The origin of

Metazoa: a
unicellular
perspective
The origin of
Metazoa: a
unicellular
perspective
The origin of Metazoa: A unicellular perspective
 No existe una prueba directa del origen de los metazoos a partir de los
protozoos, pero tal [un] origen además de ser necesario por el principio de evolución
está fuertemente indicado por los hechos del desarrollo embrionario, en el que cada
metazoo pasa de un acelular a un condición celular ”, escribió Libbie H. Hyman en
su libro de 1940, The Invertebrates: Protozoa Through Ctenophora1. Más de 75 años
después de las palabras de Hyman, ahora tenemos pruebas directas de que los
animales evolucionaron de un ancestro protista. No solo eso, sino que ahora sabemos
que la multicelularidad se ha adquirido varias veces de forma independiente dentro
del árbol de eucariotas, incluso en hongos, en plantas, en los diferentes tipos de algas
y en mohos de limo (RECUADRO 1; FIG. 1) . Los organismos multicelulares
no solo crecen más que los organismos unicelulares, sino que también tienen la
capacidad de realizar diferentes funciones celulares al mismo tiempo debido a la
división espacialmente organizada y regulada del trabajo2–4. Por lo tanto, la
pregunta ahora no es si los animales evolucionaron a partir de un ancestro protista,
sino cuándo y si este ancestro unicelular poseía características que sabemos que son
importantes en la formación y funcionamiento de los tipos de células animales
existentes y los planos corporales. El origen de los animales se ha centrado en
determinar la naturaleza del ancestro compartido de todos los animales
contemporáneos. Aunque los estudios comparativos entre animales bilaterianos y
animales no bilaterianos (esponjas, ctenóforos, placozoos y cnidarios) han
proporcionado importantes conocimientos sobre las características del último
ancestro común de los metazoos (Urmetazoa) 5–10, este enfoque es insuficiente
como medio para mejorar Nuestra comprensión de los orígenes animales. Para
descifrar cómo tuvo lugar esta transición, también necesitamos dilucidar la
naturaleza del ancestro unicelular de los animales. Solo al tener algún conocimiento
de la naturaleza tanto del antepasado unicelular como del primer animal podemos
entender completamente la transición unicelular a multicelular. Dado que no existe
un registro fósil del ancestro unicelular o de los pasos iniciales en la evolución de la
multicelularidad animal, la única forma en que podemos hacer esto es estudiando los
parientes unicelulares existentes más cercanos de los animales y comparándolos con
los animales. Examinamos cómo los estudios comparativos de los parientes
unicelulares más cercanos de Metazoa han revolucionado nuestra comprensión del
ancestro unicelular de los animales y, en consecuencia, de la transición unicelular a
multicelular. Primero, describimos las relaciones filogenéticas entre animales y otros
eucariotas. A continuación, explicamos cómo los estudios comparativos de genómica
han proporcionado una reconstrucción detallada del repertorio de genes del ancestro
protista de los animales. Luego revisamos cómo los estudios que abordan la biología
celular y reguladora de parientes animales nos han permitido inferir algunos de los
rasgos biológicos de este ancestro unicelular. En base a estas últimas
reconstrucciones, desarrollamos aún más la hipótesis propuesta por Zakhvatkin11,
que más recientemente ha sido ampliada por Mikhailov et al.12, quienes sugirieron
que existía una diferenciación celular regulada temporalmente en el ancestro
unicelular de los animales y que los animales se originaron a través del espacio-
temporal. integración de estos tipos de células preexistentes. Finalmente, discutimos
cómo estos resultados plantean preguntas nuevas y emocionantes, y proponemos vías
de investigación para abordarlos.
 Animales entre los eucariotas

Un marco filogenético fuertemente respaldado es clave para abordar

cualquier cuestión evolutiva. Así, el primer paso hacia la comprensión del ancestro
unicelular de los animales fue la identificación de los parientes unicelulares
existentes de los animales.

Basándose únicamente en la similitud morfológica, fue difícil identificar a los

prototipos unicelulares que podrían ser parientes cercanos de los animales y que, por
lo tanto, podrían arrojar luz sobre los orígenes de los animales. La excepción son los
coanoflagelados, que se han considerado parientes cercanos de los animales durante
más de un siglo debido a su parecido cercano con un tipo específico de célula
esponjosa llamada el coanocito. Sin embargo, incluso en el caso de los
coanoflagelados, no fue hasta el advenimiento de la filogenética molecular que se
confirmó que eran los parientes más cercanos de los animales. Los estudios
filogenómicos han cambiado considerablemente nuestra comprensión del árbol de la
vida. Además de confirmar la posición de los coanoflagelados como el grupo de
animales hermanos unicelulares, los estudios realizados en la última década han
revelado que dos linajes independientes adicionales, los filastereanos y los
ictiosporeanos, también están estrechamente relacionados con los metazoos.

En consecuencia, tres linajes unicelulares (coanoflagelados, filastereans y

ictiosporeans) forman un clado con Metazoa (Figura 29). Este clado, llamado
Holozoa, constituye el punto de referencia para los estudios sobre el origen de los
animales.

Ha habido hipótesis alternativas con respecto a las relaciones filogenéticas

específicas entre holozoos unicelulares. Por ejemplo, algunos análisis anteriores
indicaron que los filastereanos e ictiosporeans formaron un clado monofilético,
mientras que otros demostraron que los filastereanos eran el grupo hermano de
coanoflagelados y los animales.

Curiosamente, los tres linajes unicelulares incluidos en el clado de Holozoa

tienen morfologías y estilos de vida muy diferentes. Los choanoflagelados, que son
el grupo más estrechamente relacionado con los animales, son flagelados coloniales
unicelulares y de vida libre que se alimentan de bacterias. Se dividen en dos grupos
principales (Craspedida y Acanthoecida) y comprenden más de 250 especies
conocidas23,25. Los choanoflagelados habitan en ambientes marinos y de agua
dulce, y están ampliamente distribuidos en todo el mundo.

Por el contrario, los filastereanos son protistas ameboides que tienen

filopodia. Hasta ahora solo se han descrito dos especies de filastereanos: la
Ministeria vibrans17,26 de vida marina libre; y Capsaspora owczarzaki, que se aisló
de un caracol de agua dulce de Puerto Rico y Brasil.

