Resumen Cap 6

Ciclooxigenasa Ciclooxigenasa-2 (COX-2), mostrada aquí en su forma de monómero, es

una de las dos enzimas COX humanas que catalizan la primera reacción de la conversión del
ácido graso araquidónico de 20 carbonos a prostaglandinas y tromboexanos (Los eicosanoides).
La COX-2 aumenta en los procesos inflamatorios. El ácido acetilsalicílico reduce el dolor y la
inflamación porque inhibe las enzimas COX de manera irreversible.
Dolor, ácido acetilsalicílico y las enzimas Cox
Dolor. Prácticamente todos los humanos están familiarizados con las sensaciones
desagradables de dolor (que van desde molestias leves hasta agonía) y los procesos
inflamatorios que lo acompañan. Todos los tipos de dolor se pueden separar en dos formas:
aguda y crónica. El dolor agudo, resultante de fenómenos como cortes, quemaduras, picaduras
de abejas, huesos rotos y parto, ocurre repentinamente. Los procesos inflamatorios y curativos
que normalmente se desencadenan por estos traumatismos, por lo general, se resuelven en
unos días o, como máximo, en varios meses. El dolor crónico continúa durante largos periodos y
a menudo está relacionado con trastornos a largo plazo, como la artritis reumatoide, la
osteoartritis, el dolor de espalda, la fibromialgia, la neuropatía diabética (Receptores del
núcleo) y el cáncer. El dolor crónico puede comenzar con una lesión, pero en algunos casos
parece comenzar sin ningún daño corporal aparente.
Percepción del dolor
Las señales de dolor se inician cuando los estímulos mecánicos, térmicos o químicos activan
los receptores en las terminaciones nerviosas desnudas de las neuronas sensoriales primarias
llamadas nociceptores. Las células dañadas liberan numerosas sustancias, incluida la sustancia P
de péptidos inflamatorios y la bradicinina, así como óxido nítrico (Neurotransmisores),
histamina (Neurotransmisores) y prostaglandinas (Los eicosanoides), entre otros. Estas
sustancias contribuyen a la percepción del dolor y a los procesos inflamatorios que, por lo
general, conducen a la curación. La prostaglandina E2 (PGE2) promueve todos los signos de
inflamación: enrojecimiento, hinchazón y dolor. Incrementa la percepción del dolor durante la
inflamación al disminuir el umbral para la señalización del dolor en las neuronas sensoriales.
Ácido acetilsalicílico
Durante miles de años, el dolor a menudo se ha aliviado con los extractos de corteza de sauce.
Las investigaciones científicas de la corteza del sauce finalmente dieron como resultado el
descubrimiento de su principio activo: una sustancia amarga llamada salicina, que se convierte
en ácido salicílico en el cuerpo. En 1899 la compañía Bayer comenzó a vender una forma menos
irritante de ácido salicílico en tabletas, llamado ácido acetilsalicílico, o aspirina. El ácido
acetilsalicílico, el medicamento más utilizado en el mundo moderno, inhibe la percepción del
dolor y la inflamación al evitar la conversión de un ácido graso de 20 carbonos llamado ácido
araquidónico en PGG2 (prostaglandina G2), el precursor de un grupo de moléculas llamadas
eicosanoides (prostaglandinas y tromboxanos, Los eicosanoides), que tienen diversas funciones
fisiológicas.

Las enzimas COX

Hay dos formas de PTGS, llamadas COX-1 y COX-2; ambas funcionan como dímeras. La COX-1
es una enzima constitutiva: en otras palabras, se sintetiza regularmente en una amplia
variedad de tejidos donde funciona en numerosos procesos, como la señalización celular y el
mantenimiento de los tejidos (es decir, protección del revestimiento de la mucosa del tubo
digestivo). En contraste, por lo general la COX2 sólo se sintetiza durante los procesos
inflamatorios. El ácido acetilsalicílico inhibe ambas enzimas; este hecho explica varios
posibles efectos secundarios del ácido acetilsalicílico, el más destacado de los cuales es la
hemorragia de tubo digestivo.
Sin enzimas, la mayoría de las miles de reacciones bioquímicas que sustentan los procesos
vivos ocurrirían a velocidades imperceptibles. Las determinaciones recientes de las
velocidades de reacción sin catalizar (no incrementadas) en agua varían de cinco segundos
para la hidratación con CO2 a 1 100 millones de años para la descarboxilación de glicina. En
contraste, las reacciones catalizadas por enzimas típicamente ocurren dentro de marcos de
tiempo que varían de micro a milisegundos. Las enzimas son, de hecho, los medios por los
cuales los organismos vivos canalizan el flujo de energía y materia. Hoy día, como resultado
de la acumulación de evidencia derivada de la dinámica de las proteínas (estudios de
movimiento conformacional) y el análisis del hacinamiento macromolecular, la investigación
de enzimas está experimentando cambios revolucionarios.
PROPIEDADES DE LAS ENZIMAS
Las enzimas tienen varias propiedades notables (cuadro 6.1). Primero, las tasas de
reacciones catalizadas enzimáticamente a menudo son fenomenalmente altas. Se han
observado aumentos de velocidad de 107 a 1019. En segundo lugar, en señalado contraste
con los catalizadores inorgánicos, las enzimas son muy específicas de las reacciones que
catalizan, y rara vez se forman productos secundarios. Finalmente, debido a sus estructuras
relativamente grandes y complejas, las enzimas pueden ser reguladas. Esta es una
consideración especialmente importante en los organismos vivos, que deben conservar
energía y materias primas.
