4.

7 Pliegues de la Clase β
Las proteínas en la Clase β muestran una variedad flexible y rica de pliegues, como se
observa en las Figuras 4.4 y 4.5. Varias topologías de conectividad pueden existir dentro
de redes de láminas β paralelas, antiparalelas o mixtas que se retuercen, enrollan y
doblan de diversas maneras. De hecho, cabe destacar las regiones mucho más amplias
del diagrama de Ramachandran asociadas con láminas β que con hélices α (Figs. 3.18 y
3.19).
4.7.1 Dominios β Anti-Paralelos
Para describir estos plegamientos intrigantes, es más sencillo comenzar con los
plegamientos asociados con la gran subclase de proteínas β que están formadas
exclusivamente por dominios β antiparalelos. Dichas proteínas tienden a formar
estructuras de barril distorsionadas. Pueden describirse en términos de bloques de
construcción de unidades de dos hélices, cuatro hélices, ocho hélices, etc., de la siguiente
manera:
• Unidades de Dos Hélices
La unidad básica de dos hélices, la horquilla (denominada β2), involucra un motivo
β/bucle/β. Implica hélices β antiparalelas adyacentes conectadas cabeza a cola por un
giro o bucle; consulta las hélices β conectadas como 1 → 2 o 4 → 5 para la dirección
cabeza a cola en la fibronectina en la Figura 4.4.
• Unidades de Cuatro Hélices
Prosiguiendo con las conexiones de cuatro hélices β, existen 24 formas de combinar dos
unidades de horquilla β para formar una unidad de lámina β antiparalela de 4 hélices.
La topología más común es la clave griega (o β4). Las cuatro hélices de una clave griega
producen un sándwich β a través de la conectividad cabeza a cola de 3 → 4 → 5 → 6,
como se muestra en los diagramas de la fibronectina y el virus del mosaico del pánico
satelital en la Figura 4.4. Las hélices β en estas ilustraciones están etiquetadas según su
conectividad en la proteína.
• Unidades de Ocho Hélices
Correspondientemente, existen muchas más formas de combinar un mayor número de
hélices β a partir de motivos de sistemas más pequeños. Los dos plegamientos más
comunes para 8 hélices β antiparalelas son el "jellyroll" (β8) y la lámina β arriba y abajo.
- El atractivo "jellyroll" se ilustra en la Figura 4.4 para la proteína de revestimiento del
sándwich β del virus del mosaico del pánico satelital. Es una red de 8 láminas β
antiparalelas con la conectividad 1 → 2 → 3 → 4 → 5 → 6 → 7 → 8, donde las hélices se
mezclan cuando se ven en el diagrama de izquierda a derecha. Observa el submotivo de
la clave griega en la subunidad 4 → 5 → 6 → 7 del "jellyroll".
- En la lámina β arriba y abajo, cada hélice β está conectada a la siguiente mediante un
bucle corto. Tiene la conectividad más simple de 1 → 2 → 3 → 4 → 5 → 6 → 7 → 8, donde
las hélices 1 a 8 están escritas de izquierda a derecha (no se requiere mezclar). La
Figura 4.4 muestra este plegamiento para la proteína de unión a ácidos grasos (1 → 2
→···→ 9 → 10).
4.7.2 Combinaciones Paralelas y Antiparalelas
En términos más generales, las topologías de proteínas β que están formadas por
combinaciones de hélices paralelas y antiparalelas generalmente forman estructuras
superpuestas o en forma de barril. El sándwich, el barril y la β-hélice son tres grupos de
plegamientos de referencia generales.
Sándwiches y Barriles
En los sándwiches, las láminas β se torsionan y se empaquetan con hebras alineadas,
mientras que en los barriles, las láminas se torsionan y se enrollan de manera que a
