CAP 3: EL GEN INTERRUMPIDO

3.1 Introducción:
 Forma mas simple de un gen  longitud de ADN que corresponde directamente con su
producto de polipéptido
 Genes bacterianos  3N bases nucleicas, codifican N aminoácidos
 Eucariotas  hay ARNr, ARNt, ARNm que se utilizan como transcriptores
o Son mucho mas largos que las transcripciones funcionales que producen
o Pasan por un acortamiento
o Incluye secuencias que pueden interrumpir las regiones en
funcionamiento con el fenotipo, estas secuencias serán
eliminadas del pre-ARNm que se genera

o ARN precursor con genes interrumpidos

o El ARNm maduro solo tiene secuencias de exones
 Exones: secuencias retenidas en el producto de ARN maduro
o Un ARN maduro comienza y termina con los exones que
corresponden a los extremos 5’ y 3’ del ARN
 Intron: secuencias intermedias que son eliminadas en el paso para
ARN maduro

 Un gen interrumpido es un gen mas largo que el ARN maduro

o Hay intrones
o Este gen luego de la transcripción, se obtiene un ARN exactamente complementaria a
la secuencia de ADN original, pero no se puede usar para generar un polipéptido
 Splicing o empalme: los intrones se eliminan del pre-ARNm para generar un ARNm de solo
exones

3.2 Un gen interrumpido tiene exones e intrones:

 Los intrones se eliminan por splicing de ARN en cis
 Si un exón muta, se puede afectar el polipéptido
 Si un intron muta, afecta al procesamiento del ARN y posteriormente afectar la producción de
un polipéptido

 El proceso de splicing mantiene el orden y

correspondencia de genes y polipéptidos
o Los exones unidos están ubicados
transversalmente en el gen y solo en el proceso
de trans-splicing es que diferentes ARNm se
ligan juntos en una sola molécula para la
traducción
 El orden de exones en el gen maduro es el mismo que
el orden que los exones tenían en el pre-ARNm pero en diferentes distancias
 Longitud de un gen  por el transcrito del ARNm principal (gen de origen) y no el maduro

 Las mutaciones en los intrones no pueden afectar directamente la secuencia del polipéptido,
pero pueden afectar su proceso de producción de ARNm ya que el splicing se puede inhibir
 Las mutaciones afectando el proceso de splicing son perjudiciales
o Sustituciones de una base de unión entre intron y exón
o El exón puede quedar fuera del producto, un intron puede quedarse o el splicing se
puede producir en un lugar diferente
o Se puede generar un codón de terminación que acorte la secuencia
  Hay genes eucariontes que no son interrumpidos y que generan un producto correspondiente
al gen
o Los organismos multicelulares sin interrumpidos en su mayoría por lo que el gen es
mucho mas grande que su región codificante

3.3 La composición base de los intrones y exones difieren:

 4 reglas para la composición de bases “Reglas de Chargaff”: 1era regla de Cluster
(racimo) y 2da regla de GC
 La 2da regla sugiere eliminar estructuras en loop del dúplex de ADN, lo que resultaría en su
mayoría de intrones

 1era regla de paridad: complementariedad de bases  A-T C-G

 2da regla de paridad: en localidades cercanas, hay cantidades iguales de A y T, además de C y
G en cada cadena simple del dúplex
o Se aplica mas estrechamente a los intrones que a los exones debido a que un grupo
mayor de purinas tienden a agruparse en una hebra mientras que las pirimidinas en la
otra (Regla de Racimo)
o Debido a que cada hebra tiene un grupo de oligonucleotidos complementario en la
otra hebra sugiere que el ADN dúplex puede excluir estructuras en bucle
 La regla de GC  la proporción total de G+C en un genoma tiene a ser especifico de la
especie
o Tiende a ser mayor en exones que en intrones ¿por qué?

