Carlos Aparicio

Alejandra Piñeros
Angela Lombana
03-04 Genética clase 2
Dr. Mauricio Rey Buitrago

Recapitulando de la clase pasada:

● El material genético en los núcleos celulares y en las mitocondrias de los seres

humanos es el DNA.

● La mayoría de los seres vivos tienen DNA; sin embargo, hay algunos virus que usan
el RNA como material genético de base.

● Los virus son parásitos moleculares que tienen una maquinaria especial para hacer
retrotranscripción (generar copias de DNA usando su RNA como plantilla), e
introducir sus genes en las células hospedadoras obligándolas a sintetizar sus
ácidos nucleicos y proteínas para formar nuevos virus.

Conceptos generales de genética:

Genoma:

Es el conjunto de genes de un organismo vivo. Particularmente, el genoma humano está

constituido por 3x10​9 ​nucleótidos que forman la cadena de DNA.

El DNA es lineal y está fragmentado en 23 ​pares de cromosomas en células diploides, o en

23 cromosomas si la célula es haploide.

Por ejemplo: los gametos son células haploides porque solo contienen 23
cromosomas, es decir, solo tienen un juego de cromosomas. En cambio, las células
somáticas tienen dos juegos, lo que quiere decir que posee un total de 46
cromosomas o 23 pares, como dijo el profesor.

Cromosoma:

Es la unidad de almacenamiento de los genes. Solo se ve en la división celular, más

específicamente, en la metafase. El resto del tiempo es necesario recurrir a técnicas de
tinción para observar el material genético pues permanece como una masa difusa.
Recordemos que hay varios niveles en la compactación del DNA, así que cuando la célula
no se está dividiendo, la estructura terciaria del DNA se encuentra a nivel de nucleosoma
(11nm) o solenoide (30nm).
Cada cromosoma contiene una molécula de DNA lineal que codifica para proteínas, y
diferentes tipos de RNA como el micro RNA, el RNA mensajero (​RNAm​), reguladores,
cortos codificantes, no codificantes, largos no codificantes, etc. Todo esto es lo que
constituye los genes.

DNA:

Ácido nucleico que contiene las instrucciones genéticas que especifican el desarrollo
biológico de todas las formas de vida celulares.

Gen:

Es la unidad básica de la información genética (DNA) que controla la síntesis de un

producto funcional (una molécula ARN, un péptido o una proteína).

Una definición más moderna y funcional es que un gen es la unión de secuencias

genómicas que codifican un conjunto coherente de productos funcionales potencialmente
solapantes.

Pregunta:​ ​¿Qué significa potencialmente solapantes?

Respuesta: ​Antiguamente, un gen era definido como una secuencia de DNA que
codifica algo. Sin embargo, se ha descubierto que, por ejemplo, en sentido 5’-3’
puede haber una secuencia que codifica algo; y en el sentido contrario, la hebra
complementaria, puede llevar otra secuencia codificante. Entonces, quiere decir que
en la misma secuencia de DNA puede haber dos genes que se solapen: en la misma
secuencia de nucleótidos puede haber dos genes, pero el inicio de la transcripción
es en otro punto.

Corte y empalme (en inglés: splicing)​: el RNA primario sufre algunas

modificaciones para convertirse en otros tipos de RNA como en RNAm.

Locus:

Es la localización de un gen/marcador en el cromosoma. Por ejemplo, en organismos con

células diploides como los humanos, encontramos que los ​cromosomas son homólogos​,
lo que quiere decir que cada cromosoma de origen materno está acompañado de un
cromosoma de origen paterno; en el proceso de la meiosis cuando se están formando los
gametos, estas partes homólogas intercambian segmentos y hacen recombinación para
barajar la información genética de tal modo que las células sexuales llevan la información
proveniente del padre y de la madre mezclada.

Entonces, el sitio donde se sitúa la variación del gen (en ejemplo, el gen proveniente de la
mezcla de información), es el locus. El locus es la localización de un gen en el cromosoma.

Su plural es loci, no “locuses”.

Alelo:

Son las variantes de un gen. Por ende, es un alelo (variación del gen) el que ocupa un locus
(el sitio que debe ocupar el gen). En la población puede haber muchas variantes de un
mismo gen, esas formas alternativas son las que se conocen como alelo. En genética de
poblaciones es muy importante conocerlos.

