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ESTUDIANTES:
ASIGNATURA:
Bioquímica Agroindustrial
DOCENTE:
vistazo histórico que ilustre la evolución del entendimiento humano acerca de las
cinemática enzimática, desde mecanismos de acción con un solo sustrato hasta sistemas
Objetivo general:
Explorar y comprender la cinemática enzimática, desde sus fundamentos teóricos hasta
Objetivos específicos:
diferentes tipos
alimentaria
Cinemática enzimática
-La cinética enzimática, una rama fundamental de la bioquímica, se centra en el estudio
detallado de cómo las enzimas, que son mayormente proteínas, facilitan y aceleran las
reacciones químicas en los sistemas biológicos. Estas proteínas poseen la notable
capacidad de manipular moléculas, conocidas como sustratos, sin sufrir cambios
permanentes durante el proceso. El sitio activo de la enzima es crucial, ya que es donde
los sustratos se unen para iniciar la transformación hacia productos, a través de una serie
de pasos denominados mecanismo enzimático. La diversidad de funciones enzimáticas
es impresionante; algunas enzimas pueden unir varios sustratos, liberar diversos
productos o incluso experimentar cambios conformacionales significativos durante la
reacción. La comprensión de estos procesos a nivel molecular se ha visto beneficiada
enormemente por los avances en la determinación de la estructura de las enzimas. La
información estructural revela detalles cruciales sobre cómo la enzima mantiene unidos
el sustrato y el producto durante la catálisis, qué cambios conformacionales tienen lugar
y el papel específico de ciertos aminoácidos en el mecanismo catalítico. En el ámbito de
la cinética enzimática, se distinguen dos tipos de mecanismos: el de único sustrato y el
de múltiples sustratos.
La actividad enzimática puede ser afectada por una variedad de factores fisicoquímicos.
Estos factores pueden influir en la estructura tridimensional de las enzimas, lo que a su
vez afecta su capacidad para catalizar reacciones bioquímicas. Algunos de los factores
más importantes incluyen:
Temperatura:
- Las enzimas tienen una temperatura óptima a la cual funcionan de manera más
eficiente. A temperaturas más bajas, la actividad enzimática disminuye debido a una
menor energía cinética. A temperaturas elevadas, las enzimas pueden desnaturalizarse,
perdiendo su estructura tridimensional y, por lo tanto, su actividad.
pH: El pH óptimo para la mayoría de las enzimas está en un rango específico. Cambios
en el pH pueden afectar la carga neta de los aminoácidos en la enzima, alterando así su
estructura y su capacidad para interactuar con su sustrato.
Fuerza iónica: La fuerza iónica del entorno puede influir en la actividad enzimática ya
que las enzimas pueden ser sensibles a cambios en la concentración de iones.
Presión: Aunque no es tan significativo como otros factores, la presión puede influir en
la actividad enzimática, especialmente en procesos enzimáticos que ocurren en
ambientes extremos, como en organismos que viven en el fondo del océano.
Un solo sustrato
Algunas enzimas exhiben un mecanismo de acción específico con un solo sustrato, entre
ellas las isomerasas, como la triosa fosfato isomerasa y la bisfosfoglicerato mutasa, así
como las liasas intramoleculares, como la adenilato ciclasa o la ribozima ARN-liasa.
Estas enzimas catalizan la isomerización o la ruptura intramolecular de sus sustratos,
modificando la disposición espacial de los átomos sin cambiar la composición química
fundamental. Sin embargo, existen casos atípicos, como el de la catalasa, que
desempeña un papel esencial en la descomposición del peróxido de hidrógeno (agua
oxigenada). Aunque su reacción comienza con un solo sustrato, la catalasa adopta un
mecanismo de ping-pong, distinto de otros mecanismos de único sustrato. Inicialmente,
la enzima reacciona con una molécula de peróxido de hidrógeno, liberando agua y
oxígeno y quedando en un estado oxidado. Posteriormente, la enzima es reducida por
una segunda molécula de peróxido de hidrógeno, implicando así una serie de cambios
entre estados reducidos y oxidados a lo largo de la reacción.
