QUIMICA COMPUTACIONAL

(Q.C.)

Q.F.B. JIMMY A. EUÁN KU

• Estudia caracterizar y predecir la estructura
y estabilidad de los sistemas químicos,
estudiando diferencias de energía entre
distintos estados para explicar propiedades
espectroscó picas y físicas, ademá s de
mecanismos de reacció n a nivel ató mico.
 Métodos usados en Q.C.
Métodos de la Q.C.

Mecá nica molecular Mecá nica cuá ntica

ab initio
Semiempíricos
Teoría funcional de
la densidad.
• Mecánica molecular- MOLÉCULA: Conjunto de N
átomos, con masas m, acoplados por un conjunto
de resortes, caracterizados por una constante
elástica (cte. de fuerza), ki, sujetos a la ley de Hook

• Mecánica cuántica- MOLÉCULA: Conjunto de

núcleos y electrones, sometidos a la interacción
electromagnética, y cuya dinámica está descrita por
la ecuación de Schrödinger
• Para el diseñ o de nuevas moléculas con
propiedades determinadas tanto si se
refiere a la bú squeda de nuevos
medicamentos como a nuevos materiales de
interés tecnoló gico.
 Aplicaciones
QUÍMICO-FÍSICOS
• propiedades termodiná micas (entropía, capacidad
calorífica de los gases)
• interpretar espectros moleculares
• determinació n de propiedades moleculares (longitudes y
á ngulos de enlace, momentos dipolares, barreras de
rotació n interna, diferencias de energía entre isó meros
conformacionales)
• calcular propiedades de los estados de transició n de las
reacciones químicas
QUÍMICOS ORGÁ NICOS
• estimar estabilidades relativas de las moléculas
• calcular propiedades de los intermedios de reacció n
• estudiar mecanismos de las reacciones químicas
• analizar espectros de RMN

QUÍMICOS ANALÍTICOS
• espectroscopía
QUÍMICOS INORGÁ NICOS
• propiedades de los compuestos de coordinació n de
metales de transició n

BIOQUÍMICOS
• conformaciones de las moléculas bioló gicas
• interacció n enzima-sustrato
• solvatació n de moléculas bioló gicas
 Estructura molecular

• Determinació n • Modelizació n molecular

experimental (Mecá nica molecular,
• (difracció n, rayos X, métodos semiempíricos,
neutrones, RMN, etc) cá lculos ab initio y TFD

• Observables relacionados con la

estructura: espectro vibracional,
electronico y RMN, pKa, logP, logD, etc.
• La Q.C. y experimental se complementan

• La Q.C. puede determinar otras magnitudes no

observables como la carga de los á tomos en las
moléculas, el % de cará cter ió nico o covalente de
un enlace, etc.
 La Química Cuántica proporciona una
descripción precisa del comportamiento de los
electrones y por tanto de la estructura de
átomos y moléculas
Su aplicación a otros problemas químicos se
realiza en base a dos estrategias:
• El uso de aproximaciones
• El uso de modelos
 Aproximació n
Pero eso no significa que una solució n aproximada
no pueda ser ú til:
• A veces una solució n aproximada puede ser má s
precisa que el mejor de los experimentos
• Frecuentemente só lo se requiere un cierto grado
de precisió n en la solució n. Por ejemplo, para las
energía se suele aceptar que la precisió n necesaria
para aplicaciones químicas es del orden de 1
kcal∙mol‐1
• Una solució n aproximada o cualitativa puede a
veces proporcionar una comprensió n del
problema má s profunda de la que se puede
obtener mediante un experimento. Por ejemplo,
un cá lculo de una energía de disociació n
aproximado puede permitir conocer má s sobre el
enlace estudiado que un experimento que mida la
energía de disociació n con precisió n.
 ¿Qué es un modelo?

• Conjunto de objetos y reglas predeterminadas que

los relacionan, utilizado como descripció n
simplificada de un fenó meno real cuya
complejidad desafía la descripció n exacta.
• Por ejemplo, podemos estudiar una molécula
diató mica modelizá ndola como dos masas unidas
por un muelle armó nico
 Modelo de puntos de Lewis
Ejemplos:

Modelo de reacciones: SN2, SEAr

• El modelo puede ser realista si se utiliza por
ejemplo la Mecá nica Cuá ntica para
encontrar el valor de la constante de fuerza
del muelle, de forma que represente lo má s
fielmente posible el sistema real. Esta es la
base de la representació n de moléculas
mediante Mecá nica Molecular
• Así pues, disponemos de teorías, aproximaciones y
modelos para resolver problemas químicos. Estos
elementos pueden no ser exactos, pero es
importante conocer el grado de aplicabilidad de
cada teoría, aproximació n o modelo al problema
bajo estudio. No conocer la solució n exacta no
implica que la Química Computacional no pueda
ofrecer un conocimiento vá lido sobre el problema
bajo aná lisis.
 En general, existen dos formas de emplear la
Química Computacional:
• Interpretativa: reproduciendo un experimento y
obteniendo un conocimiento detallado que
permita explicar los resultados observados y a
partir de ahí poder elaborar una hipó tesis de
trabajo
• Predictiva: estudiando modificaciones de la
composició n que permitan obtener las
propiedades deseadas.
 Q.C. es ú til
• Acortamiento de los ciclos
de desarrollo producto -
proceso;
• Optimizació n de procesos
existentes para mejorar la
eficiencia energética y
minimizar la producció n
de desechos;
• Diseñ o eficiente de nuevos productos y
procesos;
• Mejoras en la salud, el bienestar social, y el
medio ambiente.
• Comprender lo que ocurre en la naturaleza
íntima de los fenó menos.
Modelos moleculares
¿Cuá l sería el propó sito de la modelació n
molecular?
• Elaborar modelos virtuales perceptibles y
confiables de las estructuras y procesos que
existen a una escala espacial que para el hombre
es directamente imperceptible.

• Una descripció n o analogía usada para ayudar la

visualizació n de algo (como puede ser un á tomo)
que no puede observarse directamente.
 La imaginación de cualquier
fenómeno u objeto es un «modelo
virtual»
 La segunda ley de Newton y la
modelació n molecular

• La elaboració n de modelos moleculares confiables

se basa en la consideració n de que todo sistema es
má s estable en las condiciones de su mínima
energía potencial, o energía interna.
Superficie de energía potencial (SEP)
• Para encontrar las configuraciones moleculares
má s probables es preciso disponer de una funció n
que exprese la energía potencial total, o
simplemente la energía total del sistema, en
términos de la cantidad y el tipo de nú cleos
ató micos involucrados y las coordenadas de los
mismos y las de sus electrones
• A esta funció n se la conoce como la
superficie de energía potencial del sistema o
hipersuperficie.
 ¿Có mo hacer un modelado molecular?

• El programa Chem3D proporciona los

siguientes métodos:
• Método de mecánica molecular: método
MM2
• Métodos semiempíricos: métodos Huckel
extendido, MINDO/3, MNDO, MNDO-d, AM-1
Y PM3 (CS MOPAC).
• Método ab initio: mediante la aplicación
Chem3D Gaussian.
 Cuadro comparativo de los métodos

Tipo Características Aplicaciones

Mecánica •Usa la física clásica •Grandes sistemas como
molecular •Depende de campo de enzimas (miles de átomos)
(MM2) fuerza de parámetros •Sistemas en los que no hay
ruptura ni creación de enlaces
Semiempirico •Usa la física cuántica •Sistemas de tamaño medio
(MOPAC) •Parámetros empíricos (cientos de átomos)
derivados •Producen transiciones
experimentalmente electrónicas
•Usa aproximaciones
extensivas
Ab initio •Se basa en la física cuántica •Pequeños sistemas
(Gussian) •No utiliza parámetros (decenas de átomos)
experimentales •Transiciones electrónicas
•Moléculas o sistemas sin datos
experimentales
 USOS DE LOS MÉ TODOS COMPUTACIONALES

• Se basan en el calculo de las Superficies de Energía

Potenciales (SEP) de las moléculas.

• De la SEP se puede derivar informació n estructural

y química de la molécula. Los diferentes métodos
computacionales difieren en el modo en el cual la
superficie se calcula y como se derivan las
propiedades moleculares de esta.
 Los tipos bá sicos de cá lculos son:

•Calculo de la Energía en un Punto: La energía

para una disposició n dada de los á tomos en
un modelo o el valor de la SEP para un
conjunto de coordenadas ató micas.

•Optimizació n Geométrica: Consiste en la

modificació n sistemá tica de las coordenadas
ató micas de un modelo dando como
resultado una geometría donde las fuerzas
netas en la estructura son iguales a cero.
• Calculo de propiedades: es la predicció n de
determinadas propiedades físicas y químicas, tales
como la carga, momento dípolar o el calor de
formació n.

Los métodos computacionales pueden también

realizar má s funciones especificas tales como
bú squedas conformacionales y simulaciones
diná micas moleculares.
• Cá lculo de energías moleculares y
propiedades asociadas a ellas
• cá lculo de la estructura tridimensional de las
moléculas
• visualizació n de las moléculas y de sus
propiedades
• aná lisis cuantitativo de los resultados del
modelo