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1. ¿Qué son las rutas metabólicas y cómo actúan las enzimas en las mismas?
Las rutas metabólicas son una secuencia de reacciones que sucede n en los organismos
vivos para transformar un sustrato determinado en un producto. Las enzimas catalizan las
reacciones de las rutas metabólicas.
Las enzimas son proteínas especiales que tienen la capacidad de catalizar las reacciones
químicas, es decir que hacen que determinadas reacciones ocurran más rápido en
presencia de ellas. Cada enzima es específica de un sustrato determinado y cataliza una
reacción determinada.
Sí es posible ya que en nuestro organismo hay rutas anabólicas y catabólicas, por lo tanto
las enzimas que catalizan dichas rutas serán denominadas enzimas anabólicas y enzimas
catabólicas. Por ejemplo, las enzimas que participan en la degradación de nutrientes serán
enzimas catabólicas.
10. ¿Cuáles son las fuerzas del estado de transición que la enzima compensa para
bajar la energía libre del mismo?
Para bajar la energía libre del estado de transición la enzima restringe la libertad de
movimiento del sustrato y los alinea; además elimina la capa de solvatación para que éstos
se encuentren con menor impedimento. También compensa las fuerzas de tensión.
lo
11. ¿Cuáles son las interacciones intermoleculares que tienen los grupos
funcionales que se encuentran en el sitio activo de la enzima con el sustrato?
Las interacciones intermoleculares que tienen los grupos funcionales que se encuentran en
el sitio activo de la enzima con el sustrato pueden ser covalentes o no covalentes. En las
covalentes hay un reordenamiento de los enlaces a través de reacciones químicas de varios
grupos funcionales de la enzima y del sustrato y esto puede ser a través de la unión con
cadenas laterales de los aminoácidos o por uniones a iones o coenzimas. Por otro lado, las
interacciones no covalentes involucran uniones entre la enzima y el sustrato gracias a
puentes de hidrógeno, interacciones hidrostáticas o interacciones hidrofóbicas que generan
un complejo más estable.
12. ¿Cuál es el modelo que explica mejor la catálisis enzimática? ¿el modelo llave
cerradura o el modelo ajuste inducido? ¿Por qué?
Para explicar la catálisis enzimática se utiliza el modelo ajuste inducido ya que el modelo
llave-cerradura sirve para explicar las interacciones proteína-proteína o proteína con otras
moléculas en las que no se encuentran involucradas uniones covalentes pero no para
explicar la interacción entre la enzima, el sustrato y el estado de transición.
En el modelo ajuste inducido si bien la enzima tiene cierta afinidad por el sustrato, tiene aún
más afinidad por el estado de transición, esto genera que el estado de transición unido a la
enzima tenga menor energía libre que si no estuviera unido y por lo tanto tiene más
posibilidad de pasar rápidamente a formar producto. El producto se libera de la enzima
porque no tiene afinidad con ésta.
13. ¿Qué significa que la enzima tiene especificidad por el sustrato?
Significa que cada enzima cataliza una reacción específica gracias al sitio activo que se
encuentra interaccionando con el sustrato. El sitio activo es un espacio que forma la enzima
en donde los radicales de los aminoácidos de la zona, con sus grupos funcionales, brindan
un entorno ideal para que el sustrato se una por afinidad y el estado de transición tenga la
menor energía libre. El sitio activo se genera gracias a los plegamientos de la proteína, los
aminoácidos que lo conforman están cerca una vez que la proteína está plegada pero
puede ser que en la estructura primaria de la proteína estén distanciados.
14. ¿Cuál es el mecanismo que utilizan las enzimas para catalizar las reacciones
biológicas?
El sustrato interactúa con el sitio activo y los aminoácidos (a través de sus grupos
funcionales) proveen átomos para interaccionar con el sustrato o con el estado de transición
y de esa forma estabilizarlo formando uniones iónicas, puentes de hidrógeno, fuerzas de
Van der Waals, entre otras. De esta manera se posicionan los sustratos para que la energía
de unión sea la mínima en el estado de transición.
21. Del gráfico realizado en la pregunta 19 indique los parámetros que se describen
en la ecuación de Michaelis-Menten. Además indique qué zona del gráfico
sigue una cinética de orden cero y cual sigue una cinética de orden uno.
En la ecuación de Michaelis-Menten se describe la relación de la velocidad de reacción con
la concentración de sustrato y la Km (pto de x cuando la velocidad es ½ de la velocidad
maxima) de la enzima. La primera zona del gráfico sigue una cinética de orden 1 donde la
velocidad aumenta de forma proporcional a la concentración de sustrato; en la segunda
zona del gráfico, donde éste se ”achata”, la reacción sigue una cinética de orden 0, donde la
velocidad se mantiene constante a pesar de la concentración de sustrato: en éste momento
de la reacción la concentración de sustrato es tal que el limitante de reacción se vuelve la
concentración de enzima.
23. ¿Cuál es la constante que nos da idea de la velocidad con que la enzima
convierte al sustrato en producto? ¿por qué? ¿en qué unidades se expresa?
Ésta constante es la Kcat (catalítica), que da una idea de la eficiencia catalítica (que tan
bien ocurre la conversión E+S→ E+P). Es equivalente a la cantidad de moléculas de
sustrato convertidas en producto en una unidad de tiempo dada por molécula de enzima
cuando hay saturación de sustrato.
