Cecilia del Carmen Sánchez Armenta

Caracterización microbiológica por técnicas por moleculares.

IMPORTANCIA DE FENOMA VS GENOMA

Se conoce como fenotipo al conjunto de caracteres morfológicos, funcionales,
bioquímicos, conductuales, etc., que presenta un ser vivo. Aunque gran parte del
fenotipo es hereditario, no todo lo es. Por su parte, el genotipo es el conjunto de
genes que presenta un individuo. El genotipo es un conjunto de información
mediante la cual el ser vivo construye su fenotipo, muy frecuentemente estos
genes determinan características que aparecen en el fenotipo; pero hay ocasiones
en que los genes no llegan a manifestarse.
Las micromatrices de ADN y las tecnologías proteómicas permiten a los científicos
detectar genes o proteínas que están corregulados y cuyos patrones de cambio se
correlacionan con algo importante, como un estado de enfermedad. Sin embargo,
no hay garantía de que estos cambios sean realmente significativos para la célula.
Los Microarrays de fenotipo son una tecnología complementaria que proporciona
la información necesaria a nivel celular. Gracias a esta nueva herramienta de
investigación se pueden generar perfiles de expresión génica, que pueden
considerarse como una “huella” de un organismo determinado bajo unas
circunstancias determinadas.
La primera y principal aplicación para la que se han usado los microarrays de ADN
ha sido la generación de perfiles transcripcionales o de expresión génica.
Mediante esta aproximación es posible medir la actividad transcripcional para cada
gen o región génica de un microorganismo, crecido bajo determinadas condiciones
ambientales, pudiendo comparar así los niveles de ARNm en distintas condiciones
de crecimiento. Gracias a este tipo de experimentos se han podido comprender
mejor, las respuestas frente cambios ambientales y la expresión génica global de
los microorganismos. Así, en los últimos años, está ganando aceptación el
concepto de respuesta transcripcional global entendido como un fenotipo
molecular que se expresa bajo unas condiciones ambientales determinadas.
Nevo E. (2001) realizó un estudio que involucra la evolución de la biodiversidad,
sus organismos modelo representan diversos taxones desde bacterias hasta
mamíferos, que fueron expuestos a diferentes tipos de estrés ambiental como
estrés térmico, químico, climático y biótico, estudiados en el campo y en
condiciones críticas de laboratorio. Esto se realizó en un intento por desentrañar la
regularidad, la afinidad y la diferencia de patrones genotípicos y fenotípicos. El
autor plantea qué para responder a los problemas de diversidad en el genoma
codificador y no codificador, no es suficiente medir su diversidad genética. En este
estudio se trata de dilucidar las relaciones recíprocas entre el organismo y el
medio ambiente. El enigma de la diversidad genética y la organización y evolución
genoma-fenoma en la naturaleza ha sido explorado fructíferamente utilizando
técnicas moleculares modernas. Con los resultados obtenidos el autor concluye
que se encontró diversidad genotípica y fenotípica en todas las especies a nivel de
proteínas, ADN y organismos. Además, afirma que la organización genoma-
fenoma en la naturaleza no es aleatoria, está muy estructurada y se correlaciona
con el estrés y la diversidad abiótica y ambiental. Con esto el manifiesta que el
desciframiento del origen y el mantenimiento de la diversidad genética se mejorará
a través de investigaciones centradas en la interfaz entre la ecología y la
genómica. Las pruebas críticas y las fuertes referencias a la naturaleza de los
factores bióticos y bióticos incluyen experimentos de trasplante a microescalas y
macroescalas, para desentrañar la organización del genoma y la aptitud en
entornos contrastantes y cambiantes, y relacionar la genómica con la fenómica.
Dado sus resultados, el autor sugiere que el genoma no codificador y regulador
debería convertirse en un objetivo central para comprender la evolución.