menudo la primera hebra se une por puentes de hidrógeno con la última hebra para
producir estructuras cerradas. Observa la proteína de sándwich fibronectina y el barril
en la proteína de unión a ácidos grasos en la Figura 4.4. Los inmunoglobulinas en la
Figura 3.12(d) también son sándwiches β donde siete hebras forman dos láminas.
Hélices
En los plegamientos de hélice β, de 6 a 8 láminas β, cada una con 4 hebras antiparalelas
y torsionadas, se organizan radialmente para parecerse a una hélice. La hélice de 7 palas
de la galactosa oxidasa se muestra en la Figura 4.5.
Otros Plegamientos β
Otros plegamientos β incluyen prismas β (3 láminas que se empaquetan alrededor de
un eje de aproximadamente 3 pliegues), híbridos de barril/sándwich (2 láminas β, cada
una con forma de medio barril y empaquetadas como un sándwich) y clips β (3 láminas
β de dos hebras, que forman una horquilla larga doblada en dos ubicaciones). La
aglutinina en la Figura 4.5 muestra un plegamiento en forma de prisma β.
Recientemente, se han identificado estructuras de β-hélice [238]. Los polipéptidos
contienen hasta 16 vueltas helicoidales, cada una de las cuales contiene 2 o 3 hebras de
lámina β. A diferencia de los sándwiches β, las hebras de lámina β de una β-hélice tienen
poco o ningún giro. La mayoría de los plegamientos de β-hélice conocidos hasta la fecha
son diestros, como se observa en la pectina liasa A en la Figura 4.5. Se ha sugerido que el
motivo de la β-hélice ocurre en la proteína priónica de la scrapie infecciosa [1371].
4.8 Pliegues de Clases α/β y α + β
Existen patrones de plegamiento aún más diversos conocidos para las proteínas de las
clases α/β y α+β, dependiendo de los tipos de láminas (paralelas, antiparalelas o redes
mixtas) y de la ubicación de las hélices (en la parte exterior, interior o en ambas caras)
con respecto al ensamblaje de las láminas.
Podemos clasificar ampliamente tres motivos de plegamiento en esta clase (ver Figura
4.6):
- Barriles: Hebras β estrechamente empaquetadas (generalmente 8) con hélices α en la
parte exterior, estructuras abiertas hechas de láminas β torsionadas (paralelas o
mixtas) rodeadas por hélices α tanto en la parte exterior como en la interior, y motivos
ricos en leucina de láminas β curvadas con hélices α en las regiones ricas en leucina en
la parte exterior.
4.8.1 Barriles α/β
Un ejemplo clásico de un núcleo en forma de barril es la estructura de barril de la triosa-
fosfato isomerasa (TIM), una topología (α/β)8 (ver Figura 4.6). El barril TIM es uno de
los pliegues de cadena polipeptídica más comunes conocidos en la actualidad. Las 8
hebras β paralelas de TIM se enrollan para formar un núcleo central, y sus 8 hélices α se
empaquetan en la parte exterior. La "boca" central del barril es el sitio activo de la
proteína.
4.8.2 Pliegues Abiertos Torsionados α/β
Un ejemplo de la clase altamente variable de estructuras α/β abiertas y torsionadas es
la flavodoxina (Figura 4.6). Observa que sus hélices se encuentran en lados opuestos de
la lámina β. Típicamente, los sitios activos de las proteínas en esta clase de pliegue se
encuentran cerca de las regiones de bucle que conectan las hebras β con las hélices α.
Otro miembro de esta clase es la malato deshidrogenasa, caracterizada por el pliegue de
Rossmann (llamado así por su descubridor, Michael Rossmann). Esta topología
