Guía de Aprendizaje #03 - Bioquimica Ambiental

GUÍA DE APRENDIZAJE
SEMANA N°03
CURSO: BIOQUÍMICA AMBIENTAL

DOCENTE: LUIS ARTURO GIL RAMÍREZ
Jaén – Perú, Abril 2023

Escuela Profesional de Ingeniería Forestal y Ambiental
Carrera Profesional de Ingeniería Forestal y Ambiental
ÍNDICE
Pág.
1. INTRODUCCIÓN ..................................................................................................................................... 3
3. OBJETIVOS EDUCACIONALES Y RESULTADOS DEL ESTUDIANTE .......................................... 3
3. DESARROLLO ......................................................................................................................................... 4
3.1 ¿Qué son las enzimas y que funciones cumple? ............................................................................... 4
3.2 Velocidades de las reacciones químicas y efectos de los catalizadores ........................................... 5
3.3 Estados de transición y velocidades de reacción .............................................................................. 9
3.4 Lo que hace un catalizador ............................................................................................................. 11
3.5 Cómo actúan las enzimas como catalizadores ................................................................................ 13
3.6 Cinética de la catálisis enzimática .................................................................................................. 15
3.7 Inhibición enzimática ..................................................................................................................... 16
3.8 Clasificación de las enzimas proteicas ........................................................................................... 21
4. GLOSARIO ............................................................................................................................................. 22
5. REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS .................................................................................................... 22
SEMANA N°03 – BIOQUÍMICA AMBIENTAL 2

1. INTRODUCCIÓN
Las enzimas son biomoléculas de naturaleza proteica que aceleran la velocidad de reacción hasta
alcanzar un equilibrio. Constituyen el tipo de proteínas más numeroso y especializado y, actúan
como catalizadores de reacciones químicas específicas en los seres vivos o sistemas biológicos.
El propósito de desarrollar este tema, es que los estudiantes conozcan la importancia de estas
biomoléculas, su forma de accionar en los procesos metabólicos de los seres vivos y cómo
reaccionan frente a competidores externos. Todos estos conocimientos le servirán al estudiante
para poder conocer las formas de acción de estas enzimas en los diferentes procesos metabólicos.
2. OBJETIVOS EDUCACIONALES Y RESULTADOS DEL ESTUDIANTE
El graduado de la carrera profesional de Ingeniería Forestal y Ambiental de la Universidad

Nacional de Jaén cumplirá los siguientes objetivos educacionales:
El graduado del Programa de Ingeniería Forestal y Ambiental de la Universidad

Nacional de Jaén se desempeña profesionalmente de forma competente para gestionar
OE1
planes, programas y proyectos científicos-tecnológicos para mejorar las actividades
forestales y ambientales en el país, aplicando principios éticos y de responsabilidad
social.
El graduado del Programa de Ingeniería Forestal y Ambiental de la Universidad
Nacional de Jaén se desempeña profesionalmente de forma competente para diseñar y
OE2
gestionar emprendimientos innovadores, sostenibles, dando valor agregado a los
recursos naturales del País.
[RE-I04]: Investigación: La capacidad de conducir estudios de problemas complejos de

ingeniería usando conocimientos basados en la investigación y métodos de investigación
incluyendo el diseño y la conducción de experimentos, el análisis y la interpretación de
información, y la síntesis de información para producir conclusiones válidas.
[RE-I09]: Trabajo Individual y en Equipo: La capacidad de desenvolverse eficazmente como

individuo, como miembro o líder de equipos diversos.

3. DESARROLLO
3.1 ¿Qué son las enzimas y que funciones cumple?
Las enzimas son biomoléculas de naturaleza proteica que aceleran la velocidad de reacción hasta
alcanzar un equilibrio. Constituyen el tipo de proteínas más numeroso y especializado y, actúan
como catalizadores de reacciones químicas específicas en los seres vivos o sistemas biológicos.
Muchas de las enzimas no trabajan solas, se organizan en secuencias, también llamadas rutas
metabólicas, y muchas de ellas tienen la capacidad de regular su actividad enzimática. Un
catalizador es una sustancia que aumenta la rapidez o velocidad de una reacción química, sin verse
alterada ella misma en el proceso global. La mayor parte de los catalizadores biológicos, aunque
no todos ellos, son proteínas que denominamos enzimas. Así, por ejemplo, la proteína tripsina
cataliza la hidrólisis de los enlaces peptídicos de las proteínas y los polipéptidos. La sustancia
sobre la que actúa una enzima se denomina sustrato. Así pues, los polipéptidos son sustratos
adecuados de la tripsina.
Podemos apreciar el poder de la catálisis enzimática con un ejemplo que nos resulta familiar a
todos: la descomposición del peróxido de hidrógeno en agua y oxígeno:
Esta reacción, aunque muy favorecida termodinámicamente, es muy lenta, a menos que esté
catalizada. Se puede comprar una botella de una solución de H2O2 y guardarla en un armario
durante muchos meses antes de que se degrade. Sin embargo, si añadiera un trocito de ion férrico
(por ejemplo, como FeCl3), observaría que la velocidad de la reacción aumenta unas 1000 veces.
La proteína hemoglobina, que contiene hierro, es aún más eficaz para incrementar la velocidad de
esta reacción. Si uno aplica la solución de peróxido de hidrógeno a un corte de un dedo, observa
un burbujeo inmediato del O2 liberado: la reacción se está produciendo ahora aproximadamente
un millón de veces más rápidamente que el proceso sin catalizar. Pero pueden alcanzarse
velocidades aún más altas. La catalasa, una enzima presente en muchas células, aumenta la

