Clase 1 16 marzo Introducción

¿Qué estudia la Bioquímica? Componentes moleculares de la célula de E. Coli

¿Qué porcentajes de estas moléculas y biomoléculas tenemos
“Conocimiento de la vida en términos moleculares. dentro de una célula?
Entendimiento de cómo miles de moléculas interactúan en los
organismos vivos para mantener y perpetuar la vida” ¿Por qué son tan abundantes las proteínas? Porque actúan como
enzimas, como catalizadores de procesos biológicos. Esta es la
La Célula animal y sus organelos función más importante.
¿Dónde se obtiene la mayoría de la energía que genera una
Hay funciones de transporte, por ejemplo, de oxígeno. También
célula? La energía se obtiene en la mitocondria, pero también en
actúa como soporte estructural (proteínas como colágeno, piel,
el citosol.
huesos, tendones) y como hormona o señales (en metabolismo
Niveles de organización a nivel celular animal).
Si descomponemos la célula en las biomoléculas o en sus
componentes químicos básicos vamos a llegar a 4 biomoléculas
(Proteínas, lípidos, carbohidratos y ácidos nucleicos).

Por ejemplo, en el caso del material genético, los genes están

compuestos por cromatina, pero a su vez la cromatina es un
complejo entre DNA y proteínas y el DNA, es la biomolécula
relevante que contiene la información genética y que a su vez
está formado por nucleótidos, un azúcar y una base nitrogenada
que tiene grupos donores (NH2) y aceptores (C=O) de puentes
de hidrógeno, esta unión por puentes es lo que permite formar
la doble hélice y en el fondo es la base para la duplicación del
ADN. En los nucleótidos hay grupos fosfatos que permiten la
unión entre los distintos desoxirribonucleótidos mediante El metabolismo es un sistema complejo para la obtención y
enlace fosfodiéster.
utilización de energía
La membrana no solo está formada por lípidos, sino que también ¿Cómo un organismo vivo obtiene energía? Es a través del
por proteínas que forman canales. Proteínas es la segunda metabolismo. El metabolismo es un sistema complejo de
biomolécula y están formadas por aminoácidos, su unidad reacciones que permiten obtener y utilizar energía. Si lo vemos
fundamental, estos tienen un grupo amino protonado, un grupo de manera general, el metabolismo tiene dos parte o dos
carboxílico desprotonado y un radical R, el cual es variable y le componentes:
da la identidad a los distintos aminoácidos que son 20. El grupo
amino es factible que realice un ataque nucleofílico sobre el Catabolismo: se trata de la
grupo carboxílico, así es como se forman los enlaces peptídicos, degradación de nutrientes o
luego se alarga la cadena y forma un péptido y finalmente una de moléculas más complejas
proteína. Además, hay propiedades ácido base ya que el grupo hacia moléculas más simples.
amino esta protonado a pH fisiológico y el grupo carboxílico Por ejemplo, degradar
desprotonado, lo que le otorga carga y dependiendo de esas Glucosa a CO2 y Agua. Este
cargas se pueden tener distintas interacciones entre los proceso permite obtener
aminoácidos de una proteína y también distintas energía. La energía se
conformaciones o estructuras de una proteína. guarda, se almacena en
forma química,
Los carbohidratos, en este caso se muestra una célula vegetal, principalmente en forma de
su pared celular compuesta por celulosa y la celulosa a su vez es nucleótido trifosfato como
un polisacárido formado por glucosa. Para nosotros en la célula el ATP y cofactores redox
animal, en cuanto a reducidos como el NADPH.
carbohidratos, va a ser
más importante el Anabolismo: los procesos
glicógeno, que también anabólicos son procesos de
es un polisacárido, el cual síntesis, por lo tanto, utilizan
almacena glucosa y nos moléculas simples para
sirve como reserva de formar moléculas complejas.
energía. También va a ser Por ejemplo, síntesis de carbohidratos, de proteínas, lípidos, etc.
importante la glucosa como fuente de energía para la célula. Estos procesos requieren energía y esta energía es la que
entregaron los procesos catabólicos.

Cada una de esta flechas puede involucrar 20, 50, 100 reacciones
dependiendo de la ruta metabólica que se esté analizando.
Clase 1 16 marzo Introducción
La lógica molecular de los organismos vivos
Esta idea se basa en que en vez de tener un organismo vivo tener
un montón de biomoléculas por separado sin posibilidad de
sintetizarlas a partir de unidades más básicas.
Lo que hace un organismo vivo es precisamente eso, tomar los
bloques fundamentales, las subunidades y unirlas de cierta
manera para formar una biomolécula. Nosotros, es decir,
cualquier ser vivo, sintetizamos nuestras propias moléculas, por
lo tanto, lo que nosotros consumimos en la alimentación son las
unidades base, por ejemplo, si consumimos proteínas, esas
proteínas se degradan a aminoácidos y después utilizamos los
aminoácidos para sintetizar nuestras propias proteínas, por lo Los polisacáridos “almacenan” monosacáridos para la
tanto, da lo mismo de donde venga esa proteína porque la obtención de energía y forman parte de paredes celulares
vamos a degradar, ya sea de origen vegetal o animal. Si hablamos de polisacáridos hay de varios tipos, por ejemplo, el
glucógeno es un homopolisacárido ramificado (de glucosas).

Hay homopolisacáridos
lineales y ramificados,
heteropolisacárido formados
por distintos azucares lineales
y ramificados. No es tan
relevante la categoría sino las
reacciones que ocurren con
ellas.

Los ácidos grasos son cadenas hidrocarbonadas unidas a

un grupo carboxilo
Los 20 tipos de aminoácidos se toman y se ordenan de cierta Forman parte de los lípidos (categoría muy grande)
manera en ciertas secuencias para formar una proteína de la principalmente si hablamos de fuentes de energía nos referimos
misma manera en que nosotros tomaríamos las letras del a los ácidos grasos principalmente de 2 tipos (saturados e
alfabeto y depende de cómo las ordenemos vamos a tener una insaturados).
palabra distinta. En el caso de las proteínas es lo mismo,
Las grasas saturadas ricas en ácidos grasos saturados y las
depende de cómo ordenemos los aminoácidos vamos a tener
grasas insaturadas ricas en ácidos grasos insaturados los cuales
una proteína distinta y si la composición de la proteína es distinta
tienen un doble enlace en conformación cis (los dos carbonos
también su estructura y, por lo tanto, también su función lo será.
apuntando hacia el mismo lado y los dos hidrógenos hacia el otro
Lo mismo pasa con el ADN, lado), esto es lo natural, sabemos también que los ácidos grasos
tenemos 4 letras que son los trans no son de origen natural, se producen en el procesamiento
desoxirribonucleótidos y de algunos alimentos y son nocivos para la salud.
depende de cómo los
ordenemos se formará un gen
distinto. Los genes tienen la
información para la síntesis de
proteínas.

Proteínas y ácidos nucleicos

son dos biomoléculas que son
altamente ordenadas y para
generar ese orden
necesitamos energía. Los ácidos grasos forman parte de otros lípidos
¿Cómo guardamos los ácidos grasos? En el tejido adiposo, que
sirve para guardar la grasa y las guardamos como triglicéridos, el
Los carbohidratos son el principal nutriente para la cual químicamente es un éster entre glicerol (polialcohol) y 3
obtención de energía cadenas de ácidos grasos, las cuales se esterifican por el grupo
En este caso se muestra un carbohidrato, un disacárido bastante carboxílico, pueden ser cadenas iguales o distintas.
simple, la maltosa, formado por dos unidades de glucosa El triglicérido es muy insoluble en agua, o sea, menos que los
(monosacárido). ácidos grasos. Por eso se guardan de esa manera, al ser
El tipo de enlace que se forma entre glucosas es un enlace insolubles se puede guardar una gran cantidad dentro de la
glucosídico. Es decir, monosacáridos se unen y forman célula y la gracia es que no producen problemas de osmosis, el
polisacáridos.
Clase 1 16 marzo Introducción
cual se produce cuando tengo algo muy concentrado dentro de
la célula.
Los fosfolípidos tienen una composición un poco distinta,
tenemos glicerol con dos cadenas de ácidos grasos, pero
tenemos una cabeza polar. Estos lípidos forman parte de las
membranas, en algunos casos no solo la forman, sino que
también en algunos casos cumplen un rol en la señalización (en
esta transformación de una señal fuera de la célula a dentro de
la célula).
Solo 20 aminoácidos se utilizan para construir todas las
proteínas de un organismo
En cuanto a proteínas formadas por aminoácidos aquí hay 6
ejemplos de 20. ¿Cuál es la diferencia entre todos? El grupo R o
radical.
En la alanina es un metilo que hace que este sea apolar. En la
serina es un alcohol el cual hace que este aminoácido sea polar.
En el aspartato es un grupo carboxílico desprotonado a pH
fisiológico, el cual hace que tenga carga negativa y que sea una
aminoácido ácido o un aminoácido cargado negativamente. En
la histidina se tiene un anillo imidazol que es básico y que se
protona, por lo tanto, adquiere carga positiva y este es un
aminoácido básico o cargado positivamente.
Entonces 4 tipos distintos de aminoácidos. La tirosina es apolar
y la cisteína polar sin carga.
Carboxílico reacciona con el amino, sale agua en la reacción y
forma el enlace peptídico y este es lo que permite la unión de los
aminoácidos en una proteína o en un péptido. Si unimos un
tercer aminoácido vamos a tener un tripéptido, si unimos un
cuarto vamos a tener un tetrapéptido y así hasta que llegamos a
una proteína. Esta reacción es la más compleja en un organismo
vivo, no es simplemente hacer reaccionar un amino con un
carboxílico (lo cual podríamos hacer en el laboratorio) sino que
tienen que estar en un orden en particular y ese orden es lo que
les da la identidad y la función a las proteínas. ¿Cómo se hace?
con el código genético que está en el ADN el cual se transcribe
al RNA mensajero y el RNA mensajero lleva el mensaje a los
ribosomas para la síntesis de proteínas.
Una proteína contiene cientos de aminoácidos organizados
espacialmente
A partir de lo anterior se puede formar esta proteína con este
orden. Esto se llama estructura primaria de una proteína, es el
orden que tienen los aminoácidos en la cadena, ese orden les da
una cierta forma tridimensional a la proteína, que eso se llama
estructura terciaria y esa estructura terciaria es lo que le da la
función, en este caso esta es una enzima es la ribonucleasa que
se encarga degradar ácido ribonucleico.
Los nucleótidos son la base estructural de los ácidos
nucleicos ADN y ARN
Sus unidades básicas son los nucleótidos que están formados
por un grupo fosfato, un azúcar y una base nitrogenada. Hay
distintas combinaciones posibles, si estamos hablando de ADN
tenemos como base nitrogenada la adenina, guanina, citocina y
timina. Si estamos hablando de ARN cambiamos la timina por
uracilo. Esta no es la única diferencia, también en el ADN
desaparece un grupo hidroxilo de la posición dos del azúcar
transformando el ácido ribonucleico en desoxirribonucleico.
Los nucleótidos se unen formando cadenas
complementarias de ADN o ARN
Los nucleótidos se unen a través de enlace fosfodiéster.
Las fuerzas intermoleculares que permite la estabilidad de la
doble hélice y que por lo tanto son la base para explicar cómo se
duplica la célula y como se perpetúa la vida tiene que ver con la
formación de puentes de hidrógeno. Estos son sin duda las
fuerzas más importantes en las biomoléculas, no son las únicas,
existen muchas más, pero son las más importantes son la base
para la formación de la doble hebra del ADN.
Clase 2 17 marzo Bioenergética
¿Para qué se necesita energía en los seres vivos?
Dos de las biomoléculas vistas, el ADN y las proteínas son
altamente ordenadas, hay un orden bastante complejo.
Una proteína tiene un orden desde el aminoácido 1, en este caso
la ribonucleasa, al 124 y en un orden en particular, primero está
la lisina, el glutamato, la treonina, luego 3 repeticiones de
alanina, etc. hasta que llegamos al último aminoácido que es la
valina. Si yo le cambio 1 o más de estos aminoácidos, ya sea de
orden o de identidad, ya no es la misma proteína y
probablemente no pueda cumplir con su función, que en este
caso es ser una enzima. Entonces hay un concepto ahí de orden
que bastante importante en una célula.
Por otro lado, tenemos el ADN y también sabemos que es
altamente ordenado, hay una secuencia de nucleótidos, en este
caso por ejemplo CAATCG con las bases complementarias es la
otra hebra y esa secuencia codifica a los aminoácidos que luego
van a ser sintetizados en esta proteína, o sea, en esta proteína
que va a ser sintetizada. Cada 3 nucleótidos se codifica un
aminoácido y eso es parte del código genético. Entonces el
orden de los nucleótidos también es fundamental, si yo cambio
un núcleo de orden o si cambio una base nitrogenada, el
aminoácido que va a estar ahí codificado va a ser distinto, por lo
tanto, se produce un cambio en la proteína que va a ser
sintetizada y eso es lo que llamamos una mutación, un cambio
en la secuencia.
Hay biomoléculas, no todas, que son altamente ordenadas y por
lo tanto sacamos como conclusión que las células tiene que
generar orden y eso va un poco en contra de las leyes de la
termodinámica o podríamos pensar que va en contra ya que
todo tiende al desorden, los sistemas tiendes a desordenarse o
ganar entropía. El punto es que para generar este orden
necesitamos energía y precisamente porque necesitamos
energía es que vamos a hablar de la bioenergética, que
básicamente son conceptos de termodinámica, pero aplicada a
estas reacciones que ocurren en una célula.
El metabolismo es un sistema complejo para la obtención y
utilización de energía
¿De dónde sacamos esa energía? del metabolismo, nosotros
tomamos, llamémosle nutrientes, fuentes de combustible, la
degradamos a moléculas mucho más pequeñas, en el caso de la
glucosa a CO2 y agua, y lo relevante es que esta degradación
produce energía y esta energía se almacena en forma química en
biomoléculas de tipo cofactores redox o nucleótidos trifosfato,
estos son los principales, no los únicos.
Por otro lado, tenemos el anabolismo, o sea, vamos a utilizar esa
energía ahora para sintetizar moléculas más complejas y es aquí
donde viene un poco el orden, vamos a sintetizar moléculas que
son altamente ordenadas, por lo tanto, necesitamos gastar
energía y eso es lo que hace básicamente una célula para
funcionar.
Los seres vivos obtenemos la energía que necesitamos en
gran medida de la combustión de la glucosa
Por ejemplo, la glucosa, en realidad es el combustible principal si
pensamos en una bacteria que se alimentan de glucosa o de
otros carbohidratos si están disponibles y la glucosa no. En el
caso de nosotros es universal ya que prácticamente todas las
células se alimentan de glucosa. Hay excepciones ya que hay
tejidos que queman grasas y no glucosa, por ejemplo, el músculo
cardiaco y el músculo esquelético en reposo. La reacción que
hace toda célula con la glucosa dependiendo de las condiciones,
asumiendo que es una condición aeróbica (en presencia de
oxígeno) es:
Este valor de ΔG° es muy alto ya que las reacciones que ocurren
en una célula en términos energéticos a lo mejor van entre 0 y
30 kJ/mol, algunas un poco más, pero la gran mayoría es menor
a 30.
Un ΔG° negativo significa que la reacción está muy favorecida
hacia los productos, es espontánea.
¿Si la reacción es favorable, por qué la glucosa no se quema
espontáneamente en el aire? Si le ponemos un catalizador
vamos a acelerar la reacción, pero podría no necesitarlo, de
hecho, la glucosa se puede quemar sin la necesidad de un
catalizador. La reacción tiene que activarse, tiene una energía de
activación bastante alta y por lo tanto le tengo que dar energía
al sistema, la energía que después se obtiene es mucho más alta,
como que recupera la inversión de energía dada al principio. La
energía de activación al ser tan alta nos habla de que la reacción
es lenta, ya que
mientras más
alta sea esa
barrera
energética más
lenta va a ser la
reacción, en el
caso de agregar
un catalizador
lo que va a
hacer es bajar la
energía de
activación y
será más rápida
la reacción.
Clase 2 17 marzo Bioenergética
Entonces no hay que confundir la termodinámica que nos dice si Una reacción que sea desfavorable hacia los productos va a ir de
la reacción esta favorecida o no hacia los productos, que pudiera menor energía libre a mayor, por lo tanto, tendrá un ΔG positivo
ser hacia los reactantes también, con la cinética que nos habla y será una reacción endergónica y NO espontánea.
de esta barrera energética que tenemos que cruzar para llegar a
los productos o reactantes.

Los seres vivos CUMPLEN con las leyes de la

termodinámica
1° Ley: La energía del universo es constante, por lo tanto, la
energía no se crea ni se destruye, solo se transforma.
2° Ley: Si un proceso ocurre de manera espontánea, la entropía
total del sistema aumenta.

Aumenta en el universo, pero la célula es capaz de generar orden

No hay que confundir el termino espontáneo con rápido,
al sintetizar biomoléculas, pero al mismo tiempo tiene que
espontaneo solo quiere decir que esta favorecido hacia los
generar desorden en sus alrededores y este desorden se
productos.
produce por los productos de desechos que genera la célula en
reacciones como la que acabamos de ver (combustión de Contribuciones entálpicas y entrópicas
glucosa), entonces se desordena el ambiente y eso explica
porque podemos generar orden y cumplir con la 2° ley.
LA ENERGÍA LIBRE DE GIBBS (G) representa la máxima cantidad
de energía obtenida capaz de hacer trabajo durante una
reacción en un sistema a T y P constante.
Esta energía es un concepto más abstracto, no es una energía
que podamos medir directamente en una reacción, si no que
tiene que ver más con un concepto de trabajo químico, nos dice
si una reacción va a ocurrir o no hacia los productos o reactantes
dependiendo de su valor absoluto y también de su signo. Si es
negativa va a estar favorecida hacia los productos y si es positiva
va a estar favorecida hacia los reactantes. Si es cercana a cero no
estará favorecida hacia productos ni reactantes en particular.

Podemos asumir que una célula u organismo vivo se encuentra

más o menos a una T y P constante (37° C y 1 atm)
Este ΔG° tiene dos componentes:
• ΔH que es la ENTALPÍA, la cual absorbe o libera calor y
también tiene que ver con la formación o ruptura de
enlaces, si se rompen enlaces generalmente se libera
energía y si se forman enlaces se absorberá.
o Si ΔH es negativo, reacción exotérmica.
o Si ΔH es positiva, reacción endotérmica.
• -TΔS que es la ENTROPÍA (S), se relaciona con el
desorden en el sistema o la pérdida o ganancia de
orden, ΔS aumenta está aumentando el desorden o
disminuyendo el orden.
La relación entre la energía libre y la constante de
equilibrio nos indica la dirección en que la reacción ocurre
Otra forma de entender como un ΔG positivo o negativo se
traduce en una reacción favorable o no hacia los productos o
reactantes es relacionándolo con la constante de equilibrio
(Keq) que es un concepto mucho más fácil de manejar, hace una
relación entre las concentraciones de los productos y los
reactantes en el equilibrio y dependiendo de hacia donde este
desplazada la reacción ese valor va a ser más alto o más bajo, por
lo tanto el valor de la constante de equilibrio nos dice si la
reacción es favorable o menos favorable hacia los productos o
reactantes. Además, tiene una relación con el ΔG que se da por
esta ecuación:
El ° significa que el ΔG está en condiciones estándar (25°C, 1 atm,
1M). Estas condiciones nos permiten comparar varias reacciones
en las mismas condiciones.

Entonces en la reacciones a analizar, sobre todo cuando
hablamos de una célula y del orden, no necesariamente estos
dos componentes son favorables.
Las reacciones en seres vivos deben ser exergónica para que
ocurran espontáneamente
Una reacción que sea favorable hacia los productos va a ir de
mayor energía libre a menor, por lo tanto, tendrá ΔG negativa y
será una rección exergónica y espontánea.
El ‘ significa que ΔG está a pH 7, no en todas las reacciones es
muy relevante, pero si en el caso de reacciones que ocurren en
una célula. El pH fisiológico es cercano a 7 (entre 7,2 y 7,6), en
algunos ambientes el pH puede ser distinto, más ácido o más
básico.
Entonces ¿Qué es el ΔG? no es una energía real, no es como calor,
en el fondo es un favorecimiento en la reacción y mientras más
grande sea, en valor negativo, indica que tan favorecida está la
reacción, pero no indica cuánto producto se puede generar.
Clase 2 17 marzo Bioenergética
TAREA: ¿Cómo se calcula ΔG en condiciones NO estándar? Por lo tanto, el hecho de que sean reacciones irreversibles no
quiere decir que no ocurran en el sentido opuesto, si no que
El ΔG en condiciones no estándar es igual al ΔG° (en condiciones
deben tener una catálisis distinta por otra enzima.
estándar) más RTlnQ, donde Q es el cociente entre la
concentración de productos y reactantes.
ΔG = ΔG° + RTlnQ
[𝑃𝑟𝑜𝑑𝑢𝑐𝑡𝑜𝑠]
𝑄=
[𝑅𝑒𝑎𝑐𝑡𝑎𝑛𝑡𝑒𝑠]

Según la tabla, para que ΔG sea negativo la Keq tiene que ser
mayor a 1. En cambio, si el ΔG es positivo la Keq tiene que ser
menor a 1.
Cuando ΔG es negativo, la reacción esta favorecida hacia los
productos. Que una reacción tenga ΔG positivo no quiere decir
que esa reacción no ocurra, sino que la reacción ocurre en
sentido inverso, es decir, esta favorecida hacia los reactantes.
Si la constante de equilibrio es cercana a 1 ó 1, se refiere a que la
reacción no se favorece particularmente hacia productos ni
reactantes, hay concentraciones similares de ellos.
Cuando decimos que la reacción se favorece hacia los productos,
en el fondo decimos que la concentración de productos es
mayor que la de reactantes.
La reacción de glucosa 6 fosfato + agua → glucosa + fosfato (Pi)
(ΔG=-13,8) es de interés porque está involucrada en la utilización
de glucosa por cualquier célula. La primera reacción que ocurre
con la glucosa en la célula es que la glucosa se fosforila y se
transforma en glucosa 6 fosfato, por lo tanto, la reacción es al
revés de como esta mostrada en la tabla y el ΔG cambia su signo
(ΔG=13,8), pero el valor queda igual porque la diferencia de
energía relativa entre reactantes y productos no cambia ya sea
en un sentido o el otro, lo único que cambia es quien es el
producto. El problema es que si la reacción que tiene que hacer
la célula tiene un ΔG positivo entonces la reacción no está
favorecida hacia los productos. ¿Cómo se soluciona a pesar de
que el ΔG no es favorable? Se acoplan las reacciones.

En reacciones químicas reversibles se puede tener un ΔG cero,

estas reacciones en la célula ocurren tanto hacia productos
como reactantes, pero no al mismo tiempo. Por ejemplo, el
hígado tiene que degradar la glucosa cuando tenemos un
exceso de esta en la sangre, pero también tiene que sintetizar
glucosa cuando nos falta en la sangre, en estas rutas
metabólicas hay reacciones que tienen ΔG muy cercano a cero,
es decir, que la célula puede utilizar esta reacción en ambos
sentidos, ya que en una condición fisiológica la favorece hacia
los productos y en otra hacia los reactantes.

¿Qué sucede con las reacciones que son endergónicas?