Características clave de las enzimas
Aumentan la velocidad de reacción
Obedecen las leyes de la termodinámica (es decir, sin efecto sobre los valores de Keq)
En las reacciones reversibles catalizan las reacciones hacia adelante y hacia atrás
Usualmente están presentes en bajas concentraciones, porque no son consumidas por
las reacciones
Se controlan mediante mecanismos reguladores
Los estados de transición de sustratos reactivos están unidos a sitios activos de las
enzimas
Catalizadores enzimáticos: aspectos básicos
¿Cómo funcionan las enzimas? La respuesta a esta pregunta requiere una comprobación del
papel de los catalizadores. Por definición, un catalizador mejora la velocidad de una reacción
química, pero la reacción no lo altera de manera permanente. Los catalizadores realizan esta
hazaña porque disminuyen la energía de activación requerida para una reacción química. En
otras palabras, los catalizadores proporcionan una vía de reacción alternativa que requiere
menos energía.
Un catalizador reduce la energía de activación de una reacción.
Un catalizador altera la energía libre de activación Δ G‡, no la energía libre estándar Δ G° de
la reacción. El estado de transición ocurre en el máximo de ambas vías de reacción.
Enzimas: energía de activación y equilibrio de reacción
Para proceder a una velocidad viable, la mayoría de las reacciones químicas requieren un
aporte inicial de energía. A temperaturas superiores al cero absoluto (0 K, o −273.1 °C),
todas las moléculas poseen energía vibratoria, que aumenta a medida que las moléculas se
calientan. Considere la siguiente reacción espontánea:
A medida que aumenta la temperatura, las moléculas vibrantes A y B tienen más
probabilidades de colisionar. Una reacción química ocurre cuando las moléculas en colisión
poseen una cantidad mínima de energía llamada energía de activación (Ea) o, más
comúnmente en bioquímica, energía libre de activación (Δ G‡). No todas las colisiones
provocan reacciones químicas, porque sólo una fracción de las moléculas tiene suficiente
energía o la orientación correcta para reaccionar (es decir, para romper enlaces o
reorganizar átomos en moléculas de producto). El aumento de las colisiones al elevar la
temperatura o aumentar las concentraciones de reactivo puede mejorar las tasas de
formación del producto.
Enzimas y efectos del hacinamiento macromolecular
Las enzimas operan en los organismos vivos en condiciones de hacinamiento (Hacinamiento
macromolecular). Sin embargo, las reacciones catalizadas por enzimas se han investigado
tradicionalmente usando soluciones tampón diluidas. Esta estrategia se basa en el supuesto
simplificador de una solución ideal. Las soluciones ideales, por ejemplo, contienen solutos
en una concentración tan baja que las interacciones como la repulsión estérica o las fuerzas
de atracción son inexistentes. Sin embargo, las reacciones que ocurren en los organismos
vivos se desvían de la idealidad.
Especificidad enzimática
La especificidad enzimática es una propiedad de las enzimas que se explica parcialmente por
el modelo de llave-y-cerradura introducido por Emil Fischer en 1890. Cada enzima se une a
un solo tipo de sustrato, porque el sitio activo y el sustrato tienen estructuras
complementarias. La forma general del sustrato y la distribución de carga le permiten entrar
e interactuar con el sitio activo de la enzima. En una variación moderna del modelo de llave
y cerradura, el modelo de ajuste inducido de Daniel Koshland, se tiene en cuenta la
estructura flexible de las proteínas. En este modelo el sustrato no cabe precisamente en un
sitio activo rígido. En cambio, las interacciones no covalentes entre la enzima y el sustrato
cambian la estructura tridimensional del sitio activo, conformando la forma del sitio activo a
la forma del sustrato en su conformación de estado de transición.
Modelo de ajuste inducido.
La unión al sustrato hace que las enzimas experimenten un cambio conformacional. La
hexocinasa, un polipéptido único con dos dominios, se muestra a ) antes y b ) después de la
unión a la glucosa. Los dominios se mueven entre sí para cerrarse alrededor de una molécula
de glucosa (no se muestra).
CONCEPTOS CLAVE
Las enzimas son catalizadores.
 Los catalizadores modifican la velocidad de una reacción porque proporcionan una vía
de reacción alternativa, que requiere menos energía de activación que la reacción no
catalizada.
La mayoría de las enzimas son proteínas.
CLASIFICACIÓN DE LAS ENZIMAS
En los primeros días de la bioquímica las enzimas se nombraron a voluntad de sus
descubridores. A menudo los nombres de las enzimas no proporcionan pistas sobre su
función (p. ej., tripsina), y a veces se utilizan varios nombres para la misma enzima. Las
enzimas frecuentemente senombran agregando el sufijo -asa al nombre del sustrato.
Las siguientes son las seis categorías principales de enzimas:
1. Oxidorreductasas. Las oxidorreductasas catalizan reacciones de oxidaciónreducción en
las
que se altera el estado de oxidación de uno o más átomos en una molécula. La reducción de
la oxidación en los sistemas biológicos implica reacciones de transferencia de uno o dos
electrones, acompañadas por el cambio compensatorio en la cantidad de hidrógeno y
oxígeno en la molécula. Ejemplos prominentes incluyen las reacciones redox facilitadas por
las deshidrogenasas y las reductasas.