1. ¿Qué es un cofactor?
Los cofactores son sustancias químicas que las enzimas necesitan para que la reacción que
catalizan suceda. Generalmente son sustancias químicas pequeñas, no peptídicas que se
unen al sitio activo y son esenciales para la conversión del sustrato a producto. En algunos
casos forman parte de los sustratos pej NADH
Los iones metálicos como Fe2+, K+ o Mg2+ actúan como cofactores, principalmente como
transportadores de electrones. La mayoría de coenzimas y cofactores derivan de las
vitaminas, como por ejemplo de la biocitina o el tetrahidrofolato.
NADH y FADH2 son cofactores que brindan energía en reacciones enzimáticas. El NADH
aporta la energía de un enlace con H+ y el FADH2 contiene 2 de éstos enlaces.
Los cofactores que son grupos prostéticos, pueden actuar por un mecanismo similar a las
coenzimas, pero la gran diferencia es que el cofactor se encuentra unido covalentemente a la
enzima.
el FAD es el grupo prostatico no?
6. ¿Qué es una enzima reguladora y en qué punto de una ruta metabólica actúa?
En la ruta existen una o dos enzimas que influyen sobre la velocidad de la ruta metabólica
global. Estas enzimas son susceptibles de recibir inhibidores o activadores y así controlar la
velocidad de la ruta completa.
Los ajustes en la velocidad de las reacciones catalizadas por las enzimas reguladoras y por
lo tanto, la velocidad de las secuencias metabólicas completas, permiten que la célula
satisfaga las necesidades cambiantes de energía y de biomoléculas necesarias para el
crecimiento y la reparación.
En la mayoría de los sistemas multienzimáticos, la primera enzima de la secuencia es la
enzima reguladora.
7. ¿Cuáles son los tipos de modulación enzimática?
1) Modulación Alostérica: A través de metabolitos pequeños o cofactores.
2) Modificación covalente reversible.
3) Activación por escisión de fragmento peptídico.
4) Isoenzimas.
11. ¿Cuáles son los grupos funcionales que se adicionan a una enzima para
regular por regulación covalente?
Las quinasas son enzimas especiales que son necesarias en aquellas enzimas reguladas
por regulación covalente para que les adicione el grupo fosfato y así activarlas. En este
momento en el que la enzima ya se encuentra activa tiene afinidad por su sustrato, puede
realizar la reacción catalítica, genera el producto y activa la ruta metabólica.
Las fosfatasas Enzima que quita el grupo fosfato. Puede que funcionen como inactivantes
de quinasas también.
Éste tipo de regulación se da en rutas metabólicas que requieren estar inhibidas hasta que
se las requiere con rapidez, como por ejemplo en el caso de la coagulación sanguínea.
El inhibidor tiene afinidad por el Sitio.Activo y lo ocupa e impide que el sustrato entre. La
unión del inhibidor con la enzima es reversible y en algún momento, cuando el inhibidor sale
de la enzima, el sustrato puede asociarse con ésta y reaccionar. La velocidad global de la
reacción es más lenta si la comparamos con la misma concentración de sustrato sin
inhibidor.
Con estos inhibidores la velocidad de reacción máxima es menor que la velocidad máxima
que se tiene sin el inhibidor ya que se está afectada la velocidad de formación de productos
cuando el sustrato se une a la enzima. El sustrato puede unirse a la enzima pero tarda más
en transformarse en productos. El inhibidor se une a la enzima a la vez e impide que la
enzima trabaje al 100%.
25. ¿Cuáles son las enzimas endógenas de la industria láctea más relevantes y por
qué?
Las enzimas endógenas de la industria láctea más relevantes son las enzimas con las que
se puede medir la calidad de la leche y por consecuencia decidir si esa leche es apta para
consumo humano o si existe algún riesgo al ingerirla. Por ejemplo, la presencia(o sea
activa) de fosfatasa alcalina o la gamma glutamil transferasa en una muestra de leche indica
que la pasteurización de la misma no se realizó de forma correcta. También hay otras
enzimas que nos indican la estabilidad de la leche.
26. Mencione una enzima exógena que se utiliza en alimentos pero que no es de la
industria láctea.
La enzima fitasa que se utiliza para alimentar aves (por ejemplo pollos) transforma al fósforo
que contienen los alimentos naturalmente para que los animales monogástricos lo puedan
aprovechar mejor. Proteasas y amilasas se usan en la fermentación de la salsa de soja.
Pectinasa, se usa para inactivar las pectinas que hacen que los jugos sean muy espesos.
La pectinasa lo que hace es darle mas fluidez al liquido
28. ¿Qué es el Rennett y cuáles son las alternativas al uso del mismo?
El rennet es el contenido gástrico de rumiantes neonatos, una mezcla de enzimas que
contiene principalmente quimosina y pepsina, siendo la primera la de mayor valor. Como
cada vez trae más complicaciones conseguir el rennet, se están buscando fuentes
alternativas que incluyen: sacar pepsina de animales adultos, conseguir proteasas ácidas
producidas por ciertos microorganismos o de flores, y usar blends de quimosina y pepsina
recombinantes.