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Aminocidos y Pptidos
Dedicatoria
A nuestro querido Profesor De Qumica Orgnica: Dr. Luis Chacn Garca, por los Sabios conocimientos que nos logro transmitir. Profesor extraordinarios como usted, no se olvidan
Aminocidos y Pptidos
Contenido
I. Aminocidos. I.1 I.2 I.3 I.4 Estructura Propiedades Fsico-Qumicas de los aminocidos. Regla del maz. Clasificacin de los aminocidos. I.4.1 I.4.2 I.5 II. Pptidos 2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.7 2.8 Estructura de un pptido Clasificacin de pptidos Diferencias entre pptidos y protenas. Enlace peptdico. Caractersticas del enlace peptdico. Bloqueo del grupo amino y carboxlico terminales. Funciones biolgicas de los pptidos. Hidrlisis de los pptidos. 2.8.1 Ejemplos Bibliografa Aminocidos proteicos. Aminocidos No proteicos.
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Los aminocidos son los precursores de los pptidos y las protenas y estn constituidos bsicamente por carbono (C), hidrgeno (H), oxgeno (O) y nitrgeno (N); aunque pueden contener tambin azufre (S) y fsforo (P) y, en menor proporcin, hierro (Fe), cobre (Cu), magnesio (Mg), yodo (Y), etc.
Los aminocidos, a los cuales podramos considerar como los "ladrillos de los edificios moleculares proteicos" son la nica fuente aprovechable de nitrgeno para el ser humano, adems son elementos fundamentales para la sntesis de las protenas, y son predecesores de otros compuestos nitrogenados. Los pptidos son estructuras intermedias entre los aminocidos y las protenas. Estn constituidos por no ms de 50 aminocidos. Sus propiedades fsicas y qumicas suelen reflejar en mayor o menor medida las de los aminocidos que las componen. Los pptidos se producen generalmente de la hidrlisis de protenas, aunque en hongos y bacterias existen sistemas de sntesis pepiticas no ribosmica en los cuales los aminocidos son activados a travs de una va diferente. Las protenas estn constituidas por ms de 50 -aminocidos, la cuales tienen gran importancia biolgica ya que tienen funciones diversas como componentes estructurales, biocatalizadores, hormonas, reservorios de informacin gentica, etc. Por consiguiente; para el estudio de las protenas es fundamental la comprensin de la composicin y comportamiento qumico de las molculas que las conforman: los aminocidos y pptidos.
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CAPITULO 1: AMINOCIDOS
Las caractersticas de los aminocidos; como estructura, disposicin, composicin y comportamiento qumico determinan sus papel biolgico.
1.1 ESTRUCTURA
Los aminocidos principales muestran la misma estructura general, a excepcin de la prolina, que es cclica. Los aminocidos son compuestos bifuncionales, ya que estn conformados de un grupo amino ( NH2) y un grupo carboxilo (COOH). Se nombran segn la posicin relativa de dichos grupos. Figura 2
- Aminocido
-Aminocido
- Aminoacido
Alfa aminocidos: su grupo amino se encuentra unido al carbono alfa, todos los aminocidos que estructuran a las protenas, son de este grupo.
Beta aminocidos: se encuentra unido al carbono beta no estructuran a las protenas es parte de la pared celular de algunas bacterias.
Gama aminocidos: se encuentra unido al carbono gama no estructuran a las protenas tienen funciones biolgicas importantes.
De todos los posibles aminocidos, solo 20 suelen estar presentes en protenas. Todos los aminocidos que estructuran a las protenas son -aminocidos, los cuales poseen al grupo amino bsico y al grupo carboxilo acido en el mismo tomo de carbono, conocido como carbono-. Asimismo el carbono se encuentra FIGURA 3: Estructura de un
alfa-aminocido
unido a un hidrogeno y al grupo de la cadena lateral, representado con la letra R. De esta manera el grupo R establece la identidad de
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un determinado aminocido (FIGURA 3). Debemos de tomar en cuenta que los aminocidos son estructuras tetradricas (figura 4), ya que el ncleo atmico est en el centro del tetraedro y cada enlace va desde el centro hacia un vrtice. El giro que puede realizar cada uno de estos enlaces depender en gran medida de las cadenas laterales y las posibles interacciones que haya entre ellas y del medio en el que se encuentre la molcula.
