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3.

BACTERIAS
3.3. Clasificacin
3.3.1. Definicin sistemtica

Definicin sistemtica: taxonoma


Taxonoma: ciencia de la clasificacin de seres vivos  3 partes
Taxonoma
1. Clasifica
Clasifica: agrupa a los organismos en grupos o taxones (similitud)
2. Nombra
Nombra: aplica reglas para nombrar y describir taxones (Cdigos
Internacionales de Nomenclatura )

3. Identifica
Identifica: determina que un aislado pertenezca a un taxn conocido

Especie: grupo taxonmico bsico


Especie
Org. superiores: grupos de poblaciones que pueden cruzarse entre s,
aisladas de otros grupos en cuanto a reproduccin
Bacterias: grupo de cepas que comparte propiedades estables y
Bacterias
difiere significativamente de otros grupos

Cepa
Cepa: poblacin de organismos
que desciende de un organismo o
de una sola clula

Denominacin de especies
Sistema binomial de nomenclatura  cada especie biolgica
tiene un nombre en latn que consta de dos palabras:
1. Gnero  grupo bien definido de una o ms especies, separado
de otros gneros
2. Especie de ese gnero  categora taxonmica bsica

En la clasificacin taxonmica de un grupo, las especies se


agrupan sucesivamente en categoras taxonmicas de orden
superior  clasificacin jerrquica:
jerrquica
gnero  familia  orden  clase  divisin  reino  dominio
(phylum)

Jerarquas establecidas con base en relaciones evolutivas 


clasificacin filogentica (base en la relacin genotpica
genotpica)

Clasificacin filogentica
gnero  familia  orden  clase  divisin  reino  dominio
Categora nivel jerrquico en el que se sita un grupo de
Categora:
organismos. P. ej.
Categoras seran:


Pas

Estado

 Municipio

Familia  Gnero  Especie

Taxn:
Taxn grupo de organismos emparentados agrupados en una
clasificacin (nombres especficos de las categoras)
Taxones seran:
Mxico

Michoacn

Morelia

Enterobacteriaceae  Escherichia  coli

Categoras taxonmicas
Categora

Taxn

Dominio  Bacteria
Reino

 Proteobacteria

Phylum

 Gamma proteobacteria

Clase

 Zymobacteria

Orden

 Enterobacteriales

Familia

 Enterobacteriaceae

Gneros  Escherichia
Especies  coli
Subespecies


Escherichia coli o E. coli


Sistema binomial:
binomial:
SIEMPRE en cursivas

Antgenos, fagos, diferencias bioqumicas,


fisiolgicas y morfolgicas, patogenicidad

Gnero:
Gnero 1 letra SIEMPRE en maysculas
Especie
Especie: 1 letra SIEMPRE en minsculas

3. BACTERIAS
3.3. Clasificacin
3.3.2. Sistemas de clasificacin

Sistemas de clasificacin
No consideran relacin evolutiva

Taxonoma clsica
(fentica)

Taxonoma
numrica

Taxonoma
molecular

Similitud entre
caractersticas
fenotpicas

Similitud entre
caractersticas
fenotpicas

Similitudes en la
composicin del ADN
(caract. genotpicas
genotpicas)

Agrupa en taxones con


base en caracteres
fenotpicos con valor
taxonmico

Agrupa en taxones
mediante el uso de
mtodos numricos

Agrupa con base en


caractersticas
genticas: varios
mtodos

Morfologa, fisiologa/
metabolismo, ecologa

Semejanzas y diferencias:
coeficientes de asociacin

Comparacin entre
secuencias de ADN

Taxonoma numrica
Unidades taxonmicas  semejanzas y diferencias organismos:
Caracteres fenotpicos  cada carcter tiene igual peso
Similitud entre organismos  f(proporcin de caracteres comunes)
Significancia: depende del no. de caracteres estudiados ( 50)

Comparacin entre organismos:


Presencia /ausencia
ausencia de caracteres seleccionados
Coeficiente de asociacin  grado de similitud los organismos

Coeficientes ms usados en bacteriologa (valores de 0 a 1):


Semejanza (CSM): proporcin de caract. comunes
2 organismos  (+) en ambos o (-) en ambos

CSM =

Jaccard (CJ): proporcin de caract. presentes en


ambos (caracteres ausentes se ignoran)

a+d
a+b+c+d

CJ =

a
a+b+c

Taxonoma molecular
Composicin del ADN  tres mtodos importantes:
1. Contenido de guanina y citosina
citosina: tcnica ms simple
% GC  secuencia de bases que vara con cambios en la secuencia
completa (en bacterias: % GC  24 - 76%)
Variacin: < 3%  misma especie; > 10%  diferente gnero

2. Hibridacin del ADN:


ADN tcnica ms directa
Desnaturalizacin de ADNbc  mezcla de ADNmc  enfriamiento 
se reasocian cadenas con secuencias complementarias  ADNbc
hbrido