velocidad de la descomposición del H2O2. Algunas reacciones celulares producen peróxido de

hidrógeno que es un oxidante peligroso, por lo que la catalasa se ha perfeccionado para defenderse
de él. Este ejemplo muestra que la velocidad de una reacción favorable depende, en gran medida,
de que exista o no un catalizador y de la naturaleza del mismo. Los catalizadores biológicos, entre
ellos las enzimas, se encuentran entre los más eficaces y específicos que se conocen. Hay dos
hechos importantes que conviene resaltar. En primer lugar, un catalizador verdadero, aunque
participa en el proceso de reacción, no se modifica por ésta. Así, por ejemplo, tras catalizar la
descomposición de una molécula de H2O2, la catalasa vuelve a encontrarse exactamente en el
mismo estado que antes, preparada para un nuevo ciclo. En segundo lugar, los catalizadores
modifican la velocidad de los procesos, pero no afectan la posición de equilibrio de una reacción.
Un proceso termodinámicamente favorable no pasa a ser más favorable por la presencia de un
catalizador, ni éste hace tampoco que un proceso desfavorable pase a ser favorable. Simplemente
se alcanza más rápidamente el estado de equilibrio.
3.2 Velocidades de las reacciones químicas y efectos de los catalizadores
Velocidades de reacción y orden de reacción
Reacciones de primer orden: constante de velocidad

Para comprender el significado de la velocidad de reacción y cómo podría medirse,
consideraremos primero la reacción más sencilla posible, la conversión irreversible de la sustancia
A en la sustancia B:
Podemos definir la velocidad de reacción (V), en un momento dado, como la velocidad de

formación del producto, en este caso B:
Las unidades de V son moles por litro por segundo (mol/L) s–1, si [B] indica la concentración
molar de B. Si observamos que por cada molécula de B que se forma debe desaparecer una
molécula de A, es evidente que V puede escribirse también de la siguiente forma:

La transformación de cada molécula de A en B es un fenómeno independiente. Así pues, a medida

que se consumen las moléculas de A, se reduce el número de moléculas que quedan para
transformarse, y la velocidad disminuye a medida que la reacción se va produciendo
Matemáticamente, expresamos este hecho afirmando que la velocidad de reacción es proporcional
a [A]:
(11.3)
La constante k1, se denomina constante de velocidad y para esta reacción tiene unidades de
(segundos)–1. La constante de velocidad proporciona una medida directa de la rapidez con la que
se produce la reacción. Una k1 grande indica que la reacción es rápida, y una k1 pequeña indica
una reacción lenta. Esta reacción se denomina reacción de primer orden, ya que su velocidad
depende de la primera potencia de la concentración del reactante. Si queremos demostrar que una
reacción es de primer orden o deseamos medir la constante de velocidad, resulta más cómodo
disponer de una ecuación que describa la manera en la que se modifica la concentración de A con
el tiempo durante la reacción. Esta descripción puede obtenerse mediante la integración de la
ecuación (11.3):
en donde [A]0 es la concentración de partida, cuando t = 0. La ecuación (11.4c) nos indica que la
concentración de A disminuye de manera exponencial con el tiempo, como se observa en la Figura
11.1a. Una característica de este descenso exponencial es la semivida (t1/2), el tiempo necesario
para que se pierda la mitad de cualquier cantidad que quede (Figura 11.1a). La semivida es
inversamente proporcional a k1. Para comprobar si una reacción es realmente de primer orden,

basta con realizar un gráfico de ln[A] frente a t, como se muestra en la Figura 11.1b. Una línea
recta confirma la ecuación (11.4b); la pendiente da (–k1). Otro procedimiento es el que se muestra
en la Figura 11.1c y d. Se mide la velocidad inicial de la reacción para distintos valores de la
concentración inicial, [A]0, y se representan estas velocidades iniciales frente a [A] 0. Si la
velocidad inicial es proporcional a [A]0, la reacción es de primer orden. La constante de velocidad
k1 puede determinarse a partir de la pendiente de una gráfica de la velocidad inicial frente a [A]0.
La mayoría de los procesos bioquímicos no pueden describirse en todo su curso mediante
ecuaciones tan sencillas como la (11.4). Una de las razones es que muchas de las reacciones y
procesos que encontramos son reversibles, es decir, el equilibrio no está muy desplazado hacia un
lado, y al ir acumulándose el producto, la reacción inversa pasa a ser importante. Así, por ejemplo,
podemos tener una reacción como la siguiente:
Dado que A se consume en la reacción que se produce hacia la derecha y se forma en la reacción
que va hacia la izquierda, la correspondiente ecuación de velocidad es
En este caso, k1 y k–1 son las constantes de velocidad para las reacciones de primer orden hacia
delante y a la inversa. Una reacción de este tipo se dirige hacia un estado de equilibrio, en el cual
las velocidades de las reacciones hacían delante y a la inversa se hacen iguales, con lo que la
velocidad global es cero. Entonces
en donde K es la constante de equilibrio. Para una reacción reversible que sea de primer orden en
ambas direcciones, la constante de equilibro es siempre la relación de las constantes de equilibrio
hacia delante y a la inversa.