2. Transferasas. Las transferasas son enzimas que transfieren grupos moleculares de una
molécula donante a una molécula aceptora. Dichos grupos incluyen amino, carboxilo,
carbonilo, metilo, fosforilo y acilo (RC═O). Los nombres triviales comunes para las
transferasas a menudo incluyen el prefijo trans; las transcarboxilasas, transmetilasas y
transaminasas son ejemplos.
3. Hidrolasas. Las hidrolasas catalizan reacciones en las que la escisión de enlaces como
C─O,
C─N y O─P se logra mediante la adición de agua. Las hidrolasas incluyen esterasas, fosfatasas
y proteasas.
4. Liasas. Las liasas catalizan reacciones en las que los grupos (p. ej., H2O, CO2 y NH3) son
removidos por eliminación para formar un doble enlace, o se agregan a un doble enlace. Las
descarboxilasas, las hidratasas, las deshidratasas, las desaminasas y las sintasas son
ejemplos de liasas.
5. Isomerasas. Un grupo heterogéneo de enzimas, las isomerasas catalizan varios tipos de
reordenamientos intramoleculares. Las isomerasas del azúcar interconvierten las aldosas
(azúcares que contienen aldehídos) y las cetosas (azúcares que contienen cetonas). Las
epimerasas catalizan la inversión de átomos de carbono asimétricos, y las mutasas catalizan
la transferencia intramolecular de grupos funcionales.
6. Ligasas. Las ligasas catalizan la formación de enlaces entre dos moléculas de sustrato. Por
ejemplo, la ADN ligasa une los fragmentos de la cadena de ADN. Los nombres de muchas
ligasas incluyen el término sintetasa. Varias otras ligasas se llaman carboxilasas.
CATÁLISIS
Por valiosos que sean los cálculos termodinámicos y los estudios cinéticos, no revelan
ninguna información sobre los mecanismos catalíticos reales de las enzimas. [Un mecanismo
describe cómo se rompen los enlaces y se forman otros nuevos en la conversión de
sustrato(s) a producto(s)]. Las investigaciones del mecanismo enzimático buscan relacionar
la actividad enzimática con la estructura y función del sitio activo. Los científicos que
estudian los mecanismos enzimáticos utilizan métodos como la cristalografía de rayos X, la
inactivación química de las cadenas laterales del sitio activo, y el modelado con compuestos
modelo simples como sustratos e inhibidores.
Reacciones orgánicas y estado de transición
Las reacciones bioquímicas siguen el mismo conjunto de reglas que las reacciones
estudiadas por los químicos orgánicos. Las características esenciales de ambos son la
reacción entre átomos deficientes en electrones (electrófilos) y átomos ricos en electrones
(nucleófilos) y la formación de estados de transición. Cada uno se discute brevemente.
Los enlaces químicos se forman cuando un nucleófilo dona un par de electrones a un
electrófilo. Por ejemplo, en la siguiente reacción los electrones π del doble enlace
nucleofílico reaccionarán con un átomo de hidrógeno, parcialmente positivo, de un ion
hidronio electrófilo. Como es todas las reacciones orgánicas, la formación del producto tiene
lugar en varios pasos.
Estabilización del estado de transición
En cualquier reacción química sólo las moléculas que alcanzan la condición activada
conocida como estado de transición pueden convertirse en moléculas producto. La
conversión de una molécula reaccionante estable en una activa es análoga al proceso que
requiere energía para rodar un peñasco redondo cuesta arriba. Una vez que ha alcanzado la
parte superior, sólo un ligero empujón hará que se deslice hacia el otro lado, liberando
energía al hacerlo. La velocidad de una reacción está determinada por el número relativo de
moléculas reactivas que poseen energía suficiente para superar la barrera de energía de
activación (Ea). Las velocidades de reacción aumentan si Ea se puede reducir.
Mecanismo triosa fosfato isomerasa.
La reacción de isomerización donde la dihidroxiacetona fosfato (DHAP) se convierte en
gliceraldehído-3-fosfato (GAP) es un ejemplo de catálisis ácido-base que involucra un
glutamato (Glu 165) y una histidina (His 95) dentro del sitio activo. La reacción comienza
cuando el grupo nucleofílico de glutamato carboxilo extrae un protón del sustrato, y un
residuo de histidina dona un protón para producir el intermediario enediol. El enediol se
colapsa cuando la histidina elimina un protón del grupo hidroxilo C-1, y C-2 extrae un protón
del glutamato protonado para formar el producto GAP.
M
Gráfico de energía para una reacción de dos pasos.
Hay dos estados de transición ( TS1 y TS2) en una reacción de dos pasos. La velocidad
general de la reacción está determinada por la velocidad del paso con la mayor Ea (Δ G‡), en
este caso el primer paso. La reacción intermedia (I), una entidad molecular formada a partir
de la(s) molécula(s) reaccionante(s) que reaccionan más para formar el producto, existe en
el valle entre los picos del estado de transición.
Mecanismos catalíticos
A pesar de la extensa investigación, sólo se conocen en detalle significativo los mecanismos
de unas pocas enzimas. Se sabe que las enzimas alcanzan mayores velocidades catalíticas de
significancia que otros catalizadores porque sus sitios activos poseen estructuras
especialmente adecuadas para promover la catálisis. Varios factores contribuyen a la
catálisis enzimática. Lo más importante de estos factores son los efectos de proximidad y
orientación, los efectos electrostáticos, la catálisis ácido-base y la catálisis covalente. La
tunelización cuántica, ocurre cuando se transfiere hidrógeno. Se debe notar que ninguno de
estos factores catalíticos es mutuamente excluyente. En diversos grados, todos participan en
cada tipo de mecanismo catalítico.