Una reacción es irreversible cuando su ΔG es muy negativo. Por
ejemplo, la oxidación o combustión de glucosa (ΔG=-2840) y la
combustión de ácidos grasos como el palmitato o ácido
palmítico (ΔG=-9770).
Todas la reacciones con ΔG negativo, excepto las que tienen un
ΔG muy cercano a cero, son irreversibles, pero la célula lo que
hace para que ocurra en el otro sentido es cambiar la enzima.
Cada reacción ocurre catalizada por una enzima y si la reacción
es irreversible muchas veces hay una enzima que hace la
reacción opuesta.
Clase 3 18 marzo Bioenergética 2
El acoplamiento de reacciones químicas permite llevar a
cabo reacciones no espontaneas en la célula
En este caso se quiere hacer un trabajo que sería equivalente al
trabajo químico en una reacción y ese trabajo es hacer subir un
bloque por una pendiente, este proceso sabemos que no es
espontaneo ya que no subirá solo por esa pendiente, sin
embargo, si lo
conectamos a otro
bloque de mayor tamaño,
el cual se encuentra en
una pendiente
descendiente, este va a
bajar espontáneamente y
como están conectados
va a hacer subir al bloque
que es más pequeño.
Entonces esto una analogía para lo que hace la célula con las
reacciones acopladas. Conecta dos reacciones químicas, una
debe tener un ΔG mayor que la otra en valor absoluto y aparte
tiene que ser negativo porque tiene que ser un proceso
espontáneo y, por último, tiene que haber una conexión entre
ambas reacciones, esa conexión se da con productos y
reactantes que tengan en común.
Por ejemplo, una reacción libera una cierta molécula como
producto y la otra reacción toma esa molécula y la utiliza como
reactante o sustrato para reaccionar.
El ATP almacena la energía en forma química
Gran parte de las reacciones, no todas, para acoplarlas utiliza la
hidrólisis de una molécula que se llama al ATP.
Entonces necesitamos una reacción para acoplarla a la de la
glucosa, la cual no es favorable (fosforilación de la glucosa), y
esa reacción es la hidrólisis del ATP la cual, en valor absoluto, es
más alto, es negativo y aparte se tiene reactantes y productos
en común. ¿Por qué el ATP es tan energético? ¿Por qué sirve para
acoplarlo a otras reacciones? ¿Cuáles son las razones que
explican que esta hidrólisis nos entregue o aporte tanta energía?
Primero, ¿qué pasa con la molécula de ATP cuando se hidroliza?
primero miremos su estructura, el ATP es la abreviación para
adenosín trifosfato, el cual se conoce como la moneda de
cambio energético en la célula, es un nucleótido trifosfato, es
decir, se tiene un azúcar (ribosa), una base nitrogenada
(adenina) y un grupo trifosfato.
¿Dónde está la energía? El ATP es una molécula más bien grande,
pero la energía está en los enlaces entre los grupo fosfato y
cuando estos enlaces
se rompen porque
sale un fosfato es
cuando se libera
mucha energía. ¿Por
qué la célula utilizaría
una molécula tan
grande como ésta si
lo único que les
“sirve” es el fosfato? ¿Por qué no simplemente en la evolución
utilizó un difosfato? ¿Por qué debía tener toda la otra parte de la
molécula? Todas estas reacciones las hacen enzimas y la enzima
tiene que reconocer cuál es su sustrato al cual va a hidrolizar,
entonces todas las otras partes de la molécula forman
interacciones con la enzima, a lo mejor forman puentes de
hidrógeno, interacciones electrostáticas. Por ende, la estructura
es relevante cuando lleguemos a analizar enzimas.
La hidrólisis del ATP es altamente exergónica
¿Cuánta energía me entrega la hidrólisis ATP? Bastante (ΔG’°=-
30,5 kJ/mol) que comparado con el valor de la fosforilación de la
glucosa (ΔG‘°=+13,8 kJ/mol) es mucho más grande y negativo,
entonces es una reacción espontánea. Además, estas reacciones
tienen reactantes y productos en común.
Mecanismo de la reacción: 4 razones de ¿por qué la hidrólisis
del ATP nos entrega tanta energía?
1. Cuando se hidroliza el ATP, hay un ataque del oxígeno
del agua hacia el fosfato gama (el más externo), hay
movimiento electrónico y se rompe un enlace (lo que
produce la liberación de energía) y como producto
tenemos un fosfato. Fijarse también que uno de los
protones del agua se libera al medio. Aparte del fosfato,
el otro producto de la hidrolisis de ATP es el ADP
(adenosín difosfato) que es un nucleótido difosfato y al
tener sólo dos grupo fosfatos lo que hacemos es
disminuir la cantidad de cargas negativas que hay en la
molécula, el ATP tiene 4 (en los oxígenos marcados con
la carga negativa) y cuando lo transformamos en ADP
tiene dos, se hidroliza y queda con 3 cargas negativas.
Entonces ¿qué pasa si tengo una molécula que tiene 4
cargas negativas todas juntas, contiguas, y la
transformamos en un producto que sólo tiene 3 cargas
negativas? hay una disminución en la repulsión de las
cargas negativas y si una molécula tiene mayor
repulsión entre sus cargas va a ser más inestable, por lo
tanto, gano estabilidad transformando el ATP en ADP.
Entonces el ATP en su forma original posee más
repulsión de cargas que el ADP. ¿Qué hace que una
molécula sea inestable? es que las cargas negativas
están una al lado de la otra, si estas cargas estuvieran
separadas no habría problema. Entonces el problema
en este caso y por lo cual se gana estabilidad es que las
cargas negativas esta juntas.
Con respecto a las energías, estas son por mol, por
ende, hay una estequiometria en la reacción que va a
ser siempre la misma, o sea, si yo multiplico por 2, por 3,
por 4 o por lo que sea, la energía por mol va a ser
siempre la misma, por lo tanto, el hecho de que 30,5 sea
más del doble que 13,8 a lo único que nos va a llevar
como resultado es a que la reacción se favorezca aún
más hacia los productos, pero no a generar más
cantidad de productos, siempre la estequiometría va a
ser la misma.
2. Esta tiene que ver con la estabilidad del fosfato, que es
uno de los productos. De hecho, se muestra de manera
explícita que el fosfato tiene muchas estructuras
resonantes, es decir, que el doble enlace P=O realmente
no está ahí, sino que está deslocalizado entre todos los
oxígenos y las cargas negativas también están
deslocalizadas en los cuatro oxígenos y el protón puede
estar en cualquiera de los cuatro, por eso se escribe
afuera. Entonces tenemos varias estructuras
resonantes y una molécula mientras más estructuras
resonantes tenga más estable es, por lo tanto, se gana
estabilidad en esta hidrólisis ya que los productos son
más estables por tener mayor cantidad de estructuras
resonantes, principalmente el fosfato que es el que
Clase 3 18 marzo Bioenergética 2
aporta más. El ATP tiene estructuras resonantes, el
doble enlace P=O esta deslocalizado y las cargas
negativas también. Lo mismo con el ADP que tiene
estructuras resonantes similares con ATP, entonces el
que está contribuyendo mayormente es el fosfato y por
eso se dibuja de manera explícita.
3. Tiene que ver con la neutralización del protón que se
genera como producto de la reacción de la hidrólisis,
aquí hay que recordar que el ΔG’° está en condiciones
estándar a pH 7 en un medio que actúa como un buffer
y, por lo tanto, si libero un protón a un buffer que está
a pH 7, este se va a mantener más o menos constante y,
por ende, se va a neutralizar el protón porque eso hace
el buffer (neutralizar el exceso de ácido para mantener
el pH constante), es como si sacara este producto del
equilibrio ya que lo transformo en otra cosa, en agua.
Ahora, ¿qué nos dice el principio de Le Chatelier si es
que neutralizo este protón? ¿qué pasa con esta
reacción? Si neutralizo el protón lo que hago es
favorecer el equilibrio hacia los productos, ya que si
saco un producto la reacción se va a desplazar hacia
formar más producto. Entonces si se favorece el
equilibrio hacia los productos se explica por qué el ΔG
es tan negativo.
4. Tiene que ver con la solubilidad. Los productos, en este
caso (ADP y fosfato), son más solubles en agua que el
reactante (ATP) y ahí se gana estabilidad al generar
moléculas que interactúan mejor con el agua que el
reactante. Esto no lo puedo ver simplemente mirando
las estructuras, tengo que conocer la solubilidad o
algún dato.
De las cuatro razones, no todas son igual de importantes. Lo más
importante es la disminución en la repulsión de cargas (1) y la
neutralización del protón (3). Por lo tanto, si de estas cuatro hay
que elegir dos me quedaría con esas ya que la solubilidad y las
estructuras resonantes no son algo particular de esta reacción y
se ve en muchas otras reacciones. El hecho de que se libere un
protón no va a ocurrir en toda las reacciones y el hecho de que
disminúyala repulsión de carga tampoco.
La reacción de fosforilación de la glucosa es una reacción
acoplada
Esta es la reacción acoplada y lo real que pasa en la célula, la
glucosa reacciona con ATP mediante una enzima que se llama
hexoquinasa y nos generan un producto ADP y glucosa-6-
fosfato. ¿Y qué pasó con el protón? El protón en bioquímica, en
este tipo de reacciones, no se escriben. ¿Y qué hace el magnesio?
tiene que ver con la función de la enzima, cumple una función
particular en ella.
Este tipo de reacciones de ATP a ADP son muy comunes.
Este gráfico muestra precisamente ¿qué pasa cuando se acopla
la reacción? Se tiene una reacción que no es espontánea
(reacción 1), que es la fosforilación de la glucosa (hay que subir
en energía) y tenemos la reacción de hidrólisis del ATP que si es
espontánea (reacción 2) la cual tiene una energía (ΔG2) mucho
mayor que la que se requiere para fosforilar la glucosa (ΔG1), por
lo tanto, si las acoplo lo que estoy haciendo es sumarlas (como
que fueran dos ecuaciones) y, por ende, la reacción global va a
ser la glucosa + ATP → glucosa-6-fosfato + ADP (reacción 3). ¿Y
qué pasó con el fosfato? Esta en ambos lados de la ecuación o
de la reacción y por lo tanto se simplifica. El fosfato sería la
cuerda entre los dos bloques, es lo que conecta químicamente
la reacción 1 y 2 y por eso se pueden acoplar.
El ΔG global de la reacción se calcularía:
ΔG3 = ΔG1 + ΔG2 (y sería espontáneo)
En algunas reacciones el ATP se hidroliza a AMP y PPi
Ahora el ATP se va a hidrolizar a AMP (adenosín monofosfato)
más pirofosfato (PPi). Hay unas pocas excepciones, y esta es una
de ellas, donde el ATP no genera ADP si no que genera AMP.
Esta reacción es la activación de un ácido graso, es la primera
reacción que ocurre con los ácidos grasos cuando nosotros lo
vamos a quemar durante una hipoglicemia. La reacción entre el
grupo carboxílico del ácido graso con el ATP ahora es con el
fosfato alfa y se forma un intermediario que es el ácido graso o
un grupo acilo unido al AMP (adenosina con un solo fosfato) y
sale como producto el resto de la molécula que es el pirofosfato
(que son dos fosfatos unidos). Ahora, el intermediario que
contiene a AMP unido covalentemente rompe el enlace entre el
C-O mediante el ataque de la CoA-SH (coenzima A), esta es una
coenzima muy importante en la célula que tiene un grupo tiol
(SH) que es el grupo reactivo que reacciona con el carbonilo
Clase 3 18 marzo Bioenergética 2
generando como producto acil CoA y el resto de la molécula que
era el AMP sale.
Analizando esta reacción en términos globales lo que se hace es
hidrolizar el ATP a AMP + PPi (que es una excepción a la regla).
Fijarse también que el AMP no es que simplemente la molécula
se rompa y se libere el AMP y se libere energía, las reacciones no
ocurren así, las reacciones ocurren con un mecanismo complejo
que es catalizado por la enzima. Esta reacción es espontánea
(ΔG=-15kJ/mol), la hacemos espontánea acoplándola a la
hidrolisis del ATP.
El pirofosfato cuando se vea como producto en una reacción se
sigue hidrolizando y se transforma en dos moléculas de fosfato.
Esta reacción también es espontánea (ΔG=-19kJ/mol).
Aquí también actúa el principio de Le Chatelier, la reacción se
favorece hacia los productos porque esta acoplada a la hidrólisis
del ATP, pero también uno de los productos de la reacción se
sigue descomponiendo y ahí actúa el principio de Le Chatelier
favoreciendo aún más la redacción hacia los productos.
¿Cuáles son las razones que podrían explicar por qué la hidrólisis
del ATP → AMP + PPi es tan exergónica? (el valor se puede ver
en la tabla 13-4 ΔG=-45,6kJ/mol) esta es aún más exergónica que
la hidrólisis de ATP → ADP. ¿Por qué ese valor ahora es incluso
mucho mayor? entonces si miramos la reacción las razones son
prácticamente las mismas, hay disminución de la repulsión de
cargas negativas (4 a 2), también hay incremento de las
estructuras resonantes, el PPi también tiene estructuras
resonantes, se libera un protón y también tenemos mayor
solubilidad, pero ¿qué es lo que hace la diferencia? El ATP tiene 4
cargas negativas, en cambio, el AMP solo tiene dos, o sea, la
disminución de la repulsión de cargas es mayor en este caso
comparado con la hidrólisis de ATP → ADP + Pi que es de 4 a 3.
Por lo tanto, de ATP → AMP + PPi se favorece más hacia los
productos y la energía es mayor.
Recordar no tomar el -30,5 y -45,6 como que la reacción está
liberando más energía, no es así, lo que se está diciendo es que
la reacción se favorece más hacia los productos y mientras más
negativa más favorecida es.
Hemos visto dos reacciones de hidrólisis de ATP, las cuales se
acoplan a reacciones que son endergónica, ya sea la
fosforilación de la glucosa o la activación de un ácido graso.
La hidrólisis del fosfoenolpiruvato puede ser acoplada a la
generación de ATP
Existen varias reacciones que se llaman fosforilaciones a nivel de
sustrato y lo que hacen es tomar una molécula con fosfato alta
energía, la hidroliza y esa energía es suficiente para sintetizar
ATP.
Este ejemplo es la hidrólisis del fosfoenolpiruvato (PEP), esta
molécula se hidroliza, libera un grupo fosfato, el cual tiene
estructuras resonantes (aporta estabilidad y favorece la
reacción hacia los productos), pero lo más importante es que el
producto de la reacción es un enol, un piruvato en la forma enol,
que a pH 7 no es estable, por lo tanto, se tautomeriza y se
estabiliza por la forma ceto y por lo tanto aquí nuevamente
actúa el principio de Le Chatelier favoreciendo la reacción hacia
los productos ya que el producto directo de la reacción yo lo
estoy transformando en otra cosa más estable. La energía es
ΔG’° = -61,9 kJ/mol, es más del doble que la hidrólisis del ATP
¿cuál es la razón que explica que esta reacción de hidrólisis sea
tan alta energía y tan favorable? Es la tautomerización ceto-
enólica, ya que el producto se estabiliza mediante la
tautomerización a la forma ceto y por el principio de Le Chatelier
favorecemos la reacción hacia los productos. Además, en el PEP
hay repulsión de cargas negativas ya que hay un fosfato y un
carboxilato que están cercanos y cuando se hidroliza se pierde
el fosfato y entonces disminuye la repulsión de cargas negativas.
Probablemente también aumenta la solubilidad y también hay
estructuras resonantes (como se mencionó anteriormente) en
las cuales contribuye el fosfato a generar más estructuras
resonantes en los productos. Como esta reacción es tan
exergónica, ahora nos sirve para sintetizar ATP ya que esta
energía (ΔG’° = -61,9 kJ/mol), en valor absoluto, es más de lo que
se necesita (ΔG’° = +30,5 kJ/mol) para sintetizar ATP.
Al sumar los ΔG’° la reacción global es exergónica. Esta reacción
ocurre en la célula y es una de las reacciones que nos permite
generar ATP en la célula.
¿Si la energía que entrega el fosfoenolpiruvato es ΔG=-61,9
kJ/mol el cual es más del doble de lo que se necesita para
sintetizar ATP, entonces eso significa que se pueden sintetizar
dos moléculas de ATP? NO, aunque la reacción del
fosfoenolpiruvato (PEP) tenga un energía del doble, triple, etc.
la estequiometria de la reacción va a ser la misma (1:1) ya que la
energía es por mol. Entonces, ¿Cuál es la diferencia entre acoplar
una reacción con otra que tenga más o menos energía? La única
diferencia es que el ΔG global va a ser más negativo en este caso,
y al ser más negativo esta reacción se favorece más hacia los
productos. De hecho, esta reacción es irreversible y no existe en
la célula alguna enzima que haga la reacción de vuelta. En caso
de que sea necesario hacerlo la célula la reemplaza por dos
reacciones, o sea, no se llega directamente de piruvato a PEP,
sino que de piruvato pasa a un intermediario y después a PEP.
Clase 4 22 marzo Bioenergética 3
Hemos visto dos grandes tipos de reacciones:
Hidrólisis del ATP a sus productos, es decir, reacciones de baja
energía que requieren acoplarse a la hidrólisis de ATP como la
fosforilación de glucosa o glicerol (parte inferior del gráfico).
O síntesis del ATP mediante el acoplamiento a otra hidrólisis
mayor en energía , una de ellas es el PEP, pero hay más (parte
superior del gráfico), por ejemplo, la siguiente.
La hidrólisis del 1,3-bifosfoglicerato puede ser acoplada a
la generación de ATP
Esta molécula tiene dos grupos fosfatos, pero el que se hidroliza
es el que está unido al carboxílico (dibujado en la parte superior
de la molécula).
Cuando se hidroliza se libera ese fosfato que contribuye con
estructuras resonantes a darle mayor estabilidad del productos,
pero en este caso lo más relevante es que el grupo carboxílico
que queda se desprotona (forma carboxilato) y se estabiliza por
resonancia, por lo tanto, esta estabilización por resonancia es lo
que favorece la reacción enormemente hacia la formación de los
productos en este caso. Entonces tenemos la resonancia como
razón principal (comparado con la reacción anterior donde la
razón principal era la tautomerización ceto-enólica) y también
tenemos neutralización del protón a pH 7 y la contribución de las
estructuras resonantes del fosfato. La energía es ΔG = -49,3
kJ/mol, por lo tanto, como ésta es más de la energía que se
necesitó para sintetizar ATP la podemos acoplar (sumar las
reacciones).
1,3-bifosfoglicerato + H2O → 3-fosfoglicerato + Pi
ADP + Pi → ATP + H2O ΔG=+30,5 kJ/mol
1,3-bifosfoglicerato + ADP → 3-fosfoglicerato +ATP ; ΔG= - 18,8
kJ/mol
Esta reacción, en condiciones estándar, es irreversible,
favorecida hacia los productos.
Además, la hace la enzima que se llama fosfoglicerato quinasa y
es una de las pocas reacciones de una quinasa que, en la práctica,
en la célula, si es reversible. ¿Cómo esta reacción puede ser
reversible si el ΔG es -18,8? Porque en condiciones reales, el valor
de ΔG es mucho más pequeño y cercano a cero.
Hay reacciones en la célula que son reversibles por la acción de
enzimas distintas, el hecho de que una reacción pase de un lado
a otro, usando la enzima correspondiente, ¿no influye en el ΔG
total? Una reacción catalizada por la misma enzima para ambos
lados es reversible, en cambio cuando son enzimas distintas
(como el caso del PEP) esa reacción es irreversible, por lo tanto,
si la cataliza una enzima distinta es una reacción distinta. La
enzima no influye en el valor del ΔG ni el signo, lo único que hace
es bajar la energía de activación y, por ende, la reacción se vuelve
más rápida, pero si la reacción es NO espontánea, aunque
agreguemos una enzima, la reacción seguirá siendo no
espontánea. Entonces si la reacción es no favorable y agrego una
enzima, la reacción seguirá siendo no favorable.
Recordar, no se puede acoplar dos hidrólisis o dos síntesis, no
tendría sentido. Siempre es una hidrólisis con una síntesis.
Las reacciones redox son muy importantes en la célula y
son medidas por cofactores redox
El ATP es una molécula muy importante que funciona como
moneda de cambio energético, se sintetiza, guarda esa energía
y se la entrega en otra reacción. Pero no es la única, también
están las reacciones Redox, las cuales involucran la formación y
también la descomposición de cofactores redox.
Primero vamos a recordar las reacciones redox y nos vamos a
enfocar en identificar, de acuerdo con los grupos que son más
importantes en biomoléculas, si es que están oxidadas o
reducidas.
Este ejemplo (izquierda) es una reducción real que ocurre en el
hígado después de que se hace ejercicio o durante un ejercicio
que sea de larga duración y es la transformación del lactato o
ácido láctico a piruvato. Entonces si se sale a trotar se va a
generar lactato y el hígado va a transformar ese lactato en
piruvato y de ahí continúan otras reacciones más.
¿Para qué hace eso el hígado? lo hace para obtener glucosa, esa
es la finalidad, cuando se está haciendo ejercicio baja la glucosa
sanguínea entonces lo que tiene que hacer el hígado es
sintetizarla y la primera reacción que hace es esta de lactato a
piruvato. La enzima que la cataliza es la lactato deshidrogenasa
hepática.
Mirando la estructura química, el lactato tiene un grupo
hidroxilo (OH), en cambio, el piruvato tiene un carbonilo y esa es
la única diferencia entre estas dos estructuras. Cuando
transformamos lactato en piruvato ¿qué estamos haciendo con
la molécula, reduciendo u oxidando? Se oxida la molécula de
alcohol a ceto y como se oxida libera dos electrones y también
dos protones, que en el fondo son los hidrógenos del lactato. Si
se tuviera que escribir esta reacción hay que acordarse de
balancear las reacciones. Se puede hacer de 2 formas, sabiendo
que la oxidación del alcohol a un carbonilo involucra dos
electrones y luego compensar con los protones o pueden
simplemente sacar los hidrógenos para balancear la reacción
(sacarlos como protones) y luego para equiparar la carga se
suman dos electrones. En cambio, cuando transformamos de
piruvato a lactato, reacción que también ocurre, pero en el
músculo (cuando se está haciendo ejercicio) y la también la
cataliza la lactato deshidrogenasa, pero la muscular. La reacción
el sentido opuesto requiere dos electrones y dos protones y si
Clase 4 22 marzo Bioenergética 3
en el caso anterior era una oxidación entonces en el sentido
opuesto es una reducción. Siempre se puede calcular el estado
de oxidación del carbono (C-OH y C=O) en ambas moléculas y ver
si se oxida o se reduce.
En la tabla (lado derecho) tenemos algunos de los grupos más
comunes en las biomoléculas.
Recordando lo que es metabolismo, en este conjunto de
reacciones donde tenemos el catabolismo y el anabolismo, había
algunas reacciones que generaban ATP y otras reacciones que
ocupan ATP, pero también hay reacciones que involucran
cofactores redox en su forma reducida y en su forma oxidada.
¿Por qué necesitamos un COFACTOR REDOX? porque resulta
que estos electrones que se están liberando tienen que pasar de
una molécula a otra, no se liberan al medio. ¿Quién recibe estos
electrones? ese tipo de películas se llama cofactor redox.
Cuando recibe los electrones lo hará un cofactor redox en su
forma oxidada y se va a reducir. Cuando los entrega lo hará en
su forma reducido y se va a oxidar. Entonces esta reacción como
está escrita en la figura no está completa, no es real que el
lactato pase a piruvato y libere dos electrones al medio, esos
electrones van a una molécula.
El cofactor nicotinamida adenina dinucleótido (NAD+) es
soluble y transfiere un ion hidruro
Hay dos grandes tipos de COFACTORES REDOX, está por un lado
el nicotinamida adenina dinucleótido y luego vamos a ver las
flavinas (FMN Y FAD).
El NICOTINAMIDA ADENINA DINUCLEÓTIDO, más conocido
como el NAD+. En la molécula se puede ver la parte del
nucleótido, que al igual que el ATP tiene una ribosa (azúcar) y
una adenina (base N), además, un grupo difosfato, otra azúcar
ribosa y tenemos la parte reactiva de la molécula que es el anillo
de nicotinamida, esta es la parte que es activa en reacciones
redox, el resto no.
El anillo de nicotinamida cuando esta oxidado tiene carga
positiva y por eso el cofactor se llama NAD+. Cuando se reduce
gana dos electrones más dos protones, de los cuales uno sale
(pero no se anota) y el otro queda en el anillo, este en realidad
es un hidruro (dos electrones + un protón) que entra y, por lo
tanto, se pierde la carga positiva del anillo, queda neutro.
Finalmente, quedan dos formas, pero lo relevante es que es el
NADH.
La reacción por supuesto puede ocurrir también al revés, de
NADH a NAD+ y en ese caso libera dos electrones + un protón, es
decir, un hidruro.
A esta reacción en realidad no se le asocia un ΔG para ver si se
favorece hacia productos o reactantes, en este caso es un poco
distinto, esta reacción va a ser favorable de NAD+ a NADH
cuando nosotros la acoplemos a alguna reacción de oxidación
donde el cofactor se reduce y al revés puede ser favorable su
oxidación cuando se acopla a una reducción.
Entonces en el caso de los cofactores no hay que pensar que la
reacción necesariamente va para un lado o para el otro, los
cofactores pueden funcionar en ambos sentidos, oxidarse y
reducirse, depende de con quien se acople. Si bien se pierde el
anillo aromático, no es una razón para decir que esta reacción
prefiera un sentido ya que ocurre en ambos. Para saber primero
hay que acoplar la reacción y cuando este acoplada se va a poder
calcular un ΔG para reacciones redox, pero eso requiere una
fórmula.
Una característica de este cofactor es que es soluble en agua y
que participa en reacciones de transferencia de hidruros,
entonces cuando la enzima necesite hacer una reacción de
transferencia de hidruro ahí va a estar el NAD como cofactor, en
cambio, cuando la enzima realiza una reacción distinta, por
ejemplo, transferencia de electrones o transferencia de átomos
de hidrógeno, el cofactor será el FMN o FAD.
¿Cuál es la diferencia entre el NAD y el NADP+? la única diferencia
es que el NADP+ tiene un fosfato extra que, de hecho, se muestra
en la figura. Es la única diferencia estructural o molecularmente.
¿En qué afecta? algunas enzimas trabajan con NAD+ y a otras
enzimas trabaja con NADP+. Las enzimas son muy selectivas, hay
unas pocas excepciones de algunas enzimas que a lo pueden
utilizar ambos cofactores. En la reacción no hay ninguna
diferencia, pero la enzima elige entre NAD+ o NADP+.
Los cofactores FMN y FAD se encuentran unidos
fuertemente a proteínas y transfieren dos electrones
Este cofactor tiene una estructura distinta, también es un
nucleótido, adenina y ribosa, un grupo difosfato, una cadena
hidroxilada que es el grupo o cadena ribitil y el anillo que se llama
isoaloxacina y esta es la parte reactiva de la molécula.
La diferencia entre el FAD, abreviación de FLAVINA ADENINA
DINUCLEÓTIDO y el FMN, abreviación de FLAVINA
MONONUCLEÓTIDO, está en la molécula, el FMN llega hasta el
fosfato y el FAD tiene el nucleótido, sin embargo, la reacción es
la misma porque va por el anillo de isoaloxacina. Dinucleótido se
le llama a la parte de los dos fosfatos, pero en realidad no tiene
dos nucleótidos, tiene un enlace difosfato con un nucleótido.
En la reacción el anillo se reduce y la gracia que tiene es que se
puede reducir en dos pasos, es decir, gana dos electrones, pero
los ganan de a uno si es que lo requiere. Un electrón + un protón
se forma un radical y ese radical es una semiquinona o el FADH+
semi reducido (FMNH+). Si gana un segundo electrón se reduce
completamente y tenemos el FADH2 o el FMNH2, dependiendo
Clase 4 22 marzo Bioenergética 3
de cuál de las dos moléculas se esté usando. FAD y FMN son dos potencial de reducción - el potencial de oxidación, que en
cofactores distintos. realidad es el potencial de la reacción que se reduce – el de la
reacción que se oxida. O se puede dar vuelta la reacción y
La gracia de que esta reacción pueda ocurrir en dos pasos, a cambiar el signo, que es lo que se hizo en este caso, ya que el
diferencia del anterior, es que permite que se acople a potencial de reducción del NAD es - 0,32V y al dar vuelta la
reacciones donde solamente se libera un electrón. reacción y convertirlo en una oxidación se cambia el signo. Si se
Hablando del caso anterior, NAD+, son todos electrones de una, hace esto simplemente hay que sumar los valores, no restarlo:
o sea, esta reacción la tengo que acoplar a otra que libere o +0,32V - 0,185V = 0,135V, este valor con el negativo que viene en
consuma dos electrones, en cambio, esta reacción se puede la fórmula da -26,1 kJ/mol y, por lo tanto, la reacción es favorable
acoplar a reacciones de dos electrones o a reacciones de un hacia el lactato o también NADH a NAD+.
electrón ya que se tiene la posibilidad de ir por pasos y generar Si se calcula este valor y da positivo, entonces se hubiera sabido
estas especies radicalarias. que las reacción es favorable hacia los reactantes y no hacia los
¿Dónde sirve eso? en la cadena transportadora de electrones, productos.
que está en la mitocondria y forma parte esencial de la Siempre se trabajará en condiciones estándar.
generación de energía en forma de ATP. En la cadena
transportadora de electrones hay algunas reacciones que son de
dos electrones y otras que son de un electrón y ahí se verá como
juega un rol el NAD y el FAD o FMN. Por ahora solamente hay
que tener en cuenta que es un cofactor y que participan
reacciones de transferencia de electrones o átomos de
hidrógeno (un protón + un electrón es equivalente a un átomo
de hidrógeno).
La reacción también puede ir en ambos sentidos, se reduce a
FADH2 o FMN2 y se oxida a FAD o FMN, depende de con quien
se esté acoplando esa reacción.

Otra diferencia importante con el NAD, que era el caso anterior,
es que este cofactor no es soluble en agua, por lo tanto, siempre
está unido a proteínas llamadas flavoproteínas, o sea, la proteína
tiene incorporado el cofactor, en cambio, en el caso del NAD no
porque la proteína está libre y el cofactor también, se unen
ocurre la reacción y luego se libera. Eso no pasa FAD y FMN.
¿Las flavoproteínas pueden unir FAD o FMN? depende de la
flavoproteína, algunas trabajan con FAD y otras trabajan con
FMN. La enzima decide, no hay una reacción química detrás.
Es obvio que, si la diferencia potencial da positiva, entonces el
ΔG va a ser negativo, pero igual hay que hacer el cálculo porque
tiene que haber un fundamento detrás en la respuesta.
Si una reacción libera electrones otra los tiene que captar, no
puede ser dos reacciones que liberen electrones porque a dónde
van esos electrones, ni siquiera en términos energéticos porque
tampoco tiene sentido, no se puede decir que simplemente se
suman y calcular un valor de ΔG y ΔE porque sumar reacciones
no es acoplarlas, en la práctica lo que se hace es sumarlas, pero
acoplar significa que tienen que tener algo en común, una
reacción tiene un producto que la otra utiliza como reactante y
en este caso son los electrones.

TABLAS:
De aquí se sacan los POTENCIALES DE REDUCCIÓN, están todos
tabulados y cuidado con algo, siempre van a estar tabulado
como reducciones. Todas estas reacciones están expresadas
como una reducción, si se quiere la oxidación hay que dar vuelta
la reacción y cambiar el signo.

Cálculo de ΔG’° a partir de los potenciales de reducción de

las semi reacciones
En reacciones redox se trabaja con potenciales de reducción y
oxidación, no con valores del ΔG, entonces cada semirreacción
de oxidación o de reducción va a tener un potencial asociado
que puede ser de oxidación o reducción. ¿Cómo se transforman
estos potenciales a ΔG? Primero se acoplan las reacciones igual
que antes y luego calcularlo con esta fórmula: ΔG= -nF ΔE’°