Figura 1.
Determinación del orden y de la constante de velocidad de una reacción irreversible de primer orden: Los
gráficos (a) y (b) analizan la velocidad de una sola reacción en todo su curso, expresando el tiempo como múltiplos
de la semivida (t1/2) del reactante. Obsérvese que para cada intervalo de t1/2, la concentración del reactante se
reduce a la mitad. Los gráficos (c) y (d) analizan las velocidades iniciales de la reacción a distintas concentraciones
de partida. (a) Un gráfico de [A] frente a t muestra que la velocidad, definida como la pendiente de la línea,
disminuye a medida que progresa la reacción. (b) Un gráfico de ln[A] frente a t, cuando es lineal, indica que la
reacción sigue la ecuación (11.4b) y, por tanto, es de primer orden. La pendiente de esta línea (dln[A]/dt) es igual
a –k1. (c) La velocidad de reacción inicial se determina para tres valores de [A]0. (d) Las tres velocidades iniciales
determinadas en (c) se representan gráficamente en función de [A]0. Si las velocidades iniciales son proporcionales
a [A]0, y se obtiene una línea recta, la reacción es de primer orden. La pendiente de la recta es k 1.
Fuente: Mathews et al., 2002

3.3 Estados de transición y velocidades de reacción

Nuestra principal pregunta es: ¿qué determina la velocidad de una reacción química? Es decir,
¿qué hace que una constante de velocidad sea alta o baja? La termodinámica no aporta información
acerca de las velocidades. Si dibujamos un diagrama de energía libre para una reacción favorable
basándonos en la termodinámica solamente, obtendremos una imagen como la de la Figura 2a.
Representamos aquí la energía libre del sistema frente a la coordenada de reacción, una medida
generalizada del progreso de la reacción a través de los estados intermedios. Su significado físico
diferirá de una reacción a otra. Podemos ver que la energía libre del estado estándar de los
productos de esta reacción es inferior a la de los reactantes. Sin embargo, lo que puede ser más
importante para determinar la velocidad de reacción es lo que ocurre en la transición desde los
reactantes a los productos. Las medidas de equilibrio, que corresponden a los estados final e inicial,
no descubren ninguna información acerca de la transición o de la barrera que presenta la transición.
Una molécula que interviene en una reacción de primer orden sólo alcanza ocasionalmente un
estado energético en el que puede producirse el proceso; de lo contrario, todas las moléculas
habrían reaccionado ya. Esta observación sugiere que tan sólo una fracción de las moléculas, que
están suficientemente activadas, puede sufrir la reacción. De forma análoga, en una reacción de
segundo orden no todos los encuentros entre los reactantes pueden ser productivos, puesto que
algunas colisiones pueden no ser lo suficientemente energéticas, o las moléculas que colisionan
pueden no estar adecuadamente orientadas unas respecto a otras para reaccionar. Estas
consideraciones han dado origen a la idea de una barrera de energía libre para la reacción, y al
concepto de un estado activado o estado de transición (simbolizado con ‡). Se cree que el estado
de transición es una fase a través de la cual deben pasar la molécula o las moléculas que reaccionan,
a menudo, de una forma en que la molécula está tensionada o distorsionada o tiene una estructura
electrónica determinada, o en que las moléculas colisionan adecuadamente. Para concretar la idea
del estado de transición, en el diagrama de la Figura 2b, se presenta la energía libre en función de
la coordenada de reacción. Este concepto es algo abstracto, pero en la Figura 2c presentamos un
ejemplo sencillo y concreto, la conversión bote silla de un anillo de piranosa. La coordenada de
reacción en este caso es simplemente el ángulo θ. Tanto el estado inicial (bote) como el estado
final (silla) son estados con una energía menor que la del estado más tensionado y aplanado (estado
de transición). El anillo debe pasar a través del estado de semi-silla, que es un estado de transición
de energía elevada para realizar la conversión.

Figura 2.
Diagramas de energía libre para la reacción simple A → B
(a) Información proporcionada por los estudios termodinámicos del equilibrio: tan sólo aparece la diferencia de
energía libre entre el estado inicial y el final. GA y GB representan las energías libres promedio por mol de moléculas
de A y B. ΔG° es el cambio de energía libre de estado estándar para la reacción. (b) Diagrama de energía libre
completado para incluir el estado de transición (‡) a través del cual debe pasar la molécula para ir de A a B, o
viceversa ΔG°‡ indica la energía de activación de la transición A →B. ΔG-1°‡ es para la transición B →A. (c)
Vía razonable para la transición de una piranosa (como la glucosa) de la conformación de bote (1) a la de silla (3).
El estado de máxima energía, estado de transición, tendrá un aspecto similar al de (2).

