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Los elementos transposables son fragmentos de DNA que pueden cambiar su posición en el
genoma. Algunos elementos se transposan mediante intermediarios de DNA (clase I),
mientras que otros se transposan mediante RNA (clase II o "retrotransposones").
ELEMENTOS TRANSPONIBLES
Los elementos transponibles que contienen genes adicionales, a parte de los necesarios para
la transposición se denominan TRANSPOSONES. Dentro de esta categoría se incluyen los
transposones compuestos de procariotas, família Tn3 (importante por la resistencia a
antibióticos), elemento P de Drosophila, secuencias Alu de mamíferos, retrotransposones
Clasificación
I.I PROCARIOTAS
Elementos IS (Is1, IS2, IS3, IS30, IS200, etc)
Sistemas de inversión
I.II. EUCARIOTAS
Elementos controladores del Zea mays (Ac, Mu, Sm, etc)
Elementos P de Drosophila
CLASE II: MEDIANTE RNA
II.II EUCARIOTAS
Superfamília vírica
Superfamília no vírica
de la polimerasa II
ELEMENTOS IS
Los elementos de secuencias de inserción (IS) son segmentos de DNA que pueden moverse
de una posición cromosómica a otra del mismo cromosoma o diferente. Cuando los IS
aparecen en el medio de los genes, pueden interrumpir la secuencia codificante e inactivar
la expresión del gen. Fueron descubiertos por primera vez en E.Coli en el operon gal y son
los transposones más simples. Tienen entre 700 y 1500 pb y se han encontrado en
eubacterias y arqueobacterias. También son frecuentes en bacteriófagos y plásmidos.
Estructura
La estructura es variada. Los extremos tienen repeticiones inversas, pero también los hay
sin, como IS200. Son las repeticiones invertidas las que indican a la transposasa que
estos son los extremos del IS mientras que la región central contiene un gen o genes para la
transposición. El sitio diana, al que se desplaza el elemento transponible, es una repetición
directa que flanquea el elemento IS después de la inserción. Estas repeticiones se forman
durante los procesos de reparación en que los extremos de las cadenas sencillas pasan a ser
cadenas dobles. Cuando se secuencia el DNA, el patrón de una repetición directa que
flanquea a los dos lados una IR (secuencia de inserción invertida) indica que estamos
delante de un elemento transponible.
Muchos tienen un ORF que ocupa casi todo el elemento y una serie de ORFs más
pequeños, superpuestos a la cadena complementaria.. La abundancia de ORFs indica que
los IS tienen tendencia a comprimir su información genética mínimamente. También se
conocen ejemplos de codones alternativos para iniciar la traducción, y cambios de fase
programados, parecidos al sistema gap-pol de retrovirus.
Las proteínas necesarias para la transposición sueles ser codificadas por uno o dos de los
ORFs largos. El caso más corriente es la existencia de un solo enzima de transposición:
TRANSPOSASA. Los otros ORFs codifican para proteínas reguladoras u otras
desconocidas. También hay IS que codifican RNAs no traducibles.
TRANSPOSONES PROCARIOTAS
Como se puede observar en la tabla de clasificación de los elementos transponibles, en
procariotas encontramos diversos elementos móviles, entre los cuáles IS de las que ya
hemos hablado y a la vez, y también de relevancia, transposones compuestos, fagos,
sistemas de inversión, etc.
Transposones compuestos
Constan de una región central rodeada por dos IS, esta región central contiene genes
bacterianos, frecuentemente loci de resistencia a antibióticos. Éstos son los más conocidos,
pero también hay muchos más
Por ejemplo, Tn5 está formado por dos secuencias IS50 invertidas y una región central que
contiene genes de resistencia a kanamicina, estreptomicina y bleomicina. Mientras que Tn3
contiene el gen bacteriano de la ß-lactamasa que confiere resistencia a penicilina, formado
por repeticiones terminales y no por IS.
En principio, siempre que dos copias de una IS se situen relativamente cerca se forma un
transposón compuesto, ya que el conjunto de las IS y la secuencia central puede funcionar
como una unidad. Los elementos IS de los extremos pueden ser iguales o diferentes, tener
la misma o diferente orientación, o parecerse a otros IS conocidos. La estructura de los
transposones compuestos es muy simplista porque en casos naturales una de las dos IS es
inactiva.
