Para poseer un concepto en el primer grado de claridad sólo se requiere de la capacidad
para usar un término; para poseerlo en el segundo grado, únicamente la capacidad para dar una definición verbal. Sin embargo, para poseer un concepto en el tercer grado de claridad se necesita comprender su significado pragmático “pragmático” en el sentido kantiano de pragmatisch, experiencial. “Si uno es capaz de definir con precisión todos los fenómenos experimentales concebibles que la afirmación o la negación de un concepto pueda implicar, tendrá una definición completa del concepto, y no habrá absolutamente nada más en él” (5.142).
El método de Descartes es un galimatías, que requiere de fingidas dudas “de papel”. No
existe una facultad como la intuición, que presupone el criterio de la claridad y la distinción de Descartes, ni una conciencia intuitiva de sí mismo, como exige su confianza en el cogito en tanto punto de partida indudable para la reconstrucción del conocimiento. La aspiración de Descartes a la certidumbre está desubicada, y su subjetivo criterio de verdad es viciosamente individualista. Peirce concibe la investigación como una continuación de las exploraciones que los animales hacen de su ambiente. Siguiendo a Alexander Bain, entiende la creencia como algo que implica hábitos de acción y la duda como el estado inestable que resulta de la interrupción de un hábito de creencia debida a una obstinación por parte de la experiencia. Esta duda real y viviente, al contrario de la duda de papel cartesiana, es por lo tanto involuntaria y desagradable. La primitiva base de la actividad cognitiva más compleja del ser humano es un proceso homeostático en el cual el organismo lucha por recuperar el equilibrio, proceso que comienza con una duda y finaliza cuando se llega a un nuevo hábito, a una creencia revisada. Peirce compara cuatro métodos para fijar la creencia. El método de la tenacidad no es más que aferrarse obstinadamente a las creencias que uno tiene, cualesquiera que sean, evitando toda evidencia que pueda desequilibrarlas. El método de la autoridad consiste en someterse a una Iglesia o a un Estado que imponen la conformidad a la creencia. El método apriorístico, favorecido tradicionalmente por los metafísicos, busca fijar la creencia investigando lo que es “agradable a la razón”. Pero los investigadores más refinados, que aspiran a una creencia irrevocablemente establecida, siempre estarán motivados a continuar las investigaciones, sin sentirse jamás plenamente satisfechos con lo que se inclinan a pensar en el presente. Así, la culminación de ese primitivo proceso homeostático es el método científico, el único método, argumenta Peirce, que con el tiempo producirá creencias irrevocablemente estables, a salvo para siempre de la obstinación.