La energía libre estándar de activación, ΔG°‡, corresponde a la energía libre adicional (por encima
de la energía libre promedio de las moléculas de reactantes) que han de alcanzar las moléculas
para llegar al estado de transición. Sabemos que, en cualquier muestra o disolución, no todas las
moléculas tienen la misma energía en todo momento. Si la barrera para la reacción es alta, sólo
una pequeña fracción de las moléculas tendrá la energía suficiente para superarla, o sólo una
pequeña fracción de las colisiones será suficientemente energética.
3.4. Lo que hace un catalizador

Un catalizador reduce la barrera de energía para una reacción, con lo que aumenta la fracción de
moléculas que tienen la energía suficiente para alcanzar el estado de transición y hacer que la
reacción vaya más rápida en ambas direcciones. Sin embargo, la presencia de un catalizador no
tiene efecto alguno sobre la posición de equilibrio, puesto que la diferencia en las magnitudes de
la barrera en las dos direcciones es exactamente la misma en presencia o no del catalizador (Figura
11.4). Así pues, ΔG° no se modifica por un catalizador, como tampoco K, que es igual a k 1/k–1, a
pesar de que tanto k1 como k–1 pueden ser miles o millones de veces superiores a lo que eran para
el proceso sin catalizar. Nos preguntamos ahora cómo reduce el catalizador la barrera de energía
libre. Para responder a esta pregunta, examinemos ΔG°‡ con algo más de detalle. Dado que
ΔG°‡= ΔH°‡ – TΔS°‡ , la necesidad de una mayor cantidad de energía (un valor de ΔH°‡ muy
positivo) o una conformación muy improbable del estado de transición (un ΔS° ‡ muy negativo)
harán que ΔG°‡ sea grande y positivo, y, por tanto, que la reacción sea lenta. La contribución de
la energía es fácil de ver. Con mucha frecuencia, la molécula o moléculas reactivas deben pasar
por estados de tensión o distorsión que requieren energía para que la reacción se produzca (para
un ejemplo, véase la Figura 2c). A veces el catalizador puede reducir esta necesidad de energía
forzando a la molécula de reactante a un estado intermediario que se parece al estado de transición
pero que es de menor energía debido a la energética favorable de la unión al catalizador (Figura
11.5). El resultado es que dos barreras de energía de transición muy bajas sustituyen a la única
barrera más alta. Distinguimos este estado intermediario del estado de transición por el hecho de
que el primero corresponde a un mínimo de energía libre, y el segundo a un máximo de energía
libre. Un estado intermediario es un estado metaestable de la molécula.

Figura 3.
Efecto de un catalizador sobre la energía de activación. Hemos representado aquí el mismo diagrama de
energía libre que en la Figura 2b, pero indicando una vía alternativa catalizada (en rojo) para la reacción.
El catalizador reduce la energía libre estándar de activación, ΔG°‡, con lo que hay más moléculas de
reactante que poseen la energía necesaria para alcanzar el estado de transición disminuido.
Fuente: Mathews et al., 2002.
Figura 4.
Importancia de los estados intermediarios. Es frecuente que un catalizador (como una enzima) una el
sustrato en una conformación intermediaria que se asemeja al estado de transición pero que tiene una
energía inferior. Las energías de activación de la formación del estado intermediario y de la conversión
del intermediario en el producto (ΔG1°‡, ΔG2°‡, respectivamente) son menores que la energía de
activación de la reacción no catalizada (véase la Figura 2). En esta figura tan sólo se indican las
energías de activación para la reacción directa (A→ B).

El término de entropía en la energía libre de transición refleja el hecho de que puede ser necesaria
una determinada orientación entre los reactantes o partes de una molécula para que se pase al
estado de transición. Así, por ejemplo, cuando se producen colisiones entre moléculas (como en
una reacción de segundo orden), la mayoría de los encuentros no son productivos, ya que las
moléculas están orientadas de una forma inadecuada cuando colisionan. Un catalizador que pueda
unir dos moléculas reactantes en la orientación mutua adecuada aumentará su reactividad haciendo
que la entropía de la activación sea menos negativa (Figura 5). En una reacción de primer orden,
que implica que sucede algo en el interior de una única molécula, partes de la molécula deben
orientarse de la forma adecuada para permitir que se alcance el estado de transición. Esta
orientación forma parte de lo que consigue un catalizador. Como una matriz externa, puede forzar
a las moléculas o a partes de las moléculas a la conformación que favorece la reacción.
3.5. Cómo actúan las enzimas como catalizadores

Hemos visto que el papel de un catalizador consiste en reducir el valor de ΔG°‡ al facilitar la
formación del estado de transición o un estado similar a éste. Una enzima une una molécula de
sustrato (o, en algunos casos, varios sustratos) en una región de la enzima denominada lugar activo,
como se muestra esquemáticamente en la Figura 6.
El lugar activo es con frecuencia un bolsillo o una hendidura rodeada por cadenas laterales de
aminoácidos que facilitan la unión del sustrato y por otras cadenas laterales que intervienen en la
catálisis. La compleja estructura terciaria de las enzimas hace posible que en este bolsillo se ajuste
el sustrato de manera muy estrecha, lo cual explica la extraordinaria especificidad de la catálisis
enzimática. Esta posibilidad fue reconocida ya en 1894 por el gran bioquímico alemán Emil
Fischer, que propuso la hipótesis de la cerradura y la llave para explicar la acción enzimática.
Según este modelo, la enzima acomoda el sustrato específico de la misma manera que la cerradura
lo hace con su llave específica (Figura 6). Aunque el modelo de la cerradura y la llave explicaba
la especificidad enzimática, no permitía aumentar nuestra comprensión de la catálisis en sí, ya que
una cerradura no hace nada a su llave. Este entendimiento vino a partir de un perfeccionamiento
de la idea de Fischer: lo que se ajusta mejor al lugar activo de la enzima es una molécula de sustrato
a la que se induce a adoptar una configuración que se aproxima al estado de transición. En otras
palabras, la enzima no acepta simplemente al sustrato, sino que también exige que el sustrato se
distorsione a algo cercano al estado de transición. Esta hipótesis del ajuste inducido propuesta por
Daniel Koshland en 1958, continúa siendo el modelo más aceptado para la catálisis enzimática.

