Luz Marina Lizarazo Forero Ph.

TAXONOMÍA, CLASIFICACION Y NOMENCLATURA, MÉTODOS DE IDENTIFICACIÓN

DE LAS BACTERIAS

TAXONOMÍA (del griego taxis, "ordenamiento", y nomos, "norma" o "regla")

Ciencia que trata de los principios, métodos y fines de la clasificación, se aplica, en especial,
dentro de la biología para la ordenación jerarquizada y sistemática de los grupos de animales
y de vegetales
 Las bacterias al igual que los demás seres vivos, para su clasificación se agrupan en
conjuntos semejantes, basándose en sus características fenotípicas y genéticas.
 Carl Woese, considerado como el precursor de la filogenia molecular, identificaron
tres líneas primarias de origen: la arqueobacterias, la Eubacteria y Urkaryotes,
este último ahora representado por el componente nucleocitoplasmico de las
eucariotas.
 Estos linajes se han establecido en el rango de dominio (regio en latín), que divide la
vida en 3 dominios (Carl Woese etal., 1990):
 Dominio Archaea
 Dominio Bacteria
 Dominio Eukarya.

DOMINIO

Filo: Agrupa a los seres vivos según su sistema de organización

Clase: subdivisión del filo se agrupa según las características más comunes
Orden: Al igual que la categoría anterior, el “orden” agrupa a los seres vivos con las
características más comunes dentro de una clase
Familia: grupo de géneros estrechamente relacionados
Especie: integrada por un grupo de individuos que comparten cierto número de
características destacadas o un grado elevado de semejanza fenotípica o presentan un gran
parecido.
Género: está formado por un grupo de especies relacionadas
Otras Definiciones
Cepa: Una cepa es un cultivo puro derivado de una sola bacteria (un solo individuo).
Cepa tipo: cepa representante de la especie y actúa como ejemplo permanente de la
especie.
Clon: es un cultivo puro formado por los descendientes de una sola bacteria. Población de
células genéticamente idénticas entre si
Candidatus se coloca antes del género y la especie de una bacteria que no puede
mantenerse en una "Colección de Cultivo Bacteriológico".

CLASIFICACIÓN
Es la agrupación de organismos en grupos progresivamente más inclusivos basados en la
filogenia y fenotipo
Nomenclatura (Nombre)
 Aplicación de reglas formales para el nombre científico para las bacterias.
 Está reglamentado por el Código Internacional de Nomenclatura de Bacterias,
(siglas en inglés ICNB)
 El código es publicado por el Comité Internacional de Sistemática de
Procariotas (ICSP).
 La lista de taxones nominales de las bacterias, es publicada en la "Lista aprobada
de nombres de bacterias" (Approved List of Bacterial Names).
 LPSN base de datos que mantiene información sobre la nomenclatura y taxonomía de
los procariotas, siguiendo los requisitos de la taxonomía y resoluciones del
Código Internacional de Nomenclatura de Bacterias.

La clasificación más reconocida es la elaborada por la oficina editorial del Manual de

Bacteriología Sistemática de Bergey (Bergey's Manual of Systematic Bacteriology)
como paso preliminar para organizar el contenido de la publicación. Esta clasificación, que
está disponible en Internet, es conocida con el nombre de "The Taxonomic Outline of
Bacteria and Archaea" (TOBA).

Nomenclatura bacteriana: binomial

De acuerdo con la convención que establece el sistema binomial de nomenclatura, cada
especie biológica lleva un nombre latinizado que consiste en dos palabras: la primera indica
en grupo (género) a que pertenece la especie, y la segunda palabra indica la especie de ese
género.
Rangos taxonómicos: Dominio, Reino, División o filo, subfilo, clase, subclase,
orden, suborden, familia, subfamilia, género y especie.
Ejemplo:
Dominio Bacteria (Eubacteria)
Filo Proteobacteria
Clase GammaProteobacteria
Orden Enterobacterales
Familia Enterobacteriaceae
Género Escherichia
Especie E. coli
Morfovar propiedades morfológicas
Biovar propiedades bioquímicas
Serovar propiedades antigénicas
Fagovar sensibilidad a fagos
Patovar propiedades patogénicas
Aproximadamente, 10.400.000 especies de procariotas han sido descritas
Menos de 100 especies de bacterias son patógenas

1. Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology: Manual de Bacteriología

Determinativa de Bergey’s. Pubicado en 1923, por David Hendricks Bergey,
catedrático de bacteriología en la Universidad de Pennsylvania, y cuatro colaboradores
más, publicaron este manual sobre características de las bacterias de interés médico
conocidas hasta entonces, que podía utilizarse para la identificación bacteriana. Con
información de morfología, tinción de Gram y pruebas bioquímicas. Fue utilizado en
muchos laboratorios de Microbiología de todo el mundo y fue actualizándose a lo
largo de los años hasta su última y novena edición en 1994.

 En 1984, se publicó la primera edición de un manual enfocado más a la clasificación

que a la identificación: Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology Manual de
Bacteriología Sistemática de Bergey’s.
 Actualmente el Manual de Bacteriologia Sistemática, con base al análisis del
ARNm16s, del DNA y de las proteínas, ha hecho posible el análisis filogenético de las
bacterias.
 A consecuencia de ello, la segunda edición del Bergey's Manual of Systematic
Bacteriology es fundamentalmente filogenética en vez de fenotípica.

 La segunda edición se empezó a editar desde el 2001 con 5 volúmenes: la

clasificación se resume en dos dominios, Archaea y Bacteria que poseen en total 14
Reinos.
 Los volúmenes Se distribuyen en secciones:

Volumen I: The Archaea and the Deeply Branching and Phototrophic Bacteria.
Garrity, George. Boone, David R., Castenholz, Richard W. (Eds.) 2001.
 Dominio Archaea y algunas bacterias Gram negativas especiales, como las
Cianobacterias. En este volumen no hay bacterias de importancia clínica.

Volumen II: Proteobacterias. Brenner, DJ, Krieg, NR, Staley, JT y Garrity, GM. . (Eds.)
2005
Bacterias Gram negativas.
Son uno de los principales filos de bacterias, se les llamó Proteobacteria en honor al dios
griego Proteus, el cual podía cambiar de forma, dada la gran diversidad de formas
encontradas en este filo.
La filogenia del genoma y el proteoma han validado este grupo, sin embargo, el análisis del
ARNr 16S más profundo indica que podría no ser monofilético, dividiéndose en Subfilos y
clases:
Subfilo Rhodobacteria (bacterias púrpuras y relacionadas) y las clases
(Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Zetaproteobacteria)
Subfilo Thiobacteria (bacterias del sulfato y relacionadas) y las clases
(Deltaproteobacteria, Epsilonproteobacteria). Esta incluido los patógenos, tales como
Escherichia coli, Brucella, Campylobacter, Salmonella, Pseudomonas, Vibrio, Helicobacter,
Haemophilus, Neisseria, Burkholderia glumae, Legionella. Otras son de vida libre, e incluyen
muchas de las bacterias responsables de la fijación del nitrógeno.
Volumen III: The Firmicutes (del latín firmus = fuerte y cutis = piel en referencia
a su pared celular que es muy gruesa). Vos, P., Garrity, G., Jones, D., Krieg, NR, Ludwig,
W., Rainey, FA, Schleifer, K.-H. Y Whitman, WB (eds., 2009).
 También se agrupan en Gram positivos con bajo GC: G+C < 50%. Géneros:
Clostridium, Bacillus, Lactobacillus, Streptococcus, Staphylococcus, Enterococcus.

