16/8/2022

Estructuras de las proteínas

- Estructura tridimensional de las proteínas.
- Estructura supersecundaria: Motivos.
- Estructura subterciaria: Dominios.
- Proteínas Fibrosas
- Representación de Ramachandran

Estructura tridimensional de las proteínas

Consideraciones:
- La estructura tridimensional de una proteína está determinada por la secuencia de Aa.

- La estructura tridimensional determina la función de una proteína.

- La estructura tridimensional de una proteína es única.

- La estabilización de la estructura tridimensional de una proteína está determinada por

interacciones no covalentes.

- Es posible reconocer ciertas características comunes en las estructuras proteicas a pesar

de su complejidad.

- Polipéptidos con secuencias diferentes “pueden” adoptar estructuras similares.

- Polipéptidos con secuencias similares “pueden” adoptar estructuras diferentes.

2
 16/8/2022

Estructuras de las proteínas

- Estructura tridimensional de las proteínas.
- Estructura supersecundaria: Motivos.
- Estructura sub-terciaria: Dominios.
- Proteínas Fibrosas
- Representación de Ramachandran

Estructuras supersecundarias y subterciarias. Conceptos

- Estructura supersecundaria o Motivo: patrón de plegamiento característico que

aparece en varias proteínas.

- Estructuras sub-terciarias o Dominio: región de la cadena polipeptídica que

puede plegarse de manera estable e independiente y se asocia a una función
particular. Unidades estructurales independientes.

Clasificación según la conformación

- Fibrosas: constan de un solo tipo de estructura secundaria. Dispuestas en
hebras largas. Insolubles en agua. Función estructural. a-queratinas, colágeno y
elastina.

- Globulares: constan de varios tipos de estructura secundaria. Plegadas en forma

esférica o globular. Solubles en agua. Funciones: Enzimas y proteínas reguladoras.

4
 16/8/2022

Estructura secundaria superior: “motivos”

Giro β (giro inverso o curva β): localizado entre dos segmentos adyacentes
de una hoja β antiparalela o de hélices α

- Ubicados en la superficie de la proteínas.

- Giro de ~ 180º donde participan 4 Aa
- Generalmente están presentes
 Gly: pequeño y flexible
 Pro: enlace imino adopta la configuración cis =› formación giro 

Tipos de giros 
Tipo I Tipo II R : voluminosos
pdH: i → i +3 3

Gly

i+1 i+1 i+2

i+2

Cα Cα
i i
i+3 i+3

Giro Tipo II conteniendo Pro (R2)

pdH: i → i +2

i+1

i i+2
Cα

6
 16/8/2022

Interacción entre regiones de estructura secundaria

8
 16/8/2022

Motivos

Todo α

(parvalbúmina)

10
 16/8/2022

Todo α

11

Todo β

12
 16/8/2022

Todoβ

13

α‐β

14
 16/8/2022

α‐β

15

Estructuras de las proteínas

- Estructura tridimensional de las proteínas.
- Estructura supersecundaria: Motivos.
- Estructura sub-terciaria: Dominios.
- Proteínas Fibrosas
- Representación de Ramachandran

16
 16/8/2022

Piruvato kinasa

17

En las proteínas de peso molecular elevado, la

estructura terciaria está constituida por dominios

Dominios
En la estructura terciaria se pueden encontrar
subestructuras repetitivas llamadas motivos

18
 16/8/2022

19

Inmunoglobulina: dominios
Antigen-binding Antigen-binding
site site
Heavy chain
HN2 VH VH HN2 Hypervariable loops
HN2 HN2
HN2
CH1 CH1

VL VL

Fab CL CL

CH2 Variable domain

Fc CH2 of light chain (VL)
CH3
CH3

Constant domain
COOH of light chain (CL)

20
 16/8/2022

RNA helicases in budding yeast

Structure and Domain organization of Hsp70

%84EWI ERHLIPMGEWI
EGXMZMXMIW

21

Dominios que participan en la interacción de proteínas de señalización

22
 16/8/2022

Dominios: interacción de proteínas con ………….