Tal como se contempla en la actualidad, el ajuste inducido implica la distorsión de la enzima, así
como la del sustrato (Figura 6b). Esta distorsión puede ser local o puede comportar un cambio
importante de la conformación de la enzima. Una visión gráfica de esta distorsión puede
observarse con la enzima hexoquinasa, que cataliza la fosforilación de la glucosa a glucosa-6-
fosfato en el primer paso de la ruta metabólica denominada glucólisis. La estructura de esta enzima
se ha determinado mediante difracción de rayos X en ausencia de glucosa, y cuando está ligada la
glucosa. Como indica la Figura 7, la unión de la glucosa hace que dos dominios de la enzima se
plieguen uno hacia el otro, con lo que se cierra la hendidura del lugar de unión alrededor del
sustrato. Pero las enzimas hacen algo más que distorsionar o colocar simplemente sus sustratos.
A menudo, encontramos cadenas laterales de aminoácidos específicos colocados en los lugares

adecuados para facilitar el propio proceso catalítico. En muchos casos estas cadenas laterales son
grupos ácidos o básicos que pueden impulsar la adición o eliminación de protones. En otros casos,
la enzima contiene un ion metálico en la posición exacta para participar en la catálisis. Así, una
enzima (1) une el sustrato o sustratos, (2) reduce la energía del estado de transición, y (3) impulsa
directamente el acontecimiento catalítico. Cuando el proceso catalítico se ha completado, la
enzima debe ser capaz de liberar el producto o productos y volver a su estado original, para estar
preparada para un nuevo ciclo de catálisis. Para una enzima (E) que cataliza la conversión de un
único sustrato (S) en un único producto (P), la forma más sencilla de escribir la reacción global es
en dos pasos:
en donde ES corresponde el complejo enzima-sustrato, en el que consideramos el sustrato unido a

la enzima y en el estado de transición o próximo a él. Para mayor simplicidad hemos supuesto que,
aunque la primera reacción (el paso de unión) es reversible, la segunda (o paso catalítico), es
irreversible. Veremos más adelante que son posibles representaciones mucho más complejas, con
uno o más estados intermediarios, pero las ecuaciones que se han indicado muestran la esencia del
proceso y resaltan el papel catalítico de la enzima.

3.6. Cinética de la catálisis enzimática
a) Velocidad De Reacción Para Una Reacción Simple Catalizada Por Una Enzima: Cinética
De Michaelis-Menten
La siguiente ecuación se denomina la ecuación de Michaelis-Menten:
en donde KM se llama constante de Michaelis, en honor de dos pioneras en el análisis de la cinética

enzimática, Leonor Michaelis y Maude Menten.
Consideremos ahora el gráfico de V frente a [S] que se muestra en la Figura 8. A concentraciones
de sustrato elevadas, en que [S] es muy superior a KM, la reacción se aproxima a una velocidad
máxima, Vmáx, puesto que las moléculas de enzima están saturadas; todas las moléculas de enzima
están ocupadas con el sustrato y están realizando el paso catalítico. Expresamos esta situación
matemáticamente haciendo que [S] sea mucho mayor que KM en la ecuación (11.24), de forma
que KM + [S] ≡ [S]. Obtenemos la siguiente expresión para Vmáx:
Así pues, podemos expresar k2[E]t en la ecuación (11.24) como Vmáx, y volver a escribir la
ecuación de Michaelis-Menten de la forma:

Figura 8.
Efecto de la concentración de sustrato sobre la velocidad de reacción. En este gráfico, que
representa la ecuación (11.26), se muestra la variación de la velocidad de reacción en función de
la concentración de sustrato, según la cinética de MichaelisMenten. En el punto en que [S] = KM,
la reacción tiene exactamente la mitad de su velocidad máxima. Obsérvese que es difícil valorar
la velocidad máxima a partir de los datos con el empleo de este gráfico, puesto que se produce
una aproximación asintótica a Vmáx.
3.7. Inhibición enzimática

Podemos aprender más acerca de la forma en que actúan las enzimas mediante los estudios de
inhibición. Muchos tipos diferentes de moléculas inhiben las enzimas, y actúan de diversas formas.
Debe establecerse una distinción importante entre la inhibición reversible y la inhibición
irreversible. La primera comparte una unión no covalente del inhibidor que siempre puede
revertirse, al menos en principio, mediante la eliminación del inhibidor. En algunos casos, la unión
no covalente puede ser tan fuerte que parezca irreversible en condiciones fisiológicas. Un ejemplo
de ello es la unión del inhibidor de la tripsina a la tripsina. En cambio, en la inhibición irreversible,
una molécula se une de forma covalente a la enzima y la incapacita realmente. La inhibición
irreversible se suele observar en la acción de toxinas y venenos específicos, muchos de los cuales
pueden causar la muerte al incapacitar enzimas clave.