Volumen IV: The Bacteroidetes, Spirochaetes, Tenericutes, Acidobacteria,

Fibrobacteres, Fusobacteria, Dictyoglomi, Gemmatimonadetes, Lentisphaerae,
Verrucomicrobia, Chlamydiae, and Planctomycetes. Krieg, NR, Ludwig, W., Whitman,
WB, Hedlund, BP, parche, BJ, Staley, JT, Ward, N. & Brown, D. (eds., 2010). También se
agrupan en Gram positivos con alto GC: G+C > 50-55%. con 170 Géneros.
 Filo Bacteroidetes: bacterias Gram negativas. Los miembros del género
Bacteroides son patógenos oportunistas. Las otras clases de Bacteroidetes raramente
son patógenas para los seres humanos. Especies representativas son Flavobacterium
mizutaii, Sphingobacterium antarcticum, Cytophaga columnaris y Porphyromonas
encontrada en la cavidad bucal.
 Filo Spirochaetes: bacterias Gram negativas de vida libre
 Filo Tenericutes: (posee cutis: piel suave, es decir sin pared), clase Mollicutes. El
nombre fue aprobado en 1984 como un nuevo filo. Géneros que incluyen
Mycoplasma, Spiroplasma, Ureaplasma y Phytoplasma. Son parte de un microbioma
placentario sano y normal
 Filo Acidobacteria: Acidobacterium capsulatum fue el primer miembro descubierto
en el año 1991. Holophaga foetida, Geothrix fermentans, Acanthopleuribacter pedis y
Bryobacter aggregatus. En el año 2007, se descubrio Candidatus Chloracidobacterium
thermophilum, la primera de este filo capaz de realizar la fototrofia basada en la
bacterioclorofila.
 Filo Fibrobacteres: incluye muchas de las bacterias estomacales que permiten la
degradación de la celulosa a los rumiantes.
 Filo Fusobacteria: bacterias anaerobias obligadas Gram negativas. Son bacilos que
se encuentran como comensales o patógenos. Los géneros más antiguamente
estudiados son Fusobacterium (1920) y Leptotrichia (1879).
 Filo Dictyoglomi: se ha descrito como Gram negativo con una pared de tres capas,
es hipertermófilo, quimioorganotrofo y anaerobio. Géneros descritos D. thermophilum
(Saiki et al. 1985) y D. turgidum corrig. Svetlichny and Svetlichnayá 1995)
 Filo Gemmatimonadetes: Gram-negativa, en forma de bacilo, aerobio y parece
replicarse por gemación, descubierto en 2003 en el fango de un sistema de
tratamiento de aguas residuales. Genero Gemmatimonas aurantiaca
 Filo Lentisphaerae: Superfilo: Planctobacteria o grupo
Chlamydiae/Verrucomicrobia: Se considera que este grupo está relacionado con
los filos Chlamydiae y Verrucomicrobia. Son cocos, Gram negaticos. El género fue
Victivallis vadensis fue aislada de las heces humanas. Lentisphaera araneosa fue
descubiera en aguas del océano pacífico, se encuentra en aguas marinas y hábitats
terrestres anaerobios.
 Filo Verrucomicrobia: Las especies identificadas se han aislado de agua dulce y
heces humanas. Género más conocido (Verrucomicrobium espinoso)
 Filo Chlamydiae: superfilo: Chlamydiae/Verrucomicrobia. Son endosimbiontes o
patógenos intracelulares obligados. Géneros patógenos: Chlamydia trachomatis, que
causa la enfermedad ocular tracoma y linfogranuloma venéreo, Chlamydophila
 pneumoniae, que causa una neumonía atípica y Chlamydophila psittaci, que causa
psitacosis en loros y enfermedad zoonótica.
 Filo Planctomycetes: Gram negativas, flageladas con al menos una fase móvil,
halladas en agua dulce, salobre y marina.

Volumen V: The Actinobacteria y Otras bacterias Gram negativas, agrupadas en

ocho secciones diferentes. Whitman, WB, Goodfellow, M., Kämpfer, P., Busse, H.-J.,
Trujillo, ME, Ludwig, W. y Suzuki, K.-i. (eds., 2012). Son un filo y clase de bacterias Gram
positivas que habitan en el suelo, plantas y animales, incluyendo algunos patógenos, tales
como las Mycobacterium Representantes de este grupo: Actinomyces, Arthrobacter,
Corynebacterium, Frankia, Micrococcus, Micromonospora, Nocardia, Propionibacterium,
Streptomyces

2. The Prokaryotes la primera edición, publicada en 1981, era una explicación

enciclopédica y sinóptica del mundo de los procariotas, una colección de descripciones
monográficas de los géneros de bacterias.
3. Revista Internacional de Bacteriología Sistemática / Revista Internacional
de Microbiología Sistemática y Evolutiva (IJSB / IJSEM) es una revista
revisada por pares que actúa como el foro internacional oficial para la publicación de
nuevos taxones procariota. Si una especie se publica en una revista de revisión por
pares diferentes, el autor puede enviar una solicitud a IJSEM con la descripción
apropiada, que si es correcto, la nueva especie serán presentados en la Lista de
Validación de IJSEM.