TRANSPOSONES EUCARIOTAS
En eucariotas, los elementos de clase I más conocidos a nivel molecular son los del maíz y
los de Drosophila porque son los más estudiados desde hace ya varias décadas. Al igual que
en procariotas, estos transposones se han encontrado en prácticamente todos los genomas
donde se han encontrado.
Maíz
En el maíz, los más conocidos pertenecen a las familias En/Spm (enhancer/Supressor-
mutator) y Ac (Activator). Son transposones relativamente sencillos, no muy diferentes a
los de una IS bacteriana y tienen repeticiones invertidas en los extremos. Además también
hay elementos defectivos de las dos familias, conocidos como dSpm y Ds. Estas copias
defectivas pueden ser complementarias en trans por sus patrones silvestres. Algunos
elementos defectivos Ds pueden funcionar como intrones, y por lo tanto, ser eliminados del
mRNA. Este detalle probablemente los emparienta con los intrones, especialmente por los
intrones móviles descritos por Bernard Dujon.
Drosophila
Alrededor del 10% del genoma de Drosophila podría estar compuesto de secuencias de
DNA repetitivas que se mueven como elementos discretos. Se han caracterizado tres tipos
de transposones: los elementos P, copia-like y FB.
Elementos P
En Drosophila, los transposones más intrigantes y útiles para los genetistas son los
elementos P, que fueron descubiertos como resultado del estudio de la DISGÉNESIS
HÍBRIDA, un fenómeno que ocurre cuando hembras de laboratorio son cruzadas con
machos de poblaciones naturales. En estos cruces, las hembras tienen un citotipo M (sin
transposasa ni su receptor), y los machos un citotipo P (con transposasa y su respectivo
receptor).
hembras M x machos P
F1 : estériles
La progenie muestra un sorprendente fenotipo que se manifiesta en la células germinales,
incluyendo esterilidad, un alto nivel de mutación, y una alta frecuencia de aberraciones
cromosómicas y no disyunción. Esta progenie híbrida es disgénica, o biológicamente
deficiente ( de aquí la expresión disgénesis híbrida ). A la vez, el cruce recíproco de
hembras P x machos M no produce disgénesis.
Un alto porcentaje de los disgénicos induce mutaciones inestables, por ello revierten a un
fenotipo salvaje o a otros alelos mutantes de frecuencia alta. Esta inestabilidad es
restringida a la línea germinal de citotipo M. Esto confirma la hipótesis de que las
mutaciones son causadas por la inserción de DNA foráneo en genes específicos,
haciéndolos inactivos. De acuerdo con esta hipótesis, la reversión resultaría de la
espontánea escisión de las secuencias insertadas. Esta observación ha sido probada en el
locus white de Drosophila, dando lugar a un cambio de color en los ojos. La sólida
explicación de la disgénesis híbrida es que los elementos P tienen a la vez productos de
transposasa y P-represores. La transposasa es responsable de la movilización de los
elementos P, mientras que el represor previene la producción de la transposasa, bloqueando
la transposición del elemento. En el citotipo P, el número elevado de copias provoca una
abundante producción del represor, así que los elementos P son movilizados. Por esta
razón, en el cruce de la disgénesis híbrida al no haber represor (citotipo M) se sintetiza
mucha transposasa, más que represor, y se moviliza por todo el genoma, entrando un cierto
número de copias del elemento P en el óvulo, causando daño que se manifiesta en la
disgénesis híbrida.
A parte de esto, los elementos P son la mayor herramienta para los genética moderna de
Drosophila, usados para etiquetar genes para clonación e insertar genes transgénicamente.
Elementos copia-like
Los elementos copia-like constituyen como mínimo siete familias,, de tamaño entre 5 y 8.5
Kb. Aparecen de 10 a 100 posiciones y su estructura es similar a Ty de levaduras. Estos
elementos pueden causar una duplicación o inserción de un número característico de pb.
Por ejemplo, la mutación white-apricot para el color de los ojos es causado por la inserción
de un elemento de esta familia en el locus white.
Elementos FB
Los elementos FB oscilan entre un tamaño de 100 a 1000 pb. Estos elementos tienen
secuencias homólogas, pero también tienen secuencias diferentes. También poseen
repeticiones invertidas en los extremos. A veces, todo el elemento consiste en repeticiones
invertidas, pero una secuencia central separa las repeticiones en otros elementos. En cada
caso, los FB pueden "fold back" (plegarse) sobre sí mismos, de ahí su nombre FB. Algunos
FB pueden "saltar" del genoma y promover reordenaciones cromosómicas, de hecho, varias
mutaciones en Drosophila son causadas por inserciones de FB interrumpiendo la secuencia.