A) Inhibición reversible
Los diversos modos de inhibición reversible implican todos ellos la unión no covalente de un
inhibidor a la enzima, pero difieren en los mecanismos por medio de los cuales reducen la actividad
enzimática y en la forma en que afectan la cinética de la reacción.
A.1) Inhibición competitiva
Supongamos que existe una molécula que se parece tanto al sustrato de una reacción catalizada
por una enzima, que la enzima aceptará esta molécula en su lugar de unión. Si la molécula puede
procesarse también por la enzima, se trata simplemente de un sustrato alternativo competitivo. Sin
embargo, si la molécula se une al lugar activo, pero no puede sufrir el paso catalítico, simplemente
hace perder el tiempo a la enzima. Una molécula de este tipo se denomina inhibidor competitivo
(Figura 9). Durante la fracción de tiempo en que la molécula de inhibidor competitivo está
ocupando el lugar activo, la enzima no está disponible para la catálisis. El efecto global es como
si la enzima no pudiera unirse al sustrato tan bien cuando está presente el inhibidor. Así pues, cabe
prever que la enzima actúe como si su KM se incrementara por la presencia del inhibidor.
Matemáticamente, expresamos estas ideas escribiendo el esquema de reacción de la siguiente
forma:
En este caso I indica la sustancia inhibidora y KI es una constante de disociación para la unión del
inhibidor, que se define como KI = [E][I]/[EI], en donde [I] = concentración de inhibidor libre.
Podemos resolver las ecuaciones de velocidad de la misma forma que en el apartado anterior, pero
teniendo en cuenta que ahora

En el análisis de este caso, se obtiene que la expresión para V es la siguiente
que puede formularse también de la siguiente forma
Esta expresión se asemeja a la ecuación de Michaelis-Menten, con una KM “aparente” dada por
KapM = KM (1 + [I]/KI). Como se preveía, el aumento de [I] produce un aumento de la KM aparente.
Obsérvese que la velocidad máxima no cambia, puesto que cuando [S] llega a ser muy grande, V
se aproxima a Vmáx, al igual que en ausencia de inhibición, y Vmáx = kcat[E]t. Físicamente, esto
significa simplemente que si hacemos [S] muy grande para un valor dado de [I], las numerosas
moléculas de sustrato harán que no compita el inhibidor. El efecto de la inhibición competitiva en
una gráfica de V frente a [S] se muestra en la Figura 10a. Dado que el sistema, a una [I] dada,
continúa cumpliendo una ecuación de la forma de la de Michaelis-Menten, debemos prever que
las representaciones de Lineweaver-Burk continúe siendo gráficas lineales, y que el valor de KM
(pero no el de Vmáx) cambie con la presencia del inhibidor. Como muestra la Figura 10b, esto es
exactamente lo que ocurre.
Figura 10.
Efectos de la inhibición competitiva sobre la cinética enzimática. (a) Efecto de un inhibidor competitivo (I) sobre la
velocidad de reacción a distintas concentraciones de sustrato. La adición del inhibidor reduce la velocidad pero no la
Vmáx. La KM aparente es mayor en presencia del inhibidor. (b) Representaciones de LineweaverBurk de las reacciones
que se muestran en (a). La línea corta el eje 1/V a la misma Vmáx, lo cual indica que I es un inhibidor competitivo.

A.2) inhibición no competitiva
Esta forma de inhibición se produce cuando una molécula o un ion pueden unirse a un segundo
lugar de una superficie enzimática (no el lugar activo) de tal manera que modifican la kcat. Podrían
distorsionar, por ejemplo, la enzima de manera que el proceso catalítico no fuera tan eficaz (Figura
11). Un inhibidor no competitivo de este tipo puede ser una molécula que no se parece al sustrato
en absoluto, sino que tiene una fuerte afinidad por un segundo lugar de unión. El caso más sencillo
que cabe considerar es uno en el que la molécula del inhibidor no interfiera en forma alguna con
la unión del sustrato, sino que impida por completo el paso catalítico. Dado que el lugar de unión
de I está completamente separado del lugar de unión de S, podemos suponer que el inhibidor se
unirá igual de bien a E que a ES, con la misma KI para ambos. El diagrama de estas reacciones es
el siguiente:
El análisis matemático proporciona:

Este resultado es exactamente el que cabía esperar. La KM aparente no está influenciada por el
inhibidor, pero la kcat aparente, que viene dada por kcat/([1 + [I]/KI]), disminuye al aumentar [I].
En consecuencia, Vmáx se modifica en este caso (Figura 12a) puesto que a un valor alto de [S]
obtenemos
El efecto de la inhibición no competitiva sobre una representación de Lineweaver-Burk se muestra