Colecciones y cepas de referencia

La colección certifica que la cepa es un cultivo puro, y que se le han realizado las pruebas
morfológicas, bioquímicas y moleculares correspondientes.
 CEPAS ATCC American Type Culture Collection (colección de cultivo tipo americano),
Manassas, Virginia EU.
 Se inició en 1925, con base a una colección de bacteriología iniciada en 1911.
 Es una organización en la que participan actualmente 21 sociedades científicas.
 En la actualidad tiene colecciones de Bacteriología, Cultivos celulares, Plásmidos,
Ácidos nucleicos y Genotecas, Micología y Botánica, Protistología y Virología
 CEPAS NCTC: National Collection of type Cultures (Colección Nacional de Cultivos
Tipo) Salud Pública Inglaterra.
 CEPAS DSMZ Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zelkulturen (Colección
alemana de microorganismos y cultivos celulares), Braunschweig, Alemania
 CEPAS CIP (Colección del Instituto Pasteur) o CEPAS CCTM: Collection Nationale de
Cultures de Microorganismes. Institut Pasteur. Paris, Francia.
 CEPAS CNCM: Colection Nationale de Cultures of Microorganismes. Paris, Francia
 CEPAS BCCM: Bélgica Colección Coordinada de Microorganismos. Gante, Bélgica
 CEPAS CECT: Colección española de cultivos tipos. Valencia, España
 CEPAS NCCB: Países Bajos Colección de Cultivos de bacterias. Utrecht, Países Bajos.
 CEPAS NCIBM: National Collections of industrial and Marine Bacteria
 CEPAS NCIMB: Colección Nacional de Bacterias Industriales, Alimentarias y Marinas.
Aberdeen, Escocia.
 CEPAS JCM: Colección de Microorganismos, Saitama, Japón
 CEPAS ICMP: Colección Internacional de Microorganismos a partir de plantas.
Auckland, Nueva Zelanda.
 MÉTODOS DE IDENTIFICACIÓN TAXONÓMICA
1. CLÁSICA (caracteres fenotípica, % G+C y Ponderación de caracteres (llaves
dicotómicas)
a. Caracteres fenotípicos
 Morfología (forma, tamaño y tinción).
 Movilidad: tipo y disposición de flagelos
 Nutrición y Fisiología (fotótrofo, quimiótrofo…., aerobio o anaerobio.., temperatura y
pH óptimos).
 Metabolismo (fermentación de azúcares, fuentes alternativas de C, N y S).
 Ecología.
 Otros: pigmentos, inclusiones celulares, sensibilidad a antibióticos, patogenicidad
 Análisis genético (capacidad transferencia por transformación).

b. % G+C
 Contenido GC o Porcentaje GC (contenido de guanina y citosina) es una característica
del genoma o de cualquier pedazo de ADN o ARN.
 La fracción restante de cualquier molécula de ADN contendrá bases A (adenina) y T
(timina), de forma que el contenido GC da también el contenido AT (por ejemplo, un
GC del 58% implica un contenido AT del 42%).
 Los pares GC en el ADN están conectados por tres enlaces de hidrógeno en vez de los
dos de los pares AT. Esto hace el enlace GC más fuerte y más resistente a la
desnaturalización por efecto de la temperatura por lo que el contenido GC tiende así a
ser mayor en los hipertermófilos.
 El GC se puede medir por varios métodos, siendo uno de los más simples la
temperatura de desnaturalización de la doble hélice del ADN con un
espectrofotómetro. La respuesta del ADN en la longitud de onda de 260 nm aumenta
cuando la doble hélice se separa en las dos hebras cuando se calienta
suficientemente. Alternativamente, si la molécula ADN o ARN ha sido secuenciada
entonces el GC se puede obtener exactamente contando el número de bases.
 El contenido GC es expresado usualmente como porcentaje, aunque algunas veces
como una razón (llamada razón G+C o razón GC). El contenido GC en porcentaje
se calcula

c. Ponderación de caracteres (llaves dicotómicas)

