química

Sin las proteínas enzimáticas muchas reacciones bioquímicas


no se llevarían a cabo o tardarían mucho en completarse por lo
que no serían útiles para la vida

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Proteínas

Proteínas

Una proteína es una cadena de moléculas más simples


llamadas
aminoácidos

La siguiente figura presenta la estructura básica de


un aminoácido

Un Carbono alfa (Cα ) unido a un grupo carboxilo (−COOH), a


un grupo amino (−NH2 ), a un hidrógeno y a una cadena lateral
(usualmente
Dr. Eduardo R ODRÍGUEZ T. denominada R)
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Conceptos básicos de biología
Proteínas

La cadena R es de estructura variable, y determina la identidad


y las propiedades de los diferentes aminoácidos

La cadena R puede ser tan simple como un átomo de


Hidrógeno (Glicina) o tan complicado como dos anillos de
Carbono (Triptófano)

Existen cientos de cadenas R por lo que se conocen cientos de


aminoácidos diferentes, pero sólo 20 de entre ellos forman
parte de las proteínas

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Conceptos básicos de biología
Conceptos básicos de biología molecular, I Proteínas

Proteínas

No. Aminoácido Códigos No. Aminoácido Códigos


1 Alanina Ala A 11 Leucina Leu L
2 Arginina Arg R 12 Lisina Lys K
3 Asparagina Asn N 13 Metionina Met M
4 Ácido aspártico Asp D 14 Fenilalanina Phe F
5 Cisteína Cys C 15 Prolina Pro P
6 Glutamina Gln Q 16 Serina Ser S
7 Ácido glutámico Glu E 17 Treonina Thr T
8 Glicina Gly G 18 Triptófano Trp W
9 Histidina His H 19 Tirosina Tyr Y
10 Isoleucina Ile I 20 Valina Val V

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Conceptos básicos de biología
Conceptos básicos de biología molecular, I Proteínas

Proteínas

En una proteína los aminoácidos están unidos por


enlaces peptídicos

Por esta razón las proteínas son cadenas polipeptídicas

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Conceptos básicos de biología
Conceptos básicos de biología molecular, I Proteínas

Proteínas
En un enlace peptídico, el átomo de Carbono que pertenece al
grupo carboxilo (−COOH) del aminoácido (1) se enlaza al
átomo de Nitrógeno del grupo amino (−NH 2 ) del aminoácido
(2), desprendiendo una molécula de agua (H2O)

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Conceptos básicos de biología
Conceptos básicos de biología molecular, I Proteínas

Proteínas

Observemos que lo que encontramos realmente dentro de una


cadena polipeptídica es residuos de los aminoácidos
originales

Por lo tanto, generalmente se habla de proteínas que tienen


100 residuos, en vez de 100 aminoácidos

Las proteínas contienen en promedio 300 residuos, pero las


hay con entre 100 y 5000 residuos

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Conceptos básicos de biología
Estructura Primaria
• Secuencia linear de los aminoácidos que forman una
proteína.

• Unidos por enlace peptídico y en algunos casos por


puentes disulfuro.
Estructura Secundaria
• Estructura espacial estable.
• Alfa-Hélice: aa dispuestos en una estructura helicoidal dextrógira,
dada por la formación de puentes de hidrógeno.
Estructura Terciaria
• Superalargamientos y enrollamientos de la estructura
secundaria, formando dominios compactos en formas
tridimensionales geométricas complicadas.
Estructura Cuaternaria
• Asociación no covalente de dos o más cadenas
polipeptídicas (subunidades).
• Peso molecular elevado.
Conceptos básicos de biología molecular, I Proteínas

Proteínas

Tránsito de la estructura primaria a la estructura secundaria de


una proteína, i.e. plegamiento de proteínas (protein folding)

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Conceptos básicos de biología
Conceptos básicos de biología molecular, I Proteínas

Proteínas

¿Cómo se obtienen las proteínas?