3.4 La organización de los genes interrumpidos pueden ser conservados:

 En genes homólogos comparados de diferentes organismos se pueden identificar las
posiciones de los intrones
 Los intrones no codifican proteínas

 Las regiones del gen que no se encuentran en el

ARNmaduro corresponden a un intron
 Los intrones contienen sitios de restricción que van a
estar ausentes en el ADNc, pero el patrón de los
sitios de restricción de los exones es el mismo

 Un intron no tiene un ORF (secuencia de ARN

comprendida entre un codón de inicio de la
traducción y un codón de terminación), pero se crea en el ARNm por la eliminación del intron

 Los genes eucariotas varían entre si ya que hay muchos ininterrumpidos, pero también hay
algunos interrumpidos, los cuales van a variar en tamaño y numero debido a los intrones

 En genes homólogos, la posición de los exones es similar, pero en

distancias varían debido a los pequeños cambios en la longitud de los
intrones

3.5 En selección negativa, las secuencias de exones se conservan, pero los

intrones varían:
 En comparaciones de genes de diferentes especies se demuestra la conservación de los exones
y las variaciones en las secuencias de los intrones
  Los intrones evolucionan mucho mas rápido que los exones debido a la falta de presión
selectiva en generar alguna secuencia útil

 Los exones de diferentes genes están mas relacionados que sus intrones
 Las sustituciones en exones están mas restringidas por la necesidad de codificar un
polipéptido funcional

 La relación entre exones e intrones se puede verificar mediante un

comparación de matriz de puntos, donde se coloca un punto en cada
posición idéntica en ambos genes
o Línea recta = secuencias idénticas
o Línea rota = no idéntico por lagunas no homologas
 La secuencia de codificación y las áreas de los intrones se conservan
similares, pero hay divergencia en los intrones mas largos y en los lados
de la secuencia codificante
 las divergencias pueden darse por sustituciones de base

 Las secuencias de exones se conservan por selección negativa

o Se da por su selección contra mutaciones que dañen la función del polipéptido
o la Eliminación de un carácter deletéreo de una población por selección natural, que la
nueva mutación no persista
o sirve para la conservación de exones entre especies.

 Las mutaciones se pueden dar de igual manera en intrones y exones, pero las de los exones se
eliminan mas eficazmente por la selección y por que se puede reparar

3.6 Por selección positiva, las secuencias de exones varia, pero la de los intrones se conserva
 Por selección positiva, un individuo con una mutación ventajosa, sobrevive
 Los intrones evolucionan mas lento que exones bajo selección positiva
 Selección positiva: una mutación que confiere un fenotipo ventajoso para un organismo,
puede resultar en supervivencia preferencial
 Por lo que la secuencia del exón va a variar porque evolucionan mas rápido que los intrones
 ¿Qué se conservan en los intrones?
o Secuencias necesarias para el splicing
o Sitios para el splicing
o Sitio-rama
 El orden de las bases se ha adaptado para poder extrudir estructuras tallo-bucle

3.7 Los genes muestran una amplia distribución de los tamaños debido principalmente al
tamaño y numero de variación del intron:
 La longitud total de un gen esta determinado en gran parte por los intrones

 Los genes de insectos no son tan interrumpidos como los de los mamíferos
 Hay especies que tienen genes ininterrumpidos, por lo que la cantidad de exones es menor

 Se cree que los genes han evolucionado por adición de exones que codifican dominios de
proteínas cortas, funcionalmente independiente
 Los exones que codifican polipéptidos son generalmente cortos
 Los intrones varían su tamaños entre los organismos eucariotas y los multicelulares (mas
largos en los vertebrados)

 Genes largos = intrones largos; pero no se van a codificar productos largos

3.8 algunas secuencias de ADN codifican más de un polipéptido:
 Existen los codones alternativos con diferentes inicios y terminaciones
 Si el ARNm se lee en diferentes marcos de lectura se pueden producir diferentes polipéptidos
 Pueden ser generados por el splicing alternativo (incluye la forma de incluir o excluir exones,
o de elegir exones alternativos)

 Una sola cadena puede tener dos codones de inicio en el

mismo marco de lectura
 La expresión de la proteína puede empezar en diferentes
puntos, habiendo al posibilidad de codificados proteínas del
gen, de diferentes longitudes