2. Hibridacin del ADN:


ADN
> 70% de similitud y < 5% de diferencia en Tm  misma especie

Tm: temperatura de fusin


ADNbc: ADN bicatenario
ADNmc: ADN monocatenario
Determinacin de
Tm o del % de
hibridacin

3. Secuenciacin del ARNr (mtodo ms usado):


Objetivo secuencias de ARNr 5S y 16S aisladas de subunidades
Objetivo:
50S y 30S, respectivamente (ribosomas bacterianos)
Secuencias obtenidas: comparacin con bases de datos mundiales 
97% de similitud (ARNr 16S)  misma especie
Ribosomas: presentes en todos los organismos y con estructura
Ribosomas
muy estable

3. BACTERIAS
3.3. Clasificacin
3.3.2. Manual de Bergey

Manual de Bergey
Bergeys Manual of Systematic Bacteriology
Clasifica las clulas procariotas  ???
Sistema ms usado y aceptado para su identificacin

Caractersticas ms importantes de cada grupo


1984:
1984 1 Ed.  clasificacin: tincin Gram  1 Reino (4 divisiones)
2001:
2001 2 Ed.  clasificacin: secuenciacin de ARNr  5 volmenes
Grandes cambios desde 1984  2200 nuevas especies y 390 gneros
Edicin reorganizada (taxonoma procariota)  rearreglos y cambios
en nomenclatura:
26 filos o divisiones

2 Archaea
26 Bacteria

Volumen I
Introduccin (taxonoma)
Clasificacin de Archaea (463 spp. en 165 gneros) y bacterias fottrofas

Volumen II
Clasificacin de proteobacterias (Gram [-]): 2000 spp. en 538 gneros
Parte B: -proteobacteria
proteobacteria: grupos importantes para el ambiente y medicina
(Enterobacteriaceae)
Parte C: - - - -proteobacterias
proteobacterias: grupos importantes para ambiente y
medicina (Agrobacterium, Rhizobium)

Volumen III
Clasificacin de Firmicutes (Gram [+] con  %GC): 1346 spp. en 250 gneros y
40 familias
(Staphylococcus, Streptococcus, Clostridium, Bacillus)

Volumen IV
Bacterias Gram (-) sin caractersticas comunes: 153 gneros, 29 familias
(planctomicetes, espiroquetas, bacteroides, fibro- y fuso-bacterias)

Volumen V
Actualmente en revisin
Clasificacin de actinobacterias
actinobacterias: 200 gneros en 49 familias

3. BACTERIAS
3.3. Clasificacin
3.3.3. Grupos ms importantes
en Biotecnologa

Enterobacterias:: caractersticas
Enterobacterias
Clasificacin

Phylum: -proteobacteria
Orden: Enterobacteriaceae

Gram

Negativo

Forma

Bacilos

Hbitat

Tracto intestinal de mamferos

Movilidad

Inmviles y mviles (flag. pertricos)

Esporulacin

No

Req. O2

Anaerobios facultativos

Req. nutricionales

Simples

T ptima

22 - 37 C

Caracterstica
distintiva:
fermentan lactosa y
viven en el intestino

Fermentan azcares (lactosa)  2 grupos:


grupos
cidocido-mixta  cidos lctico, actico y succnico (NO
NO butanodiol):
Escherichia, Salmonella, Shigella
Butanodiolica  EtOH, CO2, butanodiol: Erwinia, Enterobacter

Importancia
Algunas causan intoxicaciones alimentarias
Patgenos para humanos y para plantas:
Escherichia coli:


Algunas cepas causan infecciones en el tracto intestinal

Microorganismo modelo  estudios genticos y bioqumicos

Parte de la flora normal del intestino  sintetiza vitaminas del


complejo B e impide el desarrollo de orgs. proteolticos

Shigella dysenteriae: disentera bacilar (dolor abdom., fiebre, diarrea)


Salmonella typhimurium: gastroenteritis (infeccin del tracto digest.)
Salmonella typhi: fiebre tifoidea (fiebre, diarrea, lceras)
Yersinia pestis: peste bubnica (no habitan en el intestino)
Erwinia: todas las especies son patgenas de plantas

Bacterias lcticas:
lcticas: caractersticas
Clasificacin

Phylum: Firmicutes
Orden: Lactobacillales

Gram

Positivo (bajo G-C)

Forma

Cocos y bacilos

Hbitat

Lcteos, plantas, boca

Movilidad

Inmviles

Esporulacin

No

Req. O2

Anaerobias aerotolerantes

Req. nutricionales

Complejos

T ptima

22 - 37 C

Gneros ms importantes:
Streptococcus y Lactobacillus
 Algunas especies  flora normal de la boca (placa y caries)
 Algunos estreptococos
patgenos

Caracterstica distintiva:
fermentacin lctica

Fermentan azcares  con base en el producto final: dos grupos


Homolcticas  un solo producto: cido lctico
Heterolcticas  varios productos: cido lctico + EtOH + CO2 +
acetaldehdo

