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PROCESOS DE REACOMODAMIENTO DE GENES: RECOMBINACION Y TRANSPOSICION. Estas reacciones involucran a dos moléeculas de ADN, o a dos regiones de una misma molécula de ADN. También ocurren en moculas de ARN duplex (virus).

1) Recombinación homóloga o general: Ocurre mediante el intercambio de hebras entre

moléculas de ADN con largas regiones de secuencia similar (homólogas). Resulta en nuevas moléculas de ADN

- Mezcla de genes durante la meiosis en eucariotes (crosssing over) o luego de conjugación en procariotes

- Reparacn del ADN (utilización de la información de una molécula homóloga

2) Recombinación entre sitios específicos: Involucra intercambio de hebras entre secuencias específicas que incluyen un corto trecho de homología. Puede resultar en:

a) Integración de una molécula de ADN en otra

b) Deleción de un segmento de una molécula de ADN

c) Inversión de un segmento dentro de una molécula de ADN

d) Duplicación de un segmento en una molécula de ADN

3) Transposición: Migración de un segmento de ADN de una molécula a otra o entre dos sitios de la misma molécula. Puede ocurrir por recombinación entre sitios específicos, por mecanismos que no requieren homología en la secuencia del ADN o a través de intermediarios de ARN (retrotransposición). Los elementos genéticos de alta movilidad se conocen como transposones (o retrotransposones).

El crossing over ocurre por recombinación homóloga.

El crossing over ocurre por recombinación homóloga.

Mecanismo de recombinación homóloga (Modelo de Holloway)

Mecanismo de recombinación homóloga (Modelo de Holloway) a) Dos moléculas de ADN duplex se alinean en
Mecanismo de recombinación homóloga (Modelo de Holloway) a) Dos moléculas de ADN duplex se alinean en

a) Dos moléculas de ADN

duplex se alinean en regiones homólogas

b) Una hebra es cortada en

cada duplex

c) Las hebras cortadas son

intercambiadas entre los duplex

d) El intercambio continúa

(migración de la

ramificación)

e) Los cortes son ligados (intermediario de Holliday)

f) Otra vista del intermediario

g) Otra visión del intermediario de Holliday se

observa por la rotación de la parte inferior de la estructura h e i) El intermediario puede ser resuelto de dos

maneras: por un corte horizontal o un corte vertical. j) El producto del corte horizontal resulta sólo en un intercambio de hebras localizado en una región generalmente pequeña

k) El corte vertical, por otro lado, resulta en el

intercambio de regiones enteras entre ambas moléculas de ADN. Los genomas se recombinaron

Varias enzimas catalizan la recombinación general en E. Coli. El proceso requiere del corte y ligado de dos hebras, y del intercambio de hebras entre duplex homólogos

y del intercambio de hebras entre duplex homólogos L a pro teí na R ec BCD

La proteína RecBCD es responsable de la generación de ADN de simple hebra para la recombinación

homólogos L a pro teí na R ec BCD es responsable de la generación de ADN

La proteína Rec A promueve el intercambio de hebras entre las moléculas de ADN homólogas Rec A puede producir la asimilación de una hebra simple en un duplex siempre que una de las moléculas reaccionantes tenga un extremo libre (abajo) Rec A puede mediar el intercambio de hebras entre un duplex parcial y un duplex entero. Esto genera la estructura del intermediario de recombinación o unión de Holliday (a la derecha)

de recombinación o unión de Holliday (a la derecha) Una estructura de triple hebra es intermed
de recombinación o unión de Holliday (a la derecha) Una estructura de triple hebra es intermed
de recombinación o unión de Holliday (a la derecha) Una estructura de triple hebra es intermed

Una estructura de triple hebra es intermediaria en el intercambio catalizado por Rec A

Ruv AB es un complejo asimétrico que promueve la migración de la ramificación en la unión de Holliday

la migración de la ramificación en la unión de Holliday En la última etapa, Ruv C

En la última etapa, Ruv C se encarga de clivar el intermediario de Hollyday

En levaduras, la generación de ADN de hebra simple para la recombinación involucra el clivaje de ambas hebras por Sp11, la que queda transitoriamente unida por enlace covalente al ADN.

el clivaj e de ambas heb ras por Sp11, la que queda transitoriamente unida por en