La mayoría de los ictiosporeanes se reproducen a través de colonias de

cenocitos multinucleados y tienen una amplia diversidad de etapas de dispersión,
incluidas formas flageladas y ameboides Según nuestra última visión del marco
filogenético de los animales dentro del clado eucariota, está claro que al investigar el
origen de los animales, los tres parientes más cercanos de los animales -
coanoflagelados, filastereanos e ictiosporeans - deben tenerse en cuenta. La
obtención de información genómica, reguladora y biológica celular detallada sobre
los miembros representativos de los diversos grupos es probable que proporcione
información sobre la transición de la unicelularidad a la multicelularidad de
metazoos.

El genoma urmetazoo unicelular

La comprensión de la transición de la unicelularidad a la multicelularidad

requiere conocer los tipos y el alcance de la innovación genómica que precedió y
acompañó a esta transición

. Por ejemplo, si el ancestro unicelular de animales contuviera pocos genes

involucrados en procesos multicelulares, se podría inferir que un evento clave en la
evolución de la multicelularidad metazoana sería la evolución de genes específicos
de animales. Por el contrario, si el ancestro unicelular tenía muchos de los genes
involucrados en el desarrollo multicelular y la fisiología, entonces la evolución de la
multicelularidad probablemente habría involucrado la cooptación de genes existentes
para realizar nuevas funciones

. Sin embargo, para distinguir entre estas posibilidades, necesitamos dilucidar

el contenido genético del ancestro unicelular. Al determinar qué genes y vías
genéticas se comparten entre los animales y sus parientes, es posible inferir qué
genes y vías genéticas estaban presentes en el ancestro. Ahora tenemos las
secuencias completas del genoma de cuatro holozoos unicelulares, que representan
cada uno de los tres linajes unicelulares que están más estrechamente relacionados
con los animales. Estos incluyen los genomas de dos coano-flagelados (Monosiga
brevicollis y Salpingoeca rosetta), un filastereano (C.owczarzaki) y un ictiospora
(Creolimax fragrantissima) 36–39 (FIG. 3a).

Este rico conjunto de datos nos permite reconstruir el contenido genético del
ancestro unicelular de animales con un nivel de detalle sin precedentes. Los
resultados han sido bastante sorprendentes. Aunque hubo una innovación genética en
el inicio de Metazoa, el ancestro unicelular de animales ya tenía un rico repertorio de
genes que se requieren para la adhesión celular, la señalización celular y la
regulación transcripcional en animales modernos (Figura 3b). El primer ejemplo es
que de genes que codifican proteínas de adhesión celular, que son necesarias para las
interacciones célula-célula y célula-matriz en la formación de capas celulares, tejidos
y la matriz extracelular (ECM) en animales.

El análisis de la secuencia del genoma de los holozoos unicelulares indica que

el ancestro unicelular de los animales ya tenía varios mecanismos de adhesión
celular, tanto para la adhesión célula-célula como para la célula-ECM (figura 3b).
Por ejemplo, hay aproximadamente 20-30 proteínas predichas que contienen
dominios de cadherina codificadas en los genomas de los flagelatos de coano40. Sin
embargo, las cadherinas animales clásicas, que están reguladas por β-catenina y están
involucradas en la adhesión célula-célula, parecen ser específicas de metazoos.
Además, C.owczarzaki tiene un adhesoma de integrina completo, que es un
importante sistema de adhesión celular-ECM en animales41. Otras proteínas
relacionadas con la ECM están presentes en los holozoos unicelulares, e incluyen
varios componentes del complejo de glucoproteína asociado a la distrofina y
dominios de proteínas múltiples relacionados con la ECM, como lamininas,
colágenos y fibronectinas39.

Finalmente, las lectinas de tipo C, que están involucradas en la adhesión

célula-célula, están presentes en los coanoflagelados36. En general, la presencia de
proteínas de adhesión de células animales, incluidas las integrinas, lectinas de tipo C
y cadherinas, en los holozoos unicelulares existentes indica que estos mecanismos de
adhesión no fueron innovaciones animales. La transducción de señales es otro
requisito clave para la multicelularidad de metazoos. Varias vías clave de
señalización del desarrollo, como Hedgehog, WNT, factor de crecimiento
transformante β (TGFβ), JAK – STAT y Notch, están altamente conservadas en
Metazoa (con la posible excepción de la mayoría de los componentes de las vías
Notch y Hedgehog, que están ausentes en cteno-phores6,7) y no se encuentran en no
metazoos8,36,39,42. En otros casos, están presentes receptores de señalización
similares en los genomas de holozoos unicelulares (figura 3b). El caso mejor
estudiado es el de los receptores de tirosina quinasas (RTK). Los coanoflagelados,
filastereanos e ictioesporas tienen docenas de RTK evolucionados
independientemente, ninguno de los cuales parece ser homólogo entre los RTK entre
sí o con cualquier RTK de metazoos (es decir, los RTK de metazoos son una cuarta
expansión independiente de RTK en Holozoa) 43–45 . Por el contrario, algunos
ortólogos de tirosina quinasas citoplasmáticas, como SRC, cinasa de adhesión focal
(FAK) y CSK, están presentes tanto en animales como en holozoos unicelulares.

Otro mecanismo de señalización premeta-zoan conservado es la vía de

señalización de hipopótamo, que está presente en C.owczarzaki. En este caso, una
vez más, los componentes intracelulares de la vía se conservan, mientras que los
receptores aguas arriba de metazoos conocidos, Migas y Grasas, están ausentes. Por
lo tanto, parece que aunque algunos componentes de señalización intracelular de
metazoos estaban presentes en el ancestro unicelular de los animales, en la mayoría
de los casos sus receptores aguas arriba y los ligamentos evolucionaron después de
que los metazoos se separaron de los holozoos unicelulares. Finalmente, los estudios
de genómica comparativa también han demostrado que una proporción considerable
del repertorio de factores de transcripción (TF) de animales ya estaba presente en el
ancestro unicelular holozoario (figura 3b). Esto incluye algunas clases de TF que
anteriormente se pensaba que e metazoos específicos (como el factor nuclear κB
(NF-κB), p53, RUNX y T-box) 47,48. Las nuevas clases de TF, como las familias
ETS, SMAD, receptor nuclear, Doublesex y factor de regulación de interferón (IRF),
evolucionaron en la raíz de Metazoa, y muchas familias nuevas aparecieron dentro de
clases específicas de TF, incluyendo el T-box, SOX, familias homeobox y helix-
loop-helix (bHLH) básicas (revisadas en REF.49) .Algunos de estos TF, junto con
la integrina adhe-some41, se perdieron secundariamente en coanoflagelados47. Estos
son dos ejemplos de advertencia de la limitación de la reconstrucción del contenido
de genes ancestrales sobre la base de muy pocas especies y linajes. Por lo tanto, no
podemos descartar que la pérdida secundaria no oculte orígenes evolutivos más
antiguos para algunas familias de genes. El hallazgo de que muchos genes clave
involucrados en la multicelularidad y el desarrollo de los animales ya estaban
presentes en el ancestro unicelular de los animales sugiere que la cooptación de los
ancestros genes en nuevas funciones fue un mecanismo importante en la evolución
de la multicelularidad animal. Es decir, muchos de los genes que actualmente
funcionan dentro de los animales multicelulares evolucionaron dentro de un contexto
unicelular y posteriormente fueron reutilizados para la multicelularidad. Esta
cooptación del repertorio de genes ancestrales, junto con la evolución de genes
animales novedosos (por ejemplo, ligandos y receptores), y una expansión y
diversificación sustancial de algunas familias de genes ancestrales, configuraron el
kit de herramientas genéticas para la multicelularidad animal.