Cinematica de Micheaelis-Menten
Donde:
• V es la velocidad de la reacción,
• V max es la velocidad máxima de la reacción enzimática (cuando la enzima está
completamente saturada de sustrato),
• [S] es la concentración del sustrato,
• K m es la constante de Michaelis-Menten, que es una medida de la afinidad de
la enzima por su sustrato.
Esta ecuación es fundamental para comprender cómo las enzimas interactúan
con sus sustratos y cómo la velocidad de la reacción enzimática varía con la
concentración del sustrato.
Múltiple sustrato
Las enzimas que siguen el mecanismo de complejo ternario son notables por su
capacidad para unir simultáneamente dos sustratos, A y B, generando el complejo EAB.
Este proceso puede seguir un orden específico en la unión de los sustratos, denominado
mecanismo ordenado, o puede ocurrir de manera aleatoria, conocido como mecanismo
al azar. Cuando la concentración del sustrato A se mantiene constante y se varía la
concentración del sustrato B, el comportamiento de la enzima se puede visualizar
mediante un diagrama de Lineweaver-Burke. En este diagrama, se observa que las
rectas generadas por diferentes concentraciones de B convergen en un punto de
intersección común. Este patrón característico sugiere que hay un punto de unión
conjunto para ambos sustratos en el sitio activo de la enzima.
Ejemplos notables de enzimas que siguen este mecanismo de complejo ternario incluyen
la glutatión S-transferasa, la dihidrofolato reductasa y la ADN polimerasa. La
convergencia de las rectas en el diagrama de Lineweaver-Burke indica que existe un
sitio de unión específico donde la enzima interactúa simultáneamente con ambos
sustratos. Este fenómeno resalta la especificidad y coordinación necesarias para la
formación exitosa del complejo ternario. Estas observaciones tienen implicaciones
importantes para comprender la cinética y la regulación de las reacciones enzimáticas
que implican múltiples sustratos y proporcionan información valiosa sobre el
mecanismo preciso de acción de estas enzimas en procesos biológicos clave.
Mecanismos de ping-pong
Las enzimas que siguen un mecanismo de ping-pong exhiben dos estados distintos: la
conformación normal (E) y la conformación modificada químicamente (E*), también
conocida como conformación intermedia. En este tipo de mecanismo, el sustrato A se
une inicialmente a la enzima E, provocando un cambio a la conformación intermedia
E*, posiblemente mediante la transferencia de un grupo químico al centro activo de la
enzima. En este estado intermedio, el sustrato A puede liberarse, formando el producto
P. Solo después de que el sustrato A se ha liberado del centro activo, el sustrato B puede
unirse, devolviendo a la enzima modificada E* a su estado original E y liberándolo en
forma de producto Q. Al representar gráficamente una enzima con un mecanismo de
ping-pong en un diagrama de Lineweaver-Burke, se observan rectas paralelas entre sí,
destacando la característica de este mecanismo.
La catálisis enzimática implica varios mecanismos, pero uno de los conceptos clave es
la disminución de la barrera de energía de activación para la reacción química. Aquí hay
algunos aspectos destacados del mecanismo de catálisis enzimática:
Afinidad por el sustrato: Las enzimas tienen un sitio activo que se une al sustrato, la
molécula sobre la cual actúa la enzima. Este sitio activo es altamente específico para el
sustrato, similar a cómo una cerradura es específica para una llave.
Formación del complejo enzima-sustrato (ES): Cuando el sustrato se une al sitio activo,
forma un complejo enzima-sustrato. Este paso es crucial para la catálisis, ya que coloca
al sustrato en una posición que facilita la reacción química.
Cambio conformacional: La unión del sustrato al sitio activo a menudo induce cambios
conformacionales en la enzima. Estos cambios pueden facilitar la reacción química al
estabilizar estados de transición o proporcionar un entorno reactivo adecuado.
Liberación del producto: Después de que la reacción química tiene lugar, los productos
se liberan del sitio activo de la enzima, que vuelve a su forma original y está disponible
para unirse a otro sustrato.
