Taller de Transposicin del DNA

Helena Carranza Castillo 070100512012

Tatiana Montilla lvarez 070100242012
1. Represente grficamente la estructura y organizacin de un
transposon y haga una descripcin de este grfico.
TRANSPOSON





En el transposn la regin central es una secuencia de DNA, a menudo de
varios miles de pares de bases de longitud, que contiene un gen que
codifica para la transposasa (la enzima que inserta el transposn en el
cromosoma hospedador, cortando y empalmando el DNA hospedador).
Este segmento tambin puede llevar otros genes que codifican para otras
protenas. Los genes centrales estn flanqueados por repeticiones
invertidas (RI) que son imgenes especulares; si una, por ejemplo, es
AATG, la otra ser GTAA. Las repeticiones invertidas son la secuencia de
reconocimiento para las transposasas
Se considera que los Transposones son la fuente de mutaciones nuevas
en mucho organismos pues cuando estos elementos transponibles exhiben
escasa selectividad secuencial en su eleccin por los sitios de insercin,
entonces a menudo pueden inhibir la funcin gnica del gen, esta
capacidad de insertarse de manera tan promiscua en el DNA condujo a su
modificacin y uso como mutageno y vectores para la entrega de DNA en
la biologa experimental.

2. Como se organizan los transposones (Clases) y describa cada uno
de ellos.

a) Transposones de DNA
b) Retrotransposones semejantes a virus y los retrotransposones
LTR
c) Retrotransposones de poli-A

a. Transposones de DNA

Los transposones de DNA poseen frecuencias de DNA que
actan como sitios de recombinacin. Los sitios de recombinacin
estn situados al lado de los elementos de transposicin y estn
organizados como secuencias repetidas invertidas. Estas
repeticiones terminales invertidas varan en extensin de 25 a
algunos centenares en pares de bases, no son repeticiones
exactas de frecuencia y poseen las secuencias de reconocimiento
al recombinarse.

Los transposones de DNA tienen un gen que codifica para su
propia transposasa. Ellos pueden presentar genes adicionales
que codifica protenas y regula la transposicin.

Las secuencias de DNA que flanquean el transposon exhiben un
segmento corto de secuencia duplicada. Estos segmentos se
organizan como repeticiones directas, reciben el nombre de
duplicaciones de sitio diana y se generan duramente el proceso de
recombinacin.

Los transposones de DNA se hallan como elementos
autnomos y no autnomos. Donde los primeros son los que
portan un par de repeticiones invertidas terminales y un gen
trasposasa , tienen todo lo necesario para promover su propia
transposicin, los transposones no autnomos son ms sencillos ,
estos elementos portan solo las repeticiones invertidas
terminales, esto es las secuencias de accin cis necesarias para
la transposicin.

b. Retrotransposones semejantes a virus y los
retrotransposones LTR

Los retrotransposones similares a virus y los retrovirus tambin
portan secuencias repetidas terminales invertidas que son los
sitios de unin y accin de la recombinasa. Las repeticiones
invertidas terminales estn incluidas dentro de secuencias
repetidas mas largas; estas se organizan en los extremos del
elemento en la forma de repeticiones directas recibiendo el
nombre de repeticiones terminales largas o LTR. Los
retrotransposones semejantes a retrovirus codifican dos protenas
necesarias para su movilidad: la integrasa (transposasa) y la
transcriptasa inversa.

c. Retrotransposones de poli-A
Los retrotransposones de poli-A no tienen las repeticiones
invertidas terminales que hay en las otras clases de transposones.
En cambio, los dos extremos del elemento tienen secuencias
distintas. Un extremo se llama UTR5, mientras el otro tiene una
regin denominada UTR3, seguida por un segmento de pares de
bases A-T que recibe el nombre de secuencia de poli-A. Estos
elementos tambin estn flanqueados por duplicaciones de sitios
cortas.

Los retrotransposones portan dos genes, conocidos como ORF1 y
ORF2. El primero codifica una protena de unin al RNA. ORF2
codifica una protena con actividades tanto de transcriptasa
inversa como de endonucleasa.

