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Harper Bioquímica ilustrada, 31e

Capítulo 3: Aminoácidos y péptidos

Peter J. Kennelly; Victor W. Rodwell

OBJETIVOS

OBJETIVOS

Después de estudiar este capítulo, usted deberá ser capaz de:

Diagramar las estructuras y conocer los códigos de tres y de una letra designados para cada uno de los aminoácidos presentes en las
proteínas.

Proporcionar ejemplos de cómo cada tipo de grupo R de los aminoácidos proteicos contribuye a sus propiedades químicas.

Enumerar funciones adicionales importantes de los aminoácidos, y explicar cómo ciertos aminoácidos en las semillas de las plantas pueden
afectar gravemente la salud humana.

Nombrar los grupos ionizables de los aminoácidos proteicos y enumerar sus valores aproximados de pKa como aminoácidos libres en solución
acuosa.

Calcular el pH de una solución acuosa no tamponada de un aminoácido polifuncional, y el cambio en el pH que ocurre después de la adición de
una cantidad dada de ácido fuerte o álcali.

Definir pI y explicar su relación con la carga neta en un electrólito polifuncional.

Explicar cómo el pH, pKa y pI se pueden usar para predecir la movilidad de un polielectrólito, tal como un aminoácido en un campo eléctrico de
corriente continua.

Describir la direccionalidad, la nomenclatura y la estructura primaria de los péptidos.

Describir las consecuencias conformacionales del carácter de doble enlace parcial del enlace peptídico, e identificar los enlaces en la
estructura central del péptido que pueden rotar libremente.

IMPORTANCIA BIOMÉDICA
Los L­α­aminoácidos proporcionan las unidades monoméricas de las largas cadenas polipéptidas de las proteínas. Además, estos aminoácidos y sus
derivados participan en funciones celulares tan diversas como la transmisión nerviosa y la biosíntesis de porfirinas, purinas, pirimidinas y urea. El
sistema neuroendocrino emplea polímeros cortos de aminoácidos llamados péptidos como hormonas, factores liberadores de hormonas,
neuromoduladores y neurotransmisores. Los seres humanos y otros animales superiores no pueden sintetizar 10 de los L­α­aminoácidos presentes
en las proteínas en cantidades adecuadas para apoyar el crecimiento infantil, o para mantener la salud de los adultos. En consecuencia, la dieta
humana debe contener cantidades adecuadas de estos aminoácidos nutricionalmente esenciales. Cada día, los riñones filtran más de 50 g de
aminoácidos libres de la sangre renal arterial. Sin embargo, normalmente sólo aparecen rastros de aminoácidos libres en la orina, porque los
aminoácidos se reabsorben casi por completo en el túbulo proximal, conservándose para la síntesis de proteínas y otras funciones vitales.

Ciertos microorganismos secretan D­aminoácidos libres, o péptidos que pueden contener tanto D­ como L­α­aminoácidos. Varios de estos péptidos
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bacterianos son de valor10:44 A Yourincluidos
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los antibióticos bacitracina y gramicidina A, y el agente antitumoral bleomicina. Sin embargo, algunos
Capítulo
otros péptidos microbianos son tóxicos. LosJ.péptidos
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cianobacterianos
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microcistina y nodularina son letales en grandes dosis, mientras que en
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pequeñas cantidades promueven la formación de tumores hepáticos. La ingestión de ciertos aminoácidos presentes en las semillas de las
leguminosas del género Lathyrus puede dar lugar al latirismo, una enfermedad trágica irreversible en la cual las personas pierden el control de sus
en las proteínas en cantidades adecuadas para apoyar el crecimiento infantil, o para mantener la salud de los adultos. En consecuencia, la dieta
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humana debe contener cantidades adecuadas de estos aminoácidos nutricionalmente esenciales. Cada día, los riñones filtran más de 50 g de
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aminoácidos libres de la sangre renal arterial. Sin embargo, normalmente sólo aparecen rastros de aminoácidos libres en la orina, porque los
aminoácidos se reabsorben casi por completo en el túbulo proximal, conservándose para la síntesis de proteínas y otras funciones vitales.

Ciertos microorganismos secretan D­aminoácidos libres, o péptidos que pueden contener tanto D­ como L­α­aminoácidos. Varios de estos péptidos
bacterianos son de valor terapéutico, incluidos los antibióticos bacitracina y gramicidina A, y el agente antitumoral bleomicina. Sin embargo, algunos
otros péptidos microbianos son tóxicos. Los péptidos cianobacterianos microcistina y nodularina son letales en grandes dosis, mientras que en
pequeñas cantidades promueven la formación de tumores hepáticos. La ingestión de ciertos aminoácidos presentes en las semillas de las
leguminosas del género Lathyrus puede dar lugar al latirismo, una enfermedad trágica irreversible en la cual las personas pierden el control de sus
extremidades. Otros aminoácidos de semillas de plantas también han sido implicados en enfermedades neurodegenerativas en nativos de Guam.