Inhibición enzimática
Inhibidores Competitivos
Estos inhibidores son moléculas que se unen de tal manera a la enzima que bloquean el
acceso del sustrato al sitio activo. Muchos de ellos tienen una estructura similar a la del
sustrato y por lo tanto son reconocidos y unidos por la enzima con una afinidad similar,
pero otros pueden unirse en la vecindad del sitio activo y “taponarlo” de tal manera que
se impida la unión del sustrato. Como la unión de este tipo de inhibidores es reversible y
alternativa a la unión del sustrato, una alta [S] puede desplazar el equilibrio hacia la
formación de complejo ES y por lo tanto la Vmax no varía en presencia o ausencia del
inhibidor. Simbolizando al inhibidor como I, el esquema de la reacción para la
condición inicial en presencia de I es el siguiente:
En este contexto, se están considerando las interacciones entre una enzima (E), un
sustrato (S) y un inhibidor competitivo (I). Se forman tres combinaciones: la enzima
libre (E), el complejo enzima-sustrato (ES) y el complejo enzima-inhibidor (EI). El
complejo EI es inactivo catalíticamente y solo puede disociarse nuevamente en E + I. Se
establece un equilibrio entre E, I y EI, y se define la constante del inhibidor competitivo
(KIc) como la inversa de la constante de equilibrio (Keq) para esta reacción.
Ahora podemos hacer lo mismo que antes simplificando [E] y multiplicando numerador
y denominador por KM:
Finalmente, pasando [ET] al otro miembro y reemplazando kp [ET] por Vmax, queda:
Este tipo de inhibidores podrían considerarse como el otro extremo de los inhibidores
competitivos. Aquí, en vez de unirse a la enzima libre, el inhibidor se une
reversiblemente al complejo ES, dando como resultado nuevamente un complejo ESI
inactivo. Es decir, existe un orden secuencial en la unión de cada ligando: primero debe
unirse el sustrato para que luego pueda unirse el inhibidor, ya que éste es incapaz de
unirse a la enzima libre. En otras palabras, solo el complejo ES posee el sitio adecuado
para la unión del inhibidor. El esquema de reacciones será, esta vez:
Como antes, podemos considerar que la unión del inhibidor al complejo ES para dar el complejo
inactivo ESI constituye un equilibrio, ya que dicho complejo no produce P. Así, la inversa de la
constante de equilibrio representa la correspondiente constante del inhibidor acompetitivo
Es decir que ahora el factor (1 + [I]/KIa) afecta tanto a Vmax como a KM, y por lo tanto,
podríamos considerar que hay una Vmax aparente (Vmax(ap)) y una KM aparente (KM(ap)):
Los inhibidores de tipo mixto reciben este nombre porque combinan las propiedades de
los inhibidores competitivos y los acompetitivos, ya que pueden unirse tanto a la enzima
libre como al complejo ES. De este modo, producen dos complejos inactivos en vez de
uno: EI y ESI. Dado que se unen a dos formas diferentes de la enzima, es esperable que
los equilibrios entre E, I y EI por un lado, y ES, I y ESI por el otro, no tengan
necesariamente la misma constante de equilibrio, ya que las especies intervinientes
(salvo I) son diferentes. Así, podríamos escribir el siguiente esquema de reacciones:
Sin embargo, ya que la unión del inhibidor no sigue un orden obligatorio puesto que
puede unirse tanto a E como a ES, lo mismo debería ocurrir con S: no hay razón para
suponer que solo podrá unirse a E y no a EI. Por lo tanto, el esquema debería ser así:
¿Qué valores deberían tener entonces las constantes cinéticas marcadas como kx y kx?
Una clave es que si entendemos toda la reacción de unión del inhibidor a la enzima
como un solo equilibrio, el mismo ocurriría entre las formas libres E, S e I y el complejo
ESI, yendo por dos caminos: EI y ES. Esquemáticamente, lo podríamos representar asi:
Es decir que la constante cinética de la reacción de formación del complejo ESI (kd)
debería cualquiera de las dos siguientes:
según se tome el camino que pasa por ES o el que pasa por EI. Análogamente, para la
reacción reversa:
Por lo tanto, si proponemos un coeficiente α tal que KIa = αKIc, las ecuaciones para el
equilibrio entre E, S e I y ESI podrían expresarse como sigue:
Es decir, el coeficiente α debe afectar ambos caminos por igual, ya que el equilibrio
entre E, S, I y ESI es el mismo, independientemente de por dónde se alcance.