La mayora de aminocidos tienen dos ismeros, la forma izquierda (L o levgira) y la forma derecha (D o dextrgira). FIGURA 5
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En la parte intracelular de los aminocidos predomina una forma de ion dipolar, mejor conocido como zwitterion, que proviene del alemn y significa ion hbrido. Un zwitterion puede actuar como un cido o como una base cediendo o aceptando protones. En la forma dipolar el grupo carboxilo se encuentra disociado (-COO-) y el grupo amino protonado (-N+H3), pero la carga de la molcula es neutra. Figura 6
Grupo Amino
La actividad ptica se indica por la capacidad de desviar un plano de luz polarizada que atraviesa una disolucin de aminocidos, la cual es causada por la asimetra del carbono, ya que se encuentra unido a cuatro radicales diferentes, con excepcin de la glicina. Esta propiedad nos permite clasificar a los aminocidos en Dextrgiros (+) si desvan el plano de luz polarizada hacia la derecha, y Levgiros (-) si lo desvan hacia la izquierda.
El punto isoelctrico es el pH en el cual un aminocido admite una forma dipolar neutra, es decir, las cargas positivas y neutras son iguales y por lo tanto tiene una carga total de cero. De esta manera la solubilidad de un aminocido en el agua es inapreciable en su punto isoelctrico. Mejor dicho el punto isoelctrico es el pH al que la concentracin de especies protonadas y desprotonadas se iguala. Figura 7
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El punto isoelctrico (PI) de un aminocido depende de su estructura y es el promedio de dos constantes de disociacin acida que incluyen el zwitterion neutro (FIGURA 8). En cuanto a los aminocidos con una cadena lateral que sea un cido fuerte o un cido dbil, el PI es el promedio de los dos valores de pKa ms bajos. En el caso de los aminocidos con una cadena lateral bsica, el PI es el promedio de los dos valores de pKa ms altos.
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Por ejemplo podemos orientar en el espacio el hidrgeno sealado, de tal manera que quede frente a nosotros y exactamente encima del carbono (Figura 9). Por lo tanto tendremos que los tres tomos restantes que se unen al carbono se encuentran distribuidos en un tringulo, es decir, el grupo carbonlico (CO), el nitrgeno amnico (N) y el carbono que el el primer tomo de la cadena variable (o grupo R). De esta manera al leer el orden de los tomos anteriores, iniciando por el carbonilo y prosiguiendo en la direccion de las manecillas del reloj, por consiguiente se formar la palabra CORN si se trata de un aminoacido L y la palabra CORN si es un aminocido D. En base a que los aminoacidos L la palabra clave es CORN, la manera de distinguirlos de los aminoacidos D se conoce como la regla del maz.
1.4 CLASIFICACIN
Aunque la mayora de los aminocidos presentes en la naturaleza se encuentran formando parte de las protenas, hay algunos que pueden desempear otras funciones. Por consiguiente, se distinguen dos grupos de aminocidos: aminocidos proteicos y aminocidos no proteicos.
1.4.1AMINOCIDOS PROTEICOS
Los aminocidos proteicos, a su vez se clasifican en base a distintos criterios: 1. Configuracin en la conformacion de las proteinas Codificables o universales: permanecen como tal en las protenas. Los aminocidos proteicos codificables son 20 y adems de su nombre comn, se pueden describir mediante un cdigo de una o tres letras. Tabla 1 Se sabe que de los 20 aminocidos proteicos conocidos, 10 necesitan ser ingeridos por el cuerpo para obtenerlos se los llama esenciales; la carencia de estos aminocidos en la dieta limita el desarrollo del organismo. A los aminocidos que pueden ser sintetizados por el cuerpo se los conoce como no esenciales Para el ser humano, los aminocidos esenciales y no esenciales son los siguientes: ESENCIALES: Val, Leu, Thr, Lys, Trp, His, Phe, Ile, Arg y Met. NO ESENCIALES: Ala, Pro, Gly, Ser, Cys, Asn, Gln, Tyr, Asp y Glu.