2. MOLECULARES (caracteres fenotípica, caracteres genotípicos)

a.Caracteres Fenotípicos
 Pared: peptidoglicanos en Gram +
 Membrana externa de Gram negativas: lipopolisacáridos
 Membrana citoplasmática: ácidos grasos (Fatty Acid Methyl Ester), ácidos micólicos en
bacterias Gram positivas (Actinomicetes), pigmentos carotenoides en bacterias
fotótrofas anoxigénicas.
 Citoplasma: poliaminas en metanogénicas y Gram negativas
 Cadena de transporte electrónico: citocromos, quinonas. Sistema fotosintético:
bacterioclorofilas.
 Secuencia de aminoácidos de proteínas con la misma función.
  Movilidad electroforética

b. Caracteres Genotípicos
 Comparación de ácidos nucleicos: % G+C = [(G+G) / (A+T+G+C)] 100
 Hibridación de ácidos nucleicos: La semejanza genética entre dos bacterias se
determina mediante la técnicas de hibridación DNA/DNA; es decir, enfrentando el
ADN extraído de una bacteria al de otra y determinando el porcentaje de reasociación
(hibridación) que se produce entre ellas. Mediante esta técnica se considera que
forman parte de la misma especie aquellas bacterias que presentan una hibridaoón(
similitud) entre sus respectivos DNA superior al 70%.
 Secuenciación de ácidos nucleicos

3. POLIFÁSICA (caracteres fenotípica, caracteres genotípicos y caracteres

filogenéticos)
a. Caracteres Fenotípicos
 Análisis de ácidos grasos: Ésteres metílicos de ácidos grasos (FAME)
 Las condiciones de crecimiento (placa de agar, Biolog)
b. Caracteres Genotípicos
 Hibridación ADN-ADN
 Los perfiles de ADN
 Secuencia
 % G+C
c. Caracteres filogenéticos
 Gen del ARNr 16S
 Análisis de la secuencia de genes múltiples
 Análisis basada en la secuencia de todo el genoma

Gen del ARNr 16S

Esta subunidad pequeña (SSU) de rRNA es adecuada para este tipo de estudios por varias
razones:
 Son moléculas que tienen regiones altamente conservadas y regiones con variación
considerable en su secuencia
 Debido a estas tasas de evolución diferentes se pueden establecer relaciones a
diferentes niveles jerárquicos en un análisis comparativo de secuencias
 La tercera razón es que el rADN puede amplificarse fácilmente por PCR y ser
secuenciado. Varios estudios han demostrado que más del 90% de los
microorganismos que pueden observarse microscópicamente in situ, pueden ser
extraídos y analizados, en comparación con menos del 0.1% que pueden cultivarse.
 Una vez amplificado el gen de rRNA por PCR es posible analizar la diversidad de este
gen en la comunidad para tener una idea de la complejidad de la misma.

BIBLIOGRAFÍA
1. BERGEY’S MANUAL OF Systematic Bacteriology. Second Edition. 2005. ISBN-10: 0-
387-24145-0. ISBN-13: 978-0387-24145-6.
2. Brock. BIOLOGÍA de los MICROORGANISMOS. M.T. Madigan, J.M. Martinko, J. Parker.
2003. 10ª edición. Prentice Hall.
3. The Prokaryotes. A Handbook on the Biology of Bacteria. Martin Dworkin (Editor-in-
Chief), Stanley Falkow, Eugene Rosenberg, Karl-Heinz Schleifer, Erko Stackebrandt
(Editors). Third Edition 2006. Volume 4: Bacteria: Firmicutes, Cyanobacteri, pags 609-
630. Volume 6: Proteobacteria: Gamma Subclass, pags 714-740.
4. MICROBIOLOGÍA. L.M. Prescott, J.P. Harley, D.A. Klein.2004. 5ª edición. McGraw-
Hill/Interamericana de España.
5. http://www.taxonomicoutline.org/