Segundo taller de Bioquímica: Enzimas y ácidos nucleicos

1. Suponga que el color rojo de los tomates está determinado por una proteína formada
por los siguientes aminoácidos: Ala – Cys – Val. En la siguiente tabla se muestra la
secuencia de ARN mensajero (ARNm) que codifica el respectivo aminoácido.

Al cosechar los tomates se observa que algunos presentan manchas blancas en su

superficie. Estas manchas se deben a una mutación en sólo uno de los nucleótidos del
ADN que forma la proteína. ¿Cuál de las siguientes secuencias de ADN presenta esa
mutación?
5’
a. TAT CAT CAA3’
3’
b. CAT ACG CAA5’
3’
c. CAT ACG GAA5’
5’
d. CAT TAT CAA3’

2. La cadena de ARN de la secuencia complementaria ADN, 3’AGTTCGCAATGC5’ es:

a. 5’TCAAGCGTTACG3’
b. 5’TCUUGCGTTUCG3’
c. 5’UCAAGCGUUACG3’
d. 5’TCUUCGCTTUCG3’
3. En que consiste el proceso de maduración del ARN mensajero
4. ¿Cuántas secuencias de nucleótidos distintas son posibles para un fragmento de ADN
de longitud N si es: (a) de hebra sencilla; (b) de doble hebra?
5. ¿Cuánto pesa el ADN de una célula humana? ¿Y el del cuerpo humano completo?
(Datos: La longitud del genoma haploide es de 3.3x109 pb. El peso de un par de
nucleótidos es de 10-21 gramos. El cuerpo humano tiene alrededor de 2 billones de
células).
6. En el ADN de ciertas células bacterianas, el 13% de los nucleótidos son adenina.
¿Cuáles son los porcentajes de los otros nucleótidos?
7. Los pares G-C son estructuralmente más estables que los A-T. ¿Correcto o no y por
que?
8. ¿Qué significa que las secuencias de dos cadenas de ADN sean complementarias?
9. En el siguiente experimento con la enzima fosfatasa ácida de semillas de trigo
germinadas se varió la concentración de la enzima en cubeta a dos concentraciones de
sustrato y se obtuvieron los resultados siguientes, utilizando la ecuación de Michelis-
Menten explique sus respuestas:
 Sustrato
[Enz] (ml) [FP] 0.1 mM [FP] 10 mM
Vo (nmol/min) Vo (nmol/min)

5 1.920 6.307
10 4.059 13.169
15 5.956 19.145
20 7.766 25.694
25 9.479 32.282
30 11.844 37.882

a) ¿Como varia la velocidad de la reacción en función de la cantidad de enzima añadida?

b) ¿Qué pasa si dividimos la velocidad registrada por la cantidad de enzima añadida al
ensayo?

10. La actividad de la Acetil-CoA carboxilasa, medida con tres diferentes

concentraciones de enzima y a diferentes concentraciones de sustrato fué la siguiente:

[Enz] (mg de proteína) 0.1 0.2 0.5

[AcetilCoA] (mM) Vo (mmol/ min)
0.05 0.275 0.546 1.373
0.14 0.482 1.001 2.502
0.23 0.580 1.185 2.891
0.32 0.642 1.385 3.463
0.50 0.755 1.494 3.656
0.59 0.766 1.497 3.810

a) Calcular para cada experimento el valor de Km y el valor de Vmax.

b) ¿Son los valores de Km y Vmax iguales o diferentes?
c) Explique si lo que observó es lo que esperaba obtener
d) Sabiendo que la enzima pesa 220 000 g/mol, haga una gráfica de Vmax vs mmol de
enzima.
e) ¿Qué representa la pendiente de esta gráfica?
f) ¿En qué se parece el valor anterior a la Actividad específica = Vmax/mg de proteína
en mmolxmin-1 x mg de enzima-1?
g) ¿Qué pasa con la medida de actividad específica cuando la enzima no está pura?
11. La enzima Aspartato transaminasa, que cataliza la reacción:

Aspartato + Oxoglutarato ----> Glutamato + Oxaloacetato

se realizaron los siguientes tres experimentos:

[Asp] =1 mM [OxG] =0.02 mM [OxG] =0.5 mM

[OxG] Vo [Asp] Vo [Asp] Vo
(mM) (mmol/min) (mM) (mmol/min) (mM) (mmol/min)
0.002 0.444 0.007 0.411 0.007 0.468
0.018 2.031 0.048 1.268 0.048 2.017
0.037 2.781 0.171 1.722 0.171 3.317
0.063 3.336 0.335 1.850 0.335 3.866
0.094 3.756 0.547 1.983 0.547 4.123
0.493 4.324 1.016 2.031 1.016 4.324

a) Calcule Km y Vmax para cada sustrato.

b) ¿Cambian las Vmax? Explique su respuesta
c) Explique que pasó en el segundo experimento, con respecto al tercero.
d) ¿Cúantos y cuáles valores de Km debo considerar para describir la afinidad de la
enzima por sus substratos?
e) ¿Qué conclusión se podría sacar de esos datos?

12. Los valores de Km y Vmax siguientes se determinaron midiendo la hidrólisis de

bromuro de acetilcolina catalizada por la esterasa bovina a diferentes temperaturas:

T (ºC) KM (mM) kcat [(mmol-S)/(pmol-E) x min-1)]

20 0.403 0.307
25 0.375 0.322
30 0.335 0.340
35 0.305 0.362
45 1.500 0.013

a) ¿Qué intervalo de temperaturas deberían emplearse como datos para calcular la energía
de activación de la reacción catalizada por la enzima?.
c) Para realizar el cálculo anterior: ¿debería emplearse los valores de Km o de kcat.
b)-¿Por qué varía Km con la temperatura? (sugerencia: vea la definición de KM).
13. Los siguientes valores de velocidad inicial de enzimas fueron obtenidos para la a-
Quimotripsina actuando sobre un sustrato artificial (ester etílico de acetil-L-triptofano):

pH V (UI) pH V (UI)
5.4 300 6.8 60
5.6 290 7.2 40
5.8 250 7.4 20
6.4 210 7.8 10
6.5 110 8.0 30
6.6 80 8.4 50
9.0 150

UI = Se define la unidad de actividad enzimática (U) como la cantidad de enzima que

cataliza la conversión de 1 µmol de sustrato en un minuto
a) Diga que residuos de aminoácido podrían ser responsables de esta respuesta.
b) Si el experimento se extendiera hacia la región más alcalina de la escala de pH que
cabría esperar (explique su respuesta).

14. Se realizaron estudios de inhibición para dos enzimas diferentes presentes en el suero
bovino. Se varió la concentración de sustrato en ausencia y en presencia de tres
concentraciones diferentes de inhibidores de cada enzima. En cada caso encontrar:

a) El tipo de inhibición.
b) El valor de Km y Vmax.
c) El valor de Ki para el inhibidor.

Enzima: Fosfatasa alcalina de suero bovino, inhibidor: Oxalato de Bromolevamisol

[Bromolevamisol] (mM) 0 8 16 40
[Sustrato] [FP](mM) Velocidades iniciales (mmolxmin-
1
/ mgProt.-1)
0.1 0.231 0.210 0.191 0.158
0.3 0.431 0.369 0.309 0.239
0.7 0.607 0.488 0.425 0.277
1.3 0.751 0.599 0.467 0.304
1.8 0.811 0.657 0.530 0.319
2.6 0.912 0.657 0.546 0.328
 4.1 0.957 0.688 0.561 0.351
5.8 0.981 0.741 0.558 0.344

Enzima: Transaminasa Glutámico Pirúvica.