EFECTOS DE PROXIMIDAD Y ORIENTACIÓN.
Para que ocurra una reacción bioquímica, el sustrato debe estar muy cerca de los grupos
funcionales catalíticos (grupos de cadenas laterales implicados en un mecanismo catalítico)
dentro del sitio activo. Este enlace, que es posible debido a interacciones de enlace no
covalentes complementarias entre los grupos funcionales del sitio activo y el sustrato,
permite la orientación precisa del sustrato a los grupos catalíticos. Las reacciones ocurren
más rápido cuando los sustratos se posicionan ventajosamente.
EFECTOS ELECTROSTÁTICOS.
Recuerde que la fuerza de las interacciones electrostáticas está inversamente relacionada
con la hidratación de las especies participantes. Las capas de hidratación aumentan la
distancia entre los centros de carga, y reducen la atracción electrostática. La constante
dieléctrica local es a menudo baja dentro de los sitios activos, debido a la exclusión de agua.
CATÁLISIS GENERAL ÁCIDO-BASE.
La catálisis ácido-base (transferencia de protones) es un factor importante en las reacciones
químicas. Por ejemplo, considere la hidrólisis de un éster:
Como el agua es un nucleófilo débil, la hidrólisis del éster es relativamente lenta en solución
neutra. La hidrólisis del éster tiene lugar mucho más rápidamente si se eleva el pH. A medida
que el ion hidróxido ataca el átomo de carbono polarizado del grupo carbonilo (fig. 6.5a), se
forma un intermediario tetraédrico. Cuando el intermediario se descompone, se transfiere
un protón desde una molécula de agua cercana. La reacción se completa cuando se libera el
alcohol.
Hidrólisis del éster.
Los ésteres se pueden hidrolizar de varias maneras: a ) catálisis por ion hidróxido libre, b )
catálisis básica general, en la que una cadena lateral de aminoácidos en un sitio activo de
enzima acepta un protón, y c ) catálisis ácida general, en la que una cadena lateral del sitio
activo de enzima protona el sustrato. Una flecha de color representa el movimiento de un
par de electrones durante cada mecanismo.
CATÁLISIS COVALENTE.
En algunas enzimas, un grupo de cadena lateral nucleofílica forma un enlace covalente
inestable con un grupo electrófilo en el sustrato. Las serina proteasas usan el grupo
─CH2─OH de serina como nucleófilo para hidrolizar enlaces peptídicos. Durante el primer
paso, el nucleófilo (es decir, el oxígeno de la serina) ataca al grupo carbonilo del sustrato
peptídico. A medida que se forma el enlace éster, el enlace peptídico se rompe. El producto
intermediario de acil-enzima resultante se hidroliza por agua en una segunda reacción:
El papel de los aminoácidos en la catálisis enzimática
Los sitios activos de las enzimas están revestidos con cadenas laterales de aminoácidos que
se encuentran muy cerca, como resultado del proceso de plegamiento de proteínas. Juntas,
estas cadenas laterales crean un microambiente propicio para la catálisis. Las funciones de
las cadenas laterales del sitio activo se dividen en dos categorías principales: catalíticas y no
catalíticas. Los residuos catalíticos participan directamente en el mecanismo catalítico,
mientras que los residuos no catalíticos tienen funciones de soporte. De los 20 aminoácidos
que se encuentran en las proteínas, sólo aquellos con cadenas laterales polares y cargadas
participan realmente en la catálisis. Estos aminoácidos (y sus grupos de cadena lateral) son
los siguientes: serina, treonina y tirosina (hidroxilo); cisteína (tiol); glutamina y asparagina
(amida); glutamato y aspartato (carboxilato); lisina (amina); arginina (guanidinio), e histidina
(imidazol).
El papel de los cofactores en la catálisis enzimática
Además de las cadenas laterales de aminoácidos del sitio activo, muchas enzimas requieren
cofactores no proteicos, es decir, cationes metálicos y coenzimas. Cada grupo tiene
propiedades estructurales y reactividades químicas distintivas.
METALES.
Los metales importantes en los organismos vivos se dividen en dos clases: los metales
alcalinos y alcalinotérreos (p. ej., Na+, K+, Mg2+ y Ca2+) y los metales de transición (p. ej.,
Zn2+, Fe2+ y Cu2+). Los metales alcalinos y alcalinotérreos en las enzimas se unen
libremente y, por lo general, tienen funciones estructurales. Por el contrario, los metales de
transición desempeñan papeles clave en la catálisis, ya sea unidos a grupos funcionales
como los grupos carboxilato, imidazol o hidroxilo, o como componentes de grupos
protésicos como el Fe2+ en el hemo.
Estructura de la anhidrasa α carbónica.
a ) Encontradas con predominio en animales, las anhidrasas carbónicas (CA) α catalizan la
hidratación reversible del CO2. Las CA son, por lo general, metaloenzimas dependientes de
zinc, con una cavidad profunda donde el sitio activo está compuesto en parte por una lámina
β antiparalela. b ) El ion zinc de la anhidrasa carbónica se encuentra en el fondo de una
cavidad en forma de cono, donde está coordinado con tres residuos de histidilo. En ausencia
de moléculas de sustrato, el ion zinc también se coordina con una molécula de agua. En esta
ilustración, el ion zinc se muestra unido a un grupo hidróxido, producto de la aceptación de
un protón de una molécula de agua por un cuarto residuo de histidilo (no mostrado). El
grupo hidróxido atacará posteriormente una molécula de CO2.