Estas se producen en una estructura de la célula llamada


Ribosoma

En un ribosoma los aminoácidos componentes de una proteína


son ensamblados uno a uno gracias a la información contenida
en una molécula importante llamada ácido ribonucleico
mensajero (ARNm)

Para explicar cómo sucede esto es necesario primero


explicar qué son los ácidos nucleicos

Dr. Eduardo R ODRÍGUEZ T.


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Conceptos básicos de biología
Nucleótidos
• Fosfato de ribonucleósidos y desoxirribonucleósidos.

• Esenciales para la síntesis de ADN y ARN.

• Portadores de productos intermediarios:


• UDP-glucosa
• Dinucleótido de flavina y adenina (FAD)
• Dinucleótido de nicotinamida y adenina (NAD)
• Dinucleótido fosfato de nicotinamida y adenina (NADP)

• Segundos mensajeros:
• AMPc
Estructura de los Nucleótidos
Bases Nitrogenadas
Nucleósido y Nucleótido
Nucleó sidos y
Nucleó tidos
Funciones Celulares de los
Nucleótidos
• Metabolismo Energético :
• Monómeros de Ácidos Nucleicos ATP
• Regulación de Procesos Fisiológicos
• Control de Flujo sanguíneo : Adenosina
• Moléculas de señalización intracelular: cAMP y cGMP
• Coenzimas AMP
: FAD/NAD
• Transporte de Protones/Electrones UDP-Glucosa
:
•• Intermediarios activados
Intervienen en la biosíntesis de Coenzima A
:
• Regulación Alostérica
Purinas y Pirimidinas
• Síntesis
• De Novo
• Rescate
• Degradación
Purinas y
Pirimidinas
NH2 O

N C C N CH H N C C N CH

H
C C
N
N Purinas C C
N
H2 N N
H GuanineH
Adenine NH2
O CH3 C
N C
HN
C
C Pirimidinas O H

O C H C
Thymine/
N H
C C
Uracil N
Síntesis de Nucleótidos de Purina
PRPP

Mg2+
Monofosfato de Inosina (IMP)
Síntesis de AMP y GMP
Síntesis de Pirimidinas
Ciclo celular
División celular

interfase G1, S, G2

Ciclo celular
Mitosis

División
celular

Citocinesis
Interfase
Durante la interfase, la célula crece y
hace una copia de su ADN.
Durante la fase mitótica (M), la célula
separa su ADN en dos grupos y
divide su citoplasma para formar dos
nuevas células.

Fase G1- fase de primer intervalo, la


célula crece y copia los organelos y
hace componentes moleculares.
Fase S- copia del ADN, se duplica el
centrosoma y estos ayudan a
separar el ADN
Fase G2- segundo intervalo, la célula
crece, hace proteínas y organelos y
reorganizan su preparación para la
mitosis.
Mitosis
La mitosis es un tipo de división celular en el cual una célula (la madre) se divide
para producir dos nuevas células (las hijas) que son genéticamente idénticas entre
sí.
Profase
la célula comienza a deshacer
algunas estructuras y construir
otras.
• Los cromosomas comienzan
a condensarse.
• El huso mitótico comienza a
formarse (organizan los
cromosomas)
• El nucléolo desaparece.
• La envoltura nuclear se
descompone y los
cromosomas se liberan
metafase
Todos los cromosomas se alinean en
la placa metafásica.

• Los dos cinetocoros de cada


cromosoma deben unirse a los
microtúbulos de los polos opuestos
del huso.
• punto de control del huso y
ayuda a asegurar que las
cromátidas hermanas se dividan
uniformemente
Anafase
• En la anafase, las cromátidas hermanas se separan una de
la otra y son jaladas hacia los polos opuestos de la célula.
• Impulsados por proteínas motoras.
Telofase
• La célula casi ha terminado de
dividirse y comienza a
restablecer sus estructuras
normales mientras ocurre la
citocinesis (división del
contenido de la célula).
• El huso mitótico se descompone
• Se forman dos nuevos núcleos.
• Las membranas nucleares y los
nucléolos reaparecen.
• Los cromosomas comienzan a
descondensarse
Citocinesis
• La división del citoplasma para
formar dos nuevas células, se
superpone con las etapas finales
de la mitosis.