[2hidroxisuccínico] 0.0 1.0 2.0 5.1

(mM)
[Sustrato] [Glu](mM) Velocidades iniciales (mmol / min /mgProt)
0.6 0.59 0.48 0.38 0.24
1.4 1.12 0.91 0.78 0.51
2.9 1.63 1.43 1.19 0.87
5.2 1.94 1.70 1.64 1.19
8.0 2.19 1.94 1.94 1.56
10.3 2.28 2.06 1.99 1.74
16.0 2.32 2.33 2.24 1.89
25.1 2.62 2.53 2.25 2.09

15. El siguiente experimento fué realizado con la fosfoenolpyruvato:pyruvil tranferasa

de streptococcus sp. Este enzima participa en la síntesis de la pared celular de las
bacterias y cataliza la transferencia de un grupo piruvico a un precursor del
péptidoglicano, liberando fosfato. La fosfomicina (FSM) es un antibiótico sintetizado por
ciertas bacterias del grupo streptomyces que inhibe a esta enzima. Usando el
fosfoenolpiruvato (PEP) como sustrato a dos diferentes niveles de concentración, se
estudió la inhibición de esta enzima por fosfomicina.

[PEP] (mM) 75 200

[FSM] (mM) V (nmolxmin xmgProt-1)
-1

0 0.73 2.49
5 0.53 2.29
10 0.42 2.15
25 0.26 1.78
50 0.16 1.4
100 0.09 0.98

a) Identifique el tipo de inhibición que se presenta

b) Calcule el valor de la I50 para este inhibidor a la concentraciones más baja y más alta
de sustrato empleadas en el experimento.
b) ¿Qué diferencias observa entre este parámetro calculado con diferentes
concentraciones de sustrato?

16. ¿Cuáles son los principales factores que alteran la velocidad de las reacciones
enzimáticas?
17. ¿Cómo afecta la concentración del sustrato a la velocidad de las reacciones
enzimáticas?
18. ¿Qué son los cofactores enzimáticos?
19. ¿Cuál es la relación entre las vitaminas y los cofactores enzimáticos?
20. Los siguientes resultados describen el efecto de un inhibidor sobre la actividad
enzimática de una enzima. Determinar:
a. Vmax en presencia y ausencia de un inhibidor
b. Km en presencia y ausencia de un inhibidor
c. Ki
d. Tipo de inhibición

21. Un bioquímico estudia las propiedades de una enzima metabólica que acaba de aislar.
Obtiene datos cinéticos en presencia y en ausencia de dos inhibidores diferentes (A y B).
La identidad de los inhibidores es desconocida, pero sabemos que uno de ellos es un
análogo de sustrato mientras que el otro es un agente alquilante. Determinar:
a. Km y Vmax de la enzima;
b. ¿Cuál inhibidor es el análogo de sustrato? ¿Cuál es el agente alquilante?
c. Ki para ambos inhibidores;
d. Cuál sería la Vo para esta reacción enzimática en [S] = 3 x 10-4 M y en presencia
de la Inhibidor [A] = 2 x 10 -5 M ?
22. Se estudian las propiedades cinéticas de dos enzimas (A y B). A partir de los
resultados que se muestran a continuación, determine si constituyen una enzima ordinaria
o una enzima alostérica. Explicar la forma de las curvas que representan la velocidad, v,
en relación a la concentración de sustrato, [S].

Para los siguientes ejercicios necesita la siguiente tabla

23. La secuencia de aminoácidos de una parte de lisozima aislada de un tipo salvaje y un
bacteriófago mutante T4 se da a continuación:
Tipo salvaje: -Tyr - Lys - Ser - Pro - Ser - Leu - Asn - Ala - Ala - Lys
Mutante: -Tyr - Lys - Val - His - His - Leu - Met - Ala - Ala – Lys

a. Este mutante puede ser el resultado de un cambio en un único par de bases en el

ADN del fago T4? Si no, ¿cómo se produjo este mutante?
b. ¿Cuál es la secuencia base del ARNm que codifica los cinco aminoácidos del tipo
salvaje que son diferentes de los del tipo mutante?

24. Una hebra de ADN tiene la siguiente secuencia:

5'
TATGCGTTTACGATCCCCATTTCGTACTCGA 3'

a. ¿Cuál es la secuencia de su hebra complementaria?

b. ¿Cuál es la secuencia base del ARNm transcrito?
c. ¿Cuál es la secuencia de aminoácidos codificada?
d. ¿Cuál es la secuencia de aminoácidos codificada si se suprime el segundo T del
extremo 3 'del ADN?