Tipos de células de holozoos unicelulares

Aunque la reconstrucción del contenido genético del ancestro pro-tistan de

animales es un paso importante para comprender la aparición de animales, el
contenido genético por sí solo no es suficiente para proporcionar información sobre
la biología celular, el ciclo de vida y las capacidades de regulación del ancestro
unicelular. Esto requiere un análisis de la biología de los parientes unicelulares
existentes de animales. Con este fin, algunas especies de holozoos unicelulares se
están estudiando intensamente y están emergiendo como sistemas modelo candidatos
en los que abordar el origen de los animales. Etapas de vida del canoflagelado. S.
rosetta es la especie de choanoflagelado mejor estudiada. El análisis del ciclo de vida
de S.rosetta ha revelado que este flagelado de choano forma colonias por división
celular clonal50 y que las células dentro de la colonia están unidas por puentes
celulares51 (Figura 4A). Curiosamente, la formación de colonias en S.rosetta se
desencadena por la presencia de su presa bacteriana, Algoriphagus machipon-
gonensis, y más específicamente, por una molécula de sulfonolípidos producida por
esta bacteria52. Esta observación sugiere un profundo vínculo evolutivo entre la
captura de presas bacterianas y la multicelularidad temprana de los animales. Las
etapas de vida adicionales de S.rosetta incluyen una forma de teca sésil y etapas de
nadador lentas y rápidas51 (Figura 4A). S.rosetta también tiene un ciclo de vida
sexual que se desencadena por falta de nutrientes e involucra gametos
morfológicamente diferenciados53. La presencia de reproducción sexual y
gametogénesis en coanoflagelados sugiere que estos procesos estaban presentes en el
ancestro unicelular de los animales.El análisis de secuenciación de ARN (RNA-seq)
de S.rosetta ha revelado perfiles de transcriptoma altamente específicos que están
asociados con las diferentes etapas de la vida37. Los genes regulados por incremento
diferencial incluyen aquellos que codifican septinas en la etapa colonial y aquellos
que codifican diferentes proteínas que contienen dominios de cadherina en las etapas
coloniales y sésiles. En una pantalla reciente de mutagénesis aleatoria54, se
identificó una lectina de tipo C como esencial para la formación de colonias en
S.rosetta, proporcionando el primer enlace directo de gen a fenotipo en un holozoo
unicelular. Investigación de otro choanoflagelado, M.brev- icollis, ha
proporcionado información sobre la función premetazoica de las cadherinas. Dos
cadherinas de M.brevicollis se localizan en el collar de alimentación de
microvellosidades y se colocalizan con el citoesqueleto de actina55. M.brevicollis
es una especie de choanoflagelado estrictamente solitario, lo que sugiere un papel
para las cadherinas de choanoflagelado en la captura de presas. En línea con esto,
ninguno de los estudios en la colonia flagelada de S.rosetta ha vinculado las
cadherinas con la formación de colonias, lo que respalda aún más la idea de un papel
de adhesión no celular para las cadherinas en los coanoflagelados existentes y,
potencialmente , en el ancestro unicelular de los animales. Etapas de la vida
ictiosporaica. C.fragrantissima es un sistema de modelo de ictiosporas prometedor
en el que las herramientas están disponibles para la transformación genética
transitoria56. El ciclo de vida de C.fragrantissima (y otros ictiosporeanos) es muy
diferente al de los coanoflagelados (FIG. B4B). Comienza con una célula
mononucleada que se somete a múltiples rondas de división nuclear sincrónica, lo
que da como resultado un coenocito multinucleado sésil grande (con un diámetro de
70–80 μm) que tiene una pared celular, núcleos localizados en la periferia celular y
una gran central central. vacuola35,56. La rápida celularización del coenocito es
seguida por la liberación de células ameboides mononucleadas, que son muy móviles
y no se dividen. Las amebas se dispersan hasta que encuentran un lugar claro para
asentarse, donde se enquistan y comienzan un nuevo ciclo (FIG. 4B). Un análisis
reciente de dos etapas de la vida de C.fragrantissima (multinucleadas y amebas) ha
mostrado perfiles transcriptómicos específicos para cada etapa que involucran
cientos de genes expresados diferencialmente38. Por ejemplo, la integrina adhe-some
y TF Brachyury se regulan significativamente en la etapa de la ameba, mientras que
los genes relacionados con la replicación y la traducción del ADN se regulan
positivamente en la etapa colonial.

Etapas de la vida filastereana. Entre Filasterea, solo se ha descrito el ciclo de