• En las células animales, la


citocinesis es contráctil con una
proteína llamada actina y el
pliegue del cordón se conoce
como surco de división.
Meiosis
La meiosis, por otra parte, solo se utiliza con un propósito en el cuerpo humano: la
producción de gametos o células sexuales.
Su objetivo es hacer células hijas con exactamente la mitad de cromosomas que la
célula inicial.

Cuando un espermatozoide y un óvulo se unen en la fecundación, sus dos


juegos haploides de cromosomas se combinan para formar un conjunto
diploide completo: un genoma nuevo.
Meiosis I
Cadenas de ácidos
nucleicos o
polinucleótidos
Estructura primaria del
ADN
Estructura secundaria del ADN
● Es antiparalela.

● Es complementaria.

● Forma un giro
helicoidal dextrógiro o
levógiro.
Estructura secundaria del ADN
Reglas de Chargaff :
En cualquier muestra de
ADN de cadena doble, la
cantidad de A es igual a la
cantidad de T.
La cantidad de G es igual
a la de C.
La cantidad de purinas es
igual a la de pirimidinas.
Variantes de la doble cadena de ADN
B-ADN
A-ADN
Z-ADN
La función biológica del ADN-Z es poco
comprendida, pero puede estar
relacionada con la regulación de la
expresión génica.
ADN circular
El ADN mitocondrial y el de células procariotas se encuentra en forma de molécula circular, sin extremos,
donde no hay interrupción de los enlaces fosfodiéster. Es posible encontrar al ADN circular como una
estructura relajada o como una estructura superenrollada y más compacta, donde la hélice del ADN gira
sobre sí misma y genera una superhélice.
Empaquetamiento: Nucleosoma
Las histonas que se pueden asociar a la
molécula de ADN de carga negativa
(conferida por los grupos fosfato).
Existen cinco tipos de histonas: H1,
H2A, H2B, H3 y H4. Dos moléculas de
histona H2A, H2B,H3 y H4 se asocian
para formar un octámero de histonas.

Un segmento de ADN de doble cadena


de aproximadamente 146 pb se enrolla
dando 1.6 vueltas al octámero para
formar una estructura llamada
nucleosoma.
Solenoide
Los nucleosomas se compactan para formar un polinucleosoma de seis
unidades mediante interacciones entre las H1 de cada nucleosoma, lo
que genera una estructura más compacta. Esta estructura recibe el
nombre de solenoide y forma una hebra de 30 nm
Cromosomas mitóticos
Las cromátides hermanas visibles en la mitosis representan
la última etapa de la organización del ADN y llegan a medir 1
400 nm de grosor.
Desnaturalización y renaturalización
del ADN
La desnaturalización es la pérdida de la estructura helicoidal
(estructura secundaria) característica de la molécula de ADN.
El proceso de desnaturalización ocurre por la rotura de los
puentes de hidrógeno entre las bases nitrogenadas, lo que
ocasiona la separación de las dos cadenas antiparalelas sin
que se altere la estructura primaria, ya que los enlaces
fosfodiéster no resultan afectados.
La desnaturalización puede ocurrir por exposición de los
ácidos nucleicos a agentes químicos o físicos, cambios de
pH y enzimas.
ARN
Es el ácido nucleico más abundante en la
célula eucariota, donde suele ser 10
veces más abundante que el ADN.
En cuanto a su estructura tres
características diferencian al ARN del
ADN:
1. El ARN suele ser monocatenario (una sola cadena).