PROPIEDADES DE LOS AMINOÁCIDOS

El código genético especifica 20 L ­α­aminoácidos

Aunque en la naturaleza se encuentran más de 300 aminoácidos, las proteínas se sintetizan casi exclusivamente a partir de un conjunto de 20 L­α­
aminoácidos codificados por tripletes de nucleótidos llamados codones (véase cuadro 37–1). Mientras que el código genético de tres letras podría
potencialmente acomodar más de 20 aminoácidos, el código genético es redundante, ya que varios aminoácidos están especificados por múltiples
codones. Los científicos representan con frecuencia las secuencias de péptidos y proteínas usando abreviaturas de una y tres letras para cada
aminoácido (cuadro 3–1). Los grupos R de aminoácidos se pueden caracterizar ya bien como hidrófilos o como hidrófobos (cuadro 3–2),
propiedades que afectan su ubicación en la conformación madura plegada de una proteína (véase capítulo 5). Algunas proteínas contienen
aminoácidos adicionales que surgen por la modificación postraduccional de un aminoácido ya presente en un péptido. Los ejemplos incluyen la
conversión de peptidil prolina y peptidil lisina en 4­hidroxiprolina y 5­hidroxilisina; la conversión de peptidil glutamato a γ­carboxiglutamato, y la
metilación, formilación, acetilación, prenilación y fosforilación de ciertos residuos de aminoacilo. Estas modificaciones extienden significativamente la
diversidad biológica de las proteínas al alterar su solubilidad, estabilidad, actividad catalítica e interacción con otras proteínas.

CUADRO 3–1
L ­α­aminoácidos presentes en las proteínas

Nombre Símbolo Fórmula estructural p K1 p K2 p K3

Con cadenas laterales alifáticas α­COOH α­NH2 + Grupo R

Glicina Gly[G] 2.4 9.8

Alanina Ala[A] 2.4 9.9

Valina Val[V] 2.2 9.7

Leucina Leu[L] 2.3 9.7

Isoleucina Ile[T] 2.3 9.8

Con cadenas laterales que contienen grupos hidroxilo (OH)

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©2023Serina Ser[S]of Use • Privacy Policy • Notice • Accessibility
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 Isoleucina Ile[T] 2.3 9.8
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Con cadenas laterales que contienen grupos hidroxilo (OH)

Serina Ser[S] 2.2 9.2 Aprox. 13

Treonina Thr[T] 2.1 9.1 Aprox. 13

Véase adelante

Tirosina Tyr[Y] Véase adelante

Con cadenas laterales que contienen átomos de azufre

Cisteína Cys[C] 1.9 10.8 8.3

Metionina Met[M] 2.1 9.3

Con cadenas laterales que contienen grupos ácidos o sus amidas

Ácido aspártico Asp[D] 2.1 9.9 3.9

Asparagina Asn[N] 2.1 8.8

Ácido glutámico Glu[E] 2.1 9.5 4.1

Glutamina Gin[Q] 2.2 9.1

Con cadenas laterales que contienen grupos básicos

Argina Arg[R] 1.8 9.0 12.5

Lisina Lys[K] 2.2 9.2 10.8

Histidina His[H] 1.8 9.3 6.0

Que contienen anillos aromáticos

Histidina His[H] Véase arriba

Fenilalanina Phe[F] Véase arriba 2.2 9.2

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Que contienen anillos aromáticos
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Histidina His[H] Véase arriba

Fenilalanina Phe[F] Véase arriba 2.2 9.2

Tirosina Try[Y] 2.2 9.1 10.1

Triptofano Trp[W] 2.4 9.4

Iminoácido

Prolina Pro[P] 2.0 10.6

CUADRO 3–2
Aminoácidos hidrófilos e hidrófobos

Hidrófilos Hidrófobos

Arginina Alanina

Asparagina Isoleucina

Ácido aspártico Leucina

Cisteína Metionina

Ácido glutámico Fenilalanina

Glutamina Prolina

Glicina Triptófano

Histidina Tirosina

Lisina Valina

Serina

Treonina

La distinción se basa en la tendencia a asociarse, o a minimizar el contacto, con un ambiente acuoso.

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Selenocisteína, la proteína 21 L ­α­aminoácido
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La selenocisteína (figura 3–1) es un L­α­aminoácido presente en las proteínas de todos los ámbitos de la vida. Los seres humanos contienen
aproximadamente dos docenas de selenoproteínas que incluyen ciertas peroxidasas y reductasas, la selenoproteína P, que circula en el plasma, y las
 Treonina
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La distinción se basa en la tendencia a asociarse, o a minimizar el contacto, con un ambiente acuoso.

Selenocisteína, la proteína 21 L ­α­aminoácido

La selenocisteína (figura 3–1) es un L­α­aminoácido presente en las proteínas de todos los ámbitos de la vida. Los seres humanos contienen
aproximadamente dos docenas de selenoproteínas que incluyen ciertas peroxidasas y reductasas, la selenoproteína P, que circula en el plasma, y las
yodotironinas desyodinasas, responsables de convertir la prohormona tiroxina (T4) a la hormona tiroidea 3,3′5­triyodotironina (T3) (véase capítulo
41). La peptidil selenocisteína no es el producto de una modificación postraduccional, sino que se inserta de modo directo en un polipéptido en
crecimiento durante la traducción. La selenocisteína se denomina comúnmente el “aminoácido 21”. Sin embargo, a diferencia de los otros 20
aminoácidos proteicos, la incorporación de selenocisteína está especificada por un elemento genético grande y complejo para el inusual tRNA
llamado tRNASec, que utiliza el anticodón UGA que normalmente señala PARE. Sin embargo, el mecanismo de la proteína sintetizada puede identificar
un codón UGA específico de selenocisteína por la presencia de una estructura horquilla acompañante, el elemento de inserción de la selenocisteína,
en la región no traducida del mRNA (véase capítulo 27).