en la Figura 12b. Puede determinarse el valor real tanto de kcat como de KI mediante el gráfico de
ap
1/V máx frente a [I]. Se encuentra un ejemplo en la inhibición de la acetilcolinesterasa por las
aminas terciarias (R3N).
Figura 12.
Efectos de la inhibición no competitiva sobre la cinética enzimática. (a) Efecto de un inhibidor no competitivo (I)
sobre la velocidad de reacción a diferentes concentraciones de sustrato. En este ejemplo sencillo, KM no se afecta,
mientras que Vmáx disminuye debido a que la enzima no es catalíticamente tan eficaz en presencia del inhibidor.
(b) Representaciones de LineweaverBurk de las reacciones que se muestran en (a). Las líneas cortan el eje 1/V en
distintos puntos, lo cual diferencia claramente esta situación de la inhibición competitiva (véase la Figura 10b).
B) Inhibición irreversible
Algunas sustancias se combinan de forma covalente con las enzimas y las inactivan de manera
irreversible. Casi todos los inhibidores enzimáticos irreversibles son sustancias tóxicas, naturales

o sintéticas. En la Tabla 1 se indican algunas de ellas. En la mayoría de los casos estas sustancias
reaccionan con algún grupo funcional del lugar activo para bloquear el lugar del sustrato o para
dejarlo catalíticamente inactivo. Un ejemplo característico de un inhibidor competitivo irreversible
es el del diisopropil fluorofosfato (DFP). Este compuesto reacciona de manera rápida e irreversible
con los grupos hidroxilo de serina para formar un aducto covalente. En consecuencia, el DFP actúa
como inhibidor irreversible de las enzimas que contienen una serina esencial en su lugar activo.
Entre estas enzimas se encuentran las serina proteasas y la enzima acetilcolinesterasa. Es la
inhibición de la acetilcolinesterasa la que hace que el DFP sea una sustancia tan tóxica para los
animales. La acetilcolinesterasa es esencial para la conducción nerviosa y su inhibición causa una
parálisis rápida de las funciones vitales. Muchos insecticidas y gases nerviosos se parecen al DFP
y son inhibidores potentes de la acetilcolinesterasa. En la Tabla 1 se presentan algunos ejemplos.
Para que estos inhibidores irreversibles reaccionen de manera selectiva con un residuo crítico,
deben unirse fuertemente al lugar activo. Muchos lo hacen porque contienen un grupo de átomos
con una configuración que se parece al estado de transición. Como ejemplos de estos análogos del
estado de transición cabe citar el DFP y el sarín que tienen una estructura tetraédrica que rodea al
átomo de fósforo, muy similar al estado de transición tetraédrico del sustrato en muchas enzimas
hidrolíticas.
3.8. Clasificación de las enzimas proteicas

En este punto debe estar claro ya que hay una enorme cantidad de proteínas diferentes que actúan
como enzimas. Muchas de estas enzimas recibieron nombres comunes, en especial durante los
primeros años de la enzimología. Con objeto de reducir la confusión, la Comisión de Enzimas de
la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular (IUBMB) ha diseñado un sistema
lógico de denominación y numeración. Las enzimas se dividen en seis grandes clases con grupos
y subgrupo que definen sus funciones con mayor precisión. Las principales clases son las
siguientes:
1. Oxidorreductasas que catalizan reacciones de oxidación-reducción.
2. Transferasas que catalizan transferencias de grupos funcionales de una molécula a otra.
3. Hidrolasas que catalizan rupturas hidrolíticas.
4. Liasas que catalizan eliminaciones de un grupo o adiciones de un grupo a un doble enlace, u
otras rupturas que implican un reordenamiento electrónico.
5. Isomerasas que catalizan reordenamientos intramoleculares.
6. Ligasas que catalizan reacciones en las que se unen dos moléculas.
La Comisión de Enzimas (EC) de la IUBMB ha dado a cada enzima un número con cuatro partes,
como EC 3.4.21.5. Los tres primeros números definen la clase principal, la subclase y la sub-

subclase, respectivamente. El último es un número de serie dentro de la sub-subclase, que indica

el orden en el que cada enzima se ha añadido a la lista, y que va creciendo continuamente. En el
libro Enzyme Nomenclature (Academic Press, 1992) se da una lista de casi todas las enzimas
actualmente identificadas, junto con información sobre cada una de ellas y referencias
bibliográficas. En la Tabla 2 se da una lista con un ejemplo de enzima y reacción para cada una de
las clases principales.
4. GLOSARIO
Cofactor: Cualquier componente químico adicional a la enzima requerida por esta para ser activa.
Enzimas: Son proteínas simples o conjugadas que actúan como biocatalizadores en las reacciones
bioquímicas, es decir aumentan las velocidades de las reacciones sin ser consumidas en ellas.
Inhibición competitiva: La enzima puede unirse al sustrato o al inhibidor, debido a que los
inhibidores competitivos se parecen estructuralmente al sustrato y se unen al sitio activo de la
enzima.
Inhibición no competitiva: El inhibidor y el sustrato pueden unirse simultáneamente a la enzima,
por lo que los sitios de unión no son los mismos.
Km: La Km se define como la concentración del sustrato en la cual se obtiene la mitad de la
velocidad máxima.
Sitio activo: Región específica de la enzima que es ocupada por el sustrato, en este sitio ocurre la
activación del sustrato y se realiza la reacción.
5. REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS
Inga, R.; Vivas, D.; Palermo, P.; Mendoza, J.; Lazo, F. y Yarleque, A. (2010). Caracterización
biológica y acción de inhibidores de una fosfolipasa A2 del veneno de Lachesis muta.
Rev. peru. biol. 17(1): 123 – 128.
Mathews, C.; Van Holden, H. & Ahern, K. (2002). Bioquímica. 3° Ed. Perarson Education S.A.
Pratt, C. & Cornely, H. (2012). Bioquímica. Editorial El manual moderno S. A.
Zabala, D.; Echevarría, B. y Martinez, A. (2007). Actividad inhibitoria sobre la enzima
dihidrofolato reductasa de extractos de esponjas marinas del golfo de Urabá. VITAE.
15(2): 285-289.