Estructura física del gen:

En los eucariotas, hay tres tipos de DNA polimerasa: 1, 3 y 3. Los genes que transcriben
para proteínas usan la RNA polimerasa tipo 2 y se llaman ​genes de clase 2. ​Recordemos
que los genes humanos son discontinuos: hay regiones de la secuencia que codifican para
proteínas, pero hay otras que no lo hacen, estas regiones que no llevan información
codificante se llaman ​intrones. ​Los ​exones en cambio, si codifican para la síntesis de
proteínas.

Además, antes del sitio donde se lleva la información de la traducción, encontramos a las
5’UTR (5’ reguladoras), que son regiones que son se transcriben. Lo mismo sucede del otro
extremo: están las ​3’UTR​ ​que no codifican proteínas, sino que son reguladoras.

Entonces, la RNA polimerasa acompañada de una serie de proteínas, reconoce secuencias

y ​comienza la síntesis de RNA primario o RNA transcriptor primario que luego de
modificaciones será el que se transforme en RNA mensajero (RNAm).

Precisamente, es el RNA mensajero, el que va al ribosoma y allí se sintetizan las proteínas.

Para que se pase de RNA primario a RNA mensajero, al primario se le adiciona en el
extremo 5’ una modificación química llamada ​CAP (caperuza, una metil guanosina); y en el
extremo 3’ se le adiciona una poliA​, ​que es una secuencia de muchas adeninas. Luego,
unas enzimas o RNA catalíticas llamadas ​ribozimas ​le quitan los intrones y se convierte en
RNA mensajero.

En otras palabras, el RNA primario es todo lo que se transcribe; y el RNA mensajero es el

RNA primario que pasa por modificaciones como la eliminación de los intrones, para poder
salir del núcleo y que las exportinas con ayuda de las proteínas chaperonas lo lleven a los
ribosomas en el citoplasma.

Pregunta:​ ​¿cómo se llaman las enzimas que remueven los intrones?

Respuesta: ​Los intrones los remueven 4 mecanismos que pueden ser proteicos o
por ribozimas (RNA catalítico). La mayoría de las enzimas son catalíticas, pero hay
algunas que no son proteínas como los RNA catalíticos. Un ejemplo, como
decíamos, es el splicing o en español “corte y empalme” o “barajamiento de exones”,
en el que si se quitan los intrones como si fueran cartas.

En la síntesis de proteínas, la molécula que sintetiza el enlace peptídico es el

ribosoma, un RNA catalítico. Otro ejemplo es la peptidil transferasa, que tampoco es
una proteína sino un RNA catalítico.

La región reguladora antes de iniciar la traducción se llama ​región promotora del gen​. En
ella, pueden estar 5000 a 1000 pares de bases corriente arriba (upstream, hacia 5’, cuando
uno se devuelve).

Paréntesis: cuando se devuelve para 5’, o corriente arriba, se llama en inglés

upstream,​ y cuando se va hacia 3’ o hacia abajo, es lo que en inglés se conoce
​ ownstream​.
como​ d

Hay regiones que pueden estar muy lejos del punto de inicio de la transcripción del gen
(​ENHANCERS​) ​o también llamados potenciadores, que, valga la redundancia, como indica
su nombre, potencian la traducción. Entonces, hay regiones potenciadoras y promotoras.

​Pregunta: ​¿Después de la región promotora siempre va un intrón o un exón?

Respuesta: ​Un exón. Es que la región promotora es como un intrón 0, es una región
reguladora.

En el RNA primario, todo se transcribe. Y cuando se madura para que sea RNA
mensajero, solo se seleccionan los exones. Se deja cierta región de RNA mensajero
no codificante que corresponde al extremo 5’ UTR del RNAm. Esa región si se
alcanza a transcribir, es una secuencia que participa en la regulación.

Hasta hace muy poco (principios del siglo XXI) se empezaron a conocer los
microRNA como un RNA muy pequeño, de 20 a 30 nucleótidos, que regula la
 expresión de los genes. Muchos de ellos (de microRNAs) se unen al extremo 3’ UTR
y no dejan que haya síntesis de proteínas; es decir, que son reguladores. Hay una
maquinaria para la maduración del RNA primario. CAP, poli A y se quitan intrones.