3. Describa el mecanismo por los que los transposones se
recombinan

La transposicin es una forma especfica de recombinacin
gentica qu mueve ciertos elementos genticos de un sitio del
ADN. Estos se denominan elementos transponibles o
transposones. El movimiento se produce por medio de la
recombinacin entre las secuencias de ADN en los mismsimos
extremos del elemento transponible y una secuencia de ADN de la
clula husped. El movimiento puede producirse con duplicacin
del elemento o sin esta. En algunos casos participa un
intermediario de ARN temporal como es el caso del los retrovirus.

A su vez la transposicin se divide en dos tipos:

Mecanismo no replicativo: este mecanismo comprende la
extirpacin del transposn de su sitio inicial en el ADN husped,
seguida por la integracin de este transposn extirpado en un sitio
nuevo del ADN. A este mecanismo tambin se le conoce como
transposicin por corte y pegado.

Mecanismo replicativo: En el que el ADN del elemento se duplica
durante cada ronda de transposicin.







4. En que consiste el mecanismo de transposicin replicativa,
explique

Transposicin replicativa

El primer paso es la transposicin
replicativa es la congregacin de la
protena transposasa en los dos
extremos del DNA del transposon para
generar un tranposoma.

El paso siguiente es el corte de DNA en
los extremos del transposon. Esta
reaccin la cataliza la tranposasa dentro
del transposoma. La transposasa
produce un corte en el DNA en cada una
de las dos uniones entre la secuencia
transposnica y el DNA flanqueante del
husped. Este corte libera dos extremos
DNA OH3 en la secuencia del
transposon.
Luego, los extremos OH3 del DNA del
transposon se unen al sitio del DNA
diana por la reaccin de transferencia de
cadenas del DNA. El intermediario en
este caso es generado por la
transferencia de las cadenas del DNA es
una molcula de DNA de ramificacin
doble. En este intermediario, los
extremos 3 del transposon estn unidos
de modo covalente al sitio diana nuevo,
mientras que los extremos 5 de la
secuencia transposonica permanecen unidos al DNA flanqueante
antiguo.

Las dos ramas de DNA dentro del intermediario tiene la estructura
de una horquilla de replicacin. Despus de la transferencia de las
cadenas de DNA, las protenas de replicacin del DNA de la
clula husped pueden congregarse en estas horquillas. El
extremo OH3 en el DNA diana escindido sirve como cebador
para la sntesis de DNA. La replicacin progresada a travs de las
secuencias transposnica y se detiene en la segunda horquilla.
Esta reaccin de la replicacin genera dos copias de DNA del
transposon. Estas se encuentran flanqueadas por las
duplicaciones directas cortas del sitio diana.

5. Describa el mecanismo de formacin de cDNA retrovrico

La formacin del cDNA retrovirico se realiza por medio del proceso
de transcripcin inversa en esta podemos encontrar secuencias LRT
que participaran en este proceso de formacin la cuales est
construida con 3 elementos que reciben los nombres de U3 (por
extremo 3 singular), R (por repeticin) y U5 (por extremo 5
singular).

Para empezar este proceso primeramente se realiza una
transcripcin de la copia integrada del genoma retrovirico que genera
el RNA vrico con una secuencia R en cada extremo, por
consiguiente en el proceso de la transcripcin inversa se sintetiza
una regin U3 y una U5 adicionalmente.

RNA vrico est encerrado en las partculas y este se introduce en la
clula nueva durante la infeccin. El RNA vrico es dentro de la
partcula junto con una molcula de tRNA celular que sirve como
cebador para la sntesis de la primera cadena de cDNA. Este tRna se
aparea con una secuencia especfica cerca de la regin U5 conocida
como sitio de unin al cebador (PBS).