Los Microarrays Fenotípicos representan la tercera tecnología más relevante, junto
con los microarrays de ADN y las tecnologías proteómicas, en la investigación
biológica actual. Así como los Microarrays de ADN y las Tecnologías Proteómicas
han hecho posible ensayar miles de genes o proteínas a la vez, los Microarrays
Fenotípicos permiten medir cuantitativamente miles de fenotipos celulares a la
vez. A través de la cuantificación completa y precisa de fenotipos, los
investigadores son capaces de obtener una perspectiva objetiva del efecto sobre
las células de las diferencias genéticas, cambios ambientales, y la exposición a las
drogas y productos químicos. Esta tecnología permite correlacionar genotipos con
fenotipos, determinar las propiedades metabólicas y de sensibilidad química de
una célula, descubrir nuevas dianas para compuestos antimicrobianos, optimizar
las líneas celulares y condiciones de cultivo en el desarrollo de bioprocesos y,
caracterizar fenotipos de células para estudios taxonómicos o epidemiológicos
Farrugia et. al, (2013) publicaron un estudio sobre el genoma y fenoma completo
de una comunidad de Acinetobacter baumannii adquirida. Muchas cepas
secuenciadas de Acinetobacter baumannii son patógenos nosocomiales
establecidos capaces de resistir múltiples antimicrobianos. En contraste, A.
baumannii adquirido en la comunidad comprende una proporción menor de todas
las infecciones por A. baumannii y es altamente susceptible al tratamiento
antimicrobiano. Sin embargo, estas infecciones también presentan
manifestaciones clínicas agudas asociadas con altas tasas de mortalidad
reportadas.
Se determinó que el genoma completo de A. baumannii D1279779 consistía en un
cromosoma circular de 3704285 pb (3.70Mbp) y un plásmido de 7416 pb,
denominado pD1279779. Se anotaron un total de 3479 genes en el cromosoma,
incluidos 65 tRNAs, 6 operones de rRNA y 3388 secuencias de codificación de
proteínas predichas (CDS), que incluyeron 1019 CDS anotados (30%) predichos
para codificar proteínas hipotéticas. El plásmido pD1279779, a diferencia de
muchos plásmidos de A. baumannii secuenciados previamente, no codifica
ninguna secuencia de inserción o genes implicados en la resistencia a los
antimicrobianos. El plásmido pD1279779 parece ser de origen mosaico, con un
gen repA de replicación que comparte una identidad de secuencia de nucleótidos
del 100% con el plásmido p203 de A. baumannii y un segmento de 2609 pb que
comparte una identidad de nucleótidos del 99% con una región de la resistencia al
peróxido orgánico no relacionada de otra manera plásmido pMAC de A. baumannii
ATCC 19606 .Los fenomas de A. baumannii D1279779 y tres cepas nosocomiales,
ACICU, ATCC 17978 y AYE, se analizaron con el sistema Biolog Phenotype
MicroArrayTM (PM) para identificar compuestos que podrían servir como carbono
único o fuentes de nitrógeno. Además, también se investigaron las sensibilidades
a las condiciones de estrés y diversos compuestos antimicrobianos.
En los resultados se encontraron una aparente contradicción entre el genoma, los
datos de microarrays de fenotipos y los ensayos de crecimiento. Algunas de las
diferencias observadas en la utilización de carbono y nitrógeno entre las cepas no
se pudieron explicar a nivel genético. Esto podría deberse a diferencias en la
regulación, la actividad de transporte de membrana o la presencia de nuevas vías
catabólicas no caracterizadas.
La osmotolerancia, la tolerancia al pH y la resistencia a los antimicrobianos de las
cuatro cepas de A. baumannii también se examinaron con Biolog Phenotype
MicroArrays. Se descubrió que A. baumannii ACICU y ATCC 17978 eran más
sensibles al pH ácido y solo podían desaminar un número limitado de compuestos
a pH 4.5. Las cuatro cepas de A. baumannii mostraron una alta resistencia
intrínseca a muchos compuestos antimicrobianos. Las cepas D1279779 y ATCC
17978 fueron notablemente más susceptible a una variedad de antibióticos
clínicamente importantes, incluidos los betalactámicos y las tetraciclinas. Los
niveles más altos de resistencia de A. baumannii ACICU y AYE hacia
betalactámicos y sulfonamidas probablemente se deban a determinantes de
resistencia codificados dentro de sus respectivos elementos AbaR, así como al
plásmido de resistencia a carbapenem pACICU1. Aunque ATCC 17978 también
era resistente a las sulfonamidas, es probable que esta resistencia esté codificada
en una isla genómica separada. La cepa AYE codifica dos bombas de eflujo de
resistencia a la tetraciclina TetA, aunque en el caso de ACICU, no hay genes
caracterizados de resistencia a la tetraciclina; La resistencia observada puede
deberse a la función de otras bombas de eflujo.