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TABLA 1: Aminocidos proteicos AMINOACIDOS PROTEICOS AMINOACIDOS cido asprtico CDIGO Asp D ESTRUCTURA
cido glutmico
Glu
Alanina
Ala
Arginina
Arg
Asparagina
Asn
Cistena
Cys
Fenilalanina
Phe
Glicina
Gly
Glutamina
Gln
Histidina
His
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AMINOACIDOS PROTEICOS (CONTINUACIN) AMINOACIDOS CDIGO ESTRUCTURA
Isoleucina
Ile
Leucina
Leu
Lisina
Lys
Metionina
Met
Prolina
Pro
Serina
Ser
Tirosina
Tyr
Treonina
Thr
Triptfano
Trp
Valina
Val
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Algunas de las modificaciones ms frecuentes que pueden sufrir los aminocidos despus de haberse incorporado normalmente en las protenas son: a) Hidroxilacin: es el caso de la 4-hidroxiprolina o la 5-hidroxilisina, que se encuentran en proporcin importante en el colgeno. Estos aminoacidos se incorporan a la protena como P o como K y, posteriormente, son hidroxilados. b) Carboxilacin: El cido glutmico, por carboxilacin post-sinttica se convierte en cido -carboxiglutmico. c) Adicin de iodo: En la tiroglobulina (una protena del tiroides), la Y sufre diversas reacciones de iodacin y condensacin que originan aminocidos como la triiodotironina (T3) o la tiroxina (T4) d) Formacin de puentes disulfuro: La cistina es el resultado de la unin de dos C por medio de un puente disulfuro (-S-S-) e) Fosforilacin: La fosforilacin de determinados aminocidos (fundamentalmente serina, treonina o tirosina) convierte a una protena activa en su forma inactiva, o viceversa: en las enzimas de las vas degradativas del metabolismo, la forma fosforilada es ms activa que la no fosforilada, mientras que en las vas biosintticas ocurre lo contrario. Las enzimas que aaden grupos fosfato a una protena se denominan quinasas y las enzimas que eliminan grupos fosfato de una protena se denominan fosfatasas .
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f) Glicosilacin: En las glicoprotenas, la unin de los oligosacridos a la protena puede ser de dos tipos: N-glicosilacin (cuando se unen al grupo amino de la asparagina) y O-glicosilacin (cuando se unen al grupo OH de la serina o de la treonina)
2. Naturaleza de la cadena lateral R a) Neutros o alifticos: En ellos la cadena lateral es un hidrocarburo aliftico. Son muy poco reactivos, y fuertemente hidrofbicos (excepto la Gly, cuya cadena lateral es un tomo de hidrgeno). Estos aminoacidos hidrofbicos tienden a ocupar la parte central de las protenas globulares, de modo que minimizan su interaccin con el disolvente. Pertenecen a este grupo: G, A, V, L e I b) Aromticos: La cadena lateral es un grupo aromtico: benceno en el caso de la F, fenol en el caso de la Y e indol en el caso del W. Estos aminoacidos, adems de formar parte de las protenas son precursores de otras biomolculas de inters: hormonas tiroideas, pigmentos o neurotransmisores.
c) Hidroxiaminocidos: Poseen un grupo alcohlico en su cadena lateral. Son la T y S . d) Tioaminocidos: Contienen azufre. Son C y M. La cistena (C) tiene gran importancia estructural en las protenas porque puede reaccionar con el grupo SH de otra C para formar un puente disulfuro (-S-S-), permitiendo el plegamiento de la protena. Por este motivo, en algunos hidrolizados proteicos se obtiene el aminocido cistina, que est formado por dos cistenas unidas por un puente disulfuro. La Metionina se caracteriza porque es el primer aminocido que se coloca durante la sntesis de protenas. e) Iminocidos: Tienen el grupo -amino sustituido por la propia cadena lateral, formando un anillo pirrolidnico. Es el caso de la P . f) Dicarboxlicos y sus amidas: Son el cido asprtico (D) y el cido glutmico (E). Sus amidas correspondientes son la asparragina (N) y la glutamina (Q)
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g) Dibsicos: La cadena lateral contiene grupos bsicos. El grupo bsico puede ser un grupo amino (K), un grupo guanidino (R) o un grupo imidazol (H). 3. Polaridad de la cadena lateral R a) Neutros o Apolares. Componen un grupo que se caracterizan porque su R es una cadena aliftica. Debido la naturaleza aliftica del R, no se generan zonas electronegativas o electropositivas en esa regin de la molcula y cuando forman parte de protenas tienden a alejarse del medio acuoso e interaccionar entre s en zonas internas de la molcula Son 8 los aminocidos que se clasifican como poseedores de cadenas laterales no polares. La alanina, valina, leucina e isoleucina, poseen cadenas laterales de hidrocarburos alifticos. La metionina posee una cadena lateral de ter tilico (C-S-C). La prolina es el nico aminocido cclico, pues el grupo -R se cierra sobre el N del grupo -amino (realmente es un amina secundaria). Por su parte, la fenilalanina y el triptfano contienen grupos aromticos. Son hidrfobos participan en la estructura tridimensional de las protenas. Se dividen en alifticos y aromticos.