COENZIMAS.
Las coenzimas son moléculas orgánicas que proporcionan enzimas con versatilidad química,
porque o bien poseen grupos reactivos que no se encuentran en las cadenas laterales de
aminoácidos, o bien pueden actuar como portadoras de moléculas de sustrato. Algunas
coenzimas están unidas sólo transitoriamente a la enzima y son esencialmente cosustratos,
mientras que otras están fuertemente unidas por enlaces covalentes o no covalentes. A
diferencia de los catalizadores ordinarios, las estructuras de la coenzima son alteradas por
las reacciones en las que participan. Sus formas catalíticamente activas se deben regenerar
antes de que pueda ocurrir otro ciclo catalítico. Las coenzimas unidas transitoriamente, por
lo general, se regeneran mediante una reacción catalizada por otra enzima, mientras que las
coenzimas fuertemente unidas se regeneran durante una etapa del ciclo catalítico. La
mayoría de las coenzimas se derivan de las vitaminas. Las vitaminas (nutrientes orgánicos
requeridos en pequeñas cantidades en la dieta humana) se dividen en dos clases: solubles
en agua y solubles en lípidos. Además, hay ciertas sustancias similares a las vitaminas que los
organismos pueden sintetizar, en cantidades suficientes para facilitar las reacciones
catalizadas por enzimas. Los ejemplos incluyen ácido lipoico, carnitina, coenzima Q,
biopterina, S-adenosilmetionina y ácido p-aminobenzoico.
Vitaminas, moléculas tipo vitaminas y sus formas de coenzima
CONCEPTOS CLAVE
Las cadenas laterales de aminoácidos en el sitio activo de las enzimas catalizan las
transferencias de protones y las sustituciones nucleofílicas.
Otras reacciones requieren cofactores no proteicos, es decir, cationes metálicos y las
coenzimas.
Los iones metálicos son electrófilos efectivos y ayudan a orientar el sustrato dentro del
sitio activo. Además, ciertos cationes metálicos median las reacciones redox.
Las coenzimas son moléculas orgánicas que tienen una variedad de funciones en la
catálisis enzimática.
Efectos de la temperatura y el pH sobre las reacciones catalizadas por
enzimas
Cualquier factor ambiental que altere la estructura de la proteína puede cambiar la actividad
enzimática. Las enzimas son especialmente sensibles a los cambios de temperatura y pH.
TEMPERATURA.
Todas las reacciones químicas se ven afectadas por la temperatura. En general, a medida
que aumenta la temperatura, aumentan las velocidades de reacción; es decir, aumenta el
número de colisiones y más moléculas tienen energía suficiente para entrar en el estado de
transición. Las tasas de reacciones catalizadas por enzimas también se incrementan al
aumentar la temperatura. Sin embargo, las enzimas son proteínas que se desnaturalizan a
altas temperaturas. La temperatura óptima de una enzima, la temperatura a la que opera
con la máxima eficiencia, se determina en el laboratorio bajo condiciones específicas de pH,
fuerza iónica y concentraciones de soluto. En los organismos vivos no existe una única
temperatura óptima definible para las enzimas.
Efecto de la temperatura sobre la actividad enzimática.
Los aumentos moderados en la temperatura aumentan la velocidad de las reacciones
catalizadas por enzimas, debido a un aumento en el número de colisiones entre la enzima y
el sustrato. Finalmente, el aumento de la temperatura disminuye la velocidad de reacción.
La actividad catalítica se pierde cuando el calor desnaturaliza la enzima.
PH.
La concentración de iones de hidrógeno, expresada como un valor de pH, afecta a las
enzimas de varias maneras. Primero, la actividad catalítica está relacionada con el estado
iónico del sitio activo. Los cambios en la concentración de iones de hidrógeno pueden
afectar la ionización de los grupos de sitios activos (Amortiguadores fisiológicos). Por
ejemplo, la actividad catalítica de cierta enzima requiere la forma protonada de un grupo
amino de cadena lateral del sitio activo. Si el pH se vuelve tan alcalino que el grupo pierde su
protón, la actividad de la enzima se puede reducir.
Efecto del pH en dos enzimas.
Cada enzima tiene un cierto pH al cual es más activo. Un cambio en el pH puede alterar los
grupos ionizables dentro del sitio activo, o afectar la conformación de la enzima.
Mecanismos detallados de catálisis enzimática
Cada una de las miles de enzimas que se han investigado tienen una estructura, especificidad
de sustrato y mecanismo de reacción únicos. Los mecanismos de una variedad de enzimas se
han investigado intensamente durante las últimas décadas. Las subsecciones que siguen
describen los mecanismos catalíticos de dos enzimas bien caracterizadas.
QUIMOTRIPSINA.
La quimotripsina es una proteína de 27 000 Da que pertenece a las serina proteasas. Los
sitios activos de todas las serina proteasas contienen un conjunto característico de residuos
de aminoácidos, a menudo referidos como la triada de serina proteasa (El papel de los
aminoácidos en la catálisis enzimática). En el sistema de numeración de la quimotripsina,
estos son el Asp 102, His 57 y Ser 195. Los estudios de enzimas cristalizadas unidas a
análogos de sustrato revelan que estos residuos están cerca uno del otro en el sitio activo.