FIGURA 3–1

Cisteína (izquierda) y selenocisteína (derecha). El pK3 para el protón selenil de la selenocisteína es 5.2. Como son tres unidades pH por debajo
de la cisteína, la selenocisteína representa un nucleófilo mejor a pH 7.4 o menor.

Estereoquímica de los aminoácidos proteicos

Con la única excepción de la glicina, el carbono α de cada aminoácido es quiral. Aunque algunos aminoácidos proteicos son dextrógiros y algunos
levógiros, todos comparten la configuración absoluta del L­gliceraldehído y, por tanto, se definen como L­α­aminoácidos. Aunque casi todos los
aminoácidos proteicos son (R), el fracaso de usar (R) o (S) para expresar la estereoquímica absoluta no es una mera aberración histórica. La L­cisteína
es (S) ya que la masa atómica del átomo de azufre en C3 excede la del grupo amino en C2. Con mayor significancia, en los mamíferos las reacciones
bioquímicas de los L­α­aminoácidos, sus precursores y sus catabolitos, son catalizadas por enzimas que actúan exclusivamente sobre los isómeros L,
con independencia de su configuración absoluta.

Las modificaciones postraduccionales confieren propiedades adicionales

Mientras que algunos procariotas incorporan pirrolisina en las proteínas, y las plantas pueden incorporar ácido azetidina­2­carboxílico, un análogo de
la prolina, un conjunto de sólo 21 L­α­aminoácidos es claramente suficiente para la formación de la mayoría de las proteínas. Las modificaciones
postraduccionales pueden, sin embargo, generar nuevos grupos R que impartan propiedades adicionales. En el colágeno, los residuos de prolina y
lisina unidos a proteínas se convierten en 4­hidroxiprolina y 5­hidroxilisina (figura 3–2). La carboxilación de los residuos de glutamil de las proteínas
de la cascada de la coagulación de la sangre a los residuos de γ­carboxiglutamilo (figura 3–3) forma un grupo quelante para el ion de calcio, esencial
para la coagulación de la sangre. Las cadenas laterales de aminoácidos de las histonas están sujetas a numerosas modificaciones, incluidas la
acetilación y la metilación de la lisina, y la metilación y la desaminación de la arginina (véanse capítulos 35 y 37). En la actualidad también es posible en
el laboratorio introducir genéticamente muchos aminoácidos diferentes no naturales en las proteínas, generar proteínas a través de la expresión
génica recombinante con propiedades nuevas o mejoradas, y proporcionar una nueva forma de explorar las relaciones estructura­función de las
proteínas.

FIGURA 3–2
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4­hidroxiprolina
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5­hidroxilisina.
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acetilación y la metilación de la lisina, y la metilación y la desaminación de la arginina (véanse capítulos 35 y 37). En la actualidad también es posible en
el laboratorio introducir genéticamente muchos aminoácidos diferentes no naturales en las proteínas, Benemérita Universidad
generar proteínas aAutónoma deexpresión
través de la Puebla BUAP
génica recombinante con propiedades nuevas o mejoradas, y proporcionar una nueva forma deAccess Provided by:
explorar las relaciones estructura­función de las
proteínas.

FIGURA 3–2

4­hidroxiprolina y 5­hidroxilisina.

FIGURA 3–3

Ácido γ­carboxiglutámico.

Se han detectado aminoácidos extraterrestres en los meteoritos

En febrero de 2013 la explosión de un meteorito de aproximadamente 20 000 toneladas métricas en los cielos sobre Chelyabinsk, Siberia Occidental,
demostró de forma espectacular su potencial poder destructivo. Sin embargo, algunos meteoritos, los remanentes de asteroides que han llegado a la
Tierra, contienen rastros de varios aminoácidos α. Éstos incluyen los aminoácidos de proteínas Ala, Asp, Glu, Gly, Ile, Leu, Phe, Ser, Thr, Tyr y Val, así
como α­aminoácidos no proteínicos biológicamente importantes tales como N­metilglicina (sarcosina) y β­alanina.

Los aminoácidos extraterrestres se informaron por primera vez en 1969, tras el análisis del famoso meteorito Murchison del sudeste de Australia. La
presencia de aminoácidos en otros meteoritos, incluidos algunos ejemplares vírgenes de la Antártida, se ha confirmado ahora ampliamente. A
diferencia de los aminoácidos terrestres, estos meteoritos contienen mezclas racémicas de isómeros D y L de aminoácidos con 3 a 5 carbonos, así
como muchos aminoácidos adicionales que carecen de contrapartes terrestres de origen biótico. También se han detectado en meteoritos
nucleobases, fosfatos activados y moléculas relacionadas con azúcares. Estos hallazgos ofrecen perspectivas potenciales sobre la química prebiótica
de la Tierra, e impactan en la búsqueda de vida extraterrestre. Algunos especulan que los meteoritos pueden haber contribuido al origen de la vida en
nuestro planeta, al entregar a la Tierra moléculas orgánicas generadas en el exterior.

