Cuál de estas regiones escogería como barcode, en función de las distancias

genéticas interespecífica (E) e intraespecífica (A)

E = 0,01, A = 0,05 o 0,06

E = 0,02, A = 0,015
E = 0,03, A = 0,02
E = 0,01, A = 0,01

¿Cuál de estas podría ser una razón por la que una secuencia de un gen sin
intrones, codificante de proteína, facilita el barcoding?

Los intrones pueden dificultar el alineamiento

los intrones son difíciles de amplificar
los intrones tienen muchas copias
los intrones pueden constituir regiones reguladoras

¿Para cuál de estos primers se seleccionaría en principio una mayor

temperatura de anillado?

AATTGGCCAATTGGCC
AATTGGCCAATTGGCA
AATTGGCCAATTGGCT
AATTTGCCAATTGGCC

La temperatura de anillado para los cebadores y el molde depende de?

la estabilidad del complejo primer-target

la estabilidad de los dímeros de cebadores
la estabilidad de lso hairpins
la inestabilidad de los heterodímeros de cebadores

En lso árboles filogenéticos aditivos

Hay segmentos cuya longitud indica diferencias

La longitud de las ramas no indica nada
Hay segmentos cuya longitud indica tiempo de divergencia
Hay segmentos que indican el soporte de que los clados sean reales
 El método de enraizamiento de un árbol filogenético puede cambiar?

La estructurra de los clados

Las unidades taxonómicas operativas
El número de nodos intermedios
El número de unidades taxonómicas operativas

¿Cuál de estos no es un proceso de cambio de frecuencias alélicas?

panmixia
efecto fundador
deriva genética
selección natural

¿Cuál de estos valores de alfa en una distribución ganma indica mayor

variabidad entre los sitios de una secuencia
1 o 2 respuestas diferentes
10
100
200

En el método bayesiano los millones de árboles que se obtienen para

calcular los vaores de soporte se basan en…

los datos organizados y los cambios de variables de parámetros de un modelo

pseudorréplicas del alineamiento original
bootstrapping
aleatorización de la posición de columnas del alineamiento original

La concentración de los primers influyeen la selección de

la temperatura de annealing
la teperatura de extensión
el tiempo de elongación
la temperatura de desnaturalización

¿Por qué razón al anillamiento ha de llevarse a cabo a temperaturas altas?

Para evitar amplificaciones inespecíficas

Para que ocurra la desnaturalización
Para facilitar la polimerización posterior
Para que actúe la polimerasa

¿Cuál de estos pares de primers escogería en un principio para PCR?

Energía libre de Gibbs de complejos primer-target menor de -6 kcal/mol

Energía libre de Gibbs para hairpins menor de -6 kcal/mol
Energía libre de Gibbs de homodímeros menor de -6 kcal/mol
Energía libre de Gibbs de heterodímeros menor de -6 kcal/mol

¿Cuál de estas enzimas no se utiliza habitualmente para clonar genes?

ARN-polimerasa
ADN-polimerasa
Ligasa
Enzima de restricción

¿Dónde suele situarse el polylinker en un vector de expresión (en sentido

5'-3')? (elija la respuesta más precisa)

Entre el promotor y el terminador de transcripción

Entre el terminador de transcripción y el gen de resistencia
Entre el gen de resistencia y el promotor
Entre el origen de replicación y el gen de resistencia

¿Cuál de estas matrices empeladas en modelos evolutivos es la más

completa?

C69
TN94
K81
GTR

Si en un procedimiento filogenético clásico hemos obtenido 400 árboles, y

el valor de soporte de un clado es 97, ¿cuántos árboles obtenidos carecen
de ese clado?

12
392
194
120

Según el Tm calculator, cuál es la mejor temperatura de annealing (en

grados Celsius) calculada para los primers AATTGGCCAATTGGCC y
AATTGGCCAATTGGCC si están a una concentración de 400 nM? (dejar
el resto de parámetros por defecto?

61
60
62
63

¿Cuál de estos barcodes escogería en el principio?

gen cloroplástico
secuencia de ADN cromosómico con una sola copia
gen con intrones
región con alta tasa de recombinacion

Cual de estas no es habitualmente una causa de una señal debil en un

electroferograma?

Amplificaciones especificas en loci que no son traget

Poco ADN molde
poco cebador
Cebadores no anilla bien

Que debe contener el primer que anilla con el extremo 5’ de un gen que se
va a insertar en un vector de expresion?

Codigo de finalizacion de la traduccion y sitio de restriccion más lejano al promotor

Codón de iniciacion de la traducucion y sitio de restriccion mas cercano al promotor
Codón de finalización de la traduccion y sitio de restriccion mas cercano al promotor.
Codógeno de finalizacion de la traduccion y sitio de restriccion mas cercano al
promotor.

Qué es lo que une la ligasa?

Nucleótidos mediante enlaces fosfodiéster

Bases mediante enlaces electrostáticos
Los primers al sitio de anillamiento
Los flaps en el segundo ciclo de amplificación

En que tipo de homoplasia aparecen, en distintas especies, secuencias

similares a partir de sendos ancestros distintos que tienen otro tipo de
secuencias pero distinras entre si?
Convergencia evolutiva

EN los arboles filogeneticos obtenidos por metodos clasicos y bayesianos

Hay numero que indican el soporte de que los clados sean reales
La longitud de las ramas no indica nada
LOs segmentos siempre indican tiempo de divergencia, entre todos los casos
Hay segmentos que indican el soporte de que los clados sean reales.

Cual de estas matrices empeladas en modelos evolutivos es la mas simple?

JC69

Cual de estos valores de alfa en una distribucion ganma indica menor

variabilidad entre sitios de una secuencia?

