La química computacional

Es todo aquel aspecto de la química el cual es explicado mediante el uso de un ordenador

y un software. Principalmente, se puede decir que es la evolución de la química teórica ya
que su principal uso se centra en la aplicación de los métodos de cálculo para resolver
ecuaciones y calcular propiedades a nivel molecular. Dado que la química computacional
es útil en la comprensión de sistemas químicos, es utilizada como herramienta de
aprendizaje y de respaldo en investigaciones experimentales. Ésta comprende dos grandes
métodos, la mecánica molecular y la mecánica cuántica, siendo ésta última de reciente uso
en la química computacional (década de los setentas) al ser incluida en los modelos teóricos
y basada en la ecuación de Erwin Schrödinger. De la química computacional se puede
obtener la información molecular necesaria para describir un sistema, dado que es utilizada
para conocer estados intermediarios de reacción, ángulos de enlace, propiedades
electrónicas de la molécula, etc. En la actualidad existen programas específicos para
realizar cálculos de química computacional, los cuales difieren en el método de cálculo, así
como en la exactitud y recursos computacionales necesarios. Palabras clave: Química
computacional, mecánica molecular, mecánica cuántica, diseño molecular.

¿Cómo Nace?
La química computacional nace con la necesidad de comprender aspectos importantes que no se
pueden resolver de forma práctica, como lo es conocer estados intermediarios en reacciones que
se efectúan rápidamente, conocer el comportamiento de un material a temperaturas muy altas que
son muy difíciles de alcanzar en un laboratorio, o simplemente calcular propiedades en sistemas de
alto costo. Tomando en cuenta estos aspectos, la química computacional es una aplicación de las
nuevas tecnologías electrónicas y las matemáticas para comprender un sistema y es utilizada, por
estudiantes y profesionistas en áreas afines, como método de estudio y aprendizaje debido a que
es parte de los materiales educativos computacionales en donde se aprovechan los recursos
tecnológicos para la comprensión de la química.

GENERALIDADES DE LA QUÍMICA COMPUTACIONAL

La química computacional es una parte de la ciencia que comprende las áreas de química, biología
y física unidas a la computación, la cual permite la investigación de átomos, moléculas y
macromoléculas mediante un sistema de ordenadores. Este tipo de análisis generalmente se llevan
a cabo cuando la investigación de laboratorio es inapropiada, impracticable o imposible, debido a
las condiciones extremas de dichos experimentos (altas temperaturas, condiciones de vacío, etc.),
o bien a los altos costo que se generan. En términos generales, se puede decir que es una disciplina
que comprende todos aquellos aspectos de la investigación en química que se benefician con la
aplicación de las computadoras. Esta disciplina incluye aspectos como, el modelado molecular,
métodos computacionales, diseño molecular asistido por ordenador, las bases de datos químicas,
el diseño de síntesis orgánica, la búsqueda de datos en bases químicas o control de equipo para
análisis químico.
MÉTODOS COMPUTACIONALES

 Mecánica Molecular: Aplica las leyes de la física clásica al núcleo molecular sin considerar
explícitamente a los electrones.

 Mecánica cuántica: Se basa en la ecuación de Shrödinger para describir una molécula con un
tratamiento directo de la estructura electrónica y que se subdivide a su vez en dos clases según el
tratamiento realizado, métodos semiempíricos y métodos de ab initio (“desde el principio”). Los
métodos computacionales están basados en el cálculo de las Superficies de Energías Potenciales, las
cuales se describen cómo las fuerzas de interacción entre sus átomos, y es así como los métodos
computacionales difieren en la manera de calcularla

Mecánica molecular

es un método (esquema computacional) muy rápido para determinar geometría, energías

moleculares, espectros vibracionales y entalpias de formación de moléculas estables en su estado
basal.

es un método empírico, que involucra un gran número de parámetros, extraídos de medidas

experimentales, llamados, colectivamente, parámetros de campo de fuerza.

MM es un método empírico, que involucra un gran número de parámetros, extraídos de medidas

experimentales, llamados, colectivamente, parámetros de campo de fuerza.

Este método se basa en el modelado matemático de una molécula compuesta por átomos que se
mantienen unidos por enlaces. Utiliza los parámetros de fuerza de tensión y flexión de enlace, lo
cual permite interacciones entre los átomos no enlazados. El método construye una expresión de la
energía potencial que es la unión de las posiciones atómicas. Las funciones de energía potencial y
los parámetros usados para su evaluación se conocen como:
“campo de fuerza”. Los métodos de la mecánica molecular se basan en los siguientes principios:
 El núcleo y los electrones de un átomo están juntos, es decir, se trata como una partícula única.
 Las partículas son tratadas como si fueran esferas.
 Los enlaces entre partículas se comportan como osciladores armónicos.
 Las interacciones no enlazantes entre partículas se tratan utilizando la mecánica clásica.
 Se utilizan funciones de potencial individuales para describir las diferentes interacciones.
 Las funciones de energía potencial se relacionan con parámetros derivados empíricamente que
describen las interacciones entre los átomos.
 La suma de todas las interacciones determina la distribución espacial de un conjunto de átomos.
 Las energías obtenidas en la mecánica molecular no son cantidades absolutas, sino que sólo se
pueden utilizar para comparar energías estéricas relativas entre dos o más conformaciones de la
misma molécula.