F es constante de Faraday, n es el número de electrones (hay que

saber cuántos están involucrados en la reacción) y lo que hay
que saber calcular es la diferencia de potencial ΔE. Hay dos
formas de hacerlo, pues se puede usar una fórmula que sería: el
Clase 5 23 marzo Aminoácidos y péptidos
Los aminoácidos son las unidades funcionales de péptidos y
proteínas.
Nos vamos a referir a los 20 tipos de aminoácidos que forman
parte de una proteína solamente.
Tenemos la estructura base: un carbono
central que es el carbono alfa unido a un
hidrógeno, un grupo carboxílico que se
llama alfa carboxílico, un grupo amino
que se llama alfa amino y un grupo R que
se le llama radical, este radical es variable
y es lo que le da la identidad al
aminoácido, el resto de la estructura siempre igual.
Aquí lo vemos más en una en una
proyección que representa
mejor el estereoquímica y que se
den cuenta que casi todos los
aminoácidos son quirales. La
excepción es la glicina.
Algo importante como nomenclatura y que será útil cuando haya
que referirse a una estructura de un aminoácido o la estructura
de un péptido o de una proteína es referirse correctamente a los
grupos amino y carboxílico, al alfa amino y alfa carboxílico. Si
hubiera un amino o un carboxílico en el grupo R el aminoácido
tendría otro nombre, por ejemplo, la lisina es el épsilon amino
para diferenciarlo del alfa amino y con aminoácidos ácidos no,
pero ahí se puede decir el carboxílico del grupo R.
Todos los aminoácidos que forman parte de las proteínas
son estereoisómeros L.
Todos los aminoácidos que forman parte de proteínas son
aminoácidos L, están en configuración L y la configuración L
viene del gliceraldehído. No es una
configuración absoluta (como R/S)
sino que es en relación con estas
moléculas. Los aminoácidos D
existen, por ejemplo, en algunas
bacterias y en algunos péptidos con
actividad antimicrobiana.
Los aminoácidos se clasifican de acuerdo con su grupo “R”
En distintos libros hay distintas clasificaciones del grupo R, pero
los vamos a clasificar en apolar, polar sin carga, cargado
negativamente y cargado positivamente. Los que tienen carga
negativa y positiva también podemos decir que son polares
cargados, como la versión extrema de una molécula polar
(aquella que está cargada).
Cuando decimos polar sin
carga nos referimos a que
tiene un grupo R que tiene
heteroátomos que tienen alta
electronegatividad, pero que
no tienen carga. Cuando nos
referimos a apolar generalmente se habla de grupos R que están
formados por carbono e hidrógeno, en algunos casos aparecen
algunos heteroátomos como el azufre, nitrógeno, oxígeno, etc.,
pero en su mayoría son carbono e hidrogeno.
¿Por qué esto es importante? lo importante es poder reconocer
en una proteína si el aminoácido es, por ejemplo, apolar, ese
aminoácido va a tender a estar en el interior de la proteína que
es un entorno hidrofóbico y se va a estabilizar por ciertas
interacciones, en este caso, el efecto hidrofóbico, en cambio, si
el aminoácido es polar sin carga puede estar hacia el exterior de
la proteína formando puentes de hidrógeno con el agua,
formando interacciones dipolo-dipolo, también puede estar
hacia el interior de la proteína formando puentes de hidrógeno
dipolo-dipolo también. Los que son cargados van a estar hacia
fuera de la proteína formando interacciones con el agua también
generalmente puentes de hidrógeno y también puede estar en
hacia el interior formando interacciones de tipo puente salino o
electrostáticas. En el fondo reconocer cuál es la característica de
este grupo R nos va a ayudar a entender después cómo se forma
la estructura de una proteína donde aparecen todas estas
interacciones que se mencionaron e incluso algunas más
(puentes de hidrógeno, efecto hidrofóbico, electroestática, van
der Waals, dipolo-dipolo, puentes salinos, etc.).
Grupos “R” apolares.
Hay algunos aminoácidos que van a aparecer más
frecuentemente que otros y deberíamos conocer su estructura,
por ejemplo, la alanina.
La Alanina, es un aminoácido apolar que tiene un grupo metilo
en su grupo R (carbono-hidrógeno) poca diferencia de
electronegatividad. La alanina va a aparecer mucho después
cuando se hable de gluconeogénesis que es una ruta metabólica
de síntesis de glucosa a nivel hepático, entonces un aminoácido
principal, también se genera en el músculo cuando se degrada la
proteína muscular.
La Glicina, es un caso bien particular porque es el aminoácido
que tiene un hidrógeno como grupo R, entonces es muy
pequeño ese grupo de R, está en la categoría de los apolares,
pero la verdad es que no es tan
apolar. Sería difícil en realidad
si lo tuviéramos clasificar solo
por polaridad, entonces hay
que verlo como un aminoácido
que tiene el grupo R más
pequeño. Eso va a ser
importante, por ejemplo, en
algunas estructuras del tipo
hélice como hélice del colágeno donde nos va a aparecer la
glicina.
Mención especial para la Prolina, la prolina es el único
aminoácido que tienen su grupo R ciclado con el grupo alfa
amina, no es el único aminoácido que tiene un ciclo, pero si es el
único donde el grupo R está ciclado con el amino, todo el resto
tienen su grupo amino libre, de hecho, son aminos primarios y
este es secundario, eso le da una característica particular es el
único aminoácido en que su grupo R es muy rígido y que por lo
tanto no puede rotar. Entonces la prolina es rígida y cuando se
encuentren una proteína va a forzar a que la estructura de la
proteína adopte cierta orientación, en cambio, cualquiera de los
otros aminoácidos se puede acomodar en una estructura más
desordenada, en un alfa hélice, en una hoja beta, etc. Donde hay
Clase 5 23 marzo Aminoácidos y péptidos
una prolina se va a producir un quiebre en la dirección de la
cadena y por eso es importante tener clara su estructura ya que
es el único.
Por otro lado, tenemos los
aminoácidos AROMÁTICOS que
también son apolares, pero en este
caso tienen un grupo aromático del
tipo fenilo, fenol o indol, cualquiera
esos tres anillos. Están en la
categoría de apolares, sin embargo,
el que es más apolar entre estos tres
es la Fenilalanina, en cambio, la Tirosina y el Triptófano, que
tienen heteroátomos como oxígeno, alcohol o NH en el caso del
indol, son más bien de polaridad intermedia, son aminoácidos de
superficie que a lo mejor van a estar un poco ocultos en el
interior de la proteína, pero van a estar en contacto igual con la
parte más externa pudiendo formar algunas interacciones
polares, por ejemplo, por puentes de hidrógeno mediante estos
grupo con a lo mejor otros aminoácidos polares o con moléculas
de agua. Entonces no es todo blanco o negro, no es que si sea
apolar está en el interior o si es polar está hacia afuera, no, hay
varias excepciones. Entonces estos dos aminoácidos en
particular generalmente los podemos encontrar bien en la
superficie, no están ni tan al interior ni tan hacia fuera.
Otra detalle particular es que la Tirosina, dentro de los
aminoácidos apolares, es el único que tiene propiedades ácidas.
Un fenol es ácido, ahora a pH fisiológico, o sea, a pH 7 este grupo
siempre va a estar protonado y por eso la tirosina no se
considera un aminoácido ácido. Pero hay que saber que tiene
propiedades ácidas dependiendo del pH, si lo ponemos a pH 12
se va a desprotonar.
Grupos “R” polares sin carga.
Tenemos cinco aminoácidos, serina, treonina, cisteína,
asparagina y glutamina.
La Serina es un aminoácido muy importante, en su grupo R tiene
un grupo metileno (CH2) con un alcohol primario. Este
aminoácido al tener un grupo alcohol participa frecuentemente
en enzimas donde realiza un ataque nucleofílico sobre otro
grupo, por ejemplo, un carbonilo de un enlace peptídico. Cuando
nosotros veamos mecanismos de enzimas va a aparecer la serina
dentro de esos aminoácidos
principales haciendo catálisis
enzimática. Otra importancia que
tiene la serina es que este grupo
hidroxilo se puede fosforilar y
cuando estaba formando parte de
una enzima y se fosforila
(incorporamos el trifosfato)
cambian las propiedades de la
enzima, las enzimas se pueden activar o inactivar, entonces este
grupo es fundamental para ese tipo de regulación en la actividad
enzimática, también la veremos en regulación covalente de
enzimas.
La cisteína, es el único aminoácido que presenta propiedades
redox, pero no quiere decir que es el único que se puede oxidar
o reducir, es el único aminoácido que presenta propiedades
redox en condiciones fisiológicas en ambientes no agresivos
químicamente, o sea, es una reacción de oxidación que ocurre
espontáneamente en presencia de otra cisteína y, de hecho, los
grupos tioles (SH) se unen y forman un enlace disulfuro, a esta
unión de dos aminoácidos cisteína se le llama cistina. Esta es una
particularidad que tiene y, por lo tanto, como es fácilmente
oxidable la cisteína va a tender a no estar hacia fuera en la
proteína, de hecho, siempre tienden a estar hacia adentro
protegidas ya que si están hacia fuera se oxidan fácilmente y
pueden formar interacciones con otras proteínas y eso produce
agregación molecular, precipitación e incluso está relacionado a
algunas patología, está relacionado envejecimiento también.
La cisteína también tiene propiedades ácidas por el grupo tiol
igual que el fenol de la tirosina, pero a pH fisiológico va a estar
protonado, si la ponemos a pH 8-9 se va a desprotonar, pero no
es un pH que tengamos dentro de la célula, es algo más bien a
nivel de algunas enzimas o a lo mejor una aplicación en el
laboratorio.
Asparagina y Glutamina solo las voy a mencionar porque muchas
veces se confunden con el aspartato y el glutamato, entonces es
importante que al escuchar el nombre asparagina y glutamina
sepan que estamos hablando de una amida en el grupo R y que
no tiene propiedades ácidas ni básicas, el grupo amino no se
protona ya que el par electrónico no compartido del nitrógeno
está deslocalizado hacia el carbonilo, por lo tanto, no está
disponible para ser protonado.
Grupos “R” con carga negativa.
Son sólo dos y aparecerán frecuentemente. El Aspartato y
Glutamato van a aparecer en metabolismo de aminoácidos y son
dos de los fundamentales.
La única diferencia entre aspartato
y glutamato es que glutamato
tiene un CH2 extra en el grupo R,
eso hace cambiar el pKa de los
grupos carboxílicos, mientras más
alejados estamos del alfa amino y
alfa carboxílico van a cambiar sus
propiedades ácido-base. El
glutamato va a ser un poco más básico que el aspartato en
cuanto a pKa. Ambos tienen carga negativa a pH fisiológico, por
eso se les llama aminoácidos con carga negativa o aminoácidos
ácidos.
Grupos “R” con carga positiva.
Son sólo tres, la histidina es súper importante.
La Lisina, tiene una cadena hidrocarbonada donde tenemos el
grupo alfa amino y épsilon amino. Este grupo amino es básico,
se protona, por lo tanto, le da carga positiva y frecuentemente
en una proteína vamos a encontrar cargas positivas dadas por
las lisinas.
La Arginina es parecido, pero
tiene un grupo guanidinio el cual
también se protona y adquiere
carga positiva, en este caso la
carga positiva esta deslocalizada
entre los dos grupos aminos.
Por último, tenemos la Histidina que tiene un anillo imidazol
donde el nitrógeno (en este caso dibujado hacia abajo, pero
podría estar arriba) se protona, tiene propiedades ácido-base. Al
protonarse adquiere carga positiva, la cual no está dibujada, y es
importante que sepan que el pKa del grupo imidazol es 6, por lo
tanto, es cercano a 7 estando en el rango de pH fisiológico,
entonces la histidina esta protonada y desprotonada, hay una
Clase 5 23 marzo Aminoácidos y péptidos
fracción protonada y una fracción desprotonada a pH fisiológico
y eso hace que la histidina sea muy relevante en catálisis ácido
base, la histidina es capaz de donar el protón cuando está
protonada y es capaz de abstraer un protón cuando está
desprotonada. Entonces la veremos en varios ejemplos
formando parte de las enzimas haciendo catálisis ácido-base.
En resumen, tenemos los apolares, los cuales no tienen grupo R
ionizables, o sea, que sean protonables y desprotonables,
excepto la tirosina. Luego tenemos los grupos R, pero sin carga,
los cuales tampoco tienen grupo R ionizables, excepto la
cisteína. Y tenemos los aminoácidos ácidos que son los que
tenían el grupo carboxílicos y los básicos que son variables, no
es que todos tengan grupos aminos, pero son todos básicos. Los
que son ionizables le van a dar una cierta carga al péptido y a la
proteína y por eso son relevantes.
Propiedades ácido-base de los aminoácidos.
Hay que saber manejar muy bien estas tablas de pKa para saber
si el aminoácido va a estar en su forma protonada o
desprotonada, que carga va a tener y eso lo vamos a trasladar
después hacia péptidos y proteínas.
Por ejemplo, la histidina tiene tres pKa, uno es grupo alfa
carboxílico (1.82), uno del grupo alfa amino (9,17) y el pKa del
anillo imidazol (6), por lo tanto, conociendo sus valores de pKa
y conociendo el pH del medio se puede saber si van a estar
protonados o desprotonados.
Hablemos, por ejemplo, del imidazol que tiene pKa 6. Si tengo la
Histidina a pH 8 ¿cómo va a estar este grupo imidazol, protonado
o desprotonado? a pH 8 debería estar
desprotonado, eso es algo muy básico, pero
todos deben tenerlo muy claro. Como va a estar
desprotonado no tiene carga el grupo R y eso nos
va a ayudar, por ejemplo, a saber, qué
interacciones pueda tener con otros aminoácidos
en la proteína, al no tener carga no puede tener
interacciones que requieran una carga como las interacciones
por puente salino o electrostáticas. ¿Cómo va a estar ahora el
grupo alfa carboxílico que tiene un pKa de 1,82 a pH 8? A pH 8
vamos a estar muy por sobre el valor del pKa que es ácido así
que también va a estar desprotonado. En cambio, el grupo alfa
amino, de pKa 9,17, si lo tenemos a pH 8 en este caso lo vamos a
tener protonado, por lo tanto, en esta condición la histidina va a
estar en su forma zwitteriónica, con carga negativa y carga
positiva, pero una carga neta o total de cero. No hay que
confundirse en esto, no es lo mismo decir que el aminoácido no
tiene carga a que el aminoácido tiene carga neta igual a cero, si
yo digo que no tiene carga estoy diciendo que el grupo
carboxílico esta protonado y el alfa amino desprotonado, esa es
la única forma en la que el aminoácido podría no tener carga. En
cambio, en la forma tal cual como está dibujado es zwitteriónico,
no tiene carga neta, pero sí tiene que haber, el grupo carboxílico
tiene carga negativa y el amino carga positiva. Eso sirve mucho
en una técnica de separación qué es la electroforesis de
proteínas o de péptido donde podemos separar las distintas
moléculas, por ejemplo, por su carga, también se pueden
separar por su peso molecular, pero la carga serviría para
separar distintas especies de aminoácidos, péptidos o proteínas.
En la tabla también se ve el concepto de punto isoeléctrico para
todos los aminoácidos. El punto isoeléctrico es el valor de pH
exacto al que un aminoácido determinado se encuentra con
carga neta igual a cero.
Por ejemplo, si tengo el aspartato en su forma zwitteriónica,
tendría que tener el grupo amino desprotonado, el carboxílico
protonado y el grupo R desprotonado para que tenga carga
neutra, pero depende del aminoácido como va a ser su
estructura.
Por ejemplo, en la serina
solamente entran en juego los
dos grupos alfa, en este caso
dibujado como zwitterión.
Pero no es la misma estructura que podría tener
el aspartato que tiene tres grupos. Entonces lo definimos como
el pH al cual el aminoácido o la especie tiene carga neta igual a
cero, podría tener sólo dos cargas, negativa y positiva, o podría
tener más grupos ionizables, podría ser un péptido y que tenga
a lo mejor diez cargas, cinco negativas y cinco positivas, y a eso
se refiere con que no necesariamente es negativo y positivo en
el carboxílico y amino, sino que depende de la especie ya que los
grupo R tienen propiedades ionizables en algunos casos.
Zwitterión quiere decir que están equiparadas las cargas
negativas con positivas. No siempre la estructura del zwitterión
va a ser la misma con el carboxílico con carga negativa y con el
amino con carga positiva porque a lo mejor podemos tener un
péptido donde se tienen dos cargas positivas y dos cargas
negativas.
¿Cómo se calcula el punto isoeléctrico? sí solamente tenemos
dos valores de pKa, el carboxílico y el amino, entonces es la suma
de los pKa dividido por dos → (pKa1 + pKa2)/2. En cambio,
cuando tenemos tres o más valores de pKa no es que se sumen
todos los pKa y se dividan por el número correspondiente, hay
que ver es cuales pKa están involucrados en formar esta especie
que tiene carga neta igual a cero y ahí depende del aminoácido,
del péptido o de la proteína. Entonces siempre los grupos se van
a ir desprotonando, por
ejemplo, si tomamos el
glutamato los grupos se
va a ir desprotonando
de mayor acidez a
menor acidez, así que
siempre de menor pKa a
mayor pKa. Primero el
pKa1 es el alfa
carboxílico y luego el
pKR que es el carboxílico
del grupo R y luego el
pK2 que corresponde al
alfa amino.
El punto isoeléctrico de los aminoácidos ácidos va a estar en el
rango ácido, los básicos en el rango básico y el resto que no son
ni ácidos ni básicos van a estar siempre por ahí alrededor de 6.
Péptidos: unión de aminoácidos a través de enlaces
peptídicos.
Cuando se tienen dos o más aminoácidos que se unen se forma
un péptido, en este caso se está mostrando un dipéptido
formado por la unión de 2 aminoácidos. La reacción es desde el
grupo amino de un aminoácido al carboxílico de otro, el enlace
es una amida, pero le vamos a decir en este caso el enlace
peptídico. Esta reacción para formar un péptido y luego una
proteína depende del código genético, no es simplemente que
reaccione un amino con un carboxílico, sino que el orden en que
Clase 5 23 marzo Aminoácidos y péptidos
van a reaccionar depende del código genético. Así que es un
proceso extremadamente complejo, pero en la imagen se ve
muy simple.
Hacer esta reacción en el
laboratorio no es tan fácil, el
ánimo no reacciona
fácilmente con un carboxílico,
hay que agregar un agente
acoplante para que se puedan
unir y eso se hace en el
laboratorio cuando se
sintetizan péptidos.
Lo importante es que el grupo carboxílico del primer
aminoácido, al cual le correspondía pKa1 y el grupo amino del
segundo aminoácido, al cual le correspondía el pKa2 se pierden
cuando se forma el enlace peptídico, entonces en este dipéptido
¿Qué es lo que queda como grupos ionizables? el alfa amino del
primer aminoácido y el alfa carboxílico del segundo aminoácido
y nos quedan los grupos R. Si éstos grupos R son ácidos o básicos
entonces van a tener también carga, sino no, no se pueden
protonar ni desprotonar.
Otra cosa importante es que van a cambiar de nombre, ahora el
alfa amino del primer aminoácido será el amino terminal y el alfa
carboxílico del segundo aminoácido será el carboxílico terminal
o el carboxilo terminal. Siempre nos vamos a referir a estos
grupos como los terminales, el amino terminal siempre va a estar
protonado a pH 7 y el carboxílico terminal siempre va a estar
desprotonado por sus valores de pKa, independiente de cual
aminoácido sea siempre va a estar en esa forma. En cambio, los
grupos R dependen del pKa del aminoácido.
El enlace peptídico tiene carácter parcial de doble enlace
por lo que no presenta rotación.
Características del enlace peptídico muy relevantes, el enlace
peptídico al ser una amida, el par electrónico sobre el nitrógeno
está deslocalizado hacia el carbonilo, hacia lo oxígeno en
realidad, por lo tanto, tenemos estructuras resonantes donde
una de ellas es una estructura donde tenemos un doble enlace
carbono-nitrógeno, al ser la estructura resonante la correcta es
algo intermedio, donde la distancia de enlace carbono-nitrógeno
en más corta que para un enlace simple, pero es más larga que
para un enlace doble, entonces es un enlace doble parcialmente.
Lo relevante es que al ser un enlace parcialmente doble no tiene
rotación, rotación que sí tendría un enlace y eso determina que
estos seis átomos se encuentran en un plano que se llama el
plano del enlace peptídico.
Características de la cadena polipeptídica.
El plano del enlace peptídico en este caso está simbolizado por
estos cuadros o rombos.
El carbono alfa, carbono del carbonilo (C=O), NH, carbono alfa.
Estos seis átomos son coplanares debido a que este enlace no
presenta rotación, están fijos en el espacio. Lo mismo pasa en el
resto de la cadena. Entonces un péptido y luego una proteína se
va a organizar en una serie de planos. ¿dónde hay rotación?
solamente en los enlaces simples que serían enlace carbono alfa
nitrógeno, y carbono alfa carbono del carbonilo (también se le
llama carbono prima). Entonces la rotación está en los vértices
de los planos y esa rotación en los vértices hace que un péptido,
por ejemplo, que es más bien lineal se pueda acomodar como
una hélice ya que los planos van a empezar a girar, el plano
completo y eso va a formar, por ejemplo, una alfa hélice que la
veremos en estructura de proteínas.
Los ángulos de enlace tienen un nombre, pero no son tan
relevantes, lo relevante es donde hay rotación y saber que no
hay rotación en el enlace peptídico.
El estado de ionización de un péptido depende de la
presencia de grupos “R” ionizables (ácidos, básicos, fenol y
tiol)
Aquí tenemos un tetrapéptido, en este caso este tetrapéptido
está formado por alanina, glutamato, glicina y lisina, uno
después se acostumbra a las abreviaciones, las abreviaciones de
una sola letra son las que van a aparecer en las secuencias de las
estructura de proteínas.
Lo relevante es que las
propiedades ácido-base que
tenemos de cada uno de
estos aminoácidos solamente
nos queda en la amino
terminal que le corresponde a
la alanina, el carboxílico
terminal que le corresponde
al de la lisina y tenemos dos
grupos R ionizables, el del
glutamato que es ácido y el de
la lisina que es básico. Aquí
hay muchas condiciones de
pH para ver cómo van a estar estos grupos.
Lo que está dibujado acá es a pH 7, los aminos van a estar
protonados y los carboxílicos desprotonados, pero ¿cómo va a
estar este péptido a pH 4? ¿cuál es la estructura de este péptido
a pH 4? ahí tienen que usar la tabla y se van a dar cuenta si saben
usar bien la tabla para encontrar los valores pKa que
corresponden y ver el estado de protonación de todos estos
grupos.
Cuando nos referimos a los carbonos alfa nos estamos refiriendo
a los carbones alfa de los aminoácidos cuando eran aminoácidos,
en cambio, lo que se muestra acá es un péptido ya los
aminoácidos ya no existe, sin embargo, se le sigue nombrando
carbono alfa a aquellos que eran los carbonos centrales de los
aminoácidos. Los aminoácidos desaparecieron y aquí tendemos
a cometer un error, que les tendemos a decir aminoácidos aun
cuando ya están formando parte de un péptido y de una
proteína, pero ya no son aminoácidos, son residuos
aminoacídicos, lo que quedó del aminoácido cuando formó una
proteína, por lo tanto, es incorrecto decir este es el aminoácido
alanina, lo correcto es decir lo correcto es decir este es el residuo
aminoacídico de alanina.
Clase6 24 marzo estructura de proteínas
¿Cómo se estabiliza la estructura de las proteínas?
¿Cuál es la diferencia entre un péptido y una proteína, sí
básicamente los dos están formados por aminoácidos unidos
por enlaces peptídicos? entonces la diferencia tiene que ver un
poco con la cantidad de aminoácidos que se unen y con la
estructura que forma, cuando hablamos de un péptido estamos
hablando de pocos aminoácidos, no hay un número que les
pueda decir, pero son pocos (10, 20, 30, 40) y cuando estamos
hablando de una proteína generalmente estamos hablando de
cientos de aminoácidos aunque hay excepciones. Entonces hay
una diferencia importante en la cantidad de aminoácidos, pero
no hay un corte, o sea, no es que ustedes digan hasta 49
aminoácidos en un péptido y 50 ya es una proteína, no, no es así.
¿Cómo distinguimos un péptido de una proteínas? la cantidad no
es lo único que los diferencia, la otra diferencia importante es la
estructura. Los péptidos, generalmente no tienen una
estructura compleja, tienen una estructura más bien lineal
desordenada, en algunos casos en una estructura ordenada,
pero es un tipo de estructura, en cambio, una proteína tiene
múltiples tipos de estructura y es una estructura global o
tridimensional mucho más compleja que un péptido y esa es la
principal diferencia. Hay proteínas que son de cadenas de 20
aminoácidos que son muy pequeños y podríamos pensar que es
un péptido, pero es una proteína que tiene una estructura
compleja, tiene alfa hélice, una hoja beta, puentes disulfuro y un
montón de interacciones que se verán en esta unidad.
La base entonces es la formación de enlaces peptídicos, un
aminoácido se une con otro mediante un enlace peptídico y así
con el siguiente y con lo siguiente, etc.
En la imagen vemos la estructura de una proteína cuando se
sintetiza, más bien una conformación al azar (1) y
espontáneamente la proteína se va plegando para adquirir una
estructura compleja en este caso con alfa hélices, giros, etc. para
formar la proteína final en su forma que le permite cumplir con
su función in vivo. Esa función podría ser transportar alguna
molécula, por ejemplo, transportar oxígeno en el caso de la
hemoglobina, transportar ácido graso en el caso de la albúmina
de suero, etc., podría ser una enzima como la hexoquinasa que
conversamos en algún momento en bioenergética, podría ser
también una proteína de membrana que actúe como un canal
para moléculas, para iones, podría ser una proteína que forme
parte de alguna estructura más macro, por ejemplo, el colágeno
que forme a lo mejor una estructura más firme en tejidos como
los tendones, etc. Hay muchas posibilidades y todas ellas están
dadas por las proteínas.
Entonces ¿Qué hace que una proteína que tiene una estructura
más bien al azar cuando se sintetiza ((1): cadena con los
aminoácidos y los distintos enlaces peptídicos) se pliegue y
forme esta estructura tan compleja? ¿cuál es la razón de que eso
ocurra? Una razón muy importante es debido a las interacciones
intermoleculares ¿de qué tipo podrían ser esas interacciones? los
puentes de hidrógeno, puentes disulfuro, puentes salinos
interacción dipolo-dipolo, dipolo-dipolo inducido, interacciones
catión Pi, están tan de las interacciones por efecto hidrofóbico y
cuando hablamos del puente de hidrógeno tenemos múltiples
puentes de hidrógeno, no hay un solo tipo en proteínas, sino que
hay por lo menos 4 distintos. Eso es lo que hacen que esta
estructura, más bien desordenada, forme una estructura
plegada compleja, en términos en tridimensionales.
Hay una razón que nos tiene que decir la lógica y es que esta
estructura (1) no tiene que ser estable porque si fuera estable se
quedaría así (1), pero ¿qué es lo que pasa con un péptido? un
péptido es estable en esa conformación al azar o puede serlo, en
este caso, la proteína que
se muestra no es estable
(1)
¿por qué no es estable?
dentro de todas las
posibles interacciones
mencionadas hay una que
es sumamente importante
y es el efecto hidrofóbico, este se da cuando tengo cadenas de
los grupos R de los aminoácidos, o sea, residuos aminoacídicos
que sean apolares y si todos los grupos están hacia fuera en
contacto con el agua y son hidrofóbicos apolares se va a
producir una inestabilidad, va a ser difícil solvatar esos residuos
apolares ya que no interactúan con el agua, no forman puentes
de hidrógeno, no forman interacciones dipolo-dipolo con el
agua, entonces ¿cómo la estabilizamos? la principal forma de
estabilizarlo es que se vayan hacia el interior de la proteína para
“esconderse” del agua y así minimizar en el fondo la energía que
es necesaria para solvatar esta proteína ya que es un medio
acuoso. Entonces todos los aminoácidos que son más bien
apolares se van hacia el interior, en su gran mayoría, puede
haber alguno que otro que esté más en la superficie, pero la gran
mayoría de los aminoácidos están hacia el interior y eso se llama
efecto hidrofóbico. Este es uno de los puntos principales que
hacen que esta estructura no sea estable. Sí todos estos
aminoácidos fueran polares la proteína no tendría ningún
problema en estabilizarse, así como está de manera
desordenada e interactuar con el agua, pero ese no es el caso,
las estructuras de las proteínas tienen en general de todos los
tipos de aminoácidos polares, apolares, cargados, polares sin
carga.
La estabilidad de la estructura de las proteínas se debe
principalmente a interacciones débiles.
Estos tipos de interacciones explican cómo se estabiliza la
estructura de una proteína. En primer lugar, las separamos en no
covalentes y covalentes ya que hay de los dos tipos. Las no
covalentes son más relevantes en cuanto a cantidad y aparecen
más en una proteína.
NO COVALENTES:
Los PUENTES DE HIDRÓGENO pueden ser intra o
intermoleculares. Intramolecular estamos hablando cuando hay
un puente de hidrógeno que se forma entre
residuos aminoacídicos que son parte de la
misma proteína, por eso intramolecular. En
cambio, puente de hidrógeno
Intermoleculares, por ejemplo, son los puentes de hidrógeno
que se forman con el agua que es una molécula distinta a la
proteína. Al utilizar este lenguaje para explicar cómo se
estabilizó una proteína es muy importante usar de manera
Clase6 24 marzo estructura de proteínas
correcta estos términos, si es que las interacción es intra o
intermoleculares y entre quienes.
Por ejemplo, aquí tenemos un grupo carbonilo que corresponde
a un enlace peptídico, los C=O son parte del enlace peptídico y
los grupos NH también ya que es una amida (CONH). Entre ellos
pueden formar puentes de hidrógeno y
tienen la típica estructura para formar
un puente de hidrógeno, un grupo
donor que sería el NH y un grupo aceptor del puente de
hidrógeno que sería el carbonilo. Este puente de hidrógeno es
intramolecular formado sólo por átomos del enlace peptídico.
¿Cuál sería un puente de hidrógeno intermolecular? por ejemplo,
si tenemos un grupo carbonilo, también del
enlace peptídico de la proteína, pero
formando puentes de hidrógeno con el agua.
Esta interacción sería un puente de hidrógeno intermolecular.
Un puente de hidrógeno entre un residuo aminoacídico que es
polar sin carga, asparagina, y la serina que también es un residuo
aminoacídico polar sin carga, se
estabilizan por puentes de hidrógeno
y este puente de hidrógeno es
intramolecular, pero es distinto al
anterior ya que es entre 2 residuos polares.
Tenemos un puente de hidrógeno entre un residuo, que es
bastante inusual, la tirosina que es apolar, sin embargo, tiene un
grupo hidroxilo, un fenol, quién es
capaz de formar puentes de
hidrógeno y está formando puentes
de hidrógeno con un carbonilo del
enlace peptídico. Este es un puente hidrógeno intramolecular
entre un grupo R de un residuo apolar con el grupo carbonilo del
enlace peptídico.
Cuatro tipos de puentes de hidrógeno distintos (combinaciones
entre 2 residuos polares, 1 polar con el enlace peptídico, 1 polar
con el agua, sólo entre átomos del enlace peptídico, etcétera).
Los puentes de hidrógeno son las fuerzas más importantes para
estabilizar biomoléculas en general, estabilizan proteínas
estabilizan la doble hélice del ADN que es la clave para la vida,
entonces son las más relevantes a pesar de que son bastante
débiles si los comparamos con un enlace covalente o con una
interacción electrostática, pero son sumamente importantes.
La definición de un puente de hidrógeno es bastante acotada,
pero es importante recalcar que el puente de hidrógeno es
bastante diverso en todas las posibilidades mencionadas, con el
agua, entre los grupo R, entre los átomos del enlace peptídico y
mezclado enlace peptídico con grupo R. No quedarse con que
un puente de hidrógeno es de un solo tipo, ya que son muchos
tipos.
Los PUENTES SALINOS es una forma particular de llamarle a una
interacción iónica o interacción coulombica. Se dan entre
residuos básicos y ácidos, ya que los básicos tienen carga
positiva y los ácidos tienen carga negativa. Por ejemplo, un
puente salino formado entre la lisina y el aspartato, carga
positiva y carga negativa, esta es una interacción mucho más
fuerte que un puente de hidrógeno, un puente de hidrógeno se
da porque hay densidades de carga, el hidrógeno tiene una
densidad de carga positiva y el oxígeno tiene una densidad de
carga negativa, la nube electrónica es atraída más hacia el
oxígeno desde hidrógeno, por lo tanto, es una interacción que
tiene un componente electrostático, sin embargo, en un puente
salino hay una carga formal positiva y negativa y eso es lo que
diferencia estas dos interacciones.
En esta proteína no se ve ningún otro ejemplo de puente salino,
pero pueden intercambiar el aminoácido básico por cualquiera
de los otros, o sea, podría ser la arginina o también la histidina y
pueden intercambiar el ácido por el otro que sería el glutamato
y así se tienen todas las combinaciones posibles.
La interacción CATIÓN Pi no se muestra en este ejemplo, pero es
bastante relevante cuando tenemos un residuo básico con carga
positiva y un residuo aromático, por ejemplo, sí la tirosina la
tuviéramos cerca de la lisina, ellas dos podrían formar una
interacción catión Pi.
¡OJO! no es que dos residuos solamente puedan formar un tipo
de interacción. Una lisina con una tirosina podría formar una
interacción catión Pi, pero también podrían formar un puente de
hidrógeno siendo el OH, en este caso, un aceptor igual que en la
asparagina-serina nombrados anteriormente y uno de los
hidrógenos de la lisina podría ser donor.
En el caso de lisina y aspartato forman un puente salino, pero
también pueden formar puentes de hidrógeno donde el grupo
aceptor sería el carboxílico y tenemos los hidrógenos que
podrían ser donados.
Entonces no se queden con la idea de que dos residuos
solamente interactúan de una sola forma porque pueden
interactuar de múltiples formas.
Ahí es bueno hacer el ejercicio de decir si yo tengo estos dos
aminoácidos cómo podrían interactuar y dar todas las
posibilidades.
Las FUERZAS DE VAN DER WAALS, hay de varios tipos, pero una
importante de destacar es la dipolo-dipolo entre los residuos