Los L ­α­aminoácidos cumplen funciones metabólicas adicionales

Los L­α­aminoácidos cumplen funciones metabólicas vitales, además de servir como “bloques de construcción” de las proteínas. Por ejemplo, la
tirosina es un precursor de la hormona tiroidea, y tanto la tirosina como la fenilalanina se metabolizan a adrenalina, noradrenalina y
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dihidroxifenilalanina 10:44dihydroxyphenylalanine
(DOPA, A Your IP is 34.218.38.199
). El glutamato es un neurotransmisor y el precursor del ácido γ­aminobutírico (GABA, γ­
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aminobutyric acid ). La ornitina y la citrulina son intermediarias
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biosíntesis de la• urea,
• Notice y la homocisteína, la homoserina y el glutamato­γ­
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semialdehído son intermediarios en el metabolismo de los aminoácidos proteicos.
nuestro planeta, al entregar a la Tierra moléculas orgánicas generadas en el exterior.
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Los L ­α­aminoácidos cumplen funciones metabólicas adicionales

Los L­α­aminoácidos cumplen funciones metabólicas vitales, además de servir como “bloques de construcción” de las proteínas. Por ejemplo, la
tirosina es un precursor de la hormona tiroidea, y tanto la tirosina como la fenilalanina se metabolizan a adrenalina, noradrenalina y
dihidroxifenilalanina (DOPA, dihydroxyphenylalanine). El glutamato es un neurotransmisor y el precursor del ácido γ­aminobutírico (GABA, γ­
aminobutyric acid). La ornitina y la citrulina son intermediarias en la biosíntesis de la urea, y la homocisteína, la homoserina y el glutamato­γ­
semialdehído son intermediarios en el metabolismo de los aminoácidos proteicos.

Determinados L ­α­aminoácidos de las plantas pueden afectar negativamente la salud humana

El consumo de plantas que contienen ciertos aminoácidos no proteicos puede tener un impacto adverso en la salud humana. Las semillas y los
productos de siembra de tres especies de la leguminosa Lathyrus han sido implicados en la génesis del neurolatirismo, un desorden neurológico
profundo caracterizado por la parálisis espasmódica progresiva e irreversible de las piernas. El latirismo ocurre ampliamente durante las hambrunas,
cuando las semillas de Lathyrus representan una contribución importante a la dieta. Los L­α­aminoácidos que han sido implicados en trastornos
neurológicos humanos, en particular los neurolatirismos, incluyen la L­homoarginina y el ácido β­N­oxalil­L­α,β­diaminopropiónico (β­ODAP, β­oxalyl­
L­α,β­diaminopropionic, cuadro 3–3). Las semillas del “guisante dulce”, una leguminosa de Lathyrus consumida ampliamente durante las
hambrunas, contienen el osteolatinógeno γ­glutamil­β­aminopropionitrilo (BAPN, β­aminopropionitrile), un derivado de la glutamina de β­
aminopropionitrilo (estructura no mostrada). Las semillas de ciertas especies de Lathyrus también contienen ácido α,γ­diaminobutírico, que como un
análogo de la ornitina inhibe la enzima del ciclo de la urea hepática transcarbamilasa, interrumpe el ciclo de la urea y conduce a la toxicidad del
amoniaco. Finalmente, la L­β­metilaminoalanina, un aminoácido neurotóxico que está presente en las semillas de Cycad, ha sido implicado como un
factor de riesgo para enfermedades neurodegenerativas, incluyendo esclerosis lateral amiotrófica, complejo de demencia de Parkinson, en nativos de
Guam que consumen harina hecha de semillas de cícada, o comen murciélagos fruteros que se alimentan de cícadas.

CUADRO 3–3
L ­α­aminoácidos potencialmente tóxicos

L ­α­aminoácidos no proteicos Relevancia médica

Dividido por la arginasa a L­lisina y urea. Implicada en el neurolatirismo humano.

Neurotoxina implicada en el neurolatirismo humano.

Un osteolatiónico.

Inhibe la ornitina transcarbamilasa, lo que resulta en toxicidad por amoniaco.

Posible factor de riesgo para enfermedades neurodegenerativas.

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análogo de la ornitina inhibe la enzima del ciclo de la urea hepática transcarbamilasa, interrumpe el ciclo de la urea y conduce a la toxicidad del
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amoniaco. Finalmente, la L­β­metilaminoalanina, un aminoácido neurotóxico que está presente en las semillas de Cycad, ha sido implicado como un
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factor de riesgo para enfermedades neurodegenerativas, incluyendo esclerosis lateral amiotrófica, complejo de demencia de Parkinson, en nativos de
Guam que consumen harina hecha de semillas de cícada, o comen murciélagos fruteros que se alimentan de cícadas.

CUADRO 3–3
L ­α­aminoácidos potencialmente tóxicos

L ­α­aminoácidos no proteicos Relevancia médica

Dividido por la arginasa a L­lisina y urea. Implicada en el neurolatirismo humano.

Neurotoxina implicada en el neurolatirismo humano.

Un osteolatiónico.

Inhibe la ornitina transcarbamilasa, lo que resulta en toxicidad por amoniaco.

Posible factor de riesgo para enfermedades neurodegenerativas.

D ­aminoácidos

Los D­aminoácidos que se producen de forma natural incluyen D­serina y D­aspartato en el tejido cerebral humano, D­alanina y D­glutamato en las
paredes celulares de bacterias grampositivas, y D­aminoácidos en ciertos péptidos y antibióticos producidos por bacterias, hongos, reptiles y anfibios.
Bacillus subtilis excreta D­metionina, D­tirosina, D­leucina y D­triptófano para desencadenar el desensamblaje de la biopelícula, y Vibrio cholerae
incorpora D­leucina y D­metionina en el componente peptídico de su capa de peptidoglicano.