vida de C.owczarzaki57 (figura 4C). Aunque C.owczarzaki fue originalmente
reportado como un endosimbionte de un caracol de agua dulce, observaciones
recientes sugieren que esta ameba puede ser capaz de fagocitar bacterias y crecer
como bacterívoro, de manera similar a su especie hermana M.vibrans (IR-T. Y
colegas , observaciones no publicadas). El ciclo de vida de C.owczarzaki incluye
tres etapas celulares diferentes: una etapa ameboide, una etapa quística y una etapa
multicelular agregativa. En la etapa ameboide, las células tienen filopodia58 a base
de actina delgada y larga58, y la ameba representa la etapa trófica proliferativa y
fagocítica. Tras el hambre, las células C.owczarzaki retraen sus filopodios y se
encapsulan, formando una forma de resistencia quística. Finalmente, las células
ameboides pueden unirse y formar agregados multicelulares, en los cuales las células
producen un ECM que las mantiene juntas sin la necesidad de un contacto directo
entre células. Esto representa el único caso conocido de multicelularidad agregativa
en Holozoa (figura 1). El análisis transcriptomático del ciclo de vida de
C.owczarzaki mostró que la diferenciación celular regulada temporalmente está
vinculada a perfiles transcripcionales específicos57. Esta regulación genética
diferencial involucra cientos de genes, y entre ellos, hay muchos homólogos de genes
C.owczarzaki que son esenciales para la multicelularidad animal. Por ejemplo, las
células en etapa agregada se coexpresan fuertemente en genes de adhesoma de
tegrina, así como en proteínas ECM, que incluyen proteínas que contienen dominios
de fibronectina y proteínas que contienen dominios de laminina; por el contrario, en
la etapa filopodial, los genes relacionados con el citoesqueleto de actina, la
formación de filopodia y la señalización de tirosina quinasa se sobreexpresan.
Además, el empalme alternativo regulado diferencialmente está relacionado con las
transiciones de tipo celular en C.owczarzaki y además contribuye a la expresión
génica regulada temporalmente. Un estudio más reciente analizó la dinámica del
proteoma y la señalización de fosfo durante el ciclo de vida de C.owczarzaki
utilizando proteómica de alto rendimiento59. Este estudio demostró que la amplia
remodelación del proteoma y cientos de eventos dinámicos de fosfo-señalización
subyacen a la diferenciación celular regulada temporalmente en C.owczarzaki.
Curiosamente, se demostró que docenas de tirosina quinasas, incluidos ortólogos de
varias tirosina quinasas citoplasmáticas (como SRC, ABL y TEC), así como RTK
estructuralmente diversas, se activaron con fosfo de manera específica para cada tipo
de célula. Además, múltiples TFs parecían estar fosforregulados, y la vía Hippo se
activó específicamente durante la etapa de agregación. Estos resultados respaldan
aún más la idea de que ya existía una regulación elaborada transcripcional,
postranscripcional y mediada por fosfo-señalización en el ancestro protista de los
animales. En general, la diversidad de morfologías y comportamientos celulares en
los holozoos unicelulares existentes sugiere que el ancestro unicelular de los
metazoos era un bacterívoro que mostró reproducción sexual y múltiples tipos de
células temporalmente diferenciadas12. Lo más probable es que estas transiciones
entre los diferentes estados celulares estuvieran estrictamente reguladas por la
expresión diferencial de TF conservadas, como Brachyury, y fueron desencadenadas
por condiciones ambientales como la inanición de nutrientes y la presencia de presas
bacterianas.

Etapas vitales de la ictiospora. C. fragrantissima es un sistema de modelo de

ictiosporas prometedor en el que hay herramientas disponibles para la transformación
genética transitoria56. El ciclo de vida de C. fragrantissima (y otros ictiosporeanos)
es muy diferente al de los coanoflagelados (Figura 4B). Comienza con una célula
mononucleada que se somete a múltiples rondas de división nuclear sincrónica, lo
que da como resultado un coenocito multinucleado sésil grande (con un diámetro de
70–80 μm) que tiene una pared celular, núcleos localizados en la periferia celular y
una gran central central. vacuola35,56. La rápida celularización del coenocito es
seguida por la liberación de células ameboides mononucleadas, que son muy móviles
y no se dividen. Las amebas se dispersan hasta que encuentran un lugar claro para
establecerse, donde se enquistan

y comenzar un nuevo ciclo (figura 4B). Un análisis reciente de dos etapas de

la vida de C. fragrantissima (multinucleadas y amebas) ha mostrado perfiles
transcriptómicos específicos para cada etapa que involucran cientos de genes
expresados diferencialmente38. Por ejemplo, el adhesoma de integrina

y el Brachyury TF están significativamente regulados por incremento en la

etapa de ameba, mientras que los genes relacionados con la replicación y la
traducción del ADN están regulados por incremento en la etapa colonial. Etapas de la
vida filastereana. Entre Filasterea, solo se ha descrito el ciclo de vida de C.
owczarzaki57 (Figura 4C). Aunque originalmente se informó que C. owczarzaki era
un endosimbionte de un caracol de agua dulce, las observaciones recientes sugieren
que esta ameba puede ser capaz de fagocitar bacterias y crecer como bacterívoro, de
manera similar a su especie hermana M. vibrans (IR-T. Y colegas, no publicados).
observaciones). El ciclo de vida de C. owczarzaki incluye tres etapas celulares
diferentes: una etapa ameboide, una etapa quística

y una etapa multicelular agregante. En la etapa ameboide, las células tienen

filopodia58 a base de actina delgada y larga58, y la ameba representa la etapa trófica
proliferativa y fagocítica. Tras el hambre, las células de C. owczarzaki retraen sus
filopodios y se encapsulan, formando una forma de resistencia quística. Finalmente,
las células ameboides pueden unirse y formar agregados multicelulares, en los cuales
las células producen un ECM que las mantiene juntas sin la necesidad de un contacto
directo entre células. Esto representa el único caso conocido de multicelularidad
agregativa en Holozoa (figura 1). El análisis transcriptómico del ciclo de vida de C.
owczarzaki mostró que la diferenciación celular regulada temporalmente está
vinculada a perfiles transcripcionales específicos57. Esta regulación genética
diferencial involucra cientos de genes, y entre ellos, hay muchos homólogos de genes
de C. owczarzaki que son esenciales para la multicelularidad animal. Por ejemplo, las
células en etapa agregada coexpresan fuertemente los genes del adhesoma de
integrina, así como las proteínas ECM, incluyendo proteínas que contienen dominios
de fibronectina y que contienen dominios de laminina; por el contrario, en la etapa
filopodial, los genes relacionados con el citoesqueleto de actina, la formación de
filopodios y la señalización de tirosina quinasa se sobreexpresan; además, el
empalme alternativo regulado diferencialmente está vinculado a las transiciones de
tipo celular en C. owczarzaki y contribuye aún más a la expresión génica regulada
temporalmente. Un estudio más reciente analizó la dinámica del proteoma y la
señalización de fosfos durante el ciclo de vida de C. owczarzaki utilizando
proteómica de alto rendimiento59. Este estudio demostró que la amplia remodelación
del proteoma y cientos de eventos dinámicos de fosfo-señalización subyacen la
diferenciación celular regulada temporalmente en C. owczarzaki. Curiosamente, se
demostró que docenas de tirosina quinasas, incluidos los ortólogos de varias tirosina
quinasas citoplasmáticas (como SRC, ABL y TEC), así como RTK estructuralmente
diversas, se activaron con fosfo de manera específica para cada tipo de célula.
Además, la TF múltiple parecía estar fosforulada, y la vía del hipopótamo se activó
específicamente durante la etapa de agregación. Estos resultados respaldan aún más
la idea de que la regulación elaborada transcripcional, postranscripcional y mediada
por fosfosalimentación ya existía en el ancestro protista de los animales. En general,
la diversidad de morfologías y comportamientos celulares en los holozoos
unicelulares existentes sugiere que el ancestro unicelular de los metazoos fue un
bacterívoro que se mostró reproducción sexual y múltiples tipos de células
temporalmente diferenciadas12. Lo más probable es que estas transiciones entre los
diferentes estados celulares estuvieran estrechamente reguladas por la expresión
diferencial de TF conservadas, como Brachyury, y se desencadenaron por
condiciones ambientales como la inanición de nutrientes y la presencia de presas
bacterianas.