Mecanismo probable de acción de la quimotripsina.
Hay una etapa de acilación rápida durante la cual el extremo carbonilo del enlace peptídico
objetivo del sustrato se transfiere a la enzima para formar un aducto acil-enzima, y el
extremo amino del sustrato abandona el sitio activo. Sigue una segunda desacilación lenta
de la enzima, liberando el extremo carbonilo del sustrato.
ALCOHOL DESHIDROGENASA. Los alcoholes deshidrogenasas (ADH) (fig. 6.10) son un grupo
diverso de enzimas que se distribuyen en los tres dominios de organismos vivos (Bacteria,
Archaea y Eukarya). Catalizan la oxidación reversible de los alcoholes para formar aldehídos
o cetonas. En la siguiente reacción, la oxidación del etanol, dos electrones y dos protones se
eliminan de la molécula de alcohol. La coenzima NAD+ actúa como un aceptor de iones
hidruro (H:−).
Alcohol deshidrogenasa humano.
En los humanos las deshidrogenasas alcohólicas son oxidorreductasas que funcionan como
dímeros, con un ion de zinc unido al sitio activo en cada subunidad. Las subunidades están
alineadas antiparalelas entre sí. Cuando se forma el dímero, los dos dominios de unión a
NAD, cada uno de los cuales contiene hebras β, forman una lámina plegada β con 12 hebras.
CONCEPTOS CLAVE
Cada enzima tiene una estructura única, especificidad de sustrato, y mecanismo de reacción.
Cada mecanismo se ve afectado por factores promotores de la catálisis, determinados por la
estructura del sustrato y el sitio activo de la enzima.
La mayoría de las ADH consisten en dos o cuatro subunidades, cada una de las cuales
contiene dos iones de zinc. Un ion de zinc, ubicado en el sitio activo, es crucial para la
catálisis, mientras que el otro tiene una función estructural que promueve la estabilidad de
la enzima.
Grupos funcionales del sitio activo de la alcohol deshidrogenasa.
a ) Sin un sustrato, una molécula de agua es uno de los ligandos del ion Zn2+. b ) El sustrato
de etanol probablemente se une al Zn2+ como el anión alcoholato, desplazando la molécula
de agua. c ) El NAD+ acepta un ion hidruro del sustrato, y se forma el producto aldehído.
Estudios cinéticos de enzimas.
a ) Conversión de sustrato a producto por unidad de tiempo. La pendiente de la curva en t =
0 es igual a la velocidad inicial de la reacción. b ) Gráfico de la velocidad inicial v versus la
concentración del sustrato [S]. La velocidad de la reacción es directamente proporcional a la
concentración del sustrato sólo cuando [S] es baja. Cuando [S] se vuelve lo suficientemente
alta como para saturar la enzima, la velocidad de la reacción es de orden cero con respecto
al sustrato. A concentraciones intermedias de sustrato, la reacción tiene un orden mixto (es
decir, el efecto del sustrato sobre la velocidad de reacción está en transición).
CONCEPTOS CLAVE
La cinética enzimática es el estudio cuantitativo de la catálisis enzimática.
Los estudios cinéticos miden las velocidades de reacción y la afinidad de las enzimas por
los sustratos y los inhibidores.Los estudios cinéticos miden las velocidades de reacción y
la afinidad de las enzimas por los sustratos y los inhibidores.
La cinética también proporciona una visión más profunda de los mecanismos de
reacción.
CONCEPTOS CLAVE
El modelo cinético de Michaelis-Menten explica varios aspectos del comportamiento de
muchas enzimas.
Cada enzima tiene una Km característica para un sustrato particular en condiciones
específicas.
REACCIONES DE DOBLE DESPLAZAMIENTO.
En un mecanismo de doble desplazamiento o “ping pong”, el primer producto se libera antes
de que el segundo sustrato se una.
En esta reacción la enzima es alterada por la primera fase de la reacción. Después la enzima
se restaura a su forma original durante la segunda fase, en la cual el segundo sustrato se
convierte en producto. Las reacciones de transaminación (Reacciones de los grupos amino),
las interconversiones de aminoácidos α y cetoácidos α, catalizadas por un grupo de
transaminasas, son ejemplos de reacciones de doble desplazamiento.
Inhibición de enzimas
La actividad de las enzimas puede ser inhibida. Las moléculas que reducen la actividad de
una enzima, llamadas inhibidores, incluyen muchos medicamentos, antibióticos,
conservadores de alimentos, venenos, y metabolitos de los procesos bioquímicos normales.
Las investigaciones de inhibición enzimática e inhibidores realizadas por bioquímicos son
importantes por varias razones. Primero, en los sistemas vivos, la inhibición enzimática es un
medio importante por el cual se regulan las vías metabólicas. Numerosas biomoléculas
pequeñas se utilizan de forma rutinaria para modular la velocidad de reacciones enzimáticas
específicas, de manera que las necesidades del organismo se satisfagan constantemente.
NHIBIDORES COMPETITIVOS.
Los inhibidores competitivos se enlazan de manera reversible a la enzima libre, no al
complejo ES, para formar un complejo inhibidor enzimático (EI).
El sustrato y el inhibidor compiten por el mismo sitio en la enzima. Tan pronto como se une
el inhibidor, se bloquea el acceso del sustrato al sitio activo. La concentración del complejo
EI depende de la concentración de inhibidor libre y de la constante de disociación.