Expresión génica: ​que el gen se transcribe a RNA y luego se traduce convirtiéndose en

una proteína.

En los laboratorios existe la posibilidad de medir la síntesis de RNA o de medir la síntesis de

las proteínas. Las personas que se dedican a investigar algún fenómeno o proceso
fisiológico a nivel molecular prefieren medir la proteína pues es la que ejecuta las acciones.

Sin embargo, que se mida el RNA mensajero no significa que se vaya a traducir en proteína
porque existen mecanismos de regulación que a veces no permiten que los RNA
mensajeros sean traducidos a proteínas. Por eso, cuando se habla de expresión de genes,
se prefiere medir la proteína, pero cuando no se puede, pues se mide el RNA mensajero.

Pregunta: ¿Cuál es la diferencia entre 5’UTR, la región promotora y los

enhancers?

Respuesta: ​La región promotora son secuencias pequeñas. En los procariotas hay
algo que se llama la ​secuencia TATA (timina-adenina, timina-adenina), que es muy
importante en la regulación de los genes procariotas.

En los eucariotas, también hay cajas TATA, pero no es elemento regulador común,
son más comunes ​los dinucleótidos o las islas CPG (citosina-guanina unidas por
fosfato) que están presentes en la región 5’ UTR y son promotores. Al promotor se
unen una proteína que se encarga de indicarle a la RNA polimerasa 2 que debe
iniciar la transcripción. ​Las islas CagA​ también se regulan.

El regulador de transcripción más común son las islas CPG que pueden estar muy
cerca del inicio de la transcripción. Las regiones que controlan el inicio de
transcripción que están muy cerca del inicio de la transcripción se llaman
promotores proximales y los que están más lejos son ​promotores distales​.
Dónde están esas secuencias pueden ocupar entre 5000 y 10,000 nucleótidos. Esos
5000 y 10,000 nucleótidos son las secuencias UTR.

Las secuencias de 1, 2 o una familia de nucleótidos como las islas CPG son las que
van a regular, pero todo el pedazo que está ahí es una región UTR.

Los Enhancers son secuencias que están mucho más lejos, corriente abajo. Lejos
del gen, en el mismo cromosoma, pero muy lejos. Sin embargo, como la molécula se
puede doblar y acercar, hay unas proteínas que se unen a los enhancer llamadas
activadores que pueden relacionarse con otras proteínas llamadas ​mediadores o
coactivadores que interaccionan con la maquinaria de transcripción. Entonces lo
que permiten los enhancer es aumentar la velocidad de transcripción.
 Por último, hay otras regiones que se llaman ​silenciadores que se unen a proteínas
represoras y pueden interferir con la transcripción evitándose o haciendo que la
tasa de transcripción sea menor.

Hay muchos elementos que participan en la regulación y transcripción de los genes.

Aquí vemos, en la parte

superior está la doble hélice,
recuerden que la hebra de DNA
tiene un diámetro de dos
nanómetros, ¿Cierto? Esa
hebra de DNA se va enrollando
sobre unas proteínas que se
llaman histonas, y forman unas
estructuras que se llaman
nucleosomas, entonces es
como si yo cogiera un hilo y lo
empezara a enrollar sobre
esferitas y le doy casi dos
vueltas, es 1.7 vueltas, esas
estructuras se llaman nucleosomas, y yo puedo organizar esas esferitas en grupos, como
de cinco. Normalmente se unen a través de una histona que se llama la histona H1; las
histonas que unen esas bolitas, esas esferitas, son de cuatro tipos, de a dos, de esas
proteínas H2A, H2B, H3 y H4, dos de cada una y forman 8, eso se llama un octámero de
histonas. Sobre esas ocho histonas se enrolla el DNA y esas histonas más el DNA se
llaman nucleosomas; ¿Si ven el DNA que une un nucleosoma con otro que está ahí libre?
Eso se llama un DNA linker. Y sobre él puede actuar una histona que se llama H1. Y esas
histonas H1 pueden interactuar y compactar más el DNA, entonces forman esa estructura
que está ahí abajo que se llama la fibra de 30nm o solenoide, luego esos solenoides van a
formar estas fibras de cromatina y luego van a formar los bucles de cromatina. O sea,
simplemente se van enrollando unas sobre otras y finalmente ustedes ven allí abajo un
cromosoma.

