SONIA CUEVAS MANTECN

Grado en Qumica

CUESTIONARIO 2:
PROTENAS.
ESTRUCTURA Y
FUNCIN
Bioqumica

Universidad de Burgos

1. Contestar a las siguientes cuestiones en relacin a los niveles de estructura de

las protenas:
a) Dnde se producirn giros de la cadena en el polipptido siguiente? En qu
posiciones se podran formar enlaces disulfuro intracatenarios?

El aminocido implicado en el giro es la Pro, por lo que tenemos dos giros, uno por
cada prolina. En este tipo de giros solo se encuentra involucrado el aa Pro.
Al producirse estos dos giros, las dos Cys que contiene la cadena, se encuentran
suficientemente cerca como para formar un puente disulfuro entre ellas.
b) Cul de los siguientes pptidos es ms probable que forme una hlice a?
Razonar la respuesta.
Hay 5 tipos de restricciones que afectan a la estabilidad de la hlice :
1: Repulsin o atraccin electrosttica entre residuos de aminocidos sucesivos con
grupos R cargados.
2: El volumen de los grupos R adyacentes.
3: Las interacciones entre cadenas laterales de aminocidos separadas 3 ( 4)
residuos.
4: La presencia de resiudos de Pro y Gly.
5: La interaccin entre residuos en los extremos de la hlice y el dipolo elctrico.
(a) CRAGNRKIVLETY
Cys-Arg-Ala-Gly-Asn-Arg-Lys-Ile-Val-Leu-Glu-Thr-Tyr
Este pptido cuenta con dos aminocidos cargados positivamente en las
posiciones 2 y 3 (Arg-Ala) y con otros dos en las posiciones 6 y 7 (Arg y Lys).
Estos ltimos cuentan adems con cadenas laterales voluminosas. Entre estos
dos grupos tambin existen interacciones de repulsin (porque las 4 cadenas
laterales estn cargadas positivamente) ya que la Arg 2 y la Arg 6 se encuentran
separadas 4 aa, al igual que la Ala 3 y la Lys 7. Por ese mismo motivo, entre la
Arg 2 y la Arg 6 tambin existen impedimentos estricos. La Lys 7 tambin
muestra interacciones de atraccin con el Glu 11(cargado negativamente).
Adems en la posicin 4 muestra una Gly, que no suele aparecer porque es
demasiado sencilla.
(b) SEDNFGAPKSIKW
Ser-Glu-Asp-Asn-Phe-Gly-Ala-Pro-Lys-Ser-Ile-Lys-Trp
En la posicin 6 contiene una Gly en la 8 una Pro (contiene un tomo de N que
forma parte de un anillo rgido y no permite la rotacin alrededor del enlace NC formando una curvatura en la hlice y adems no puede formar enlaces por
puentes de H con otros residuos ya que no contiene ningn tomo de H).
Adems, la Glu 2 interacciona con la Phe 5 ya que los dos tienen grupos R
voluminosos. Esta Phe tambin interacciona estericamente con la Lys 9,

separada 4 residuos, que a su vez interacciona tanto estrica como

electrostticamente con la Lys 12, ya que se encuentran a una distancia de 3
residuos. El pptido tambin se encuentra desestabilizado por los
impedimentos estricos presentes entre las cadenas de la Lys 12 y el Trp 13.
(c) QKASVEMAVRNSG
Gln-Lys-Ala-Ser-Val-Glu-Met-Ala-Val-Arg-Asn-Ser-Gly
Esta cadena cuenta con una Gly en su extremo carboxilo.
Existen impedimentos estricos entre Gln 1 y Lys 2. Esta Lys tambin
interacciona tanto estrica como electrostticamente con el aminocido
separado 4 residuos Glu 6. El Glu 6 interacciona con la Met 7 ya que ambos
tienen cadenas laterales voluminosas y ambos presentan impedimentos
estricos con la Arg 10 ya que la separacin Glu 6-Arg 10 es de 4 residuos y la
de Met 7-Arg 10 es de 3 residuos. Adems, entre el Glu 6 y la Arg 10 tambin
existe atraccin de las cadenas laterales ya que el Glu 6 tiene una cadena lateral
cargada negativamente y la de la Arg 10 est cargada positivamente.
Tras el estudio de los tres pptidos concluyo que la cadena ms estable ser la
c.
c) Cules de los siguientes hechos estabilizan la estructura terciaria de las
protenas globulares?
Entre las fuerzas que estabilizan esta estructura se encuentran las siguientes:
-puentes de hidrgeno (C=O-----HN)
-enlaces disulfuro (-S--S-)
-puentes salinos (COO- NH3+)
-interacciones dipolo-dipolo
-interacciones hidrofbicas
-coordinacin metlica
i.
ii.

iii.
iv.