polares, pero neutros sin cargas. Una interacción dipolo-dipolo,
por ejemplo, se va a dar entre dos serinas,
densidad de carga positiva y negativa
sobre el hidrógeno y el oxígeno
respectivamente y fijarse que están
orientados como un dipolo negativo-
positivo y positivo-negativo, sí yo las oriento de otra manera
estos dos residuos aminoacídicos podrían formar un puente de
hidrógeno igual al de asparagina-serina.
Entonces de repente es medio confuso ver si es que podrían
formar un puente de hidrógeno o una interacción dipolo-dipolo,
depende de cómo se orienten podrían formar ambas. (serina-
cisteína, pero es raro. Serina-treonina también podría ser)
El EFECTO HIDROFÓBICO, algunos que le llaman interacción
hidrofóbica, pero para mí al menos es más correcto decirle
efecto hidrofóbico ya que no hay una
interacción entre ambos residuos. Se da entre
residuos apolares y tenemos dos ejemplos.
Ejemplo 1, tenemos tres residuos que son
apolares y al tener sólo residuos apolares
entre ellos no pueden formar puentes de
hidrógeno, no pueden formar puentes salinos,
no pueden formar interacciones dipolo-dipolo, entonces, y esto
es un término más bien coloquial, se juntan para “esconderse”
del agua, entonces ¿qué es lo que estabiliza esta interacción? en
el fondo que sólo hay residuos apolares y que esto que está en
amarillo forma un bolsillo hidrofóbico y en ese bolsillo
Clase6 24 marzo estructura de proteínas
hidrofóbico no hay agua, por todo el rededor de la proteína hay
agua, y dentro de la proteína a lo mejor hay moléculas de agua,
unas pocas moléculas, pero hay. En estos bolsillos hidrofóbicos
no hay agua y como estos residuos no se estabilizan bien con el
agua entonces se sienten más cómodos de esta manera
juntándose entre todos y no interactuando con
residuos polares o con el agua. Ese es el efecto
hidrofóbico. En el ejemplo 2 es lo mismo, pero
con dos residuos.
COVALENTES:
La más importante que hay entre residuos aminoacídicos son los
PUENTES DISULFURO que se forman entre dos cisteína y aquí es
específico, no hay otro puente
disulfuro. Los grupos tiol se oxidan
formando un enlace disulfuro. Por
ejemplo, hay dos cisteínas,
reaccionan, esta es una reacción redox, se oxidan y forman un
puente disulfuro.
Primero ¿qué es lo que hace que dos cisteínas se oxiden? Uno
dice que se oxida espontáneamente, pero siempre hay que
considerar que está presente el oxígeno en el medio, por lo
tanto, el oxígeno puede ser el agente oxidante que permita esta
reacción. Esta reacción puede realizar la formación de un puente
disulfuro sin una catálisis enzimática, simplemente se
encuentran dos cisteínas y forman un puente disulfuro en un
ambiente propicio para ello. Si la tenemos en un ambiente
reductor no se van a formar puentes disulfuro, pero en la célula
se forman o incluso si tomo dos tiol y los hago reaccionar a
temperatura ambiente y los incubó durante un tiempo adecuado
voy a formar puentes disulfuro. ¿Qué gracia tiene esta
interacción comparada con todas las otras? es la única que es
covalente, por lo tanto, es muy estable, este tipo de enlace no
se rompe si es que yo le cambio el pH a la proteína, si yo le
cambio la temperatura a la proteína o sí yo la proteína la pongo
en presencia de agentes que se llaman denaturantes que hacen
que pierda la estructura de la proteína y esos pueden ser
agentes formadores de puente de hidrógeno o pueden ser, por
ejemplo, detergentes.
Todas estas interacciones que son débiles se rompen fácilmente
si yo cambio algo en el medio temperatura y pH son dos factores
principales y presencia de algún agente externo como
detergente u otros más. Pero los puentes disulfuro no se van a
romper a menos que yo ponga la proteína en un medio reductor,
entonces se puede hacer en el laboratorio. Se saca la proteína
de la célula, la someto a algún agente reductor, por ejemplo,
mercaptoetanol y caliento la solución, generalmente se hierbe,
en ese caso se rompen los puentes disulfuro, pero si yo mi
proteína la tengo a temperatura ambiente y sin agentes
externos no va a pasar nada.
¿Para qué nos sirve eso in vivo, para qué nos sirven a nosotros
tener esas interacciones? piensen en las proteínas que, por
ejemplo, trabajan en nuestro estómago, las enzimas como la
pepsina que son enzimas encargadas de hidrolizar enlace
peptídicos de las proteínas que vienen de la dieta, son muy
importantes ¿cómo esta proteína se mantiene estable a pH 2,
que el pH del estómago? si yo pongo este puente salino a pH 2 el
aspartato se protona, pierde la carga negativa y se rompe el
puente salino, por lo tanto, el pH ácido desestabiliza las
interacciones intramoleculares que hay en esta proteína, pero
disulfuro no. Entonces si mi proteína tiene muchos puentes
disulfuro eso la hace estable en un medio tan agresivo como, por
ejemplo, el jugo gástrico a pH muy ácido, entonces la tendencia
es a que las proteínas que trabajan en el medio extracelular,
donde el pH no es necesariamente 7, tienden a tener una mayor
cantidad de puentes
disulfuro para darle
mayor estabilidad a las
proteínas que están en
la sangre, las que están a
nivel gastrointestinal, es
típico que tengan varios
puentes disulfuro.
Esto que se está mostrando acá en este dibujo, es una caricatura,
no es real, de una estructura terciaria que en el fondo es la
estructura global o tridimensional de la proteína.
Existen cuatro niveles estructurales en las proteínas
Las proteínas no tienen sólo un tipo de estructura, en realidad
tienen cuatro y cada uno de estos tipos de estructura primaria,
secundaria, terciaria y cuaternaria, se estabilizan de manera
distinta, cada una tiene una definición y formas de estabilizarse.
La ESTRUCTURA PRIMARIA es la secuencia de los residuos
aminoacídicos en la proteína con todos sus enlaces covalentes,
eso quiere decir, con los enlaces peptídicos que son covalentes
y con los puentes disulfuro, este se forma entre 2 cisteínas en
particular y no entre cualquieras. Eso es una estructura primaria,
en el fondo es la estructura que se ve cuando se mira la
secuencia de una proteína, la secuencia de aminoácidos. Puede
que haya otro profesor que opine distinto, pero para mí no
existe la estructura primaria como tal, o sea, yo no puedo tener
una proteína en su estructura primaria porque la
estructura primaria en el fondo es una descripción
nuestra de cuál es el orden de los aminoácidos, por lo
tanto, no es algo que yo vea in vivo. Algunos, en
cambio, piensan que la estructura desordenada de la
proteína, así como la vimos en un principio, es la
estructura primaria, pero para mí es la estructura
simplemente al azar y la primaria es la secuencia.
La estructura primaria es la que determina todos los
otros tipos de estructuras, por lo tanto, es
sumamente importante. Si cambio algunos de los
aminoácidos de orden o cambio la identidad a los aminoácidos,
ejemplo un aspartato por una tirosina, me cambia todo el resto
de la estructura de la proteína, así de drástico es, se cambia un
aminoácido y esa proteína puede que ya no pueda cumplir con
su función para la que fue sintetizada y eso tiene que ver con las
mutaciones que se producen en el ADN, pero eso lleva a que las
proteínas que se sinteticen sean defectuosas, tengan cambios
en su estructura y eso puede pasar apenas con un aminoácido.
Entonces esta secuencia determina qué tipo de estructura
secundaria, terciaria y cuaternaria se van a formar. Eso es lo más
relevante.
La ESTRUCTURA SECUNDARIA es un arreglo espacial ordenado
y generalmente periódico de una parte de la proteína, es decir,
de un segmento de la proteína ya que generalmente las
proteínas tienen varios tipos de estructuras secundarias, pero
nuevamente hay algunas excepciones ya que hay proteínas que
tienen un solo tipo de estructuras secundarias de principio a fin,
no tienen más.
Tipos de estructura secundaria: las más importantes son dos, el
alfa hélice que se muestra aquí, del cual vamos a hablar en
Clase6 24 marzo estructura de proteínas
detalle más adelante y tenemos también las hojas beta plegada.
Esos son los dos tipos de estructura secundaria más importante
y que vamos a encontrar en casi todas las
proteínas. Hay algunos tipos de estructura
particulares, por ejemplo, la hélice del colágeno
que también la vamos a hablar más adelante es un
tipo de estructura secundaria que no existe en
otras proteínas y por eso que no se toma como un
caso general, sólo existen en el colágeno. En
cuanto a las hélices no es cierto que sólo exista la
alfa hélice, hay múltiples hélices, por ejemplo,
existe la hélice Pi o la hélice PP2, son distintos tipos. Entonces
que quede claro que las más comunes y las más importantes son
alfa hélice y hoja beta plegada. La estructura secundaria
solamente está estabilizada por puentes de hidrógeno.
La ESTRUCTURA TERCIARIA de una proteína es la descripción de
la posición espacial de todos los átomos de esa proteína, dicho
de otra manera, es la estructura tridimensional y la real que
tienen las proteínas en la célula o en el
medio biológico en el cual está actuando,
sea intra o extracelular. También es la que
nosotros averiguamos cuando hacemos
una estructura cristalográfica de una
proteína, ahí lo que nosotros vemos es una
representación de la estructura terciaria.
Entonces la terciaria incluye a la secundaria
y a la primaria y como es tridimensional es
medio difícil verlo en estas imágenes en dos dimensiones.
Todas las proteínas tienen estructura primaria, secundaria y
terciaria, en algunos casos no, pero más adelante vamos a ver
excepciones donde a lo mejor la estructura secundaria y la
terciaria son iguales y existen proteínas que su estructura
secundaria es un alfa hélice y su estructura terciaria a lo mejor
también es una alfa hélice, sin embargo, tiene estructura
terciaria, lo que pasa es que coincide con la estructura
secundaria, por eso digo que todas tienen hasta la tercera, pero
no todas tienen estructura cuaternaria.
La ESTRUCTURA CUATERNARIA solamente aparece en algunas
proteínas y se da cuando tengo varias
subunidades, cada subunidad es una
cadena polipeptídica, o sea, es como si
fuera una proteína en sí mismo y en este
caso se está mostrando la hemoglobina,
la hemoglobina tienen cuatro
subunidades que están aquí con colores
distintos bien representadas y, por lo
tanto, esta es una estructura cuaternaria.
Algo muy importante de mencionar es que la estructura terciaria
está estabilizado por todos los tipos de interacciones, en
cambio, la estructura cuaternaria solamente está estabilizada
por interacciones débiles, no hay interacciones covalentes, así
que entre las subunidades puede haber puentes de hidrógeno,
puentes salinos, efecto hidrofóbico, pero no puede haber
puentes disulfuro ni otro tipo de interacciones covalentes, están
por separado. Por ejemplo, en el caso de la hemoglobina estas
cuatros subunidad se encuentran justo en la posición correcta y
forman esta mega estructura que es la hemoglobina.
¿Qué diferencia una subunidad de una proteína? la diferencia es
que una proteína cumple con una función, sea cual sea, una
enzima, ser transportador, etc., pero una subunidad por sí sola
no requiere de las otras subunidades para cumplir la función, en
este caso, la función es transportar oxígeno y se requieren de las
4 subunidades de la hemoglobina para cumplir con ese rol. Para
confundirlo aún más, hay proteínas que están formadas por
varias cadenas y no necesariamente son subunidades, son
simplemente cadenas polipeptídicas
Resumen en cuanto a interacciones:
• Primaria, sólo enlaces covalentes, enlaces peptídicos y
puentes disulfuro.
• Secundaria, sólo puente de hidrógeno.
• Terciaria, de todos los tipos de interacciones que vimos.
• Cuaternaria, sólo débiles (no covalentes).
¿La estructura cuaternaria al estar unida por interacciones no
covalentes es un poco más fácil o más susceptible a romperse
por cambios más leves? Si, la estructura cuaternaria es más fácil
de romperse por el proceso de denaturación por pequeños
cambios, hay que pensar que los cambios no son tan agresivos,
si toman una proteína a temperatura 37° y pH 7 y la ponen a pH
5 se denatura, a veces la van a ver hasta precipitar, si le cambian
la temperatura de 37° a 45° ó 50º y muchas proteínas mueren,
entonces no son condiciones extremas en que nosotros
estemos hablando de que la proteína hay que calentarla a 100º o
llevarla a pH 1, sino que se baja o sube subir un poquito el pH y
es suficiente para cambiar la estructura de la proteína, pero si yo
pienso en una terciaria que está estabilizada por muchos
puentes disulfuro y una cuaternaria, la cuaternaria es más fácil
de romper.
Algo que también es súper interesante a nivel de laboratorio es
si yo quiero investigar la estructura de una proteína es que yo
puedo de manera selectiva, controlando las condiciones,
romper solo la estructura cuaternaria, pero dejar las
subunidades con su estructura terciaria intacta, ya que cada una
de las subunidades tiene una estructura terciaria y eso se hace
controlando muy bien el agente químico que agrego, su
concentración, las condiciones de temperatura y pH, esto es
hacer una denaturación débil que solamente rompa algunas
interacciones, pero que no rompa todas las interacciones que
están estabilizando mi estructura terciaria, si es que a mí me
interesara estudiar la estructura terciaria.
Si a mí me interesa estudiar la secundaria es un poco más difícil,
pero se debe poder también con condiciones ¿cuál es el
problema? que dentro de todas las que yo les mencioné las de
puentes de hidrógeno son de las más débiles junto con la de Van
der Waals, entonces es difícil no romperlas sí es que yo someto
mi proteína algún proceso, pero se puede desarmar solamente
una parte de la proteína y no el resto, en cambio, si yo quiero
romper la estructura primaria, si yo quiero saber cuál es la
composición aminoacídica de mi proteína, ahí tengo que hacer
una hidrólisis muy agresiva, una hidrólisis ácida o básica con alta
temperatura, al vacío generalmente, esa es la única manera de
tener todos los aminoácidos que formaban parte de esta
proteína, o sea, romper los enlaces peptídicos, sí quiero romper
puentes disulfuro aparte tengo que agregar un agente reductor.
¿Qué pasa con la estructura terciaria cuando es una subunidad?
Cada una de éstas tiene una estructura primaria tiene una
secuencia, esa secuencia hace que la proteína se pliegue y tenga
estructura secundaria, por ejemplo, en este caso, hay solo alfas
hélices. Entonces mi subunidad tiene una estructura secundaria
que son alfa hélices y también tiene una estructura terciaria que
es la estructura global de la subunidad, cuando esa subunidad se
une a las otras forma esta estructura cuaternaria. O sea, cada
Clase6 24 marzo estructura de proteínas
subunidad tiene todos los otros elementos terciaria, secundaria
y primaria.
Por ejemplo, en la hemoglobina las secuencias son distintas, a lo
mejor no son tan distintas, pero son distintos. Dos de ellas son
iguales, hay dos subunidades alfa y dos subunidades beta, es
decir, las que están en
grises son iguales y las
que están en tonos azules
son iguales, pero son
distintas entre sí, aunque
no necesariamente las
cuatro tienen que ser
distintas. Hay proteínas
que tienen diez
subunidades y a lo mejor las diez son todas iguales, no es
problema, lo importante es que cada una de esas subunidades
no cumple una función en la célula por sí sola, sino que requieren
unirse para tener una función.
Estructura primaria: secuencia de aminoácidos y sus
uniones covalentes.
La ribonucleasa, cadena monocatenaria, es una enzima que
hidroliza ribonucleótidos, esa es su función. Acá podemos ver su
estructura primaria con toda la secuencia de los residuos
aminoacídicos partiendo desde el 1 que es la lisina, pasando por
todos hasta el 124 que es la valina. Eso es lo que le da la identidad
a esta proteína, si cambio la secuencia ya es otra proteína, si
cambio uno o un par de aminoácidos a lo mejor puede ser
producto de alguna mutación en el ADN que está haciendo que
la ribonucleasa tenga una secuencia distinta, algunas veces esto
puede alterar su función y algunas veces no, hay mutaciones que
son inocentes y mutaciones que son mortales, a veces un
aminoácido puede causar una patología tan grave que lleve a la
muerte.
Además, tenemos cuatro puentes disulfuro que están formados
entre ciertas cisteínas, esto no es al azar, hay un puente disulfuro
entre la cisteína 65 y la cisteína 72, hay
un puente disulfuro entre la cisteína 58
y la 110, hay un puente disulfuro entre la
cisteína 40 y la 95 y hay un puente
disulfuro entre las citadina 26 y la 84. Si
yo cambio esto y, por ejemplo, formo
un puente disulfuro entre las 110 y la 84
altero la estructura de la proteína, por lo
tanto, es fundamental en la célula para que cumpla su función
que esta sea la estructura y que éstos sean los puentes disulfuro.
En el laboratorio, por ejemplo, yo puedo romper estos puentes
y puedo volver a formarlos, pero si no se forman de manera
correcta esa proteína pierde su función.
¿Por qué creen ustedes que se forma un puente de disulfuro
entre las 58 y la 110 que están tan lejanas y no entre las 58 y las
65 que están mucho más cerca? porque tiene que ver con las
interacciones de los residuos cercanos, lo que hace que la
cisteína 58 quede en contacto con la cisteína 110 para formar un
puente disulfuro son las interacciones de los otros residuos
aminoacídicos. A lo mejor hay puentes de hidrógeno, a lo mejor
hay efecto hidrofóbico, a lo mejor hay puente salino, interacción
catión pi, interacciones de van der Waals, todo eso favorece que
la proteína se pliegue y adquiere una cierta estructura que deja
a estas cisteínas muy cercanas y, por lo tanto, entre ellas se
forma el puente disulfuro. Entonces la proteína se tiene que
plegar correctamente y eso en la célula pasa, pero ¿qué pasa si
una proteína no se pliega de manera correcta? La célula es muy
sabia y la degrada, reconoce que no está plegada correctamente
y que esa proteína está dañada y la degrada y la vuelve a
sintetizar, tenemos mecanismos para hacer eso.
Estructura primaria: secuencia LINEAL de aminoácidos y
sus uniones covalentes.
La insulina es una proteína que actúa como una hormona que
hace que baje la concentración de glucosa en la sangre y está
formada por dos cadenas distintas ya que no están unidas cov.
por enlace peptídico, la cadena A del residuo 1 al 21 y la cadena B
va desde el residuo 1 al 32. Entonces la insulina es una proteína
multicatenaria. (a todos los conceptos mencionados antes: estr.
primaria, secundaria, terciaria, cuaternaria y subunidad le
incluimos otro más, monocatenaria y multicatenaria).
Multicatenaria tiene al menos dos cadenas, podrían ser más.
¿Qué es lo que hace que estas sean dos cadenas y no dos
subunidades? en este caso se necesitan ambas para que la
insulina tenga su estructura final y para que tenga una función
tienen que ver con los
puentes disulfuro, ya que al
haber puentes disulfuro
entre las distintas cadenas
no pueden ser subunidades
(sólo interacciones débiles).
Hay puentes disulfuro (intercatenario) muy específicos entre la
cisteína 7 y la cisteína 7 de la otra cadena o entre la 20 y la 19.
Puente disulfuro intracatenario es dentro de la misma cadena.
Una diferencia muy importante, por ejemplo, con la formación
de los puentes disulfuro es que tenían una influencia todas las
otras interacciones entre los residuos aminoacídicos para que se
formen de manera correcta, es mucho más difícil de ver acá
porque como estas dos cadenas que se sintetizan de manera
independiente, cada cadena o cada subunidad, en caso que
fuera estructura cuaternaria, tiene su gen muy bien separado,
entonces ¿cómo se sintetizan estas dos cadenas y se unen justo
en la posición correcta para que estas cisteína formen el puente
disulfuro y no las otras? la verdad es que si uno se lo trata de
imaginar es casi imposible, no es posible que yo tenga dos
cadenas por separadas y simplemente la junte y se formen estos
puentes de disulfuro teniendo la posibilidad de formar otros,
incluso si ustedes consideran todas las interacciones que
podrían haber también es difícil. Entonces en este caso ocurre
algo muy particular, existe una pro insulina qué es la proteína
que realmente se sintetiza en la célula y que tiene una cadena
única y que es mucho más larga, estas dos cadenas entonces
están conectadas, la cadena continua y se une con la otra y lo
que pasa es que después de la síntesis de la proteína, que ese
proceso se llama traducción, ocurre un proceso postraduccional
donde la proteína se corta, una enzima corta específicamente un
segmento de la cadena y deja dos cadenas, es la única forma en
la que uno puede razonar que se forman estas interacciones y
no otras. Esto es común en varias proteínas, las proteínas se
sintetizan, pero no necesariamente quedan en su forma final,
ocurren procesos después donde se modifican hasta llegar a la
forma final.
La cisteína tiene una estabilización por puente disulfuro, pero la
también puede estar libre no formando un puente disulfuro
¿cómo se estabilizan? por el efecto hidrofóbico, por
interacciones de van der Waals, por puente de hidrógeno, no es
la única forma, no todas las cisteínas forman puentes disulfuro,
solo algunas.
Clase 7 25 marzo estructura de proteínas 2
Recordando que la definición de estructura secundaria es un
arreglo espacial ordenado, generalmente periódico en un
segmento de la proteína, no necesariamente toda la proteína se
va a encontrar en una cierta conformación que sea estructura
secundaria, muchas veces son solamente partes. Las más
importantes, no las únicas, son el alfa hélice y la hoja beta
plegada, de la cual existen de 2 tipos.
Estructura secundaria: conformaciones locales
estabilizadas por puentes de hidrógeno
Ambos tipos de estructuras
secundarias tienen algo en
común y es que se estabilizan
por puentes de hidrógeno
entre los átomos de enlace
peptídico. Esos son los únicos
tipos de puentes de hidrógeno
que existen estabilizando estructura secundaria.
Existen distintos tipos de conformaciones hélices.
En este caso se muestra una cadena polipeptídica donde sólo se
dibujar el esqueleto central, es decir, la cadena conformada por
los carbonos alfa (que están en los vértices de los planos) y los
enlaces peptídicos. Y recordemos que hay un montón de
carbono alfa porque cada carbono alfa perteneció a un
aminoácido, es el carbono alfa que quedó en ese residuo
aminoacídico. ¿Qué es lo que no se muestra acá? los grupos R, y
por eso se le llama el esqueleto central y los grupos R están en
los carbonos alfa. ¿Por qué no lo estamos mostrando? porque
nos vamos a enfocar primero en cómo se estabiliza esta hélice,
pero como se estabiliza su esqueleto central.
Pensemos que no sabemos que existe el alfa hélice y quiero
razonar ¿cómo se estabilizaría este esqueleto central? entonces
hay que ponerle una cierta condición. El esqueleto central
cuando forma un alfa hélice está dentro de la proteína, la
proteínas es como un todo con su estructura terciaria
tridimensional, en el interior de esa proteína donde yo voy a
encontrar las alfa hélice y también las hojas beta. Entonces
puedo decir que el entorno de este esqueleto central en el
interior de la proteína es un medio hidrofóbico, es un medio más
bien apolar donde hay pocas moléculas de agua y eso es lo que
hace una gran diferencia. Si yo este esqueleto central lo pongo
en el agua se va a estabilizar muy bien, no tiene ningún problema
porque va a ser capaz de formar puentes de hidrógeno entre los
carbonilos como aceptor y los NH como donores, entonces
podrían haber muchas moléculas de agua formando puentes de
hidrógeno con el agua, sin embargo, en el interior de una
proteína que no hay agua y también hay pocos residuos polares
que quizás puedan formar puentes de hidrógeno con esta
cadena, existen, pero hay una mayor abundancia de residuos
apolares hidrofóbicos. Entonces al esqueleto central no le queda
otra posibilidad más que estabilizarse consigo mismo.
Debido a que el esqueleto central es polar porque tiene
heteroátomos (carbonilos, NH, es decir, el enlace amida) y son
polares y yo estoy poniendo este esqueleto central en un medio
a polar, que es el interior de una proteína, entonces tiene que
estabilizarse de alguna manera ya que no puede estabilizarse
por efecto hidrofóbico porque es polar, la única posibilidad que
le queda es estabilizarse por puentes de hidrógeno consigo
mismo. Esto también es algo que yo sin saberlo lo podría deducir
¿qué tipo de interacciones puede formar un carbonilo y un NH?
que es lo único que tenemos acá, el resto es carbono y un grupo
R, y les dije que el grupo R lo estamos dejando fuera, entonces
un carbonilo y NH forman puentes de hidrógeno y esa es la razón
entonces de por qué se forman estas estructuras tipo hélice en
las proteínas, porque el otro se tiene que estabilizar de alguna
manera y es la única posibilidad que tiene.
Ahora sí analizo esta cadena, que es bastante larga con 5 planos
peptídicos, teóricamente podría formar un puente de hidrógeno
entre el oxígeno del primer plano y el NH del siguiente plano. Si
al oxígeno le damos la numeración 1 nuestro hidrógeno tendría
la numeración 7 entonces sería un puente de hidrógeno formado
entre el oxígeno 1 del carbonilo y el hidrógeno 7 del grupo NH.
Para que estos dos se encuentren en el espacio la única manera
es que esta estructura se gire poniendo en contacto el carbonilo
con el NH y eso es lo que hace que se forme una hélice, es que
estos planos empiezan a girar, a acomodarse para estabilizarse
mejor. Si existiera ese puente de hidrógeno, o sea, existe, pero
si ese fuera el caso esto se llamaría una banda 2-7 (dos planos y
7 átomos en ese puente de hidrógeno), sin embargo, esto es
muy acotado, el espacio que queda entre esos planos cuando
giran es muy pequeña y empiezan a haber otros problemas
como, por ejemplo, impedimento estérico, entonces existen
múltiples posibilidades de formar puentes de hidrógeno con
cada uno de estos grupos, si mantenemos el oxígeno 1 podemos
pensar que podemos formar puentes con el hidrógeno 10 (hélice
3-10), 13 (alfa hélice), 16 (hélice pi), etc. pero se le llama alfa
hélice cuando el puente de hidrógeno es entre el oxígeno 1 y el
hidrógeno 13 y al ser el 13 involucra 4 planos al girar no deja esta
hélice tan apretada ni tampoco la deja tan grande como para que
la estabilización sea peor, es la distancia justa y por eso que el
alfa hélice aparece en muchas proteínas, es la estructura
secundaria más abundante junto con las hojas beta.
Algo importante que recalcar es que estos puentes de
hidrógeno son periódicos, tienen una periodicidad 4- 13, 4 planos
y 13 átomos, eso se repiten en la cadena.
No es que solamente haya un puente de hidrógeno entre el
oxígeno 1 y el hidrógeno 13 para formar una alfa hélice, ya que,
si ahora le damos la numeración relativa 1 al oxígeno del
siguiente plano, va a formar un puente de hidrógeno con su
correspondiente hidrógeno 13 y así sucesivamente todos los
grupos carbonilos en un alfa hélice están formando puentes de
hidrógeno con su correspondiente hidrógeno 13 del enlace
peptídico también.
Entonces es periódico, una alfa hélice la definimos con una
periodicidad 4-13 (4 planos y 13 átomos), eso lo distingue de
cualquier otra hélice y eso lo distingue también de las hojas
betas que no tienen esa periodicidad.
El alfa hélice está presente en muchas proteínas.
Aquí vemos otra imagen del alfa hélice donde se ven los puentes
de hidrógeno y se puede ver que no es uno, sino que todos los
carbonilos forman puentes de hidrógeno y este giro que da la
hélice es lo que permite que este carbonilo quede justo
orientado hacia el NH, si yo no hago ese giro eso no va a pasar,
Clase 7 25 marzo estructura de proteínas 2
están muy lejos en el espacio, la
imagen anterior sería la cadena
estirada, lineal y tiene que girar para
poner en contacto estos átomos y eso
es lo que se aprecia mejor acá.
El giro de una hélice involucra 4 planos,
sin embargo, si voy a la alfa hélice real
y veo cuantos residuos aminoacídicos
hay, no hay justo 4 sino que cada vuelta
de un alfa hélice tiene 3,6 residuos.
¿Qué pasó con los grupos R? quedan hacia fuera de la hélice,
dentro de la hélice no hay nada, no hay espacio
suficiente para que quepan ni los grupos R, ni
alguna otra molécula, o sea, no es que, por
ejemplo, aparezca otra parte de la cadena y
atraviese la hélice. Por dentro de la hélice no
pasan los iones si es que esto formara un canal,
pasan por al lado de la hélice.
Entonces todos los grupos R quedan hacia fuera de la hélice,
pero esta hélice está dentro de una proteína, entonces
imagínense que está es la cadena de la
proteína que tiene un montón de
vueltas, tiene otra hélice, tiene hoja
beta, digamos que esa es la proteína y
que termina con el grupo carboxilo,
siempre de amino a carboxílico. ¿Dónde
está la hélice? Esta hacia el interior de la
proteína, tiende a ir hacia el interior, por lo tanto, estos grupos
R están en un entorno que es, en general, hidrofóbico, ¿cómo se
estabilizan esos grupos R en este entorno? ¿con qué fuerza o
cuáles de las interacciones que vimos antes? sería por efecto
hidrofóbico si estos grupos R son apolares, pero ¿qué pasa si uno
de estos R es polar? Por ejemplo, si el R fuera la serina que tiene
un grupo alcohol, ¿cómo lo estabilizó? ahí ya no se puede
estabilizar por efecto hidrofóbico porque es polar, se tendría
que estabilizar por alguna de las fuerzas posibles para un residuo
polar, podría ser un puente de hidrógeno o podría ser una
interacción del tipo dipolo-dipolo. Sí este residuo tuviera carga,
por ejemplo, si fuera un ácido aspártico o un aspartato que es lo
mismo con carga negativa, entonces se tiene que estabilizar por
un puente salino, por una interacción electrostática, podría ser
de otro tipo, podría haber también puentes de hidrógeno, pero
cuando hay una carga en el interior de una proteína tiene que
haber una contraparte con la cara opuesta para que se
estabilice, no podríamos tener una carga negativa en un entorno
completamente hidrofóbico, no sería tan estable.
Para resumir, la mayoría o en general estos grupos R de un alfa
hélice cuando están en el interior de una proteína se estabilizan
por efecto hidrofóbico, pero depende de cada grupo R.
Si yo tengo un grupo R polar se estabiliza por alguna de las
fuerzas correspondientes, puentes de hidrógeno, dipolo-dipolo.
Si es que alguno es cargado se estabilizará por interacciones
electrostáticas o puente salino, también por puente de
hidrógeno.
Una cisteína, por ejemplo, que estén una alfa hélice y forma un
puente disulfuro con el resto de la cadena yo nunca lo he visto y
no me atrevería a decir que eso no existe, pero no he visto un
alfa hélice conectada covalentemente a través de un puente
disulfuro al resto de la cadena así que son interacciones débiles.
Aquí se muestra otra imagen de un alfa hélice
donde podemos ver nuevamente los puentes de
hidrógeno 1-13 solamente que aquí se muestran
con su periodicidad, quizá este es un poquito más
simple por deber porque está más simplificado el
dibujo comparado con el anterior que tienen
todos los átomos, pero en el fondo representan lo
mismo.
La hoja beta plegada está formada por cadenas en zig-zag.
La hoja beta tiene estructura secundaria igual que la alfa hélice y
también se estabiliza por puentes de hidrógeno, pero en el caso
de una hoja beta la cadena o ese segmento de la cadena se
organiza de manera lineal, no gira, no se forme una hélice, en
este caso se mantiene de manera lineal y, por lo tanto, los
puentes de hidrógeno que se forman son entre un segmento de
la cadena y otro segmento, un segmento distinto, estas no son
cadenas distintas, es el otro segmento de la misma cadena.
Acá va de amino a carboxílico de izquierda a derecha, siempre la
cadena se escribe de amino a carboxílico porque la síntesis es
así, siempre parten con un grupo amino y vamos agregando
aminoácidos hasta llegar al carboxilo terminal. Aquí solamente
hay que verlo por los colores, nitrógeno en celeste e hidrógeno
en blanco forma un puente de hidrógeno con el carbonilo del
otro segmento y no queda
directamente apuntando el
carbonilo hacia el NH, queda
un poquito desplazado hacia el
lado. Lo mismo pasa con el
carbonilo del lado y los
carbonilos se van alternando
hacia arriba hacia abajo (en
este dibujo no es la realidad),
cada plano entonces tiene un carbonilo de manera alternada y
es distinto a cómo está dibujado en la cadena del esqueleto
central donde todos los oxígenos están hacia arriba. Pero
recordar que hay rotación en los vértices, enlace simple, por lo
tanto, los planos pueden rotar sin problema y el carbonilo puede
estar apuntando hacia arriba o hacia abajo. Este movimiento de
rotación es distinto al giro que da la hélice y aquí no hay giro, lo
único que hay es una inversión del plano que deja los grupos
carbonilo y también los NH en direcciones opuestas y eso es
necesario para que se formen los puentes de hidrógeno porque
si todos los oxígeno estuvieran en la misma orientación se
pueden formar puentes de hidrógeno, pero no se formaría una
hoja beta.
Estas interacciones que se ven acá entre estos dos segmentos
de la cadena se pueden repetir con otros segmentos, o sea,
puede haber un tercero, como se muestra en la imagen y puede
haber un cuarto, un quinto, etc. Una hoja beta no
necesariamente son sólo dos segmentos que forman puentes de
hidrógeno ya que en los extremos tenemos carbonilos y
tenemos NH que van a ser capaces de formar puentes de
hidrógeno con otros segmentos que pueden aparecer. Entonces
esta hoja literalmente es una hoja y se puede extender.
El tipo de estabilización entonces es por puentes de hidrógeno
carbonilo-NH y no tienen periodicidad como en el caso del alfa
hélice y son entre segmentos distintos de la cadena, no es el
mismo segmento como en el caso de un alfa hélice, en el caso
que les estoy mostrando es una hoja beta del tipo paralela y ¿por
qué es paralela? porque la orientación de los segmentos de la
cadena es la misma de amino carboxilo, izquierda a derecha, se
Clase 7 25 marzo estructura de proteínas 2
puede ver que es como que la misma cadena está dibujada tres.
¿Cómo se ve eso en una proteína real? Partimos siempre de
nuestro extremo amino, tengo mi cadenas y aquí empieza a