PROPIEDADES DE LOS GRUPOS FUNCIONALES DE AMINOÁCIDOS

Los aminoácidos pueden tener una carga neta positiva, negativa o nula

En solución acuosa, las formas cargadas y no cargadas de los grupos de ácido débil ionizables —COOH y —NH3+ existen en equilibrio protónico
dinámico:
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Aunque tanto el R—COOH como R—NH3+ son ácidos débiles, el R—COOH es un ácido mucho más fuerte que el R—NH3+. Por tanto, en un pH fisiológico
PROPIEDADES DE LOS GRUPOS FUNCIONALES DE AMINOÁCIDOS
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Los aminoácidos pueden tener una carga neta positiva, negativa o nula Access Provided by:

En solución acuosa, las formas cargadas y no cargadas de los grupos de ácido débil ionizables —COOH y —NH3+ existen en equilibrio protónico
dinámico:

Aunque tanto el R—COOH como R—NH3+ son ácidos débiles, el R—COOH es un ácido mucho más fuerte que el R—NH3+. Por tanto, en un pH fisiológico

(pH 7.4), los grupos carboxilo existen casi en su totalidad como R—COO–, y los grupos amino predominantemente como R—NH3+. El grupo imidazol de
histidina y el grupo guanidino de arginina existen como híbridos de resonancia, con carga positiva distribuida entre dos nitrógenos (histidina), o tres
nitrógenos (arginina) (figura 3–4). La figura 3–5 ilustra el efecto del pH del entorno acuoso en el estado cargado del ácido aspártico.

FIGURA 3–4

Híbridos de resonancia de los grupos R protonados de histidina (arriba) y arginina (abajo).

FIGURA 3–5

Equilibrio protónico del ácido aspártico.

Las moléculas que contienen un número igual de grupos con cargas positiva y negativa no tienen carga neta. Estas especies neutras ionizadas se
denominan zwitteriones. Así, los aminoácidos en la sangre y en la mayoría de los tejidos se deberían representar como en A, abajo.

La estructura B no puede existir en solución acuosa porque a cualquier pH bajo, suficiente como para protonar el grupo carboxilo, el grupo amino
también estaría protonado. De manera similar, a cualquier pH lo suficiente alto para que predomine un grupo amino no cargado, un grupo carboxilo
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estará presente como R—COO –. Sin embargo, la B no cargada se usa a menudo cuando se grafican reacciones que no implican equilibrios protónicos.
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Los valores de pK a expresan las fortalezas de los ácidos débiles
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La estructura B no puede existir en solución acuosa porque a cualquier pH bajo, suficiente como para protonar el grupo carboxilo, el grupo amino
también estaría protonado. De manera similar, a cualquier pH lo suficiente alto para que predomine un grupo amino no cargado, un grupo carboxilo
estará presente como R—COO–. Sin embargo, la B no cargada se usa a menudo cuando se grafican reacciones que no implican equilibrios protónicos.

Los valores de pK a expresan las fortalezas de los ácidos débiles

Las fortalezas de los ácidos débiles se expresan como su p Ka. Para las moléculas con múltiples protones disociables, el pKa para cada grupo ácido se
designa reemplazando el subíndice “a” con un número. La carga neta sobre un aminoácido —la suma algebraica de todos los grupos cargados
positiva y negativamente— depende de los valores de pKa de sus grupos funcionales y del pH del medio circundante. En el laboratorio, alterar la carga
de aminoácidos y sus derivados variando el pH facilita la separación física de aminoácidos, péptidos y proteínas (véase capítulo 4).

A su pH isoeléctrico (pI), un aminoácido no posee carga neta

Los zwitteriones son un ejemplo de una especie isoeléctrica: la forma de una molécula que tiene un número igual de cargas positivas y negativas, y
por tanto es eléctricamente neutra. El pH isoeléctrico, también llamado pI, es el pH a medio camino entre los valores de pKa para las ionizaciones en
cualquier lado de la especie isoeléctrica. Para un aminoácido como la alanina, que sólo tiene dos grupos disociantes, no hay ambigüedad. El primer
pKa (R—COOH) es 2.35 y el segundo pKa (R—NH3+) es 9.69. Así, el pH isoeléctrico (pI) de la alanina es

Para los ácidos polipróticos, el pI también es el pH a medio camino entre los valores de pKa en cualquier lado de la especie isoiónica. Por ejemplo, el pI
para el ácido aspártico es

Para la lisina, el pI se calcula a partir de:

Consideraciones similares se aplican a todos los ácidos polipróticos (p. ej., proteínas), con independencia del número de grupos disociables
presentes. En el laboratorio clínico el conocimiento de las guías pI selecciona las condiciones para las separaciones electroforéticas. La electroforesis
a pH 7.0 separará dos moléculas con valores de pI de 6.0 y 8.0, porque la molécula con un pI de 6.0 tendrá una carga neta positiva, y con un pI de 8.0
una carga negativa neta. Consideraciones similares subyacen a las separaciones cromatográficas en soportes iónicos como la dietilaminoetil (DEAE,
diethylaminoethyl) celulosa (véase capítulo 4).