(βαβαβ)2 tiene una lámina β paralela torsionada central rodeada de hélices α y/o
bucles. Es un motivo importante en proteínas que se unen a ácidos nucleicos.
4.8.3 Pliegues α/β Ricos en Leucina
El inhibidor de la ribonucleasa es un ejemplo en la clase rica en leucina de pliegues α/β.
Su estructura de herradura se forma mediante repeticiones homólogas de unidades β-
bucle-α diestras (ver Figura 4.6). Las 17 hebras β paralelas se encuentran en el interior
de esta herradura, con las 16 hélices α agrupadas en el exterior. Los residuos de leucina
presentes en los tres segmentos de la unidad repetitiva, la hebra β, el bucle y la hélice α,
se empaquetan estrechamente para formar un núcleo hidrofóbico entre las regiones de
hebra β y hélice α.
4.8.4 Pliegues α+β
Se han observado patrones de plegamiento aún más complejos para la clase α+β de
proteínas (ver Figura 4.7). Esta diversidad refleja las diversas topologías de los
subdominios (o capas) y la riqueza de patrones de conectividad entre ellos.
4.8.5 Otros Pliegues
Se muestran ejemplos de proteínas de múltiples dominios, proteínas de membrana y
superficie celular, y proteínas pequeñas en las Figuras 4.8, 4.9 y 4.10.
4.9 Número de Pliegues
Se ha postulado que el número de motivos de plegamiento es finito y que todo el
catálogo de pliegues será conocido eventualmente con el rápido aumento en el número
de proteínas globulares resueltas [157, 237, 560]. Tales postulados provienen de
consideraciones estereoquímicas, por ejemplo, hay un pequeño número de formas de
unir compactamente hélices α y hebras β, análisis de bases de datos y enfoques de
muestreo estadístico.
4.9.1 ¿Número Finito?
El número exacto de pliegues no ha sido determinado. Algunos estudios estiman que
este número podría ser de varios miles [266, 780], mientras que otros sugieren solo
varios cientos [1340, 1434] (alrededor de 10,000 o 3,000 pliegues totales en el primer
grupo y 850 pliegues totales en los últimos trabajos). Por lo tanto, una estimación
mínima de alrededor de 1000 [1259] y un rango de 1000 a 10,000 parecen razonables
[168]. Solo el tiempo dirá cuántos pliegues ha producido la naturaleza.
Dado que muchos esquemas computacionales de predicción de plegamiento utilizan
pliegues conocidos para secuencias estrechamente relacionadas o funciones
estrechamente relacionadas de proteínas, un número finito de pliegues sugiere que
eventualmente podremos describir estructuras 3D a partir de secuencias con bastante
éxito.
Sin embargo, Zhang y DeLisi estimaron en 1998 [1434] que, con la tecnología disponible
en ese momento, solo se determinarán el 95% de los pliegues en 90 años.
Argumentaron que, aparte de las mejoras tecnológicas, deberíamos seleccionar
cuidadosamente nuevas secuencias para la determinación de estructuras con el fin de
maximizar la detección de nuevos pliegues y, de esa manera, reducir sustancialmente
ese tiempo. Esto es importante ya que el número anual de nuevos pliegues descubiertos
durante 1995-2000 ha promediado solo alrededor del 10%, y aún menos durante 2000-
2002. Ciertamente, la selección cuidadosa de objetivos es aún más crítica si el número
de pliegues es en realidad mayor (por ejemplo, del orden de 10,000) y está asociado con
familias de secuencias únicas [266]. Las iniciativas de genómica estructural (consultar al
principio del Capítulo 2) ciertamente están acelerando el descubrimiento de nuevos