Las pruebas fenotípicas de A. baumannii nosocomial sugieren que el
estrechamiento de las capacidades de utilización del sustrato y la expansión de los
perfiles de resistencia a los fármacos en linajes clonales globales ICI e ICII ha
contribuido a su éxito en el medio nosocomial. El análisis genómico del aislado
CAAB D1279779 reveló la ausencia de la isla AbaR común a los aislamientos
nosocomiales. Sin embargo, D1279779 comprende 24 RGP novedosas que
codifican funciones catabólicas, biosíntesis de polisacáridos y muchas proteínas
hipotéticas de función desconocida
La filogenia microbiana basada en el ARNr/DNAr es capaz de clasificar a los
microorganismos con precisión hasta el nivel de especie. Sin embargo, el
fenómeno de la transferencia lateral de genes es un mecanismo muy importante
de evolución en los procariotas, complicando los análisis filogenéticos que se
basan en el estudio de unos pocos genes. La variabilidad genética entre cepas
adaptadas a un microambiente hospedador específico, da como resultado
diferencias fenotípicas entre biotipos comensales no patógenos y biotipos
virulentos. La comparación de cepas mediante la hibridación del DNA genómico
con microarrays (genotipado) es una nueva aproximación frente a la
secuenciación completa de docenas de cepas. Las comparaciones genómicas
entre cepas de la misma especie con diferente grado de patogenicidad informan
sobre los genes necesarios para la virulencia o la adaptación a un nicho
hospedador-específico; éste el caso de las islas de patogenicidad, que codifican
factores de virulencia. La comparación mediante microarrays de ADN de genomas
secuenciados completamente y genomas no secuenciados, pero próximos
filogenéticamente, proporciona valiosa información sobre la diversidad y la
evolución de patógenos y comensales.
Varios ejemplos pioneros de la genómica comparativa basada en la hibridación
con microarrays de ADN, son los estudios realizados sobre las variaciones en el
genoma para: diferentes cepas de Helicobacter pylori Salama et al. (2000);
diferentes aislados de Streptococcus pneumoniae Hakenbeck et al. (2001) y entre
M. tuberculosis, M. bovis y los Bacilos de Calmette-Guérin (BCG) Behr et al.
(1999). Otros estudios han demostrado que la hibridación genómica con
microarrays de ORFs puede ser una buena aproximación para la búsqueda de
nuevos genes en un organismo no secuenciado, mediante una hibridación
heteróloga de su DNA genómico con un microarray en el que se representan todos
los ORFs de otro microorganismo secuenciado de distinta especie, pero
filogenéticamente próximo Dong et al. (2001).
Conocer el genoma de un microorganismo es una herramienta de suma
importancia para llevar a cabo su caracterización, sin embargo esto solo nos
presenta la potencialidad que tiene el microorganismo al contener regiones
especificas en su contenido genético, para tener un entendimiento más completo
no es suficiente solo conocer que genes contiene sino cuales expresa, es aquí
donde entra la importancia del fenoma, si bien, un microorganismo tiene en su
contenido genético una amplia capacidad de factores, son aquellos que expresa
los que tienen mayor relevancia. La unión entre el conocimiento del tipo contenido
genético y cómo este es expresado es lo que nos puede permitir una
caracterización mas robusta de un microorganismo.
Nevo E. (2001). Evolution of genome–phenome diversity under environmental
stress.
Farrugia D., et al (2013). The Complete Genome and Phenome of a
CommunityAcquired Acineto bacterbaumannii.
Biolog (2019). Phenotype MicroArrays for Microbial Cells.