Innovación normativa en el origen animal

Los módulos de genes efectores específicos y sus reguladores aguas arriba

inmediatos definen la especificidad funcional de un tipo celular determinado60 y,
como hemos descrito, muchos de los componentes de estos módulos de genes
evolucionaron en linajes premeta-zoan. Sin embargo, como Eric H. Davidson declaró
en su libro de 2006 El genoma regulatorio61 "Diferenciaciónno hacen planes
corporales". De hecho, el desarrollo animal depende en última instancia del
despliegue espacio-temporal finamente regulado de estas baterías de genes efectores
para generar fenotipos celulares individuales y estructuras multicelulares colectivas.
Esta definición dinámica de estados regulatorios está orquestada por grandes redes
jerárquicas reguladoras de genes (GRN) y mecanismos epigenéticos de memoria
celular. La pregunta clave aquí es si estos GRN y mecanismos epigenéticos ya
estaban presentes en el ancestro unicelular de los animales. Novedades importantes
en la raíz de Metazoa. Los genes de señalización son elementos esenciales de los
GRN de metazoos. En los organismos unicelulares que muestran una diferenciación
del tipo celular regulada temporalmente, las señales ambientales, como la privación
de nutrientes y la hipoxia, desencadenan transformaciones del tipo celular62,63. El
control de la diferenciación a través del metabolismo o gradientes químicos es
posiblemente mucho menos prominente en los metazoos modernos que en los
organismos unicelulares. En cambio, los mecanismos de señalización de celda a
celda y de largo alcance son los determinantes más importantes del destino celular en
los metazoos modernos. Curiosamente, la mayoría de estas vías de señalización se
originaron en la raíz de Metazoa (ver arriba) 8,36,39 y son esenciales para el patrón
corporal en animales de ramificación temprana10,64. Por lo tanto, estas vías de
señalización del desarrollo parecen haber sido importantes para la evolución de la
determinación del tipo de célula y la morfogénesis en animales. La aparición de un
kit de herramientas de metazoos TF. Los TF son los otros jugadores importantes en
los GRN de desarrollo animal. Los datos disponibles sugieren que el establecimiento
del conjunto de herramientas reguladoras de meta-zoan TF resultó de una
combinación de cinco procesos. Primero, las antiguas clases de TF, particularmente
aquellas con especificidades de unión al ADN muy variables, como homeoboxes y
dedos de zinc65,66, se ampliaron enormemente por duplicación de genes al inicio de
Metazoa, originando docenas de nuevas familias67. En segundo lugar, las clases de
TF preexistentes se incorporaron a nuevas funciones. Esto le sucedió a muchos TF de
origen holozoario, como los TF T-box, los TF RUNX, p53 y NF-κB. En tercer lugar,
las nuevas clases de TF, como las familias ETS, SMAD, IRF y receptores nucleares,
se originaron en la raíz de los animales. Cuarto, los cambios en las interacciones TF-
TF y TF-cofactor ampliaron el número de especificidades de unión reguladoras
combinatorias. Por ejemplo, las preferencias básicas de dimerización de leucina zip-
per (bZIP) de varias especies, incluido el choanoflagelado M.brevicollis, se han
analizado envitro68. Este estudio encontró que la proporción de interacciones
bZIP heterodiméricas (es decir, interacciones entre TF bZIP pertenecientes a
diferentes familias) aumentó considerablemente en especies multicelulares en
relación con sus parientes unicelulares. Esto indica que la remodelación de las redes
de dimerización de TF es una forma potencial de aumentar el número de salidas
reguladoras de un conjunto limitado de TF. Finalmente, las antiguas redes
reguladoras aguas abajo específicas de TF probablemente fueron cooptadas y
modificadas. Mientras que la conservación de la secuencia de elementos reguladores
cis se erosiona rápidamente durante la evolución, las conexiones reguladoras
específicas tienden a estar más conservadas69. Lo que sigue sin estar claro es el
grado en que tales conexiones reguladoras TF podrían inferirse al comparar parientes
unicelulares existentes con animales de ramificación temprana. Un estudio reciente
sugiere que, al menos para algunos TF, tal inferencia podría ser posible. En el
filastereano C.owczarzaki, se demostró que los ortólogos de Brachyury y MYC
regulan los genes involucrados en la motilidad celular y la proliferación celular,
respectivamente, lo que indica que funcionan de manera similar a sus ortólogos de
metazoos70. Además, MYC del choanoflagelado M.brevicollis tiene parejas que
interactúan de manera similar (bHLH TF MAX) a las del metazoan MYC y usa los
mismos sitios de unión al ADN a través de los cuales actúan las proteínas del
metazoo MYC (sitios llamados E-boxes) 71. Estos hallazgos refuerzan aún más la
idea de una red reguladora MYC premetazoana altamente conservada involucrada en
el control de la proliferación celular70. En resumen, los datos sugieren que el juego
de herramientas regulatorio TF metazoan evolucionó a través de cambios tanto en el
repertorio de genes TF como en las interacciones cis-reguladoras y trans-reguladoras.
Estos cambios finalmente resultaron en capacidades reguladoras muy ampliadas de la
regulación del potenciador de metazoosTFs.Distal en los primeros metazoos. Los
TF se unen a secuencias específicas ubicadas en promotores de genes y, al menos en
animales bilaterianos, elementos potenciadores distales. Los potenciadores son
grupos de sitios de unión a TF que tienen características específicas de cromatina,
como el agotamiento de nucleosomas (sitios de cromatina abiertos) y marcas de
histona particulares (histona 3, lisina 4, monometilación (H3K4me1) e histona 3,
lisina 27, acetil-ación (H3K27ac)) en los nucleosomas flanqueantes72–76. La
presencia de p300 (también conocido como EP300), una histona acetiltransferasa de
origen holozoico47, también se ha utilizado para predecir regiones potenciadoras y
actividad77. Los enfoques de alto rendimiento para identificar y validar candidatos
potenciadores y probar sus funciones han demostrado que la mayoría de los
elementos potenciadores en animales bilaterianos son distantes (a kilobases hasta
megabases lejos) de los promotores genéticos que regulan, y que actúan a través del
bucle físico. de la cromatina78–80. Este bucle de cromatina está mediado por CTCF,
cohesina y otras proteínas estructurales81,82. Los elementos potenciadores
generalmente residen en regiones intergénicas y, en genomas más compactos, en
intrones; Estos elementos potenciadores intrónicos a menudo se encuentran en genes
vecinos a los genes que regulan. El número estimado de potenciadores está en el
orden de miles en animales como Drosophila melanogaster83 y humanos76 (TABLA
1). Además, en D.melanogaster, la gran mayoría de los potenciadores muestran
una actividad espacial y temporal muy restringida durante el desarrollo83,84,
enfatizando la importancia de los elementos potenciadores en la orquestación de
estados reguladores complejos. Otra característica definitoria de los elementos
potenciadores cis-reguladores es su naturaleza combinatoria y modularidad: se
producen múltiples sitios de unión en cada potenciador85, y los estados reguladores
se generan por la acción combinada de múltiples potenciadores sobre el mismo gen,
particularmente en genes que codifican TF y otros reguladores del desarrollo86,87.
En general, la acción combinada de los potenciadores distales y, en menor medida,
de los elementos reguladores cis del promotor proximal subyace a los complejos
