Análisis global del Genoma Humano

Proyecto de investigación de enfermedades genéticas

Microarreglo CytoScan Optima Suite

Datos de identificación:
Caso: 16mOP108 Fecha: martes, 10 de enero de 2017
Paciente: HUMBERTO CARRILLO SOSA
Para: DR. CARLOS ALBERTO VENEGAS VEGA
Motivo del estudio: RETRASO PSICOMOTOR, CRISIS CONVULSIVAS
Tipo de muestra: SANGRE

Estudio realizado: Análisis global del Genoma Humano mediante el microarreglo Cytoscan Optima Suite
de Affymetrix.
Metodología
Marcadores genéticos: El microchip Cytoscan Optima Suite de la marca Affymetrix explora de manera
global en el genoma humano 396 regiones críticas utilizando 315 mil marcadores genéticos.
Procedimiento: Se realiza la extracción, digestión, amplificación, marcaje y fragmentación del DNA
genómico. El microchip se hibrida con el DNA marcado y la señal se detecta mediante tinción con
estreptavidina-ficoeritrina. Después de lavarse, se escanea para medir la fluorescencia del DNA hibridado.
Análisis: Las alteraciones en el genoma se analizan con el programa ChAS utilizando los parametros pre
establecidos de alta resolución. Para el alineamiento de las regiones y genes afectadas se utiliza la base del
genoma humano GRCh37/hg19 (2009). Se consideran sólo las pérdidas mayores a 1 Mb y ganancias
mayores a 2 Mb con al menos 50 marcadores en todo el genoma y en las 396 regiones críticas,
especialmente que no tengan variaciones normales en el número de copias (CNV). Las regiones con pérdida
de heterocigocidad menores a 5 Mb no se consideran en el análisis. Este estudio no descarta la presencia de
mutaciones puntuales, alteraciones pequeñas en el genoma, alteraciones en los patrones de metilación,
mosaicismo <10% y aberraciones cromosómicas balanceadas (ej. translocaciones, inserciones e inversiones).
Resultados:
SEXO: Masculino (46, XY)
- Se identificó una alteración en el número de copias (CNAs), una amplificación (ver Tabla 1).
- La amplificación se localiza en 15q11.2-q13.1, tiene un tamaño de 5.1 Mb y se sobrelapa en un 18% con las
variaciones en el número de copias polimórficas (CNVs).
- Además, se identificaron dos regiones con pérdida de la heterocigocidad (LOH) en 2q32.1-q32.2 y 7q31.2-
q31.31 con un tamaño mayor a 5.3 Mb. En estas regiones se encuentran 31 genes que están reportados en
las bases de datos OMIM.

MATRIZ REFORMA SUCURSAL HOSPITAL ESPAÑOL SUCURSAL HELIPLAZA LOMAS VERDES

Av. Paseo de la Reforma 444-601 Av. Ejército Nal. 617 Torre Antonino Fdez., Piso 10-1005, Av. Lomas Verdes 825 local 11,
Col. Juárez, México, D. F. 06600 Col. Granada, México, D. F. 11520 Col. Lomas Verdes, Naucalpan, México, 53120
Tel/Fax 01 (55) 5207 5460 Tel/Fax 01 (55) 5250 3248, 2624 1243 Tel/Fax 01 (55) 5344 655
www.huellagenica.com e-mail: huellage@prodigy.net.mx

Página 1 de 2 Caso: 16mOP108

Interpretación clínica:
Se identificó una región con variación en el número de copias CNAs (Ver Tabla 1).
Adicionalmente se detectaron 2 regiones con LOH parciales sin cambio en el número de copias, localizadas
en 2q32.1-q32.2 (5.33 Mb) y 7q31.2-q31.31 (5.73 Mb). Estas dos LOH detectadas a la fecha NO han sido
reportadas en la literatura asociadas a patología genética. Lo que sugiere que estas son variantes benignas.
La CNV corresponde a una duplicación constitutiva localizada en 15q11.2-q13.1 de (5.15 Mb). Esta alteración
cromosómica contiene tres copias de la región crítica 15q11-q13 (PW-A/CR) de (BP2 a BP3). Se caracteriza
clínicamente por trastorno del espectro autista (TEA/TDA-H/autismo) y alteraciones EEG/crisis convulsivas.
Además por hipotonía central, retraso en el desarrollo psicomotor y en el desarrollo del lenguaje. Otros
hallazgos descritos son dismorfias faciales menores, tales como: facies redonda/ovalada, frontal prominente,
cejas gruesas y abundantes, fisuras palpebrales largas, telecanto, puente nasal ancho, nariz larga, punta
nasal ancha, narinas antevertidas, filtrum largo, mejillas prominentes y boca amplia. Así como macrocefalia,
voz aguda e hipertricosis. No obstante se ha observado que las características clínicas de esta alteración
son muy variables.
La mayoría de los casos descritos de la duplicación intersticial 15q11.2-q13.1 son de origen materno y en
algunos casos presentan un pequeño cromosoma marcador de novo o heredado, derivado del cromosoma
15. Por lo que sugerimos realizar cariotipo y Microarreglo cromosómico (MAC) de baja densidad a ambos
padres y FISH con sondas LSI-PW-A en el paciente y ambos padres para determinar si la duplicación
identificada es de novo o heredada, así como su origen parental, con la finalidad de otorgar un
asesoramiento genético adecuado.

Estudios sugeridos:
Cariotipo y MAC parental, así como FISH con sondas LSI-PW-A de la región critica 15q11.2-q13.1 en el
paciente y ambos padres.

