1.

Si se usara un inhibidor de DNA girasa, tal como acido nalidixico¿Se

obtendrá marcación con timidina tritiada?¿Por que ? y ¿Qué pasara con
uridina tritiada ?

PROBLEMAS

1. La secuencia de nucleótidos de una cadena de DNA de doble hélice es 5’-

GGATTTTTGTCCACAATCA-3’¿Cuál es la secuencia de la cadena
complementaria?

Haciendo uso de la complementariedad de bases A-T Y G-C la secuencia de

cadena complementaria será(Watson , 2016)

5’- TGATTGTGGACAAAAATCC-3’

2. El fragmento de DNA de la figura 5.1 tiene una doble cadena en el

extremo , pero una cadena sencilla en el extremo. Se indica la polaridad
de la cadena superior. El fosfato(PO4-) que se muestra en la cadena
inferior en el extremo, 5’ o en el 3’ del fragmento al cual esta unido ?

Figura 5.1. : Fragmento de DNA con in hueco de cadena sencilla en la cadena

inferior.

Las dos cadenas de polinucleótidos que conforman el DNA tienen como

característica ser antiparalelas, es decir , una en dirección de 5’ a 3’ y la otra
en dirección 3’ a 5’ .En consecuencia el grupo fosfato que se encuentra en la
figura se encuentra en el extremo 5’

3. Mire cuidadosamente las estructuras de las moléculas que aparecen en la

figura 5.2.
A) ¿Qué esperaría que pasara si la dideoxicitidina trifosfato (ddCTP) se
añadiera a una reacción de replicación de DNA en exceso por encima
de la concentración de deoxicitidina trifosfato (dCTP) ¿Se incorporaría
 en el DNA ?Si así fuera , ¿Qué sucedería después ? Razone la
respuesta

La dideoxicitidina trifosfato (ddCTP) , es añadida por DNA polimerasa,

entonces si se añade a la reacción de replicación causara que este se
detenga ya que no se podría formar el enlace fosfodiéster. El ddCTP no
posee el grupo hidroxilo en su estructura. (Watson, 2016).

B)¿Qué pasaría si se añadiera ddCTP a un 10% de la concentración de

dCTP ?

Hay menos probabilidad de que se detenga la replicación, ya que cuando

el DNA polimerasa incorpora ddCTP la reacción se detiene.

C)¿Qué efectos esperaría si se añadiera dideoxicitidina

monofosfato(ddCMP)a la reacción de replicación del DNA en exceso o
a un 10 % de la concentración de dCTP?

Basándonos en la estructura de la dideoxicitidina monofosfato solo

presenta un fosfato por ello si se puede formar un enlace fosfodiéster, pero
no se liberar el pirofosfato ya que no presenta los fosfatos β ni γ. Así al no
liberarse este pirofosfato no habrá una fuerza impulsora para la síntesis de
DNA porque habitualmente esta fuerza se debe a la hidrolisis del
pirofosfato por acción de la pirofosfatasa(Watson . 2016)

Figura 5.2.Sustratps de replicación potenciales A)Dideoxicitidina

trifosfato(ddCTP). B)Dideoxicitidina monofosfato(ddCMP)

4. ¿De que forma esperaría que afectara la perdida de la actividad

exonucleasa correcta de pruebas 3’ a 5’ de DNA polimerasa a la fidelidad
de la síntesis de DNA en E. coli?¿De que forma afectaría su perdida a la
velocidad de síntesis del DNA ?Razone su respuesta.

La presencia de la exonucleasa es clave ya que si no estaría no se eliminara el

nucleótido incorrecto de la cadena cebadora, asimismo no se podría sumar un
nuevo nucleótido correcto. Entonces cuando se añade un nucleótido apareado
de modo incorrecto, el ritmo de adición de nucleótidos nuevos disminuye en
cambio el ritmo de actividad exonucleasa revisora aumenta. Así el DNA mal
apareado. altera la geometría del OH 3’ y del nucleótido entrante, esta
 geometría alterada reduce el ritmo de adición de nucleótidos. La velocidad es
mas lenta ya que el DNA se satura. (Watson, 2006).

5. Ha descubierto un organismo nuevo que crece en las profundidades

oceánicas en un ambiente hostil de corrientes hidrotermales. Al
caracterizar su replicación , descubre para su sorpresa que repica las dos
cadenas de forma continuada utilizando dos DNA polimerasa , una que
sintetiza el DNA en el sentido 3’ a 5’ habitual y una que sintetiza el DNA
en el sentido 3’ a 5’ . Ambas polimerasas utilizan los nucleótidos 5’-
trifosfato estándar para añadir nucleótidos a las cadenas de DNA en
crecimiento. Esta sorprendido en encontrar que ambas cadenas de DNA
recién sintetizada estén hechas con el mismo grado elevado de fidelidad
que caracteriza la síntesis de DNA en E. Coli.

a)Describa brevemente los 4 procesos que contribuyen a la gran fidelidad

de la replicación del DNA en E. coli

- Corrección mediante DNA polimerasa:

Para llevar a cabo la función correctora ala nueva cadena de DNA

sintetizada transitoriamente se desaparea de la cadena patrón y la
polimerasa sufre un cambio conformacional(Albert y otros 2010).