formarse esta estructura en zig-zag que es una hoja beta, este
es un segmento de la cadena que
tiene esa dirección (→), pero hay que
ir a unas vueltas, a lo mejor vuelve por
acá y tiene la misma dirección y a lo
mejor esto sigue dando vuelta y vuelven con el tercer segmento
que tiene la misma dirección y ahí terminamos con carboxílico.
Entonces esta es la parte que está dibujado, 3 segmentos de la
cadena, de una única cadena que tienen la misma orientación.
Por eso se llama paralela, porque tienen la misma orientación.
También existe la
orientación antiparalela
donde las cadenas tienen la
dirección opuesta, mismo
tipo de estabilización puente
de hidrógeno carbonilo-NH,
pero en este caso la cadena
superior va hacia la derecha y
la cadena que está el medio
va hacia la izquierda y la siguiente a la dirección opuesta.
¿Cómo se vería eso en una proteína? como tienen direcciones
opuestas es más fácil porque
tienen que dar giros más acotados
digamos que ahí empieza la hoja
beta, da un giro muy cerrado que,
de hecho, esos giros se llaman giros beta y continúa el segmento
de la cadena y por aquí a lo mejor no desordenamos, y vamos
hacia el carboxílico terminal.
Los puentes de hidrógeno en la orientación paralela están un
poco desplazados en el espacio, no está justo el hidrógeno
apuntando hacia el oxígeno, en cambio, en la orientación
antiparalela si, el carbonilo es como en una alfa hélice, está
apuntando justo hacia el NH, por lo tanto, tenderíamos a pensar
que este tipo de puente de hidrógeno son más estables, sin
embargo, ambas existen, no es que solo existan las antiparalela,
depende de la proteína, pero existen las dos.
¿Qué pasa con estas estructuras zig-zag? en los vértices están
carbono alfa con los grupos R, por lo tanto, todo lo que está en
la hoja, que es lo que se ve aquí, son
solo los átomos del enlace peptídico,
los cuales están estabilizados por
puentes de hidrógeno, los grupos R
no están en la hoja, están alternados
hacia abajo y hacia arriba en la hoja. todo esto forma una hoja
que sería que esta proyección hacia atrás no es cierto en la
diapositiva esta misma que está dedicado esa es la hoja.
Lo mismo pasa en una antiparalela, la
hoja está estabilizada por puentes de
hidrógeno, pero los grupos R quedan
hacia abajo y hacia arriba de la hoja de
manera alternada.
¿cómo se estabilizan estos grupos R? en general por efecto
hidrofóbico, si hay alguna excepción, si alguno de estos grupos
R es polar se estabilizará por alguna fuerza de las que vimos
anteriormente, puente de hidrogeno, van der Waals, incluso si
fuera cargado podría haber una interacción electrostática.
Si yo tuviera una hoja beta formada con otra cadena sería una
interacción del tipo intermolecular, todos los puentes de
hidrógeno son intramoleculares en orientación paralela y
antiparalela, al igual como lo vimos en la alfa hélice, pero en este
caso si la hoja se formará con dos cadenas distintas esto es
intermolecular, no necesariamente son subunidades, en algún
caso también hay enlace covalente entonces son cadenas de la
proteína como lo vimos con la insulina. (Hay un ejemplo más
adelante, una proteína que se llama fibroína o beta queratina y
de hecho tiene distintas cadenas).
La cadena para invertir su dirección, por ejemplo, en una hoja
beta antiparalela, tiene que dar un giro muy cerrado que es
distinto al de la paralela porque ese no es un giro, da una vuelta,
Pero esto es un giro, un giro ajustado y esos giros tienen nombre
y se estabilizan de cierta manera. Hay de 2 tipos, el primero es el
giro beta (I y II) que, de hecho, se llama giro beta porque
aparecen en las hojas beta antiparalelas. El segundo son los giros
gamma.
Los giros beta permiten revertir la dirección de la cadena
polipeptídica.
Este giro es el que permite invertir la dirección de la cadena para
formar una hoja beta antiparalelas, el resto de la cadena no es
un giro, no tienen nombre en particular. Para que sea un giro
beta debe tener las siguientes características:
• Tiene que estar formado por 4 residuos aminoacídicos,
por lo tanto, 3 planos. 1, 2, 3 y 4 son los carbonos alfa de
esos residuos.
• La característica principal para estabilizarlo es que se
forma un puente de hidrógeno entre el carbonilo del
primer residuo y el NH del cuarto. Cuando nosotros
tengamos ese puente de hidrógeno específicamente
entre el 1 y el 4 formando un giro de 4 residuos, se le
llama giro beta. Si tenemos un puente de hidrógeno
entre el 1 y el 5 no es un giro beta, ni tampoco tiene un
nombre en particular.
¿Qué es lo que diferencia el tipo I del tipo II? es simplemente la
dirección o la orientación del plano central, en el tipo I, el plano
está orientado dejando el grupo carbonilo apuntando hacia
atrás. En cambio, en el tipo II está apuntando hacia nosotros, esa
es la única diferencia, la inversión en el plano.
¿Qué es lo que hace que se invierta el plano? por ejemplo, la
presencia de glicina cuyo grupo R es el más pequeño de todos,
es un hidrógeno, como este H es tan pequeño
tiene un poquito más de libertad de movimiento
este residuo aminoacídico comparado con otros ya
que se acomoda más fácilmente en espacios
pequeños. Entonces algo que puede producir la inversión en ese
plano es, por ejemplo, la presencia de glicina.
Otro aminoácido que frecuentemente vamos a encontrar en los
giros es la prolina, pero la prolina está en el siguiente giro como
ejemplo.
Clase 7 25 marzo estructura de proteínas 2
En los giros gamma son frecuentes los residuos de prolina.
Los giros gamma, a diferencia de los giros beta, solamente:
• Tienen 3 residuos aminoacídicos y solo 2 planos.
• El puente de hidrógeno que se forman para estabilizarlo
es entre el oxígeno del carbonilo del primer residuo y el
NH del tercero.
Como este giro en mucho más cerrado que el giro beta del canal
es frecuente encontrar el aminoácido prolina, pero no es un
requerimiento, no es que para que el giro sea gama deba tener
prolina. De hecho, la prolina también existe en los giros beta,
pero frecuentemente una prolina produce un giro muy cerrado
y algunas veces va a ser del tipo gama.
La dirección de la cadena cambia abruptamente, entonces eso
no lo hace cualquier aminoácido, la prolina como está ciclado su
grupo R con el amino (el único que tiene esta característica)
entonces la orientación de estos enlaces fuerza para que haya
un giro, donde hay una prolina va a haber un giro, la prolina
quiebra la dirección de la cadena.
¡Importante! no puede haber una prolina un alfa hélice porque
donde está la prolina va a producir un giro y ese giro no es la
vuelta que se necesita
para formar la hélice, así
que, si tenemos una
cadena donde en el
medio de su estructura primaria, o sea, de su secuencia,
tenemos alguna prolina se quiebra la dirección de la cadena.
Tampoco hay prolinas en una hoja beta, porque en una hoja beta
se tienen que orientar las cadenas de una manera lineal y la
prolina va a producir un quiebre.
Las proteínas son dinámicas, o sea, la estructura de una proteína
no es fija. Si la pudiéramos ver, veríamos que la estructura de la
proteína se abre y se cierra, como que respira y por lo tanto, en
esa apertura y cierre se rompen interacciones y se vuelven a
formar, por ejemplo, los puentes de hidrógeno, que son muy
débiles, se pueden romper y volver a formar. Entonces no son
inevitables, estos giros son estables, pero existe la posibilidad de
que la proteína, si a lo mejor está muy tensa una parte, se relaje
y luego se vuelva a formar el puente de hidrógeno y eso no
cambia la estructura de la proteína, es algo que ocurre
normalmente.
No se puede identificar solamente mirando la estructura de una
proteína si es un giro beta o un giro gamma, deberíamos tener
el detalle de la estructura cristalográfica para ver que
efectivamente que hay 3 residuos y que hay un cuento de
hidrógeno entre 1 y 3, o ver que hay 4 y están estabilizado por un
puente de hidrógeno. Entonces ¿cómo sabemos que hay un
puente de hidrógeno si no lo podemos ver ni siquiera en la
estructura cristalográfica? hay una distancia en la cual se puede
formar ese cuánto dinero, si están muy alejados no hay
interacción.
Estructura terciaria de proteínas (ej. Mioglobina)
La estructura terciaria, en el fondo ya la vimos porque involucra
a todos los tipos de interacciones posibles, puentes de
hidrógeno, disulfuro, salinos o interacción electrostática, catión
pi, dipolo-dipolo, efecto hidrofóbica, etc. Entonces, una
estructura terciaria tiene todos los tipos de interacción.
Una estructura terciaria puede tener uno o varios tipos de
estructura secundaria, si ustedes miran está proteína, como
ejemplo, esta proteína que es la mioglobina es parecida a la
hemoglobina, de hecho, tienen estructuras muy similares. Se
puede observar el grupo Hemo que transporta oxígeno, esta
proteína está, por ejemplo, a nivel muscular y también cumple
un rol super importante en el transporte y almacenamiento de
oxígeno en los mamíferos acuáticos, por ejemplo, en la ballena.
En nuestro caso esa función la cumple la hemoglobina.
Lo más relevante al ver en la estructura terciaria es que parte de
ésta está formada por 8 alfa hélices porque la secuencia de la
proteína (acuérdense que todo esto depende de la estructura
primaria) hace que la forma termodinámicamente más estable
para estabilizar esta proteína sea mediante esta alfa hélices e
interacciones.
En otra proteína con otra secuencia a lo mejor son las hojas beta
y en muchas hay de ambas, hoja beta y alfa hélice.
Esta es una proteína conjugada, es decir, que aparte de los
residuos aminoacídicos que forman la proteína, requiere otro
grupo no proteico para cumplir su función, en este caso es el
grupo hemo que es una porfirina, un anillo de porfirina con un
átomo de hierro dos en el centro.
(Las hojas beta se ven como flechas y de hecho la flecha
representa la orientación que tiene ese segmento de la cadena
de amino a carboxílico
los giros no son estructuras secundarias, pero conectan distintos
elementos de estructura secundaria, por ejemplo, dos
segmentos formando una hoja beta.
Importante, hay que recordar que cuando estamos hablando de
estructura secundaria sólo se estabiliza por puentes de
hidrógeno)
Clase 8 30 marzo estructura de proteínas 3
Estructura cuaternaria (ej. Hemoglobina).
La estructura cuaternaria en el fondo ya la definimos y se da
cuando tenemos dos o más subunidades y esas subunidades
pueden ser iguales o pueden ser distintas, depende de las
proteínas.
Aquí tenemos como ejemplo la hemoglobina que tiene dos
pares de subunidades, por lo tanto, son 4, pero dos de ellas son
iguales (se ven en tonos de colores, más grises o más azules las
distintas subunidades) tenemos dos alfa y dos beta.
Si miramos los tipos de interacciones que hay una estructura
cuaternaria tenemos de todos los tipos débiles menos las
covalentes, no tenemos puentes disulfuros ni ningún otro tipo
de enlace covalente. Pero tenemos puentes de hidrógeno,
puentes salinos, dipolo-dipolo y efectos hidrofóbico. El efecto
hidrofóbico es uno de los más importantes, los puentes salinos
también, puente de hidrógeno también, pero el efecto
hidrofóbico es bastante particular porque estas zonas que son
de contacto entre las subunidades tienden a tener muchos
residuos hidrofóbicos, por lo tanto, si yo si yo hiciera como una
especie de zoom a esta parte (subunidad blanca) entonces
todos estos residuos aminoacídicos que están acá tienden a ser
a apolares, por lo tanto, se estabilizan por efecto hidrofóbico y
esa es una de las razones principales por las cuales se forma esta
estructura grande entre varias subunidades porque si yo pienso
en la estabilidad de esta subunidad por sí sola, no sería estable,
lo que es más estable es que los residuos apolares estén ocultos
hacia el interior, pero en este caso se da la particularidad de que
están hacia afuera y generan un punto de contacto con otras
subunidades que también tiene residuos hidrofóbicos. Entonces
eso es lo que hace que estas dos subunidades se unan, se
busquen una a la otra. Por supuesto que no solamente influye el
efecto hidrófobo, también tienen una forma que encaja
perfecto con la otra subunidad, dos unidades cualquiera no se
van a unir, tienen que ser específicamente de esta proteína.
También influyen los puentes salinos que se forman, los puentes
de hidrógeno que se forman, pero sin duda esto es importante.
Esto también tiene que ver con algo que vamos a hablar en las
siguientes diapos, que es la denaturación y es que cuando yo
tengo una proteína que tiene residuos hidrofóbicos hacia fuera
genera un punto de contacto para el fenómeno de agregación,
las proteínas se empiezan a agregar y muchas veces empiezan a
quitar. Eso ya es un extremo por supuesto, eso no pasa aquí,
esto es un proceso natural.
La pérdida de la estructura terciaria se conoce como
“denaturación” y lleva a la pérdida de actividad biológica.
El proceso de denaturación se refiere a la pérdida de la
estructura, puede ser la estructura cuaternaria, puede ser la
estructura terciaria e incluso podría ser la secundaria, es un
proceso de pérdida de la estructura.
Aquí se representa, por ejemplo, con la estructura terciaria de
una proteína, dice que esta es la conformación normal de la
proteína y tenemos la forma denaturada o desdoblada al azar,
eso es el proceso de denaturación que básicamente quiere decir
que se rompen las interacciones débiles que están estabilizando
la estructura de proteínas (puentes de hidrógeno, salino, van der
Waals, efecto hidrofóbico, etc.)
Por ejemplo, si se rompen los puentes de hidrógeno en alfa
hélice obtenemos esta cadena que es ahora está desordenada,
lo mismo pasaría con las hojas beta y con todos los otros
segmentos en la proteína porque si bien no tienen un nombre en
particular, a lo mejor esta vuelta no tiene un nombre, pero está
estabilizada de alguna manera (nombrados anteriormente)
Lo relevante es que la pérdida de la estructura lleva a la pérdida
de la actividad biológica:
• Si esta proteína es una enzima entonces se pierde la
catálisis enzimática.
• Sí esa proteína es la hemoglobina, cuya función es
transportar oxígeno, entonces se pierde la capacidad
de transportar oxígeno.
Y así para cualquier otra proteína, generalmente denaturación
está relacionado con pérdida de actividad.
¿Cuánto se pierde? no necesariamente se pierden un 100% como
está dibujado acá, a la pobre proteína y la desarmaron completa,
se perdieron todas la interacciones prácticamente y eso no es
como ocurre en la realidad. En la realidad se pueden romper
algunas interacciones y no otras, entonces puede que ciertas
partes, ciertos dominios o regiones de la proteína se mantengan
intactos y otros se desplieguen, pierdan su conformación,
entonces no necesariamente la actividad cambia de 100 a cero,
sino que a lo mejor del 100% puede bajar a un 80%, 60% o 20%,
depende de las condiciones a las cuales yo someta esa proteína,
si son más agresivas o menos agresivas y esas condiciones son
las que están mencionadas aquí abajo:
(Por ejemplo, a baja temperatura a lo mejor yo puedo perder la
estructura cuaternaria, pero no la terciaria o usando detergente,
pero suaves en baja concentración.
Si me pongo un poco más agresivo en las condiciones a lo mejor
puedo desarmar la estructura terciaria, pero a lo mejor
mantener un alfa hélice, aunque ya sería más difícil, pero se
puede controlar.
La que no se va a romper en la estructura primaria a menos de
que yo someta la proteína a un medio ácido o básico muy
concentrado y altas temperaturas, un enlace peptídico es muy
estable.
Si pierde la estructura cuaternaria altiro pierde su función, sí
pierda la cuaternaria pierde su función inmediatamente y eso ya
es denaturación.
Clase 8 30 marzo estructura de proteínas 3
Hay pasos intermedios, la proteína se va desarmando de a poco,
siempre se rompe primero lo más débil y nos quedamos con las
interacciones fuertes, en este caso serían las covalentes.)
LOS AGENTES DENATURANTES O MANERAS DE
DENATURAR:
La TEMPERATURA, si la aumento rompo las interacciones
débiles porque imagínense que hubiera un puente hidrógeno y
caliento la proteína le doy energía cinética a
la proteína, la cadena se va a empezar a
mover, porque las proteínas son flexibles, se
van a empezar a mover y de repente se
rompe la interacción en materia, entonces
quizá es fácil romper ahí, por ejemplo, una
interacción por puente de hidrógeno si caliento. Lo mismo va a
pasar con las interacciones que hay en las alfa hélice, en las hojas
beta si es que las hubiera, los giros etc.
¿A qué temperatura tengo que calentar? depende de la
estructura de la proteína, hay proteínas que si yo la dejo a 30ºC
van perdiendo su estructura se denaturan, hay proteínas que si
las caliento a 40°-50°C todavía aguantan, pero si yo la caliento a
70°C pierden su estructura, por ejemplo, si una proteína está
estabilizada por muchos puentes disulfuro,
en ese caso aunque yo caliente la estructura
va a ser muy estable porque probablemente
se rompan algunas interacciones por aquí,
pero aquí no se van a romper con la
temperatura, entonces depende si tienen
más o menos puentes disulfuro y dependiendo de qué otros
tipos de interacciones tienen va a ser más fácil o más difícil de
romper. Entonces, en el fondo, hay que conocer la proteína.
¿Qué pasa si yo bajo la temperatura? pensando que la tenías la
proteína desordenada porque la calentaste y le bajas la
temperatura, en algunos casos se va a volver a formar la
estructura terciaria, en este ejemplo. Pero en otros casos no es
irreversible proceso eso también depende de la proteína y
depende del cambio de temperatura, calentar a 40° y bajar la
temperatura probablemente sea reversible, calentar a 100° y
después bajar la temperatura no es reversible, a 100º vamos a
precipitar la proteína y no se va a volver por sí sola a su
estructura inicial. En el fondo, lo que es importante es que, si
bajo la temperatura no rompo interacciones, por lo tanto, la
estructura se mantiene más o menos intacta. De hecho, puedo
congelar las proteínas o mantenerlas mucho tiempo, es lo que
hacemos con los alimentos, con las carnes, un alto contenido en
proteínas, luego las descongelamos, pero lentamente no puedo
llegar y calentarla, lentamente queda en su estado original no le
pasó nada. Lo mismo pasa en el laboratorio, las proteínas las
mantenemos refrigeradas y no les pasa nada, duran muchos
meses generalmente y luego las descongelamos o la llevamos a
temperatura ambiente o 37º lentamente y no hay ningún
problema.
Entonces calentar me lleva a una denaturación que sí es extrema
podría ser irreversible, pero enfriar no, sí enfrío luego la puedo
volver a llevar a la temperatura ambiente y mantener su
actividad esa enzima, no hay ningún problema.
Como ejemplo de la casa, cuando uno calienta la ovoalbúmina,
la ovoalbúmina es la proteína de la clara del huevo, cuando uno
la calienta uno ve que se vuelve más blanca porque en el fondo
precipita, la ovoalbúmina esta cristalina, está en su estructura
nativa, nativa es la estructura que tenemos en las condiciones
fisiológicas, sea terciaria o cuaternaria. Cuando caliento se
desarma la proteína y todos los residuos
aminoacídicos que eran apolares y que
estaban al interior ahora están hacia afuera y
genero puntos de contacto con otras
proteínas que también tienen esos residuos
hidrofóbicos expuestos, entonces una
proteína se empieza a juntar con otra y con
otra y con otra y obviamente en algún momento precipitan.
¿Qué pasa con el contenido proteico? no pasa nada, nosotros no
estamos rompiendo los aminoácidos al calentar, estamos
cambiando la estructura de la proteína, por lo tanto, el
contenido de aminoácidos que tenía esa proteína sigue igual.
¿Pero si yo la caliento y estamos en presencia de oxígeno se
podrá oxidar algún residuo? si se nos puede oxidar algún
residuo, pero no es un proceso mayoritario que vaya a ocurrir
cuando caliente. Entonces en general se mantiene el contenido
aminoacídico.
¿Qué pasa si la proteína está denaturada o no denaturada
cuando me alimento, por ejemplo, de algo crudo o algo
cocinado? no hace mucha diferencia porque las proteínas igual
se van a denaturar en el tracto digestivo con el pH que es muy
ácido en el estómago y con todas las enzimas que van a romper
sus enlaces peptídicos igual vamos a llegar a los aminoácidos, así
que en ese sentido no habría mucha diferencia.
Cuando cambio el pH de la solución altero la carga superficial de
la proteína porque hay que recordar que hay muchos residuos
aminoacídicos que están cargados, que son ácidos o básicos, las
proteínas, por lo tanto, tienen carga, no son neutras. De hecho,
las cargas permiten que yo tenga dos proteínas separadas como
moléculas separadas, si no tuvieran carga se tenderían a unir
nuevamente.
Entonces esa carga superficial si yo cambio el pH la altero, si la
pongo a pH más ácido voy a protonar algunos residuos
aminoacídicos que no estaban protonados y si la pongo en un
pH más básico voy a desprotonar algunos residuos. En
cualquiera de los dos casos me altera la carga.
En un caso extremo donde lleve mi proteína a una carga cero,
punto isoeléctrico, aquí es lo mismo, una proteína tiene un
punto isoeléctrico sí yo la llevo a una carga cero lo que estoy
haciendo es facilitar que las proteínas interaccionen una con
otra, también se van a agregar y finalmente van a precipitar si es
que el cambio es extremo. Eso es lo que pasa cuando cortamos
la leche (Como ejemplo de la casa, la precipitación de la caseína
de la leche cuando uno corta la leche con ácido precipita) o
alguna proteína con ácido, lo mismo pasaría con una base, pero
lo hacemos con un ácido.
También se alteran los puentes salinos y eso es algo fácil de ver,
sí yo tengo un residuo que está desprotonado como un
carboxílico, que podría ser un aspartato o un glutamato, no hay
más y yo lo tengo junto a un residuo básico, como una lisina, por
ejemplo, es fundamental que este residuo (lisina) este
protonado y el otro desprotonado para que se formen puentes
salinos.
¿Qué pasa si bajo el pH y este residuo (aspartato) ahora se
protona a pH ácido? si este residuo se protona entonces ya no
puede formar un puente salino y esta parte de la proteína, por lo
tanto, se desarma, esos dos residuos se van a tender a alejar, ya
no están interactuando por la interacción electrostática.
Clase 8 30 marzo estructura de proteínas 3
Entonces el pH altera los puentes salinos y esa una de las
maneras en cómo se denatura mi proteína. Son dos efectos, un
efecto a nivel de puente salino que modifica las interacciones y
un efecto a nivel de carga superficial que puede llevar a
neutralizar la carga de la proteína, punto isoeléctrico y, por lo
tanto, la puede llevar a precipitar.
Esto no necesariamente va a pasar en un ser vivo, cambio de pH
podríamos pensar que, si cuando nos alimentamos, ahí hay un
cambio de pH muy fuerte, pH 2 en el estómago. Cambios de
temperatura eso no va a pasar, nosotros no nos vamos a
calentar a 60° para denaturar las proteínas. Entonces esto es
más bien a nivel de laboratorio (T°, pH y AD)
AGENTES DENATURANTES, hay moléculas que uno puede
agregar a la solución de proteína para ayudar a denaturarla. Dos
ejemplos clásicos muy usados en el laboratorio: la urea y la
guanidina.
La urea tiene esta estructura, un grupo amino, un carbonilo y
otro grupo amino. La guanidina
es lo mismo, pero en vez de
tener un carbonilo tiene un NH,
si esta protonada es un
guanidinio, generalmente uno usa en el laboratorio el cloruro de
guanidinio (protonado con carga positiva).
¿Qué hacen estos agentes? es cosa de mirar la estructura
molecular, tienen grupos donores (NH2) y aceptores (C=O, =NH)
de puentes de hidrógeno, por lo tanto, lo que hacen es romper
los puentes de hidrógeno de la proteína ya que los estoy
haciendo competir, por ejemplo, si tengo puentes de hidrógeno
estabilizando un alfa hélice y le agrego una molécula que forma
puentes de hidrógeno con los enlaces peptídicos, entonces
puedo desestabilizar un alfa hélice, lo mismo pasa con todas las
otras interacciones y lo mismo pasa también con los puentes de
hidrógeno con el agua, agrego una alta concentración de urea y
guanidina, como 1 kg en la solución, entonces forman puentes
de hidrógeno también con el agua y por lo tanto, tengo menos
agua disponible para que estabilicen mi proteína, para que
estabilice las interacciones por puentes de hidrógeno, entonces
se rompen.
Generalmente en el laboratorio no voy a usar solo urea o
guanidina, sino que la voy a usar en combinación con algo, urea
con temperatura o urea con temperatura y cambio de pH o urea
con pH.
Los AGENTES REDUCTORES específicamente rompen los
puentes disulfuro y el ejemplo típico es el mercaptoetanol,
también hay otro, por ejemplo, como el DTP que se usa mucho
en el laboratorio. En el fondo lo que hacen es reducir un puente
disulfuro a cisteínas libres.
Si mi proteína tiene muchos puentes disulfuro y la intento
denaturar va a ser resistente, aunque yo la caliente o le cambie
el pH, va a costar denaturar esa proteína, entonces tengo que
romper los puentes disulfuro si la quiero desarmar
completamente, si no estas interacciones se mantienen.
También se usan en combinación con los anteriores en el
laboratorio.
Los DETERGENTES, estamos hablando de una cola apolar con
una cabeza polar, son moléculas anfifílicas, en este caso lo que
hacen es estabilizar los residuos hidrofóbicos en el medio
acuoso cuando está presente el detergente.
Las cadenas de detergente entonces permiten solubilizar estos
grupos R que son apolares, permiten solubilizarlos en el medio
acuoso, entonces estos residuos quieren estar ocultos no se
sienten “cómodos” en el agua. Sí en vez de agua le ofrezco un
medio acuoso con detergente entonces esos residuos si van a
poder salir hacia el exterior y estabilizarse en el medio acuoso.
(rompen el efecto hidrofóbico al estabilizar los residuos no
polares en el medio acuoso).
Los detergentes se usan generalmente en combinación con los
anteriores.
Todos los agentes denaturantes se complementan ya que todos
hacen cosas distintas.
Si quiero hacer una denaturación suave no voy a usar todos los
agentes, a lo mejor uso una temperatura media, 50º, a lo mejor
no bajo el pH de 7 a 2, sino que a lo mejor lo bajo de 7 a 6 y a lo
mejor si agrego detergente voy a agregar una pequeña cantidad,
algo suave.
En cambio, si a mí me interesa denaturar completamente la
proteína voy a usar 100ºC, el pH depende, podría ser ácido o
básico, voy a agregar agente denaturante, voy a agregar
agentes reductores y voy a agregar detergente. Todo esto junto
se hace cuando uno hace electroforesis de proteínas, donde
separamos proteínas por su peso molecular, pero para que
logremos separadas por PM las proteínas tienen que estar
denaturadas y con la misma carga. Eso lo hacemos en
laboratorio usando una combinación de todo esto que se
menciona.
Los puentes disulfuro son importantes para dar estabilidad
a la estructura terciaria.
Este es un experimento que es muy clásico, experimento de
Anfinsen, que en el fondo demostró que la denaturación de la
ribonucleasa es reversible.
La ribonucleasa, que es una
proteína que les mostré como
ejemplo de estructura primaria,
tiene estos puentes disulfuro que
son 4, específicamente entre esos
residuos, sí la quiero denaturar
agrego urea y mercaptoetanol basado en lo que les comenté, la
urea rompe las interacciones por puentes de hidrógeno y el
mercaptoetanol rompe los puentes disulfuro y deja las cisteínas
libres, así obtengo la proteína denaturada. Como la ribonucleasa
es una enzima entonces pierde su
actividad catalítica cuando está así
(denaturada), en cambio al
principio estaba activa, pero esto
es reversible.
¿Qué hago para revertir la denaturación? saco la urea y el
mercaptoetanol, ¿cómo los saco?
una forma común de hacerlo en el
laboratorio es mediante diálisis,
removemos a través de una
membrana que es semipermeable
las moléculas de acuerdo con su
tamaño molecular, entonces las proteínas que son muy grandes
quedan retenidas en la membrana y las moléculas pequeñas
como la urea y el mercaptoetanol pasan, esto es por el tamaño
del poro en el fondo de esa membrana. Entonces mediante
diálisis es posible sacar solo la urea y el mercaptoetanol y
Clase 8 30 marzo estructura de proteínas 3
quedarnos con la solución proteína ¿y qué pasa? se vuelve a
formar la estructura terciaria de la ribonucleasa y vuelve a estar
activa, se pliega correctamente y se forman los puentes
disulfuro correctamente.
Esto hace que el proceso sea reversible, esto significa que la
proteína tiene memoria estructural, o sea, que vuelve a formar
su estructura nativa por sí sola, no necesita nada más. No todas
las proteínas son así, algunas necesitan ayuda para plegarse,
necesitan a otras proteínas que las ayuden a formar su
estructura.
Entonces en este caso se demuestra que es reversible, si yo
cambio el orden, por ejemplo, rompo los puentes disulfuro
como se muestra aquí, y yo quiero
volver a formar los puentes
disulfuro, pero no remuevo la urea
(que es lo que esta denaturando la
proteína), esos puentes disulfuro
no se van a formar de manera correcta, a lo mejor se van a
formar al azar. Por lo tanto, es importante en este caso que
tenga mi proteína libre de urea y de mercaptoetanol, de ambos.
La pérdida de la estructura nativa de las proteínas puede
ser perjudicial para la salud (ej. Alzheimer)
Por último, para también darle una aplicación un poco más
fisiológica a este proceso de denaturación.
Yo les dije que estas condiciones, usar agentes denaturantes, T°,
pH, detergente, no es algo que vaya a pasar en la célula, sin
embargo, las proteínas en las células si se denaturan, es algo
natural que pasa.
Cuando las proteínas se denaturan, la célula reconoce que esa
proteína perdió su actividad y la degrada y luego la vuelve a
sintetizar, no es malo. Pero en algunos casos puede ser grave,
por ejemplo, tenemos el caso de esta proteína, el beta amiloide,
que está relacionado a la aparición de Alzheimer, quizá no es el
único factor, pero es muy importante.
Aquí tenemos la proteína en su conformación nativa que tiene
una hoja beta antiparalela, tenemos la proteína completamente
denaturada, como
lo haríamos en un
laboratorio, sin
embargo, también
hay un estado
intermedio, glóbulo
fundido, este estado está parcialmente denaturado porque no
tiene la estructura nativa, la estructura terciaria, pero se
mantienen las hojas beta que están estabilizadas por puentes de
hidrógeno.
Resulta que las hojas beta tienen
residuos hidrofóbicos y se
estabilizan por efecto hidrofóbico,
entonces empiezan a agregar una
proteína con otra por efecto hidrofóbico y luego con otra y con
otra y forman una fibra que precipita
y eso está relacionado con el
Alzheimer, por lo tanto, hay harta
investigación sobre cómo evitar que
ésta beta amiloide se agregue, a lo
mejor agregar alguna molécula que impida que se agregue
porque esta denaturación es leve, no es una denaturación
completa y esto ocurre.
Normalmente cuando esto ocurre la célula debiera reconocerlo
y debiera degradar, pero si algo empieza a precipitar dentro de
la célula, las enzimas no van a ir a actuar sobre esa fiebre esta
precipitada, actúan sobre las proteínas que están en solución o
actúan en la superficie, pero no van a llegar a tener contacto tan
en el interior.
Tipos de Proteínas
Todas las proteínas que yo les he mostrado son de un tipo de
proteína, son PROTEÍNAS GLOBULARES, que son las típicas
proteínas donde tenemos varios tipos de estructura secundaria,
alfa hélice, hoja beta o mezclas, tenemos los residuos apolares
en el interior, tenemos los recibos polares
y cargados más hacia el exterior
estabilizándose bien con el agua y de
hecho estas proteínas forman globitos,
forman esferas y son bien compactas, o
sea, aquí en el interior no hay mucho
espacio, hay pocas moléculas de agua en el interior.
Estas proteínas son solubles en agua, precisamente porque los
apolares que no interaccionan con el agua están escondidos en
el interior y los polares o cargados que si interactúan bien van
hacia afuera, entonces estas proteínas son solubles y eso es muy
importante para que cumplan con su función, enzima,
transporte, por ejemplo, transporte de ácidos grasos como la
albúmina, transporte de oxígeno como la hemoglobina por la
sangre, son dos medios acuosos, hormonas como la insulina que
tiene que viajar por la sangre y ser soluble en agua, bueno para
que decir las enzimas, las enzimas trabajan en un medio acuoso,
sea el citosol de la célula o en la matriz mitocondrial, etcétera.
Sin embargo, hay otros tipos de proteínas que no son solubles
en agua y que no tienen todas estas condiciones, son las
proteínas fibrilares y las proteínas de membrana.
Las PROTEÍNAS FIBRILARES a diferencia de una proteína
globular, no son solubles en agua, es lo más importante que
destacar. Su función no es ser enzima, transporte u hormona,
sino que es más bien estructurada, les dan firmeza a ciertos
tejidos, veremos un ejemplo en el pelo, vamos a ver el
colágeno, vamos a ver la proteína de la seda, la fibroína.
Tienen muchos residuos apolares organizados en sus
cadenas y en la razón por la cual son insolubles en agua,
es porque esos residuos no están ocultos hacia el
interior como en las globulares, sino que la proteína se
orienta más bien en un plano, son alargadas, entonces
todos los residuos hidrofóbicos quedan hacia fuera y
eso es insoluble.
En general tienen un tipo de estructura secundaria a diferencia
de la globulares que pueden tener más de uno (alfa hélice y hojas
beta). En este caso es sólo un tipo de estructura a lo largo de
toda la cadena, puede ser alfa hélice, puede ser hoja beta o
puede ser un caso especial en el caso del colágeno, la hélice del
colágeno. Estructura helicoidal o tipo hoja.
En el caso de las PROTEÍNAS DE MEMBRANA en general tienen
esta estructura del tipo alfa hélice
como estructura secundaria y los
residuos son apolares, entonces se
estabilizan por efecto hidrofóbico,
pero ahora en la membrana, algo que
no hacen las fibrilares. Función:
canales, transportadoras, receptores.
Clase 8 30 marzo estructura de proteínas 3
Proteínas fibrosas adaptadas para función estructural.
Hay tres tipos de proteínas fibrilares, una con más detalle que las
otras, el colágeno.