Luego, si hacemos los mismos reemplazos que siempre para obtener la ecuación de la
v0:
Utilizando la aproximación del estado estacionario, obtenemos la misma ecuación, con
KM en vez de KS, si bien el camino es más largo porque nos encontramos con términos
cuadráticos que tenemos que eliminar
Para que nos quede [S] sin multiplicar por ningún factor, podemos dividir el numerador
y el denominador por (1 + [I]/αKIc) de manera análoga a como lo hicimos para obtener:
Inhibidores No-Competitivos
Este es el caso donde α = 1, es decir que el inhibidor tiene la misma afinidad por la
enzima libre que por el complejo ES. Por lo tanto, para el inhibidor no-competitivo, KIc
= KIa, y las ecuaciones 4.33 y 4.36 quedan expresadas de la siguiente manera:
Comparación de inhibidores
Inhibidores Irreversibles
Enzimas alostéricas
Enzimas no alostéricas
Las enzimas, esenciales para catalizar reacciones biológicas, están compuestas por
subunidades o cadenas polipeptídicas que determinan su estructura tridimensional y, por
ende, su funcionalidad. Al analizar la actividad enzimática mediante la representación
gráfica, se observa una relación característica en forma de hipérbola. Esta curva exhibe
tres fases distintas: una inicial de primer orden, donde hay proporcionalidad entre la
cantidad de sustrato añadido y la producción de producto; una fase intermedia de
segundo orden, que presenta un aumento asintótico no lineal, indicando que la relación
entre la concentración del sustrato y la producción de producto disminuye; y finalmente,
una fase de orden cero, donde la saturación de los sitios activos de la enzima impide la
obtención de más producto, incluso con la adición adicional de sustrato. Este punto de
saturación se refleja en la gráfica como una meseta conocida como Velocidad Máxima
(Vmax), donde la enzima alcanza su capacidad máxima de transformación de sustrato
en producto. Este perfil cinético de la actividad enzimática, representado gráficamente,
no solo proporciona información sobre la eficiencia de la enzima, sino que también es
crucial para entender la cinética de la reacción enzimática y las interacciones entre
sustrato y enzima. La capacidad de una enzima para alcanzar una Vmax refleja su
eficiencia máxima en condiciones saturadas, siendo esta información esencial tanto para
la investigación básica como para aplicaciones prácticas en campos como la
biotecnología y la medicina.
Cofactores: Vitaminas y Minerales
Vitaminas cofactores
Ácido fólico
El ácido fólico fue reconocido por primera vez como el factor levadura o hepático que
podía curar una anemia megaloblástica severa en pollos, monos y humanos. La prueba
posterior de que la substancia activa era un factor de crecimiento para ciertas bacterias
como Lactobacillus casei y Streptococcus faecalis proporcionó un bioensayo rápido para
el aislamiento, identificación y eventual síntesis de la vitamina y sus coenzimas. El
nombre ácido fólico fue dado en 1941 en reconocimiento de su abundancia en verduras
de hoja verde y su estructura fue confirmada como ácido monopteroilglutámico en 1946.
En la actualidad, reconocemos al ácido fólico como una de las coenzimas de vitaminas
más complejas, debido a su presencia en muchas formas bioquímicas. A pesar de su
enorme complejidad, sin embargo, el papel bioquímico del ácido fólico se angosta a un
juego específico de reacciones sintéticas cuyo común denominador es las unidades de
un carbono.
Biotina
El ácido pantoténico fue nombrado por Williams, quien reconoció su ubicua presencia
en tejidos de todos los organismos y en todas las fuentes de alimento. La forma
coenzima, CoA, fue descubierta mucho antes que la vitamina; las investigaciones de la
subestructura de CoA llevaron a un entendimiento de cómo la coenzima era sintetizada.
La CoA era conocida como un cofactor dializable esencial para la acetilación de
sulfonilamida y colina. De hecho, la designación “A” en CoA reconocía la
importancia de las
reacciones de acetilación.