Entonces vuelvo y repito, los cromosomas sólo se ven durante la división celular. O sea, es
el mayor grado de compactación de la cromatina, la mayor parte del tiempo el material
genético se encuentra en este nivel, en estos dos niveles, en fibra de 10nm y en fibra de
30nm. Si está muy compactado, pues ese material es difícil de leer, porque pues digamos
que el DNA está como protegido, escondido por las proteínas y entonces pues la
maquinaria de lectura no va a poder leer esa información y no va a haber actividad del
material genético. Entonces la mayor parte del tiempo, lo que llamamos la interfase, pues
está relativamente relajado digamos; no todos los segmentos del DNA esta relajados,
algunos, otros pueden estar compactados, entonces normalmente estas regiones que están
compactados, esas regiones que están compactadas se llaman heterocromatina, y,
modificando químicamente las histonas hay unos procesos que se llaman de metalización,
acetilación, se puede cambiar el estado de compactación del material genético; eso se
llama modificaciones epigenéticas. Entonces esto se llama heterocromatina facultativa, la
otra se llama constitutiva.
Cariotipo:

Usted miran ahí, les presentan un esquema del cromosoma 13, 14 y 15, en este esquema,,
les presentan lo que se llama un cariotipo, Entonces organizan los cromosomas de mayor a
menor, en estos grupos en una superficie de papel, les cuento como se realizaba un
cariotipo, entonces el médico ve un paciente y sospecha que tiene un síndrome de Down,
entonces dice ‘Ah, pues síndrome de Down casi siempre es por un cromosoma 21 extra’,
puede que no ocurra así, que haya un pedacito simplemente en el 21 se duplicó, hubo un
pedacito del 21 que hizo una copia sobre ese mismo 21 y entonces el pacientico no tiene
tres 21, sino un 21 pero uno tiene una duplicación y preciso se duplicó esa región que nos
va a generar el fenotipo de Down, entonces no necesariamente los Down son por trisomía
21, sino porque hay una duplicación en el cromosoma 21, entonces puede tener el número
del cromosoma normal, pero hay una alteración en el cromosoma 21. Estas alteraciones
son visibles a través del microscopio óptico, normalmente a través de esta técnica de
cariotipo y utilizando microscopía óptica uno puede detectar cambios superiores a 10
millones de pares de bases, 10 megabases y si utiliza una técnica muy refinada hasta 5
mega bases, pero cambios menores de 5 millones de pares de bases no se pueden ver por
microscopia óptica. O sea que los cariotipos no me detectan mutaciones puntuales, muchas
alteraciones de 1000, 2000, 3000 pares de bases, lo que llamamos una kilobase, 2, 3
kilobases eso no lo puede detectar la microscopia óptica, estas técnicas de cariotipo pues
solamente nos pueden evidenciar patologías que están relacionadas con alteración del
número de cromosomas, hay unas técnicas que se llaman cromosomas largos, es una
técnica especial en donde nos permite ver digamos, más en detalle los cromosomas
entonces ahí sí se puede ver alteraciones de menos de 5 megabases, 5 millones de pares
de bases.

Entonces le hacen la auscultación y entonces mira unas orejas características, un cabello,

unos ojitos, una nariz; ve ciertas características que son típicas de los fenotipos, entonces
pues el médico ya sospecha que es un síndrome de Down, entonces pues para confirmarlo
le ordena un cariotipo. Entonces al niño le toman una muestra de sangre, esa muestra de
sangre se lleva al laboratorio y se hace un cultivo, entonces lo que hacemos es estimular la
proliferación de los glóbulos blancos, entonces a esos se cultiva un poquito de sangre en un
frasquito, se coloca un medio de cultivo y se coloca una sustancia que se llama la
Fitohemaglutinina​, que es un derivado de la leptina y es una proteína que induce la
respuesta inmune, digámoslo así, entonces los glóbulos blancos se empiezan a proliferar
como locos. Esos glóbulos blancos son los que nos van a proporcionar los cromosomas, se
hace un cultivo de 72 horas, se sincroniza, es decir se agrega una sustancia para que todas
las células estén en la misma fase del ciclo celular y a esas 72 horas se le agrega un
inhibidor de la separación de las cromátides, se utiliza una sustancia llamada colchicina, y
se hace un procedimiento y se obtienen los cromosomas. Eso se coloca una sustancia
hipotónica y se suelta de una altura de uno o dos metros y ¡Pum! Se estrellan contra el
vidrio, el portaobjetos y los cromosomas quedan ahí esparcidos y lo que se hace se hace es
mirar, colorearlos y mirarlos por el microscopio y contarlos y tomar una foto, y antiguamente
pues se tomaba una foto y se organizaban los cromosomas por su tamaño. Primer grupo el
1, 2,3; el segundo grupo el 4 y 5, el tercer grupo del 6 al 12, el siguiente grupo del 13 al 15,
el siguiente grupo del 16 al 18, luego el 19, 20, 21 y 22; y finalmente los cromosomas
sexuales. El cromosoma más pequeño es el 21, pero pues en la época de los 50 del siglo
pasado cuando se estandarizó, digamos esto del cariotipo, cuando se supo exactamente
cuantos cromosomas tiene el humano; a los investigadores les pareció que el 22 era más
más chiquito y pues ese error quedó ahí, pero realmente el cromosoma más pequeño es el
21, el 22 es un poquito más grande y el 21 tiene muchos genes, el 22 no tiene tantos.