- NER (Reparación por escisión de nucleótidos ):

En este proceso se corta ala cadena de azúcar – fosfato. Los genes

implicados en el caso de E. Coli son Uvr(A,B,C,D).(Anónimo).

- Corrección de pruebas exonucleoliticas mediante DNA polimerasa:

Este método se emplea a cualquier incorporación errónea en el extremo 3’-

OH creciente. La parte de DNA polimerasa que elimina el nucleótido
incorporado erróneamente forma parte de una familia a las que se
denomina exonucleasas, que eliminan de uno en uno los nucleótidos del
extremo de los polinucleótidos (Albert y otros, 2010 ).

- BER(Reparación por escisión de bases):

Este mecanismo trata principalmente en que la base que se encuentra

modificada se escinde.(Anónimo).

b)Explique porque es sorprendente que ambas cadenas de este nuevo

organismo se replique con gran fidelidad.
 Porque amabas tienen capacidad correctora de pruebas.

c)Sugiera al menos dos vías por las que se pueda conseguir esta gran
fidelidad. Si necesita inventar enzimas adicionales que realicen funciones
especificas, describa sus actividades .

6. Muchos orígenes de replicación de los embriones tempranos de

Drosophila están activos, de manera que se pueden observar varios en
una sola electro micrografía , como se muestra en la figura 5-3.

Figura 5-3.Electromicrografia en la que se muestran cuatro burbujas de

replicación en un cromosoma de embrión temprano de Drosophila

a)Identifique las cuatro burbujas de replicación en la figura 5-3 . Indique las

localizaciones aproximadas de los orígenes en los que empezó cada
burbujas y enumere las horquillas de replicación de 1 a 8 y de izquierda a
derecha

La figura muestra localizaciones aproximadas de los orígenes en que empezó

cada burbuja. Cada circulo de contorno azul es una burbuja, es necesario
acotar que no se tomen cuenta la burbuja central porque se presume que esta
destruida, ya que los bordes no están definidos.

Cada circulo coloreado de azul es una horquilla contándose de izquierda a

derecha.

b)¿Cuanto cree que tardaran las horquillas 4 y 5 en encontrarse?¿y las

horquillas 7 8?. La distancia de nucleótidos de DNA es de 0.34 nm y las
horquillas de replicación eucariotas se desplazan a una velocidad de
50nt/segundo .Para este ejercicio no tenga en consideración los
nucleosomas que son evidentes en la figura 5-3 y considere que el DNA
esta completamente extendido.

Haciendo mediciones hipotéticas en cm , resulta 1.36 cm. Entonces las

distancias entre horquillas 4 y 5 es de 0,37um(5.03 cm ) y la distancia entre
horquilla 1 y 8 es de 0.96 um (13.08 cm). Teniendo como base estos datos
procedemos a realizar los cálculos respectivos.

*Tiempo aproximado que les tomara alas horquillas 4 y 5 encontrarse:

0.37 um =370 nm

1 nucleótido --------- 0.34 nm

X ------------------------370 nm X=1088.23 nucleótidos ≅ 1088

Formula d=v.t

1088 nucleótidos =50 nucleótidos /segundo . t , t= 21.7 segundos.

RESPUESTA: Las horquillas 4 y 5 tardan 21.7 segundos

aproximadamente en encontrarse.
 *Tiempo aproximado que les tomara a las horquillas 1 y 8 encontrarse:

0.96um=960 nm

1 nucleótido --------- 0.34 nm

X ------------------------960 nm X= 2823.5 nucleótidos≅ 2823

Formula d=v.t

2823nucleotidos =50 nucleótidos /segundo . t , t= 56.4 segundos.

RESPUESTA : Las horquillas 4 y 5 tardan 56.4 segundos

aproximadamente en encontrarse.

7. Suponiendo que no hay restricciones de tiempo en la replicación del

genoma de una célula humana .A)¿Cual seria el numero mínimo de
orígenes de replicación que se necesitarían ?. Si la replicación tendría
que llevarse a cabo en una fase S que dura 8 horas y las horquilla de
replicación se desplazaran a una velocidad de 50 nucleótidos / segundo).
B) ¿Cual seria ahora el numero mínimo de orígenes de replicación
necesarios para replicar el genoma humano(Genoma humano consta de
un total de 6.4x 109 nucleósidos en 46 cromosomas )

A)Se necesitaría un origen de replicación

B) Se necesitara 1000 orígenes de replicación

1. BIBLIOGRAFIA

-Watson,(2006).Biología Molecular del Gen. México DF :Panamericana.

- Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., & Peter Walter. (2010).
Biología Moleculas de la Célula (Quinta ed., Vol. I). (D. Ricart, E. Pardina, O.
Andrés, A. Felipe, M. Reina, R. Pagan, . . . J. García Valero, Trads.) Barcelona,
España: Ediciones Omega.
- Anónimo. (s.f.). REPARACIÓN DEL DNA. REPARACIÓN DEL DNA, (pág. 2).
Obtenido de http://fbio.uh.cu/sites/genmol/confs/conf6/p02.htm