Taller de Bioquímica Proteínas, enzimas, vitaminas y carbohidratos

Bioquímica Básica

Mauricio Urquiza

1. ¿Cuáles son las características generales que tienen los aminoácidos que hacen
parte de las proteínas?

2. ¿Cómo se pueden clasificar los aminoácidos de acuerdo con su cadena lateral?

3. ¿Qué es el enlace peptídico y cual cree que es el papel que juega en la estructura
de la proteína?
4. ¿Las proteínas humanas están constituidas por aminoácidos dextrógiros o
aminoácidos levógiros?
5. ¿Qué son las proteínas? ¿Cómo se puede explicar la gran diversidad de proteínas
que hay en un organismo vivo?

6. ¿Cuál es la importancia de las proteínas para los organismos vivos?

7. ¿Puede la misma cantidad de aminoácidos crear diferentes proteínas? Por

ejemplo ¿cuántos péptidos diferentes de 4 residuos se pueden obtener?
8. ¿Las proteínas con la misma composición de aminoácidos son necesariamente
idénticas?

9. ¿Que es la estructura primaria de una proteína? ¿Cuál es su importancia?

10. ¿Que es la estructura secundaria de una proteína?

11. ¿Cuál es la diferencia entre las alfa-hélices y las hojas/láminas beta?

12. ¿Que es la estructura terciaria de una proteína?

13. ¿Que es la estructura cuaternaria de una proteína? ¿Todas las proteínas tienen
una estructura cuaternaria?

14. ¿Qué es un ángulo diedro y cómo se forman en la proteína?

15. ¿Qué es una enzima y como se clasifican?
16. ¿Cuál es la coenzima de riboflavina (B2)? Justifique su respuesta
a) NAD o NADP
b) FAD y FMN
c) Coenzima A
 d) pirofosfato de tiamina
17. ¿Cuál de esta vitamina está asociada con la coenzima biocitina? Justifique su
respuesta
a) ácido nicotínico
b) tiamina
c) biotina
d) Piridoxina
18. ¿Cuál es la enzima que cataliza la reacción de oxidación-reducción? Justifique su
respuesta
a) transaminasa
b) Glutamina sintetasa
c) fosfofructoquinasa
d) Oxidorreductasa
19. En el siguiente experimento con la enzima fosfatasa ácida de semillas de trigo
germinadas se varió la concentración de la enzima en cubeta a dos concentraciones de
sustrato y se obtuvieron los siguientes resultados. (volumen de reacción 100μL),
[E]=25nM:

Sustrato
Enzima [FP] 0.1 mM [FP] 10 mM
(ml)
Vo (nmol/min) Vo (nmol/min)

5 1.920 6.307
10 4.059 13.169
15 5.956 19.145
20 7.766 25.694
25 9.479 32.282
30 11.844 37.882
Utilizando la ecuación de Michaelis-Menten explique sus respuestas
a) ¿Cómo varia la velocidad de la reacción en función de la cantidad de enzima
añadida?
b) ¿Qué pasa si dividimos la velocidad registrada por la cantidad de enzima
añadida al ensayo?
20. La actividad de la Acetil-CoA carboxilasa, medida con tres diferentes
concentraciones de enzima y a diferentes concentraciones de sustrato fue la siguiente
(volumen de la reacción = 100μL):

Enzima (mg de
0.1 0.2 0.5
proteína)
[AcetilCoA] (mM) Vo (nmol/ min)
0.05 0.275 0.546 1.373
0.14 0.482 1.001 2.502
0.23 0.580 1.185 2.891
0.32 0.642 1.385 3.463
0.50 0.755 1.494 3.656
0.59 0.766 1.497 3.810
Para este experimento:
a) Calcular para cada experimento el valor de Km y el valor de Vmax.
b) ¿Son los valores de Km y Vmax iguales o diferentes?
c) Explique si lo que observó es lo que esperaba obtener
d) Sabiendo que la enzima pesa 220 000 g/mol, haga una gráfica de Vmax vs mmol de
enzima.
e) ¿Qué representa la pendiente de esta gráfica?
f) ¿En qué se parece el valor anterior a la Actividad específica = Vmax/mg de proteína
en mmol * min-1 * mg de enzima-1?
g) ¿Qué pasa con la medida de actividad específica cuando la enzima no está pura?