La conversión de genes ocurre por un proceso de recombinación

La conversión de genes ocurre por un proceso de recombinación

Rec A también regula la transcrip- ción de genes para la reparación del ADN En presencia de ssADN, recA activa la autoproteólisis del represor transcripcional lexA

para la reparación d e l ADN En presencia de ssADN, recA activa la autoproteólisis del
para la reparación d e l ADN En presencia de ssADN, recA activa la autoproteólisis del
Si el daño es i rrepara bl e , l as bacterias pueden hacer síntesis

Si el daño es irreparable, las bacterias pueden hacer síntesis de ADN translesn

En bacterias, la replicación se detiene sobre la hebra molde dañada, pero continúa sobre la otra hebra. Dependiendo del daño, la reparación puede hacerse por un mecanismo recombinacional o un mecanismo sujeto a errores

Dependiendo del daño, la reparación puede hacerse por un mecanismo recombinacional o un mecanismo sujeto a

Modelos de reparación recombinatorial de daños y brechas en el ADN que detienen la maquinaria replicativa

Modelos de reparación recomb inat orial de daños y brechas en el ADN que detienen la
Las enzimas que catalizan la recombinación general pueden catalizar todas las etapas de recombinación necesarias
Las enzimas que catalizan la recombinación general pueden
catalizar todas las etapas de recombinación necesarias en la
reparación de ADN dañado
recombinación general pueden catalizar todas las etapas de recombinación necesarias en la reparación de ADN dañado
recombinación general pueden catalizar todas las etapas de recombinación necesarias en la reparación de ADN dañado
Reparación de daños que involucran a ambas hebras del ADN en eucariotes. El daño produce
Reparación de daños que
involucran a ambas hebras
del ADN en eucariotes.
El daño produce la activación
de ATM (ataxia-telangiectasia
mutated) quinasa, lo que
resulta en la inducción de la
expresión de las proteínas
intervinientes en los
mecanismos de reparación
Reparación de una
brecha en la doble hebra
de ADN por un
mecanismo
recombinacional
(izquierda) o por la
unión de los extremos
sujeta a errores (debajo)

Recombinación entre sitios específicos

Secuencias repetidas: El resultado de recombinación entre secuencias repetidas en una misma molécula de ADN depende de la orientación relativa de las mismas, resultando en la deleción o la inversión del fragmento que queda entre las repeticiones

la inversión del fragmento que queda entre las repeticiones - El proceso inverso al de la
la inversión del fragmento que queda entre las repeticiones - El proceso inverso al de la

- El proceso inverso al de la izquierda resulta en la integración de una molécula de ADN circular en una lineal dejando las repeticiones directas de las secuencias homólogas

La recombinación entre secuencias homólogas de regiones diferentes de cromosomas hermanos (crossing over desigual) resulta en la duplicación o la deleción de un segmento de ADN

en la duplicación o la deleción de un segmento de ADN Por crossing-over desigual se ori

Por crossing-over desigual se originaron algunos defectos genéticos

Una de las causas de la hipercolesterolemia familiar se originó por un error en el crossing over en alguna meiosis ocurrida muchas generaciones atrás.

familiar se originó por un error en el crossing over en alguna meiosis ocurrida muchas generaciones

Elementos genéticos móviles en bacterias:

Tipo

Tamaño (Kb)

Características

.

Fagos lisogénicos Lambda

48

Algunos llevan genes bacterianos además de los virales

Mu

38

Todos llevan fragmentos del genoma bacteriano

Plásmidos: moléculas de ADN circular con origen de replicación (replicación autónoma)

Factor F (fertilidad)

93

Confiere masculinidad, transmisible por conjugacn

Factor F’

>100

Llevan genes bacterianos, además del factor F

Factor R (resistencia)

4-117

Llevan genes de resistencia a drogas y antibióticos, algunos tienen genes F

Factores colicinogénicos

6-141

Llevan genes para producir colicina (una toxina), pueden tener genes F.