Vamos a analizar la triple hélice del COLÁGENO, es una

estructura bien particular que solamente existe en el colegio, no
existe en ninguna otra proteína. Su gracia es que tiene mucha
fuerza, el colágeno es una molécula extremadamente fuerte,
resistente, la puedo tirar, aplicar mucha tensión y no se rompe
en condiciones normales, incluso si la comparamos a nivel
molecular siempre han dicho que podría ser más fuerte que el
del acero o algo metálico.
La ALFA QUERATINA es la proteína que se encuentra en el pelo,
por ejemplo, en las uñas, en el caso de las aves en las plumas,
toda esa es la misma proteína y ustedes sabrán, a priori, que la
dureza o la rigidez de un pelo comparado con una uña es muy
distinto y es la misma proteína, ¿qué hace la diferencia? tiene que
ver con las interacciones covalentes que hay en esa proteína.
Nosotros sabemos que son proteínas insolubles en agua,
también son duras, pero flexible, lo que también depende un
poco de las interacciones covalentes que tengan.

Se llama Alfa queratina porque tiene alfa hélice, su estructura

completa, su estructura secundaria, es un alfa hélice.
La BETA QUERATINA o FIBROÍNA que es la proteína de la seda,
como lo dice el nombre, se organiza en hojas beta a diferencia
del alfa queratina, pero en este caso no es tan rígida, sino que es
más suave y maleable. Esto también tiene que ver con la
estabilización que es por hojas beta, no hay puentes disulfuro ni
otras interacciones covalentes que le den más rigidez, sino que
son sólo interacciones hidrófobas que hacen moverse a las
distintas hojas.

Resumiendo, tipos de proteínas:

GLOBULARES:

• Varios tipos de estructura secundaria.

• Todos los tipos de residuos.
• Forma esférica y compacta
• Solubles en agua
• Función: enzimas, transporte, hormonas, etc.

FIBRILARES:

• Un tipo de estructura secundaria.

• Estructura tipo fibra.
• Abundancia de residuos apolares.
• Insolubles en agua.
• Función: estructural.
DE MEMBRANA:

• Extremos globulares, residuos hidrofóbicos insertos en

la membrana.
• Función: canales, transportadores, receptores.
Clase 9 31 marzo estructura de proteínas 4
La composición aminoacídica del tropocolágenos es rica en
residuos de glicina y derivados de prolina.
Como esta unidad es estructura de proteínas, entonces nos
vamos a preocupar de entender ¿cómo se estabiliza la estructura
del colágeno en todos los niveles?, ¿cuál es su estructura
primaria?, ¿cuál es su estructura secundaria y cómo se
estabiliza?, ¿cuál es su estructura terciaria y/o cuaternaria y como
se estabiliza?
ESTRUCTURA PRIMARIA:
Estas son secuencias de COLÁGENO, pero hay que tener cuidado
porque el colágeno no es una única molécula que tenga una
secuencia, sino que hay muchos tipos de colágeno, entonces
está en una secuencia representativa donde podemos ver que el
primer aminoácido es glicina,
el segundo prolina, el tercero
metionina, el cuarto vuelve a
ser glicina y el quinto vuelve a
ser prolina y cambia al
siguiente, serina, luego vuelve
a aparecer glicina y prolina y
cambia al siguiente, arginina. ¿qué quiere decir esto? quiere decir
que la estructura primaria del
colágeno está constituida en un tercio
por glicina y más o menos en un tercio
por prolina o un derivado de este que
se llama 4 hidroxiprolina.
¿Qué es lo que se aprecia en la secuencia? más o menos cada 3
aminoácidos aparece la glicina o la prolina
o la hidroxiprolina (Hyp), con respecto a
los aminoácidos (que eran 20) la
hidroxiprolina no es uno de esos, por lo
tanto, el aminoácido que aparece en el
colágeno es la prolina, la cual luego se hidroxila por reacciones
posteriores apareciendo este grupo hidroxilo en la posición 4.
Además de esta rareza de que prácticamente un tercio es glicina
y prolina y solamente el último tercio
es variable, tenemos aparte otro
aminoácido que aparece en el
colágeno, quizás no aparecen en otras
proteínas y es la hidroxilisina, así como existe la 4-hidroxiprolina,
acá tenemos la 5-hidroxilisina. Esta es la cadena lateral de la lisina
con el grupo épsilon amino y ahora tenemos un grupo hidroxilo
que no estaba antes. Este grupo hidroxilo también aparece por
una modificación posterior, el aminoácido que se une para
formar la proteína es la lisina y luego se hidroxila.
Por último, también es importante mencionar que no tenemos
cisteínas en el colágeno, por lo tanto, los enlaces covalentes que
vamos a analizar más adelante, que estabilizan la fibra, no son
puentes disulfuro, sino que son de otro tipo de enlace covalente
que también solo aparecen en el colágeno.
El colágeno es una proteína media rara en el sentido de que su
estructura es única, la composición aminoacídica que tiene, la
estructura secundaria y terciaria que tienen no existe en otras
proteínas y eso es bastante inusual.
Entonces, la estructura primaria en el fondo es una repetición
de glicina, prolina y un aminoácido X. De hecho, podemos
escribir así la estructura primaria
del colágeno: (se repite n veces)
El aminoácido X es muy variable, pero tienden a ser residuos en
general más bien apolares, algunos polares, pero en general si
hablamos de todo el colágeno, toda la composición de
aminoácidos, los residuos son mayoritariamente apolares. La
glicina y la prolina son apolares así que ya dos tercios son
apolares.
¿Cuál es el rol de la glicina y prolina en la estructura del colágeno?
Tiene que haber alguna razón de porque glicina y prolina
aparecen cada dos tercios. Para eso tenemos que analizar la
estructura secundaria del colágeno.
La triple hélice del colágeno corresponde a una estructura única
que le de firmeza.
ESTRUCTURA SECUNDARIA:
La estructura secundaria del colágeno es una hélice, se puede
ver en la figura (a) y (b) se llama hélice del
colágeno, no confundir con una alfa hélice
porque no es una alfa, ni tampoco es ninguna de
las otras hélices que les comenté que podían
existir, la hélice pi, la banda 2-7, la 3-10.
Es una hélice que sólo existe en el colágeno y es
una hélice que se produce por los residuos de
prolina. ¿Cuándo tenía una prolina en el medio
de la secuencia que hacía esa prolina? porque
quiebra la cadena, quiebra la dirección, cuando
decimos que quiebra es porque cambia la
dirección de la cadena, la prolina fuerza a que haya un giro y ese
giro es un giro ajustado, bastante ajustado, en el giro gama
específicamente vimos la prolina y eso se debe a que la prolina
tiene esta estructura rígida, entonces si cada tres aminoácidos
hay una prolina, entonces cada tres aminoácidos voy a tener un
giro y ese giro es el que forma la estructura de la hélice, no hay
puentes de hidrógeno estabilizando esta estructura helicoidal, a
diferencia de un alfa hélice que si esta estabilizado por puentes
de hidrógeno.
Aquí no se muestra porque obviamente no hay interacciones, no
hay ninguna estabilización entre los residuos así que tenemos
prolina hay un giro luego glicina, otro, prolina, gira, etc. por eso
es tan importante que cada tres aparezca la prolina o la
hidroxiprolina, da lo mismo porque tienen la misma rigidez. No
hay puentes de hidrógeno entre los grupos amida del enlace
peptídico en la hélice, sí hay puentes de hidrógeno con otras
cadenas. En la hélice (a) no hay puentes de hidrógeno.
¿Por qué la prolina produce un giro? El grupo carbonilo que va a
quedar formando el enlace peptídico y el grupo amino que va a
formar el siguiente enlace peptídico,
naturalmente están orientados casi para que se
invierta la dirección de la cadena y eso se da
porque está ciclado el grupo de R con el grupo
amino, nos deja que se mueva, en cambio en los otros
aminoácidos el grupo amino se puede orientar, se pueden
mover, aquí no, entonces la dirección de la cadena cambia y ese
giro es el que vemos en la hélice.
(Si tengo una secuencia, podría ser una secuencia sintética, por
ejemplo, podría ser un péptido, donde tenga muchas prolinas la
secuencia va a tender a dar este giro y esa hélice se llama PP2, es
una hélice de prolina, es una estructura bien rara y no la vamos
a ver en una proteína)
Clase 9 31 marzo estructura de proteínas 4
ESTRUCTURA TERCIARIA:
Una hélice o cadena de colágeno no es suficiente para formar
una estructura o una fibra, hay que pensar que esto tiene que
ser muy resistente, así como un pelo no es una sola proteína
alargada, no podría ser, son varias que están entrelazadas, por
lo tanto, la estructura base del colágeno es una triple hélice la
cual se le llama tropocolágeno, tres de está hélices de colágeno
se entrelazan parecido a una trenza, están trenzadas formando
el tropocolágeno.
En (c) se ve una proyección lateral y en (d) se ve
desde arriba, con distintos colores
(celeste, azul y gris) están las tres
cadenas de colágeno, recalcar también
que en este caso son tres cadenas
distintas, esto no es como lo vimos en
una proteína globular donde la misma
cadena daba giros y vueltas y era una
única cadena, en el caso del colágeno no y en el caso de las
proteínas fibrosas no, no se da eso, son tres cadenas distintas, o
sea, cada cadena tiene un extremo amino y un extremo
carboxilo.
Se puede ver que la empaquetamiento de las tres cadenas es
alto, están muy juntas y lo que se ve en rojo son los residuos de
glicina y se puede ver que todas las glicinas quedan hacia el
interior donde hay muy poco espacio, entonces tiene sentido
que en la glicina su grupo R sea un hidrógeno, ya que cualquier
otro aminoácido que tenga un grupo R más voluminoso no cabe
en este espacio de la triple hélice.
Entonces ahí ya tenemos la razón de porque un tercio es prolina,
para producir el giro que forma la hélice y ya tenemos la razón
de por qué cada tres aminoácidos aparece una glicina, porque la
glicina tiene el grupo R más pequeño, es un hidrógeno y es el
único que se puede acomodar en este pequeño espacio que
queda cuando formamos la triple hélice.
¿Cómo se estabiliza la triple hélice? ¿Qué es lo que hace que estas
tres cadenas se mantengan unidas y no se separen?
La triple hélice del colágeno se estabiliza por puentes de
hidrógeno intracatenarios entre grupos.
Se estabilizan por puentes de hidrógeno, no hay puentes de
hidrógeno dentro de la misma cadena, pero si hay
puentes de hidrógeno entre las cadenas como se
ve en la imagen, por ejemplo, amarillo, verde y
rosado son cadenas distintas y están estabilizadas
por puentes de hidrógeno, entonces son puentes
de hidrógeno intercatenarios. ¿Quiénes lo
forman? Átomos del enlace peptídico, N-H---O=C,
de los distintos residuos, pero también ahora le
sumamos el grupo OH de la hidroxiprolina,
entonces Hyp también contribuye a formar más
puentes de hidrógeno y estabilizar la triple hélice
del colágeno o tropocolágeno.
¿La triple hélice es estructura terciaria o cuaternaria? Uno tiende
a pensar que es cuaternaria porque tenemos distintas cadenas,
podrían ser como lo conversamos antes con distintas
subunidades, pero la verdad es que acá no es muy claro decir que
estas es una estructura cuaternaria, porque estas más que
subunidades son cadenas distintas de la misma proteínas, por lo
tanto, en este caso en el colágeno podríamos decir que su
estructura cuaternaria, si es que la tiene, es equivalente a su
estructura terciaria, porque la imagen es la estructura terciaria,
la secundaria es la hélice, la terciaria es la triple hélice, pero al
mismo tiempo esa triple hélice podría considerarse estructura
cuaternaria a pesar de que no son subunidades. Entonces diría
que son equivalentes, en este caso hablar de la cuaternaria y de
la terciaria no tiene mucho sentido, son la misma estructura.
¿Dónde existe el enlace peptídico? El enlace peptídico existe
entre los distintos residuos aminoacídicos, dejando los
carbonilos y los grupos NH en contacto para que formen un
puente de hidrógeno. En el caso de las glicinas quedan hacia el
interior de la triple hélice, donde hay muy poco espacio, por eso
se acomoda bien al tener un R pequeño.
¿La estructura secundaria en qué sentido si se puede reconocer?
la podemos ver en una cristalografía, se puede ver la hélice del
colágeno y también podemos ver la triple hélice.
Lo que caracteriza una estructura secundaria no es que tenga o
no tenga puentes de hidrógeno, sucede que la alfa hélice y la
hoja beta se estabilizan por puentes de hidrógeno, pero no es
eso lo que define estructura secundaria, lo que define la
estructura secundaria es que es un arreglo espacial periódico, en
muchos casos, de una parte de la proteína, por lo tanto,
cualquier estructura tipo hélice es estructura secundaria porque
es un arreglo espacial repetitivo, entonces aunque no tenga
puentes de hidrógeno es estructura secundaria.
Varias triple hélice forman una fibra de colágeno.
La glicosilación del colágeno depende del tipo de colágeno.
¿Cuál es el rol de la hidroxilisina? la hidroxilisina tiene una función
distinta, se le unen covalentemente azúcares, por ejemplo, en
este caso hay una galactosa unida a una glucosa disacárido y
están unidas covalentemente a través
del grupo hidroxilo, este tipo de enlaces
con el grupo hidroxilo son los enlaces
glucosídicos y dependiendo de la
cantidad de azúcar que tenga el
colágeno es su flexibilidad, puede ser
más firme y menos flexible o más
flexible y eso lo da en parte, no 100%, el
contenido de carbohidratos, es una glicoproteína, tiene.
En esta tabla hay
muchos detalles, por
ejemplo, entre un
colágeno tipo I que
aparece en tendones,
huesos, a un colágeno
tipo V que a lo mejor lo
vemos en la piel y
tejidos, el contenido de
carbohidratos es muy
distinto, un colágeno
tipo I que es muy firme
tiene bajo contenido de
carbohidratos, en cambio, en un colágeno tipo V tiene alto
contenido de carbohidratos y eso lo da la unión a la 5-
hidroxilisina. (colágeno es más firme en tendón que en un tejido)
Resumiendo, el contenido de azúcar, de glicosilación que tenga
en el colágeno dan mayor o menor flexibilidad, firmeza a las
cadenas (más carbohidratos, menos firme, menos rígido, más
flexible) aunque no es el único factor. Este es el rol de la
hidroxilisina, no es que todos los residuos tengan un azúcar.
Clase 9 31 marzo estructura de proteínas 4
Las fibras del colágeno se unen por enlaces covalentes que Síntesis de colágeno y modificaciones postraduccionales.
le dan mucha firmeza. Les estoy hablando de una proteína que es bien rara, tiene una
¿Cómo se forma la fibra? una fibra se forma por varias triple hélice, pero aparte tengo que juntar tres hélices para formar una
hélice, cada una de estas triple hélice, aparte tengo que oxidar los residuos de lisina y
es un tropocolágeno y a lo prolina para introducir estos grupos hidroxilo, aparte le tengo
que vamos a llegar cuando que unir carbohidratos, aparte tengo que formar enlaces
tenemos la fibra de covalentes entre las distintas cadenas de tropocolágeno para
colágeno (fibra vista en el formar la fibra, o sea, esto no es un proceso que ocurra en un
microscopio) es a la unión solo paso, el colágeno se sintetiza en muchos pasos y eso es lo
de varias cadenas de que se muestra en esta imagen.
triples hélices y se unen
mediante enlaces
covalentes para formar
una fibra ¿cuáles son esos
enlaces covalentes? No
son puentes disulfuro Lo que se sintetiza en el ribosoma es la cadena del colágeno que
porque no hay cisteína se llama preprocolágeno y esa cadena cuando es sintetizada se
entonces son de otro tipo. oxidan y se introducen los grupos hidroxilo, esto lo hace una
enzima, una oxidada. Esta cadena es soluble en agua.
Aquí se muestra todo el proceso, los residuos de lisina, no de 5-
hidroxilisina, se oxidan y está es una reacción enzimática, lo hace
la enzima lisil oxidasa, estos residuos se oxidan entonces y el
grupo amino se oxida a un aldehído, se remueve dentro del
grupo amino y sale como amonio. Esos grupos aldehído tienen
dos posibilidades:
Cuando es sintetizada se introducen los carbohidratos y luego
• La primera es que dos grupos aldehídos
formamos el procolágeno donde se entrelazan tres cadenas,
de dos lisinas distintas en dos
esto no es el tropocolágeno porque esta estructura, el
tropocolágeno reaccionen mediante
procolágeno tiene los extremos globulares, eso quiere decir que
una reacción que es una condensación
las cadenas hacia los extremos tienen secuencias aminoacídicas
aldólica y formen este tipo de enlace
que hace que esta cadena se pliegue como lo haría una proteína
covalente.
globular, o sea, los aminoácidos hidrofóbicos hacia adentro y los
• La segunda posibilidad es que
polares o cargados hacia afuera interactuando con el agua. Esos
reaccione un aldehído con un grupo
extremos globulares es lo que permiten que el procolágeno sea
amino que no haya sido oxidado y la
soluble en agua, entonces cuando se sintetiza el colágeno es
reacción entre un amino y un aldehído
soluble en agua. Tiene que ser así porque si no se sintetizaría y
originan una base de Schiff, una imina.
quedaría allí y el colágeno tiene que ser exportado hacia el
Estos son los dos tipos de unión covalente que tenemos en el medio extracelular.
colágeno, las repito, los residuos de lisina están presentes
naturalmente en la cadena, se oxidan alguno de ellos, no todos,
se oxidan enzimáticamente y aparecen, por lo tanto, grupos
aldehídos que naturalmente no están en ese aminoácido y
tenemos dos posibilidades: aldehído con aldehído,
condensación aldólica, enlace covalente o aldehído con amino, El procolágeno una vez que sale de la célula, se cortan los
el amino sería una lisina que no extremos globulares formándose el tropocolágeno y el
haya reaccionado, que no se haya tropocolágeno ya es insoluble, cortamos los extremos que le
oxidado y ese caso forman una permitían tener solubilidad.
base Schiff. (los enlaces covalentes son los de la imagen)