b) Polares sin carga. Son aquellos que tienen posibilidades de tener asimetra en la distribucin de las cargas, por la presencia de un tomo de O, N o S. Como consecuencia, el R presenta regiones polares que permiten que se formen puentes de hidrgeno con otros R polares. Siete son los -aminocidos cuyo resto -R es polar pero sin carga. La glicina posee la cadena ms simple, un tomo de hidrgeno. La serina y la treonina son portadores de un grupo hidroxilo (-OH). La asparragina y la glutamina, poseen cadenas laterales portadoras de un grupo amida, y por hidrlisis dan lugar, respectivamente, a aspartato y glutamato, dos aminocidos con carga negativa. La tirosina posee un grupo fenlico y la cistena debe su polaridad a la presencia de un grupo tilico (-SH). Son hidrfilos se dividen en grupo OH y grupo carbamida (-CONH2).
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a) Polares con carga negativa. Existen dos -aminocidos cuyo resto polar posee carga negativa a pH fisiolgico, debida a la presencia de un grupo carboxilo (- COOH), el cido glutmico y el cido asprtico. hay aminocidos que tienen R con carga por la presencia de un grupo adicional cido o base en la molcula. Los aminocidos cidos, (aspartato y el glutamato) tienen grupos - R cargados negativamente a pH 7.0 por la presencia del grupo -COOH en el radical. Son hidrfilos tienen importancia en la actividad cataltica de algunas enzimas.
b) Polares con carga positiva. Los aminocidos bsicos, que contienen uno o ms NH2 en el radical, tienen - R cargados positivamente a pH 7.0. Tres son los -aminocidos que poseen restos R cargados positivamente a pH fisiolgico. La lisina posee una cadena lateral de butilamonio, la arginina presenta un grupo -R de guanidina y la histidina es portadora de un grupo -R de imidazolio. Son hidrfilos tienen importancia en la actividad cataltica de algunas enzimas. Interaccionan con el DNA para su empaquetamiento.
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Los aminocidos no proteicos se pueden dividir en tres grupos: 1. D-aminocidos: la D-ala y el D-glu forman parte del peptidoglicano de la pared celular de las bacterias. La gramicidina s es un pptido con accin antibitica que contiene d-phe. En ciertos pptidos opioides de anfibios y reptiles tambin aparecen d-aminocidos. 2. -aminocido no proteica: la L-ornitina y la L-citrulina son importantes intermediarios en el metabolismo de la eliminacin del nitrgeno y la creatina (un derivado de la g) juega un papel importante como reserva de energa metablica. Tambin pertenecen a este grupo la homoserina y la homocistena. 3. -aminocidos: en estos aminoacidos, el grupo amino sustituye al ltimo carbono (carbono ), no al carbono . La -alanina forma parte de algunas coenzimas, y el cido -aminobutrico es un importante neurotransmisor.
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CAPITULO 2: PPTIDOS
Los pptidos son un tipo de molculas formadas por la unin de dos o ms aminocidos mediante enlaces covalentes de tipo amida llamados enlaces peptdicos (es un polmero de aminocidos), Hay varias maneras de unir a dos aminocidos entre s, pero si queremos tener siempre un nuevo sitio de unin para aadir un tercer aminocido debemos unirlos cabeza con cola, dejando as la cabeza del primero y la cola del segundo libres para reaccionar con nuevas unidades de aminocidos. La unin de 2 a 50 aminocidos da lugar a un pptido.
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Protena: Son estructuras formadas a partir de ms de 50 aminocidos. Las protenas que contienen una sola cadena polipeptdica se denominan protenas monomricas, mientras que las compuestas de ms de una cadena polipeptdica se conocen como protenas multimricas.
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Los tomos que participan (O, C, N, H) son coplanarios Carcter polar o apolar de los pptidos depende de la naturaleza de los grupos de las cadenas laterales de los aminocidos que lo integran. Carcter parcial de doble enlace: Se le puede considerar un hbrido de resonancia. No se permite giro alrededor del enlace [-C-N-].
El extremo C-terminal (tambin conocido como carboxilo terminal, carboxi-terminal, extremo COOH o COOH-terminal): De un polipptido es la regin final e la cadena de aminocidos que termina en un grupo carboxilo (-COOH). La convencin para la escritura de pptidos es situar el extremo C-terminal a la derecha y escribir la secuencia desde el extremo N- al C-terminal.