Dado que la mecánica molecular trata a los enlaces como resortes, la matemática de las
deformaciones de los resortes - la Ley de Hooke - es la usada para describir la habilidad de los enlaces
para estirarse, flexionarse y torsionarse. Los átomos no enlazados (distantes a más de dos angulos
de distancia) interactura a través de atracciones de van der Waals, repulsiones estéricas, y
atracciones y repulsiones electrostáticas. Estas propiedades son fáciles de describir
matemáticamente cuando los átomos son considerados como esferas de un radio característico.

La energía potencial total, E, de una molécula puede ser descrita por la siguiente sumatoria de
interacciones:

Energía de estiramiento de enlace:

La ecuación de energía de estiramiento de enlace se basa en la Ley de Hooke. El parámetro Ks

controla la rigidez del estiramiento del resorte (constante de fuerza del estiramiento del enlace),
mientras que r0 define la longitud de equilibrio (las medidas estándar usadas en la construcción de
los modelos). Un único par de valores Ks y r0 son asignados a cada par de átomos enlazados de
acuerdo a los tipos de átomos (C-C, C-H, O-H). La constante 71,94 es un factor de conversión para
obtener los resultados finales en unidades de Kcal/mol.
El resultado de esta ecuación es la energía de contribución asociada con la deformación del enlace
desde su longitud equilibrio.

Este simple modelo parabólico falla cuando los enlaces son estirados más allá del punto de
disociación. La función de Morse podría ser la mejor corrección para este problema. Sin embargo,
la función de Morse ocasiona un gran incremento en el tiempo de cálculo. Como alternativa,
constantes de fuerza cúbica y cuadrática son adicionadas para proveer un resultado aproximado al
que se logra empleando la función de Morse.

Energía de deformación de ángulo

La ecuación de energía de deformación es también basada en la Ley de Hooke. El parámetro Kb

controla la rigidez de la deformación del resorte (constante de fuerza angular), mientras 0 define
el ángulo de equilibrio. Esta ecuación estima la energía asociada con la deformación sobre el ángulo
de enlace de equilibrio. La constante 0,02191418, es un factor de conversión para obtener los
resultados finales en unidades de Kcal/mol. Un conjunto de parámetros únicos para la deformación
de ángulo son asignados a casa triplete de átomos enlazados basados en sus tipos de átomos (C-C-
C, C-O-C, C-C-H). Para cada triplete de átomos, el ángulo de equilibrio difiere dependiendo a que
otros átomos esta enlazado el átomo del centro.

El efecto de los parámetros Kb y 0 es ensanchar o inclinar la pendiente de la parábola. Mientras

más grande sea el valor de Kb, mas energía será requerida para deformar un ángulo desde su valor
de equilibrio. Potenciales bajos serán obtenidos con valores de Kb menores que 1,0.
Energía de torsión

Este término da cuenta de la tendencia de los ángulos diedros de tener un energía mínima dentro
del rango comprendido a intervalos específicos de 360/n.

n puede ser igual a 1, 2 o 3.

El parámetro Vn/2 es la constante de fuerza torsional. Esta determina la amplitud de la curva. El

valor n significa su periodicidad. nø desplaza la curva entera sobre el eje del ángulo de rotación. Los
parámetros son determinados a través de técnicas de ajuste gráficas.

Energía de no enlace

La energía de no enlace representa la sumatoria de las energías de todas los posibles átomos
interactuando de forma no enlazante dentro de una distancia predeterminada “de corte”.
La energía de no enlace da cuenta de las fuerzas repulsivas experimentadas entre átomos a distancia
cercanas, y de las fuerzas atractivas que se presentan a distancias más largas.

Estos términos se agrupan en dos grupos:

interacciones de van der Waals
e interacciones electrostaticas.

Energía de van der Waals

Las fuerzas de repulsión dominan cuando las distancias entre los átomos que interactúan se vuelve
menor que la suma de sus radios de contacto de van der Waals. Esta repulsión es modelada
frecuentemente por una ecuación la cual combina una repulsión exponencial con una interacción
de dispersión atractiva (1/R6):
Los parámetros incluidos son: Ri* y Rj* - los radios de van der Waals para los átomos. Epsilon (£) –
determina bien la profundad de la energía potencial atractiva y qué tan fácil es empujar los atomos
juntos. rij - el cual es la distancia actual entre los átomos.

Energía electrostática

La energía electrostática es una función de la carga en átomos no enlazados, q, su distancia

interatómica, rij, y una expresión dieléctrica molecular, D, que da cuentas de la atenuación de las
interacciones electrostáticas pro el ambiente químico (solvente o la molécula misma).