Unión a membrana Unión proteína-proteína
 Dominios PH: unión a PIP (membrana)  Dominios SH2: unión P-Tyr
 Dominios C2: unión a P-Ser (Ca2+)  Dominios PTB: unión P-Tyr
(membrana)  Dominios SH3: unión poli-Pro
 Dominios “Death” (DD): unión homotrópica

Unión a DNA Catalíticos, unión al sustrato

 Dominios en dedos de Zn  Dominios quinasa (S/T, Y)
 Dominios cremalleras de Leucina  Dominios GTPasa
 Homeodominios  XeY

23

Dominio SH2: Dominio PH:

Unión a P-Tyr Dominios “Death”
Unión a PIP

PIP
péptido P-Tyr

Dominio Cremallera Dominio Dedo de Zinc

Homeodominios de Leu. Unión a DNA Unión a DNA
Unión a DNA Zn une la
estructura
Leu: dimerización

Unión a ADN

Hélice de reconocimiento de DNA

¿Motivos ↔ Dominios?
24
 16/8/2022

25

Estructuras de las proteínas

- Estructura tridimensional de las proteínas.
- Estructura supersecundaria: Motivos.
- Estructura subterciaria: Dominios.
- Proteínas Fibrosas
- Representación de Ramachandran

26
 16/8/2022

Proteínas Fibrosas: constan de un solo tipo de estructura

secundaria. Dispuestas en hebras largas. Insolubles en agua. Función
estructural. a-queratinas, colágeno y elastina.

Relación estructura-función biológica

Estructuras secundarias y propiedades de las proteínas fibrosas

Estructura Características Ejemplos/localización
Hélices , entrecruzadas por Estructuras resistentes e insolubles, -queratina: cabello, piel, lana,
enlaces disulfuro de dureza y flexibilidad variable uñas, garras, pezuñas, cuernos

Conformación  Filamentos suaves y flexibles Fibroína de la seda,

-queratina escamas, plumas

Triple hélice de colágeno Elevada resistencia a la tensión sin Colágeno de los tendones,
capacidad de estiramiento cartílagos, matriz ósea, cornea
del ojo

Cadenas de elastina Capacidad de estiramiento en dos Elastina de los ligamentos

entrecruzadas por desmosina direcciones y elasticidad
y lisilnorleucina

27

Estructura de la α‐queratina del cabello

‐ Forman parte de la familia de filamentos intermedios.
‐ Estructura helicoidal dextrógira, 3.6 R/vuelta (300 R)
‐ Rica en R hidrofóbicos: Phe, Ile, Val, Met y Ala (c/4 Aa 1 hidrófobo)
‐ Unión de 2 hélices por interacciones hidrofóbicas (levógira)
‐ El enrollamiento de varias cadenas helicoidales = superhélice ⇒ alta resistencia
‐ Resistencia reforzada por la formación de puentes –S – S– entre las cadenas polipeptídicas (alta concentración de Cys)

50 nm

Levógira

Dextrógira

28
 16/8/2022

29

Estructura del colágeno 139 primeros Aa de la cadena α 1 del colágeno de piel de rata
Secuencia repetitiva: Gly-X-Y (X: Pro, Y: Hyp)
(Hyl: hidroxilisina)

- Estructura helicoidal levógira, 3.3 R/vuelta (1000 R) Glicoproteína: O-glicosilada

- Tres hélices enrolladas en forma dextrógira (Tropocolágeno) en Hyl [Gal (α 2-1) Glu]

Gly (pequeña) en el
centro de la triple
hélice

30
 16/8/2022

Tropocolágeno
Puentes H
(300 nm)

- Tropocolágeno: tres hélices enrolladas en forma dextrógira

- El enrollamiento de varias cadenas helicoidales ⇒ superhélice ⇒
alta resistencia
- Resistencia reforzada por la formación de enlaces entre alLys
(Lys oxidada) y entre Lys y alLys (lisilnorleucina), entre
tropocolágenos (tb His)