patrones de expresión espacio-temporal observados durante el desarrollo de la
bilateria. Aunque la dinámica evolutiva de los potenciadores se ha estudiado
ampliamente en algunas bilaterianas88, la existencia de Tales elementos reguladores
en otros linajes meta-zoanos o premetazoos han permanecido como un misterio. Un
indicio indirecto de la posible existencia de regulación distal en todos los metazoos
es la profunda conservación evolutiva de los bloques microsinténicos en
Metazoa89,90. Estos bloques comprenden un gen (generalmente un gen de
desarrollo, como uno que codifica un TF o una proteína de señalización) que está
vinculado a otro gen espectador vecino funcionalmente no relacionado. Este vínculo
a menudo se debe a la presencia de elementos reguladores en el gen espectador.
Curiosamente, no se han encontrado bloques microsinténicos conservados entre
animales y sus reliquias unicelulares89, lo que sugiere que la regulación distal
evolucionó en la raíz de Metazoa. La primera evidencia experimental directa de la
conservación evolutiva del paisaje regulador epigenético más allá de Bilateria
provino de un estudio de referencia en la Nematostella vectensis cnidaria 91
(TABLA 1). Se predijeron aproximadamente 6,000 potenciadores en N.vectensis,
y mostraron firmas de cromatina similares (H3K4me1, K3K27ac y la presencia de la
histona acetiltransferasa p300) a las de los potenciadores bilaterianos. Confirmando
estas predicciones, 12 de estos elementos potenciadores de N.vectensis mostraron
actividad en ensayos de reportero in vivo. Además, se descubrió que los
potenciadores de N.vectensis están especialmente enriquecidos cerca de los genes
que codifican TF, lo que sugiere la existencia de complejas redes reguladoras
combinatorias de TF. Sin embargo, lo que se desconoce es si estos potenciadores de
N.vectensis funcionan a través de la cromatina en bucle o mediante mecanismos
de proximidad sin bucle. Esto último es sugerido por la ausencia de CTCF, una
proteína clave para el bucle de cromatina, en N.vectensis y otros animales no
bilaterianos92. Sin embargo, un mecanismo de proximidad sin bucle es inconsistente
con la falta de dependencia de la actividad del potenciador con respecto a la
orientación del potenciador o la posición del potenciador con respecto al promotor en
los ensayos de reportero de N. vectensis91. Además, el complejo de cohesina más
antiguo (que está presente en todos los animales y en la mayoría de los eucariotas)
parece ser clave para el bucle potenciador81,82, y recientemente se ha demostrado
que varias proteínas estructurales diferentes, pero notablemente no CTCF, están
asociadas con bucles de cromatina potenciador-promotor en D.melanogaster93,94.
Por lo tanto, es posible que se produzca un bucle potenciador-promotor en
N.nsvectensis, incluso en ausencia de CTCF, a través de un bucle mediado por
cohesina y / u otras proteínas estructurales. Multicelularidad y arquitectura
cromosómica. A pesar de que el panorama regulador de genes de N.nsvectensis es
similar al de Bilateria, no está claro si la organización global del genoma puede
diferir entre bilaterianos y no bilaterianos. En particular, no está claro si el genoma
de los no bilaterianos está organizado en territorios estructurales de cromatina, como
los dominios topográficamente asociados (TAD), que se encuentran en los genomas
biliares95–98. La discretización del genoma en dominios estructurales amplios como
los TAD permite la existencia de bloques reguladores autónomos, que tienen
características de cromatina prevalentes similares (por ejemplo, TAD activos o
represivos) y dentro de los cuales pueden ocurrir interacciones reguladoras en
bucle99,100. El CTCF se considera como un factor esencial para la formación de
TAD y, por lo tanto, el origen del CTCF en la Bilateria podría estar relacionado con
una compartimentación estructural del genoma específico del bilatero. Por el
contrario, las proteínas estructurales alternativas podrían contribuir a la formación de
TAD o estructuras similares en N.vectensis y meta zoanos de ramificación
temprana. Por lo tanto, descifrar y comparar las arquitecturas 3D del genoma de los
animales no bilaterianos será clave para resolver el vínculo evolutivo, si lo hay, entre
el origen de Metazoa y la aparición de mecanismos específicos para la
compartimentación y el plegamiento del genoma. genomas Una vez que se habían
observado las características reguladoras genómicas de los bilaterianos en animales
no bilaterianos, la pregunta obvia era si esto podría extenderse aún más a los linajes
premetazoicos. El filastereano C.owczarzaki es un candidato ideal para investigar
esto, dado que tiene un patrón bien descrito de diferenciación celular regulada
temporalmente, y que tiene el repertorio más rico de TF similares a metazoos (ver
arriba) entre los unicelulares. parientes de animales. El análisis del genoma regulador
de C.owczarzaki mostró que los tipos de células temporalmente diferenciadas en
C.owczarzaki están asociadas con cambios en los estados de cromatina y también
con miles de elementos dinámicos reguladores cis (según lo definido por el perfil de
cromatina accesible) 70 . Estos elementos reguladores cis son principalmente
proximal al sitio de inicio de la transcripción (en regiones pro-moter y primeros
intrones). Son pequeños e, incluso cuando son distales, carecen de cualquiera de las
características de cromatina asociadas con los potenciadores de animales. Por lo
tanto, estos resultados sugieren que los elementos potenciadores distales podrían ser
una innovación animal. Ahora se requieren estudios similares en esponjas, ctenóforos
y otros holozoos unicelulares para definir con precisión cuándo se produjo esta
innovación. Otro hallazgo importante es la ausencia de marcas represivas como la
histona H3 lisina 9 trimetilación (H3K9me3; que marca la heterocromatina
constitutiva) y H3K27me3 ( que marca potenciadores y promotores de desarrollo
inducibles) en C.owczarzaki70. Aunque quedan por explorar en los no
bilaterianos, estas marcas son comunes en los bilaterianos. Por el contrario, las
firmas de cromatina promotora activa (como H3K4me3 y H3K27ac) encontradas en
C.owczarzaki son similares a las observadas en N. vectensis, bilaterianas y
también otros eucariotas. Aunque pueden existir marcas represivas específicas de
C.owczarzaki no identificadas, estos resultados sugieren que los estados
epigenéticos represivos podrían ser una precondición importante de la
multicelularidad animal, ya que restringirían progresivamente el potencial de
diferenciación y mantendrían el estado celular diferenciado al 'bloquear' regiones
genómicas o genes específicos. En resumen, una innovación importante en la
transición a la multicelularidad animal fue la aparición de mecanismos (señales
inductivas y regulación del genoma) que permitieron el despliegue espacio-temporal
de baterías de genes efectores, muchas de las cuales ya existían en El ancestro
unicelular. La naturaleza específica de estos mecanismos aún no se ha resuelto por
completo, pero los posibles candidatos incluyen el desacoplamiento de la
diferenciación celular de las señales ambientales, la expansión de las capacidades
reguladoras de TF, la aparición de un léxico regulador combinatorio mediado por
elementos potenciadores distales , la evolución de los estados represivos de la
cromatina y la evolución de una arquitectura cromosómica jerárquicamente
organizada. Urmetazoa: ¿un mosaico de tipos de células premetazoanas? Los datos