La energía electrostática es modelada usando cargas atómicas para moléculas cargadas y dipolos de
enlace para moléculas neutras. Las posibles interacciones electrostáticas pueden ser divididas de la
siguiente forma:

• carga/carga
• dipolo/dipolo
• dipolo/carga

Campos de fuerza utilizados en la mecánica molecular

Amber: (Assisted model building with energy refinement). Este modelo está parametrizado
específicamente para proteínas y ácidos nucleicos, AMBER usa únicamente 5 términos enlazantes y
no enlazantes con un tratamiento electrostático bastante bueno.

Dreiding: Este es un campo de fuerza multiusos para moléculas orgánicas o bioorgánicas. Ha sido
utilizado mayoritariamente para grandes sistemas biomoleculares. Usa cinco términos de valencia,
una de las cuales es un término electrostático. El uso de este método ha ido disminuyendo con la
introducción de métodos mejorados

UFF: Universal Force Field. El método UFF tiene registrados tantos tipos de átomos como elementos
contiene la tabla periódica de los elementos, todos los átomos de cada tipo tienen las mismas
características químicas y físicas, los átomos están representados únicamente por el símbolo
químico, la geometría (lineal, trigonal, tetraédrica…) y el estado de oxidación

FUNCIONES DE BASE

El conjunto base o de funciones de base es una descripción matemática de los orbitales de un

sistema químico (orbitales atómicos y moleculares). El conjunto de bases forma parte del modelo
químico junto al método teórico. La mayoría de los métodos basados en funciones de onda, los
semiempíricos y los DFT emplean conjuntos de base.

Las funciones de bases que existen se muestran a continuación

1. Base mínima. Mínimo número de funciones base necesario para cada átomo, estos
conjuntos utilizan únicamente orbitales internos y de valencia.

2. . Base de valencia. Un conjunto de base de valencia describe cada átomo utilizando bases
solo para los orbitales de valencia

3. Base extendida. utiliza los orbitales internos, los de valencia y además un conjunto de
orbitales no ocupados, a los que se denomina orbitales virtuales

 Conjunto base split valence.

Utiliza una base mayor creando orbitales similares a los de valencia, pero con tamaño superior
(ejemplo por ejemplo, para el átomo de carbono son 1s, 2s, 2p (x,y,z) y orbitales de igual simetría
pero tamaño diferente: 2s’, 2p’(x,y,z).)

Conjunto base polarizada.

Añade orbitales mayores que los requeridos para la descripción de cada átomo
(Ejemplo o, una base polarizada añade una función 19 d a un carbono (que utiliza orbitales s y p) o
una función f a un metal de transición (s, p y d), y en algunos casos, añade una función p al átomo
de hidrógeno(s).)

 Funciones difusas.
Se agregan ciertas contribuciones al orbital que hacen que el valor de la función decaiga más
lentamente, permitiendo mayor precisión en zonas lejanas al centro del átomo.

Para estudiar (Estas funciones difusas son muy importantes en sistemas en los que los electrones
están relativamente lejos del núcleo, como sistemas en estado excitado, moléculas cargadas o
sistemas con bajos potenciales de ionización.)

Para todas las simulaciones, a la hora de elegir el método se debe elegir también un conjunto de
bases. Gaussian tiene implementados un gran número de conjuntos de bases combinando las bases
mencionadas.

ELECCIÓN DEL MEJOR MÉTODO

No todos los tipos de cálculos son posibles en todos los métodos, ni hay un método que sea el mejor
para todo. Así, para cada aplicación, cada método posee ventajas y desventajas que debemos
conocer, dependiendo la elección del método de una serie de factores como son:
 La naturaleza de la molécula con la que vamos a trabajar.
 El tipo de información que necesitemos.
  La disponibilidad para poder aplicar parámetros experimentales determinados, ya que
algunos de los métodos así lo requieren.
 Recursos de computación.

Los tres criterios más importantes son:

Tamaño del modelo:

El tamaño de un modelo puede llegar a ser un factor limitante para un método en particular, de
manera que el numero limite de átomos en una molécula se incrementa aproximadamente en un
orden de magnitud entre métodos distintos desde el ab initio a los de mecánica molecular. El
método ab initio esta limitado a decenas de átomos, los métodos semiempíricos a cientos y los
métodos mecánico moleculares a miles.

Disponibilidad de parámetros:

Algunos de los métodos que se han indicando necesitan para sus cálculos de una serie de
parámetros experimentales que se les deben de haber proporcionados previamente.

Recursos de ordenador:

Las necesidades de computación aumentan con relación al tamaño de modelo según el método
elegido.

 Ab initio: El tiempo requerido para realizar los cálculos se incrementa en el orden N4,
donde N es el numero de átomos del modelo.
 Semiempírico : En este caso el tiempo de computación se eleva según la relación N3 o N2.

 Mecánico Moleculares (MM2): Para este método el tiempo de calculo aumenta del orden
de N2