Enlaces de hidrgeno entre serinas e histidinas de vueltas adyacentes

Atracciones inicas entre los grupos R del cido asprtico y del cido
glutmico (ambos aa contienen grupos R cagados negativamente, por lo que
existe entre ellos son repulsiones)
Interacciones hidrfobas entre la fenilanlanina y el triptfano.
Enlaces disulfuro transversales entre residuos de metionina. (los puentes
disulfuro se forman entre Cys)

2. El tubo digestivo de la larva de la polilla de la ropa es un medioambiente

fuertemente reductor. Por qu esto es beneficioso para la larva?
Las -queratinas son protenas que han evolucionado para poder soportar
esfuerzos mecnicos. Estas protenas se encuentran de forma mayoritaria en
cabello, uas, garras, caones de las plumas, lanas La -queratina es rica en
residuos de Cys, que forman enlaces disulfuro que entrecruzan cadenas
polipeptdicas adyacentes. Esto explica la falta de solubilidad de la -queratina y su
resistencia a estiramientos. La insolubilidad de la -queratina evita que la mayora
de los animales la digieran. Sin embargo, las larvas de la polilla de la ropa, que tienen

una alta concentracin de mercaptanos en su tubo digestivo, pueden hacer esto,

puediendo as llevar a cabo su alimentacin a base de prendas de lana.3. Se ha medido la unin del oxgeno a la hemocianina de la gamba Callianassa.
La tabla recoge los resultados experimentales obtenidos.

(a) Representar estos datos para obtener una curva de unin de oxgeno. De acuerdo
con el aspecto de la curva obtenida indicar si es cooperativa o no la unin del
oxgeno.

Union al Oxgeno
1
0,9
0,8
0,7
0,6
0,5
0,4
0,3
0,2
0,1
0
0

100

200

300

400

500

600

700

800

pO2

La curva muestra un aspecto sigmoideo, lo que indica que la unin de oxgeno es

cooperativa.
(b) Hacer una representacin de Hill con estos datos. Muestra la representacin de
Hill algn indicio de existencia de cooperatividad? Cunto vale el coeficiente de
Hill? A qu presin parcial de oxgeno se semisatura esta protena?
La presin parcial de oxgeno a la que se semisatura la protena es algo superior a 123.3
mmHg (marcado en verde claro en la tabla), ya que es la presin a la que la protena se
encuentra saturada al 50% aproximadamente, es decir, es la presin a la que la mitad
de los sitios de fijacin a ligando se encuentran ocupados.

pO2 (mmHg)
1,1
7,7
10,7
31,7
71,9
100,5
123,3
136,7
166,8
203,2
262,2
327
452
736,7

saturacin%
0,003
0,3
0,019
1,9
0,035
3,5
0,084
8,4
0,19
19
0,329
32,9
0,487
48,7
0,557
55,7
0,673
67,3
0,734
73,4
0,794
79,4
0,834
83,4
0,875
87,5
0,913
91,3

1-
0,997
0,981
0,965
0,916
0,81
0,671
0,513
0,443
0,327
0,266
0,206
0,166
0,125
0,087

/(1-) log /(1-)

0,00301
-2,52157
0,01937
-1,71292
0,03627
-1,44046
0,09170
-1,03762
0,23457
-0,62973
0,49031
-0,30953
0,94932
-0,02259
1,25734
0,09945
2,05810
0,31347
2,75940
0,44081
3,85437
0,58595
5,02410
0,70106
7,00000
0,84510
10,49425
1,02095

logpO2
0,04139
0,88649
1,02938
1,50106
1,85673
2,00217
2,09096
2,13577
2,22220
2,30792
2,41863
2,51455
2,65514
2,86729

Representacin de Hill
1,5
1

log /(1-)

0,5
0
-0,5

0,5

1,5

2,5

3,5

-1
-1,5
-2
-2,5
-3

logpO2

La grfica obtenida parece tener una forma similar a la obtenida para uniones
cooperativas. Para conocer la existencia real de cooperatividad, trazaremos una
recta a los puntos prximos a log /(1-)=0.

Ampliacin representacin de Hill

0,4
y = 2,8287x - 5,9561
R = 0,9945

0,3

log /(1-)

0,2
0,1
0
-0,1

1,95

2,05

2,1

2,15

2,2

2,25

-0,2
-0,3
-0,4

logpO2

La pendiente obtenida (coeficiente de Hill), indica que la unin es

cooperativa, ya que es mayor que 1. El valor de este coeficiente es nH=2.8287,
una cooperatividad bastante fuerte.
4. El pH isoelctrio de la hemoglobina de un individuo normal (HbA) es 6,9 y con
anemia falciforme (HbS) es 7,1. A qu pH se ha realizado la electroforesis
sealada al margen y qu manchas corresponden a HbA y HbS. Explicar a qu
se debe las diferencias en los pI de HbA y HbS.

Las propiedades alteradas de la hemoglobina S, entre las que se encuentra el cambio

del pI, son el resultado de la sustitucin de una Val en lugar de un Glu en la posicin
6 de las dos cadenas . El grupo R de la Val no posee carga elctrica, mientras que el
Glu tiene una carga negativa a pH 7,4. Por lo que la hemoglobina S tiene dos cargas
negativas menos que la hemoglobina A, una por cada cadena .
La electroforesis ha sido realizad a pH=7, ya que a este pH HbA empieza a mostrar
una carga negativa, por lo que se desplazar hacia el polo positivo, mientras que HbS
an cuenta con carga positiva, por lo que va a desplazarse hacia el polo negativo.