Secuencias de inserción (IS)

0,8-1,4

Genes flanqueados por estas secuencias constituyen

transposones. Son áltamente móviles y pueden ser transpuestos

Mecanismos de transposición o integración:

Tipo

Características

Enzimas requeridas

Ejemplos

Conservativo No replicativo Replicativo Retrotransposición Recombinación r

ípr

Sin duplicación de secuencia blanco Duplicación de secuencia blanco Duplicación de secuencia blanco Via ARN Intercambio de hebras entre regio- n

n h mól

d

u

n

i

Integrasas, (Escionasas) Transposasa Transposasa y resolvasa Retrotranscriptasa Sistema de recombinación l

n

r

g

fago lambda, episomas IS, Tn10, Tn5 fago Mu, TnA. Retrovirus, retroposones Sec. repetitivas (Alu, LINES, SINES)

Mecanismos generales de transposición

Transposición conservativa

generales de transposición Transposición conservativa Transposición no replicativa - La transposición

Transposición no replicativa

- La transposición conservativa involucra el

movimiento directo sin pérdina de enlaces nucleotídicos - La transposición no replicativa deja una brecha en el donor cuando el transposón se mueve al receptor. Esta brecha puede ser letal si no es reparada. El sitio blanco del receptor es duplicado

- La transposición replicativa crea una copia

del transposón, la que se inserta en el sitio

receptor. No hay cambios en el donor y el sitio blanco del donor es duplicado

Transposición replicativa

en el sitio receptor. No hay cambios en el donor y el sitio blanco del donor

Integración conservativa de fago lambda en cromosomas bacterianos

Integración conservativa de fago lambda en cromosomas bacterianos
Mecanismos de transposición replicativa y no replicativa. Transposasas y resolvasas Una estructura entrecruzada

Mecanismos de transposición replicativa y no replicativa. Transposasas y resolvasas

Una estructura entrecruzada formada por la transposasa es un intermediario común para los mecanismos replicativo y no replicativo. El mecanismo replicativo necesita de una segunda enzima, la resolvasa

para los mecanismos replicativo y no replicativo. El mecanismo replicativo necesita de una segunda enzima, la

Movilización de genes bacterianos por plásmidos. Importancia para la transferencia de resistencia a drogas y antibióticos

la transferencia de resistencia a drogas y antibióticos transferencia de ADN por conjugación desde la bacteria

transferencia de ADN por conjugación desde la bacteria que lo contiene (F+) a una aceptora (F-). Una hebra del plásmido es cortada y es desplazada por la síntesis de una nueva. La hebra desplazada ingresa a la otra célula y alli es usada como molde para la síntesis de la hebra complementaria. La bacteria aceptora (inicialmente F-) se convierte en F+ con capacidad donante.

(inicialmente F-) se convierte en F+ con capacidad donante. Eventualmente (1 en 10 5 /generación), un

Eventualmente (1 en 10 5 /generación), un factor F puede integrarse al cromosoma bacteriano generando un cromosoma Hfr transferible por conjugación. El cromosoma Hfr transferido puede recombinarse con el cromosoma del receptor. Con la misma frecuencia que la integración, el factor F puede ser escindido del cromosoma Hfr. La escición puede ocurrir en sitios diferentes de la integración resultando en un plásmido (F’) con genes del cromosoma bacteriano. La transferencia de F’ transforma a la célula receptora en diploidea en esos genes.

Factor

F:

Factor F: Plásmido con genes que permiten la

Plásmido

con

genes

que

permiten

la

La resistencia a múltiples antibióticos se debe a plásmidos con factor R. Algunos tienen además los genes de transferencia (factor RTF) que les permiten transferir la resistencia por conjugación. Estos pueden ser transferidos aún entre bacterias de diferentes especies. A menudo los genes R están separados por secuencias de inserción (IS)

genes R están separados por secuencias de inserción (IS) Otros pequeños plásmidos con genes R carecen

Otros pequeños plásmidos con genes R carecen de genes RTF, pero pueden contener transposones simples (IS) lo que les permite una alta frecuencia de transposición a plásmidos o al cromosoma bacteriano. Varios de estos plásmidos pueden integrarse con factores F (o genes RTF) para dar factores R infecciosos y con resistencia a múltiples antibióticos.

integrarse con factores F (o genes RTF) para dar factores R infecciosos y con resistencia a

TRANSPOSONES Las secuencias de inserción (IS) son transposones simples con repeticiones terminales invertidas. Su inserción genera la repetición directa del sitio blanco

Su inserción genera la repetición directa del sitio blanco Transposones simples (solo tienen genes para enzimas

Transposones simples (solo tienen genes para enzimas que catalizan la transposición)

Algunos pueden tener genes no funcionales, pero aún así pueden llegar a ser reconocidos como sustratos por enzimas producidas por transposones vecinos

Tipo

Sitio blanco

Rep. Inv.