Para la formacin de cDNA se tiene dos actividades enzimtica la
primera es una actividad de la DNA polimerasa y la otra es de RNAsa
H. Las enzimas RNAsa H degradan el RNA apareado con el DNA
(elimina las cadenas de RNA de plantilla). Cuando se genera este
paso en el primer intermediario hibrido de RNA-DNA la cadena de
DNA de U5-R se libera en la forma monocatenaria, esta cadena
puede aparearse con la regin R en el otro extremo de la molcula de
RNA vrico (1 paso de cambio de cadenas), una vez producido este
paso la transcriptasa inversa continua la sntesis de DNA para copiar
el resto de la plantilla de RNA la cadena de DNA resultante termina
con la secuencia PBS en su extremo 3 y la cadena de RNA se
elimina (por RNAsa H), esta genera un fragmento de RNA que sirve
como cebador para la sntesis de la segunda cadena de cDNA, esta
regio de RNA permanece apareada con una secuencia llamada
segmento polipurinico, en el borde de la secuencia U3, el
alargamiento de este cebador copia en el DNA la secuencias
U3,R,U5 y PBS. Una vez el cebador de tRNA se elimina de la primera
cadena de cDNA, se produce el segundo cambio de cadenas. La
secuencia complementaria del PBS en los extremos 3 permite las
interacciones de apareamiento entre las dos cadenas de DNA y la
formacin de un intermedio circular. El alargamiento de cada uno de
los extremos de ADN 3 que hay en este intermediario hasta el final
de la otra cadena genera el cDNA bicentenario con dos secuencias
de LRT completas, ahora esta molcula de DNA esta lista para ser
integrada al genoma de la clula.




6. En qu consiste el mecanismo de empalme inverso y en qu tipo de
transposones se presenta.

El mecanismo de empalme inverso se presenta en los
retrotransposones de poli-A y retrotransposones similares a virus,
consiste en que una RNA polimerasa celular inicia la transcripcin de
una secuencia LINE, el RNA mensajero resultante se traduce para
generar los productos de los ORF codificados que luego se unen al
extremo 3 de su mRNA. Despus el complejo mRNA- protena se
une a un sitio con abundante timina en el DNA diana, las protenas
inicias escisin en el DNA diana, con lo que dejan un OH3del DNA y
forman un hibrido RNA-DNA. El extremo OH3del DNA diana sirve
como cebador para la transcripcin inversa del RNA del elemento
para producir cDNA. Los pasos finales de la reaccin de
transposicin comprenden la sntesis de la segunda cadena, el
resellado y la reparacin del DNA para crear un elemento LINE de
insercin nueva.

7. Realice un cuadro comparativo de los tipos principales de elementos
transponibles
TIPO CARACTERSTICAS
ESTRUCTURALES
MECANISMO DE
MOVIMIENTO
Transposicin mediada por DNA
Transposones
replicativos
bacterianos (Tr3, fago
MU)
Repeticiones
invertidas terminales
que flaquean los
genes de resistencia
a los antibiticos y de
la transposasa
Copiado de DNA del
elemento que
acompaa cada
ronda de insercin en
el sitio diana nuevo
Transposones de
corte y pegado
bicaterianos
(Tn5,Tn10,Tn7)
Repeticiones
invertidas terminales
que flaquean los
genes de resistencia
a los antibiticos y la
Extirpacin del DNA
del sitio diana antiguo
e insercin en un sitio
nuevo
transposasa
Transposones
eucariontes
(Elementos P,
Elementos de la
familia hAT)
Repeticiones
invertidas que
flaquean la regin
codificadora con
intrones
Extirpacion del DNA
del sitio diana antiguo
e insercin en un sitio
nuevo
Transposicion mediada por RNA
Retrotransposones
similares a virus
(Elementos Ty,
Elementos Copia)
Repeticiones directas
terminales de 250 a
600pb (LRT) que
flaquean genes para
la transcriptasa
inversa, la integrasa y
la protena Gag
semejante a la
retrovrica.
Transcripcion en
RNA desde el
promotor en la LRT
izquierda por la RNA
polimerasa II seguida
de la transcripcin
inversa y la insercin
en el sitio diana
Retrotransposones de
poli-A (Elementos F y
G, Elementos LINE Y
SINE)
Secuencia 3 con
abundante A-T y UTR
5 flaquean genes
codificantes de una
protena de unin al
RNA y de la
transcriptasa inversa
Transcripcion en
RNA desde el
promotor interno; la
transcripcon inversa
cebada por la diana
es iniciada por el
corte con
endonucleasa