generados en los últimos años nos han permitido reconstruir la naturaleza del
ancestro unicelular de los animales con algún detalle. . En base a esto, ahora
podemos volver a examinar la cuestión de cómo este antepasado se convirtió en el
primer animal. Una de las teorías evolutivas más antiguas y duraderas sobre el origen
de los animales es la teoría de Gastrea de Ernst Haeckel101. Haeckel propuso que el
primer paso en la evolución de la multicelularidad animal era una bola hueca de
células flageladas idénticas, a las que llamó blastea. Con algunas adaptaciones
modernas, como la teoría del "choanoblastea" (que enfatiza la semejanza del blastea
de Haeckel con una colonia de choanoflagelado) 102, el modelo de Haeckel sigue
siendo la explicación más ampliamente aceptada de la aparición de la
multicelularidad animal103-105. Una suposición importante del modelo de Gastrea
es que la diferenciación celular apareció después del origen de la multicelularidad y,
por lo tanto, que había un solo tipo de célula fundadora en los animales (una célula
similar al flagelado de coano, según muchos autores). Algunas de estas
interpretaciones surgen de la posible homología entre los coanocitos de esponja y los
flagelados de coano106, mientras que otros simplemente suponen que la ontogenia
recapitula la filogenia103; es decir, que las sucesivas etapas de desarrollo en una
ontogenia animal se parecen a la historia evolutiva de esa especie en particular (por
ejemplo, las primeras etapas se parecerían al antepasado del urmetazoo). Los
recientes descubrimientos revisados aquí proporcionan evidencia de un posible
escenario alternativo . Primero, muchos genes que son esenciales para la
multicelularidad animal se originaron en un contexto unicelular. En segundo lugar,
varios parientes cercanos de animales unicelulares tienen ciclos de vida complejos
que incluyen diferentes tipos de células y comportamientos multicelulares regulados
temporalmente37,56,57. Además, la diferenciación del tipo de célula regulada
temporalmente de los parientes animales está asociada con perfiles transcripcionales
específicos37,38,57 que están respaldados por los estados cambiantes de la
cromatina70 y la remodelación extensa de los estados de señalización como las redes
de señalización de fosfo59. Todos estos hallazgos indican que los estados celulares
de los premetazoos son el resultado de procesos de diferenciación de buena fe que
implican cambios en la morfología, la motilidad, etc., en lugar de ser simplemente
ejemplos de plasticidad fenotípica temporal o estados metabólicos cambiantes.
También es importante enfatizar que estas transiciones celulares reguladas
temporalmente en holozoos unicelulares son direccionales (es decir, no todos los
tipos de células pueden dar lugar a todos los tipos de células) y que solo los tipos de
células específicos son proliferativos (por ejemplo, solo la etapa filopodial en
C.owczarzaki). Finalmente, existe evidencia de que se produjeron cambios
importantes en la regulación del genoma en la raíz de Metazoa, lo que aumenta la
posibilidad de una mayor expansión y elaboración de la capacidad reguladora. De
acuerdo con la evidencia obtenida en los últimos años, podemos proponer una
hipótesis para explicar el origen de metazoos que se basa en la hipótesis Synzoospore
originalmente fue propuesto por Zakhvatkin en 1949 (REF.11) y luego fue
desarrollado por Mikhailov etal.12. En este escenario, Metazoa surgió de un
protista ancestral con un ciclo de vida complejo que involucraba múltiples estados
celulares regulados temporalmente (Figura 5a). Este ciclo de vida dependía de los
estímulos ambientales, y probablemente comprendía una o más etapas de la vida
multicelular (clonal y / o agregativa) y la reproducción sexual, como se observó en
algunos holozoos unicelulares existentes. Estos tipos de células regulados
temporalmente se integrarían espacialmente en los primeros metazoos (figura 5b),
concomitante con la evolución de mecanismos adicionales para la regulación
genética compleja. Es probable que la innovación en las vías de señalización, la
expansión de la repercusión TF y la evolución de nuevos mecanismos reguladores
del genoma hayan sido clave para proporcionar un control adicional sobre la
integración espacial de los módulos de genes específicos del tipo de células
preexistentes. de diversos tipos de células en el Urmetazoa se asoció con programas
morfogenéticos limitados (por ejemplo, capas simples por expresión diferencial de
moléculas de adhesión o la creación de espacios internos para la difusión de
nutrientes) y, probablemente, destinos celulares lábiles; dicha organización
multicelular se observa en esponjas existentes, en las que existen altas tasas de
transdiferenciación celular107 (figura 5b). Además, estas células probablemente se
mantuvieron juntas dentro de un ECM que fue producido por uno o más de estos
tipos de células. En esta proto-ontogenia inicial, las polaridades de diferenciación del
tipo celular probablemente fueron similares a las del ancestro unicelular (es decir, no
todos los tipos celulares serían proliferativos y no serían posibles todas las
transiciones de tipo celular), y existía una memoria celular limitada. El tamaño del
organismo y el número total de células podrían controlarse mediante mecanismos de
proliferación celular preexistentes que habían sido cooptados, como los mediados por
MYC, p53 o la vía Hippo. Progresivamente, la diferenciación celular se volvería
independiente de los estímulos ambientales. , y la identidad celular podría
establecerse y mantenerse mediante programas reguladores de desarrollo que fueron
iniciados por vías de comunicación célula-célula que evolucionaron en los linajes de
los animales (FIG. Estas trayectorias celulares ontogenéticas cerradas procederían a
través de estados celulares no diferenciados, y los mecanismos epigenómicos de la
memoria celular serían esenciales para mantener destinos celulares diferenciados,
mientras que algunos tipos de células podrían retener un amplio potencial celular
(figura 5c). Es probable que el acoplamiento de estas trayectorias de diferenciación
ontogenética con morfogénesis (por ejemplo, durante la gastrulación y la
especificación del mesodermo en algunas bilaterianas) condujo a la aparición de los
primeros planes de cuerpo animal y programas de desarrollo108. Los nuevos tipos de
células evolucionarían continuamente en los primeros linajes animales (Figura 5c), al
menos en parte por un proceso de subfuncionalización más innovaciones que
generaron tipos de células hermanas durante la evolución60,109. Esta innovación de
tipo celular fue concomitante con la evolución de nuevos módulos genéticos y TF1 y
con la cooptación de módulos generalmente desplegados en otros tipos celulares (a
través del reclutamiento de su red reguladora). En resumen, postulamos que los
resultados recientes de uni Los holozoos celulares son consistentes con la
diferenciación celular regulada existente antes del advenimiento de la
multicelularidad animal. Por lo tanto, los primeros animales probablemente
evolucionaron a partir de un ancestro unicelular que tenía un ciclo de vida complejo,
a través de una transición de la diferenciación de tipo celular regulada temporalmente
a regulada espaciotemporalmente12. Esta transición implicó la cooptación de
múltiples módulos de genes ances-tral, así como la evolución de nuevas familias de
genes y mecanismos reguladores del genoma.