Los valores de pK a varían con el entorno

El entorno de un grupo disociable afecta a su pKa (cuadro 3–4). Un entorno no polar, que posee menos capacidad que el agua para estabilizar las
especies cargadas, incrementa por tanto el pKa de un grupo carboxilo haciéndolo un ácido más débil, pero reduce el pKa de un grupo amino y lo
convierte en un ácido más fuerte. De forma similar, la presencia de un grupo adyacente con carga opuesta puede estabilizar una carga en desarrollo, o
un grupo cargado de forma similar puede desestabilizar esa carga. Por tanto, los valores de pKa de los grupos R de aminoácidos libres en solución
acuosa (véase cuadro 3–1) proporcionan sólo una guía aproximada de sus valores de pKa cuando están presentes en las proteínas. El pKa de un grupo
R disociable dependerá de su ubicación dentro de una proteína. Los valores de pKa que divergen de la solución acuosa hasta en 3 unidades de pH son
comunes en los sitios activos de las enzimas. Un ejemplo extremo, un ácido aspártico de tiorredoxina enterrado tiene un pKa superior a 9, ¡un cambio
de más de 6 unidades de pH!

CUADRO 3–4
Rango típico de valores pK para grupos ionizables en proteínas

Grupo disociador Rango pK a

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No­α COOH de Asp o Glu 4.0–4.8

acuosa (véase cuadro 3–1) proporcionan sólo una guía aproximada de sus valores de pKa cuando están presentes en las proteínas. El pKa de un grupo
R disociable dependerá de su ubicación dentro de una proteína. Los valores de pKa que divergenBenemérita Universidad
de la solución Autónoma
acuosa hasta de Puebla
en 3 unidades BUAP
de pH son
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comunes en los sitios activos de las enzimas. Un ejemplo extremo, un ácido aspártico de tiorredoxina enterrado tiene un pKa superior a 9, ¡un cambio
de más de 6 unidades de pH!

CUADRO 3–4
Rango típico de valores pK para grupos ionizables en proteínas

Grupo disociador Rango pK a

α­carboxil 3.5–4.0

No­α COOH de Asp o Glu 4.0–4.8

Imidazol de His 6.5–7.4

SH de Cys 8.5–9.0

OH de Tyr 9.5–10.5

α­amino 8.0–9.0

e­amino de Lys 9.8–10.4

Guanidinio de Arg ~12.0

La solubilidad de los aminoácidos refleja su carácter iónico

Las cargas conferidas por los grupos funcionales disociables de aminoácidos aseguran que ellos sean solvatados fácilmente —y sean solubles— por
disolventes polares como el agua y el etanol, pero insolubles en disolventes no polares como el benceno, hexano o éter.

Los aminoácidos no absorben la luz visible y, por tanto, son incoloros. Sin embargo, la tirosina, la fenilalanina y el triptófano absorben la luz
ultravioleta de alta longitud de onda (250–290 nm). Debido a que absorbe la luz ultravioleta aproximadamente 10 veces con más eficiencia que la
fenilalanina o la tirosina, el triptófano realiza la mayor contribución a la capacidad de la mayoría de las proteínas para absorber la luz en la región de
280 nm (figura 3–6).

FIGURA 3–6

Espectros de absorción ultravioleta del triptófano, tirosina y fenilalanina.

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280 nm (figura 3–6).
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FIGURA 3–6
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Espectros de absorción ultravioleta del triptófano, tirosina y fenilalanina.

LOS GRUPOS α­R DETERMINAN LAS PROPIEDADES DE LOS AMINOÁCIDOS

Cada grupo funcional de un aminoácido exhibe todas sus reacciones químicas características. En los grupos de ácido carboxílico, estas reacciones
incluyen la formación de ésteres, amidas y anhídridos de ácido; en los grupos amino, acilación, amidación y esterificación; y en los grupos —OH y —SH,
oxidación y esterificación. Dado que la glicina, el aminoácido más pequeño, se puede alojar en lugares inaccesibles a otros aminoácidos, a menudo se
encuentra donde los péptidos se pliegan bruscamente. Los grupos R hidrófobos de alanina, valina, leucina e isoleucina, y los grupos aromáticos R de
fenilalanina, tirosina y triptófano, aparecen sobre todo en el interior de las proteínas citosólicas. Los grupos R cargados de aminoácidos básicos y
ácidos estabilizan las conformaciones de proteínas específicas mediante interacciones iónicas o puentes salinos. Estas interacciones también
funcionan en los sistemas “reguladores de carga”, durante la catálisis enzimática y el transporte de electrones en las mitocondrias que respiran. La
histidina desempeña un papel único en la catálisis enzimática. El pKa de su protón de imidazol permite que la histidina funcione a pH neutro, como
catalizador base o ácido, sin la necesidad de algún cambio inducido de modo ambiental. El grupo de alcohol primario de serina y el grupo de cisteína
de tioalcohol primario (—SH) son excelentes nucleófilos, y pueden funcionar como tales durante la catálisis enzimática. Para la selenocisteína, su pK3
de 5.2 es tres unidades de pH más bajas que las de la cisteína, 8.3. A un pH claramente ácido, la selenocisteína debería ser el mejor nucleófilo. Sin
embargo, el grupo de alcohol secundario de la treonina, aunque es un buen nucleófilo, no se sabe que cumpla esta función en la catálisis. Los grupos
—OH de serina, tirosina y treonina a menudo sirven como puntos de unión covalente para los grupos fosforilo que regulan la función proteica (véase
capítulo 9).

La secuencia de aminoácidos determina la estructura primaria

Los aminoácidos están unidos por enlaces peptídicos.