Mamíferos
Aquí es donde entra en escena la basura genética que constituye el 95% del genoma
humano. La mayor parte de esta basura es una auténtica ruina: residuos de virus y
transposones inactivados hace más de 40 millones de años. Pero hay una excepción
llamada Alu.
Los Alu son pequeños transposones, de poco más de 300 bases de longitud. Hay cerca de
un millón de ellos en el genoma, y muchos siguen vivos: todavía se les puede sorprender
saltando. A diferencia de los otros transposones, los Alu tienden a insertarse en la
proximidad de los genes. Y tienen la curiosa propiedad de activarse en respuesta a ciertas
señales muy comunes en las células, incluidas algunas hormonas, y de extender su
activación a los genes adyacentes.
Científicos como Wanda Reynolds, del Centro Sidney Kimmel de San Diego (EEUU), han
propuesto que los Alu pueden ser una fuente esencial de variabilidad evolutiva. Sus saltos
pueden poner muchos genes dispersos por el genoma bajo un nuevo control que los active
un poco más, un poco menos o un poco más tarde. Nunca falta quien tira un diamante a la
basura. Ni quien lo encuentra.
RETROTRANSPOSONES
Los retrotransposones son elementos que se transponen mediante RNA, donde participa la
TRANSCRIPTASA INVERSA. Por ahora, no podemos considerar a la retrotranscripción
como un proceso universal, ya que de momento, pertenece a eucariotas.
Superfamília vírica
Superfamília no vírica
La existencia de DNA sin función conocida es un dilema para los genetistas. Basándonos
en el fenómeno de la selección natural el DNA no funcional (al que podríamos
caracterizarlo, pues, de DNA basura) sería purgado por selección. Por lo tanto, es de
imaginar que es una carga genética, pero este no es un término adecuado. Quizás la función
es un tipo de lastre genético que da volumen al cromosoma para permitir una eficiente
división o quizás para separar genes para su perfecta regulación. Al mismo tiempo este
DNA repetitivo podría haber conseguido una forma de evitar la detección por las fuerzas de
la selección natural. Este DNA ha sido calificado de DNA egoísta, un tipo de DNA que
sólo existe por el hecho de existir y nunca es expuesto a los rigores del fenotipo.
MECANISMOS DE LA TRANSPOSICIÓN
Muchos mecanismos en procariotas son protagonizados por elementos transponibles,
mientras que en eucariotas aún tienen mecanismos adicionales, pero en sí todos los
procesos consisten en una recombinación que coloca el elemento transponible dentro de
una secuencia diana.
PROCARIOTAS
Replicativa
Cuando la transposición se da de un sitio a otro, una copia queda en el primer sitio. Usando
el Tn3 como ejemplo, los científicos agruparon la transposición en dos categoría:
El intermediario es un doble plásmido, uno que contiene el Tn3 y otro que será el diana. Se
fusionan dando como resultado la estructura llamada COINTEGRADO.
Conservativa
Algunos transposones como el Tn10, se escinden del cromosoma y se integran en un sitio
nuevo. En estos casos, no hay replicación de los elementos, y se pierde del sitio original.
Hay elementos que se pueden transponer de las dos formas. Por ejemplo el fago Mu
introduciendo su DNA en el cromosoma de E.coli, si se declina por un ciclo lisogénico hará
una transposición replicativa y si es lítico replicativa. Otro elemento que puede elegir es
IS1, que solo hace conservativa cuando no puede replicarse.
EUCARIOTA
Como hemos visto en el apartado de transposones eucariotas, éstos son de clase II. Los de
clase I están explicados en este apartado, mientras que los de clase II. los retrotransposones
los podemos encontrar en genomas eucariotas siguiendo el proceso de la retrotranscripción:
CONSECUENCIAS GENÉTICAS
La transposición dentro de un gen produce una mutación, generalmente con pérdida total de
función. En los operones, las inserciones producen mutaciones polares, que impiden la
expresión de los genes situados "downstream". Las dianas de muchos transposones son
secuencias cortas y ambiguas lo que provoca que los transposones, como Tn5 y Tn10 o
IS10, puedan insertarse en cualquier parte del genoma.