pliegues (ver, por ejemplo, [48, 214]), pero el efecto de estos proyectos llevará tiempo
para evaluarse (ver, por ejemplo, opiniones divergentes en [87, 993]). Para obtener
información actualizada sobre pliegues, busca en las colecciones del PDB.
4.10 Estructura Cuaternaria
Las estructuras cuaternarias describen interacciones complejas entre múltiples cadenas
polipeptídicas, cada una plegada de forma independiente, posiblemente junto con otras
moléculas (ácidos nucleicos, lípidos, iones, etc.). Las interacciones están estabilizadas
por enlaces de hidrógeno, puentes salinos y diversas otras asociaciones
intermoleculares e intramoleculares complejas en el espacio. El ejemplo clásico de una
estructura cuaternaria es la proteína hemoglobina, que consta de cuatro cadenas
polipeptídicas. Las cuatro subunidades, cada una de las cuales contiene un grupo hemo
que se une al oxígeno, están dispuestas de manera simétrica. Otros ejemplos de
estructura cuaternaria son las DNA polimerasas (con componentes catalíticos y
reguladores) y los canales iónicos, así como complejos de proteínas/ácidos nucleicos
con estructuras complejas que involucran muchas subunidades, como virus,
nucleosomas y microtúbulos.
4.10.1 Virus
Las cubiertas de los virus a menudo están compuestas por muchas moléculas de
proteínas y tienen estructuras cuaternarias intrigantes. Estas cubiertas de proteínas
envuelven el dominio interno que consta de ácidos nucleicos infecciosos. Por ejemplo, el
poliovirus, una esfera de 310 Å de diámetro, tiene una cáscara formada por 60 copias de
cada una de las cuatro proteínas. La cubierta del virus del mosaico del tabaco combina
2130 unidades de proteínas idénticas, cada una de 158 residuos, dispuestas en una
hélice alrededor de una estructura de ARN enrollada de 6400 nucleótidos. Esto resulta
en un complejo en forma de varilla de 3000 Å de largo y 18 Å de diámetro. La Figura
4.11 ilustra la estructura del virus del mosaico de tomate, que consta de 180 cadenas y
que infecta muchas plantas, incluyendo tomates y cerezos. Curiosamente, las cubiertas
de los virus son ensamblajes de proteínas similares en lugar de una única proteína
grande o combinaciones de proteínas diferentes, ya que la cantidad relativamente
pequeña de ácidos nucleicos virales debe codificar esta cubierta de proteínas; al mismo
tiempo, los ácidos nucleicos deben estar completamente cubiertos. Por lo tanto, una
gran cubierta de proteínas que consiste en motivos repetitivos satisface ambos criterios.
Entre las estructuras moleculares más grandes determinadas por cristalografía de rayos
X a resolución moderada (es decir, que se acerca a 3.5 Å) se encuentra la partícula
central del virus de la lengua azul, un agente de enfermedad en plantas y mamíferos. Su
compartimento transcripcionalmente activo mide 700 Å de diámetro y está compuesto
por dos proteínas estructurales principales que se ensamblan en dos capas, un núcleo y
un subnúcleo, encapsulando juntos el genoma de ARN (10 segmentos de ARN de doble
cadena, aproximadamente 19,000 pares de bases en total). La estructura cristalina
reveló cómo estos aproximadamente 1000 componentes proteicos se ensamblan
mediante una mezcla compleja de mecanismos de empaquetamiento involucrados en
cada una de las dos capas, utilizando motivos de empaquetamiento de triangulación y
equivalencia geométrica.