Aquí está el 22, aquí se encuentra, el cromosoma

22 es uno de los autosomas humanos más
pequeños, contiene aproximadamente 43 millones
de bases de ADN y contiene hasta 545 genes
diferentes. Muchos rasgos humanos están
controlados por más de un gen o tienen alelos
incompletos o dominantes, bueno si, pueden haber
pseudogenes que son secuencias que son
duplicaciones de gen pero que han perdido la
capacidad de transcribirse o generar proteína, o sea, finalmente no se expresan, pero están
ahí, se llaman pseudogenes, creo que eso lo mencionamos un poquito más adelante, venga
nos devolvemos.

Como les decía entonces, cuando se observa un

cromosoma pues normalmente es cuando se detuvo
la división celular, en la metafase, cuando está
ocurriendo el proceso de la división celular, se
detiene en metafase y lo que se observa es el
cromosoma duplicado, por eso se ve, así como con
cuatro brazos. Normalmente pues ahí está el
cromosoma duplicado, en el centro está el
centrómero, esas se llaman cromátidas hermanas
¿No? Cuando está duplicado. Y el otro cromosoma
se llama cromosoma homólogo, ¿Cierto? Entonces pues todos tendríamos dos
cromosomas y cuando se hace la observación pues se ve el cromosoma duplicado
entonces tiene dos cromátides ¿Ya? Pero pues realmente en nuestras células cuando está
en interfase solo se van a ver dos bracitos, el brazo largo y el brazo corto, entonces la
constricción en el centro se llama centrómero, en los extremos del cromosoma se llaman
telómeros y entonces con las terminas de tinción, las más comunes se llaman el bandeo G,
la técnica de bandeo G; de Giemsa y también hay otra sustancia fluorescente que usan, que
es la quinacrina y se llaman bandas Q, que son complementarias; y entonces cuando se
tiñen los cromosomas se van a ver unas regiones oscuras y otras más clara y eso va a
tener que ver mucho con el grado de compactación del material genético, pero pues esto lo
van a ver más a detalle con la profe Luz Karine.

Entonces dice de las 3200 Megabases, 2950 megabases corresponden a eucromatina, es

decir que no esta tan compactado y unas 250 megabases corresponden a heterocromatina,
entonces heterocromatina corresponde a un DNA totalmente compactado, me refiero acá al
momento de la interfase ¿No? Entonces cuando el material genético esta relativamente
relajado, dense cuenta que la mayoría se encuentra en eucromatina, pero cuando ocurren
procesos de replicación, entonces cuando los cromosomas están en metafase se genera un
proceso de compactación.