150
100
50
5
Un buen barcode para delimitar especies NO tiene
Baja distancia interespecífica
Alta distancia interespecífica
Baja distancia intraespecífica
Alta relación entre distancia interespecífica e intraespecífica
El parámetro alfa de la distribución gamma es de indicadores de…
la poca variacion de los ritmos de sustitucion entre sitios de secuencias
 ¿Qué debe contener el primer que anilla con el extremo 5' de un gen que se
va ainsertar en un vector de expresión?
Codógeno de finalización de la traducción y sitio de restricción más lejano al
promotor
¿En qué tipo de homoplasia aparecen secuencias similares a las de un
ancestro que las había perdido en esa línea evolutiva?.
Pérdida secundaria
¿Cuántos tipos de ETS hay en cada región repetida de la región nucleolar?
2
¿Por qué se suelen usar dos sitios de restricción para insertar genes en un
vector de expresión?
Para dejar el inserto orientado para la trasncripción
Para que un extremo sea cohesivo y el otro no
Para aumentar las posibilidades de corte
Para tener dos insertos integrados en el plásmido
En lso árboles filogenéticos ultramétricos
Hay segmentos cuya longitud indica tiempo de divergencia
¿Cuál de estso procedimeintos no es ocmún entre lso procedimeintos
clásicos y bayesianos de obtención de árboles filogenéticos?
Bootstrapping
En los métodos clásicos de obtención de árboles filogenéticos, se utilizan
cientos de árboles obtenidos de secuencias generadas mediante...
bootstrapping
Si en un procedimiento filogenético bayesiano hemos obtenido un millón
de árboles, y el valor de soporte de un clado es 0.99, ¿cuántos árboles
obtenidos carecen de ese clado?
10,000
Si en un procedimiento filogenético bayesiano hemos obtenido un millón
de árboles, y el valor de soporte de un clado es 0.97, ¿cuántos árboles
obtenidos carecen de ese clado?
30,000
Cuántos tipos de ITS hay en cada región repetida de la región nucleolar?
1
Un barcode será tanto mejor?.
Cuantas más copias tenga en el genoma
cuanto mas alta relacion entre distancia interespecifica e intraespecifica
En una PCR, ¿a qué temperatura se lleva a cabo de la desnaturalización?
Más de 95 ªC
 ¿En qué tipo de homoplasia aparecen, en distintas especies, secuencias
similares a partir de sendos ancestros distintos que tienen otro tipo de
secuencias pero homólogas entre si?
Evolución paralela
Aparición de secuencias similares correspondientes a unidades
taxonómicas ubicadas en regiones no adyacentes del árbol filogenético
Homoplasia
¿Cuál de estas aseveraciones es cierta?
La distancia genética observada disminuye con el tiempo de evolución
Las frecuencias obtenidas con 5 tiradas MCMC son, por oren cronológico,
0, 0,1, 0,3,0,4, 0. ¿Cuál es el valor que se tiene en cuenta para la
subsiguiente tirada?
0.4
Según el Tm calculator, cuál es la mejor temperatura de annealing (en
grados Celsius) calculada para los primers AATTGGCCAATTGGCC y
AATTGGCCAATTGGCC si están a una concentración de 200 nM? (dejar
el resto de parámetros por defecto?
60
¿Cuál de estos barcodes escogería en principio?
gen cloroplástico
¿Cuál de estas NO es una razón para que las regiones ITS sean un buen
barcode para hongos?
No se traducen
¿Qué es lo que une la ligasa?
Nucleótidos mediante enlaces fosfoéster
Extremos 5' y 3' para formar una sola hebra
¿Cuál de éstas no es una causa de ruido de fondo en un electroferograma?
Nucleótidos libres con fluorescencia
¿Cuál puede ser la causa de que se reduzca drásticamente la señal de un
electroferograma de un nucleótido al otro?
Una estructut¡ra secundaria en el ADN dificulta la subsiguiente polimerización
La tepeartura de anillado que se selecciona en termociclador
Es algo más baja que la de fusión
En los métodos clásicos de obtención de árboles filogenéticos, los valores de
soporte provienen de árboles obtenidos aparir de…
pseudorréplicas
¿Cómo se distinguen habitualmente los plásmidos que han incorporado
una secuencia génica de los que no?
Por la velocidad de migración electroforética de los plásmidos
 Si la pendiente en un diagrama de divergencia frente a tiempo cambia de
manera continua, el reloj molecular es?
local
estricto
relajado
global
¿Cuál de éstas NO es una ventaja del uso de una secuencia de ADN
citioplasmático como barcode?
única copia
¿Cuál de estos primers tendrá una mayor temperatura de fusión?
CATTGGCCAATTGGCC
AATTGGCCAATTGGCC
La estabilidad de complejos entre secuencias de hebras de ácido nucleico
depende de?
el número de pares GC complementarios
Cual de estas no es una fuente de variacion de secuencias geneticas
efecto fundador
La temperatura de fusión
Es algo mas alta que la que se selecciona para anillamiento
Entre que regiones de un vector de expresion se ha de insertar el gen(en
sentido 5-3)
ENtre el promotor y el terminador de transcripcion
porque el uso de una secuencia con multiples copias en el genoma facilita el
barcoding?
facilita o hace innecesario la amplificacion
que regiones son las mas habituales para barcoding de hongos?
ITS
Porque los sitios de restriccion de lso primer utilizados en clonacion de insertos
tiene el sitio de restriccion en los flaps?
porque este sitio no suele encontrarse aledaño al gen
en los cladogramas…
Hay segmentos cuya longitud indica diferencias