2. Contiene uracilo en lugar de timina.

3. La pentosa que constituye a sus nucleótidos es la ribosa, en lugar de


la 2-desoxirribosa del ADN
Estructura terciaria del ARN
La estructura terciaria del ARN no
siempre se forma, sólo surge cuando las
condiciones celulares propician la
interacción entre bases nitrogenadas de
diferentes regiones de una misma
molécula de ARN. Los ARN de
transferencia (ARNt) forman una
estructura terciaria característica: en
disolución están plegados en forma de
“L”.
Tipos de ARN
Replicación del ADN

La replicación del ADN es semiconservativa


molde para la síntesis de una nueva cadena complementaria.
Enzimas :
ADN polimerasas producen el ADN nuevo, estas requieren de un
molde y de un cebador (iniciador), y sintetizan ADN en dirección 5'
a 3’.
( la cadena líder) se produce como un fragmento continuo. La otra
(la cadena rezagada) se hace en pequeños fragmentos.
La replicación requiere de otras enzimas además de ADN
polimerasa, como la ADN primasa, la ADN helicasa, la ADN
ligasa y la topoisomerasa.
Replicación
1. Topoisomerasa
desenreda.
2. 2. helicasa los enlaces
3. SSBP estabilizan
4. Polimerasa y primasa
síntetizan el ADN
5. ADN polimerasa se una
a la cadena lider
Fases de la replicación
● Inicio.

● Elongación.

● Terminación.
Inicio
Las zonas en el ADN donde se
producen las burbujas de
replicación no son aleatorias, se
sabe que existen secuencias de
aproximadamente 300 pb que
indican los lugares precisos donde
ha de comenzar la replicación.
Estos sitios son ricos en A y T y son
reconocidos por una serie de
proteínas llamadas, en conjunto,
proteínas de reconocimiento del
sitio de origen.

Inicio
Cada burbuja de replicación posee dos horquillas de replicación. El
proceso de replicación necesita, en primera instancia, que las dos
cadenas del ADN se separen.
La helicasa se unirá a la cadena de ADN e hidrolizará los puentes de
hidrógeno. La apertura de la doble hélice hace que las cadenas simples
adquieran inestabilidad
Se compensa por la unión de proteínas estabilizadoras. La ADN
polimerasa no puede iniciar la síntesis a partir de los
desoxirribonucleótidos libres; por lo tanto, necesita que la primasa
sintetice un cebador, a partir del cual la ADN polimerasa incorporará los
nucleótidos en forma complementaria a las bases de la cadena patrón
Inicio
Elongación
Es el proceso por el cual la ADN polimerasa añade
nucleótidos uno por uno complementarios a la cadena molde,
a medida que avanza la horquilla, ayudada por PCNA.
La función del PCNA es mantener la ADN polimerasa en
contacto con la cadena molde.
Una vez presente la maquinaria de inicio de la replicación, la
horquilla avanza, aumentando la tensión por delante de la
cadena. Para evitar que esta tensión impida el avance de la
horquilla, las topoisomerasas (I y II) cortarán los enlaces
fosfodiéster de la doble hélice y volverán a unirla, lo que
permitirá que se desenrolle.
Elongación
Terminación
Uno de los pasos cruciales en el proceso de terminación es
completar la síntesis de la cadena retardada y unir los
fragmentos de Okazaki. A este proceso se le llama
maduración.
Requiere la eliminación de los cebadores, la elongación del
fragmento de ADN adyacente para rellenar el espacio que
quedó por la eliminación del cebador y la unión de los
extremos resultantes para formar una cadena continua.
Para que esta maduración suceda, existe un sistema de
nucleasas (FEN1/RTH1 + RNasa H1) encargado de eliminar
el cebador de ARN.
Transcripciòn
Conceptos necesarios

Intrón: secuencias no codificadoras de ADN que son separadas por


los exones.
Exón: secuencias codificadoras de DNA en genes
Operón: un grupo de genes cuya expresión ésta controlada por un
único operador.
Promotor: una región del DNA a la que puede unirse la RNA
polimerasa para comenzar la transcripción.
La transcripción del DNA es un mecanismo fundamental para el control celular y
para la expresión de la información genética.