Recomendaciones a la familia:
Correlación clínica y asesoramiento genético.

I.B.T. Liliana Vega Magaña Dr. Carlos Venegas

DGP 9404224 DGP 2251583

Dr. Jaime Berumen

DGP 2067247

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CARIOTIPO MOLECULAR: Cariotipo: 46 XY, amp (15)(q11.2-q13.1) 16mOP108

Amplificación
Deleción
Perdida de Heterocigocidad

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 X Y
Segmento: Visión Global del Genoma 16mOP108
Segmento: 15q11.2-q13.1 16mOP108
Caso: 16mOP108
Cliente: Dr. Carlos Alberto Venegas Vega

No. Chr Citobanda Alteración Copias Tamaño Posición % Traslape Genes

(Kb) (CNVs)
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2 q32.1 - q32.2 LOH 5,332.8 185603816 - 190936588 13 ZNF804A, FSIP2, ZC3H15, ITGAV, FAM171B,
ZSWIM2, CALCRL, TFPI, GULP1, MIR561, DIRC1,
COL3A1, MIR1245A, MIR1245B, MIR3606, COL5A2,
MIR3129, WDR75, SLC40A1, ASNSD1, ANKAR,
OSGEPL1, OSGEPL1-AS1, ORMDL1, PMS1, MSTN
Base de datos ZNF804A (612282), ITGAV (193210), CALCRL (114190), TFPI (152310), GULP1 (608165), DIRC1 (606423), COL3A1 (120180), COL5A2 (120190), SLC40A1
OMIM® (604653), ANKAR (609803), ORMDL1 (610073), PMS1 (600258), MSTN (601788)
_______________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
_______________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

7 q31.2 - q31.31 LOH 5,733.1 115300110 - 121033191 100 TFEC, TES, CAV2, CAV1, MET, CAPZA2, ST7-AS1,
ST7, ST7-OT4, ST7-AS2, ST7-OT3, WNT2, ASZ1,
CFTR, CTTNBP2, NAA38, ANKRD7, KCND2,
TSPAN12, ING3, CPED1, WNT16, FAM3C
Base de datos TFEC (604732), TES (606085), CAV2 (601048), CAV1 (601047), MET (164860), CAPZA2 (601571), ST7 (600833), WNT2 (147870), ASZ1 (605797), CFTR
OMIM® (602421), CTTNBP2 (609772), NAA38 (607288), ANKRD7 (610731), KCND2 (605410), TSPAN12 (613138), ING3 (607493), WNT16 (606267), FAM3C
(608618)
_______________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
_______________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

15 q11.2 - q13.1 Gain 3 5,152.5 23291158 - 28443658 18 HERC2P2, HERC2P7, GOLGA8EP, LOC440243,
GOLGA8S, MIR4508, MKRN3, MAGEL2, NDN,
PWRN2, PWRN1, NPAP1, SNRPN, SNURF,
SNORD107, PWARSN, PWAR5, SNORD64,
SNORD108, SNORD109B, SNORD109A, SNORD116-
1, SNORD116-2, SNORD116-3, SNORD116-9,
SNORD116-4, SNORD116-7, SNORD116-5,
SNORD116-6, SNORD116-8, SNORD116-10,
SNORD116-11, SNORD116-12, SNORD116-13,
SNORD116-14, SNORD116-15, SNORD116-16,
SNORD116-19, SNORD116-17, SNORD116-18,
SNORD116-20, SNORD116-21, SNORD116-22,
SNORD116-23, SNORD116-24, SNORD116-25,
SNORD116-26, SNORD116-27, SNORD116-28,
SNORD116-29, IPW, PWAR1, SNORD115-1,
SNORD115-2, SNORD115-3, SNORD115-4,
SNORD115-5, SNORD115-9, SNORD115-12,

OMIM®: Base de datos online de genes humanos ligados a enfermedades genéticas. CNV: Variación en el número de copias. Página 1 de 2
Caso: 16mOP108
Cliente: Dr. Carlos Alberto Venegas Vega

No. Chr Citobanda Alteración Copias Tamaño Posición % Traslape Genes

(Kb) (CNVs)
SNORD115-10, SNORD115-6, SNORD115-7,
SNORD115-8, SNORD115-11, SNORD115-43,
SNORD115-36, SNORD115-29, SNORD115-13,
SNORD115-14, SNORD115-16, SNORD115-18,
SNORD115-19, SNORD115-17, SNORD115-20,
SNORD115-21, SNORD115-15, SNORD115-22,
PWAR4, SNORD115-23, SNORD115-24, SNORD115-
25, SNORD115-26, SNORD115-27, SNORD115-28,
SNORD115-30, SNORD115-31, SNORD115-32,
SNORD115-33, SNORD115-34, SNORD115-35,
SNORD115-37, SNORD115-38, SNORD115-39,
SNORD115-40, SNORD115-41, SNORD115-42,
SNORD115-44, SNORD115-45, SNORD115-47,
SNORD115-48, UBE3A, ATP10A, MIR4715,
LOC100128714, LINC00929, GABRB3, GABRA5,
GABRG3, OCA2, HERC2
Base de datos MKRN3 (603856), MAGEL2 (605283), NDN (602117), PWRN2 (611217), PWRN1 (611215), NPAP1 (610922), SNRPN (182279), PWAR5 (600162),
OMIM® SNORD116-1 (605436), IPW (601491), PWAR1 (600161), SNORD115-1 (609837), UBE3A (601623), ATP10A (605855), GABRB3 (137192), GABRA5
(137142), GABRG3 (600233), OCA2 (611409), HERC2 (605837)
_______________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

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