Aquí simplemente les

muestran cómo el DNA
puede sufrir metilaciones
o las histonas sobre las
que se enrolla el DNA
pueden sufrir procesos de
metilación, acetilación o
fosforilación y eso puede
cambiar el estado de
compactación; entonces
la lectura de los genes,
que se pueda leer un gen, que este apagado, que este prendido; cuando esta compactado
se dice que el gen esta apagado, entonces ustedes ven ahí que se compacta cuando se
metila o se fosforila y se relaja un poco cuando se acetila. Entonces digamos que estos
fenómenos de metilación, fosforilación, acetilación, otros grupos químicos, la sumoilación, la
ADP-ribosilación, hay varios mecanismos, modificación covalente de las histonas, que
permiten la compactación o la, cómo se llama eso, la liberación del DNA para ser leído por
la RNA polimerasa, entonces esos mecanismos se llaman mecanismos epigenéticos,
porque digamos cambia la expresión del gen pero el gen está y no hay cambio en la
secuencia del DNA, es otro nivel de regulación diferente a la regulación directamente sobre
el DNA, entonces aquí se está regulando el acceso de la maquinaria de transcripción al
material genético, y eso se puede hacer por esas modificaciones químicas que les digo.

Pregunta​: ​¿La acetilación es para eucromatina o para heterocromatina?

Respuesta: Cuando se acetila, relaja y al relajar pues estamos hablando más de

eucromatina. ​Y la ​heterocromatina es cuando se compacta​, y normalmente la
compactación está más relacionada ​con el proceso de metilación​. Esto también
es muy común cuando se estudia el cáncer.
 Normalmente, recuerden que hay dos tipos de genes que son importantes cuando
se produce el cáncer que son los oncogenes o protooncogenes, que nos van a
generar los oncogenes o genes supresores tumorales, entonces si se metila un gen
supresor tumoral pues se silencia y de pronto no se produce una proteína que nos
va a proteger de un cáncer, o está silenciado un oncogén y hay una modificación y
se activa, entonces esa persona empieza a generar proteína que va a producir el
fenotipo de cáncer. Digamos que esto es importante comprenderlo para entender
cómo son estos procesos de la regulación a nivel molecular de una enfermedad
como el cáncer. Pero digamos que casi todas las patologías tienen una explicación a
nivel molecular.

Todos los humanos tienen 46 cromosomas, las mujeres, aquí dice las hembras XX, los
varones XY, los dos cromosomas sexuales son X y Y, los cromosomas que no son los
sexuales se llaman autosomas, entonces un humano normal tiene 44 autosomas y 2
sexuales; cuando se reporta un cariotipo se escribe siempre 46 que es el número total de
cromosomas y una coma, y el par sexual, si es XY es hombre, si es XX es mujer. Ahora si
hay uno extra entonces se pone 47, XX; 47, XY más 21 o más 18 o más 13, bueno, esas
son las trisomías más comunes, el síndrome de Down, el síndrome de Edwards y el
síndrome de Patau. Pero eso lo van a ver luego, todos los gametos contienen 22 autosomas
y un cromosoma sexual que puede ser X o Y, y por lo tanto el sexo de la dependencia lo va
a determinar pues el hombre, porque se van a generar espermatozoides que contienen 22
autosomas y un cromosoma sexual que puede ser X o Y, entonces la mujer solo va a
producir óvulos que contienen 22 autosomas y un cromosomas X. Entonces el hombre es el
que va a determinar el sexo de sus hijos.

Genoma-Transcriptoma-Proteoma:

Dice, qué es el ​genoma​, estas son varias definiciones: Todo el conjunto de genes de una
persona, esta es la definición más común; otra, todo el ADN (material genético) contenido
en un organismo o una célula, que incluye tanto los cromosomas dentro del núcleo como el
ADN en las mitocondrias, sí, el genoma incluye tanto DNA nuclear como DNA mitocondrial;
el genoma humano es la codificación genética en la que están contenidas todas las
informaciones hereditarias y de comportamiento del ser humano, entonces todas las
informaciones hereditarias, bueno, sí; tan solo porta la información necesaria para una
expresión perfectamente coordinada y regulada del conjunto de proteínas que conforman el
proteoma, siendo este el encargado de ejecutar la mayor parte de las funciones celulares,
entonces aquí es más restrictiva esta definición de genoma porque solamente nos dice que
son las secuencias que codifican para el conjunto de proteínas de una célula en un
momento determinado, esto se llama proteoma; pero la definición más aceptada y pues con
la que yo estoy de acuerdo y que les comparto es que el conjunto de genes de una persona
es el genoma humano, el conjunto de genes de un ser humano que están contenidos en el
DNA nuclear y en el DNA mitocondrial.

