DINÁMICA
MOLECULAR.
Integrantes:
• Karen Rios.
• Juan Carlos Correa.
• Michelle Samaniego.
• Dayana
Que es la Dinámica Molecular
Permite analizar el
Se calcula las fuerzas
comportamiento o
entre los átomos que lo
Es un tipo de simulación evolución de un sistema
conforman mediante las
molecular computacional (físico, químico o
ecuaciones del
biológico) a través del
movimiento de Newton.
tiempo
Es un método para generar las trayectorias
de un sistema compuesto de N partículas
por integración numérica directa de las
ecuaciones de movimiento de Newton.
¿Qué tipo de información se requiere para realizar
un estudio por Dinámica Molecular
• Se requiere una
configuración inicial del número de partículas (N),
sistema a analizar, es decir, Como volumen (V), temperatura (T),
se requieren las posiciones presi´on (P) o energ´ıa total
iniciales de los átomos que del sistema (E
lo conforman.
DINÁMICA MOLECULAR
• Se basa en los principios de la mecánica clásica y constituye uno de los métodos más utilizados
para la simulación de macromoléculas biológicas como el DNA o las proteínas.
Esquema general de una simulación por Dinámica
Molecular?
Selección de la Equilibramiento:
Simulación de D.M:
muestra y preparación Preparación de la Resultado:
del sistema muestra Se regula el tiempo de
Análisis de Datos
simulación
C.I – N – C.E Definiciones de P y T
¿PARA QUÉ NOS SIRVE?
Para poder comprender con detalle:
• La estructura
• la función y los mecanismos de reacción de sistemas biológicos y químicos.
Es necesario emplear métodos teóricos de modelado molecular y de simulación que
complementen los resultados obtenidos mediante técnicas experimentales.
OBJETIVO DEL MODELADO MOLECULAR
Interacciones biomoleculares
en base
Describir
Leyes generales de la química y de la
física
EL CAMPO DE FUERZAS
• Un campo de fuerzas esta formado por la función de energía potencial y por los parámetros
empíricos usados por cada uno de los términos. Una característica importante de un campo de
fuerzas es su capacidad de poder ser transferido, es decir, una misma serie de parámetros puede
ser empleada para el estudio de distintas moléculas relacionadas entre si. La mayoría de los
campos de fuerzas empleados para sistemas moleculares se pueden definir mediante una
ecuación con dos componentes principales que describen las interacciones enlazantes y no
enlazantes del sistema:
TÉRMINOS ENLAZADOS
• Termino de enlace: El termino de enlace se encarga de mantener las longitudes de enlace
cercanas a los valores de equilibrio medidos experimentalmente. Por ello se emplean
expresiones más simples como la ley de Hooke por la cual la energía varia en función del
desplazamiento desde la longitud de referencia del enlace r eq:
• Termino de Angulo: La variación de los ángulos con respecto a sus valores de referencia
también se representa mediante un potencial armónico de Hooke:
• Termino de torsión: El termino de torsión describe la variación de la energía asociada a la
rotación alrededor de un enlace B-C dentro de una serie de cuatro ´átomos A-B-C-D donde A-
B, B-C, y C-D.
• Forma del potencial de enlace según la representación de Morse y según una representación
armónica, unidos. Se caracteriza por presentar una periodicidad en el ´Angulo φ: si el enlace
rota 360º la energía debe volver al mismo valor. Su perfil energético se expresa como una serie
de Fourier
TÉRMINOS NO ENLAZADOS
• Las moléculas y los átomos independientes interaccionan entre ellos a través de interacciones
que no dependen de una relación especifica de enlace entre átomos. Estos términos se agrupan
en dos grupos: interacciones de van der Waals e interacciones electrostáticas
• Interacciones de van der Waals: La interacción de van der Waals entre dos átomos se origina
a partir de un balance entre fuerzas atractivas y repulsivas. Esta energía de interacción varia en
función de la distancia entre ambos átomos. La energía de interacción es cero a una distancia
interatómica infinita (e incluso despreciable a distancias relativamente cortas).
• Interacciones electrostáticas: La distribución de la carga en una molécula se puede
representar como una ordenación de las cargas puntuales. Estas cargas reproducen las
propiedades electrostáticas de la molécula. En el caso de que las cargas estén centradas en los
núcleos, se las denomina cargas atómicas parciales. La interacción electrostática de una
molécula se calcula, por tanto, como la suma de las interacciones entre pares de cargas
puntuales según la ley de Coulomb.
CALCULO DE LAS FUERZAS
La DINAMICA MOLECULAR está basada en los principios de la Mecánica molecular: los núcleos
atómicos son suficientemente pesados para ser considerados partículas clásicas y su dinámica puede
ser estudiada mediante la segunda ecuación de Newton F= m.a y su forma diferencial se escribe
En donde Fxi la fuerza aplicada a la partícula en i en la dimensión x y t el tiempo.
A partir de unas coordenadas (x0) y velocidades iniciales (v0) se determina la energía potencial y
cinética del sistema, siendo la energía total la suma de ambas
La fuerza que actúa sobre cada partícula en un instante de tiempo t se determina mediante la
derivada de la energía potencial con respecto a
ECUACIONES DEL MOVIMIENTO
INTEGRADAS
Para integrar las ecuaciones de movimiento se utilizan algoritmos que aplican las series de Taylor( x
− a )^n. Empleando esta aproximación, la posición de una partícula a tiempo t + ∂t se expresa en
función de su posición, velocidad y aceleración:
El tiempo de integración se selecciona teniendo en cuenta que un tiempo de
integración demasiado grande dará lugar a inestabilidades por solapamiento de altas
energías pero un tiempo demasiado corto estudiará únicamente una región muy
limitada del espacio conformacional.
CONDICIONES DE LÍMITE PERIÓDICO
El agua juega un papel esencial en todos los organismos vivos. Por ejemplo, muchas enzimas
necesitan moléculas de agua para poder desarrollar sus funciones biológicas. Las simulaciones de
DM, por tanto, deben intentar reproducir las interacciones de un solvente acuoso con el sistema
biológico a estudiar. Durante una simulación, el sistema biológico incluido en una caja de agua
incluye átomos que se localizan en el borde del área de simulación. Para evitar anomalías y asegurar
una inmersión completa del soluto en el solvente, se emplean condiciones de límite periódico de
manera que el sistema se considera rodeado por réplicas iguales en todas las direcciones y el cálculo
de la simulación se desarrolla como si el sistema fuera infinito en el espacio.
SE PUEDEN CALCULAR
DIFERENTES PROPIEDADES:
Biológicos
Fisicoquímic :
as: Miden fuerzas de
interacción.
Solubilidad.
Describen
comportamientos
Energía libre. de proteínas
Viscosidad.
Temperaturas.
Presión.
APLICACIONES
• Biología:
Va desde superficies catalíticas hasta sistemas biológicos como las proteínas y adn.
• Medicina:
Experimentos de cristalografía de rayos X permiten tomar "fotografías estáticas" y la técnica
de RMN nos da indicios del movimiento molecular, ningún experimento es capaz de acceder a
todas las escalas de tiempo involucradas.
• https://www.youtube.com/watch?v=Xk1uqN48dRE&t=249s