IS1

9 pb

23 pb

Longitud total 768 pb 1327 pb 1428 pb 1195 pb 1329 pb 1531 pb 1057 pb

IS2

5 pb

41 pb

IS4

11-13 pb

18 pb

IS5

4 pb

16 pb

IS10R

9 pb

22 pb

IS50

9 pb

9 pb

IS903

9 pb

18 pb

Los transposones compuestos están formados por módulos IS a ambos lados de genes marcadores (para toxinas, resistencia a drogas o antibióticos)

(para toxinas, resistencia a drogas o antibióticos) Transposón ISL Marcador ISR _ Tn903 IS903 funcional

Transposón

ISL

Marcador

ISR

_

Tn903

IS903 funcional

kan R

IS903funcional

Tn10

IS10 no funcional

tet R

IS10 funcional

Tn5

IS50 no funcional

kan R

IS50 funcional

Si un transposón compuesto es parte de una pequeña molécula circular, hay dos posibilidades de movilización

Si un transposón compuesto es parte de una pequeña molécula circular, hay dos posibilidades de movilización
Si un transposón compuesto es parte de una pequeña molécula circular, hay dos posibilidades de movilización

Transposición por retrotranscripción

Estructura comparativa de retroposones y retrovirus

Retroposones: Son los elementos transponibles más comunes en eucariotes

Son los elementos transponibles más comunes en eucariotes   Tipos Superfamilia viral Ty (S. Cerevisiae)
 

Tipos

Superfamilia viral Ty (S. Cerevisiae) Copia (D. melanogaster) LINES Pseudogenes procesados de transcriptos de ARNpol II

Superfamilia no viral SINES / repeticiones Alu Pseudogenes procesados de transcriptos de ARNpol III

Comunes

Terminales

LTR

Sin repeticiones

Genes

Retrotranscriptasa y/o integrasa Otras ORF

Ninguno o que no cofifican ARNm

Sitio blanco

4-6 pb

7-21 pb

Organización Pueden contener intrones

Sin intrones

La transposición de los retroposones requiere de las enzimas retrovirales retrotranscriptasa e integrasa

La transposición de los retroposones requiere de las enzimas retrovirales retrotranscriptasa e integrasa

La transposición de los retroposones requiere de las enzimas retrovirales retrotranscriptasa e integrasa
La transposición de los retroposones requiere de las enzimas retrovirales retrotranscriptasa e integrasa

Retrotransposición de elementos sin LTR

Retrotransposición de elementos sin LTR Pseudogenes procesados: La retrotransposición de transcriptos de ARN pol II

Pseudogenes procesados: La retrotransposición de transcriptos de ARN pol II resulta en elementos inactivos por carecer de promotores, pero algunos de ARN pol III pueden ser activos por tener promotores internos

inactivos por carecer de promotores, pero algunos de ARN pol III pueden ser activos po r

Mecanismo de la retrotranscripción

Mecanismo de la retrotranscripción

La transposición juega un rol importante en la evolución permitiendo el intercambio de exones entre genes

La transposición juega un rol importante en la evolución permitiendo el intercambio de exones entre genes

Muchos proto-oncogenes son activados por reordenamiento genómico: a) Inserción de retroposones o retrovirus sin oncogenes (c-myc, c-erbB, c-myb, c-mos, c-H-ras, c-raf), b) Translocación cromosómica (c-myc, c-abl), c) Amplificación (c-myc) Transposición programada: Desarrollo en plantas, insectos y mamíferos (sistema immunitario). Cambio de expresión de antígenos en parásitos (Tripanosomas) y bacterias (Salmonella)

Un segmento de ADN es invertido en la regulación de la expresión de los genes de flagelinas en Salmonella

Un segmento de ADN es invertido en la regulación de la expresión de los genes de
Recombinación programada en el desarrollo del sistema inmune ~3000 cadenas livianas son generadas que se
Recombinación
programada en el
desarrollo del sistema
inmune
~3000 cadenas livianas son
generadas que se combinarán
con ~5000 cadenas pesadas

Mecanismo de recombinación entre los segmentos V y J

Mecanismo de recombinación entre los segmentos V y J