Una inserción puede afectar la expresión de un gen sin insertarse en la región codificante.
Muchos elementos transponibles llevan promotores que pueden dirigir la transcripción de
un gen cercano al punto de inserción..
Por tanto, el DNA individual de cada especie pude considerarse un enemigo escondido que
puede dar lugar a una siniestro, aunque las estas mutaciones sean nocivas. Pero para la
especie, los transposones es una fuente de polimorfismo, es decir de variación, y por
consiguiente, un motor decisivo para la evolución.
REGULACIÓN
El aumento del número de copias de un elemento móvil puede originar un elevado número
de mutaciones, por esta razón puede ser una carga o un parásito molecular. Pero todos los
elementos móviles conocidos regulan su transposición. Parece obvio ya que la
autoeliminación de la transposición es un requisito imprescindible para el éxito evolutivo
del elemento. Si produce un alto número de mutaciones letales para el huésped pondría en
peligro a su supervivencia.
Los mecanismos de regulación son varios y dependen de que elemento se trate. En algunos
casos, como en los IS la traducción del mRNA es bloqueada por un RNA antimensajero, o
el promotor de la transposasa es inactivado por metilación de adeninas, siendo activo
cuando está hemimetilado. A parte, existe la inactivación de una de las copias del
transposón compuesto y así la síntesis de la transposasa no puede producir transposición
desmesurada.
Otro mecanismo de autocontrol son las dianas de algunos transposones procariotas que se
esconden para la transcripción, la interferencia de la transcripción evita la transposición a
genes que se transcriben a alta frecuencia.
EL GEN EGOÍSTA
En la cima de la evolución, la racionalidad humana parece haber colocado al hombre
también en el tope del narcisismo más puro. Sin embargo, hay quien postula que, al igual
que virus, bacterias, plantas y demás grupos dispersos a lo largo de la escala evolutiva, los
seres humanos no son más que otra de las "máquinas" que utiliza el ADN para propagarse.
En 1976, el zoólogo Richard Dawkins publicó su teoría sobre "genes egoístas", en la que
postula que nuestro ADN hace uso de nosotros, creando un mundo de salvaje competencia,
tiranía, explotación ilegal y trampas biológicas con la única finalidad de prevalecer.
¿Transposones egoístas?
Los conceptos tradicionales de evolución sostienen que para que un gen pueda mantenerse
dentro de una población a través de muchas generaciones, debe ser "positivamente
seleccionado", es decir, debe conferir alguna característica que contribuya a la prevalencia
de su linaje.
Contrariamente, los transposones son el mejor ejemplo de lo que suele llamarse "genes
egoístas", ya que, a pesar de no conferir ventajas adaptativas a los organismos, se
distribuyen con rapidez dentro del genoma. En general, los genes saltarines pueden afectar
la evolución y expresión de los genes de los organismos, así como su estructura y función.
Sin embargo, en la actualidad la evidencia científica apunta hacia la idea de que los
transposones no son ni genes chatarra, ni egoístas, sino que con frecuencia juegan un papel
útil en la evolución.
Entre otras ventajas que los transposones confieren a los genomas está la de ser una fuente
importante de diversidad genética.
Uno de tales criterios está dado por el hecho de que, para que la teoría de Dawkins pueda
ser aplicada, sólo puede hacerse sobre poblaciones de genes perfectamente mezcladas. Una
analogía sería suponer que el color de los ojos en humanos puede ser sólo café, verde o
azul. Para que la teoría de Dawkins pudiera ser aplicada, sería necesario que la proporción
de cada color de ojos en humanos fuera exactamente igual, y que estos tuvieran las mismas
probabilidades de reproducirse entre sí, condiciones nada fáciles de conseguir.
Empero, ésta no es la primera vez que alguien se manifiesta públicamente en contra de la
hipótesis propuesta por Dawkins. El reconocido biólogo Richard Lewontin, el filósofo
Elliott Sober, el zoólogo Stephen Jay Gould y la bióloga Margaret G. Kidwell lo han hecho
en su momento.
Hoy sabemos que el motor son los elementos móviles. El reto de las siguientes décadas es
saber de donde surgen los elementos transponibles, que condiciones ambientales y
genómicas favorecen su aparición y que factores regulan su actividad. Pero ya podemos
avanzar que la imagen de la evolución que surgirá de todos estos conocimientos será aún
más dinámica que la actual.