Vitamina K
El papel antihemorrágico de la vitamina K había sido establecido mucho antes de darse
cuenta de que la vitamina sin modificación estructural era esencial para la biosíntesis de
protrombina funcional. Las 3 formas de la vitamina, filoquinona (vitamina K 1),
menaquinona (vitamina K2) y menadiona (vitamina K3, que es una forma sintética)
difieren solamente en la estructura de sus cadenas laterales. La vitamina K participa en
una amplia serie de reacciones de carboxilación que involucran todos los residuos de
ácido glutámico en la primera mitad de la protrombina, un factor de coagulación
sanguínea. Los residuos de ácido carboxiglutámico o “gla” que ocupan esta región de la
molécula de protrombina, son capaces de unirse a los iones calcio necesarios para
catalizar la formación de trombina.
Cofactores Minerales
ZINC
• Es el más ubicuo y versátil de los cofactores metálicos. Más de 300 enzimas tienen
un cofactor de zinc.
HIERRO
La mayoría de las enzimas con hierro acoplan el hierro como heme, o como un arreglo
especial de hierro con grupos azufre, conocidos como centros hierro-azufre.
El citocromo c es una proteína heme común en las mitocondrias donde los ligandos
axiales al hierro están ocupados por histidina y metionina.
• Las enzimas con un grupo heme tienen un color rojizo, dependiendo del estado de
oxidación del hierro, hecho que motivó a nombrar a las proteínas heme de las
mitocondrias como “citocromo”.
• Las enzimas de cobre pueden ser simples o complejas dependiendo del número de
átomos de cobre que contengan. La dopamina-beta-monooxigenasa contiene 8
átomos de cobre.
Los sitios cobre de la ceruloplasmina tienen capacidad de oxidar Fe2+ a Fe3+; lo que
prepara los iones hierro para unirse a la transferrina, y entregar hierro a órganos y
tejidos. Esta reacción liga los dos elementos y podría explicar por qué cuando existen
carencias de cobre puede presentarse anemia.
MANGANESO
Podría ser el elemento menos común en las enzimas, y a veces también el gran olvidado.
Pero el manganeso participa en enzimas importantes como la piruvato-carboxilasa,
y la arginasa en el ciclo de la urea.
También actúa como cofactor activador del metal para muchas enzimas que requieren
magnesio, como la fructosa 1.6 difosfatasa, galactoquinasa, glucosa 1.6 fosfomutasa,
glutatión reductasa y peptidasa, entre otras.
MAGNESIO
• Es requerido por un gran número de enzimas, entre ellas las fitasas que son de las más
utilizadas en alimentación animal.
• También participa en otras enzimas, todas muy ligadas al fósforo también como
alcalina fosfomonoesterasa, arginina cinasa, aspartasa, ATPasa, decarboxilasa,
fosfofructoquinasa, fosforilasa.
COBALTO
• El cobalto como cofactor está muy ligado a la vitamina B12. La forma más habitual
de la coenzima que contiene cobalto es la cianocobalamina.
• Participa, pero en menor medida y como cofactor, junto con otros minerales en
enzimas como alcalina fosfomonoestarasa, la fenoloxidasa o la trifosfatasa.
CALCIO
• Participa también en el complejo actina-miosina del músculo, pero sus funciones son
más importantes en otras vías y rutas metabólicas que como cofactor.
APLICACIONES EN LA INDUSTRIA ALIMENTARIA:
En la agricultura:
Mejora de la germinación de semillas: Las enzimas pueden utilizarse para tratar las
semillas y promover su germinación, lo que puede aumentar el rendimiento de los
cultivos.
Mejora de la calidad del suelo: Las enzimas pueden descomponer materia orgánica en el
suelo, mejorando su estructura y fertilidad.
En la industria alimentaria:
más simples que involucran un solo sustrato hasta los sistemas más complejos
comprensión nos brinda una base sólida para abordar no solo las aplicaciones
las no alostéricas, hemos explorado cómo cada tipo desempeña roles específicos
biotecnología.
- Al buscar aplicaciones específicas en la industria alimentaria, hemos identificado
específicos.
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