8. Como es el mecanismo de accin del Transposon bacteriano Tn10 y
como se regula la expresin del gen de la transposasa y qu relacin
tiene con la duplicacin celular

El mecanismo de accin del Transposon bacteriano Tn10 es un
elemento compacto de 9kb y codifica un gen para su propia
transposasa y genes que le permiten resistencia contra el antibitico
tetraciclina. El Tn1o se transpone por medio del mecanismo de corte
y pegado y utiliza la estrategia de la horquilla de DNA para cortar las
cadenas no transferidas. La secuencia Tn10 tambin tiene un sitio
para la unin IHF. El IHF contribuye con el armado del complejo
transposmico, adecuado necesariamente para la recombinacin.

La expresin del gen de la transposasa se regula mediante: El
RNA anti-sentido es uno de los mecanismos por el cual Tn10
controla la expresin del gen de la transposasa. Cerca de la extremo
IS10R hay dos promotores que dirigen la sntesis de la RNA por la
RNA polimerasa de la clula husped. El promotor que dirige la
sntesis de RNA hacia adentro tiene a su cargo la expresin del gen
de la transposasa. El promotor que dirige transcripcin hacia afuera,
en cambio, sirve para regular la expresin de la transposasa
mediante la generacin de un RNA anti sentido de la siguiente
manera: los RNA sintetizados desde P
IN
y P
out
se superponen y en
consecuencia, pueden aparearse mediante enlaces de hidrogeno.
Este apareamiento impide la unin de los ribosomas al transcrito de
P
IN
y, por ende, la sntesis de la protena transposasa.

Esto tiene relacin con la duplicacin celular porque las clulas que
portan ms copias de Tn10 transcribirn ms RNA anti sentido, que
as u vez limitara la expresin del gen de la transposasa. En
consecuencia, la frecuencia de transposicin ser muy baja .En
cambio, Si en la clula hay una sola copia de Tn10, la concentracin
de RNA anti sentido ser baja, la sntesis de la protena transposasa
ser eficaz y la transposicin se producir con una frecuencia mayor.








9. Como se da la regulacin de la transposicin por el fago MU.


Este fago es un como un transposn y su
transposicin es replicativa. Este se transpone de
forma masiva antes de lisar.
El fago Mu transduce los genes adyacentes: al
empaquetarse se lleva 2 kb adicionales









10. Cul es la consecuencia de la falta de regulacin de los
transposones tipo Tc1/Mariner

La falta de regulacin de los transposones tipo Tc1/Mariner, causan
la inactivacin de genes un ejemplo de este es el transposn bella
durmiente es un derivado de la superfamilia de transposones de ADN
Tc1/mariner prevalentes entre los dos genomas de vertebrados e
invertebrados. Sin embargo, transposones de ADN endgenas de
esta familia son completamente inactivos en los genomas de
vertebrados. Un transposn Tc1/mariner activa, sintetizado a partir de
la alineacin de transposones inactivos de la subfamilia de
salmnidos de elementos, se "despierta" para formar el transposn
llamado La Bella Durmiente. SB, al igual que otros transposones de
ADN, se moviliza a travs de un mecanismo de cortar y pegar
mediante el cual una enzima transposasa, codificada por el propio
transposn, los impuestos especiales y re-integra el transposn en
otros sitios dentro del genoma. La protena SB aminocido 340
repeticiones terminales invertidas reconoce que flanquean el
transposn; se une a estas secuencias y cataliza la escisin del
transposn. SB se integra en sitios aleatorios en el genoma, aunque
algunos estudios reportan muy leves preferencias para las unidades
transcripcionales. Tambin hay una simple exigencia de un TA-
dinucletido en el sitio diana, como todos los transposones
Tc1/mariner.