Dependiendo de la cantidad de enlaces covalentes que tenga el

colágeno, las fibras de colágeno, lo hace más resistente, pero
también si tenemos un exceso de enlace covalente lo hacen más
quebradizo, quizás medio raro eso al principio. Necesitamos los
enlaces covalentes que es lo que une las distintas cadenas, si las
cadenas no tuvieran unión, esto no sería una fibra, tienen que
estar unidas covalentemente, pero un exceso de uniones
covalentes lo que hace es que ese colágeno sea más quebradizo
y eso es lo que va pasando naturalmente con la edad, por
ejemplo, con la piel, los cambios que se ven en la piel.
Como esta es una reacción enzimática y quedan estos enlaces
covalentes en la fibra de colágeno se van acumulando con el
tiempo y a medida que se acumulan el colágeno tiende a ser ya
no tan flexible, tiende a ser más duro.
En última instancia se forman los enlaces covalentes por
condensación aldólica o formación de base de Schiff entre las
distintas triples hélices, entre los distintos tropocolágenos y ahí
formamos la fibra. Entonces para llegar a formar una fibra es un
proceso que requiere todos estos pasos.
Resumiendo, se sintetiza el preprocolágeno, se oxida y se le
unen azúcares, se unen varias hélices formando el procolágeno,
todavía es soluble en agua porque tiene que extremos
globulares, se exporta al medio extracelular, se cortan los
extremos globulares y ahí se forma el tropocolágeno que ya es
Clase 9 31 marzo estructura de proteínas 4
insoluble y finalmente se unen varios tropocolágenos, varias
triple hélice por enlaces covalentes del tipo condensación
aldólica o base de Schiff para formar la fibra. Este es el proceso
para formar el colágeno. Muy complejo, distintos tipos de
estructuras y cada una de ellas se estabiliza de manera distinta.
Recordar, el tropocolágeno no tiene enlaces covalentes, se
estabiliza por puentes de hidrógeno.
Entre las triple hélices o tropocolágenos, para formar la fibra hay
enlaces covalentes, es decir, la fibra de colágeno se estabiliza
por enlaces covalentes.
La hélice del colágeno no se estabiliza por puentes de
hidrógenos, se estabiliza por los giros que produce la prolina.
Hacia afuera de la fibra están los grupos R del tercer aminoácido
que es variable y como muchos de ellos son apolares yo podría
pensar que aquí también hay efecto hidrofóbico, o sea, no es
incorrecto decir que para estabilizar la fibra también hay un
componente de efecto hidrofóbico, si lo hay, pero sin duda es
más importante los enlaces covalentes.
La unidad estructural de la alfa queratina es el
protofilamento.
La ALFA QUERATINA que es la proteína que está en el pelo, pero
no sólo en el pelo, también en las uñas, en los cuernos, en las
plumas, pezuñas, todo eso es alfa queratina y ¿cuál es la
diferencia entonces entre pelo y uñas? si es la misma proteína
¿qué es lo que le da más firmeza a la queratina de la uña
comparada con la del pelo? es en ese caso son las interacciones
covalentes que tienen, pero son del tipo puente disulfuro.
Un pelo no es una proteína, son
muchas cadenas de proteínas
empaquetadas todas juntas,
nosotros lo que vamos a analizar es
como la unidad base, que es un alfa
hélice, se entrelaza y luego se va
uniendo con varias hasta formar una
fibra. Hasta aquí vamos a llegar,
hasta la proto fibrilla.
La alfa queratina esta formada por cadenas en alfa hélice
entrelazadas.
La alfa queratina, lo dice su nombre, está formada por alfa
hélices y eso lo podemos ver acá:
Su estructura primaria es variable, no es como en el caso del
colágeno que era repetitiva, pero es rica en residuos
hidrofóbicos (alanina, valina, leucina, isoleucina, metionina
fenilalanina) son todos residuos apolares. Eso me tiene que estar
indicando que va a haber alguna estabilización por efecto
hidrofóbico.
Una cadena entonces es una alfa hélice, esa es su estructura
secundaria, dos cadenas, dos alfa hélice se entrelazan formando
un ovillo enrollado, que es esta estructura que tenemos aquí y la
orientación de las cadenas es anti paralela, o sea, en un extremo
de una cadena tenemos un grupo amino que tiene carga positiva
y en la otra cadena tenemos un grupo carboxílico por eso es
importante que sea antiparalelo, por lo tanto, ahí hay una
interacción electrostática, pero que sólo está al final.
Esta unión se estabiliza por puentes de hidrógeno, parecido a
como lo vimos con el caso del colágeno, cuando unía tres hélices
en una triple hélice, bueno en este caso son dos alfa hélices
unidas y estabilizadas por puentes de hidrógeno.
Si unimos dos ovillos enrollados, o sea, ya son cuatro alfa hélices,
formamos un proto filamento, nuevamente aquí hay puentes de
hidrógeno entre las cadenas, pero aquí también ya hay efecto
hidrofóbico entre las cadenas, entre los distintos ovillos
enrollados.
Sólo al llegar a la proto fibrilla, donde yo tengo cuatro proto
filamentos, recién ahí empiezan a aparecer los enlaces
covalentes, los cuales son de un solo tipo, puentes disulfuro.
Dependiendo de la cantidad de puentes disulfuro que haya
tenemos una proteína o una fibra. Si es más maleable como el
pelo, menos cuentos del foro y si tenemos más puente disulfuro
ya tenemos una proteína más firme como la de la uña.
Esto es lo que hace la diferencia. Este proceso no es controlado
enzimáticamente como lo vimos en el caso del colágeno en la
formación de los enlace covalente, en este caso dos cisteínas
que se encuentren forman espontáneamente puente disulfuro.
En la vida diaria si es que alguien se hace un tratamiento que se
llama la permanente, lo que hace es reducir los disulfuro
químicamente, al hacer una permanente se reduce los puentes
disulfuro y quedan las cisternas libres, luego al pelo se le da una
forma, por ejemplo, ondulado y luego se vuelven a formar los
puentes disulfuro. Por eso es permanente, son enlaces
covalentes y por lo tanto el pelo queda con la forma que se le da.
Un puente disulfuro solo se puede formar entre dos cisteínas, o
sea, un puente disulfuro, para recordarlo, es la cadena lateral de
una cisteína (CH2-S) unido a otro grupo sulfhidrilo, ¿entre
quienes? entre los distintos proto filamentos o entre las distintas
cadenas entrelazadas.
La estructura primaria es variable y rica en residuos hidrofóbicos.
La estructura secundaria es un alfa hélice.
La estructura terciaria podríamos pensar que es varias alfa
hélices entrelazadas, podría ser el ovillo enrollado, pero
nuevamente aquí no tiene mucho sentido hablar de terciaria o
de cuaternaria porque son distintas cadenas no son
subunidades, pero son cadenas distintas, entonces podríamos
decir que su estructura cuaternaria es equivalente a su
estructura terciaria, igual como lo vimos con el colágeno.
¿Cómo interactúan las cadenas en el proto filamento? hay
puente de hidrógeno y hay efecto hidrofóbico. Una diferencia
importante es que en la alfa hélice hay puentes de hidrógeno
que tienen periodicidad 4-13 como lo vimos en cualquiera es y
son puentes de hidrógeno intracatenarios, en cambio, en el
Clase 9 31 marzo estructura de proteínas 4
ovillo enrollado hay puentes de hidrógenos intercatenarios,
porque son dos cadenas distintas, en el alfa hélice contribuyen
sólo los átomos del enlace peptídico, en cambio, cuando yo
tengo dos o más cadenas contribuyen también los aminoácidos
polares, por ejemplo, las serinas que tiene grupo hidroxilo,
bueno formadores de puentes de hidrógeno que contribuyen
también a catalizar. Esa es una diferencia entre los puentes de
hidrógenos entre alfa hélice y ovillo o de ovillo en adelante.
Intra, solo enlaces peptídicos y los grupos R no hacen nada, en
cambio, inter si pueden participar los grupos R.
estas hojas que están en zigzag se apilan una arriba de la otra y
esta estabilización es por efecto hidrofóbico, no hay nada más.
Eso es lo que hace que las hojas hagan este juego de que se
desplazan una sobre la otra ya que sólo están estabilizadas por
efecto hidrofóbico y eso es lo que le da a la beta queratina esta
suavidad, maleabilidad a la fibra comparado con una alfa
queratina que es muy firme y comparado con un colágeno que
también es muy firme.
En los dos casos anteriores había enlaces covalentes que
estabilizaban la fibra, en este caso no, son muy débiles.

La beta queratina (fibroína) esta formada por extensas

estructuras beta plegada antiparalelas.
La BETA QUERATINA o FIBROÍNA que es la proteína de la seda,
del gusano de la seda, como lo dice su nombre la beta queratina
se organizan en hojas beta, a diferencia del alfa queratina que se
organizan en alfa hélices.

En su estructura primaria también secuencia variable, pero

tenemos de manera intercalada residuos de glicina y alanina que
son los más importantes, así como en el colágeno aparecía
glicina y prolina. Están intercaladas y eso tiene una función.
También tienen residuos variables como la serina u otros
residuos polares también, pero la mayoría son hidrofóbicos al
igual que en la alfa queratina son apolares.

La estructura secundaria es una hoja beta antiparalela, aquí se

muestra mejor la dirección de las cadenas con flechas que son
anterior antiparalelas.
Se estabilizan por
puentes de hidrógeno
intercatenarios entre
los átomos del enlace
peptídico carbonilo-NH,
NH-carbonilo y así
sucesivamente, esto es
lo que estabiliza la hoja.

La estructura de la proteína fibroína es muy fuerte, pero

las interacciones entre hojas son débiles.
¿Cómo se estabiliza ahora la interacción entre hojas? sobre una
hoja hay otra hoja y otra hoja y otra, entre las hojas sólo hay
efecto hidrofóbico, no hay puentes de hidrógeno ni hay ningún
tipo de interacción covalente, sólo efecto hidrofóbico y eso se
debe a que los residuos hidrofóbicos, glicina y alanina, son los
que quedan por debajo y por encima de la hoja en su gran
mayoría, si hay una sería por ahí no va a influir porque igual la
mayoría van a ser apolares.

El hecho de que vayan intercalados, una glicina y una alanina,

tiene que ver con el tamaño, el espacio que deja la glicina que
está orientada hacia arriba, en este caso, es llenado por la
alanina con su grupo metilo, las alaninas que están orientadas
hacia abajo coinciden con el paso que deja la glicina, entonces
Clase 10 01 abril Relación estructura-actividad

¿??????????????????????????????????????????????????????????????????????????
?????????
Clase 11 06 abril Relación estructura-actividad hemoglobina 2
¿??????????????????????????????????????????????????????????????????????????
????????????????????????????
Carmen se fijan en la diferencia el oxígeno liberado 37%
prácticamente igual al oxígeno liberado condicionalmente
cambio si no tenemos la cantidad de oxígeno liberado sería 30 la
izquierda es más bien teórica que no la concentración del 2,3 dijo
feliz Carmen casero cero pierde el efecto operativo por lo tanto
no podría responder también la presión con el 2,3 la primera
comparado con el efecto del ph ideal co dos no puede ser podría
resumir brevemente como la interacción del tipo gripe sí algo no
queda muy claro que lo normal en realidad por eso yo les dije no
lo voy a explicar en la última clase que quedaron
Apareció no sé cuánto pulmones a nivel del mar tan por acá
cuando estamos hablando de los tejidos a nivel del mar estamos
fuera entonces esa diferencia de saturación oxígeno este punto
es el oxígeno liberado alrededor del 38 esto es en presencia de
una concentración lo que hacen es vivir la afinidad de la
hemoglobina pero también baja la saturación de oxígeno a nivel
de los tejidos a nivel de los pulmones bajo un poquito forma de
la pero aquí estamos justo en el quiebre entonces esto es en
presencia más presencia del dos alguna concentración entonces
este efecto que se produce por la altura que es una menor
facturación de oxigeno a nivel de pulmones se compensa una
mayor liberación del oxígeno a nivel de los tejidos in baja la
saturación no sé saben que nosotros nos adaptamos al fondo
empezamos a saturar menos siempre vamos a tirar menos
menos pero al mismo tiempo estamos liberando más oxígeno 30
pero con el efecto del 2,3 vuelve aumentará 137 en efecto bajar
la unidad ponerlos y eso se muestra 1 entiendo mejor igualmente
otras cosas si tiene que pasar no dejemos eso por ahora de lado
vamos a querer términos porque el oxígeno tiene que llegar a
los tejidos del oxígeno obviamente se capta los pulmones por la
hemoglobina pero no sirve ahí tiene que ir la hemoglobina por la
sangre y entregar a sus hijos a todos los tejidos pensemos en el
ser el primer efecto que hemos sentido en el cerebro consume
esta cantidad oxígeno que los procesos metabólicos que tienes
son son irónicos son ahí los entonces de qué sirve que la
hemoglobina baje su afinidad por el oxígeno sirve
específicamente a nivel de los tejidos para que se libere mayor
cantidad de 1 lo piensa como pies bajar es malo bajar la afinidad
en realidad bajar la afinidad que permite se libere con mayor
facilidad el oxígeno si tú me dices pero aquí vale pulmonar
estamos saturando menos eh verdad pero la diferencia número
mucho menor estamos ganando no sé a lo mejor aquí para
vemos no sé 3% y 5% pero lo compensamos liberando mucho más
al final qué es lo que nos importa a nosotros como organismo es
la cantidad de oxígeno que nos llega a los tejidos no importa
cuánto saturamos cuánto mostrar reales que los porcentajes de
oxígeno liberado son poco a una altura de 4 500 ahora me
preguntan qué pasa con la curva sin 2,3 disposiciones
nuevamente les hago ahí tienen que esto no sería una condición
claro siempre va a tener algo pero si fuera cero fíjense que la
curva se vuelven hiper pública y por lo tanto deja de responder
bien a los cambios en la presión para eso se requiere sin cuidado
por qué estáis mirando qué pasa a nivel de los pulmones ya sea
a nivel del mar buena lectura la saturación serían 100% en los
tejidos la saturación serían 100% hacemos la diferencia cuando el
oxígeno liberado cero cero esta culpa no permite liberar exige
por lo tanto teóricamente hemoglobina está perdiendo su
capacidad transportar que no hubiera se parece a una puerta
que yo ya demostré que se está es la curva de la mioglobina la
hemoglobina podríamos decir que teóricamente pasaría a tener
una función como la mioglobina es almacenar oxígeno
nuevamente las repito eso es súper importante como como
mensaje de esta parte de la curva de esta proteína que indica
está relacionada con su función no responde mayormente a los
cambios
Un poco que es muy difícil del mundo sí igual podemos volver a
repasar veamos ahora un último efecto en las curvas que tiene
que ver con la con el tipo de móvil yo le mencioné el principio
para clases de movimientos que existen varios tipos de molinos
una embrionaria hemoglobina fetal lobina adulta que existen
dos y De hecho esas son las más importantes porque existe pero
en este caso se muestra en la curva aquí les hago la pregunta
usted se muestra la curva de la Molina adulta y la modelo final la
pregunta es cuál de los dos tipos de hemoglobina tienen mayor
afinidad por el oxígeno la adulta con la jeta solamente
interpretando pregunta parecida a la no porque la curva sigue
siendo similar a eso con lo que los claro fíjense la forma del sigue
siendo 5 y tal pero la afinidad por el oxígeno un poquito distinto
para la hemoglobina están en lo correcto es mayor pero la
mioglobina aparecería por acá muy pronunciado en este caso no
lo mezclemos la mioglobina entonces están en lo correcto la
movilidad que tales masas y qué sentido tiene eso el oxígeno se
tiene que tras pasar de la madre al feto no cierto qué pasaría si
la afinidad por el oxígeno fueran igual tendríamos una
competencia lo que sigue no se queda la hemoglobina adulta de
la madre o se va a hacer la hemoglobina total tienen la misma
finalidad qué pasaría si la hemoglobina fetal tuviera una afinidad
menor por ellos el oxígeno se quedaría en la Molina adulta no se
traspasaría hacia la Molina entonces lo que conseguimos con
esta curva y que De hecho el cambio del afinidad por el oxígeno
es que el oxígeno se pueda traspasar de login adulta que la
menor África al móvil mostré al principio vuelvo atrás que la
hemoglobina fetal tiene otras unidades recordar está bien qué
tal tiene cadenas Alfa igual que la adulta pero no tiene cadena
tiene cadenas sus unidades el tener distintas unidades tienen
una distinta unidad por el podríamos decir que cambia su
estructura ligeramente se entiende el efecto de la Molina fetal
creo que es mucho más para pasar el último sí dígame profe y
eso sucede porque el feto está en un ambiente con menor
cantidad de oxígeno y requiere aprovecharlo al máximo o
porque porque más fino más que más que este en un ambiente
con menos por ejemplo si lo comparas con el caso anterior que
teníamos distinta presión de éxito más que menos oxígeno es en
realidad que el feto no está todavía dando de manera autónoma
no es cierto depende tanto en cuanto a los nutrientes como el
oxígeno depende de lo que le pasa a la madre entonces el la
demanda de oxígeno que tiene respeto tiene que ser suplida por
el oxígeno que viene en la sangre para ponerle móvil de la madre
entonces en algún momento se tiene que producir ese traspaso
desde la sangre de la madre y ese traspaso a paso molecular
entre las hemoglobina adulta y ya no es lo que no al ser más afín
la cepal eso favorece que el equilibrio se desplaza hacia la Unión
a la hemoglobina que el ambiente sea con poco exige no hay que
no hay otra forma de conseguirlo qué signo marque a través de
por qué no está respirando que entiende ahí profe gracias último
y cambiamos de tema
aquí no les voy a mostrar curvas pero les voy a comentar qué
pasa si ocurre una mutación en la hemoglobina y en este caso
está relacionada alguna severa puede ser mortal incluso qué es
la anemia de células falciformes no la confundan tampoco con
una anemia normal por qué se produce 4 aquí en el texto en ese
caso aparece la hemoglobina S sí se llama esta variante donde
ocurre una mutación que cambia un recibo de glutamato la
cadena beta de la hemoglobina con un resid
Clase 12 07 abril enzimas
Algunas de las coenzimas más importantes: CoA, NAD+ y
FAD
Las coenzimas son muy relevantes en el sentido de que es la
coenzima quien realiza muchas veces la reacción química que
cataliza esa enzima, por ejemplo, una oxidorreductasa es una
enzima que hace una reacción de óxido reducción, la alcohol
deshidrogenasa, y en ese caso como es una óxido reducción
¿quién dona y quién recibe los electrones? no es la enzima, si se
pensara que la enzima dona los electrones, entonces alguno de
los aminoácidos de la enzima se oxidaría y si se modifican los
aminoácidos de la proteína muchas veces se altera su
conformación y su actividad entonces no tiene mucho sentido,
en general, salvo quizá unas pocas excepciones, los aminoácidos
en la enzima no participan en estas reacciones del tipo redox,
entonces quien dona o acepta los electrones es la coenzima.
El NAD+ es un cofactor que dona o recibe hidruros, en cambio,
el FAD dona o recibe electrones o átomos de hidrógeno,
entonces hay una diferencia mecanística en estos dos
cofactores. Hay que recordar que son coenzimas, pero todo el
mundo les dice cofactores redox.
Otra diferencia es que la flavina adenina dinucleótido (FAD) se
encuentran unidos a las proteínas, o sea, se podría decir que son
grupos prostéticos y se llaman flavoproteínas las proteínas que
tienen el cofactor flavínico), en cambio, el NAD+ no está unido a
la proteína, el NAD+ entra al sitio activo, ocurra la reacción y
después se. Por último, la coenzima A es muy relevante en
muchas reacciones, hay muchas rutas metabólicas que ocupan
en reacciones la coenzima A. Es una molécula bastante grande,
tiene un nucleótido fosfato de adenina, el ácido pantoténico y lo
importante es que el grupo reactivo es un grupo tiol (SH), dado
esto la coenzima A normalmente en una reacción se ve como
CoASH y está representando el grupo tiol que es el grupo
reactivo en las reacciones y ahí se va a producir un enlace
covalente con diversas moléculas.
Las enzimas disminuyen la energía del estado de transición.
¿Qué hace una enzima para aumentar la velocidad de la
reacción? un catalizador lo que hace es bajar la energía de
activación.
Aquí tenemos el perfil energético de una reacción no catalizada
por una enzima, se tiene un sustrato (S), un producto (P) y un
estado de transición (ⱡ, barrera energética que se tiene que
superar para transformar el sustrato en producto). El ΔG, en este
caso, es negativo porque baja en energía.
¡OJO! el valor del ΔG no tiene nada que ver con si la barrera
energética es más alta o más baja, ni con la energía de activación,
por lo tanto, una enzima no modifica el valor del ΔG, en cambio
cuando se tiene una reacción catalizada por una enzima se ve
que la energía del estado de transición baja, o sea, la energía de
activación de la reacción baja y es por eso que se produce un
aumento en la velocidad, mientras menor sea la energía de
activación más rápida es la reacción, sin cambiar el valor de ΔG
ya que este se ve entre el sustrato y el producto y esa diferencia
sigue siendo igual. Así que, una enzima nunca va a hacer
favorable una reacción que no es favorable
termodinámicamente, solamente la va a hacer más rápida, pero
la reacción tiene que ser favorable.
¿Por qué baja la energía de activación? La razón es que se forma
un complejo entre la enzima y el sustrato, llamado complejo
enzima-sustrato (ES), incluso en muchos casos, pero no en
todos, se forma también complejo enzima-producto (EP).
Entonces un complejo lo que hace es estabilizar el sustrato o el
producto, pero en realidad lo que se estabiliza es el estado de
transición (ⱡ), cuando se habla de estabilizar significa que baja la
energía, entonces este descenso se debe a la estabilización de
los cambios que ocurren en el sustrato en la enzima y esa
estabilización es por puente de hidrógeno, efecto hidrofóbico,
interacciones electrostáticas, pueden haber otros efectos
también, pero esos tres son los más importantes, o sea, algo
muy similar a cuando vimos cómo se estabiliza una proteína,
pero ahora está hablando de cómo se estabiliza el complejo
enzima-sustrato (ES).
No en todos los casos se forma este complejo enzima-producto
(EP) que se estabiliza y luego se rompe, en algunos casos
pasamos directo del complejo enzima-sustrato (ES) a los
productos y esto se verá en cinética, entonces este es un
mecanismo general, pero no es el único mecanismo de
reacciones catalizadas por enzima, hay más, hay mecanismos
donde no está el complejo enzima-producto, hay mecanismos
donde tenemos dos complejos enzima-sustrato porque
tenemos dos sustratos distintos, algunos mecanismos son al
azar porque los dos sustratos se unen al azar o en algunos
mecanismos los sustratos se unen de manera ordenada, un
sustrato primero, ocurre algo y luego el segundo. Entonces
existe una gran variedad de mecanismos y este es muy general,
no se aplica a todas las reacciones.
Modelos de complementariedad enzima-sustrato
¿Qué pasa con los modelos ahora que explican como la enzima
se une al sustrato y realiza la catálisis? en ese sentido hay dos
modelos:
Modelo llave-cerradura: bastante conocido y antiguo, pero al
mismo tiempo no es lo más cercano a la realidad. en este modelo
se postula que el sustrato tiene una estructura que es
complementaria a la estructura del sitio activo, por lo tanto, se
produce un complejo enzima-sustrato que es muy estable. Para
dar paso a los productos se tiene que sortear una gran barrera
energética al ser un complejo-enzima sustrato muy estable, en
este modelo entonces ¿cómo se explica que el sustrato “quiera”
transformarse en los productos? la lógica nos dice que el
sustrato va a preferir quedarse así ya que su estructura está
estabilizada en la enzima, entonces este modelo no nos explica
cómo ocurre la catálisis, no hay forma de entender fácilmente
cómo llego de ES a E+ P1 y P2. Pero este modelo si explica la alta
afinidad (selectividad,) que hay entre el sustrato y la enzima
porque son complementarios.
Modelo del acoplamiento inducido: más cercano a la realidad,
dice que el sitio activo no es complementario al sustrato como
ocurre en el otro método, sino que el sitio activo es
Clase 12 07 abril enzimas
complementario al estado de transición, por lo tanto, la unión
del sustrato a la enzima fuerza a que se alcance el estado de
transición y de ES a E+ P1 y P2 muchas veces solo hay que romper
un enlace o reordenar algún grupo para generar los productos,
entonces aquí sí se explica como ocurre la catálisis y es porque
la enzima está forzando a que el sustrato adopte una estructura
similar al estado de transición, hay que imaginarse que con las
manos se está tomando el sustrato y modificando sus enlaces,
por ejemplo, tomar el sustrato de un lado , de un grupo carbonilo
y del otro lado se toma de un grupo hidroxilo y estirarlos,
literalmente eso es lo que es una enzima, pero a través de sus
aminoácidos forma un puente hidrógeno por aquí y por acá y
estira la molécula, ¿qué se ocasiona con eso? al estirar los enlaces
se están debilitando, se facilita una reacción, por ejemplo, un
ataque nucleofílico, un reordenamiento, a lo mejor alguna
reacción redox donde tenga que esperar algún hidruro, etc. Eso
es lo que literalmente hace una enzima, toma el sustrato por
todos lados y lo va desarmando, un grupo lo mueve para acá y
otro grupo lo mueve para allá, estira un enlace, acorta otro y lo
deja en una conformación que es muy cercana al estado de
transición y por lo tanto, desde el estado de transición se forma
el producto fácilmente, es energéticamente favorable.
Resumiendo: el modelo llave-cerradura explica la selectividad
sustrato-enzima, pero no explica la catálisis, el modelo del
acoplamiento de inclusión dice que el sustrato no es
complementario al sitio activo, sino que es el estado de
transición el que es complementario al sitio activo y eso explica
por qué ocurre la catálisis con tanta facilidad.
Cambio conformacional al unirse el sustrato a la enzima.
Esta es una imagen real, criptografía de la enzima hexoquinasa
sin glucosa en A y con glucosa en B. ¿Qué se puede observar? que
la forma de la enzima es distinta, en A está más abierta y en B
está más cerrada, eso es lo que produce el acoplamiento
inducido, cuando el sustrato se une la enzima como que se cierra
alrededor del sustrato, se acomoda y el sustrato por supuesto
también se acomoda al sitio activo de la enzima formando esta
esta estructura muy cercana al estado de transición. Entonces
esto es lo real, son estructuras cristalográficas más cercanas a
un acoplamiento inducido.
¿La enzima cambia de formas en el sitio activo o sólo cambia al
sustrato? la enzima completa, por decirlo de alguna manera, no
es que cambie su estructura, o sea, no piensen en algo como,
por ejemplo, denaturación que cambiaba la forma de la enzima
y en ese caso se podía decir que perdía la actividad, en este caso
más que un cambio tan grande, se acomoda al sustrato, los
aminoácidos están un poquito más separados en el sitio activo
porque tienen que generar una cavidad en contacto con el agua,
afuera hay agua, es un medio acuoso, ¿dónde está el sustrato? el
sustrato está afuera, en el agua, entonces tiene que ser capaz de
entrar, por lo tanto, este sitio activo es como más abierto y
cuando se une el sustrato se cierra un poco, pero no es un
cambio de estructura importante en la enzima, el cambio más
importante es el cambio de estructura que se produce en el
sustrato. Este tipo de apertura y cierre del sitio activo quizá es
algo común para que el sustrato pueda ingresar, pero también
previene que el sustrato después salga, este queda unido a la
enzima hasta que ocurre la catálisis y es ocasionado por el cierre.
Tipos de Catálisis Enzimática.
Cuando se habla de catálisis, se habla de mecanismos, entonces
ahora se van a analizar mecanismos reales de algunas enzimas.
Es bueno partir definiendo qué tipos de catálisis pueden ocurrir
en estos mecanismos. Los tres tipos de catálisis más
importantes, pero son los únicos son :
Catálisis general ácido-base: se va a dar cuando en el mecanismo
de reacción ocurra una transferencia de protones desde el
sustrato a la enzima o desde la enzima al sustrato, a eso se le
llama catálisis ácido-base. Cuando se está donando un protón al
sustrato para generar el producto es una catálisis ácida, en
cambio, cuando se está abstrayendo un protón desde el sustrato
para generar el producto va a ser una catálisis básica, o sea,
depende de si se donan o aceptan protones si es ácida o básica.
Entonces la catálisis en general es ácido-base, pero hay que ser
capaces de definir en el mecanismo que se va a presentar sí la
catálisis es ácida o básica.
Lo otro que es importante recalcar es que se le va a llamar
catálisis general cuando algún residuo aminoacídico en la enzima
sea el que dona o acepta protones. Cuando el agua es el que
dona o acepta los protones, que también es bastante común en
estos mecanismos, se le llama catálisis específica. Entonces hay
una pequeña diferencia que se tiene que ver en el mecanismo
para saber cuál se aplica, general o especifica.
Hay que mencionar dos cosas súper importantes, no es que una
enzima trabaje por uno de estos mecanismos, sino que las
enzimas tienen varios pasos, por ejemplo, un mecanismo puede
tener 10 pasos y dentro de esos 10 pasos, por decir un número,
a lo mejor un paso va a ser catálisis ácido-base y otro paso va a
ser catálisis ión metálico u otro paso va a ser una reacción redox,
por lo tanto, se puede dar el caso que sea una reacción redox y
catálisis general ácido-base, se pueden dar juntos, pero el
nombre general o específico solamente se aplica a la catálisis
ácido-base. No se va a tener una catálisis redox especifica o
general, no se va a tener una catálisis ión metálico específica o
general, eso es solo para las ácido-base, pero se puede tener las
tres catálisis, incluso las redox en un mismo mecanismo. Esto va
a quedar más claro al ver un mecanismo y ver que no solamente
existen estas 3 catálisis, sino que también incluye, por ejemplo,
la redox.
Catálisis covalente: implica la formación de un enlace covalente
transitorio entre un residuo aminoacídico y el sustrato, entonces
ese es el punto clave, en alguna parte del mecanismo hay que
ver que se formó un enlace covalente entre la enzima y el
sustrato, es un enlace covalente transiente o transitorio porque
obviamente cuando se forma el producto ese enlace se rompe,
sino el producto nunca se podría liberar de la enzima y eso no
pasa ya que entra el sustrato, se forma el producto y el producto
sale, luego entra a otros sustratos, se forma el producto y sale.
Así va ocurriendo la catálisis, entonces el paso de la formación
de un enlace covalente transiente es clave.
Hay que mencionar que puede ser covalente y ácido-base,
pueden estar las dos juntas, solo hay que saber identificarlas.
Catálisis ión metálico: implica la participación de un ión metal
(cofactor) en la reacción, entonces es muy fácil de identificar
porque se va a ver al cobre, el hierro o el zinc participando en la
reacción. ¿Qué es lo que hace este ión metálico? Estabiliza,
generalmente, la carga en el estado de transición, cuando tiene
carga positiva, estabiliza cargas negativas. También puede
participar en fijar el sustrato del sitio activo o incluso estabilizar
el producto, pero algo tiene que hacer ese ión metálico, de
alguna manera tiene que estar interaccionando con el sustrato o
el estado de transición.
Clase 12 07 abril enzimas
*La catálisis redox no está definida como uno de estos tres tipos,
pero va a ocurrir cuando haya transferencia de electrones o
átomos de hidrógeno o hidruro entre el sustrato y las coenzimas.
En algunos casos puede ser también que el metal cambia de
estado de oxidación, hay algunas enzimas que tienen, por
ejemplo, hierro (III) y se reduce a hierro (II) o se oxida a hierro
(III) con la consecuente reducción u oxidación del sustrato.
Aminoácidos que participan en la catálisis ácido-base.
Antes de ver los ejemplos que involucran catálisis ácido-base se
menciona brevemente esta tabla donde se muestran residuos
típicos que participan en catálisis ácido-base. Destacando en
particular, la histidina.
La histidina es un residuo aminoacídico típico que participa en
catálisis ácido-base y es el único residuo aminoacídico en que su
grupo R tiene un pKa cercano al pH fisiológico, el pKa del grupo
imidazol es 6 cercano a 7, mientras que en todos los otros pKa
son muy distintos, en los aminoácidos básicos estamos en un pH
10-12, la cisteína en pH 8 y tirosina cercano a 9 y la histidina es el
único que tiene este pH muy cercano, por lo tanto, a pH 7 o
cercano a 7 se va a tener un equilibrio entre la forma general
ácida (protonada) y general básica (desprotonada), por lo tanto,
la histidina puede participar en catálisis ácida donando un
protón o en catálisis básica aceptando un protón y por eso que
es muy frecuente que participe.
No es el único caso, un aminoácido ácido también puede
participar en catálisis ácida, puede donar un protón o si está en
su forma básica puede aceptar un protón, lo mismo con los
aminoácidos básicos, la cisteína, etc. La serina, quizás se dejaría
fuera porque el alcohol desprotonado en realidad no existe,
para llegar a esa estructura se debería tener un pH muy muy
básico, o sea, sacarlo a lo mejor con alguna base muy fuerte en
una reacción de química Orgánica, pero en medio fisiológico a
pH 7 eso no va a ocurrir. En un ejemplo se verá que cuando sale
este protón de la serina en realidad no queda el oxígeno con
carga negativa, sino que el oxígeno inmediatamente forma un
enlace covalente con alguien, con el sustrato en ese caso.
Ejemplos: Se verá una enzima conjugada que se llama alcohol
deshidrogenasa y una enzima simple que es la quimotripsina.
La enzima alcohol deshidrogenasa participa en el
metabolismo del alcohol.
Es una enzima típica que se estudia su mecanismo de reacción,
no es un mecanismo tan complejo y para llegar a entender su
mecanismo primero hay que entender cuál es el rol fisiológico
del alcohol deshidrogenasa en los mamíferos.
La alcohol deshidrogenasa participa en el metabolismo del
alcohol que es ingerido en la alimentación. El rol natural de esta
enzima es detoxificar el alcohol que está presente naturalmente
en alimentos, por ejemplo, en la fruta fermentada de las cuales
los animales se alimentan, por lo tanto, tenemos una base
natural para tener esta enzima, no confundir, no es su rol natural
para procesar el alcohol que se toma recreativamente, pero la
tenemos.
¿Qué es lo que hace con el alcohol? transforma el etanol, que
comúnmente es llamado alcohol, en acetaldehído y el
acetaldehído es muy reactivo, es tóxico por supuesto si se
acumulan y, por lo tanto, el acetaldehído es lo que produce los
síntomas asociados a una intoxicación por alcohol, el típico
enrojecimiento, las náuseas, etc.
Naturalmente lo que debiera pasar con este acetaldehído es que
otra enzima, que es la aldehído deshidrogenasa, lo transforme
en acetato y ¿en qué se transforma el acetato? ¿cuál es el destino
final del metabolismo del alcohol que ocurre en el hígado? en
algunos casos se podría quemar y eso depende de en qué
condición metabólica yo este, se podría dar, pero no es el
destino principal quemarlo como uno quema la glucosa o las
grasas. El acetato se transforma en grasas, es como que fuera un
ácido graso, pero muy cortito (2 átomos de carbono).
Dependiendo de la condición metabólica en la cual yo este, si es
que hay requerimiento energético o no los tengo, lo más
probable es que este etanol, que muchas veces viene en exceso,
por ejemplo, si me como un trago, se transforme en grasas. Así
que los tragos light no existen, tendrán menos azúcar, pero el
alcohol se transforma en grasas, a menos que lo queme, por
ejemplo, tomo algo, pero estoy haciendo actividad física,
bailando, voy a tener requerimiento energético, por lo tanto, a
lo mejor se puede transformar ese alcohol en energía y
quemarlo, en cambio, si tomo el mismo trago, pero estoy
sentado conversando lo más probable es que el alcohol vaya a
grasas, esos son los destinos naturales que tiene.
Si la enzima aldehído deshidrogenasa no está funcionando bien
o si la cantidad de alcohol que le estoy dando para que procese
es mucho, se nos va a acumular el acetaldehído y eso va a
producir los síntomas asociados a la intoxicación con alcohol, en
cambio, si la cantidad de alcohol que estamos procesando es
muy baja, lentamente se va a transformar en acetaldehído y el
acetaldehído se va a transformar en acetato.
Esto tiene mucho que ver con cinética química, pero aplicada a
enzimas, yo no puedo esperar, es una enzima y la enzimas tienen
un sitio activo, cuando se une un sustrato ya no se puede unir un
segundo sustrato. Si una molécula de alcohol entra, todas las
moléculas de alcohol que están afuera tienen que esperar a que
ocurra la catálisis para que pueda entrar otra molécula, entonces
si se satura la enzima, no se va a poder procesar el alcohol.
Estructura y sitio activo de la enzima alcohol
deshidrogenasa.
¿Qué pasa con el mecanismo? el mecanismo requiere un ión
zinc+2 (en verde), un residuo de histidina (H72) que está unido al
zinc, es decir, el rol de la histidina no es catálisis ácido-base, sino
que está participando en la fijación de zinc a lo mismo que estás
cisteínas (C50 y C16-en amarillo), están uniendo covalentemente
ese zinc, o sea, ese zinc no sale, es el cofactor. El NAD (en
naranjo) es la coenzima y, por lo tanto, por ahí se va a unir el
sustrato y ahí va a ocurrir la catálisis, ese es el sitio activo.
La diversidad de residuos aminoacídicos que hay en el sitio
activo además de un ión metálico que es el zinc, eso no ocurre
en todas las enzimas, ocurre en esta.
Aquí se ve la estructura completa, pero el sitio activo ocurre
donde está marcado.
Mecanismo de acción de la enzima Alcohol deshidrogenasa.
¿Cómo ocurre la catálisis? en este caso el mecanismo que se está
mostrando es el mecanismo inverso de acetaldehído a etanol, la
reacción es reversible. Lo que se comentó anteriormente era de
etanol a acetaldehído, pero es la misma reacción.
¿Cuándo tiene sentido en esta dirección la reacción? a lo mejor
en una levadura que va a producir etanol, nosotros no
Clase 12 07 abril enzimas
producimos etanol, eso se llama fermentación alcohólica y
nosotros somos capaces de procesarlo, pero no producirlo.
Aquí está el sustrato que sería el acetaldehído, el grupo
carbonilo interactuando con el zinc, el mismo unido a las
cisteínas y las histidinas. También tenemos la coenzima NADH
que esta reducido. Ocurre un movimiento electrónico en el
NADH, podemos pensar que estamos partiendo desde acá, este
par electrónico no compartido sobre el nitrógeno forma un
doble, se mueve este par electrónico hacia el carbono que hay
en extremo superior y eso ocasiona que esta posición sea rica en
electrones y, por lo tanto, puede salir un hidruro, el hidruro es el
hidrógeno con los dos electrones, el par electrónico, se va
completo. El hidruro ataca al carbonilo y se produce un
movimiento electrónico del doble enlace del carbonilo en el cual
uno de esos enlaces se posiciona sobre el oxígeno, por lo tanto,
vamos a tener un estado de transición, que no se muestra aquí,
donde el oxígeno va a tener carga negativa y eso está
estabilizado por el zinc, ese es el rol del zinc.
¿Y qué pasó? El NADH (coenzima o cofactor reducido) al eliminar
un hidruro se transforma en NAD+ (coenzima o cofactor
oxidado).
¿Qué pasó con el acetaldehído? el acetaldehído al recibir un
hidruro se reduce y tenemos un carbono con dos hidrógeno, uno
de ellos venía del hidruro y el oxígeno, que en este estado de
transición tiene carga negativa) toma un protón del medio, o
sea, del agua y se transforma en el grupo alcohol.
Este mecanismo es muy simple con respecto al que vamos a ver
después que es de 7 a 10 pasos. Aquí tenemos un rol de la
coenzima NADH y tenemos un rol del zinc.
¿Qué rol está cumpliendo el zinc en la catálisis, o sea, qué tipo de
catálisis es basado en las tres nombradas anteriormente? El zinc
participa en catálisis ión metálico y esta haciendo dos cosas,
primero está fijando el sustrato, pero también está estabilizando
el estado de transición que se genera que es un oxianión,
podríamos decir que tiene esos dos roles.
Finalmente, el intermediario se protona con un protón del
medio, no es un aminoácido en este caso el que dona el protón,
por eso que no es catálisis general, sino que el agua lo dona y
forma el alcohol. Esto no es estable, por eso nadie podría pensar
que podría salir con un producto con ese oxígeno con carga
negativa entonces se protona y forma el alcohol.
Ataque del hidruro → Formación del estado de transición →
Protonación → Formación del producto.
Cuando digo no es estable siempre estoy pensando que es a pH
fisiológico.
Mecanismo al revés
El etanol y el NAD+ serían los que se unen al sitio activo, ahora
es el etanol el que liberaría el hidruro, el cual atacaría al NAD+ y
generaría el NADH, movimiento electrónico que neutralizaría la
carga positiva. ¿Qué es lo que ocasionó que pudiera salir un
hidruro ahora desde el etanol? es que tenemos el zinc al lado, se
desprotona, sale el protón que iba a salir hacia el agua, el
oxígeno que va a quedar con carga negativa se estabiliza
momentáneamente con el zinc y esa carga luego va a formar el
doble enlace. Entonces primero se tiene que desprotonar, se
tiene que formar el doble enlace para que pueda salir el hidruro,
sino no va a salir desde el etanol. Básicamente es la misma
reacción, pero mirada al revés.
La reacción es reversible, pero no confundir, en el hígado esa
reacción ocurre sólo desde etanol a acetaldehído, no ocurre al
revés.
¿Para decidir si es ácido o básico no se mira el sustratos?
Exactamente, no se mira el sustrato, sino que yo miro si es que
un residuo aminoacídico esta donando los protones o si es que
es el agua, como en este caso. Ahora el sustrato puede donar o
puede aceptar protones, no importa. Si es un residuo
aminoacídico es general, sí es el agua es específica.