INHIBIDORES NO COMPETITIVOS.
En algunas reacciones catalizadas por enzimas, un inhibidor puede unirse tanto a la enzima
como al complejo enzima-sustrato:
En tales circunstancias, denominadas inhibición no competitiva, el inhibidor se une a un sitio
distinto del sitio activo. La unión del inhibidor da como resultado una modificación de la
conformación de la enzima, que impide la formación del producto. Los inhibidores no
competitivos tienen poca o ninguna semejanza estructural con el sustrato, pero pueden
influir en la unión del sustrato si sus sitios de unión están muy cerca del sitio de unión al
sustrato.
CONCEPTOS CLAVE
La inhibición reversible de enzimas puede ser competitiva, no competitiva o
acompetitiva.
Los inhibidores competitivos compiten reversiblemente con el sustrato por el mismo
sitio sobre la enzima libre.
Los inhibidores no competitivos se pueden enlazar tanto a la enzima como al complejo
enzima-sustrato, porque se enlazan a un sitio fuera del sitio activo.
Los inhibidores acompetitivos se enlazan sólo al complejo enzima-sustrato, no a la
enzima libre.
Los inhibidores irreversibles, por lo general, se unen en forma covalente a la enzima.
ENZIMAS ALOSTÉRICAS.
Aunque el modelo Michaelis-Menten es una herramienta valiosa, no explica las propiedades
cinéticas de muchas enzimas. Por ejemplo, las gráficas de velocidad de reacción versus
concentración de sustrato para muchas enzimas con múltiples subunidades a menudo son
sigmoidales, en lugar de hiperbólicas como predice el modelo de Michaelis-Menten. Tales
efectos se observan en un grupo importante de enzimas llamadas enzimas alostéricas. Tenga
en cuenta que la curva de unión al sustrato en la figura 6.23 se asemeja a la curva de unión a
oxígeno de la hemoglobina (Proteínas globulares).
REGULACIÓN DE ENZIMAS
Los organismos vivos tienen mecanismos sofisticados para regular sus vastas redes de vías
bioquímicas. La regulación es esencial por varias razones:
1. Mantenimiento de un estado ordenado. La regulación de cada vía da como resultado
la
producción de las sustancias necesarias para mantener la estructura y función celular de
manera oportuna, y sin desperdiciar recursos.
2. Conservación de la energía. Las células aseguran que consumen suficientes nutrientes
para satisfacer sus necesidades energéticas controlando constantemente las reacciones
generadoras de energía.
3. Capacidad de respuesta a los cambios ambientales. Las células pueden hacer
ajustes
relativamente rápidos a los cambios de temperatura, pH, fuerza iónica y concentraciones de
nutrientes, porque pueden aumentar o disminuir las velocidades de reacciones específicas.
Control genético
La síntesis de enzimas en respuesta a las necesidades metabólicas cambiantes, un proceso
denominado inducción enzimática, permite que las células respondan eficientemente a los
cambios en su entorno. Por ejemplo, las células de E. coli cultivadas sin el azúcar lactosa
inicialmente no pueden metabolizar este nutriente cuando se introduce en el medio de
crecimiento de la bacteria.
Modificación covalente
Algunas enzimas están reguladas por la interconversión reversible entre sus formas activas e
inactivas. Varias modificaciones covalentes de la estructura enzimática causan estos cambios
en la función. Muchas de estas enzimas tienen residuos específicos que pueden fosforilarse
y desfosforilarse. Por ejemplo, la glucógeno fosforilasa cataliza la primera reacción en la
degradación del glucógeno, una molécula de almacenamiento de energía de carbohidratos.
En un proceso controlado por hormonas, la forma inactiva de la enzima (glucógeno
fosforilasa b) se convierte en la forma activa (glucógeno fosforilasa a) mediante la adición de
un grupo fosfato a un residuo de serina específico.
Compartimentación
La compartimentación creada por la infraestructura celular es un medio importante para
regular las reacciones bioquímicas, porque la separación física hace posible el control por
separado. La compleja arquitectura interna de las células contiene compartimentos (p. ej.,
organelos eucariotas) y microcompartimentos de diversos tipos (p. ej., enzimas individuales,
o complejos multiproteicos unidos a membranas o filamentos citoesqueléticos).
La compartimentación celular resuelve varios problemas interrelacionados:
1. Divide y controla. La separación física de las reacciones de la competencia (es decir,
aquellas que desharían a la otra, como las cinasas y las fosfatasas) permite una regulación
coordinada que evita la disipación innecesaria de recursos.
2. Barreras de difusión. Dentro de las células abarrotadas, la difusión de las moléculas
del
sustrato es un factor potencialmente limitante en las velocidades de reacción. Las células
evitan este problema creando microambientes en los que se concentran las enzimas y sus
sustratos, así como mediante la canalización de metabolitos: la transferencia de moléculas
de producto de una enzima a la siguiente en un complejo multienzimático.
3. Condiciones de reacción especializadas. Ciertas reacciones requieren un entorno
con
propiedades únicas. Por ejemplo, el bajo pH dentro de los lisosomas facilita las reacciones
hidrolíticas.
4. Control de daños. La segregación de productos de reacción potencialmente tóxicos
protege otros componentes celulares.
CONCEPTOS CLAVE
Todas las vías bioquímicas están reguladas para mantener el estado ordenado de las
células vivas.
La regulación se realiza mediante control genético, modificación covalente de enzimas,
regulación alostérica y compartimentación celular.