Entonces, el ​conjunto de genes de una persona se llama el ​genoma ​y el ​conjunto de

RNAs que se transcriben en un momento ​dado bajo ciertas circunstancias constituye el
transcriptoma ​y ​las proteínas que se sintetizan a partir de estos RNA mensajeros que
se sintetizan se llaman el ​proteoma​, entonces estas dos definiciones si son diferentes,
porque una cosa son como se expresan los genes en ayunas, cuando he comido, después
de que me dieron un susto, después de que dormí, después de que no dormí, entonces la
expresión de los genes cambia. Hay estudios, digamos que es el boom de la genética es la
epigenética​, cómo se regulan la expresión de genes en un nivel superior a la secuencia de
los nucleótidos, entonces hoy hay estudios de cómo se puede modificar la expresión de los
genes con charlas de un psicólogo, realizando yoga, haciendo meditación; hay muchos
trabajos demostrando que este tipo de actividades pueden llegar a modificar la expresión de
los genes ¿no? Como la expresión de los genes cambia dependiendo de las condiciones
del medio ambiente donde está el organismo. La transcriptómica y la proteómica son
ciencias que estudian al transcriptoma y al proteoma respectivamente; ​el proteoma y el
transcriptoma en diferentes momentos de la célula es distinto​, y es distinto el conjunto
de RNAs, de proteínas de unas células normales a unas células cancerígenas, entonces
hoy en día, uno toma una muestra de un tumor, le extrae los RNAs, puede tomar de ese
mismo tejido células sanas y comparar cual es la diferencia de RNAs, esto se hace a través
de una técnica para mirar todos los RNAs, a través de una técnica de microchips, se llama
microarreglos, esto lo vamos a ver más adelante cuando veamos técnicas de biología
molecular, son técnicas que hoy en día nos permiten estudiar miles de genes al mismo
tiempo; lo mismo las técnicas de proteoma, estudiar proteínas es algo difícil, complejo, pero
hoy en día existen técnicas que nos permiten estudiar todas las proteínas que se sintetizan
en un tejido o una célula y nos permiten aproximarnos a ver la alteración de una proteína o
conjuntos de proteínas relacionados con alguna vía en una patología particular.

Esas son lo que llaman las ​ciencias ómicas: la genómica, la transcriptómica, la

proteómica, la metabolómica​, cuando uno estudia el conjunto de metabolitos, uno puede
llegar, tomar un tejido, extraer todos los metabolitos y estudiar estos metabolitos, que
metabolitos y en qué cantidades, y uno puede llegar a establecer qué vía metabólica está
alterada mirando estos metabolitos, o sea, hoy en día el avance de la tecnología y de las
ciencias de la computación permiten hacer cosas que hace unos años era imposible.
Antiguamente estudiábamos genes individuales, proteínas individuales; hoy en día las
técnicas nos permiten estudiar todo al mismo tiempo, todos los genes, todos los RNAs,
todas las proteínas. Era al costoso, pues sigue siendo costoso, pero entre más se
populariza algo pues los precios van bajando.

En este cuadrito simplemente tenemos, nos

comparan los tamaños de los genomas,
entonces dense cuenta de que en la primera
que tenemos ahí es la bacteria E. Coli, que es
un modelo muy común en bioquímica y en
genética, es un procariota, tiene 4 millones y
medio de pares de bases, de nucleótidos, 4.6
megabases y ahí están contenidos 4400
genes. La levadura de cerveza, la
saccharomyces cerevisiae, 12 millones de
pares de bases, 5800 genes; el caenorhabditis
elegans, que es un gusano plano muy
utilizado, un modelo muy utilizado en genética, 97 millones de pares de bases, 19000
genes; la arabidopsis thaliana que es una planta, un modelo muy utilizado en genética
vegetal, 125 millones de pares de bases, 25500 genes, la drosophila melanogaster, que es
la mosca de la fruta, un modelo muy muy utilizado en genética, 180 megabases, 13700
genes; el oryza sativa que es el arroz, un modelo muy utilizado en genética vegetal de
plantas, 466 millones de pares de bases, dense cuenta, entre 45000 a 55000 genes; el mus
musculus, que es el ratón, 2500 millones de pares de bases, ya cercano al humano el
tamaño del genoma, 29000 genes, incluso más que el ser humano y los humanos que
tenemos 3000 millones de pares de bases y alrededor de 25000 genes.

¿Cómo es la organización del genoma humano?