21. La enzima Aspartato transaminasa cataliza la siguiente reacción:

Aspartato + Oxoglutarato ----> Glutamato + Oxaloacetato

Se realizaron los siguientes tres experimentos (volumen de la reacción = 100μL):

[Asp] =1 mM [OxG] =0.02 mM [OxG] =0.5 mM

[OxG] Vo [Asp] Vo [Asp] Vo
(mM) (mmol/min) (mM) (nmol/min) (mM) (nmol/min)
0.002 0.444 0.007 0.411 0.007 0.468
0.018 2.031 0.048 1.268 0.048 2.017
0.037 2.781 0.171 1.722 0.171 3.317
0.063 3.336 0.335 1.850 0.335 3.866
 0.094 3.756 0.547 1.983 0.547 4.123
0.493 4.324 1.016 2.031 1.016 4.324

Utilizando estos datos:

a) Calcule Km y Vmax para cada sustrato.
b) ¿Cambian las Vmax? Explique su respuesta
c) Explique que pasó en el segundo experimento, con respecto al tercero.
d) ¿Cúantos y cuáles valores de Km debo considerar para describir la afinidad de
la enzima por sus substratos?
e) ¿Qué conclusión se podría sacar de esos datos?

22. Los valores de Km y Vmax siguientes se determinaron midiendo la hidrólisis de

bromuro de acetilcolina catalizada por la esterasa bovina a diferentes temperaturas:

T (ºC) KM (mM) kcat [(mmol-S)/(pmol-E) x min-1)]

20 0.403 0.307
25 0.375 0.322
30 0.335 0.340
35 0.305 0.362
45 1.500 0.013

a) ¿Qué intervalo de temperaturas deberían emplearse como datos para calcular la

energía de activación de la reacción catalizada por la enzima?.
c) Para realizar el cálculo anterior: ¿debería emplearse los valores de KM o de kcat.
b) ¿Por qué varía KM con la temperatura? (sugerencia: vea la definición de KM).

23. Los siguientes valores de velocidad inicial de enzimas fueron obtenidos para la -
Quimotripsina actuando sobre un sustrato artificial (ester etílico de acetil-L-triptofano):

pH V (UI)
5.4 300
5.6 290
5.8 250
6.4 210
6.5 110
6.6 80
6.8 60
 7.2 40
7.4 20
7.8 10
8.0 30
8.4 50
9.0 150

UI = Se define la unidad de actividad enzimática (U) como la cantidad de enzima que

cataliza la conversión de 1 µmol de sustrato en un minuto
a) Diga que residuos de aminoácido podrían ser responsables de esta respuesta.
b) Si el experimento se extendiera hacia la región más alcalina de la escala de pH
que cabría esperar (explique su respuesta).

24. Se realizaron estudios de inhibición para dos enzimas diferentes presentes en el suero
bovino. Se varió la concentración de sustrato en ausencia y en presencia de tres
concentraciones diferentes de inhibidores de cada enzima. En cada caso encontrar:

a) El tipo de inhibición.
b) El valor de Km y Vmax.
c) El valor de Ki para el inhibidor.

Enzima: Fosfatasa alcalina de suero bovino, inhibidor: Oxalato de Bromolevamisol

[Bromolevamisol] (mM) 0 8 16 40
[Sustrato] [FP](mM) Velocidades iniciales (mmolxmin-1
/ mgProt.-1)
0.1 0.231 0.210 0.191 0.158
0.3 0.431 0.369 0.309 0.239
0.7 0.607 0.488 0.425 0.277
1.3 0.751 0.599 0.467 0.304
1.8 0.811 0.657 0.530 0.319
2.6 0.912 0.657 0.546 0.328
4.1 0.957 0.688 0.561 0.351
5.8 0.981 0.741 0.558 0.344

Enzima: Transaminasa Glutámico Pirúvica.