RESUMEN DEL CAPÍTULO
1. Las enzimas son catalizadores biológicos. Mejoran las velocidades de reacción porque
proporcionan una vía de reacción alternativa que requiere menos energía que una reacción
no catalizada. A diferencia de algunos catalizadores inorgánicos, la mayoría de las enzimas
catalizan reacciones a temperaturas moderadas. Además, las enzimas son específicas de los
tipos de reacción que catalizan. Cada tipo de enzima tiene una superficie de enlace única e
intrincada, llamada sitio activo. El sustrato se une al sitio activo de la enzima, una pequeña
hendidura o grieta en una molécula de proteína grande. En el modelo de cerradura y llave de
acción enzimática, las estructuras del sitio activo de la enzima y del estado de transición del
sustrato son complementarias. En el modelo de ajuste inducido, se supone que la molécula
de proteína es flexible.
2. Las enzimas se clasifican y nombran de acuerdo con el tipo de reacción que cataliza cada
una. Hay seis categorías principales de enzimas: oxidorreductasas, transferasas, hidrolasas,
liasas, isomerasas y ligasas.
3. Las enzimas usan los mismos mecanismos catalíticos que los catalizadores no enzimáticos.
Varios factores contribuyen a la catálisis enzimática: efectos de proximidad y orientación,
efectos electrostáticos, catálisis ácido-base y catálisis covalente. Las combinaciones de estos
factores afectan los mecanismos enzimáticos.
4. Las cadenas laterales de aminoácidos del sitio activo pueden facilitar la transferencia de
protones y las sustituciones nucleofílicas, y estabilizar el estado de transición. Muchas
enzimas usan cofactores no proteicos (metales y coenzimas) para facilitar las reacciones.
5. Las enzimas son sensibles a factores ambientales como la temperatura y el pH. Cada
enzima tiene una temperatura óptima y un pH óptimo, que se determinan en el laboratorio.
6. La cinética enzimática es el estudio cuantitativo de la catálisis enzimática. Según el modelo
de Michaelis-Menten, cuando el sustrato S se une en el sitio activo de una enzima E, se
forma un complejo de estado de transición ES. Durante el estado de transición, el sustrato se
convierte en producto. Después de un tiempo, el producto se disocia de la enzima. El
símbolo Vmáx representa la velocidad máxima para la reacción, y
Km es una constante de velocidad llamada constante de Michaelis. Las determinaciones
experimentales de Km y Vmáx se realizan con gráficos doble- recíprocos de Lineweaver-Burk.
7. El número de recambio (kcat) es una medida del número de moléculas de sustrato
convertidas en producto por unidad de tiempo por una enzima, cuando está saturada con
sustrato. Como la [S] es relativamente baja en condiciones fisiológicas ([S] << Km), la
constante de especificidad kcat/ Km es un indicador más confiable de la eficiencia catalítica
de las enzimas.
8. La inhibición de la enzima puede ser reversible o irreversible. En la inhibición reversible, el
inhibidor puede disociarse de la enzima. Los tipos más comunes de inhibición reversible son
competitivos, no competitivos y acompetitivos. Las suposiciones de la ley de acción de
masas en las que sebasan los análisis enzimáticos in vitro no parecen ser ciertas en el
espacio interior, abarrotado y heterogéneo, de los organismos vivos. Los inhibidores
irreversibles, por lo general, se unen en forma covalente a las enzimas.
9. El modelo de Michaelis-Menten no explica las propiedades cinéticas de las enzimas
alostéricas. La mayoría de las enzimas alostéricas son proteínas de múltiples subunidades. La
unión del sustrato o efector a una subunidad afecta las propiedades de unión de otras
subunidades.
10. Las reacciones químicas en las células vivas se organizan en una serie de vías bioquímicas.
Las vías se controlan principalmente ajustando las concentraciones y actividades de las
enzimas a través del control genético, la modificación covalente, la regulación alostérica, y la
compartimentación.

Amino acidos esenciales: histidina, isoleucina, leucina, lisina, metionina, fenilalanina, treonina,
triptófano y valina.
Los aminoácidos no esenciales incluyen: alanina, arginina, asparagina, ácido aspártico, cisteína,
ácido glutámico, glutamina, glicina, prolina, serina y tirosina.
Los aminoácidos condicionales incluyen: arginina, cisteína, glutamina, tirosina, glicina, ornitina,
prolina y serina.

Oxidorreductasas:

• Deshidrogenasas
• Oxidasas
• Reductasas
• Peroxidasas
• Catalasas
• Oxigenasas
• Hidroxilasas
Transferasas:

• Transaldolasas y transcetolasas
• Acil-, metil-, glucosil- y fosforil- transferasas
• Quinasas
• Fosfomutasas
Hidrolasas:

• Esterasas
• Glucosidasas
• Peptidasas
• Fosfatasas
 • Tiolasas
• Fosfolipasas
• Amidasas
• Desaminasas
• Ribonucleasas
liasas

• Descarboxilasas
• Aldolasas
• Hidratasas
• Deshidratasas
• Sintasas
• Liasas
Isomerasas

• Racemasas
• Epimerasas
• Isomerasas
• Mutasas
Ligasas

• Sintetasas
• Carboxilasas

EC(2)7.1.2.
2: transferasa
7: fosfotransferasa
1: el aceptor es un grupo OH
2: es un OH de la D-glucosa el que acepta el grupo
fosfato.