El número y el2023­1­5
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los residuos
A YourdeIPaminoácidos en un polipéptido constituyen su estructura primaria. Los aminoácidos presentes en los
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péptidos, llamados residuos de aminoacilo, se denominan Victor W. Rodwelllos sufijos ico o ina de los aminoácidos libres por ilo (p. ej., alanPage
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ilo, aspart ilo,
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tirosilo). Luego los péptidos se nombran como derivados del resto aminoacilo carboxi terminal. Por ejemplo, Lys­Leu­Tyr­Gln se llama lisilo­leucilo­
tirosilo­glutamina. La terminación ina en el residuo carboxi­terminal (p. ej., glutamina) indica que su grupo α­carboxilo no está implicado en un enlace
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El número y el orden de los residuos de aminoácidos en un polipéptido constituyen su estructura primaria. Los aminoácidos presentes en los
péptidos, llamados residuos de aminoacilo, se denominan reemplazando los sufijos ico o ina de los aminoácidos libres por ilo (p. ej., alanilo, aspartilo,
tirosilo). Luego los péptidos se nombran como derivados del resto aminoacilo carboxi terminal. Por ejemplo, Lys­Leu­Tyr­Gln se llama lisilo­leucilo­
tirosilo­glutamina. La terminación ina en el residuo carboxi­terminal (p. ej., glutamina) indica que su grupo α­carboxilo no está implicado en un enlace
peptídico. Las abreviaturas de tres letras unidas por líneas rectas representan una estructura primaria inequívoca. Las líneas se omiten cuando se
utilizan abreviaturas de una sola letra.

Prefijos como tri, u octa, denotan péptidos con tres u ocho residuos, respectivamente. Por convención, los péptidos se escriben con el residuo que
porta el grupo α­amino libre a la izquierda. Esta convención se adoptó mucho antes de que se descubriera que los péptidos se sintetizan in vivo a
partir del residuo amino­terminal.

Las estructuras de péptidos son fáciles de dibujar

Para dibujar un péptido, use un zigzag para representar la cadena principal o columna vertebral. Agregue los átomos de la cadena principal, que se
producen en el orden de repetición: α­nitrógeno, α­carbono, carbono carbonilo. Ahora agregue un átomo de hidrógeno a cada carbono α y a cada
nitrógeno péptido, luego agregue un oxígeno al carbono carbonilo. Finalmente, agregue los grupos R apropiados (sombreados) a cada átomo de
carbono α.

Algunos péptidos contienen aminoácidos inusuales

En los mamíferos las hormonas de péptidos normalmente contienen sólo los 20 aminoácidos especificados en el codón, unidos por enlaces
peptídicos estándares. Sin embargo, otros péptidos pueden contener aminoácidos no proteicos derivados de los aminoácidos proteicos, o
aminoácidos unidos por un enlace peptídico atípico. Por ejemplo, el glutamato amino terminal del glutatión, un tripéptido que participa en el
metabolismo de los xenobióticos (véase capítulo 47) y en la reducción de los enlaces disulfuro, está relacionado con la cisteína por un enlace peptídico
no α (figura 3–7). El glutamato amino terminal de la hormona liberadora de tirotropina (TRH, thyrotropin­releasing hormone) se cicla a ácido
piroglutámico, y el grupo carboxilo del residuo prolilo carboxilo terminal se amida. Los aminoácidos no proteicos D­fenilalanina y ornitina están
presentes en los péptidos cíclicos antibióticos tirocidina y gramicidina S, mientras que los heptapéptidos opiáceos dermorfina y deltoforina, en la piel
de las ranas arborícolas de América del Sur, contienen D­tirosina y D­alanina.

FIGURA 3–7

Glutatión (γ­glutamil­cisteinil­glicina). Obsérvese el enlace peptídico no α que une Glu a Cys.

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de las ranas arborícolas de América del Sur, contienen D­tirosina y D­alanina.
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FIGURA 3–7
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Glutatión (γ­glutamil­cisteinil­glicina). Obsérvese el enlace peptídico no α que une Glu a Cys.

El enlace peptídico tiene carácter parcial de doble enlace

Aunque las estructuras peptídicas se escriben como si un enlace único vinculase los átomos de α­carboxilo y α­nitrógeno, este enlace exhibe de hecho
un carácter de doble enlace parcial:

Por tanto, el enlace que conecta un carbono de carbonilo con el nitrógeno α no puede rotar, ya que esto requeriría romper el doble enlace parcial. En
consecuencia, los átomos O, C, N y H de un enlace peptídico son coplanares. La semirrigidez impuesta del enlace peptídico tiene consecuencias
importantes para la manera en que péptidos y proteínas se pliegan para generar órdenes superiores de estructura. Las flechas de color marrón en
forma de anillo indican rotación libre alrededor de los enlaces restantes de la cadena principal del polipéptido (figura 3–8).

FIGURA 3–8

Dimensiones de una cadena polipeptídica completamente extendida. Los cuatro átomos del enlace peptídico son coplanares. Se puede
producir rotación libre sobre los enlaces que conectan el carbono α con el nitrógeno α y con el carbono α­carbonilo (flechas marrones). La cadena
polipeptídica extendida es, por tanto, una estructura semirrígida con dos tercios de los átomos de la cadena principal mantenidos en una relación
planar fija entre sí. La distancia entre los átomos de carbono α adyacentes es 0.36 nm (3.6 Å). También se muestran las distancias interatómicas y los
ángulos de enlace, que no son equivalentes. (Redibujada y reproducida con permiso de Pauling L, Corey LP, Branson HR. The structure of proteins:
two hydrogen­bonded helical configurations of the polypeptide chain. Proc Natl Acad Sci USA 1951;37:205.)