 [2hidroxisuccínico] 0.0 1.0 2.0 5.1
(mM)
[Sustrato] [Glu](mM) Velocidades iniciales (mmol / min /mgProt)
0.6 0.59 0.48 0.38 0.24
1.4 1.12 0.91 0.78 0.51
2.9 1.63 1.43 1.19 0.87
5.2 1.94 1.70 1.64 1.19
8.0 2.19 1.94 1.94 1.56
10.3 2.28 2.06 1.99 1.74
16.0 2.32 2.33 2.24 1.89
25.1 2.62 2.53 2.25 2.09

25. El siguiente experimento fué realizado con la fosfoenolpyruvato:pyruvil tranferasa

de streptococcus sp. Este enzima participa en la síntesis de la pared celular de las
bacterias y cataliza la transferencia de un grupo piruvico a un precursor del
péptidoglicano, liberando fosfato. La fosfomicina (FSM) es un antibiótico sintetizado por
ciertas bacterias del grupo streptomyces que inhibe a esta enzima. Usando el
fosfoenolpiruvato (PEP) como sustrato a dos diferentes niveles de concentración, se
estudió la inhibición de esta enzima por fosfomicina.

[PEP] (mM) 75 200

[FSM] (mM) V (nmolxmin xmgProt-1)
-1

0 0.73 2.49
5 0.53 2.29
10 0.42 2.15
25 0.26 1.78
50 0.16 1.4
100 0.09 0.98

a) Identifique el tipo de inhibición que se presenta

b) Calcule el valor de la I50 para este inhibidor a la concentraciones más baja y
más alta de sustrato empleadas en el experimento.
b) ¿Qué diferencias observa entre este parámetro calculado con diferentes
concentraciones de sustrato?

26. ¿Cuáles son los principales factores que alteran la velocidad de las reacciones
enzimáticas?
27. ¿Cómo afecta la concentración del sustrato a la velocidad de las reacciones
enzimáticas?
28. ¿Qué son los cofactores enzimáticos?
29. ¿Cuál es la relación entre las vitaminas y los cofactores enzimáticos?
30. Los siguientes resultados describen el efecto de un inhibidor sobre la actividad
enzimática de una enzima. Determinar:
a) Vmax en presencia y ausencia de un inhibidor
b) Km en presencia y ausencia de un inhibidor
c) Ki
d) Tipo de inhibición

31. Un bioquímico estudia las propiedades de una enzima metabólica que acaba de aislar.
Obtiene datos cinéticos en presencia y en ausencia de dos inhibidores diferentes (A y B).
La identidad de los inhibidores es desconocida, pero sabemos que uno de ellos es un
análogo de sustrato mientras que el otro es un agente alquilante. Determinar:
a) Km y Vmax de la enzima;
b) ¿Cuál inhibidor es el análogo de sustrato? ¿Cuál es el agente alquilante?
c) Ki para ambos inhibidores;
d) Cuál sería la Vo para esta reacción enzimática en [S] = 3 x 10-4 M y en presencia
de la Inhibidor [A] = 2 x 10 -5 M ?
32. Se estudian las propiedades cinéticas de dos enzimas (A y B). A partir de los
resultados que se muestran a continuación, determine si constituyen una enzima ordinaria
o una enzima alostérica. Explicar la forma de las curvas que representan la velocidad, v,
en relación a la concentración de sustrato, [S].

33. ¿Qué son las vitaminas y cómo se clasifican?

34. ¿Cuáles son las principales funciones biológicas de las siguientes vitaminas?: A,
complejo B, C, D, E y K