¿Qué está haciendo el NADH? aquí no tiene un nombre la

catálisis, y el H no es un protón, es un hidruro, por lo tanto, esta
es una reacción redox y NADH lo que está haciendo es reducir al
acetaldehído, por ende, se está oxidando a NAD+.
¿Qué rol tiene el protón que viene del agua? forma el grupo
alcohol del etanol con el intermediario que es el oxígeno con
carga negativa (este se protona para formar el alcohol), ¿qué
tipo de catálisis podríamos decir que es esta? Una catálisis ácida
específica.
En un mecanismo hay varios tipos de catálisis, no es que haya
una sola, hay una reacción redox, catálisis ión metálico y catálisis
ácida específica. Depende de a quien se esté analizando.

Recapitulando:
¿De dónde partimos? parte con un reordenamiento electrónico
en el NADH, ese reordenamiento electrónico en el anillo deja
esta posición en el anillo rica en electrones, por lo tanto, es fácil
que salga un hidruro, eso no va a ocurrir con cualquier molécula,
es una gracia que tiene el NADH.

Sale el hidruro y ataca a un carbonilo del acetaldehído, se

produce el estado de transición, el cual está estabilizado por el
zinc, si el zinc no estuviera ahí sería mucho más difícil generar el
estado de transición y por eso tiene que estar.
Clase 14 13 abril cinética enzimática
Blabla
Con esta última parte de enzimología que cinética enzimática
deberíamos alcanzar a ver todo este material dos semanas más
recordando quién la semana pasada nosotros estuvimos
hablando de catálisis enzimática catálisis tiene que ver con
entender el mecanismo de reacción que es lo que hace una
coenzima que lo que hace un cofactor que estabiliza la enzima
que hablamos del Estado de transición cuáles son los modelos
etcétera no de eso nos preocupamos en catálisis
ahora vamos a pasar a cinética enzimática y ahora nos vamos a
preocupar va a parecer DE NUEVO el mecanismo pero nos
vamos a preocupar de la velocidad de las reacciones
básicamente eso es sin ética estudio de la velocidad en la
redacción pero en este caso paralizada por una enzima y
entender cuál es el mecanismo por el cual actúa una enzima así
como lo vimos la semana pasada también nos ayuda a por
ejemplo diseñar algún fármaco que actúe como un inhibidor
competitivo des encima cuando yo le estoy hablando del hilo del
competitivo por ejemplo me estoy refiriendo a cinética todo eso
lo vamos a empezar a ver esta semana también nos sirve para
entender cuál es la afinidad entre el sustrato y la enzima ese es
un parámetro que experimentalmente hay varias formas de
determinarlo pero una de ellas es mediante la cinética podemos
probar varios sustratos y podemos ver cuál de ellos es más afín
con la enzima eso algo que experimentalmente muy relevante
podemos comparar el sustrato natural de la enzima con un
fármaco y ver cuál de los dos es más afín nos interesaría que el
fármaco fuera más afín para que logre lo que a decir los vivos
eso se hace actualmente pues los datos la cinética es muy muy
relevante el próximo laboratorio que tienen la próxima semana
este cinética enzimática yo diría que de los 3 es el más
importante que tenga muy claro cómo se hace en la práctica y
cómo se hace el tratamiento teórico de los datos entonces si
nosotros
La cinética enzimática es importante para entender el
mecanismo de acción de enzimas.
A modo de introducción partimos por un esquema general, un
mecanismo enzimático X que no es el único que existe: tenemos
la enzima y dos sustratos (con distintos colores) que se unen a
la enzima formando un complejo enzima-sustrato y luego se
liberan los productos, que en este caso son dos, pero podría ser
un sustrato y un producto como se muestra en la ecuación.
También podría ser un sustrato y una coenzima, la coenzima
sería como mi cosustrato y generaría un producto debido a esa
reacción con la coenzima.
Ahora cuando nosotros hacemos una cinética en el laboratorio
vamos a pasar por varios pasos, hay que hacer varios
experimentos, pero al final vamos a llegar a un gráfico de este
tipo, un gráfico de velocidad versus concentración de sustrato,
en el cual se observan dos curvas que son muy distintas, hay una
curva hiperbólica y una curva sigmoidal y esto nos indica que
estamos frente a todos tipos de enzimas distintas, este
comportamiento cinético no es casual sino que se debe a que la
enzima que tiene un comportamiento hiperbólico es una enzima
michaeliana, en cambio, la que tiene un comportamiento
sigmoidal es una enzima alostérica.
Estudiando la cinética podemos entender la acción que realiza
esa enzima y eso puede ser tan distinto como una enzima que
tenga un comportamiento michaeliano, hiperbólico o una
enzima que tengo comportamiento alostérico o sigmoidal. Esta
forma es parecida a lo que vimos con la hemoglobina, pero la
hemoglobina no era una enzima, es una proteína.
Cinética de una reacción enzimática.
¿Cómo se mide una cinética en el laboratorio?
Imagínense que tenemos una reacción, como se mostraba en el
en el diagrama anterior, donde tenemos una enzima que
reacciona con un sustrato formando un complejo enzima-
sustrato y eso va a dar origen al productos, está favorecida la
formación del producto, por lo tanto, vamos a asumir que ese
equilibrio se desplaza hacia la formación del producto y no de
vuelta, pero existe también las reacciones de vuelta. Eso sería
entonces un mecanismo clásico.
¿Qué pasa si nosotros medimos de alguna manera, hay varias
técnicas, la concentración del sustrato en el tiempo?
En el gráfico la curva roja dice que la concentración de sustrato
empieza a disminuir y en algún momento esto se va a estancar,
va a dejar de disminuir la concentración de sustrato y eso se
debe a que el sustrato se está consumiendo en la reacción, es
lógico, el sustrato se está transformando en producto, por lo
tanto, su concentración va a empezar a disminuir y eso es lo que
veríamos si es que determinamos o medimos la concentración
de sustrato en el tiempo.
También lo podríamos hacer por absorción, que es por
espectrofotometría de absorción molecular, lo podríamos hacer
mediante técnicas de fluorescencia, mediante otras técnicas
ópticas (a lo mejor dicroísmo circular), por HPLC midiendo
específicamente el sustrato, por RMN, etcétera. Hay diversas
formas de cómo lo medimos experimentalmente, por ahora que
estamos en la teoría vamos a asumir que lo medimos
simplemente.
¿Qué pasa con la concentración del producto?
El producto no existe al principio de la reacción, partimos de
cero (curva celeste) y el producto se va generando a medida que
ocurre la reacción, por lo tanto, la concentración del producto
empieza a aumentar hasta que nuevamente llegamos a un plató,
no es que se acabe la reacción, sino que alcanzamos realmente
el equilibrio y dependiendo de la reacción que estemos
estudiando ese equilibrio va a estar más o menos desplazado
hacia el producto, o sea, podemos llegar a generar casi un 100%
del producto. En la práctica nosotros decimos que la reacción es
cuantitativa, cuando tenemos a lo mejor en un rendimiento un
99% o superior, pero siempre existe una cierta reversibilidad.
Entonces ese plató que vamos a alcanzar, tanto en el producto
como en el sustrato, depende de las cantidades que yo utilice en
la reacción, en este caso la cantidad de sustrato que yo utilicé
para comenzar la reacción.
¿Qué pasa ahora con el complejo enzima-sustrato (ES)?
Si yo miro este mecanismo, el complejo ES se forma mediante
esta reacción (sería la flecha superior), pero también se
descompone de vuelta a la enzima más el sustrato y también
hacia la enzima libre más el producto, tenemos dos reacciones
que llevan a la descomposición del complejo ES y una que lo
forma, entonces nosotros lo que vemos en la práctica es que el
complejo ES se forma, en un principio está muy favorecida su
formación y luego se empieza a descomponer en el tiempo
(curva verde en el gráfico) a medida que se va formando el
producto. Obviamente el paso hacia formar el producto es más
importante porque la enzima está catalizando una reacción que
está favorecida hacia la formación del producto. En algunos
casos también podrían decir que no siempre es así y es verdad,
Clase 14 13 abril cinética enzimática
algunas reacciones son reversibles, tienen constante de
equilibrio cercanas a uno y en algunos casos están favorecidas
hacia el reactante o sustrato, pero las reacciones que vamos a
analizar, en una célula de un organismo vivo, están favorecidas
hacia el producto de alguna manera, por ejemplo, se acoplan a
la siguiente reacción, pero están favorecidas. Entonces es lógico
esperar que esta descomposición del complejo ES es porque se
está transformando en los productos, no porque se está
transformando de vuelta el sustrato.
En el gráfico con zoom se ve que el comportamiento es más bien
exponencial, tanto en la desaparición del sustrato como la
formación del producto y formación del complejo ES, pero en
este caso se llega a un plató rápidamente y disminuye
lentamente la concentración. Lo relevante aquí es si yo miro en
la mitad de la curva de la reacción, ¿qué está pasando con el
complejo ES? voy a ver que la concentración es constante en el
tiempo (más o menos porque en realidad aquí se muestra que
va bajando, pero varía muy poco). A esto se le llama la hipótesis
del estado estacionario, la concentración de la especie no
cambia en el tiempo. ¿Esto lo podemos hacer para el sustrato o
para el producto? por supuesto que no, aquí los cambios en
concentración son grandes, pero a esta especie (ES) si le
podemos aplicar esta hipótesis. ¿Por qué no cambia? porque se
está formando y descomponiendo y cuando la concentración no
cambia en el tiempo es porque se igualan las velocidades de
formación y de descomposición.
Finalmente, ¿qué pasa con la enzima?
La enzima reacciona con el sustrato, forma el complejo y luego
se regenera, entonces en el gráfico el comportamiento es al
revés (curva azul), la enzima libre baja en un principio y luego se
mantiene más o menos constante, en realidad se va
regenerando en el tiempo lentamente. También le podríamos
aplicar la hipótesis del estado estacionario, pero no se hace.
Si esto fuera un experimento, si lo estuviéramos haciendo en la
práctica yo tengo que elegir que medir, mido cómo varía la
concentración de sustrato en el tiempo, mido cómo varía el
producto en el tiempo, mido cómo varía el complejo ES en el
tiempo o mido cómo varía la enzima en el tiempo. ¿Puedo elegir
cualquiera? ¿la velocidad es la misma si yo mido, por ejemplo,
cómo desaparece el sustrato y cómo se forma el producto? En
este caso, considerando este mecanismo, si son iguales,
entonces voy a elegir lo más fácil experimentalmente y
generalmente lo más fácil es medir el producto porque el
producto no existe al principio de la reacción y ver como algo
aparece o como se forma, generalmente es más fácil que ver
como algo desaparece, porque yo voy a partir de una alta
concentración, entonces ver cómo disminuye un poquito en el
tiempo no es tan fácil, en cambio no tener producto y detectarlo
en la reacción es más fácil.
Entonces puedo medir cualquiera de las velocidades, son
equivalentes, son iguales, pero generalmente yo mido qué es lo
que pasa con la concentración del producto.
Determinación de la velocidad inicial.
Si yo mido cómo cambia la concentración del producto en el
tiempo yo voy a obtener estas curvas, estas son las cinéticas y
dependiendo de la concentración de sustrato que yo utilice a
medida que es mayor yo voy a obtener una mayor velocidad, o
sea, esta curva va a tener una pendiente más grande y voy a
alcanzar un plató a una mayor concentración de producto. Esto
también es lo lógico, pero hay que recalcar que mientras yo uso
más concentración de sustrato más producto voy a obtener y
más rápida va a ser la reacción. En la ley de velocidad de una
reacción es proporcional la velocidad a la concentración de los
reactantes, en este caso, del sustrato.
Esta es la cinética, la curva que yo obtengo de cambio de
concentración en el tiempo. ¿Cómo obtengo la velocidad? la
velocidad es la pendiente, en este caso, la tangente a estas
curvas y a eso le vamos a llamar velocidad inicial (líneas rectas
rojas).
Eso es lo que medimos en la práctica yo hago la cinética y mido
la velocidad inicial, para reacciones que son muy lentas, que
generalmente no es el caso de la enzima, yo ajusto los datos
experimentales a una recta, en cambio, cuando la cinética es
más rápida tengo más opciones, puedo tomar la velocidad inicial
determinando la tangente en los primeros instantes de la
reacción, los primeros segundos o los primeros minutos y
después puedo hacer algunos tratamientos más complejos,
puedo asumir cinética de pseudo primer orden, puedo hacer un
tratamiento exponencial o logarítmico y ajusto la cinética. Esto
es en general.
Lo que vamos a hacer con la enzima, siempre, es determinar
velocidad inicial, los primeros instantes de la reacción. Los
primeros instantes depende de la velocidad de esa reacción en
particular que yo estoy estudiando porque a lo mejor la reacción
va a durar una hora y, por lo tanto, 5 minutos es un periodo corto
y yo voy a determinar velocidad inicial, en cambio, para otra
relación que a lo mejor la reacción completa dura un minuto, por
lo tanto, la velocidad inicial va a ser medir durante los primeros
5 segundos de reacción. Ese periodo depende de la reacción que
estén estudiando.
Es importante que tener presente que si yo mido la velocidad en
otros instantes de la reacción la velocidad es distinta, la
velocidad no es igual en todo momento de la reacción, al
principio más rápida y luego se va poniendo más lenta, va
bajando el valor de la velocidad hasta que llega a ser cero cuando
alcanzamos el plató. Entonces para ponernos de acuerdo y no
medir la velocidad donde se me ocurra siempre medimos la
velocidad inicial en los primeros instantes de la reacción. Esto
tiene una ventaja ya que cuando mido velocidad inicial puedo
asumir que el producto que se ha generado es despreciable, o
sea, una cantidad muy baja y puedo asumir que la concentración
de sustrato se mantiene constante, esto es sumamente
importante. Que el producto es casi despreciable y que la
concentración de sustrato se mantiene constante es un
requerimiento para que nosotros podamos estudiar cinética,
necesitamos asumir esto sino las ecuaciones no nos sirven.
En el laboratorio, al ver cuál es la concentración del producto en
relación con la concentración de sustrato que se tiene, nos
daremos cuenta de que el producto es mínimo, o sea, es por lo
menos como 1000 veces menos que el sustrato, muy pequeño.
¿De qué nos sirve que la concentración de sustrato se mantenga
constante? sabemos que la concentración del sustrato va a ir
disminuyendo en el tiempo, pero como yo estoy midiendo
velocidad inicial asumo que la concentración del sustrato no
cambia en el tiempo, esto nos sirve mucho porque la
concentración de sustrato que le voy a agregar a mi reacción yo
la pesé, yo tomé las soluciones y preparen el tubo de reacción,
por lo tanto, yo sé cuánto hay al principio de la reacción y
también sé cuánto va a haber al final de la reacción porque estoy
asumiendo que el sustrato no cambia. Esto se puede comprobar
nuevamente cuando tengo datos reales porque si al sustrato le
Clase 14 13 abril cinética enzimática
resto lo que se transformó en producto, que puede ser 1000
veces menos e incluso menor, va a quedar igual. Si a una
concentración de 1 molar le resto 1 mmolar sigue siendo 1 molar.
Entonces esta condición es sumamente importante.
Gráfico de velocidad inicial en función de la concentración
de sustrato.
La medición de velocidad inicial la hago varias veces para varias
concentraciones de sustrato, como se ve en el gráfico anterior,
y para cada concentración de sustrato voy a obtener una
velocidad inicial, por lo tanto, construyo un gráfico ahora de
velocidad inicial versus concentración de sustrato. Cada uno de
estos puntos es un punto experimental, partimos de cero (no
olvidar nunca) porque si la concentración de sustrato es cero la
velocidad es cero, luego cada punto que sigue fue obtenido a
una concentración de sustrato X y a una concentración cada vez
mayor, cada uno de estos puntos es un experimento, un tubo de
ensayo o un contenedor donde se realizó la reacción cada uno
de ellos, por lo tanto, no es una curva continua.
Lo que nosotros hacemos en el laboratorio es ajustar este
comportamiento a una hipérbole (que es la línea rosada) y ese
comportamiento, esa hipérbole está dado por una ecuación que
se llama ecuación de Michaelis-Menten.
Condiciones:
1. [Enzima] es cte. → La concentración de enzima es
constante en cada uno de estos puntos, o sea, lo único que
está cambiando es la concentración del sustrato, pero la
enzima no la puedo cambiar.
2. [Enzima] << [Sustrato] → La enzima tiene que ser una
concentración mucho menor al sustrato. Aquí nuevamente
tenemos que tomar en cuenta el mecanismo de la reacción.
Si la concentración de enzimas siempre es mucho menor que
el sustrato, entonces cuando se forme el complejo ES puedo
asumir que mi concentración de sustrato no cambió.
Entonces la concentración de sustrato, si lo vemos desde el
punto de vista del producto que se va a generar, es
insignificante, si lo vemos desde el punto de vista de la
enzima que va a reaccionar con él para formar el complejo
ES, también es insignificante. Por cualquier lado la
concentración de sustrato no cambia ¿esto de que nos sirve?
Se puede asumir que la concentración de sustrato que
aparece en el gráfico es la concentración del sustrato inicial,
la cual agregue al tubo de reacción, por lo tanto, sé cuánto
es. Si eso no fuera así y yo tuviera que determinar cuál es la
concentración de sustrato que queda después de que ocurrió
la reacción en ese tubo, sería súper difícil de medir sobretodo
de manera muy exacta, habría que tener otro método aparte
del método de medir el producto generado, entonces es
complicado y por eso siempre trabajamos en estas
condiciones y asumimos que el sustrato nunca cambió.
Por último, en este gráfico veo que aquí la velocidad va
aumentando a medida que aumenta la concentración del
sustrato, pero de repente como que empieza a aumentar menos
y finalmente llego a un valor más o menos estacionario, tiende a
un valor que nunca se alcanza, ese valor es la velocidad máxima,
que de hecho aparece también en la ecuación, esta se alcanza
cuando saturo la enzima con el sustrato. La enzima tiene un sitio
activo y cuando entre un sustrato y este en el sitio activo, porque
va a estar ocurriendo la reacción, no puedo entrar un segundo,
un tercer ni un cuarto sustrato hasta que éste se transforme en
el producto y salga, ahí recién puede volver a entrar otra
molécula de sustrato.
Entonces la velocidad máxima se alcanza cuando se saturan la
enzima con el substrato, decimos se satura la enzima, pero en
realidad estamos diciendo que saturamos el sitio activo de la
enzima y el sitio activo es donde ocurre la reacción (en enzimas
alostéricas hay otros sitios donde se pueden unir el sustrato).
En resumen, esto es una serie de experimentos con distintas
concentraciones de sustrato. A cada uno le obtenemos la
velocidad y construimos el gráfico que se llama Michaelis-
Menten.
Teoría de Michaelis-Menten.
Hay que definir los postulados de la teoría de Michaelis-Menten
Tenemos primero un mecanismo general, donde vamos a asumir
que se forma el complejo ES, pero que no hay complejo EP, lo
asumimos porque puede que no sea así. Cada uno de estos
pasos de estas reacciones tiene una constante de velocidad, no
es de la reacción completa.
Por ejemplo, k1 en la constante de velocidad de la formación del
complejo ES a partir de la enzima y el sustrato, en cambio, k-1 es
la constante de velocidad de descomposición del complejo ES a
la enzima y el sustrato. k2 es la constante de velocidad del paso
de descomposición del complejo ES hacia la formación del
producto y k-2 es la constante reversa hacia la formación del
complejo ES.
Siempre los k positivos son reacciones directas y los k negativos
son reacciones inversas o reversas. Siempre vamos a tener las
dos, pero vamos a asumir que como estamos midiendo
velocidad inicial el paso de vuelta de k-2 hacia el complejo ES no
existe, vamos a asumir que ese paso es insignificante porque al
medir velocidad inicial la concentración del producto es baja,
digamos que casi cero, por lo tanto, la velocidad de vuelta como
es proporcional a la concentración del producto es casi cero,
entonces podemos pensar que la velocidad de vuelta es
insignificante. ¿De qué nos sirve? trabajar con 3 constante de
velocidad mucho más fácil que trabajar con 4, entonces si
podemos eliminar una mejor.
También asumimos que el paso de formación del complejo ES,
este equilibrio, es rápido y, por lo tanto, el paso lento tiene que
ser la formación del producto, eso lo asumieron Michaelis-
Menten y lo vamos a asumir nosotros.
¿Cuál es la base para que nosotros podamos asumir esto? como
la concentración de sustrato que se está usando es muy grande,
con respecto a la concentración de una enzima, esta velocidad
es rápida, por lo tanto, el equilibrio se alcanza rápidamente.
Entonces podemos asumir que el paso lento tiene que ser la
formación del producto, es el paso determinante en el fondo de
la reacción.
Este mecanismo lo vamos a simplificar a este que tenemos acá
abajo, eliminamos un paso.
Derivación de la ecuación de Michaelis-Menten.
Clase 14 13 abril cinética enzimática
1. Primero establecemos el mecanismo de la reacción
enzimática.
Partimos del mecanismo, tenemos que definir cuál es el paso
lento, ya que este determina la velocidad global de la reacción
que voy a observar experimentalmente. Definimos que el paso
lento es la formación del producto.
2. Se define el paso limitante (lento) de la reacción como
la formación de P. La velocidad
inicial de la reacción depende del paso lento:
Entonces la velocidad inicial va a ser igual a la constante, que
es k2, multiplicada por la concentración del reactante de la
reacción, que es el complejo ES.
Para entender de dónde viene esta ecuación yo asumo, pero
puede que no sea así, que todos saben lo que es una ley de
velocidad y esta me dice que la velocidad es igual a la constante
de velocidad multiplicada por la concentración de los
reactantes, si hay más de un reactante se siguen multiplicando
(v=k[R1][R2][R3]), esa es una forma general de escribir la ley de
velocidad, por lo tanto, como en este caso sólo estoy diciendo
que depende del paso lento la ley de velocidad va a ser igual a:
3. Planteamos las leyes de velocidad para la formación y
descomposición del complejo ES:
Cuando quiero ver la formación del complejo ES tengo que
considerar este paso, por lo tanto, es k1 multiplicado por la
concentración de la enzima y por la concentración del sustrato:
Para la descomposición del complejo ya tenemos un paso,
mostrado en el punto 2, pero también está el reverso donde
tenemos k-1 multiplicado por la concentración del complejo ES.
Hay que mirarlo al revés en el mecanismo, el complejo ES es el
reactante y E+S son los productos, por lo tanto, la velocidad de
descomposición en una ley de velocidad compuesta de dos
pasos, uno que involucra a k2 y otro que involucra a k-1.
En este caso sumamos las leyes de velocidad, por lo tanto,
tenemos:
4. Aplicamos la hipótesis del estado estacionario, en la
cual la concentración del complejo
ES no cambia en el tiempo. Entonces:
Una vez que ya tenemos planteado las leyes de velocidad
aplicamos la hipótesis del estado estacionario, vamos a asumir
que la concentración del complejo ES no cambia en el tiempo y
la única forma de que esa concentración no cambie en el
tiempo es que la velocidad de formación y descomposición
sean iguales, por lo tanto, eso nos permite plantear esta
igualdad entre estas ecuaciones:
*En estos cuatro primeros pasos de la derivación hay dos cosas
importantes que saber:
- Cuál es el paso lento y, por ende, cuál es la ley de
velocidad del paso lento
- Saber aplicar la hipótesis del estado estacionario para
llegar a la igualdad.
5. Agrupamos todas las constantes en un lado de la
ecuación. A esta nueva constante le
llamamos constante de Michaelis-Menten (KM):
Ahora vamos a dejar todas las constantes en un lado de la
igualdad y las concentraciones del otro lado, llegando a esta
ecuación:
A las tres constantes agrupadas le vamos a llamar KM,
constante de Michaelis-Menten porque trabajar con una sola
constante que involucre a las tres es mucho más fácil que
trabajar con tres constantes por separado y que no conocemos
sus valores, es difícil conocer el valor de las constantes de
velocidad de cualquier reacción. Lo que si vamos a encontrar
para la reacción enzimática es el KM
La parte de la igualdad donde están agrupadas las
concentraciones no es una constante de equilibrio de esta
reacción porque estas concentraciones no son
concentraciones de equilibrio, son las concentraciones que hay
al momento que se realiza la reacción y eso es una diferencia,
en cambio, si yo hablo del equilibrio estoy hablando de que
terminó la reacción. Por ende, KM tampoco es una constante de
equilibrio.
6. Despejamos la concentración del complejo ES:
Esta ecuación la podría reemplazar en la ecuación de velocidad
inicial del paso 2, pero no conozco la concentración de la
enzima libre, por lo tanto, tengo que agregar otra ecuación
para poder despejar esa incógnita.
7. Establecemos el balance de masas para la
concentración de la enzima total:
Para encontrar la concentración de la enzima libre planteamos
un balance de masas, no sé cuánta enzima libre me quedó, es
difícil de saber, pero lo que sí sé es cuanta enzima le agregue a
mi tubo de ensayo donde hice la reacción, quizás la reacción la
hace otra persona, pero aun así la puedo determinar de alguna
manera, entonces lo que conozco es la enzima total y sé que la
enzima total va a ser igual a la suma de la enzima que quede
libre más el complejo ES:
8. Despejamos la concentración de la enzima libre:
9. Reemplazamos la ecuación 8 en la ecuación 6:
10. Reordenamos y asociamos los términos que contienen
la concentración del complejo
ES:
KM la pasamos muy triplicando a [ES], la [S] multiplica a ambos
términos del paréntesis, luego agrupamos todo lo que tiene
[ES] a un lado y lo despejamos, así vamos a obtener esta
ecuación:
11. Reemplazamos la ecuación 10 en la ecuación 2:
12. Definimos la velocidad máxima como la velocidad
alcanzada cuando la enzima está
saturada con el sustrato. Es decir, la concentración del
complejo ES es igual a la
concentración de enzima total:
Por lo tanto, estoy diciendo que cuando saturo la enzima, la
concentración de enzima libre es prácticamente es cero:
Si yo asumo esto, entonces la ecuación 2 de velocidad inicial se
transforma en velocidad máxima así:
Así se expresa la velocidad máxima, pero en términos de
ecuación de velocidad.
13. Reemplazamos la ecuación 12 en la ecuación 11:
Esta es la ecuación de Michaelis-Menten
Clase 16 15 abril cinética enzimática 3
La eficiencia catalítica nos permite comparar distintas
enzimas. (continuación)
¿Es mejor que la enzima sea más rápida o más eficiente? pero
pensando en eso la pregunta debiera ser ¿qué es mejor, que la
enzima sea más rápida o que sea más afín con el sustrato?
porque en realidad esos dos parámetros, la velocidad y la
afinidad, son los que nosotros comparamos para definir qué tan
eficiente es la enzima, no podría comparar en el eficiencia con
rapidez o eficiencia con afinidad. De hecho, eso es lo que
muestra la tabla 6-8, donde sale la constante de catálisis, que en
el fondo me indica la rapidez, la cantidad de sustrato que se
transforma en producto por unidad de tiempo para distintas
enzimas y también indica el Km, o sea, la afinidad de esa enzima
con su sustrato, entonces estos dos parámetros son los que
tendríamos que comparar.
Por ejemplo, si consideramos kcat, la constante de rapidez del
paso del limitante, ¿cuál de todas las enzimas que está en la
tabla es la más rápida y cuál es la más lenta? La catalasa es la
más rápida (porque tiene kcat más alto) y la más lenta es la
fumarasa con fumarato como como sustrato.
Ahora, respecto al Km, ¿cuál de todas estas enzimas es la que
tiene mayor afinidad con sus sustratos? Hay que buscar el Km
más pequeño y corresponde a la fumarasa con fumarato como
sustrato. Y ¿cuál es la menos afín? la catalasa. Junto se da que
son las mismas, pero podría no ser así.
Entonces ahora hay que comparar cuál gana. Si yo quisiera
pensar ¿cuál es más eficiente, la catalasa porque es más rápida
a pesar de que tiene baja afinidad o la fumarasa porque es más
afín con su sustrato a pesar de que la constante de velocidad es
baja? ese es el dilema ¿quién gana, la velocidad o el Km? los dos
factores son importantes y por eso calculamos el coeficiente de
kcat /Km, que también esta en la tabla y llegamos a la conclusión,
en este caso, que la más eficiente es la fumarasa comparado con
la catalasa.
Entonces, como mensaje, cuando la constante de catálisis (kcat)
es baja, se compensa con una Km muy baja. Lo ideal es que la
enzima tenga un kcat muy alto y un Km muy bajo, pensando en el
cociente, esa es la fórmula para llegar al mayor valor posible de
afinidad. Por supuesto que no se da el caso ideal, no tenemos el
caso donde el kcat sea muy muy alto y que el Km sea muy muy
bajo, siempre tenemos casos intermedios donde se compensan
los dos factores.
Gráfico de Michaelis-Menten.
Aquí se hará un análisis de los valores de los gráficos y como se
obtiene el valor de kcat y de Km.
¿Podemos obtener kcat y Vmáx de este gráfico (V0 vs [S])?
Pistas: experimentalmente Vmáx no la alcanzo siempre, depende
un poco de la solubilidad de mi sustrato. Estoy limitado a hacer
los experimentos en un cierto rango. El valor de Km depende del
valor de Vmáx, en este gráfico.
Reformulando la pregunta, sí yo les doy estos datos (V0 y [S]),
que corresponden a una hipérbole, y se van a Excel, ¿pueden
obtener el valor de Vmáx y Km? si es que se puede ajustar a una
hipérbole se puede, pero no se puede ser. Se puede en otros
software de gráficos. Entonces la respuesta es, se podría, puedo
ajustar estos datos a una hipérboles, pero no es tan fácil, por lo
menos a este nivel. La ecuación de Michaelis-Menten hay que
escribirla, no la vamos a encontrar en un software así tal cual, la
tenemos que crear para obtener Vmáx y Km. Ver simplemente cuál
es el valor máximo de velocidad en el gráfico y dividirlo por dos
para obtener Km no sirve porque tenemos el problema de que
no alcanzo realmente la velocidad máxima experimentalmente
viendo ese valor.
Entonces eso no se puede hacer, si pudiéramos ajustar a la
ecuación de Michaelis-Menten se podrían obtener estos
parámetros, sin embargo, no es tan fácil de hacer con cualquier
software, entonces lo que hacemos es linealizar los datos de
Michaelis-Menten y los aportamos a una recta y una recta sí se
puede hacer fácilmente en Excel o en otro software también.
Método gráfico para la determinación de Vmáx y Km : doble
recíproco de Lineweaver-Burk.
Este método es el método del doble recíproco, calculamos el
recíproco de la velocidad inicial y lo graficamos versus el
recíproco de la concentración de sustrato, como se muestra aquí
en el gráfico.
Esta ecuación lineal es simplemente el recíproco de la ecuación
de Michaelis-Menten y tiene la forma de la ecuación de la recta.
1/V0 sería el y, 1/[S] es x, por lo tanto, Km/Vmáx es mi pendiente m
y el intercepto b es 1/Vmáx, que de hecho se muestran también en
el gráfico.
Entonces ¿qué es lo que hacemos en la práctica? tenemos los
datos que obtuvimos de los experimentos con varios tubos de
ensayo y con distintas concentraciones de sustrato, pero la
misma situación de enzima, determinamos las cinéticas,
medimos velocidades iniciales y las graficamos de acuerdo con
Michaelis-Menten. Luego tomamos ahora estos datos y
calculamos los recíprocos y hacemos un nuevo gráfico (hay que
hacer dos gráficos para cada set de datos) 1/V0 vs. 1/[S], estos
datos se deben ajustar a una recta y se obtiene la ecuación de
recta en Excel. Del intercepto en el eje y se obtiene la Vmáx y
conociendo la Vmáx de la pendiente se despeja Km. Esa es la forma
en que se calcula Km y Vmáx, linealizando, no directo del gráfico
de Michaelis-Menten.
Ahora, también puedo proyectar la recta y calcular el intercepto
en el eje x, pero esto es más bien teórico, hay que saberlos, pero
no lo usaremos experimentalmente. El intercepto en el eje x
corresponde a -1/ Km.
Estos dos parámetros, Km y Vmáx, son esenciales para entender el
comportamiento de esa enzima.
¿Para qué hacemos gráfico lineal si puedo ajustarla a una
hipérbole?
No es tan necesario obtener el gráfico lineal para obtener estos
valores, o sea, con algún software más avanzado, pero la razón
también es otra. Los inhibidores son moléculas que inhiben a las
enzimas y resulta que para determinar el tipo de inhibidor es
muy utilizado y es muy útil usar un gráfico lineal, el gráfico lineal
inmediatamente nos dicen qué tipo de inhibidores es el que
estamos utilizando. Entonces tiene dos ventajas, al linealizar los
datos podemos ajustarla a una ecuación más fácil de trabajar,
pero también nos sirve para identificar el mecanismo de
inhibición.
Mecanismo de reacciones bisustrato.
Hasta ahora nosotros hemos conversado siempre del
mecanismo de Michaelis-Menten, asumimos que se forma el
complejo enzima-sustrato y eso da paso a los productos y
Clase 16 15 abril cinética enzimática 3
estamos asumiendo siempre que tenemos un solo sustrato, sin
embargo, si nos vamos a la realidad y vemos todas las reacciones
que veremos en metabolismo nos daremos cuenta que la gran
mayoría, o muchas, en realidad utilizan dos sustratos, un
sustrato y un cosustrato, donde el cosustrato muchas veces es
la coenzima que participa en la reacción.
Entonces existen mecanismos bisustratos y son muy comunes,
incluso más comunes que los de un solo sustrato. Tenemos
básicamente estos dos tipos, mecanismos donde se forma un
complejo ternario entre la enzima y los dos sustratos y
mecanismos donde no se forma el complejo ternario, donde la
enzima se une primero a un sustrato y luego a otro sustrato.
En cuanto al mecanismo donde se forma un complejo ternario
entre los dos sustratos y la enzima, tenemos dos posibilidades:
que el mecanismo sea al azar, o sea, que entre primero sustrato
uno o el sustrato dos, cualquiera, y se forma el complejo ternario
o tenemos el mecanismo ordenado, donde primero entra el
sustrato uno, se forma un complejo y luego entra el sustrato dos
y forma el complejo ternario. En algunos casos es así, no diría
que uno es más importante que el otro.
Por ejemplo, cuando estamos hablando de la hexoquinasa y de
la fosforilación de la glucosa, el mecanismo es al azar, o sea,
entra la glucosa o el ATP cualquiera de los dos entra primero.
En cambio, en el mecanismo donde no se forma un complejo
ternario, lo que ocurre es que el primer sustrato se une a la
enzima y ocurre una modificación química, enzima prima, y se
forma un producto uno. ¿Qué significa enzima prima? significa
que la enzima está modificada químicamente, o sea, el sustrato
indujo una modificación química en la enzima, que en realidad es
en la coenzima, pero la coenzima o un grupo prostético está
unido a la enzima, ese es el cambio químico, y genera un
producto (uno) que sale. Luego a la enzima modificada se le une
el segundo sustrato formando un nuevo complejo enzima-
sustrato, para dar paso finalmente al producto dos y la enzima
queda en la misma condición en la que estaba inicialmente. Un
ejemplo típico es la reacción de transaminación (esta reacción se
ve en metabolismo).
Por ahora entonces, conocer de manera general que existen
varios mecanismos de reacción bisustratos. Con formación del
complejo ternario al azar u ordenado y sin formación de
complejo ternario (en ningún momento aquí está unido el
sustrato uno y el sustrato dos al mismo tiempo).
Si tengo dos sustratos ¿cómo hago el gráfico de Michaelis-
Menten?
En el gráfico me aparece un sustrato ¿qué pasó con el otro? el
segundo sustrato mantiene su concentración constante igual
que la enzima y, por lo tanto, al ser constante está involucrado
en los parámetros de la reacción. Entonces en la práctica es,
primero hacer un set de experimentos donde tengo uno de los
sustratos constante y determino Vmáx y Km. Luego hago otro set
de experimentos donde mantengo el otro sustrato constante y
obtengo Vmáx y Km para ese sustrato. Así obtengo la Km para cada
uno de los sustratos, no son iguales, cuando una enzima tiene
dos sustrato no quiere decir que esos dos sustratos van a tener
la misma Km.
Efecto del pH sobre la actividad enzimática.
¿Qué le pasa a la actividad de una enzima cuando cambio el pH?
Aquí vamos a aplicar los conceptos de denaturación que vimos
antes con proteínas ya que las enzimas son proteínas. Entonces
tenemos logaritmo de la velocidad (log V0), esto nos permite ver
la curva de manera más pronunciada, pero yo podría graficar
aquí simplemente velocidad inicial (V0), actividad, lo que se usa
más comúnmente es porcentaje de actividad de una enzima
(%Act) y eso se calcula con la V0, sin hacer la modificación de pH,
divido en V óptimo o máximo, comparado con la V0 que tengo a
distintos pH y multiplicado por 100. Son distintas formas de
expresarlo, pero el gráfico tiene siempre la misma forma, un
gráfico en forma de campana.
Por ejemplo, la glucosa 6-fosfatasa es una enzima y vemos que
tiene un pH óptimo o máximo alrededor de 8 y tiene una
distribución muy marcada, si aumento el pH por encima de 8 baja
la actividad y si disminuyo el pH con respecto a 8 también baja la
actividad.
¿Por qué se produce eso? cuando cambio el pH, estoy pensando
que es una proteína, cambia la carga superficial y eso puede
alterar la conformación de la enzima cambiando la actividad, ese
un factor, el segundo factor es que cambia el estado de
protonación de residuos aminoacídicos que sean claves en el
sitio activo.
Por ejemplo, en el caso de la quimotripsina vimos que hay una
histidina en el sitio activo que es clave para la catálisis, hace
catálisis ácido-base general. Sí esos residuos se protonan o se
desprotonan no van a poder hacer la catálisis como debieran,
por lo tanto, eso es lo que pasa acá, ese es el efecto más
importante. Cuando subo el pH algún residuo aminoacídico clave
en el sitio activo se debe estar desprotonando y eso impide la
catálisis o, en el caso opuesto, cuando bajo el pH algún residuo
se debe estar protonando y necesitaba estar protonado para la
catálisis, por lo tanto, también la impido.
Resumiendo, son dos efectos:
- Cambia la carga superficial y con eso cambia la
conformación de la enzima.
- Cambia el estado de protonación de residuos
aminoacídicos claves en el sitio activo.
¿Cuál de los dos es el más relevante? los residuos aminoacídicos
del sitio activo, si mi sitio activo tiene un residuo protonable,
básico o ácido, esa catálisis va a ser muy influenciada por el pH.
Por último, si comparamos estas dos enzimas, glucosa 6-
fosfatasa y pepsina, la pepsina trabaja a nivel del estómago,
podemos ver que el pH óptimo es muy distinto, en la glucosa 6-
fosfatasa es cercano a 8 y en el caso de la pepsina cercano a 2.
¿A qué se debe esa diferencia de que distintas enzimas tengan
pH óptimos distintos? hay dos factores importantes, el primero
tiene que ver con los residuos aminoacídicos que hay en el sitio
activo, no los conozco, pero uno puede predecir que en la
glucosa 6-fosfatasa tendríamos residuos básicos en el sitio
activo, por ejemplo, a lo mejor tengo una histidina si participa en
la catálisis, pero podría ser otro. En cambio, en la pepsina uno
apostaría a que en el sitio activo hay residuos ácidos, por el
rango de pH, como aspartato o glutamato, ya que esos tienen
pKa en el rango 2 a 4 y quitamos el rango básico.
Entonces lo primero es que esta diferencia a un pH óptimo tan
grande se produce por los aminoácidos que están en el sitio
activo y lo segundo tiene que ver con el lugar donde actúan esas
enzimas. La vecina trabaja en el estómago a pH ácidos 2 a 3, por
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lo tanto, tiene sentido que su pH óptimo sea 2. No tendría
sentido que la pepsina que trabaja a pH dos en el estómago
tuviera un pH óptimo de 7, porque su actividad sería muy baja a
pH ácido. Lo mismo con la glucosa 6-fosfatasa, la cual está
dentro de la célula, específicamente en el hígado, a pH
fisiológico, entonces tiene sentido que su pH óptimo este entre
7 y 8 y que no sea 2, sino estaría inactivo.

Efecto de la temperatura sobre la actividad enzimática.

¿Qué le pasa a la actividad de una enzima cuando cambio la
temperatura?

En cuanto a la temperatura, si la subo favorece la denaturación

de la proteína, por lo tanto, vemos una caída de la actividad
producida por la denaturación térmica. Es decir, tenemos una
temperatura óptima que, generalmente, se encuentra cercana a
la temperatura fisiológica y la caída se produce por la
denaturación, estamos alterando entonces la conformación de
la enzima, por lo tanto, pierde actividad.

A bajas temperaturas tenemos un efecto distinto y es la

activación térmica, cualquier reacción química a la que le suba la
temperatura va a favorecer mayor cantidad de colisiones
efectivas y, por lo tanto, va a aumentar la eficiencia de esa
reacción, dejando de lado que a lo mejor la temperatura va a
descomponer a mi sustrato o reactante, eso también puede
pasar, pero no es importante al menos en este rango, o sea, de
20 a 40°C no es una temperatura tan agresiva.
Cuando se produce la activación térmica, al mismo tiempo
mientras vamos subiendo la temperatura, estamos parcialmente
denaturando la enzima. El máximo se alcanza cuando compenso
los dos efectos, entre la activación térmica que sea máxima,
pero al mismo tiempo que la denaturación sea mínima.

Cuando se congela una enzima, baja su actividad y sí después se

descongela lentamente puede volver a su actividad óptima, en
cambio, si se calienta a temperaturas muy altas, por ejemplo,
hierben la enzima, no sólo se denatura, sino que se agrega y
precipita y ahí no se puede volver a activar, por lo menos
bajando la temperatura no se puede.
Clase 16 15 abril INHIBICIÓN
Ahora vamos a hablar específicamente de inhibidores y
mecanismos de inhibición, esta materia es súper importante
para los farmacéuticos ya que es muy relevante en un contexto
después para farmacología.
Los inhibidores son moléculas que se unen a la enzima
impidiendo la catálisis.
¿Qué es un inhibidor? es una molécula que se va a unir a la enzima
y va a impedir la catálisis, en la práctica, lo que voy a observar es
una disminución de la velocidad a la cual la enzima transforma
sustrato en producto, nunca va a ser cero, es difícil que obtenga
cero actividad de la enzima, la enzima va a bajar su actividad
dependiendo del inhibidor y de su afinidad, puede bajar un 10% o
puede bajar un 90% dependiendo también un poco de la
molécula con la que estemos trabajando y las condiciones
experimentales.
Para entenderlo de la manera más fácil nos sirve esta imagen,
donde el inhibidor se une al sitio activo y, por lo tanto, no deja
que se unan los sustratos y si los sustratos no se pueden unir no
hay catálisis. Esto es una visión bastante simplificada, la verdad
es que el mecanismo real no funciona así, hay mecanismos que
funcionan de esta manera, pero otros que no, hay mecanismo
donde el inhibidor no se une al sitio activo, sin embargo, igual
impide la catálisis.
¿Cuántos tipos de inhibición existen? Estamos hablando
específicamente de inhibición de enzimas michaelianas y existen
tres mecanismos.
El competitivo, el acompetitivo y el mixto y dentro del mixto
existe una subcategoría que es el no competitivo, por lo tanto,
son 4 tipos distintos que vamos a analizar, cada uno tiene su
mecanismos, sus ecuaciones y sus gráficos.
Un inhibidor competitivo generalmente posee una
estructura química similar al sustrato.
El inhibidor competitivo generalmente es parecido
estructuralmente al sustrato, por ejemplo, el sustrato es un
derivado que tiene fosfato y el inhibidor es el fosfato, o sea,
tienen una relación, tienen el mismo grupo químico que en este
caso es el fosfato. Otro ejemplo, la glucosa a lo mejor es mi
sustrato y el inhibidor es la glucosa 6-fosfato, se parecen y eso
es relevante porque para este mecanismo el sustrato y el
inhibidor compiten por el sitio activo.
Si se une el sustrato forma el complejo enzima-sustrato, en
cambio sí se une el inhibidor forma el complejo enzima-inhibidor,
este complejo no es activo, la enzima no es capaz de transformar
el inhibidor en producto, ya que no es su sustrato, por lo tanto,
mientras más inhibidor le unamos habrá un desplazamiento de
equilibrios y menor cantidad del complejo enzima-sustrato
vamos a tener y, por lo tanto, la velocidad de la reacción
enzimática es menor.
La formación del complejo enzima-sustrato está dada por el
mecanismo de Michaelis-Menten, y la formación del complejo
enzima-inhibidor esta dado por E+I  EI que tiene una
constante de afinidad y es la constante de disociación del
complejo enzima-inhibidor. Entonces teníamos una Km y ahora
tenemos una KI, pero esta es una constante de equilibrio.
Un inhibidor no es lo mismo que un competidor, un inhibidor es
una manera general de decir una molécula que baja la velocidad
de catálisis, en cambio, un competidor estamos diciendo que el
inhibidor compite con el sustrato por el sitio activo y eso no
siempre es así y lo veremos con otros mecanismos.
Esta es la ecuación final en la forma de Michaelis-Menten para
una inhibición competitiva:
Si comparamos esta ecuación con Michaelis-Menten me puedo
dar cuenta que la ecuación es igual excepto porque ahora
aparece alfa (α), tenemos un αKm.
¿Qué es alfa (α)? es una relación matemática que corresponde a:
¿De dónde aparece esta expresión? esta expresión aparece de la
derivación de Michaelis-Menten, pero en presencia del inhibidor.
En este alfa aparece la concentración del inhibidor, que
obviamente es algo experimental y la constante de inhibición
que tiene la siguiente expresión:
Para la constante, que es muy parecido a lo que vimos antes con
Km, pero esto es una constante equilibrio de disociación del
complejo EI.
Algo muy importante es que alfa siempre toma valores mayores
o iguales a 1 (α≥1) debido a la fórmula. Independiente del valor
de la concentración del inhibidor y la constante siempre son
valores positivos, por lo tanto, va a ser 1 + algo. Si α=1 significa
que estamos con el mecanismo de Michaelis-Menten normal, no
hay presencia de inhibidor, aunque las cantidades de [I] y KI sean
muy pequeñas, el alfa va a ser uno coma algo.
La enzima nunca va a generar un producto a partir del complejo
enzima-inhibidor porque las enzimas son muy selectivas con sus
sustratos y son específicas con respecto al producto que genera,
por lo tanto, una enzima sin su sustrato es la glucosa y le pongo
como sustrato la glucosa 6-fosfato no realiza esa reacción.
¿Cuál es la razón de por qué disminuye la velocidad cuando
agrego un inhibidor competitivo? Recordar que todo esto es con
ecuaciones y nos tendríamos que ir a la ecuación que define el
paso lento: V0=k2[ES], al agregar un inhibidor competitivo el
equilibrio se desplaza hacia la formación del complejo EI, por lo
tanto, el equilibrio del complejo ES se desplaza hacia la
formación de la enzima libre y el sustrato, por ende, el efecto
neto que yo tengo es que baja la concentración del complejo ES,
por Le Chatelier, competencia de equilibrio, al bajar la
concentración del complejo ES baja la velocidad, a este nivel de
detalles hay que ser capaz de explicar mecanismos y efectos que
vemos en la cinética.
Un inhibidor competitivo incrementa la Km aparente pero
no modifica la velocidad máxima.
Aquí vamos a ver como determino que la división es competitiva
y no de otro tipo.
Un inhibidor competitivo cuando yo hago las rectas, o sea, el
tratamiento del doble recíproco me va a dar que las rectas, en
presencia del inhibidor, cortan en el mismo punto en el eje Y,
esta es la característica de un inhibidor competitivo.
Si lo llevamos al fundamento, al tener el mismo intercepto, estoy
diciendo que la velocidad máxima no cambia, es decir, cuando
agrego un inhibidor competitivo la velocidad máxima que puede
alcanzar es la misma. Aquí hay que razonar un poquito el
fundamento, los mecanismos de la formación del complejo ES y
EI son equilibrios, por lo tanto, si sigo aumentando la
concentración de sustrato en algún momento voy a favorecer
más el equilibrio ES que el con el inhibidor y por lo tanto voy a
Clase 16 15 abril INHIBICIÓN
llegar a obtener la máxima concentración del complejo ES que
puedo y entonces la velocidad máxima que voy a obtener es la
misma que sin inhibidor, eso solo pasa en este caso que es
competitivo.
Dicho de otro modo, puedo desplazar al inhibidor del sitio activo
si agrego suficiente cantidad de sustrato y por eso que las
velocidades máximas son iguales.
Con respecto al efecto de la baja en la concentración del
complejo ES, hay que pensar en el equilibrio. Si de este equilibrio,
ignorando el equilibrio del complejo EI, tengo una cierta
cantidad de enzima libre y tengo una cierta cantidad del
complejo ES que se van a transformar en productos. ¿Qué pasa
cuando agrego el inhibidor? El equilibrio se desplaza a formar el
complejo EI, por lo tanto, el otro equilibrio se desplaza hacia
formar la enzima libre y el sustrato, producto del principio de Le
Chatelier, por lo tanto, la concentración del complejo ES baja y
al bajar baja la velocidad que voy a observar hasta que en algún
momento, como sigo aumentando la concentración de sustrato,
desplazo todo el inhibidor del sitio activo y los equilibrios se
desplazan al revés (en EI hacia arriba y en ES hacia la derecha) y
como recupero toda la cantidad de ES que tenía antes de
agregar el inhibidor, mi velocidad máxima se mantiene intacta.
Esto también se puede ver en la ecuación de Michaelis-Menten
ya que en ningún momento se modifica la velocidad máxima,
pero principalmente lo vemos del gráfico lineal, donde la
velocidad máxima, en realidad el recíproco, está representada
por el intercepto en el eje Y, el intercepto no cambia.
Como se observa en el gráfico la primera recta es sin inhibidor,
la segunda es con una concentración del inhibidor X y la última
es con una mayor concentración del inhibidor. Si sigo
aumentando la concentración del inhibidor la recta va a aparecer
por encima de la tercera ya que aumenta la pendiente, pero
siempre cortando en el mismo punto del eje Y, pero ahora el
intercepto en el eje X se vuelve más cercano a cero. Esto tiene
sentido porque ahora en vez de trabajar con un Km, estamos
trabajando con un αKm, que se llama Km aparente, y como el
intercepto en el eje X con inhibidor es -1/αKm cada vez se hace
más cercano a cero ya que como α toma valores mayores a 1 (o
igual) a medida que aumenta α se va haciendo más pequeño,
pero más pequeño en el sentido de que se va acercando más a
cero, no se va haciendo más negativo (sin inhibidor el intercepto
esta dado por -1/Km).
¿Por qué aumenta la pendiente? porque mi pendiente ahora es
αKm/Vmáx y a medida que aumento la concentración del
inhibidor, aumenta la concentración de α, por lo tanto, la
pendiente se va haciendo cada vez más pronunciada. También
se puede ver en la ecuación de α, porque la constante del
inhibidor no cambia, es la misma para un determinado inhibidor
y una enzima.
El gráfico de Michaelis-Menten no aparece porque no es muy útil
en la práctica, sin embargo, lo dibujaremos. Curva en verde es
sin inhibidor. En rojo curva con inhibidor, cuando agrego un
inhibidor competitivo la velocidad baja, por lo tanto, siempre
voy a observar que la velocidad es menor, pero va a ir
aumentando a medida que aumento la concentración del
sustrato, que es lógico, aunque yo tengo un inhibidor, si
aumento cada vez más la concentración de sustrato voy a
favorecer cada vez más la catálisis. Estas dos curvas van a tender
al mismo valor de velocidad máxima, eso se debe a los
equilibrios.
En cambio, cuando agregue el inhibidor genero un nuevo
equilibrio, esa es la clave. Es competitivo porque compiten por
el mismo sitio que es el sitio activo.
Entonces ¿por qué baja la velocidad si comparo la misma
concentración de sustrato sin inhibidor y con inhibidor? siempre
la relación va a ser menor en el rango antes de llegar a la
velocidad máxima y eso se debe a que el equilibrio en rojo se está
favoreciendo hacia el complejo EI, queda una menor
concentración de enzima libre y, por lo tanto por principio de Le
Chatelier, me indica que el equilibrio en verde se va a desplazar
hacia formar más enzima libre y sustratos, por lo tanto, baja la
cantidad del complejo ES y como la velocidad inicial depende del
complejo ES (Vo=K2[ES]) baja la velocidad. Esto es lo que ocurre
en todos los puntos de las curvas, esa es la razón de por qué baja
la velocidad.
Sin embargo, tienden a alcanzar el mismo valor porque a medida
que aumento la concentración de sustrato voy a favorecer el
equilibrio en verde hacia la derecha, principio de Le Chatelier, y
el equilibrio en rojo se favorece hacia la enzima libre. Si sigo
aumentando la concentración de sustrato voy a ser capaz de
desplazar todo o casi todo el complejo EI hacia la enzima libre,
por lo tanto, la cantidad del complejo ES que puedo obtener sin
inhibidor o con inhibidor, pero a una alta concentración de
sustrato va a ser la misma, casi igual, por eso la velocidad
máxima no cambia y eso se da solamente porque estos equilibrio
son competitivos, con inhibidor competitivo, en los otros
inhibidores no se da ese caso.
Si lo quiero ver en términos matemáticos, la ecuación para un
inhibidor competitivo se diferencia de la sin inhibidor en el Km
ya que es un Km aparente que aumenta, esto se puede observar
en el gráfico:
¿Por qué aumenta Km? ¿Será porque disminuye la afinidad del
sustrato con la enzima? NO, la afinidad del sustrato con la enzima
no se modifica porque tengo un inhibidor. Lo que ocurre es que
yo necesito mayor concentración de sustrato para desplazar el
inhibidor desde el sitio activo y alcanzar la misma velocidad
máxima, como tengo el inhibidor necesito una mayor
concentración de sustrato que sin el inhibidor para alcanzar la
mitad de la velocidad máxima, por eso aumenta mi Km aparente.
Alfa no tiene ningún significado físico, es matemático (fórmula),
no tiene ningún otro significado ya que aparece cuando
hacemos el tratamiento matemático de la derivación de
Michaelis-Menten con inhibidor.