Conclusiones y perspectivas futuras

En los últimos años, el descubrimiento y la colocación filogenética de nuevos

parientes unicelulares de animales, y el estudio de su contenido genómico y la
biología celular, han proporcionado importantes conocimientos sobre la naturaleza
del ancestro unicelular de Metazoa. Sin embargo, aún quedan preguntas vitales por
responder, y los nuevos enfoques metodológicos pueden ayudar a abordarlos. El
desarrollo de herramientas para la administración de ácido nucleico (como
electroporación, transfección liposómica, vectores virales y bombardeo de partículas)
y la edición del genoma en holozoos unicelulares Ser un avance crucial si queremos
comprender la función de los genes relacionados con la multicelularidad en un
contexto unicelular. Un primer paso en esa dirección ha sido el desarrollo de
pantallas de genética avanzada en choanoflagelados54, que identificaron un gen
crucial para la formación de colonias en S.rosetta, y el desarrollo de herramientas
de transformación en el ichthyosporean C.fragrantis-sima56. Los enfoques de
perturbación genética dirigida al futuro junto con pantallas fenotípicas sistemáticas
(morfológicas y conductuales, pero también moleculares, como la unión de proteínas
de ADN o el perfil de expresión génica) ayudarán a dilucidar la función de
candidatos genéticos específicos. Más información sobre el genoma regulador de Las
especies de holozoos unicelulares y metazoos de ramificación temprana serán clave
para identificar los orígenes evolutivos de los mecanismos responsables de la
diferenciación celular y la memoria celular. De particular interés será el estudio de
los estados represivos de cromatina y el análisis de elementos potenciadores.
Además, el estudio sistemático y comparativo de la arquitectura genómica de estos
linajes (utilizando técnicas de captura de conformación cromosómica (3C)) puede
ayudar a determinar cuándo evolucionó por primera vez la regulación distal a través
del bucle de cromatina y la compartimentación jerárquica del genoma. Con la mejora
constante de las técnicas de análisis de cromatina y las herramientas analíticas,
prevemos que estos problemas se aborden en un futuro no muy lejano. El desarrollo
de técnicas de filing epigenómico de células individuales superará los problemas de
la población. enfoques que requieren poblaciones celulares homogéneas y
sincronizadas. Estos enfoques también proporcionarán una comprensión más
refinada de la regulación epigenómica y su vínculo con la expresión génica en los
holozoos111,112. Será más difícil descifrar redes reguladoras de TF específicas y
redes de interacción proteína-proteína a través de técnicas de inmunoprecipitación
directa debido a la fuerte limitación impuesta por el desarrollo de anticuerpos en
organismos no modelo. Varias alternativas pueden ayudar a sortear esta limitación,
como el perfil de la cromatina abierta junto con la determinación de preferencia de
unión invitro TF70,113, la inferencia de redes de coexpresión a través de la
secuencia de ARN de una sola célula y, si la manipulación genética es disponible,
etiquetado de proteínas seguido de inmunoprecipitación y eliminación de genes
seguida de perfil de expresión. Finalmente, la caracterización sistemática e imparcial
de los tipos de células metazoanas tempranas a través de la transcriptómica de células
sin-gle de alto rendimiento112 puede proporcionar los primeros atisbos de la
complejidad del tipo de células multicelulares tempranas y los principios reguladores
que lo orquestan, incluidos los reguladores TF maestros y el gen coexpresado
módulos. Finalmente, es importante reconocer que nuestro conocimiento actual de
linajes premetazoicos se limita a unas pocas especies que por casualidad se
convirtieron en sistemas modelo candidatos. Sin embargo, las encuestas ambientales
han revelado que existen otros linajes que están estrechamente relacionados con los
animales, y que estos linajes prosperan en ambientes marinos y de agua dulce33.
Dado que estos linajes podrían proporcionar información adicional sobre la cuestión
de los orígenes de los animales, los esfuerzos para caracterizar y aislar nuevas
especies de holozoos deberían continuar. En general, más de una década de intensa
investigación en parientes animales unicelulares no solo ha arrojado nuevas ideas
importantes sobre el cuestión de los orígenes de los animales, pero también abrió
nuevas vías de investigación. Esperamos que estos nuevos enfoques nos ayuden a
reconstruir aún más el camino evolutivo que condujo desde los humildes comienzos
de protistán a la complejidad de la vida animal.