Importancia: industria alimentaria


Probiticos organismos vivos que tienen efectos benficos en
Probiticos:
la salud (BL como Streptococcus termophilus y Lactobacillus)
Produccin de quesos
quesos:
Cuajada:  el pH  consecuencia de la fermentacin lctica
Maduracin: cambios qumicos en la cuajada por BL y hongos
Quesos curados: dureza  grado de metabolizacin de la casena

Enologa  fermentacin malolctica:


Leuconostoc, Lactobacillus y Pediococcus  de uvas, mostos o vinos
Transforman cido mlico en cido lctico y CO2

Sabores y aromas:
cido lctico:
lctico sabor en el alimento  alimentos fermentados
Acetaldehdo: aroma y sabor
Acetaldehdo

Conservadores:  de pH por la formacin de cido lctico

Producto

Bacteria lctica

Microflora secundaria

Quesos
Cheddar, cottage,
crema

Lactococcus lactis subsp. cremoris


Lactococcus lactis subsp. lactis

Azul

Lactococcus lactis subsp. cremoris


Lactococcus lactis subsp. lactis

Mozzarella,
provolone,
parmesano

Streptococcus thermophilus
Lactobacillus delbrueckii
Lactobacillus helveticus

Suizo

Streptococcus thermophilus
Lactobacillus delbrueckii
Lactobacillus helveticus

Penicillium roqueforti

Propionibacterium
freudenreichii

Leche fermentada
Streptococcus thermophilus
L. delbrueckii subsp. bulgaricus

Yogurt

Lactococcus lactis subsp. cremoris

Mantequilla

Leuconostoc + L. lactis

Lactococcus lactis subsp. lactis


Lactococcus lactis subsp. cremoris
Lactococcus lactis subsp. lactis

Crema agria

Formadoras de endosporas
endosporas::
caractersticas
Clasificacin

Phylum: Firmicutes
Clase: Bacilli, Clostridia, Mollicutes

Gram

Positivo (bajo G-C)

Forma

Bacilos

Hbitat

Suelos, sedimentos, intestinos

Movilidad

Mviles e inmviles

Esporulacin

Si

Req. O2

Aerobios y anaerobios estrictos

Req. nutricionales

Requieren vitaminas y aa

T ptima

30 - 45C (la mayora)

Caracterstica
distintiva: produccin
de endosporas

Gneros ms importantes:
 Bacillus (aerobios obligados y facultativos) y Clostridium (anaerobios)
 Otros gneros importantes: Sporosarcina, Saccharopolyspora
 Algunas especies son patgenas para animales  exotoxinas

Importancia
Bacillus anthracis (aerobio, inmvil)  exotoxina
exotoxina: ntrax
Endospora central no deformante
En productos derivados de animales (lana)

Bacillus subtilis (aerobio, inmvil): organismo modelo


Estudios de esporulacin y regulacin de expresin de genes

Bacillus thuringensis (Bt): patgeno de insectos: control biolgico


Produce un cristal de protena txico para insectos  -endotoxina
Larvas  ingesta de cristales  activacin de toxina  protelisis
del intestino  lisis celular del aparato digestivo
Plantas letales: insercin del gen Bt que codifica para la -endotoxina

Clostridium botulinum (anaerobio, mvil, flagelos pertricos y esporas


botulina)
subterminales deformantes): botulismo  neurotoxina (botulina

Actinomicetos:: caractersticas
Actinomicetos
Clasificacin

Phylum: Actinobacteria
Clase: Actinomycetales

Gram

Positivo (alto contenido de G-C)

Forma

Bacilos y cocos

Hbitat

Principalmente suelos + boca

Movilidad

Mviles e inmviles

Esporulacin

La mayora

Req. O2

Aerobios y anaerobios facultativos

Req. nutricionales

Muy verstiles (pueden degradar


sustratos complejos)

T ptima

25 - 30C (algunos 55 65C)

Caracterstica
distintiva: formacin
de filamentos
ramificados (micelio)

Gneros ms importantes:
 Streptomyces: producen el mayor nmero de antibiticos: bactericidas (neomicina,
estreptomicina) y fungicidas (nistatina), muchos metabolitos secundarios

 Frankia: bacterias filamentosas fijadoras de N2  viven en simbiosis con plantas


 Algunos patgenos: Mycobacterium, Corynebacterium, Nocardia, Rhodococcus

Importancia
Descomposicin de residuos animales y vegetales
Participan en procesos de humificacin  liberan molculas tiles
para la nutricin de las plantas
En ecologa  descomponen materia orgnica en el suelo
Enzimas que degradan material vegetal, lignina y quitina
Importantes para la produccin de composta
Producen el olor a tierra mojada (geosmina)

En salud  producen antibiticos y compuestos


bioactivos (anti-helmnticos y anti-cncer):
Gnero ms importante: Streptomyces  produce
~ 70% de los antibiticos comercialmente
importantes  estreptomicina
Gota de antibitico en
colonia de Streptomyces