Figura 4.6. Ejemplos de proteínas α/β. TIM (triosafofato isomerasa) presenta una arquitectura de 8
β-hélices paralelas retorcidas que forman un barril rodeado de α-hélices. Flavodoxina, una proteína
de transporte de electrones que se une a un grupo prostético de flavin mononucleótido, muestra un
pliegue α/β retorcido y abierto compuesto por tres capas (2 hélices a la izquierda, 5 β-hélices en el
medio y 2 hélices a la derecha). La maltato deshidrogenasa contiene el pliegue Rossmann (βαβαβ)2
en la subunidad mostrada. El inhibidor de ribonucleasa, perteneciente a la clase leucina-rica de
pliegues α/β, muestra una estructura en forma de herradura.

Figura 4.7. Ejemplos de proteínas α + β: lisozima, proteína portadora de fosfato, topoisomerasa I del
ADN y glicina amidinotransferasa.

Figura 4.8. Ejemplos de proteínas multidominio: proteína similar a CbiD con dos dominios; proteína
similar a FlhC con tres dominios; proteína similar a HydB/Nqo4 con cuatro dominios; y VIH-1 CA
hexamérico con dos dominios.

Figura 4.9. Ejemplos de proteínas y péptidos de membrana y superficie celular: proteína similar a la
cadena B de la ATP sintasa, con una hélice larga; proteína similar al dominio de membrana MgtE, con
cinco hélices transmembrana; proteína similar a la subunidad de centro de reacción del Fotosistema
I, con tres hélices transmembrana; y proteína similar a la subunidad C de la ATP sintasa tipo V, con
nueve hélices transmembrana.
4.10.2 De los ribosomas a las redes dinámicas

Otros ejemplos de estructuras cuaternarias se encuentran en el ribosoma, complejos de fibras

musculares, filamentos flagelares bacterianos y ensamblajes fotosintéticos de proteínas de
membrana.

El ribosoma de Escherichia coli es un complejo ribonucleoproteico con un diámetro de

aproximadamente 200 Å construido a partir de 3 moléculas de ARN y 55 cadenas de proteínas [419].
El Premio Nobel de Química se otorgó en 2009 a tres científicos que obtuvieron vistas
cristalográficas a nivel atómico de esta magnífica estructura de manera independiente.

Máquina RNA/proteína: Ada Yonath, Venkatraman Ramakrishnan y Thomas Steitz. Por ejemplo, el
laboratorio de Yonath resolvió la subunidad ribosómica grande de Deinococcus radiodurans [516] y
la subunidad ribosómica pequeña de Thermus thermophilus [1135] (ver Figura 1.1). El laboratorio de
Steitz informó sobre la estructura de la subunidad ribosómica grande de Haloarcula marismortui
(2833 de los 3045 nucleótidos de la subunidad y 27 de sus 31 proteínas) [85], y el grupo de
Ramakrishnan informó sobre la estructura de la subunidad pequeña de T. thermophilus [1379]. Estas
estructuras esperadas con ansias del ribosoma bacteriano fueron facilitadas por reconstrucciones de
microscopía crioelectrónica, primero informadas en 1995 para el ribosoma de Escherichia coli (ver
vistas recientes en la Figura 1.2 [710]), lo que ayudó a los cristalógrafos a estimar el ajuste inicial de
sus datos de difracción de rayos X (consulte [171] para una perspectiva). Las caracterizaciones
estructurales combinadas del ribosoma proporcionaron evidencia clara de que el ribosoma es un
ribozima, es decir, que el componente de ARN del ribosoma probablemente cataliza la formación de
enlaces peptídicos (consulte el Capítulo 7, secciones de ARN).

Las células musculares contienen miofibrillas paralelas compuestas por dos tipos de filamentos, cada
uno con las siguientes proteínas: miosina (filamento grueso) y actina, tropomiosina y troponina
(filamento delgado); alrededor de estos filamentos, titina, compuesta por dos proteínas
extremadamente largas, junto con nebulina, forman una malla flexible. La contracción muscular se
produce por la interacción de actina y miosina.

El motor flagelar bacteriano de la proteína flagelina [1085] representa otro complejo motor
desafiante resuelto recientemente. Los filamentos de flagelina se forman mediante un arreglo de
proteínas de flagelina apiladas ('protofilamentos') alineadas una al lado de la otra; esto resulta en un
arreglo similar a hojas de papel enrolladas de forma suelta. La notable cooperación entre los
diferentes filamentos conduce a conversiones entre una forma macroscópica zurda, utilizada para
nadar, y una forma diestra, utilizada para la reorientación del movimiento. La estructura cristalina de
alta resolución de flagelina sugiere cómo podría ocurrir este posible interruptor estructural (entre
formas superenrolladas izquierdas y derechas) para dirigir la función.

Se obtuvieron conocimientos sobre los convertidores de energía solar en las membranas de

bacterias y plantas gracias a la estructura cristalina de la fotosistema I, un gran conjunto
fotosintético de proteínas de membrana y otros cofactores de la cianobacteria termofílica S.
elogatus [616]. La imagen detallada a nivel atómico (a una resolución de 2,5 Å) de la red de 12
subunidades de proteínas y 127 cofactores (clorofilas, lípidos, iones, agua, otros) muestra la
hermosa coordinación de todos los componentes para una absorción y conversión eficientes de la
energía solar en energía química.