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N-formil
N-TERMINALES N-acetil
C-TERMINALES
Amida
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de protenas precursoras, aunque en hongos y bacterias existen sistemas de sntesis peptdica no ribosmica, en los cuales los aminocidos son activados a travs de una va diferente. Entre las funciones biolgicas ms importantes que realizan los pptidos podemos destacar las siguientes: 1. AGENTES VASOACTIVOS El agente hipertensor ms potente que se conoce es la angiotensina II, un octapptido que se origina mediante la hidrlisis de una protena precursora que se llama angiotensingeno, y que no tiene actividad vasopresora. Otros pptidos son agentes hipotensores (tienen actividad vasodilatadora). Uno de los mejor conocidos es la bradiquinina, un nonapptido que se origina mediante la hidrlisis de una protena precursora que se llama quiningeno. 2. HORMONAS Las hormonas son seales qumicas que ejercen su accin sobre rganos y tejidos situados lejos del lugar donde se han sintetizado. Se producen por las glndulas endocrinas, por ejemplo: hipfisis, tiroides, pineal, suprarrenales, pncreas; o por varios rganos como el rin, estmago, intestino, placenta, o el hgado. Entre las hormonas con estructura peptdica se encuentran las siguientes:
Nmero de aminocidos 51
Hormona
Insulina
glucosa como glucgeno y grasa. El ayuno disminuye la produccin de insulina. Aumenta el nivel de glucosa en la sangre. El ayuno aumenta la produccin de glucagn. Estimula la liberacin de la hormona del crecimiento, aumenta la sensacin de hambre. Su presencia suprime la sensacin de hambre. El ayuno disminuye los niveles de leptina La Hormona de Crecimiento Humano (HGH), tambin llamada somatotropina, promueve la absorcin de aminocidos por las clulas y regula el desarrollo del cuerpo. Los niveles de la hormona de crecimiento aumentan durante el ayuno. Inicia y mantiene la lactancia en los mamferos Producido por la placenta en las etapas finales de la gestacin Induce la secrecin de testosterona
29 28 167
191
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Hormona foliculoestimulante (FSH) Gonadotropina corinica Hormona estimulante del tiroides (tirotropina) Hormona Adrenocorticotrpica Vasopresina 204 237 201 39 Induce la secrecin de testosterona y dihidrotestosterona Producido despus de la implantacin de un huevo en la placenta Estimula la secrecin de tiroxina y triyodotironina Estimula la produccin de esteroides por la corteza suprarrenal (cortisol y corticosterona) Aumenta la reabsorcin de agua en las clulas de los tbulos renales 9 (hormona antidiurtica) Cys-Tyr-Phe-Gln-Asn-Cys-Pro-Arg-Gly Provoca la contraccin de las clulas en las glndulas mamarias para Oxitocina 9 producir leche y estimula los msculos uterinos durante el parto Cys-Tyr-Ile-Gln-Asn-Cys-Pro-Leu-Gly Angiotensina II Hormona paratiroidea Gastrina 8 84 14 Regula la presin arterial a travs de la vasoconstriccin Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe Aumenta los niveles de iones de calcio en los fluidos extracelulares Regula la secrecin de cido gstrico y pepsina, una enzima digestiva que consta de 326 aminocidos
3. NEUROTRANSMISORES. Los neurotransmisores son seales qumicas producidas en un terminal nervioso presinptico, y que a travs de un receptor especfico ejercen su accin sobre la neurona post-sinptica (figura de la derecha). Son neurotransmisores peptdicos las encefalinas (pentapptidos), la bendorfina (de 31 aminocidos) y la sustancia P (undecapptido). 4. ANTIBIOTICOS. La valinomicina y la gramicidina son dos pptidos cclicos con accin antibitica. Los dos contienen aminocidos de la serie D, adems de otros aminocidos no proteicos. 5. ANTIOXIDANTES El glutation (H-g-Glu-Cys-Gly-OH) es un tripptido que acta como antioxidante celular. Reduce las especies reactivas del oxgeno (como el perxido de H) gracias a la enzima glutatin peroxidasa. La cual se encarga de catalizar la siguiente reaccin: H2O2 + 2GSH GSSG + 2 H2O
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Alanilserina
Alaninina
Serina
HCl
Serilalanina
Serina
Alanina
HCl
+ Serina
HCl
+ + Glutamina
+ + Alanina
HCl
+ Valina
* La hidrlisis de los pptidos puede ser selectiva o NO selectiva dependiendo de las condiciones de reaccin y por tanto los aminocidos en que se descompone pueden variar.
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BIBLIOGRAFIA
Mc Murry, John. Qumica Orgnica. Editorial CENGAGE Learning. D.F 2008, pg. 1017-1043.
7 Edicin. Mxico
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