Taller Diseño de Primers

Integrantes:

• Laura Sanabria
• Ana Sofía Umaña
• Oriana Escobar

1. Análisis básico usando Primer3Plus

Análisis:
Para el diseño de los primer F y R, se tomó la siguiente secuencia del gen ERG11 de C.
albicans: >KM875729.1 Candida albicans isolate 20288.098 Erg11 (ERG11) gene,
complete cds. A partir de la aplicación de Primer3Plus, se realizó el diseño de dichos
primers obteniendo los siguientes resultados:

• El valor obtenido con respecto al Tm del Left Primer fue 60.1 °C y el del Right Primer
fue 59.9 °C. Según lo aprendido en clases y fuentes científicas basadas en el diseño de
Primers, se puede decir que los valores son óptimos ya que la diferencia entre ellas es
muy baja y permiten maximizar el rendimiento. En el que caso de que fuesen más bajas,
habría inespecificidad y si fuesen más altas, tendría un bajo rendimiento y puede que no
se realice la amplificación.
 • El porcentaje de GC reportado para el par fue de 50% tanto para Left como para Right.
Este es un porcentaje óptimo ya es igual para ambas partes y de este modo da
estabilidad de hibridación.
• El tamaño del par de Primers fue entre 20-22pb. Esta longitud es óptima para que el
anillamiento sea único ya que entra en el tamaño óptimo de 18-25. Si fuese más larga
podría afectar la especificidad y la temperatura, y tendría un bajo rendimiento.
A partir del análisis previamente presentado, se puede concluir que este par de Primers
cumple con los parámetros establecidos para poder ser usados.

2. Análisis de estructuras secundarias de los primers.

a. Análisis de Hairpins Loop

b. Análisis de Homodímeros

Tm = 4(G+C) + 2(A+T)

Tm = 4(1) + 2(2)

Tm = 8°C

c. Análisis de Heterodímeros
 Tm = 4(G+C) +2(A+T)

Tm = 4(1) +2(4)

Tm = 12°C

3. Primer BLAST

Preguntas:

a. ¿A qué organismo y gen corresponde esta secuencia?:

Corresponde a C. albicans y al gen ERG11
b. ¿Cuál es el tamaño del fragmento a amplificar?
Su longitud es de 407 pb

c. Teniendo en cuenta los parámetros vistos en clase, ¿cree usted que es una buena pareja
de primers? ¿qué condiciones mejoraría?
Consideramos que sí es una buena pareja de primers porque la mayoría de valores de
los parámetros se encuentran entre los rangos establecidos. Sin embargo, aumentaríamos el
porcentaje de GC para que llegue al menos al 50% y se encuentre en un rango óptimo.

Referencias:
Lacoste, M. (2014). Diseño de Oligonucleótidos. Recuperado de:
https://qbpatologica.files.wordpress.com/2014/08/disec3b1o-de-primers-2014.pdf