Este mecanismo permite


que la información del DNA
llegue al resto de
orgánulos celulares y salga
del núcleo en el caso de los
eucariotas.

Para ello esa información debe copiarse en forma de


RNA.
La transcripción
es…
el proceso mediante el cual una secuencia de nucleótidos de DNA es
utilizada como molde para la síntesis de una molécula de RNA
La ARN polimerasa empareja A,C,G y T del ADN con A,C,G y U de la cadena de ARN que va
creciendo. Así la secuencia de bases del ARN es complementaria a la secuencia de la cadena
codificadora e igual a la secuencia de la cadena estabilizadora del ADN, cambiando T por U.

La transcripción es asimétrica: solamente se trascribe para


cada gen una de las dos cadenas del ADN. La cadena trascrita
se llama codificadora, y la cadena de ADN que no se
transcribe se denomina estabilizadora
Elementos que intervienen

Para que se lleve a cabo la transcripción del DNA en las células se


requieren los siguientes elementos:

• DNA original que servirá de molde para ser copiado


• RNA-polimerasa que sintetiza el RNA a partir del molde del DNA
• Ribonucleótidos trifosfato para llevar a cabo la copia
• Poli-A polimerasa, ribonucleoproteína pequeña nuclear, RNA-ligasa
RNA polimerasa DNA dirigida
En procariontes existe un solo tipo de ARN polimerasa, constituida por
las subunidades proteicas α, β, β’ y σ. Cada subunidad cumple una
función específica

37 kDa, Regula la
70 kDa, Interacciona con
secuencias del promotor frecuencia de iniciación
para determinar el sitio de
inicio de la transcripción

Aproximadamente 3.000
156 kDa y 151 kDa
respectivamente, son las moléculas por
Subunidades catalíticas célula y 1.500 transcribiendo, las otras
1.500 asociadas débilmente al DNA,
moviéndose al azar hasta encontrar una
secuencia promotora
RNA polimerasas
En eucariontes, el sistema es más complejo. Existen tres tipos de ARN
polimerasa, específicas para los distintos tipos de ARN que se sintetizan

Las RNA
polimerasas de
mitocondrias y
cloroplastos de
menor tamaño y se
asemejan a la
bacteriana

Están conformadas por 8 a 14 cadenas


polipeptídicas. Estas enzimas son proteínas • Las 3 ARN pol son
aparecen como agregados de 500 kDa. similares a las
La unión de RNA polimerasas a los moldes de subunidades β de la
DNA es eucariotas depende de numerosas ARN pol procariota
proteínas que modulan el reconocimiento de • 5 subunidades son
los promotores y el inicio de la transcripción comunes
RNA polimerasa I

• Se localiza en el nucléolo
• Transcribe los principales genes de RNA ribosómico (un solo
transcrito, el RNAr 45s, precursor del RNAr 18s, 28s, y
5.8s).
• Contiene 13 subunidades
• Necesita al menos 2 factores de transcripción para iniciar el proceso.
• UBF1 es un polipéptido que se une a una región rica en G-C tanto en el núcleo
del promotor como en UCE.
• SL1 está formada por 4 proteínas, una de estas es la TBP (binding
protein), esta proteína se une a la secuencia TATA.
RNA polimerasas II

• Se encuentra en el nucleoplasma y sintetiza el RNAhn (RNA


heterogéneo nuclear), el precursor del RNAm, también sintetiza
algunos RNAsn.
• Transcribe genes estructurales (los que se traducen a proteínas)
• ESTRUCTURA: Contiene entre 8 y 12 subunidades. Dos grandes
subunidades de 240 kD = RPB1 (β) y 140 Kd = RPB2 (β´).
• Utiliza al menos 7 factores de transcripción: TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE,
TFIIF, TFIIH y TFIIJ.
• Los promotores de la RNApol lI se localizan en el extremo 5’ del
centro de iniciación de la transcripción
RNA polimerasa III

• Se encuentra en el nucleoplasma del núcleo.


• Transcribe los principales genes de RNA de transferencia, RNA
ribosomal 5s y RNA pequeños nucleares (RNAsn).
• Contiene 14 subunidades.
• Utiliza los factores transcripcionales:
• TFIIA: proteína con motivos de dedos de cinc.
• TFIIB: complejo formado por 3 proteínas, una TBP y dos proteínas
más.
• TFIIC: complejo proteínico de mas de 500 kDa
El proceso de transcripción se divide en 3
etapas. . .
• Iniciación

• Alargamiento

• Terminación
Transcripción en eucariotas

• Ocurre en el núcleo y no está acoplada a la


traducción
• Requiere de la remodelación de la cromatina
• En la regulación intervienen
secuencias y silenciadoras aparte de las
promotoras.
• Todas las ARN pol eucariotas necesitan
Factores de transcripción basales (TF) para
reconocer los promotores e iniciar la
transcripción. Los factores de transcripción
se unen a secuencias del ADN y modulan la
fijación de la ARNpol al promotor.
• El uso de promotores alternativos permite
regular la expresión génica
Iniciación de la transcripción
El control de la iniciación es un proceso mucho
más regulado en eucariotas, ya que los genes
Un complejo de ARN
están muy distanciados y existen muchos tramos
polimerasa con varios de ADN con elementos reguladores
factores de transcripción se
unen al promotor

Diferentes juegos de FTs son


usados para cada tipo de ARNpol

Cada tipo de ARN


Más complejos reconoce secuencias
que los
específicas de
procariótico promotores
s
Elongación Una vez que la transcripción
ha comenzado, algunos de
los FTs permanecen en el
promotor y otros en la
ARNpol y los restantes son
separados de la ARNpol

si una nueva enzima lo


vuelve a reconocer
comenzará la síntesis sin
necesidad de haber
reclutado a todos los
factores de iniciación.

el complejo de iniciación de
la transcripción, que
quedará unido al promotor Es importante resaltar, sin embargo, que las histonas
del octámero del nucleosoma nunca se llegan a
disociar del ADN que se está transcribiendo.
Terminación de la transcripción
Este proceso es poco preciso en los organismos eucariotas, ya que no hay señales de terminación
exactas o consenso tal y como ocurre en procariotas.

La ARN polimerasa sigue la transcripción del gen incluso en la secuencia no codificante de la porción
3' Posteriormente el ARN ya separado de la cadena de ADN será procesado por otras enzimas que
modifican el extremo 3'.
El DNA se transcribe en tramos muy largos que
pueden contener uno o varios genes
Monocistrónico Policistrónico
Solo tiene un codón de inicio AUG, que es Tiene varios codones de inicio AUG, por lo que da
reconocido por los ribosomas para iniciar la lugar a varias proteínas. Se dice que lleva
traducción, por lo que solo da lugar a una proteína. información de varios genes.

Habitual en eucariotas. Habitual en procariotas


Maduración del ARN
DIFERENCIAS ENTRE
LA TRANSCRIPCIÓN
Procariota Eucariota

PROCARIOTA Y
EUCARIOTA
Mecanismo
s
Eucariontes Procariontes
Fármacos Inhibidores de la transcripción
Rifamicinas
Actinomicina
Estreptolidigina

Transcripción Tetraciclina
Doxorrubicina

Rifabutina Cloranfenicol
Sulfonamida
Fluoroquinolonas
Eucariotas Procariotas

• Las transcriptasa inversas


• La polimerasa codificadora de
también se encuentran en las
ADN de la célula huésped por
error confunde al ARN del virus bacterias Retron se utilizan en la
como un iniciador y sintetiza síntesis de msDNA.
un ADN de doble cadena.
Esquematización de la transcripción inversa

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