 Gen de solapamiento: codifica dos proteínas no homologas

porque utiliza mas de un marco de lectura
o Un gen anidado se produce cuando un gen completo
se encuentra en el intron de un gen mas grande
 Pueden presentarse interruptores en la vía del splicing lo que va a generar splicing alternativo
o Hay exones opcionales, o pueden haber un par de exones que sean auto-excluyentes
 Splicing alternativo: crea diferentes patrones en
la secuencia del gen
o Altera los exones que son incluidos en el
gen que va a ser transcrito
o Se alternan los exones  y  ya que
ambos no pueden ser utilizados en el
mismo ARNm

o Conduce a la inclusión de un exón en algunos

ARNm, mientras deja a otras afuera

 En ocasiones se puede tratar al exón como

parte del intron por lo que es empalmado
con los otros
o Utiliza el mismo pre-ARNm para generar ARNm
con diferentes combinaciones de exones
o Las diferentes vías del splicing alternativo se
pueden expresar al mismo tiempo, pero bajo
diferentes tipos de células
o Genera diferentes polipéptidos con secuencias
relacionadas de un solo tramo de ADN

3.9 Algunos exones corresponden a los dominios funcionales de

proteínas:
 Dominio funcional: parte de la proteína donde se encuentra la mayor densidad, donde hay
mas plegamientos
 En ocasiones los limites de los dominios funcionales son los exones
 Algunos genes comparten solo una parte de sus exones con otros genes y esto sugiere que se
han ensamblado mediante la adición de exones que representan unidades modulares
funcionales de la proteína
  Por selección positiva, a veces se conservan secuencias o se adicionan nuevas secuencias a la
proteína, estas adiciones pueden interrumpir a un dominio (pero se cree que de manera
selectiva y no aleatoria)
 Ej: la inmunoglobulina codificada tiene un dominio funcional
donde tiene un exón
o Tiene dos tipos de cadenas y cada tipo se produce a
partir de un gen que tiene una serie de exones
correspondientes a los dominios estructurales de la
proteína

 Los exones de un gen se identifican con proteínas particulares para la construcción de

funciones. Algunos genes tienen exones únicos
 Hay teorías que exponen que las proteínas se ensamblaron en módulos bien pequeños, por lo
que varios módulos se combinaron para generar una nueva proteína funcional. Por lo que la
proteína adquiere múltiples funciones añadiendo sucesivamente los módulos apropiados
 Los limites exón-intron, se encuentran en la superficie porque son los módulos añadidos mas
recientes

3.10 Los miembros de una familia de genes tienen una organización común:
 Los genes que fueron separados por la evolución, comparten características comunes
 Hay suposiciones de que los intrones no separan dominios funcionales

 Familia de genes: grupo de genes que codifican productos relacionados o idénticos, como
resultado de duplicación de genes
 En cada duplicación, los genes van divergiendo ya que se acumulan las mutaciones, pero en el
caso de encontrar genes muy distantes pero relacionados, se dice que son parte de
superfamilias de genes

 Genes ortólogos son genes homólogos, pero en diferentes especies

 Estos genes pueden perder algún dominio o un intron en la
duplicación evolutiva
 Hay intrones que se han perdido por completo en la rama evolutiva

3.11 Hay muchas formas de información en el ADN:

 La información de un gen se ve por su fenotipo y al fenotipo del
genoma
 Las secuencias se pueden transferir de manera horizontal,
proviniendo de otras especies (aterrizaje de intrones) y verticalmente por el paso de
generaciones

 Información genética  también se relaciona con la información que pasa verticalmente a

través de la línea germinal
 Fenotipo convencional  información que codifica la proteína propia
 Hay información que contribuye al fenotipo del genoma, donde se van a ver los pliegues,
cargas de AG (purina) y carga de GC

 Hay genes que codifican productos, pero a su vez, que pueden influir en la expresión de otros
genes
 También existe la información posicional que demuestra las diferencias de posición de la
misma secuencia en diferentes células

 El ingreso de información horizontal no solo tiene el fin de mantener al producto generado

sino, también de protegerlo, entonces en ocasiones se necesitan defensas. Esta información
agregada es requerida por las siguientes generación por lo que pasa verticalmente por el
genoma