Guía de Aprendizaje #03 - Bioquimica Ambiental

Cargado por

Información del documento

Descripción original:

Título original

Derechos de autor

Formatos disponibles

Compartir este documento

Compartir o incrustar documentos

Opciones para compartir

¿Le pareció útil este documento?

¿Este contenido es inapropiado?

Copyright:

Formatos disponibles

Guía de Aprendizaje #03 - Bioquimica Ambiental

Cargado por

Copyright:

Formatos disponibles

GUÍA DE APRENDIZAJE

CURSO: BIOQUÍMICA AMBIENTAL

Jaén – Perú, Abril 2023

3. OBJETIVOS EDUCACIONALES Y RESULTADOS DEL ESTUDIANTE .......................................... 3

3.1 ¿Qué son las enzimas y que funciones cumple? ............................................................................... 4

3.2 Velocidades de las reacciones químicas y efectos de los catalizadores ........................................... 5

3.3 Estados de transición y velocidades de reacción .............................................................................. 9

3.4 Lo que hace un catalizador ............................................................................................................. 11

3.5 Cómo actúan las enzimas como catalizadores ................................................................................ 13

3.6 Cinética de la catálisis enzimática .................................................................................................. 15

3.7 Inhibición enzimática ..................................................................................................................... 16

3.8 Clasificación de las enzimas proteicas ........................................................................................... 21

5. REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS .................................................................................................... 22

SEMANA N°03 – BIOQUÍMICA AMBIENTAL 2

2. OBJETIVOS EDUCACIONALES Y RESULTADOS DEL ESTUDIANTE

El graduado de la carrera profesional de Ingeniería Forestal y Ambiental de la Universidad

El graduado del Programa de Ingeniería Forestal y Ambiental de la Universidad

[RE-I04]: Investigación: La capacidad de conducir estudios de problemas complejos de

[RE-I09]: Trabajo Individual y en Equipo: La capacidad de desenvolverse eficazmente como

SEMANA N°03 – BIOQUÍMICA AMBIENTAL 3

3.1 ¿Qué son las enzimas y que funciones cumple?

SEMANA N°03 – BIOQUÍMICA AMBIENTAL 4

velocidad de la descomposición del H2O2. Algunas reacciones celulares producen peróxido de

3.2 Velocidades de las reacciones químicas y efectos de los catalizadores

Velocidades de reacción y orden de reacción

Reacciones de primer orden: constante de velocidad

Podemos definir la velocidad de reacción (V), en un momento dado, como la velocidad de

SEMANA N°03 – BIOQUÍMICA AMBIENTAL 5

La transformación de cada molécula de A en B es un fenómeno independiente. Así pues, a medida

SEMANA N°03 – BIOQUÍMICA AMBIENTAL 6

SEMANA N°03 – BIOQUÍMICA AMBIENTAL 7

Fuente: Mathews et al., 2002

SEMANA N°03 – BIOQUÍMICA AMBIENTAL 8

3.3 Estados de transición y velocidades de reacción

SEMANA N°03 – BIOQUÍMICA AMBIENTAL 9

Fuente: Mathews et al., 2002

SEMANA N°03 – BIOQUÍMICA AMBIENTAL 10

3.4. Lo que hace un catalizador

SEMANA N°03 – BIOQUÍMICA AMBIENTAL 11

Fuente: Mathews et al., 2002.

Fuente: Mathews et al., 2002

SEMANA N°03 – BIOQUÍMICA AMBIENTAL 12

3.5. Cómo actúan las enzimas como catalizadores

SEMANA N°03 – BIOQUÍMICA AMBIENTAL 13

A menudo, encontramos cadenas laterales de aminoácidos específicos colocados en los lugares

en donde ES corresponde el complejo enzima-sustrato, en el que consideramos el sustrato unido a

SEMANA N°03 – BIOQUÍMICA AMBIENTAL 14

3.6. Cinética de la catálisis enzimática

La siguiente ecuación se denomina la ecuación de Michaelis-Menten:

en donde KM se llama constante de Michaelis, en honor de dos pioneras en el análisis de la cinética

SEMANA N°03 – BIOQUÍMICA AMBIENTAL 15

Fuente: Mathews et al., 2002.

3.7. Inhibición enzimática

SEMANA N°03 – BIOQUÍMICA AMBIENTAL 16

A.1) Inhibición competitiva

SEMANA N°03 – BIOQUÍMICA AMBIENTAL 17

En el análisis de este caso, se obtiene que la expresión para V es la siguiente

que puede formularse también de la siguiente forma

SEMANA N°03 – BIOQUÍMICA AMBIENTAL 18

Fuente: Mathews et al., 2002.

A.2) inhibición no competitiva

El análisis matemático proporciona: