EPIGENÉTICA; GENES, AMBIENTE

Y ENFERMEDAD

Dra. Dana Lau Corona

INCMNSZ
22 de Octubre 2018
ATGCATGCGGTATGC

ATGCACGCGGTATGC ENFERMEDAD

FACTORES AMBIENTALES
 EPIGENETICA
(SOBRE/ENCIMA)

• Waddington 1940’s

El estudio de los cambios heredables en la función

genética que no se explican por cambios en la secuencia
del ADN (Riggs 1996)
 Número de publicaciones en PubMed
"Epigenetic"
8000

7000

6000

5000

4000
Articulos

3000

2000

1000

0
58 960 963 965 967 969 971 973 975 977 979 981 983 985 987 989 991 993 995 997 999 001 003 005 007 009 011 013 015 017 019
19 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2

Año
 Contenido
• Mecanismos epigenéticos
– Código de histonas
– Metilación del DNA
– Estructura 3D del ADN
– RNA no codificante
• Epigenética en procesos fisiológicos
• Interacción ambiente-genes
• Epigenética y enfermedad
• Nuevas herramientas diagnosticas y terapéuticas.
 Contenido
• Mecanismos epigenéticos
– Código de histonas
– Metilación del DNA
– Estructura 3D del ADN
– RNA no codificante
• Epigenética en procesos fisiológicos
• Interacción Ambiente-genes
• Epigenética y enfermedad
• Nuevas herramientas diagnosticas y terapéuticas.
 Dogma central de la biología molecular

REPLICACIÓN
TRANSCRIPCION TRADUCCIÓN

ADN ARN PROTEINA

Componentes principales del código epigenético

Metilación del ADN

Modificación de histonas
*Variantes de histonas
 ¿Como compactar 2m de ADN?
DNA packing: The scale of the problem!
324 metros

342 meters!
Cromatina: El ADN se enrolla alrededor
de las histonas

147 bp de ADN
 Las colas de las histonas están sujetas
a modificaciones químicas

Acetilación de histonas – Reduce la carga positiva de los residuos de lisina,

disminuyendo la afinidad de las histonas por el ADN

EUCROMATINA
Las modificaciones en las histonas controlan el
empaquetamiento del ADN

HETEROCROMATINA
 El código de histonas

Fosforilación

Acetilación

Metilación
(arginina)

Metilación
(activa)

Metilación
(represiva)

Ubiquitilación
 Inmunoprecipitación de cromatina (ChIP)
Fijación (Formaldehido)

Fragmentación
<500bp

Inmuno precipitación

Purificación de ADN

PCR o Secuenciación
http://www.cellsignal.com/technologies/chip_assay_overview.html
Componentes principales del código epigenético

Metilación del ADN

Modificación de histonas
 La metilación del ADN reprime la expresión
genética

Me
Me Me
Me G ACGT
T TC
C p GT TCCG GCTGCA
TATC GGCAA
G G C A Me M
ATA Me Me e
La metilación del ADN se puede identificar
ACETILACION DE METILACION DE
HISTONAS HISTONAS

NO METILACION METILACION EN EL
EN EL ADN ADN

TRANSCRIPCION

ADN ARN
 Las modificaciones epigenéticas
afinan la expresión genética

Zhou et.al. Nature Reviews Genetics 2010

 Quien escribe el código?

ESCRITORES BORRADORES LECTORES

Acetilasas Decetilasas Chromodomain
Metilasas Demetilasas Bromodomain
Fosforilasas Fosfatasas
 La metilación del ADN esta relacionada con las
modificaciones en histonas

Zhang Y and Reinberg D Genes and Development 2001

Las modificaciones epigenéticas son heredables
 ENCYCLOPEDIA OF DNA ELEMENTS
• Inicio en Septiembre de 2003

• Objetivo: describir la lista de ingredientes que componen el genoma humano,

que cuando se mezclan en las proporciones correctas, constituyen la
información necesaria para construir todos los tipos celulares, órganos y
ultimadamente una persona entera de un solo genoma.

• Estudio piloto publicado en 2007

• Estudio completo publicado en Septiembre de 2012
• Análisis de 1,640 sets de datos de 147 tipos celulares
• Se logro asociar al 80% del genoma con alguna función bioquímica
Ecker et.al. Nature 2012
 Contenido
• Mecanismos epigenéticos
– Código de histonas
– Metilación del DNA
– Estructura 3D del ADN
– RNA no codificante
• Epigenética en procesos fisiológicos
• Interacción ambiente-genes
• Epigenética y enfermedad
• Nuevas herramientas diagnosticas y terapéuticas.
Felsenfeld et.al. Nature 2003
 El genoma esta dividido en dominios
topologicamente asociados

TAD1 TAD2

Topologically Associated Domain

(TADs):
• En promedio ~750kb en longitud
• Conservados en varios tipos
celulares
• Loops dentro de los TADs son mas
dinamicos y especificos de cada
tipo celular
Ciabrelli and Cavalli, JMB (2015)
Lupiáñez et al, Cell (2015)
Dekker et.al. Nature Reviews Genetics 2013
Dekker et.al. Nature Reviews Genetics 2013
 Contenido
• Mecanismos epigenéticos
– Código de histonas
– Metilación del DNA
– Estructura 3D del ADN
– RNA no codificante
• Epigenética en procesos fisiológicos
• Interacción ambiente-genes
• Epigenética y enfermedad
• Nuevas herramientas diagnosticas y terapéuticas.
microRNA
 lincRNAs
functions:

•Byproduct of
transcription

•A scaffold linking
proteins

•A guide bringing
proteins to specific
parts of the
genome

• Unknown
functions

lncRNAs recruit chromatin

modifying complexes to distinct
genomic locations to impart
specific epigenetic states
 Contenido
• Mecanismos epigenéticos
– Código de histonas
– Metilación del DNA
• Epigenética en procesos fisiológicos
• Interacción Ambiente-genes
• Epigenética y enfermedad
• Nuevas herramientas diagnosticas y
terapéuticas.
Epigenética en el desarrollo:
inactivación del X

X =
LncRNA – Xist
Metilación de histonas
Metilación de ADN
 Los factores epigenéticos regulan la expresión de
genes en el hígado

> 1000 genes se expresan de forma

differente en hombres y mujeres

Waxman D J , O’Connor C Molecular Endocrinology 2006

GH continua
GH continua

Genes femeninos
 Induced DHS
Repressed DHS
Males
GH 10h
GH 1d
GH 4d
GH 7d
GH 14d
Females

RNA-Se q- A1b g Ge ne e xpre s s io n

800

****
600
Fold Change

****
400 ****

200

0 **
AY
S

YS

YS
S

AY
LE

LE

DA

DA
D
U
A
A

D
O

1
M

14
FE

10

Group
Repressed DHS
Males
GH 10h
GH 1d
GH 4d
GH 7d
GH 14d
Females

RNA-Se q- Sc ara5 Ge ne e xpre s s io n

1.5
Fold Change

1.0

0.5
***
****
**** ****
0.0
Y
S

YS

YS
AY
LE

LE

A
R

DA
D
U
A

D
O

1
M
M

14
FE

10

Group
 Norm. Read Norm. Read
Depth Depth

TADs

C8b: M/F = 4

C8a: M/F = 6
 Contenido
• Mecanismos epigenéticos
– Código de histonas
– Metilación del DNA
• Epigenética en procesos fisiológicos
• Interacción Ambiente-genes
• Epigenética y enfermedad
• Nuevas herramientas diagnosticas y
terapéuticas.
NATIONAL GEOGRAPHIC
Fraga M F et al. PNAS 2005
 REVIEWS

Table 1 | Chemicals and pollutants that affect health and induce epigenetic alterations
Compound Species Ontogenic Epigenetic alteration Tissues or cell Phenotypic alterations Refs
stage types affected
Tobacco smoke Human Adult life Locus-specific DNA Lung, blood Lung cancer? 60,61,143
methylation and histone
modifications; chromatin
remodelling machinery
Particulate air pollution Human, Adult life DNA methylation Blood, sperm Unknown 54,69
Mouse
Asbestos Human Adult life DNA methylation Pleural tissues Susceptibility to different 57
diseases
Bisphenol A (BPA) Mouse Embryonic Locus-specific DNA Systemic Coat colour distribution of 99
development methylation agouti viable yellow (Avy) mice
Diethylstilbestrol (DES) Mouse Embryonic DNA methylation Gonads Male sexual function 144,145
development
Metal ions (such as Multiple Embryonic DNA methylation; Multiple tissues Increased susceptibility to Reviewed in
chromium, cadmiun, nickel, species development, histone modifications diseases such as cancer REFS 146,147
arsenic and methylmercury) adult life (for nickel)
Vinclozolin Mouse, Embryonic DNA methylation Male germ cells Altered gonad development 81,82
rat development and spermatogenesis in the
male offspring
Methoxychlor Mouse Embryonic DNA methylation Male germ cells Altered male reproductive 84
development, system
adult life
Silica Human Adult life DNA methylation Blood Silicosis 148
Benzene Human Adult life DNA methylation Blood Increased risk of AML 55
Di- and trichloroacetic acid, Mouse Adult life Locus-specific DNA Liver Increased risk of hepatic Reviewed in
trichloroethylene methylation cancer REF. 147
AML, acute myeloid leukaemia

Feil R. et al. Nature Reviews Genetics for

Explanations 2012
differences between gestational and It is unclear whether embryonic and adult cells in
 Contenido
• Mecanismos epigenéticos
– Código de histonas
– Metilación del DNA
• Epigenética en procesos fisiológicos
• Interacción Ambiente-genes
• Epigenética y enfermedad
• Nuevas herramientas diagnosticas y
terapéuticas.
Modificaciones epigeneticas en cancer

ONCOGENES

ALTERACIONES EN
CROMOSOMAS

Metilación del
ADN
Modificaciones epigeneticas en cancer
Metilación del
ADN

REPARACION DEL
ADN

CONTROL DEL
CICLO CELULAR
• Inicio en 2008
Epigenome-wide DNA methylation study DNA methylation profiling implicates several
reveals hypermethylated collagen genes and
genes in type 2 diabetes. M.A. Carless
suggests a role for TGFb in osteoarthritis.
M.A. Jeffries
An Integrated epigenomic-transcriptomic-
The Role of Brain DNA Methylation in the genetic analysis of schizophrenia brain
Pathology of Alzheimer’s Disease: identifies novel molecular pathways to disease.
Evidence of an Interaction Effect. J. Mill
PL. De Jager
Epigenetic dysregulation of ectodermal cells in
The combination of genome wide screening autism spectrum disorder. E.R. Berko
and DNA methylation in the determination of
bio-marker discovery in ovarian and Widespread changes in DNA methylation at
breast cancer. M.Poulin EpigenDX CpG island shores and distal regulatory regions
in response to a bacterial infection.
Epigenetics in cow's milk allergy: a Dutch L.B. Barreiro
epidemic. P. Henneman
 Contenido
• Mecanismos epigenéticos
– Código de histonas
– Metilación del DNA
• Epigenética en procesos fisiológicos
• Interacción Ambiente-genes
• Epigenética y enfermedad
• Nuevas herramientas diagnosticas y
terapéuticas.
 Julio 2013

Se espera que en el 2018 el mercado de los

medicamentos y tecnologías de diagnostico
epigeneticos alcance 5.7 billones de dolares
globalmente
 Las modificaciones epigeneticas
pueden ser reversibles

ESCRITORES BORRADORES LECTORES

 Medicamentos epigenéticos

Rodriguez-Paredes M et.al.
Nature Medicine 2011
Medicamentos epigenéticos aprobados por la FDA
 Nuevas herramientas diagnósticas
Detección

Perfil
Tumores epigenetico
y biopsias global
Pronóstico
Liquidos
biologicos Marcadores
y suero individuales
de
metilación
de ADN
Tratamiento

Rodriguez-Paredes M et.al. Nature Medicine 2011

Cáncer de Próstata

Cáncer de Pulmon
Cáncer de Colon
 CONCLUSIONES
• El campo de la epigenética ha logrado grandes
avances en la ultima década
• Cada vez sabemos más de los complejos
mecanismos que regulan la expresión de
genes en procesos fisiológicos y patológicos
• En los próximos años estos avances se verán
reflejados en nuevos métodos diagnósticos y
terapéuticos
 GRACIAS
dana.lauc@incmnsz.mx