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polipeptídica extendida es, por tanto, una estructura semirrígida con dos tercios de los átomos de la cadena principal mantenidos en una relación
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planar fija entre sí. La distancia entre los átomos de carbono α adyacentes es 0.36 nm (3.6 Å). También se muestran las distancias interatómicas y los
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ángulos de enlace, que no son equivalentes. (Redibujada y reproducida con permiso de Pauling L, Corey LP, Branson HR. The structure of proteins:
two hydrogen­bonded helical configurations of the polypeptide chain. Proc Natl Acad Sci USA 1951;37:205.)

Las fuerzas no covalentes restringen las conformaciones de péptidos

El plegamiento de un péptido probablemente ocurre coincidiendo con su biosíntesis (véase capítulo 37). La madura y fisiológicamente activa
conformación refleja las contribuciones colectivas de la secuencia de aminoácidos, las interacciones no covalentes (p. ej., enlaces de hidrógeno,
interacciones hidrófobas) y la minimización del impedimento estérico entre los residuos. Las conformaciones repetitivas comunes incluyen hélices α y
láminas plegadas β (véase capítulo 5).

Los péptidos son polielectrólitos

El enlace peptídico no posee carga a cualquier pH de interés fisiológico. Por tanto, la formación de péptidos a partir de aminoácidos va acompañada
de una pérdida neta de una carga positiva y una carga negativa por enlace peptídico formado. Sin embargo, los péptidos se cargan a pH fisiológico,
debido a sus grupos terminales carboxilo y amino y, cuando están presentes, sus grupos R ácidos o básicos. En cuanto a los aminoácidos, la carga neta
de un péptido depende del pH de su entorno y de los valores pKa de sus grupos disociantes.

RESUMEN
Tanto los D­aminoácidos como los no­α­aminoácidos se encuentran en la naturaleza, pero las proteínas se sintetizan usando sólo L­α­
aminoácidos. No obstante, los D­aminoácidos cumplen funciones metabólicas, no sólo en las bacterias, sino también en humanos.

Los L­α­aminoácidos cumplen funciones metabólicas vitales además de la síntesis de proteínas. Los ejemplos incluyen la biosíntesis de urea,
hemo, ácidos nucleicos y hormonas como adrenalina y DOPA.

La presencia en los meteoritos de pequeñas cantidades de muchos aminoácidos proteicos da crédito a la hipótesis de que los choques de
asteroides podrían haber contribuido al desarrollo de la vida en la Tierra.

Algunos de los L­α­aminoácidos presentes en plantas y en sus semillas pueden tener efectos nocivos en la salud humana, por ejemplo, en el
latirismo.

Los grupos R de aminoácidos determinan sus funciones bioquímicas únicas. Los aminoácidos se clasifican en básicos, ácidos, aromáticos,
alifáticos o azufrados según la composición y las propiedades de sus grupos R.

El carácter de doble enlace parcial del enlace que une el carbono del carbonilo y el nitrógeno de un péptido hace que los cuatro átomos del enlace
peptídico sean coplanares, y por tanto restringe el número de posibles conformaciones peptídicas.

Los péptidos se nombran por el número de residuos de aminoácidos presentes y como derivados del residuo carboxilo terminal. La estructura
primaria de un péptido es su secuencia de aminoácidos, comenzando desde el residuo amino terminal, dirección en que realmente se sintetizan
los péptidos in vivo.
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Todos
Capítulo 3: los aminoácidos
Aminoácidos poseen alPeter
y péptidos, menosJ. dos gruposVictor
Kennelly; funcionales débilmente ácidos, R—NH3+ y R—COOH. Muchos también poseen grupos
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funcionales adicionales débilmente ácidos tales como restos fenólicos de —OH, —SH, guanidino o imidazol.

Los valores de pKa de todos los grupos funcionales de un aminoácido o de un péptido determinan su carga neta a un pH dado. El pI, o pH
 peptídico sean coplanares, y por tanto restringe el número de posibles conformaciones peptídicas.
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Los péptidos se nombran por el número de residuos de aminoácidos presentes y como derivados del residuo carboxilo terminal. La estructura
primaria de un péptido es su secuencia de aminoácidos, comenzando desde el residuo amino terminal, dirección en que realmente se sintetizan
los péptidos in vivo.

Todos los aminoácidos poseen al menos dos grupos funcionales débilmente ácidos, R—NH3+ y R—COOH. Muchos también poseen grupos
funcionales adicionales débilmente ácidos tales como restos fenólicos de —OH, —SH, guanidino o imidazol.

Los valores de pKa de todos los grupos funcionales de un aminoácido o de un péptido determinan su carga neta a un pH dado. El pI, o pH
isoeléctrico, es el pH al que un aminoácido no aporta carga neta, y por tanto no se mueve en un campo eléctrico de corriente continua.

Los valores de pKa de los aminoácidos libres, en el mejor de los casos, sólo se aproximan a sus valores de pKa cuando están presentes en una
proteína, y pueden diferir ampliamente debido a la influencia de su entorno en una proteína.

REFERENCIAS

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Burton AS, Stern JC, Elsila JE, et al: Understanding prebiotic chemistry through the analysis of extraterrestrial amino acids and nucleobases in
meteorites. Chem Soc Rev 2012;41:5459. [PubMed: 22706603]

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lateral sclerosis (ALS): The first step towards an experimental model for sporadic ALS. Environ Toxicol Pharmacol 2013;36:243.

Kolodkin­Gal I: D­Amino acids trigger biofilm disassembly. Science 2010;328:627.

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