4.11 Clasificación de la Estructura de Proteínas

Muchos grupos en todo el mundo trabajan en la clasificación de las estructuras de proteínas
conocidas; consulte [47, 48, 952, 1259] para obtener una perspectiva sobre la evolución de la
estructura y función de las proteínas. Existen varios esquemas de clasificación y productos de
software asociados. Un programa popular es SCOP: "Clasificación Estructural de Proteínas" [887]
(consulte scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ o conéctese a SCOP a través de enlaces disponibles en
muchos sitios espejo como PDB) [262]. Estas clasificaciones se asignan actualmente de manera
manual, mediante inspección visual, pero se utilizan algunas herramientas automatizadas para
ayudar en este proceso.

También es importante mencionar la base de datos PROSITE (www.expasy.ch/prosite/) de familias

de proteínas y dominios, destinada a ayudar a los investigadores a asociar nuevas secuencias con
familias de proteínas conocidas. Otras bases de datos de patrones y secuencias de familias de
proteínas son PFAM y PRODOM; consulte [881] para obtener una lista completa.

Los niveles de SCOP (de arriba a abajo) son: clase, plegamiento, superfamilia, familia y dominio. La
secuencia o la estructura de referencia en el PDB se consideran en la parte inferior de este árbol.

El nivel superior de la jerarquía de SCOP es la clase (todo α, todo β, α/β, α + β, proteínas

multidominio, proteínas de membrana y superficie celular y proteínas pequeñas). Cada clase denota
topologías comunes globales de estructura secundaria.

Luego viene el plegamiento, que agrupa proteínas que tienen la misma estructura global, es decir,
esquemas de empaquetamiento y conectividad similares para los elementos estructurales
secundarios. A menudo, los plegamientos también se llaman estructuras supersecundarias.
Actualmente se conocen de 50 a varios cientos de plegamientos para cada clase, y el repertorio
sigue aumentando constantemente. Un ejemplo mencionado anteriormente, el plegamiento del
barril α/β, agrupa a TIM con otras proteínas como RuBisCo(C), la biosíntesis de triptófano y la
glicosiltransferasa en una superfamilia, el siguiente nivel de la jerarquía de clasificación.

La superfamilia agrupa proteínas con baja identidad de secuencia pero probable similitud evolutiva,
según se juzga por pliegues globales similares y/o funciones relacionadas. Se cree que los miembros
de la misma superfamilia evolucionaron a partir de un ancestro común. Otra superfamilia, por
ejemplo, contiene actina, el dominio ATPasa de la proteína de choque térmico y la hexoquinasa. Las
superfamilias a menudo plantean el mayor desafío en la tarea de clasificación de proteínas.

Las superfamilias se dividen aún más en familias, que agrupan proteínas con similitud de secuencia,
estructura y función sustanciales. Por lo general, este requisito implica una identidad de secuencia
de al menos el 30%, pero hay casos de baja identidad de secuencia (por ejemplo, 15%) pero
similitudes estructurales y funcionales definitivas, como en el caso de las proteínas globina. Por
ejemplo, las familias de glicosiltransferasa incluyen β-galactosidasas, β-glucanasa, α-amilasa y β-
amilasa.

Finalmente, en la parte inferior del árbol de la clasificación de SCOP se encuentra la categoría de

dominio, que distingue regiones estructuralmente independientes que pueden encontrarse en
proteínas más grandes.

Para obtener información actualizada sobre el número de plegamientos, superfamilias y dominios

identificados, consulte scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/count.html.
A medida que nuestro conocimiento sobre la estructura de las proteínas aumenta, nuestros
esquemas de clasificación y herramientas de software evolucionarán rápidamente. La
automatización de la clasificación es importante para un análisis estructural rápido y, en última
instancia, para relacionar la secuencia y la estructura con la función biológica.