En primer lugar, hay un material genético en el núcleo que se llama ​genoma nuclear​, y uno
en la mitocondria que se llama genoma mitocondrial​, ese conjunto de genomas forma el
genoma humano. En las mitocondrias es un DNA circular de 16600 pares de bases (KgB)
que contiene información para la síntesis de 37 genes: 2 codifican para RNA ribosomal, 22
para RNA transferencia y 13 genes para proteínas; estas últimas hacen parte básicamente
de las proteínas de la cadena respiratoria, en mayor parte estas están sintetizadas en el
genoma nuclear (solamente 13 proteinas mitocondriales estan codificadas por el DNA
mitocondrial).

¿Cómo se organiza el DNA nuclear?

Son 3 mil millones de pares de bases en el genoma haploide y 6 mil millones en el genoma
diploide, solamente el ​25 % ​de esas secuencias son ​genes o están relacionadas con
genes​, el otro ​75% ​de esos pares de bases se llaman ​DNA extragénico​. De este ​25%
solamente el 10% de él es ​DNA codificante (es decir 2,5% del DNA que codifica para
proteínas) el restante 90% corresponde a ​DNA no codificante q ​ ue está relacionado con
genes pero que no se traduce: Pseudogenes, fragmentos génicos, intrones y las secuencias
no traducidas (los UTRs). Del ​DNA extragénico (75%) ​se divide en dos clases: el DNA que
se encuentra en una sola copia (65%) y el DNA muy repetitivo (40%); esas secuencias
repetitivas pueden estar agrupadas y se llaman ​repeticiones en tándem o agrupadas
(como los microsatélites, megasatelites, alfa y satélites), o pueden estar dispersas y se
llaman ​repeticiones intercaladas ​(SINEs, LINEs y secuencias relacionadas con los
transposones).
⇒ En la imagen se representa el genoma mitocondrial (dos cadenas dobles circular que se
parece mucho al genoma bacteriano y por sus características hay una fuerte tendencia a
tomar como verdadera el origen de las mitocondrias como una simbiosis de las procariotas
y las eucariotas en la antigüedad) que dependiendo de la cantidad de guaninas y adeninas
(purinas) se le llama la ​cadena H o cadena pesada​, y la cadena con más pirimidinas se le
conoce como ​cadena liviana​. Ese DNA la mayor parte es codificante (contrario a lo que
pasa con el DNA nuclear) exceptuando la ​región hipervariable que no codifica para
proteínas, RNA ribosomal o RNA de transferencia. La síntesis del DNA cuando se replica
empieza en posiciones diferentes pues cada cadena se replica de forma independiente, es
decir, no se forma una horquilla única que corra en sentidos contrarios pues cada hebra y
promotor es independiente. Como se tiene un único promotor todos los genes se
transcriben al mismo tiempo y se sintetiza un el proceso de transcripción (​transcripción
policistrónica​).
Normalmente los genes procariotas son policistrónicos: 1 promotor y 4 genes o más se
sintetizan de una vez. En cambio, los genes eucariotas normalmente son monocistrónicos:
cada uno tiene su región promotora y es regulado independientemente, pero hay genes
como las histonas o del RNA ribosomal que son policistrónicos: genes agrupados en una
región donde se sintetizan con un solo promotor el RNA mensajero.

La polimerasa de la síntesis del DNA mitocondrial se llama la ​polimerasa gamma​, y las

polimerasas del DNA nuclear son varias: alfa, beta, delta, epsilon, entre otras. (la más
común son las ​deltas​ y ​épsilon​).

⇒ La herencia del DNA mitocondrial es de origen materno, es decir, el DNA del óvulo es el
que recibimos todos (aunque hay estudios que intentan incluir el DNA del
espermatozoide). Cada célula tiene un número distinto de mitocondrias (el tejido con
mayor cantidad es el nervioso y muscular, por lo que un problema mitocondrial podría
generar neuropatías o miopatías).El 93% del DNA mitocondrial es modificante, y de
esos 37 genes 28 están en la cadena H y 9 en la cadena L. (son 25 mil distintos tipos de
genes).
 ​Ejemplo de genes solapados:​ como en el genoma mitocondrial una misma secuencia
codifica de una posición a otra para la ATPasa 8, y en unos nucleótidos más abajo empieza
la secuencia que codifica para otra enzima para la ATPasa 6.