31

Enlaces en el colágeno

lisilnorleucina

32
 16/8/2022

33

Elastina (fibras elásticas)

- Tropoelastina (monómero) (800 R)
- Rica en Gly, Ala y Val (interacciones hidrofóbicas)
- ↑ concentración en Lys y ↓ baja en Pro (interacciones hidrofílicas)
- Tropoelastina forma un tipo especial de hélice  a la hélice  y a la del colágeno
- Tropoelastina: segmentos largos de hélice rica en Gly separados por cortos segmentos ricos en Ala y Lys
- Lys forman entrecruzamientos covalentes: desmosina e isidemosima, lisilnorleucina
(ovillo aleatorio) Desmosina (4 Lys)
(fibrilina)

- matríz extracelular del glomérulo y cristalino

lisilnorleucina
- paredes de grandes vasos
- pulmón
- piel
- útero
- ligamentos

34
 16/8/2022

35

Estructuras de las proteínas

- Estructura tridimensional de las proteínas.
- Estructura supersecundaria: Motivos.
- Estructura subterciaria: Dominios.
- Proteínas Fibrosas
- Representación de Ramachandran

36
 16/8/2022

Factores que afectan la estructura secundaria Ø (phi)

Superposición desfavorable N ― C ― C
entre los O de los grupos C=O Ψ(psi)

Representación de Ramachandran
Muestra valores de ø y
ψ de estructuras secundarias.
Regiones inestables: Hélice dextrógira

Regiones inestables: Hélice levógira

Ø (phi): 0º
Ψ(psi): 180º ● ángulos medidos en 1000 residuos (No Gly: amplio
rango de conformaciones) de polipéptidos pequeñas.
Ø (phi): 180º
Ψ(psi): 0º Regiones estables: valores favorables:
conformaciones favorables

Líneas n: residuos por vuelta

(+5)-(+2): Nº de R por hélice “+”(dextrógira)
(-5)-(-3): Nº de R por hélice “-” (levógira)
Superposición prohibida de
los H de los grupos N-H

37

Parámetros en estructuras helicoidales (difracción de Rx).

Distancias que definen una hélice molecular.
α hélice* cadena β?
p=nxh
p: paso de hélice
n: n° de residuos por vuelta
h: elevación

α hélice*
h = 0.15 nm/residuo
n= 3.6 residuos/vuelta
P= 3.6 x 0,15= 0.54 nm/vuelta

FIGURA 6.5. Hélices idealizadas. Estas estructuras hipotéticas demuestran el efecto producido al variar el número (n) de residuos
polipeptídicos por vuelta de una hélice. En cada caso, está indicado el paso (p), y en el caso de n = 2 también se presenta la elevación (h). Las
hélices n = 4 y n = 3 son a derechas, la hélice n = - 3 es a izquierdas y la n = 2 (una cinta plana) no presenta lateralidad. La hélice α derecha
(que no se muestra aquí), con n = 3.6, es un intermedio entre las estructuras n = 3 y n = 4.

38
 16/8/2022

Puentes de H intracatenarios en las hélices: parámetro nN

Se define nN para describir la hélice de un polipéptido: 310
N= n° de átomos incluidos en el bucle del puente H

(3.613) (4.416)

Con un n=2 no se cadena β

pueden formar R giran 180°
puentes H
intracatenarios
puentes H
Puentes de H lineales → No se intercatenarios
intracatenarios
lineales
puede formar Recordemos los
una α hélice → la puentes de H
cinta plana No
se encuentra en en las cadenas
proteínas SI la paralelas y
cadena β antiparalelas.
Cinta plana

39

40
 16/8/2022

Representación de Ramachandran

41

42
 16/8/2022

43

http://biomodel.uah.es/model1j/prot/Ramachandran.htm

44